目的:分析热休克蛋白家族 H(Hsp110)成员 1[heat shock protein family H(Hsp110)member 1,HSPH1]在宫颈癌组织中的表达及其与预后的相关性.方法:收集2018年2月至2021年1月首次确诊的60例宫颈癌患者的癌组织和相邻非癌组织.通过qRT-PCR检测HSPH1表达,分析其与肿瘤标志物、宫颈癌病理特征之间的关系,并通过Cox回归模型确定3年生存的独立预后因子.利用时间依赖性受试者工作特征(ROC)曲线评估HSPH1预测1年、2年和3年生存的临床价值,并通过外部数据库和细胞实验验证结果.结果:HSPH1在临床样本和GSE29570数据库宫颈癌组织中均呈高表达(P＜0.05),且与CA125、CA19-9、CEA和SCCA呈正相关(均r＞0,P＜0.05).高表达组(≥1.57)肿瘤大小≥4 cm、FIGOⅢ～Ⅳ期、淋巴结转移及淋巴血管空间侵犯比例均高于低表达组(P＜0.05).TCGA数据库和临床样本分析显示,高表达组患者生存率显著低于低表达组(P＜0.01).多因素Cox回归分析显示,HSPH1＜1.57(HR=0.299,P=0.039)和无淋巴结转移(HR=0.245,P=0.003)是独立预后因子.HSPH1预测1年、2年和3年生存的曲线下面积分别为0.82、0.85和0.88.结论:HSPH1在宫颈癌组织中的高表达与患者较差的预后之间存在显著相关,HSPH1可作为宫颈癌预后评估和治疗靶点的潜在生物标志物.

目的:探讨全基因组拷贝数变异(WGCNV)检测和评分系统在肺腺癌诊断和预后预测中的价值。方法:应用显微微切割技术获取76例肺腺癌患者肿瘤组织标本91份和癌旁正常对照组织样本20份，通过全基因组扩增(WGA)富集DNA并构建测序文库，进行二代测序。评估肺腺癌手术和恶性胸水细胞学标本的肿瘤细胞核级别改变，在肿瘤核细胞大小、核分裂象计数、细胞核不典型性和不典型核分裂4个方面进行分级。评价WGCNV评分的预测预后的价值，根据受试者工作特征(ROC)曲线分析WGCNV评分在肺腺癌中的诊断价值。结果:20例癌旁正常肺组织样品WGCNV改变作为正常对照，所有肿瘤标本WGCNV评分为0～9.95分，中位WGCNV评分为2.7分。核级别评分与WGCNV评分之间存在正相关( r＝0.780 90， P<0.000 1)。中评分组(1.74～4.23分)相对低评分组(<1.74分)的风险比为4.11(95% CI为0.72～23.57)，高评分组(>4.23分)相对低评分组的风险比为2.07(95% CI为0.30～14.12)，中、高评分组风险呈上升趋势。ROC曲线分析显示，当临界值为0.01时，诊断肺腺癌的灵敏度和特异度分别为97.8%和95.0%，阳性预测值(PPV)和阴性预测值(NPV)分别为99.0%和90.1%，ROC曲线下面积(AUC)为0.981，WGCNV评分具有较好的诊断肺腺癌的价值。当临界值为1.8时，鉴别浸润性腺癌与原位腺癌及微浸润性腺癌的灵敏度和特异度分别为78.1%和94.4%，PPV和NPV分别为98.0%和52.0%，AUC为0.896。 结论:WGCNV评分系统在肺腺癌标本中有一定的诊断和预测预后价值。

目的:分析神经发育障碍患儿致病性拷贝数变异(pCNVs)的微缺失和微重复特征与患儿临床表型特点，明确神经发育障碍患儿遗传学病因。方法:收集2017年1月至2019年11月安徽医科大学第一附属医院以全面性发育落后、智力障碍等神经发育障碍疾病就诊的患儿，应用全基因组拷贝数变异(CNVs)检测明确存在的pCNVs，总结分析患儿临床表型与pCNVs特点。结果:31例患儿存在36处pCNVs，其中微缺失片段24个(占66.67%)，微重复片段12个(占33.33%)，片段大小320.00 kb～93.26 Mb，平均11.33Mb。pCNVs易发生在15号染色体，为9例患儿9处(占25.00%)，其次是8号染色体，3例患儿5处(占13.89%)，X染色体，3例患儿4处(占11.11%)。临床表现有运动发育落后的患儿30例(占96.77%)，智力障碍22例(占70.97%)，语言发育落后22例(占70.97%)，伴畸形患儿11例(占35.48%)，特殊面容11例(占35.48%)及癫痫8例(25.81%)，且多种落后与多系统的异常同时存在。结论:对不明原因的神经发育障碍患儿，可应用全基因组CNV方法进行检测，明确其遗传学病因；对pCNVs及所包含的功能基因的分析，可揭示神经发育障碍的遗传学发病机制。

目的:探讨转运RNA来源的小分子片段770（tRF-770）调控细胞骨架相关蛋白2（CKAP2）对乳腺癌细胞增殖的影响。方法:使用MINTbase数据库v2.0序列与基因组中成熟的tRNA进行比对，确认tRF-770的染色体定位；TA克隆实验鉴定tRF-770；利用TargetScan和miRBase数据库分析预测tRF-770的靶基因；利用癌症基因组图谱（TCGA）数据库数据分析CKAP2在乳腺癌中的表达情况。选择乳腺癌细胞株MDB-MA-231和MCF7，分别分为空白对照组（不予任何处理）、tRF-770过表达组（转染tRF-770过表达序列）及阴性对照组（转染阴性对照序列）；另外设立tRF-770过表达+CKAP2-HA组（共转染tRF-770过表达序列与CKAP2过表达序列）。采用实时荧光定量聚合酶链反应（qRT-PCR）检测乳腺癌细胞中tRF-770的相对表达量；CCK-8法检测乳腺癌细胞增殖能力并进行挽救实验；双荧光素酶报告基因实验验证tRF-770的靶基因；蛋白印迹法检测CKAP2-ERK2信号通路相关蛋白的表达情况。结果:tRF-770与9类tRNA剪切修饰的5'端完全匹配，TA克隆测序验证结果表明产物大小以及碱基与预期tRF-770序列一致。基于TCGA数据库数据分析发现CKAP2在乳腺癌组织中高表达（ t=7.21， P<0.05）。qRT-PCR检测结果显示，在MDA-MB-231细胞中，空白对照组、阴性对照组、tRF-770过表达组tRF-770相对表达量分别为1.00±0.00、2.42±0.11、3.75±0.01，差异有统计学意义（ F=1 395.00， P<0.001）；在MCF7细胞中，3组tRF-770相对表达量分别为1.00±0.00、2.45±0.21、3.26±0.16，差异有统计学意义（ F=169.30， P<0.001）；两种细胞中，与空白对照组及阴性对照组比较，tRF-770过表达组中tRF-770相对表达量均升高（均 P<0.05）。双荧光素酶报告基因实验结果表明，tRF-770与CKAP2 mRNA 3'UTR结合。CCK-8法检测结果显示，在MDA-MB-231、MCF7细胞中，第3天和第4天tRF-770过表达组细胞增殖能力均低于空白对照组和阴性对照组（均 P<0.05）；第3天和第4天阴性对照组与tRF-770过表达组细胞增殖能力比较，差异均有统计学意义（均 P<0.05）。CCK-8法挽救实验结果显示，在两株乳腺癌细胞中，tRF-770过表达+CKAP2-HA组自转染第2天起，细胞增殖能力均高于tRF-770过表达组（均 P<0.05）。蛋白质印迹法检测结果显示，两种乳腺癌细胞中，tRF-770过表达组与阴性对照组比较，CKAP2、p-ERK2、PCNA蛋白表达均下降（均 P<0.05）；ERK2蛋白在MDA-MB-231细胞中表达量变化较小，而在MCF7细胞中tRF-770过表达组蛋白表达下降。 结论:tRF-770可能通过CKAP2-ERK2信号通路抑制乳腺癌细胞增殖。

目的:探讨唐氏综合征(Down syndrome, DS)DNA甲基化模式以及基因不同元件甲基化水平与DS基因表达的相关性。方法:应用全基因组亚硫酸氢盐测序技术筛选来源于DS患儿和正常对照的诱导多功能干细胞(induced pluripotent stem cells，iPSCs)中差异甲基化区域(differentially methylated region，DMR)，对其在染色体和基因位置上的分布进行统计分析。通过聚类分析，研究差异基因涉及的功能。并结合全基因组表达谱数据和实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR，qRT-PCR)研究不同基因元件甲基化的调控作用。结果:DS iPSCs中共检测出1569个DMR，启动子区高甲基化所占比例明显高于基因体(genebody)，且DMR不富集在21号染色体上。启动子和genebody高甲基化均对基因表达起到抑制作用。聚类结果显示，具有DMR的基因显著富集在神经发育、干细胞多能性以及组织器官大小调控的相关通路上。结论:DS iPSCs中DNA甲基化异常在全基因组广泛分布，DS中DNA甲基化的分布模式和调控模式均不同于正常样本，DNA甲基化可能在早期胚胎发育过程中参与了唐氏综合征DS患者神经发育异常及其他异常的发生。

目的:分析霍乱弧菌O1血清群El Tor产毒株基因组的重组特征。方法:在美国国立生物技术信息中心数据库中，选取分离时间从1937—2015年的292株霍乱弧菌O1血清群El Tor菌株完成图序列或草图序列，以菌株N16961的基因组序列为参照，使用snippy软件获得菌株的全基因组比对信息，利用ClonalFrameML软件对数据进行重组分析，比较大小染色体间重组数目及重组区域总长度的差异，以及不同分离地区菌株的基因组重组片段数目和总长度的差异。使用KOBAS分析工具对重组热点基因进行基因本体富集分析。结果:292株霍乱弧菌菌株中，发生基因重组163株（55.8%）；其中，归一化处理的小染色体重组片段数目 M（ P 25， P 75）为4.7×10 -6（9.3×10 -7，2.0×10 -5），大于大染色体[2.4×10 -6（3.4×10 -7，5.7×10 -6）]（ P<0.001）；小染色体重组区域占小染色体长度的比例 M（ P 25， P 75）7.1%×10 -5（3.7%×10 -6，4.8%×10 -4），大于大染色体[2.2%×10 -5（2.4%×10 -6，8.4%×10 -5）]（ P<0.001）。分离自非洲、亚洲、欧洲、北美洲和南美洲的菌株重组片段数目 M（ P25， P75）分别为23（1.0，33.0）、1.0（0.0，34.0）、6.0（2.0，13.0）、0.0（0.0，1.0）和29.5（6.8，56.8）（ P<0.001）；分离自各大洲的菌株重组区域总长度 M（ P25， P75）分别为233.0（4.0，461.0）、11.0（0.0，695.5）、56.0（4.0，111.0）、0.0（0.0，9.0）和347.5（132.8，1 323.5）bp（ P<0.001）。富集分析结果显示，62个重组热点编码基因的功能主要集中在趋化、趋性、对外界刺激的反应、受体活性和分子转导活性。 结论:霍乱弧菌El Tor大小染色体的重组片段数目及区域长度存在差别，不同大洲菌株重组片段数目及重组区域总长度不同。

男，3个月9日龄，因"竖头不稳、反应迟钝"于2022年6月13日就诊我院。患儿系G 2P 2，足月剖宫产娩出，出生时有羊水污染和缺氧症状，黄疸出现后自行消退。主要表现为反应慢、竖头不稳、会对视、追视，可逗笑。入院体格检查：精神好，呼吸平稳，头围39.5 cm，咽无充血，肺音清，心音有力，腹软，肠鸣音正常。下肢肌张力稍低，俯卧位时支撑抬头好，坐位全前倾，立位双下肢支持体重差，屈髋，降落伞反射未建立，双膝及跟腱反射可引出，Vojta姿势反射见手握举，拇指内收，脚小。头颅MRI检查结果提示蛛网膜下腔增宽(图1)，脑白质发育符合0 ~ 2月龄，听力检查未见异常。入院遗传学检查：采集患儿及其父母的外周静脉血样各2 ~ 3 mL，常规培养淋巴细胞72 h，制片，G显带核型分析，计数并分析47个中期分裂相，根据《人类细胞基因组学国际命名体系》(ISCN 2020)描述染色体核型。患儿核型为46，XY，r(18)(p11.21q22.1)[40]/46，XY[7](嵌合比例为85%)(图2)，其父母核型均未见异常。为明确缺失区域的大小及断裂点的位置，进一步对患儿进行拷贝数变异测序(copy number variation sequencing，CNV-seq)，结果显示其染色体18p11.21p11.32和18q22.q23区分别存在14.86 Mb和14.02 Mb的杂合缺失(图3)。本研究通过了本院医学伦理委员会的审查(2023-K-013)，患儿监护人均签署了知情同意书。

目的:对2例罕见超数小标记染色体(sSMC)患者进行细胞分子水平的遗传学分析，为携带者夫妇的遗传咨询和生育指导提供借鉴。方法:选取2018年10月31日和2021年5月10日于中信湘雅生殖与遗传专科医院进行生殖与遗传咨询的不孕不育患者2例为研究对象。应用常规G显带、荧光原位杂交(FISH)和基因组拷贝数变异测序(CNV-seq)确定sSMC的来源，应用显微切割结合高通量全基因组测序(MicroSeq)精准分析sSMC的常染色质片段大小和基因组信息。结果:患者1的G显带和FISH结果提示其核型为mos 47，XY，del(16)(p10p12)，＋mar[65]/46，XY，del(16)(p10p12)[6]/ 48，XY，del(16)(p10p12)，＋2mar[3].ish mar(Tel 16p-，Tel 16q-，CEP 16-，WCP 16＋)，基因组CNV-seq结果为arr[GRCh37]16p12.1p11.2(24999364_33597595)×1[0.25]，MicroSeq结果显示该sSMC来源于16p12.1p11.2(24979733-34023115 bp)。患者2的G显带和反向FISH结果提示其核型为mos 47，XX，＋mar[37]/46，XX[23].rev ish CEN5，基因组CNV-seq结果为seq[GRCh37] dup(5)(p12q11.2)chr5：g(45120001_56000000)dup[0.8]，MicroSeq结果显示该sSMC来源于5p12-q11.2(45132364-55967870 bp)。2对夫妇分别接受了植入前遗传学检测(PGT)和体外受精(IVF)助孕治疗。结论:sSMC携带者的个性化分析对其后期的遗传咨询和生育指导具有重要意义，对于存在高遗传风险的sSMC携带者夫妇可考虑选择MicroSeq-PGT助孕。

目的:通过网络药理学研究半枝莲-党参药对治疗膀胱癌的作用机制。方法:查询中药系统药理学数据库分析平台（TCMSP）筛选半枝莲-党参药对的药物成分，使用Swiss Target Prediction预测药物成分的作用靶点；运用GeneCards获取膀胱癌的疾病靶点，利用venny 2.1获取交集靶点。使用STRING进行蛋白-蛋白相互作用分析并使用Cytoscape构建"药物-靶点-通路"网络，利用Metascape进行基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）分析。将裸鼠随机分为模型组和治疗组，建立膀胱癌小鼠模型。模型组小鼠灌胃等剂量溶剂，治疗组建模后第8天灌胃半枝莲-党参药对0.2 ml，剂量为342.86 mg/kg，2次/d。建模后第28天，测量裸鼠瘤体大小，并采用酶联免疫吸附试验法检测前列腺素G/H合成酶2（PTGS2）、PTGS1、核受体辅活化子2（NCOA2）、维甲酸X受体α（RXRA）、孕酮受体（PGR）、丝裂原活化蛋白激酶1（MAPK1）、网状内皮增生病毒癌基因同源物A（RELA）、蛋白激酶B1（Akt1）水平。结果:半枝莲-党参药对的45个药物成分通过多条通路直接作用于187个疾病靶点治疗膀胱癌，主要核心成分为槲皮素、木犀草素、汉黄芩素、7-甲氧基-2-甲基异黄酮、黄芩素、β-谷甾醇和豆甾醇等，关键靶点为PTGS2、PTGS1、NCOA2、RXRA、PGR、MAPK1、RELA和Akt1等。GO富集分析显示，生物过程主要涉及对激素的反应、细胞对脂质的反应、对外来刺激的反应、对细菌分子的反应等，细胞组分主要涉及转录调控复合体、膜筏、膜微区、RNA聚合酶Ⅱ转录调控复合物等，分子功能主要涉及转录因子结合、DNA结合转录因子结合、RNA聚合酶Ⅱ特异性DNA结合转录因子结合、核受体活性、配体激活的转录因子活性等。KEGG通路富集分析显示半枝莲-党参药对治疗膀胱癌的主要信号通路为晚期糖基化终产物及其受体（AGE-RAGE）、白细胞介素-17（IL-17）、磷脂酰肌醇-3-激酶-蛋白激酶B（PI3K-Akt）、肿瘤坏死因子（TNF）、MAPK、缺氧诱导因子-1（HIF-1）、细胞凋亡、p53、Toll样受体等。动物实验验证显示，半枝莲-党参药对能够明显改善裸鼠的瘤体大小，同时也能改善PTGS2、PTGS1、NCOA2、RXRA、PGR、MAPK1、RELA、Akt1表达水平。结论:半枝莲-党参药对主要通过调节AGE-RAGE、IL-17、PI3K-Akt、TNF、MAPK、HIF-1、细胞凋亡、p53、Toll样受体等信号通路的PTGS2、PTGS1、NCOA2、RXRA、PGR、MAPK1、RELA、Akt1等靶点治疗膀胱癌。

目的:利用癌症基因组图谱(TCGA)分析丙酮酸脱氢酶激酶1(PDK1)在脑胶质瘤中的表达和临床意义。方法:回顾性分析TCGA数据库中641例脑胶质瘤患者的临床资料。采用GEPIA(http：//gepia.cancer-pku.cn/)在线分析网站分析PDK1在脑胶质瘤患者中的表达情况。之后采用Pearson相关分析法创建与 PDK1相关的基因列表，再利用STRING在线分析工具对差异基因进行互作网络分析，根据可信度大小筛选出关键蛋白。进一步通过基因本体分析(GO)获得PDK1相关差异基因的功能及与京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路的关系。根据PDK1蛋白表达量将所有患者分为PDK1蛋白低表达组(380例)和PDK1蛋白高表达组(261例)，采用Kaplan-Meier生存曲线比较两组患者的生存期差异。进一步采用单因素和多因素Cox回归分析法判断PDK1蛋白表达对脑胶质瘤患者预后的作用。 结果:PDK1蛋白在世界卫生组织(WHO)Ⅳ级胶质瘤中的表达明显高于Ⅱ、Ⅲ级(均 P<0.05)，且Ⅱ、Ⅲ级间的差异无统计学意义(Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ级的蛋白相对表达量分别为7.24±0.60、7.34±0.80、8.86±0.90， P>0.05)。PDK1蛋白高表达组的脑胶质瘤患者累积生存率明显低于低表达组( P<0.05)。Pearson相关分析结果发现，96个基因与 PDK1表达密切相关，其中69个为正相关，27个为负相关。GO分析和KEGG通路分析结果显示，PDK1与缺氧微环境、有机环状化合物的反应、有机氮化合物的反应、cAMP反应及HIF-1信号通路密切相关。多因素Cox回归分析结果显示，年龄( HR＝1.579，95% CI：1.085～2.299， P＝0.017)、WHO分级( HR＝12.106，95% CI：6.521～22.474， P<0.001)及放疗( HR＝0.502，95% CI：0.325～0.775， P＝0.002)为胶质瘤患者生存期的独立影响因素(均 P<0.05)，可独立用于患者的预后判断。然而，PDK1蛋白表达对并不影响脑胶质瘤患者预后。 结论:不同WHO分级的脑胶质瘤患者PDK1的表达不同，且主要与缺氧和HIF-1信号通路密切相关。