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基于放化疗敏感性相关基因的原发胶质母细胞瘤预后预测模型的构建和验证
编辑人员丨1周前
目的:筛选原发胶质母细胞瘤放化疗敏感性相关基因,基于相关基因构建原发胶质母细胞瘤患者的预后预测模型并验证。方法:回顾性分析中国脑胶质瘤基因组图谱计划(CGGA)2019数据库(102例,试验组)和CGGA数据库(54例,验证组)中术后接受规范放化疗的原发胶质母细胞瘤患者的临床资料及转录组测序数据。在试验组中筛选长生存期亚组(≥18个月,49例)与短生存期亚组(≤9个月,22例)患者的差异基因,进一步将患者的年龄、肿瘤异柠檬酸脱氢酶( IDH)突变状态、染色体1p/19q共缺失状态、O 6-甲基鸟嘌呤DNA甲基转移酶( MGMT)启动子区甲基化状态以及差异基因均纳入多因素Cox回归分析,筛选其中为独立预后因素的目标差异基因,取其风险比的自然对数作为各基因相应的系数,计算预后风险评分。采用单因素和多因素Cox回归分析法评估预后风险评分是否为独立预后因素;采用Kaplan-Meier法绘制生存曲线,log-rank检验比较高风险组(预后风险评分>0分)与低风险组(预后风险评分≤0分)患者生存期的差异。通过Pearson相关性分析筛选与风险评分呈正相关的基因,并对其进行功能富集分析。 结果:试验组中,长生存期亚组与短生存期亚组患者的性别、年龄、肿瘤切除程度、 IDH突变状态、染色体1p/19q缺失状态以及 MGMT启动子甲基化状态的差异均无统计学意义(均 P>0.05)。长生存期亚组与短生存期亚组比较,9个基因表达量显著升高(均 P<0.05),28个基因表达量显著降低(均 P<0.05)。采用多因素Cox回归分析法筛选出4个目标差异基因,分别为 AKR1 C1( HR=0.910,95% CI:0.850~0.974, P=0.006)、 CPZ( HR=0.947,95% CI:0.898~0.999, P=0.044)、 HIST1 H3 H( HR=1.299,95% CI:1.025~1.647, P=0.031)以及 TBX5( HR=1.104,95% CI:1.034~1.179, P=0.003),其对应的预测模型中的系数分别为-0.0947、-0.0547、0.2624、0.0994。试验组和验证组中,预后风险评分(高风险)均为预后的独立危险因素(试验组中, HR=2.407,95% CI:1.470~3.939, P<0.001;验证组中, HR=2.054,95% CI:1.101~3.830, P=0.024)。试验组和验证组中,高风险亚组(分别为51、22例)患者的总生存期均比低风险亚组(分别为51例、32例)短,差异均有统计学意义(均 P<0.05)。功能富集分析结果显示,在试验组与验证组中,与预后风险评分正相关的基因更多地富集在细胞增殖、基因表观遗传学调控、DNA修复及核因子κB信号通路的激活等生物学功能上。 结论:基于放化疗敏感性相关基因 AKR1 C1、 CPZ、 HIST1 H3 H以及 TBX5构建的预后预测模型或可用于预测原发胶质母细胞瘤患者的预后。
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编辑人员丨1周前
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生物钟调控呼吸道过敏性疾病的研究新进展
编辑人员丨1周前
变应性鼻炎、支气管哮喘等呼吸道过敏性疾病呈现24 h波动特点,与生物钟的调控密切相关。经典免疫细胞如树突状细胞、T细胞、肥大细胞(MC)、嗜酸性粒细胞等,可周期性表达多种时钟基因Clock、Bmal1、Per、Rev-erbα,参与IgE介导的呼吸道过敏性疾病的昼夜节律性发作。在现代社会中,机体内在生物钟与外界生物钟“失同步”产生的生物节律紊乱,有可能加重呼吸道过敏性疾病的发展进程。药理性上调MC中Per2基因或重设内外时钟节律活动,可以“迟滞”呼吸道过敏性疾病的时相反应,从而抑制其症状发作。本文重点介绍生物钟调控呼吸道过敏性疾病的作用机制和临床新进展,以期为呼吸道过敏性疾病的“时间生物学疗法”提供科学依据和理论参考。
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编辑人员丨1周前
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基于组学数据挖掘及共表达网络模型的小儿肝母细胞瘤核心基因筛选研究
编辑人员丨1周前
目的:基于基因芯片数据挖掘的方法,对小儿肝母细胞瘤预后差异基因进行筛选后,对差异基因的功能及通路进行分析,同时利用共表达网络筛选出决定小儿肝母细胞瘤预后的核心基因并对其预测能力进行评估。方法:本研究中所使用的小儿肝母细胞瘤基因芯片表达谱来自欧洲生物信息学研究所(http://www.ebi.ac.uk/embl/);数据收集的截止日期为2018年12月31日。先通过SAM法筛选得到差异表达基因(基因表达水平上升至原来的2倍或下降至原来的1/2),再基于降维原理通过共表达网络模型筛选得到核心基因,运用MCODE算法计算基因的调控评估能力评分,以评价其在整个网络模型中的调控能力。结果:针对213个差异表达基因的细胞信号通路富集结果显示,富集度最高的信号通路为代谢途径通路,富集度为2 122.529,信号通路富集结果误判率均<0.001,经SAM算法检验均具有统计学意义( P<0.001)。以213个在不同预后组发生差异表达的基因作为共表达网络的构建基础,本次构建得到的共表达网络共纳入12个发生差异表达的基因。以预后不良组为实验组,以预后较好组为对照组,采用MCODE算法计算基因调控能力评分的结果显示,决定小儿肝母细胞瘤预后调控能力评分最高基因为ADH1A基因,得分为19分。此外,HAO1、ADH1B、ALDOB以及DPYS基因的调控能力评分均高于或接近于5分,因此可认为它们是本次构建得到的共表达网络模块中的核心基因。 结论:从共表达网络模型结果来看,ADH1A基因与小儿肝母细胞瘤的发生发展存在较为密切的关联,其分子生物学证据对临床开展肿瘤靶向干预疗法的指导意义有待进一步挖掘。
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编辑人员丨1周前
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生酮饮食治疗结节性硬化症相关癫痫的研究进展
编辑人员丨1周前
结节性硬化症(TSC)是一种遗传性多系统疾病,由 TSC1或 TSC2基因突变引起,发病率为1/14 000~1/6 000。TSC的神经系统表现包括癫痫、发育迟滞、精神异常和神经功能缺损等,其中癫痫最为常见,占80%~90%,其中55%~62%为药物难治性癫痫。TSC相关癫痫严重影响TSC患者的临床预后及生活质量。目前,TSC相关癫痫的治疗可采用哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(mTOR)抑制剂、抗癫痫药物、生酮饮食(KD)、神经调控、姑息性或切除手术治疗等。虽然KD治疗TSC相关癫痫的确切机制尚不清楚,但已有研究证实其与作用于过度活化的mTOR信号通路和其他多靶点作用机制有关,且该疗法的安全性和有效性已在大量临床研究中得到证实。对于TSC相关癫痫,抗癫痫药物无效或疗效欠佳、无法手术或手术无效时,均推荐使用KD。现就KD治疗TSC相关癫痫的机制及临床疗效方面的研究进展进行综述。
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编辑人员丨1周前
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低密度脂蛋白受体相关蛋白1B基因在消化系统肿瘤中的研究进展
编辑人员丨1周前
低密度脂蛋白受体相关蛋白1B(LRP1B)自被发现以来便被定义为潜在抑癌因子。肿瘤中LRP1B基因多处于表达沉默状态,其主要致病机制包括基因突变、启动子表观遗传修饰和微RNA(miRNA)调控。最近研究表明,LRP1B与消化系统肿瘤发生、发展存在重要联系。现结合国内外研究进展,总结LRP1B结构、功能及在消化系统肿瘤中的作用,揭示LRP1B作为消化道恶性肿瘤免疫治疗标志物的潜在价值,并探讨其在不同肿瘤中从抑癌到促癌的角色转换,旨在为后续机制研究提供帮助。
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编辑人员丨1周前
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RNA的m 6A修饰在恶性肿瘤及其放疗中作用机制的研究进展
编辑人员丨1周前
N 6-甲基腺苷(N 6-methyladenosine,m 6A)是哺乳动物中最丰富的RNA碱基修饰,尤其是在真核信使RNA(mRNA)中。m 6A修饰可调节RNA的剪接,易位和稳定性,进而影响蛋白质的合成。m 6A修饰被RNA甲基转移酶(writers)催化;通过去甲基酶(erasers)还原;还可以被甲基化识别酶(readers)识别。基因的m 6A水平异常变化与肿瘤的发生和发展密切相关,即包括增殖、生长、侵袭和转移等。在肿瘤的放射治疗过程中,m 6A修饰通过影响DNA损伤、肿瘤干细胞生成、以及肿瘤细胞辐射敏感性等,进而影响放疗疗效。本文就RNA的m 6A修饰的表观遗传调控在恶性肿瘤中的作用以及在肿瘤放疗中作用机制的研究进展进行了综述,旨在为临床肿瘤分子靶向疗法和放射增敏剂的研发提供新的思路。
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编辑人员丨1周前
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组蛋白去乙酰化酶抑制剂治疗多发性骨髓瘤的研究现状
编辑人员丨1周前
组蛋白乙酰化修饰为表观遗传学转录调控的重要环节,目前已成为肿瘤治疗研究领域的新热点。组蛋白乙酰化水平由组蛋白乙酰化酶(HAT)与组蛋白去乙酰化酶(HDAC)共同调控。多发性骨髓瘤(MM)为一种恶性浆细胞肿瘤。近年,研究发现HDAC在MM中过表达,并且伴HDAC过表达的MM患者预后较差。HDAC抑制剂(HDACi)治疗MM的疗效已在多个临床试验中得到证实,为颇具潜力的MM治疗药物。笔者拟就HDACi在治疗MM中的研究现状进行介绍。
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编辑人员丨1周前
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微RNA与非小细胞肺癌放疗敏感性的研究进展
编辑人员丨1周前
微RNA是一种单链非编码RNA,可调控基因表达,在肿瘤的发生发展中起到十分重要的作用。非小细胞肺癌(NSCLC)是肺癌最常见的病理类型,放疗是其最主要的治疗方式。然而临床中大量存在放疗抵抗现象,一定程度上限制了放疗的效果和发展。大量研究表明,微RNA可通过多种途径调控肿瘤放疗敏感性。本综述旨在探究微RNA与NSCLC放疗敏感性的关系,为临床NSCLC个性化放疗方案的制定提供理论依据和新的靶点。
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编辑人员丨1周前
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外泌体携带的非编码RNA作为竞争性内源性RNA参与创面修复的研究进展
编辑人员丨1周前
近年来,外泌体携带的非编码RNA(ncRNA)已被证明在创面修复的多个阶段中起重要的调控作用。外泌体可以将ncRNA运输到不同的靶细胞或组织中,并调节靶基因以及下游分子的表达。而竞争性内源性RNA(ceRNA)假说的提出则提示RNA可通过竞争共同的应答元件搭建更为精细和复杂的基因调控网。因此,该综述聚焦外泌体携带的长链ncRNA和环状RNA,并讨论它们分别作为ceRNA在创面修复的炎症、细胞增殖与组织重塑等阶段中所起的调控作用,同时归纳了外泌体携带的ncRNA作为无细胞疗法的可行性,以期为创面的临床治疗提供理论基础。
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编辑人员丨1周前
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限食通过调控表观遗传修饰改善代谢综合征的研究进展
编辑人员丨1周前
代谢综合征患病率逐年增高,已成为危害人类健康的重要疾病。基因与环境的相互作用是造成本病发生发展的重要原因。饮食限制作为一种有效的治疗手段可显著改善代谢综合征。现有证据表明,表观遗传修饰在限食疗法改善代谢综合征的过程中发挥重要的作用。本文通过分析代谢综合征与表观遗传修饰之间的关系,以及饮食限制改善代谢综合征的表观遗传调控方式,阐明表观遗传机制在代谢综合征的诊断与预后中的潜在用途。
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编辑人员丨1周前
