人类细胞基因组学国际命名体系(An International System for Human Cytogenomic Nomenclature，ISCN)是用于描述通过染色体核型分析、荧光原位杂交、微阵列、多种特定区域的检测技术以及高通量测序等技术所检测到的基因组重排结果的国际通用准则。2019年，人类细胞基因组学国际命名委员会对ISCN进行了修订，并于2020年10月正式颁布。本文对《人类细胞基因组学国际命名体系(ISCN2020)》的更新内容进行了介绍和总结。

目的:探讨NTRK3重排甲状腺乳头状癌（PTC）的临床病理学特征、诊断和鉴别诊断。方法:收集2015年1月至2020年1月福建省立医院南院诊断的BRAF V600E阴性的PTC病例174例。对这些病例行免疫组织化学染色和荧光原位杂交（FISH）检测，筛选出NTRK3重排PTC的病例。总结确诊病例的临床资料、病理学特征、免疫组织化学特点及分子病理学改变。同时复习相关文献，并对癌症基因组图谱（TCGA）相关PTC病例进行分析和总结。结果:共确诊3例NTRK3重排PTC，患者均为女性（年龄26、49和34岁）。镜下观察：2例呈多结节状浸润性生长，除1例主要为滤泡结构，其余2例均具有滤泡、乳头及实性混合结构。3例可见典型的PTC细胞核特征，并具有一定的核异质性，胞质透亮或嗜酸性，其中2例可见肾小球样小体形成。肿瘤背景均呈淋巴细胞性甲状腺炎改变，间质见沙砾体形成。并见淋巴结转移、脉管癌栓和被膜外侵犯等侵袭性特征，但均未见明确凝固性肿瘤坏死和核分裂象。免疫组织化学表达甲状腺转录因子1（TTF1）和pan-TRK，不表达S-100蛋白和Mammaglobin，FISH均检测到NTRK3重排。复习并分析相关文献及TCGA数据集病例显示了相似的结果。结论:NTRK3重排PTC是一种罕见的PTC类型，因临床病理学特征不明显很容易漏诊、误诊，需要借助免疫组织化学染色pan-TRK，FISH甚至二代测序等技术明确诊断。对BRAF V600E阴性病例进行pan-TRK免疫组织化学染色具有很好地快速筛查作用。随着pan-TRK抑制剂出现，他们的识别可以帮助改善诊断和预后，并确定适当的治疗方法。

探讨光学基因组图谱技术（OGM）在检测染色体结构变异方面的效能和应用价值。在复杂性遗传性疾病的高精度染色体结构变异分析的临床研究中，回顾性分析2021年1至12月于北京协和医院妇产科及内分泌科就诊进行染色体核型分析检测的病例。对10例染色体核型技术检出异常的样本，进行OGM技术检测，部分样本行FISH、SNP array芯片或CNV-seq验证。结果显示，利用OGM技术，在9例样本中检出结构变异，其中3例为非平衡性结构变异，6例为平衡性结构变异，包括5例易位和1例臂内倒位，检测结果与核型、芯片等技术一致，并能精细化断裂点位置、确定重复或插入的片段方向。另有1例断裂和重接位点位于着丝粒的易位样本未被检出。综上所述，光学基因组图谱技术作为一种新型分子检测技术，不仅能够发现拷贝数变异等非平衡性结构变异以及易位、倒位等平衡性结构变异，更重要的是能够精细化断裂点位置以及确定重复或插入片段的方向，有助于遗传病的诊断，预防出生缺陷的发生。但目前该技术还无法检测断裂点位于着丝粒等空白区域的平衡性结构变异。

　孕妇1　25岁，G1P0，表型及智力均正常。因继发不孕来我院就诊。患者既往孕早期自然流产1次，未进行流产物检查。外周血染色体核型分析女方未见异常，男方为46，XY，t(8；13；10)(q21；q31；p15)(图1A)，在遗传咨询后患者要求借助植入前遗传学检测技术进行辅助生殖。成功妊娠后，于孕19周接受羊膜腔穿刺术，胎儿羊水荧光定量PCR(quantitative fluorescence PCR，QF-PCR)、低深度全基因组拷贝数变异测序(copy number variation sequencing，CNV-seq)结果均未见异常，染色体核型分析结果为46，X，t(8；13；10)(q21；q31；p15)(图1B)。

目的:探讨1例罕见的Y染色体重排致性发育异常(DSD)患者的遗传学病因。方法:选取2018年5月2日因"身材矮小，第二性征发育不良"就诊于郑州大学第一附属医院的1例性发育异常女性患儿作为研究对象，收集患儿的临床资料。联合应用染色体G显带核型分析、SRY基因检测、全外显子测序(WES)、低深度全基因组测序拷贝数变异分析技术(CNV-seq)、荧光原位杂交技术(FISH)、全基因组测序(WGS)对患者进行遗传学检测。患儿遗传学特征明确后，给予相应治疗。结果:患儿年龄为14岁，社会性别为女性，身材矮小，毛发旺盛，皮肤粗糙。外周血染色体核型为46，XY，且携带 SRY基因。WES未检测到相关基因的致病性变异，但发现Yp11.32q12处存在59.37Mb重复。CNV-seq结果为47，XYY，外周血FISH结果提示患者为双着丝粒Y染色体嵌合体携带者，WGS发现Yp11.32q11.223存在大小为23.66 Mb的重复，同时Yq11.223q11.23存在约5.16 Mb的缺失，断裂点位于chrY：23656267。综合分析，患者的染色体核型应为46，X，psu idic(Y)(q11.223)[87]/46，X，del(Y)(q11.223)[13]。手术探查结果示性腺器官为卵巢组织，激素替代治疗后患儿有月经来潮，第二性征发育良好。 结论:联合多种遗传学检测明确了患儿的遗传学病因，为患儿的诊断及治疗提供了帮助。

目的:探讨3例罕见Y染色体重排导致的性发育异常患儿的临床和遗传学致病机制，为临床诊疗和遗传咨询提供依据。方法:对3例身材矮小、性发育异常患儿联合应用外周血G显带核型分析、多重PCR检测Y染色体 SRY基因及无精症因子(azoospermia factor，AZF)a、b、c区域缺失情况、 SRY基因全基因测序、全基因组染色体微阵列分析(chromosomal mlcroarray analysis，CMA)、荧光原位杂交(fluorescence in situ hybridization，FISH)等遗传学技术进行检测分析。 结果:综合分析发现3例患儿的染色体异常，其核型分别为：46，X，t(X；Y)(p22.3；q11.2)、mos 45，X，der(7)pus dic(Y；7)(p11.3p22)del(7)(p21.2p21.3)del(7)(p12.3p14.3)[56]/45，X[44]和mos45，X[50]/46，X，idic(Y)(q11.22)[42]/47，X，idem×2[4] /47，XYY[2]。结论:联合运用多种分子遗传学检测技术明确了3例DSD患者的遗传学病因，我们的研究结果为临床诊断和遗传咨询提供了重要依据。

目的:探讨1 例特殊染色体复杂重排(CCR)男性携带者的临床特征、遗传学特征与胚胎植入前染色体结构重排筛查(PGT-SR)的助孕结局.方法:通过改良高分辨G显带技术和低深度高通量全基因组测序技术(WGLCS)分别对该男性患者的细胞染色体核型和分子核型进行分析.此外,利用二代测序技术(NGS)对该男性患者进行单精子染色体拷贝数(CNV)分析和 PGT-SR 助孕.结果:该男性患者核型为:46,XY,der(5)inv(5)(q14.3q23.2)t(5;14;11)(q23.2;q31.1;q21),der(11)t(5;14;11);der(14)t(5;14;11),其易位断点位于基因间区.单精子测序结果显示该男性精子中20.0%(7/35)为正常单倍体.PGT-SR结果显示正常/平衡的胚胎比率为25.0%(4/16),经过2 次冷冻的单囊胚移植后,夫妇成功活产一健康男婴.此外,对已报道的男性CCRs携带者进行了文献回顾,总结了其正常/平衡精子比率和PGT-SR结局.结论:本研究提示男性CCRs携带者的正常单倍体精子比率可能高于理论预测,通过PGT-SR可有效改善其妊娠结局,在遗传咨询方面为他们提供了有价值的数据.

目的 选育他克莫司高产菌株,优化培养基配方,提高发酵产量.方法 采用原生质体融合技术对2株筑波链霉菌进行基因组重排,并经响应面设计对发酵培养基配方进行优化.结果 以紫外灭活作为遗传标记经过4轮基因组重排育种后,摇瓶筛选获得3株高产菌株,其中菌株FK22-71菌丝球松散、椭圆状,发酵浸泡液颗粒状.该菌株稳定高产,采用响应面设计优化后的配方在50 L罐发酵产量平均达1684 mg/L.结论 基因组重排技术应用于他克莫司高产菌株选育,可大幅提高发酵产量,为其工业化发酵生产奠定了基础.

近年来,由弯孢属真菌侵染引发的病害在烟草上有上升的趋势,严重影响烟叶的产量和质量.为了更好地防治由弯孢属真菌引起的烟草叶斑病,本研究利用高通量测序技术对一株分离自烟草叶片的棒状弯孢菌 Curvularia clavata 线粒体基因组进行测序,组装得到一个环状的线粒体基因组,并对其组成特征、与典型叶斑病真菌的系统发育关系进行分析.结果表明,烟草棒状弯孢菌线粒体基因组长度为 41 763 bp,共编码 38个基因(13个蛋白编码基因、2 个rRNA基因和 23个tRNA基因),其碱基组成有显著的A-T偏好性,占比高达 70.35%.线粒体基因组中只有 3 个内含子和少量重复序列,这是造成其基因组大小收缩的主要原因.通过 6 个近缘病原真菌线粒体全基因的共线性分析,发现其线粒体基因组发生了基因重排事件.同时,物种同源区长度与对应物种的线粒体基因组大小呈正相关关系,同源区长度可能会影响物种的线粒体基因组大小.在选择压力分析中,发现烟草棒状弯孢菌线粒体为确保优势基因稳定遗传,自然选择和纯化选择起到了主导作用.系统发育分析表明烟草棒状弯孢菌与麦根腐平脐蠕孢 Bipolaris sorokiniana 和稻平脐蠕孢 Bipolaris oryzae亲缘关系最为密切,与前人基于ITS序列的进化分析结果一致.本研究首次从线粒体基因组方面对弯孢属真菌进行研究,丰富了弯孢属真菌线粒体基因组序列信息,为该属真菌的系统发育、资源保护及遗传多样性研究提供基础数据.

目的 探讨基因组光学图谱技术(optical genome mapping,OGM)应用于产前诊断的可行性及临床应用价值.方法 收集2022 年 6 月至 8 月因超声软指标异常或结构畸形于南京市妇幼保健院行羊膜腔穿刺的病例 60 例,常规进行染色体微阵列分析(chromosomal microarray analysis,CMA)联合核型分析,平行进行OGM检测.以CMA联合核型分析的结果为对比,分析OGM在各类染色体变异中的检测效能.对于OGM额外检出的隐匿性重排使用荧光原位杂交验证.结果 OGM与CMA联合核型分析在非整倍体、拷贝数变异、三倍体检测中的检出率差异无统计学意义(P＜0.05).OGM检测证实了6 例存在染色体微重复的病例,确定了重复插入的位置及方向;额外检出了 2 例(3.3%)隐匿性易位,并确定了断裂点所处区间.结论 OGM能以高分辨率一站式检测各种主要类型的结构变异并可明确重排模式及精细化断点,有望在产前诊断中成为CMA联合核型分析的可靠替代方案.