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甲基化检测用于卵巢癌筛查和诊断的研究进展
编辑人员丨2天前
卵巢癌是妇科恶性肿瘤中死亡率最高、预后最差的癌症,目前缺少有效的早诊早筛工具.甲基化在卵巢癌发生发展中有关键作用,目前已经开展了多项研究,分析基于液体活检方案的细胞游离DNA甲基化检测诊断卵巢癌的效能,总体准确度达到85%的中位水平,优于糖类抗原125(CA125)等传统蛋白分子标志物.卵巢癌组织甲基化检测结果与患者生存结局及药物敏感性也密切相关.卵巢癌甲基化检测方式方法的改进发展有望为卵巢癌诊疗分子方案研究提供新的路径和机遇.
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编辑人员丨2天前
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氟中毒表观遗传学发病机制研究进展
编辑人员丨2天前
氟中毒发病机制复杂,具体机制尚无定论。环境中的有毒物质诱导表观遗传修饰改变对人类健康的影响是一个备受关注的新兴领域。近年来,研究者们发现,氟化物能诱导多种表观遗传调控的改变,并参与地方性氟中毒的发生发展。本文对目前在细胞培养、动物模型和人群研究中氟化物暴露与表现遗传修饰机制相关重要发现进行综述,重点从DNA甲基化、组蛋白翻译后修饰、非编码RNAs以及基因组印记等表观遗传调控模式探讨氟中毒发病机制,以期为地方性氟中毒的分子遗传学机制研究提供新的思考方向。
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编辑人员丨2天前
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137Cs γ射线全身照射对小鼠骨髓细胞中circRNA m 6A修饰谱的影响
编辑人员丨2天前
目的:研究电离辐射对小鼠骨髓细胞中环状RNA(circular RNA,circRNA)的N 6-甲基腺嘌呤(N 6-methyladenine,m 6A)修饰谱的影响,为揭示RNA表观遗传修饰与放射性造血系统损伤之间的关系提供科学依据。 方法:将24只C57BL/6 J小鼠按随机数表法分为健康对照组和照射组,每组12只。照射组用4 Gy 137Cs γ射线对小鼠进行全身照射。照后将两组小鼠脱颈处死,收集股骨中的骨髓细胞。提取总RNA,通过m 6A RNA免疫沉淀-高通量测序(MeRIP-Seq)技术和生物信息学分析方法,探究小鼠受照后骨髓细胞中circRNA m 6A修饰谱的变化。运用MeRIP-qPCR实验对变化显著的m 6A修饰位点进行验证。 结果:健康对照组和照射组中各鉴定出325和455个(其中两组共有178个,健康对照组特有147个,照射组特有277个)circRNA的m 6A修饰位点。健康对照组和照射组中各鉴定出1 275和1 017个(其中两组共有767个,健康对照组特有508个,照射组特有250个)发生m 6A修饰circRNA的来源基因。与健康对照组相比,照射组中有414个m 6A位点的富集倍数显著上调,178个m 6A位点的富集倍数显著下调,差异具有统计学意义( P < 10 -10;倍数筛选阈值> 5)。基因本体论(GO)分析显示,电离辐射后小鼠骨髓细胞中m 6A修饰水平显著改变的circRNA来源基因涉及染色质相关调控、纤毛转换纤维和多聚(A)特异性核糖核酸酶活性等多种功能。京都基因与基因组百科数据库(KEGG)分析显示,电离辐射后小鼠骨髓细胞中m 6A修饰水平显著改变的circRNA来源基因涉及血小板激活、Fc γ R-介导的吞噬作用和B细胞受体信号通路等多种通路。 结论:电离辐射可引起小鼠骨髓细胞中circRNA的m 6A修饰谱的迅速改变,差异甲基化的circRNA的来源基因涉及多种造血系统放射生物学相关的功能通路。该研究为从表观遗传水平揭示造血系统辐射损伤的分子机制奠定基础。
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编辑人员丨2天前
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TCGA数据库在消化系统和呼吸系统肿瘤中应用的研究进展
编辑人员丨2天前
肿瘤基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)涵盖了多种癌症组学数据,包括转录组数据、表观遗传组学数据、基因突变数据和疾病样本临床数据等,是肿瘤研究中不可或缺的工具。文章介绍近年来围绕TCGA数据库进行的消化系统、呼吸系统部分肿瘤学研究成果,期望利用数据库资源为相关科研人员提供肿瘤基因组学研究的新思路。
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编辑人员丨2天前
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基于上海市同卵双生子的胰岛素抵抗与全基因组DNA甲基化关联研究
编辑人员丨2天前
目的:基于上海市双生子人群,探讨胰岛素抵抗(IR)与全基因组DNA甲基化之间的关联。方法:于2012-2013、2017-2018和2022-2023年招募上海市成年同卵双生子(MZ)作为研究对象,通过问卷调查、体格测量和实验室检测收集相关信息,进行甲基化检测,采用广义线性混合效应模型分析单个位点DNA甲基化水平与稳态模型2胰岛素抵抗指数(HOMA2-IR)之间的关联,并采用非配对和配对设计分析DNA甲基化水平与IR表型之间的关联,对筛选出的阳性位点进行聚类分析得到位点簇,通过广义线性回归评估甲基化模式。结果:本研究纳入100对MZ,发现cg10535199-2q23.1( β=0.74%, P=1.51×10 -7, OR=1.06,95% CI:1.03~1.09)和ch.17.49619327- SPOP( β=0.23%, P=7.54×10 -7, OR=1.17,95% CI:1.08~1.28)位点高甲基化超过有建议意义的关联水平,经多重比较校正后,未发现位点达到基因组显著性水平,配对分析结果无统计学意义。识别出2个HOMA2-IR位点簇,位点簇1甲基化下调( β=-0.39%, P<0.001),位点簇2甲基化上调( β=0.47%, P<0.001)。 结论:IR与DNA甲基化之间存在关联,遗传因素可能在关联中发挥作用。
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编辑人员丨2天前
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泛素-蛋白酶体系统在肝细胞癌中的研究现状及展望
编辑人员丨2天前
肝细胞癌(HCC)作为肝癌最常见的病理类型,具有发病率高,预后差等特点。其进展涉及多种基因组学和表观遗传学改变。泛素-蛋白酶体系统(UPS)是一种选择性蛋白水解系统,参与肝癌的生理和病理过程。以蛋白酶体为靶点的抑制剂在肝癌治疗中显示出良好的治疗效果。因此,全面了解UPS在肝癌中的研究现状以及开发UPS特异性肝癌治疗药物至关重要。本文将结合近年来UPS在肝细胞癌中的研究进展和药物研发,为未来的机制和临床转化研究提供新思路。
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编辑人员丨2天前
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鳞状细胞癌发病机制研究进展
编辑人员丨2天前
鳞状细胞癌起源于鳞状上皮或发生鳞状上皮化生的组织,是人类实体癌最常见的病理类型之一。尽管鳞状细胞癌可发生于不同解剖位置,其发病机制具有共性且各有特点。基因突变及鳞状分化标志物表达异常,表观遗传修饰调节靶基因表达,肿瘤微环境诱导癌细胞免疫逃逸等机制均参与鳞状细胞癌的发生。目前,关于鳞状细胞癌发病机制的研究取得较大进展,现结合近年来相关研究,就基因组改变、表观遗传学改变、非编码RNA调节、肿瘤微环境变化及危险因素诱导等方面对鳞状细胞癌发病机制进行综述,为鳞状细胞癌的预防与治疗提供参考。
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编辑人员丨2天前
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转座子在泌尿系肿瘤诊疗中的研究进展
编辑人员丨2天前
转座子是人类基因组中占比最高的元素,在基因表达调控和物种进化等方面起到至关重要的作用,然而其跳跃、插入的属性也为基因组稳定性带来潜在的危害。转座子的这种双重影响在机体中保持着谨慎的平衡并受到表观遗传修饰调控,一旦平衡被打破,基因组不稳定性的形成将可能导致肿瘤的发生。目前的研究结果表明,转座子的转录激活、表达产物和甲基化等与泌尿系统肿瘤密切相关,同时作为生物标志物在泌尿系肿瘤的风险及疗效预测、无创诊断、靶向治疗等方面也展现着巨大的潜力。本文综述了转座子在泌尿系肿瘤发生、发展中的机制研究,以及在诊断、治疗方面的新进展。
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编辑人员丨2天前
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基于放化疗敏感性相关基因的原发胶质母细胞瘤预后预测模型的构建和验证
编辑人员丨2天前
目的:筛选原发胶质母细胞瘤放化疗敏感性相关基因,基于相关基因构建原发胶质母细胞瘤患者的预后预测模型并验证。方法:回顾性分析中国脑胶质瘤基因组图谱计划(CGGA)2019数据库(102例,试验组)和CGGA数据库(54例,验证组)中术后接受规范放化疗的原发胶质母细胞瘤患者的临床资料及转录组测序数据。在试验组中筛选长生存期亚组(≥18个月,49例)与短生存期亚组(≤9个月,22例)患者的差异基因,进一步将患者的年龄、肿瘤异柠檬酸脱氢酶( IDH)突变状态、染色体1p/19q共缺失状态、O 6-甲基鸟嘌呤DNA甲基转移酶( MGMT)启动子区甲基化状态以及差异基因均纳入多因素Cox回归分析,筛选其中为独立预后因素的目标差异基因,取其风险比的自然对数作为各基因相应的系数,计算预后风险评分。采用单因素和多因素Cox回归分析法评估预后风险评分是否为独立预后因素;采用Kaplan-Meier法绘制生存曲线,log-rank检验比较高风险组(预后风险评分>0分)与低风险组(预后风险评分≤0分)患者生存期的差异。通过Pearson相关性分析筛选与风险评分呈正相关的基因,并对其进行功能富集分析。 结果:试验组中,长生存期亚组与短生存期亚组患者的性别、年龄、肿瘤切除程度、 IDH突变状态、染色体1p/19q缺失状态以及 MGMT启动子甲基化状态的差异均无统计学意义(均 P>0.05)。长生存期亚组与短生存期亚组比较,9个基因表达量显著升高(均 P<0.05),28个基因表达量显著降低(均 P<0.05)。采用多因素Cox回归分析法筛选出4个目标差异基因,分别为 AKR1 C1( HR=0.910,95% CI:0.850~0.974, P=0.006)、 CPZ( HR=0.947,95% CI:0.898~0.999, P=0.044)、 HIST1 H3 H( HR=1.299,95% CI:1.025~1.647, P=0.031)以及 TBX5( HR=1.104,95% CI:1.034~1.179, P=0.003),其对应的预测模型中的系数分别为-0.0947、-0.0547、0.2624、0.0994。试验组和验证组中,预后风险评分(高风险)均为预后的独立危险因素(试验组中, HR=2.407,95% CI:1.470~3.939, P<0.001;验证组中, HR=2.054,95% CI:1.101~3.830, P=0.024)。试验组和验证组中,高风险亚组(分别为51、22例)患者的总生存期均比低风险亚组(分别为51例、32例)短,差异均有统计学意义(均 P<0.05)。功能富集分析结果显示,在试验组与验证组中,与预后风险评分正相关的基因更多地富集在细胞增殖、基因表观遗传学调控、DNA修复及核因子κB信号通路的激活等生物学功能上。 结论:基于放化疗敏感性相关基因 AKR1 C1、 CPZ、 HIST1 H3 H以及 TBX5构建的预后预测模型或可用于预测原发胶质母细胞瘤患者的预后。
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编辑人员丨2天前
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外周血细胞DNA甲基化作为冠心病危险因素的研究进展
编辑人员丨2天前
冠心病是一类以动脉粥样硬化为病理基础的心血管疾病,慢性炎症是动脉粥样硬化的特征之一。外周血白细胞特别是单个核细胞,在这一过程中发挥了重要作用。最近,在一系列的全表观基因组关联研究(EWAS)中,发现了与冠心病相关的外周血白细胞多个DNA差异甲基化位点,进而提示DNA差异甲基化位点是冠心病新的危险因素。DNA甲基化作为一种常见的表观遗传核酸修饰在冠心病发生发展中的作用不断得到肯定,有成为冠心病预警标志物的潜力,也为冠心病的机制研究提供了新的思路和证据。
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编辑人员丨2天前
