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SR蛋白家族在细胞凋亡过程中的作用及机制
编辑人员丨5天前
细胞凋亡是多基因严格控制的程序性细胞死亡方式,与多种疾病的发生发展密切相关,目前,凋亡调控的确切机制尚不完全清楚。参与细胞凋亡外源性或内源性调控的相关基因在转录水平可被选择性剪接产生不同的亚型,从而增加了细胞凋亡调控的复杂性。丝氨酸/精氨酸(SR)蛋白是前体信使RNA(pre-mRNA)剪接所需的基本剪接因子,作为选择性剪接的关键调节器,在细胞凋亡调控过程中具有重要的作用。人类SR蛋白家族根据被发现的时间顺序分别命名为富丝氨酸/精氨酸剪接因子1-12(SRSF1-12),由于其自身的特殊结构域,它们在细胞凋亡中的调控作用及机制不尽相同。本文主要综述SR蛋白家族成员在细胞凋亡中的作用和调控机制。
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编辑人员丨5天前
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可变剪接事件结合剪接因子预测乳头状肾细胞癌生存模型的建立
编辑人员丨5天前
目的:探讨可变剪接事件结合剪接因子对乳头状肾细胞癌患者预后的预测作用。方法:从TCGA数据库下载乳头状肾细胞癌患者的临床相关资料(性别、年龄、分期等)及转录组数据,并从TCGASpliceSeq数据库获得可变剪接事件信息。通过R语言软件及程序包,使用LASSO、Cox回归模型筛选相关可变剪接事件及相关特异剪接因子,建立乳头状肾细胞癌预后模型,进行独立预后分析,并绘制剪接事件相关的调控网络。结果:通过单因素Cox比例风险回归模型确定1 405个可变剪接事件与乳头状肾细胞癌相关,包括可变受体位点(AA)事件98个、可变供体位点(AD)事件101个、可变启动子(AP)事件333个、可变终止子(AT)事件346个、外显子跳跃(ES)事件448个、外显子互斥(ME)事件3个和内含子保留(RI)事件76个。经过LASSO、多因素Cox比例风险回归分析,并结合临床数据,显示可变剪接事件(C16orf13|32924|ES、TSFM|22759|ES、MACF1|1881|ES、ATP5C1|10726|ES、UNG|24277|AP、UNKL|33077|AP)可能是乳头状肾细胞癌的独立预后风险因素( HR=1.028,95% CI:1.018~1.039, P<0.01)。通过相关性分析寻找乳头状肾细胞癌中可变剪接事件与剪接因子之间的潜在调控关系,构建调控网络,共116个剪接因子及1 059个可变剪接事件纳入分析,其中正、负相关调控事件分别为553、506个。 结论:可变剪接事件结合相关临床数据对预测乳头状肾细胞癌患者预后具有一定意义,对探索乳头状肾细胞癌的研究具有重要作用。
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编辑人员丨5天前
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ATP7B基因同义变异通过影响外显子剪接增强子导致mRNA剪接异常
编辑人员丨5天前
目的:探讨 ATP7B基因罕见同义变异对其前体mRNA剪接的影响。 方法:从ExAc数据库中筛选出人群等位基因频率<0.005的248种罕见同义变异,用Human Splicing Finder(HSF)软件分析其对于前体mRNA剪接的影响,进一步用ESE Finder 3.0软件预测其对于反式作用因子SR蛋白家族结合能力的影响。筛选出同时影响两种或以上SR蛋白结合的罕见同义变异,用体外迷你基因剪接报告系统进行验证。结果:HSF分析提示有136种罕见同义变异可能破坏外显子剪接增强子(exonic splicing enhancer,ESE)的基序;ESE Finder 3.0分析提示其中19种会同时影响两种或以上SR蛋白的结合。体外迷你基因实验证实其中c.1620C>T(p.L540L)和c.3888C>T(p.A1296A)变异可导致相应外显子的剪接异常,分别造成第4外显子的完全跳跃以及使第18外显子的跳跃增加25%。结论:同义变异可能通过各种途径影响前体mRNA的剪接,其中以破坏ESEs基序最为常见。本研究结果证实c.1620C>T(p.L540L)和c.3888C>T(p.A1296A)变异会对 ATP7B基因的mRNA剪接产生影响,使相应的外显子发生跳跃,从而为携带者的基因诊断和遗传咨询提供了依据。
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编辑人员丨5天前
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伴 SF3B1突变骨髓增生异常肿瘤的研究新进展
编辑人员丨5天前
骨髓增生异常肿瘤(MDS)是一种高异质性血液系统克隆性疾病。在2016年世界卫生组织(WHO) MDS修订分型中,伴环状铁粒幼红细胞的MDS (MDS-RS)被列为单独亚型。剪接因子3b亚基( SF3B) 1突变是MDS,特别是MDS-RS中常见的体细胞驱动突变之一,亦为疾病表型最重要的影响因素。 SF3B1突变是MDS发生及向急性髓细胞白血病(AML)转化的独立预后因素,也是部分药物疗效预测的关键指标,因此伴 SF3B1突变MDS被列为MDS的特殊类型,并成为相关研究热点。笔者拟就伴 SF3B1突变MDS的发病机制、临床表现、预后及治疗等方面的研究新进展进行阐述,旨在提高临床医师及相关研究者对于伴 SF3B1突变MDS的认识。
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编辑人员丨5天前
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姜黄素对脊髓损伤大鼠神经保护作用及其机制
编辑人员丨5天前
目的:探讨姜黄素对脊髓损伤大鼠神经保护作用及其机制。方法:30只SD大鼠采用随机数字表法分为假手术组、模型组和姜黄素组。假手术组大鼠仅切开椎板,不做其他处理。模型组大鼠采用改良Allen’s捶击法建立脊髓损伤模型,姜黄素组大鼠在建立脊髓损伤模型后给予50 mg/kg的姜黄素。治疗4周后采用Basso Beanie Bresnahan(BBB)量表进行运动功能评分,斜板试验最大角度来评估脊髓功能恢复情况,苏木精-伊红(HE)染色观察脊髓组织病理形态变化,酶联免疫吸附试验(ELISA)法检测损伤段脊髓组织肿瘤坏死因子-α(TNF-α)、白细胞介素-6(IL-6)和白细胞介素-1β(IL-1β)水平,生化酶学检测大鼠脊髓组织谷胱甘肽过氧化物酶(GSH-px)、总超氧化物歧化酶(SOD)和丙二醛(MDA)水平;蛋白质免疫检测脊髓组织磷酸化p65和半胱氨酰天冬氨酸特异性蛋白酶-3(Caspase-3)蛋白表达水平。组间比较采用单因素方差分析,组间两两比较采用LSD法。结果:姜黄素组大鼠斜板实验最大角度[(47.23±4.51)°]明显高于模型组大鼠[(31.35±4.56)°],差异有统计学意义( t=7.833, P<0.05)。姜黄素组大鼠BBB评分[11.48±2.22)分]明显高于模型组大鼠[(5.88±0.86)分],差异有统计学意义( t=7.430, P<0.05)。模型组大鼠脊髓组织结构被损伤,细胞排列凌乱,灰质和白质界限模糊,且伴随大量胶质细胞的增生;姜黄素组大鼠脊髓结构明显好转,脊髓坏死范围明显降低,灰质和白质界限好转,且可见少量神经元。姜黄素组大鼠外周血GSH-px和SOD活性[(97.74±5.54)、(89.42±5.43) U/ml]明显高于模型组大鼠[(73.41±6.79)、(60.69±8.91) U/ml],差异有统计学意义( t=8.733、8.711, P<0.05)。姜黄素组大鼠外周血MDA水平[(5.43±0.49) U/ml]明显高于模型组大鼠[(7.14±0.60) nmol/L],差异有统计学意义( t=6.940, P<0.05)。姜黄素组外周血TNF-α、IL-6和IL-1β水平[(107.70±10.88)、(69.11±5.76)、(122.01±15.99) pg/ml]明显低于模型组大鼠[(169.95±12.32)、(100.08±10.17)、(223.15±12.97) pg/ml],差异有统计学意义( t=11.980、8.378、15.530, P<0.05)。姜黄素组大鼠脊髓组织磷酸化p65和剪接Caspase-3蛋白水平(0.91±0.07、0.66±0.06)明显低于模型组大鼠(1.44±0.15、1.27±0.14),差异有统计学意义( t=10.180、12.580, P<0.05)。 结论:姜黄素可显著下调脊髓损伤大鼠氧化应激和炎症水平,改善脊髓损伤大鼠的神经功能,主要通过抑制核因子-κB和Caspase-3实现。
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编辑人员丨5天前
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基于多数据库分析转移性黑色素瘤和乳腺癌脑转移的关键调控基因及其生物学特征
编辑人员丨5天前
目的:通过生物信息数据库的挖掘,探究转移性黑色素瘤和乳腺癌脑转移的关键调控基因、生物学特征和通路。方法:使用基因表达综合(GEO)数据库中转移性黑色素瘤和乳腺癌脑转移的样本数据集GSE8401、GSE46517和GSE12237进行差异基因筛选,设定 P<0.05及logFC>2具有统计学意义,找出差异基因(DEGs)。进一步对DEGs进行基因本体论(Gene Ontology)分析和DAVID数据库通路分析,使用String数据库制作DEGs的蛋白质相互作用(PPI)网络并利用Cytoscape可视化,使用分子复合物检测(MCODE)插件用于筛选Cytoscape中PPI网络的显著交互模块,使用cytoHubba插件对网络进一步分析,采用六种算法来选择枢纽基因,最后使用GeneMARIA数据库构建了枢纽基因和具有共同生物学功能的基因的共表达网络。 结果:最终得到158个DEGs( P<0.05,logFC>2),其中45个基因显著下调,113个显著上调。筛选所得的DEGs主要GO富集为:(1)生物过程(BP):DEGs主要富集在RNA剪接的调控,通过剪接体调控mRNA的剪接,DNA重组的正调控,双链断裂修复的正调控。(2)细胞成分(CC):DEGs主要集中在核小体,焦点黏附,细胞-基质结合点,核染色体,原始溶酶体,嗜酸性颗粒体。(3)分子功能(MF):DEGs主要集中在DNA转录因子结合和RNA聚合酶Ⅱ特异性DNA结合转录因子结合上。通过string数据库,获得初步的DEGs的PPI网络(度截止=2,节点分数截止=0.2,k核心=2,最大深度=100),得到158个蛋白质节点和196条连线。通过Cytoscape筛选获得显著的交互模块,模块1的MCODE得分为4.8,而其seed基因为UBE2V1。筛选出核心DEGs 5个,分别为UBE2N、UBE2V2、RBX1、UBE2B和RXRA。 结论:泛素化途径和核调控的细胞死亡和代谢在转移性黑色素瘤和乳腺癌脑转移中发挥重要作用。
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编辑人员丨5天前
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SRSF2通过诱导铁死亡抑制蛋白1选择性剪接抑制铁死亡促进胶质母细胞瘤细胞增殖
编辑人员丨5天前
目的:探讨富含丝氨酸/精氨酸剪接因子2(serine/arginine-rich splicing factor 2,SRSF2)对胶质母细胞瘤细胞铁死亡的影响及其可能的作用机制。方法:结合基因表达谱交互分析版本2(gene expression profiling interactive analysis 2,GEPIA2)与中国脑胶质瘤基因组图谱计划(Chinese Glioma Genome Atlas,CGGA)在线数据库,对收集的天津医科大学总医院胶质母细胞瘤组织和非肿瘤脑组织病理切片进行免疫组织化学染色,分析SRSF2在胶质母细胞瘤组织中的表达情况及其与患者预后的关系;运用小干扰RNA(siRNA)技术靶向沉默胶质母细胞瘤细胞中的SRSF2基因,经蛋白免疫印迹(Western blot)和CCK8法检测其沉默SRSF2的效果及其对细胞增殖能力的影响;利用表达质粒pcDNA3.1(+)-SRSF2进行挽救实验;通过检测胶质母细胞瘤细胞中铁离子和丙二醛的水平,以及谷胱甘肽和氧化型谷胱甘肽的比值变化研究铁死亡活性;牛津纳米孔技术(Oxford nanopore technologies,ONT)3代全长转录组测序分析SRSF2沉默后诱导的差异基因表达水平和差异选择性剪接(pre-mRNA alternative splicing,PMAS)变化。结果:与非肿瘤脑组织相比,SRSF2在胶质母细胞瘤组织中呈高表达,免疫组织化学结果阳性细胞率达88.48%±4.60%,远超非肿瘤脑组织中的9.97%±4.57%;高表达与患者总生存期和无病生存期呈负相关( P<0.01);经siRNA靶向沉默SRSF2的胶质母细胞瘤细胞增殖能力明显降低( P<0.01),引入外源性SRSF2后增殖能力恢复;SRSF2 siRNA处理的胶质母细胞瘤细胞内铁离子和丙二醛水平升高( P<0.05),谷胱甘肽/氧化型谷胱甘肽比值及谷胱甘肽途径中关键蛋白的表达均无明显变化( P>0.05);转录组测序结果显示SRSF2沉默后胶质母细胞瘤细胞中铁死亡抑制蛋白1(ferroptosis suppressor protein 1,FSP1)发生显著的3′端PMAS改变。 结论:胶质母细胞瘤细胞中SRSF2抑制铁死亡、促进增殖可能是通过调控FSP1 PMAS实现的。
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编辑人员丨5天前
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较低危组与较高危组骨髓增生异常综合征患者常见基因突变分析
编辑人员丨5天前
目的:探讨较低危组和较高危组骨髓增生异常综合征(MDS)患者基因突变及基因突变功能组的差异。方法:回顾性病例系列研究。回顾性分析2018年1月至2023年8月就诊于东南大学附属中大医院227例MDS患者的临床资料。根据修订版国际预后积分系统(IPSS-R),将MDS患者分为较低危组(IPSS-R评分≤3.5分)96例与较高危组(IPSS-R评分>3.5分)131例。采用二代测序检测骨髓标本中58个MDS常见基因突变,取基因突变结果中突变率较高的24个基因纳入研究,并根据基因功能将24个突变基因分为8类。比较较低危组与较高危组临床资料、基因突变及基因突变功能组的差异。结果:227例MDS患者中至少检测出1种基因突变的患者为177例(78.0%),其中突变率较高的5种基因依次为ASXL1[21.6%(49/227)]、TET2[18.5%(42/227)]、TP53[15.4%(35/227)]、DNMT3A[13.2%(30/227)]、U2AF1[10.1%(23/227)]。按基因功能分类,最常见突变组为甲基化相关基因[31.3%(71/227)],其次为剪接体相关基因[24.7%(56/227)]。较低危组血小板计数、中性粒细胞计数均高于较高危组,骨髓原始细胞比例、基因突变率及存在≥3种基因突变率均低于较高危组(均 P<0.05)。较低危组中突变率较高的5种基因依次为TET2[21.9%(21/96)]、DNMT3A[14.6%(14/96)]、ASXL1[13.5%(13/96)]、SF3B1[12.5%(12/96)]、U2AF1[8.3%(8/96)],较高危组中突变率较高的5种基因依次为ASXL1[27.5%(36/131)]、TP53[23.7%(31/131)]、TET2[16.0%(21/131)]、DNMT3A[12.2%(16/131)]、U2AF1[11.5%(15/131)],较低危组ASXL1、TP53、ETV6、NRAS基因突变率均低于较高危组(均 P<0.05)。较低危组及较高危组中甲基化相关基因突变比例均最高,但两组比较差异无统计学意义[32.3%(31/96)比30.5%(40/131), χ2=0.08, P>0.05];两组肿瘤因子抑制物相关基因突变、转录因子相关基因突变、染色质修饰相关基因与RAS途径相关基因突变比例比较,差异均有统计学意义(均 P<0.05)。 结论:较高危组较较低危组MDS患者常见基因突变率高,且基因突变数量多。
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编辑人员丨5天前
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遗传性凝血因子Ⅴ缺乏症合并不孕症患者的基因分析并文献复习
编辑人员丨5天前
目的:探讨遗传性凝血因子Ⅴ缺乏症(HFⅤD)合并不孕症患者的临床特征及其基因突变致病机制,并进行相关文献复习。方法:选择2019年4月江苏省人民医院血液科收治的1例37岁HFⅤD合并不孕症患者为先证者。对本例先证者及其父母进行凝血功能相关实验室检查,以及止血和血栓遗传性疾病相关基因的二代基因测序(NGS)。本研究对本例先证者随访截至2020年6月30日。采用回顾性分析方法,收集本例先证者的临床病例资料,并对其临床特征进行分析。此外,以"凝血因子Ⅴ缺乏""活化蛋白C抵抗""factor Ⅴdeficiency""activated protein C resistance"为中、英文关键词,检索中国知网数据库、万方数据知识服务平台及PubMed数据库中HFⅤD相关文献。检索时间设定为数据库建库至2020年7月31日。总结与本研究先证者相关的F5基因、PROC基因突变类型,以及该病患者的临床表现等。本研究取得先证者及其父母知情同意,签署临床研究知情同意书,并经江苏省人民医院伦理委员会审批通过(批准文号:2020-QT-13)。结果:对本例先证者的研究结果如下。①病史采集:因凝血功能异常合并不孕症于2019年4月至江苏省人民医院血液科就诊,其婚后正常性生活11年未孕,平素无明显出血症状。其父母均无出血症状。②实验室检查结果:活化部分凝血活酶时间(APTT)、凝血酶原时间(PT)、FⅤ∶C、蛋白C活性分别为34.2 s、15.7 s、21.1%和60.7%,均在正常参考值范围内。其父、母FⅤ∶C分别为36.1%和29.8%。③NGS检测结果显示,存在2个F5基因杂合突变,分别为10号外显子剪接突变c.1611+2T>C和13号外显子错义突变c.2032A>G,以及1个2号染色体PROC基因9号外显子区域杂合突变c.970G>A。最终,本例先证者被诊断为HFⅤD合并不孕症。鉴于先证者及其父母无出血病史,遂对其HFⅤD未予特殊治疗。截至随访结束,先证者一般情况尚可。本研究文献复习显示,15篇文献纳入研究的82例HFⅤD患者发生F5基因突变,并且主要发生在5、8、10、13、14、15、17、23号外显子,其中以13号外显子最常被累及。本例及文献报道的HFⅤD患者的临床出血症状与FⅤ∶C水平、F5基因突变位点及类型无明显相关性。关于PROC基因突变的报道亦较常见,但是未见单纯蛋白C缺乏引起不孕症的报道。结论:本研究发现1个HFⅤD的新F5基因突变位点。F5基因杂合突变多导致HFⅤD患者FⅤ∶C轻度下降,患者通常无明显的出血表现,无需针对HFⅤD进行特殊治疗。但是,该结论仅限于对单一病例的临床分析,尚需要扩大样本量,进一步研究、验证。
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编辑人员丨5天前
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早发性乳腺癌的遗传易感基因及临床特征
编辑人员丨5天前
目的:探讨中国早发性(发病年龄≤35岁)乳腺癌遗传易感基因的胚系突变率及临床特征。方法:收集2015年1月1日至2019年12月31日中国医学科学院北京协和医学院肿瘤医院收治的150例发病年龄≤35岁的乳腺癌患者的临床信息和外周血标本,提取DNA检测乳腺癌易感基因(BRCA)1、BRCA2、毛细血管扩张性共济失调突变(ATM)、BRCA2定位协作基因(PALB2)、肿瘤蛋白53(TP53)和细胞周期检查点激酶2(CHEK2)基因的胚系突变。根据遗传变异的分类标准与指南对突变进行解读,分为致病、可能致病、意义未明、可能良性和良性。根据有无携带致病或可能致病胚系突变,将患者分为突变组( n=18)和非突变组( n=132),采用 χ2检验分析组间遗传易感基因胚系突变与临床病理特征的关系。 结果:150例早发性乳腺癌中检测到18例致病或可能致病胚系突变,总突变率为12.0%。其中,8例(5.3%)BRCA2突变,7例(4.7%)BRCA1突变,1例(0.7%)PALB2突变,2例(1.3%)TP53突变,ATM和CHEK2基因未检测到致病或可能致病突变。突变类型以移码突变(9/18,50.0%)为主,其次是无义突变(7/18,38.9%),错义突变(1/18,5.6%)和剪接受体突变(1/18,5.6%)。18例突变携带者分子分型中,9例Luminal B,6例三阴性乳腺癌(TNBC),2例Luminal A,人表皮生长因子受体-2(HER-2)扩增仅1例。其中,8例BRCA2突变携带者均为Luminal分型,7例BRCA1突变携带者中6例是TNBC分型。突变组和非突变组乳腺癌患者家族史( P=0.343)、雌激素受体(ER)状态( χ2=0.16, P=0.688)、HER-2状态( χ2=2.89, P=0.089)、分子分型( χ2=1.99, P=0.575)、初诊TNM分期( χ2=2.49, P=0.115)差异均无统计学意义。 结论:早发性乳腺癌具有较高的胚系突变率,建议早发性乳腺癌患者进行遗传咨询和多基因检测。
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编辑人员丨5天前
