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2024 CSCO非小细胞肺癌指南(晚期部分)解读
编辑人员丨6天前
过去一年,晚期非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)多个临床研究报道更新了研究结果,晚期NSCLC治疗迎来了更多治疗选择、更优疗效及安全性.基于2023年3月-2024年2月的证据,中国临床肿瘤学会(Chinese Society of Clinical Oncology,CSCO)更新指南为《中国临床肿瘤学会(CSCO)非小细胞肺癌诊疗指南2024》.该版针对晚期部分的更新包括:EGFR敏感突变、EGFR20号外显子插入、ALK融合、ROS1融合、BRAF V600突变、MET 14外显子跳跃突变、RET融合、HER2突变的治疗部分,以及无驱动基因晚期NSCLC免疫单药治疗及抗体偶联药物(antibody-drug conjugate,ADC)部分.本文将对2024年CSCO NSCLC诊疗指南中有关晚期治疗的这些更新进行详细解读.
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编辑人员丨6天前
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糖原贮积症Ⅸ型患儿 PHKA2基因新变异导致的剪切异常
编辑人员丨6天前
目的:糖原贮积症Ⅸ型(GSD-Ⅸ)是一种罕见的磷酸肌酸化激酶缺乏导致的原发性糖代谢异常,由一系列基因致病性变异引起。现对1例肝大患儿进行临床特征总结、基因分析、变异功能验证,明确其致病原因。方法:收集1例GSD-Ⅸ患儿的临床资料,采集患儿及其父母外周血提取基因组DNA,应用二代测序对患者进行基因诊断,对疑似变异进行Sanger测序验证并行生物信息学分析,应用RT-PCR和一代测序对可疑剪接变异进行体内功能验证。结果:患儿表现为肝大、转氨酶和甘油三酯增高,肝穿刺病理检查结果提示糖原贮积症。基因测序发现患儿 PHKA2基因存在c.285 + 2_285 + 5delTAGG半合子变异。Sanger测序验证提示患儿母亲为该变异杂合型,患儿父亲为野生型。HSF3.1及ESEfinder等软件预测该基因变异会影响剪接。患儿及其母亲外周血RT-PCR证实该变异会引起 PHKA2基因组成型剪接时外显子3的跳跃。 结论:PHKA2基因半合子变异(c.285 + 2_285 + 5delTAGG)为患者的致病原因,新变异位点的检出丰富了 PHKA2基因的变异谱,为该家系的遗传咨询提供了依据。
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编辑人员丨6天前
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ATP7B基因同义变异通过影响外显子剪接增强子导致mRNA剪接异常
编辑人员丨6天前
目的:探讨 ATP7B基因罕见同义变异对其前体mRNA剪接的影响。 方法:从ExAc数据库中筛选出人群等位基因频率<0.005的248种罕见同义变异,用Human Splicing Finder(HSF)软件分析其对于前体mRNA剪接的影响,进一步用ESE Finder 3.0软件预测其对于反式作用因子SR蛋白家族结合能力的影响。筛选出同时影响两种或以上SR蛋白结合的罕见同义变异,用体外迷你基因剪接报告系统进行验证。结果:HSF分析提示有136种罕见同义变异可能破坏外显子剪接增强子(exonic splicing enhancer,ESE)的基序;ESE Finder 3.0分析提示其中19种会同时影响两种或以上SR蛋白的结合。体外迷你基因实验证实其中c.1620C>T(p.L540L)和c.3888C>T(p.A1296A)变异可导致相应外显子的剪接异常,分别造成第4外显子的完全跳跃以及使第18外显子的跳跃增加25%。结论:同义变异可能通过各种途径影响前体mRNA的剪接,其中以破坏ESEs基序最为常见。本研究结果证实c.1620C>T(p.L540L)和c.3888C>T(p.A1296A)变异会对 ATP7B基因的mRNA剪接产生影响,使相应的外显子发生跳跃,从而为携带者的基因诊断和遗传咨询提供了依据。
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编辑人员丨6天前
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可变剪接事件结合剪接因子预测乳头状肾细胞癌生存模型的建立
编辑人员丨6天前
目的:探讨可变剪接事件结合剪接因子对乳头状肾细胞癌患者预后的预测作用。方法:从TCGA数据库下载乳头状肾细胞癌患者的临床相关资料(性别、年龄、分期等)及转录组数据,并从TCGASpliceSeq数据库获得可变剪接事件信息。通过R语言软件及程序包,使用LASSO、Cox回归模型筛选相关可变剪接事件及相关特异剪接因子,建立乳头状肾细胞癌预后模型,进行独立预后分析,并绘制剪接事件相关的调控网络。结果:通过单因素Cox比例风险回归模型确定1 405个可变剪接事件与乳头状肾细胞癌相关,包括可变受体位点(AA)事件98个、可变供体位点(AD)事件101个、可变启动子(AP)事件333个、可变终止子(AT)事件346个、外显子跳跃(ES)事件448个、外显子互斥(ME)事件3个和内含子保留(RI)事件76个。经过LASSO、多因素Cox比例风险回归分析,并结合临床数据,显示可变剪接事件(C16orf13|32924|ES、TSFM|22759|ES、MACF1|1881|ES、ATP5C1|10726|ES、UNG|24277|AP、UNKL|33077|AP)可能是乳头状肾细胞癌的独立预后风险因素( HR=1.028,95% CI:1.018~1.039, P<0.01)。通过相关性分析寻找乳头状肾细胞癌中可变剪接事件与剪接因子之间的潜在调控关系,构建调控网络,共116个剪接因子及1 059个可变剪接事件纳入分析,其中正、负相关调控事件分别为553、506个。 结论:可变剪接事件结合相关临床数据对预测乳头状肾细胞癌患者预后具有一定意义,对探索乳头状肾细胞癌的研究具有重要作用。
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编辑人员丨6天前
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驱动基因阳性晚期非小细胞肺癌免疫治疗专家共识(2023版)
编辑人员丨6天前
驱动基因阳性晚期非小细胞肺癌既往被认为是免疫治疗"禁区",但随着对靶向药物免疫调节作用的深入认识及临床证据不断生成,免疫治疗有望为驱动基因阳性晚期非小细胞肺癌带来新希望。共识在《晚期驱动基因阳性非小细胞肺癌免疫治疗专家共识(2022版)》的基础上,由共识专家组结合最新循证医学证据和临床实践,通过共识更新研讨会共同制定。专家组经充分研讨在3个临床问题上形成新的共识,不推荐免疫检查点抑制剂(ICIs)用于治疗间变性淋巴瘤激酶酪氨酸激酶抑制剂(TKI)耐药后非小细胞肺癌患者,推荐人表皮生长因子受体2突变患者使用以ICIs为基础的治疗策略,推荐MET14外显子跳跃突变患者在靶向治疗耐药或不可及时使用以ICIs为基础的治疗策略。同时,随着临床证据的不断积累,专家组也调整了3条共识意见的推荐级别,对于表皮生长因子TKI耐药后发生广泛进展患者使用ICIs联合抗血管治疗调整为强推荐,对于晚期KRAS突变和BRAF突变非小细胞肺癌患者的ICIs治疗分别调整为一致推荐和强推荐。共识结合国内外驱动基因阳性晚期非小细胞肺癌免疫治疗的最新进展及专家组广泛认可的临床经验,旨在为中国临床医师的免疫治疗临床实践提供规范化引导。
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编辑人员丨6天前
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VPS13B基因复合杂合变异致Cohen综合征一个家系的遗传学分析
编辑人员丨6天前
目的:分析1个Cohen综合征家系的临床表型与遗传学特征,并为产前诊断提供实验依据。方法:选取2021年6月2日因"智力障碍及发育迟缓"就诊于郑州人民医院的Cohen综合征女性先证者、先证者妹妹及其家系成员(3代共11人)作为研究对象,收集先证者及先证者妹妹的临床资料。提取该家系成员外周血样品及胎儿胎盘绒毛样品基因组DNA,利用染色体微阵列技术(CMA)检测先证者染色体异常情况。利用全外显子组测序(WES)及Sanger测序,寻找先证者候选变异位点,并进行家系验证。提取家系成员外周血RNA,进行体内剪接变异体检测,应用RT-PCR分析 VPS13B基因的mRNA表达水平,并对胎龄12周的胎儿的进行产前诊断。 结果:先证者为10岁女性,临床表现为发育迟缓、躯体肥胖、高度近视、特殊面容。先证者妹妹为3岁女性,具有与先证者相同表型。CMA结果提示先证者染色体未见异常。WES结果发现先证者及其妹妹 VPS13B基因存在2个杂合变异,分别为c.10076_10077delCA(p.T3359fs *29)缺失移码变异及c.6940+1G>T剪接位点变异,均已有报道。母亲为c.10076_10077delCA(p.T3359fs *29)变异携带者,遗传自先证者外祖父。父亲为c.6940+1G>T变异携带者,遗传自先证者祖母。根据美国医学遗传学与基因组学学会遗传变异分类标准与指南,c.10076_10077delCA评级为致病性变异(PVS1+PS4+PM4+PP1),c.6940+1G>T评级为致病性变异(PVS1+PM2_Supporting+PM3+PP1)。c.6940+1G>T剪接位点变异导致 VPS13B基因第38外显子发生跳跃,产生1个缺失69个氨基酸的转录本。与对照组相比,先证者父母在外周血中mRNA表达水平降低至65%~70%( P<0.01)、先证者及其妹妹降低至40%( P<0.001)。对胎龄12周的胎儿的产前诊断发现胎儿存在c.10076_10077delCA杂合变异。 结论:VPS13B基因的c.10076_10077delCA(p.T3359fs *29)缺失移码变异及c.6940+1G>T剪接位点变异考虑为该家系先证者及其妹妹患Cohen综合征的致病原因。基因检测技术可以辅助临床医师诊断Cohen综合征。
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编辑人员丨6天前
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NIPBL基因剪接变异致德朗热综合征1型胎儿的产前诊断及遗传学分析
编辑人员丨6天前
目的:分析一例德朗热综合征1型胎儿的遗传学病因。方法:收集胎儿及其父母的临床资料,采集羊水及父母的外周血样,提取基因组DNA,通过全基因组低深度重测序、全外显子组测序(whole exome sequencing,WES)及Sanger测序筛查 NIPBL基因的变异位点,参考美国医学遗传学与基因组学学会指南判断变异的致病性,利用minigene技术分析变异对mRNA的影响。 结果:测序结果提示胎儿 NIPBL基因的内含子上存在c.5808+5G>A杂合变异,预测可能影响mRNA剪接,胎儿父母未检测到相同的变异。上述变异在ExAC、1000G、dbSNP等数据库中均未见收录,综合分析判断其为有害变异。minigene实验结果证实该变异会影响mRNA剪接,导致第31外显子的跳跃。 结论:确诊了一例德朗热综合征1型胎儿。minigene实验可以在体外验证WES检测所发现的剪接变异,可为判断这类变异的致病性提供更多的证据。
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编辑人员丨6天前
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新的 CDH23基因复合杂合模式导致的综合征型耳聋家系研究
编辑人员丨6天前
目的:采用高通量测序技术,对一个综合征型耳聋家系的致病基因及突变进行探究。方法:2018年6月至2020年7月,郑州大学第一附属医院耳科联合郑州大学相关机构对该家系进行了研究。该家系来自河南省濮阳市,2代4人,详细询问病史及家族史,绘制家系图。先证者及其妹患有先天性耳聋,其父母表型正常。对该家系进行临床表型分析,包括影像学、听力检查(包括纯音测听、声导抗、脑干诱发电位、耳声发射)、前庭功能检查及眼科检查(包括视力、视野、眼底检查、视觉诱发电位及视网膜电图)。靶向捕获129个耳聋相关基因的编码区域,采用高通量测序方法检测,并进行生物信息学分析,筛选疑似致病突变,使用Sanger测序和minigene试验进行验证。结果:该家系共2代4人,其中第二代2人(即2例患儿)均患有双耳重度感音神经性聋,伴有双眼视力下降、夜盲症、周边视野敏感度下降及部分视野缺损,前庭功能正常。2例患儿均携带 CDH23(NM_022124.5)、c.6049G>A (p.Gly2017Ser)、c.9856C>G(p.His3286Asp)及c.8699A>G (p.Asp2900Gly),其中c.6049G>A及c.9856C>G遗传自表型正常的父亲,c.8699A>G遗传自表型正常的母亲。错义突变c.9856C>G及c.8699A>G在gnomAD数据库中未收录。错义突变c.6049G>A位于第46号外显子的最后一个碱基位置,生物信息学软件预测其可能影响剪切,minigene试验表明,该突变位点会造成第46号外显子的跳跃,导致其所表达的蛋白功能异常。通过文献检索,并根据美国医学遗传学与基因组学学会遗传突变分类标准与指南,将c.6049G>A及c.8699A>G归类为致病/可能致病突变,c.9856C>G归类为临床意义未明突变。 结论:该病例是由 CDH23剪切变异与错义变异复合杂合导致的Usher综合征1D型(USH1D), CDH23的这种复合杂合形式会导致USH1D。
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编辑人员丨6天前
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非小细胞肺癌MET临床检测中国专家共识
编辑人员丨6天前
非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)中MET异常(MET alteration)包括MET基因第14号外显子跳跃突变(MET 14跳突)、MET基因扩增、MET基因点突变(主要是激酶区突变)、MET基因融合及MET蛋白过表达等。NSCLC患者中MET 14跳突的发生率为0.9%~4.0%,目前国内外已有针对MET 14跳突的靶向药物获批上市,晚期NSCLC患者应进行包含MET 14跳突的检测以筛选MET抑制剂靶向治疗获益人群;原发MET基因扩增在NSCLC患者中的发生率为1%~5%,继发MET基因扩增在表皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂(tyrosine kinase inhibitor,TKI)耐药患者中发生率为5%~50%,在间变性淋巴瘤激酶TKI耐药患者中发生率约为13%;MET蛋白过表达在NSCLC患者的发生率为13.7%~63.7%。关于MET基因扩增和MET蛋白过表达的多项临床试验正在进行中,显示出其在MET抑制剂临床治疗中作为生物标志物具有重要指导价值。准确检测MET异常是实施MET抑制剂治疗的前提,因MET异常形式和检测方法多,临床检测中面临的问题和挑战多,故需进一步梳理和规范。本编写组结合临床实践经验、文献阅读并组织专家讨论,针对MET异常的3种主要类型(MET 14跳突、MET基因扩增和MET蛋白过表达)制定了本共识,以期指导临床MET检测的实践。
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编辑人员丨6天前
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MET14外显子跳跃突变非小细胞肺癌的治疗现状
编辑人员丨6天前
MET14外显子(METex14)跳跃突变是非小细胞肺癌(NSCLC)的独立驱动基因。有3%~4%的NSCLC患者携带METex14跳跃突变,此类患者预后差,对于传统化疗、免疫治疗反应欠佳。高选择性MET抑制剂如卡马替尼、特泊替尼、赛沃替尼等在临床试验中显示出良好的有效性及安全性数据,为METex14跳跃突变患者带来新的治疗选择。
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编辑人员丨6天前
