目的:探讨可变剪接事件结合剪接因子对乳头状肾细胞癌患者预后的预测作用。方法:从TCGA数据库下载乳头状肾细胞癌患者的临床相关资料(性别、年龄、分期等)及转录组数据，并从TCGASpliceSeq数据库获得可变剪接事件信息。通过R语言软件及程序包，使用LASSO、Cox回归模型筛选相关可变剪接事件及相关特异剪接因子，建立乳头状肾细胞癌预后模型，进行独立预后分析，并绘制剪接事件相关的调控网络。结果:通过单因素Cox比例风险回归模型确定1 405个可变剪接事件与乳头状肾细胞癌相关，包括可变受体位点(AA)事件98个、可变供体位点(AD)事件101个、可变启动子(AP)事件333个、可变终止子(AT)事件346个、外显子跳跃(ES)事件448个、外显子互斥(ME)事件3个和内含子保留(RI)事件76个。经过LASSO、多因素Cox比例风险回归分析，并结合临床数据，显示可变剪接事件(C16orf13|32924|ES、TSFM|22759|ES、MACF1|1881|ES、ATP5C1|10726|ES、UNG|24277|AP、UNKL|33077|AP)可能是乳头状肾细胞癌的独立预后风险因素( HR＝1.028，95% CI：1.018~1.039， P<0.01)。通过相关性分析寻找乳头状肾细胞癌中可变剪接事件与剪接因子之间的潜在调控关系，构建调控网络，共116个剪接因子及1 059个可变剪接事件纳入分析，其中正、负相关调控事件分别为553、506个。 结论:可变剪接事件结合相关临床数据对预测乳头状肾细胞癌患者预后具有一定意义，对探索乳头状肾细胞癌的研究具有重要作用。

目的:分析甲状腺癌的可变剪切（AS）事件，探讨AS事件与甲状腺癌预后的相关性，并建立AS事件与剪接因子（SF）的调控网络。方法:分别从癌症基因图谱（TCGA）和TCGA SpliceSeq数据库下载507例甲状腺癌患者临床资料和AS事件数据，合并得到AS事件生存数据的矩阵，评估7种AS事件的发生情况。采用单因素Cox回归分析筛选与预后相关的AS事件，最小绝对值收敛和选择算子（LASSO）回归分析筛选变量避免模型过度拟合，多因素Cox回归分析构建预后模型。Kaplan-Meier 曲线和受试者工作特征（ROC）曲线对预后模型的价值和效能进行评价。利用Pearson试验分析AS事件与SF的相关性，并对SF基因进行GO富集和KEGG通路分析。结果:本研究共纳入507例甲状腺癌患者，研究发现10 447个基因发生了45 150次可变剪切事件。其中ES为主要类型（38.84%），ME发生次数最少（0.51%）。单因素Cox回归筛选出1 842个与预后相关的AS事件，多因素Cox分析建立了基于USHBP1-48249-AA、CACNB1-40626-AT和BEX5-89679-AP的预后风险模型。以风险分数0.807为最佳临界值，能够很好地区分高风险和低风险组（ P<0.001，AUC=0.929）。构建的SF-AS调控网络中发现多个关键SF基因能够调控AS事件的表达，包括CDK12、RBM25、DDX39B、SRRM2和DDX46等。 结论:基于3-AS事件的模型对于评估患者预后具有较高的价值，构建的SF-AS调控网络为探讨甲状腺癌发生发展机制提供了新的思路。

目的:了解CD19异构体对双特异性T细胞衔接器（BiTE）治疗的反应，进一步探讨BiTE治疗无效的相关机制及相应的解决方案。方法:通过半定量RT-PCR的方法检测1例CD19 +急性B淋巴细胞白血病（B-ALL）患者BiTE治疗前后CD19异构体mRNA表达量的情况，Sanger测序对相应的异构体序列进行分析，流式细胞术及转录组测序分析治疗前后谱系特异性分子的表达情况。 结果:患者初诊时即存在2号外显子缺失型CD19异构体的表达，BiTE治疗后患者未缓解，流式细胞术检测发现CD19抗原表达转阴，但2号外显子缺失型CD19异构体的表达量并无增加，且细胞表型及转录组测序均未见谱系转化的发生。外显子可变剪接引起的缺失型CD19异构体的表达及谱系转化并非该患者CD19抗原表位缺失的机制。该例患者在疾病进展退出BiTE治疗组之后，采用中国医学科学院血液病医院自主研发的CD22及CD19 CAR-T序贯治疗后完全缓解。结论:该例患者CD19抗原-缺失导致BiTE治疗无效，其缺失并非由可变剪接或谱系转换所致，更换为CD22、CD19双靶点CAR-T细胞治疗有效。

目的:探讨可变剪接事件及剪接因子对雄激素剥夺疗法（ADT）治疗的前列腺癌患者预后的预测作用。方法:从TCGA数据库下载60例进行ADT治疗的前列腺癌患者相关临床、转录组信息，并获得可变剪接事件信息。通过R语言程序包，使用LASSO、Cox回归模型筛选相关可变剪接事件及剪接因子，建立相关模型，进行独立预后分析及相关调控网络分析。结果:确定前列腺癌患者相关可变剪接事件44 070个，包含可变受体位点（AA）3 525个、可变供体位点（AD）3 101个、可变启动子（AP）9 035个、可变终止子（AT）8 663个、外显子跳跃（ES）16 772个、外显子互斥（ME）228个和内含子保留（RI）2 747个。通过单因素Cox比例风险回归模型确定1 349个可变剪接事件为与ADT相关的疾病进展相关剪接事件（DFS-SE），包括AA事件145个、AD事件102个、AP事件243个、AT事件189个、ES事件557个、ME事件6个和RI事件107个。多因素Cox回归分析显示，加入临床相关信息后，ME事件（ANK3|11852|ME、TCF7L2|151705|ME、UBR2|127390|ME、SLC39A14|140283|ME）可能为预测ADT抵抗的独立预后因子（ HR＝1.398，95% CI 1.156～1.689， P<0.01）。 结论:ME类可变剪接事件结合相关临床数据对预测前列腺癌患者ADT有效性具有一定意义，对探索前列腺癌患者ADT抵抗的研究具有重要作用。

目的:探讨免疫标记物CC-趋化因子受体7（CCR7）抗原在慢性淋巴细胞白血病（CLL）诊断和鉴别诊断中的价值。方法:收集南京医科大学第一附属医院2015年1月至2018年12月间收治的B型慢性淋巴细胞增殖性疾病（B-CLPD）患者643例，包括327例CLL、58例套细胞淋巴瘤（MCL）、34例滤泡淋巴瘤（FL）、36例边缘区淋巴瘤（MZL）、10例毛细胞白血病或其变异型（HCL/HCL-v）、40例华氏巨球蛋白血症（WM），以及48例CD5 +B型慢性淋巴细胞增殖性疾病未分类（B-CLPD-U）和90例CD5 -B-CLPD-U。同时收集本院健康管理中心2018年20名正常对照样本。利用流式细胞术检测B-CLPD患者免疫表型及CCR7表达，采用荧光原位杂交技术（FISH）分析了共济失调毛细血管扩张突变基因（ATM）缺失、13q14缺失、P53缺失和12三体，并利用Sanger测序分析了剪接因子3b亚基1（ SF3B1）、 NOTCH1、肿瘤蛋白53（ TP53）和免疫球蛋白重链可变区（ IGHV）的基因突变情况。计量资料的比较采用Mann-Whitney检验，率的比较采用χ 2检验。CCR7的诊断价值和最佳阳性界值利用受试者工作特征（ROC）曲线计算。 结果:CCR7在典型CLL和非典型CLL中阳性表达率分别为90.8%（257/283）和84.1%（37/44），阳性率差异无统计学意义（χ 2=1.228， P=0.268）。CCR7在CLL中阳性表达率为89.9%（294/327），平均荧光强度（MFI）为278（246，307），而CCR7在MCL、CD5 +B-CLPD、CD5 -B-CLPD、FL、WM、HCL/HCL-v和MZL中的阳性表达率分别为10.3%（6/58）、6.3%（3/48）、8.9%（8/90）、0、0、0和13.9%（5/36），MFI分别为114（106，128）、112（106，117）、110（104，121）、108（105，119）、111（105，124）、112（108，115）和109（105，120），与CLL相比，其他类型B-CLPD中CCR7阳性表达率较低，差异具有统计学意义（χ 2=181.3、177.8、232、164.7、180.8、62.6、129， P<0.01）。另外CCR7阳性用于鉴别CLL与其他类型B-CLPD的敏感度、特异度和准确度分别为89.9%、93.0%和92.3%。CCR7 +CLL患者CD49d阳性表达率为13.9%，低于CCR7 -CLL患者（42.1%）（χ 2=7.6， P=0.01）；而13q14缺失发生率为50.3%，高于CCR7 -CLL患者（20%）（χ 2=6.56， P=0.01）。 结论:CCR7在CLL与其他类型B-CLPD鉴别诊断中具有重要的临床价值。

目的:探究脑卒中后失语症(PSA)患者外周血单核细胞(PBMC)中失语相关基因前颗粒蛋白(GRN)的表达情况。方法:将对数生长期PC12细胞进行培养，细胞密度达到30%~50%时将其分为非特异性干扰组(基因对照组)和特异性干扰组(基因沉默组)。在PC12细胞中沉默GRN的表达后采用高通量转录组测序(RNA-seq)技术分析2组基因可变剪接事件发生情况。选取PSA患者10例(患者组)和健康受试者10例(对照组)，2组受试者均于入组当天进行首次采血，并于入组12 d经皮(患者组出院当天)进行第二次采血。采用实时荧光定量聚合酶链式反应(RT-qPCR)测定2组受试者外周血单核细胞(PBMC)中GRN的mRNA表达量的变化和kappaB结合蛋白相关核因子(NFRKB)的可变剪接事件发生情况。患者组接受常规言语治疗，于首次采血和第二次采血后即刻采用汉语失语成套测试(ABC)对其言语功能进行评估，并采用Pearson法分析GRN表达量的变化与ABC各项评分变化的相关性。结果:PC12细胞沉默GRN后，基因沉默组GRN的表达量与基因对照组GRN的表达量相比，差异有统计学意义( P<0.01)。两个样本间，发生显著差异可变剪接的基因共有237个，其中5′端发生可变剪接事件的基因数量最多。基因沉默组NFRKB可变剪接事件的发生概率与基因对照组比较，差异有统计学意义( P<0.05)；基因沉默组NFRKB可变剪接事件的发生概率与基因对照组比较，差异有统计学意义( P<0.05)。PSA患者组首次采血血样PBMC中GRN的mRNA表达水平和健康组血样比较，差异有统计学意义( P<0.001)；患者组第二次采血血样PBMC中GRN的mRNA表达水平与其首次采血血样比较，差异有统计学意义( P<0.001)。患者组首次采血血样PBMC中NFRKB基因发生可变剪接事件的概率与健康组比较，差异有统计学意义( P<0.05)。患者组第二次采血血样PBMC中NFRKB基因发生可变剪接事件的概率与首次采血比较，差异有统计学意义( P<0.01)。PSA患者第二次评估时的ABC量表口语表达得分显著优于其首次评估，差异有统计学意义( P<0.05)，且在ABC量表的口语表达部分中，PSA患者第二次评估时复述评分，显著高于其首次评估，差异有统计学意义( P<0.05)。对患者组首次血样和第二次血样PBMC中GRN表达量的差异与PSA患者ABC量表口语表达评分的差异进行相关性分析，结果发现，GRN表达量的变化与口语表达能力的恢复呈正相关。 结论:GRN可通过调控NFRKB的可变剪接来促进PSA患者言语功能的恢复。

目的:探讨可变剪接调控RE-1序列沉默转录因子(REST)在血管平滑肌细胞(VSMC)表型转化及腹主动脉瘤(AAA)发生发展中起到的作用。方法:检测人AAA组织和小鼠AAA模型及对照正常动脉中膜VSMC形态和弹性纤维改变；实时定量反转录聚合酶链反应(RT-qPCR)、蛋白质免疫印迹法(western blot)检测AAA组织及对照正常动脉组织中REST及其剪接异构体REST4的表达。RT-qPCR和Western blot检测沉默REST对人原代主动脉平滑肌细胞(HASMC)收缩型标志物α-SMA、合成型标志物波形蛋白(VIM)以及钾离子通道Kv1.3蛋白表达水平的影响。细胞增殖检测法(CCK-8)和细胞结晶紫染色实验检测沉默REST后HASMC增殖能力的改变。 t检验验证定量数据的统计学差异。 结果:人和小鼠AAA中膜平滑肌细胞形态由梭型向分支型转化，AAA组REST表达低于对照组、REST4表达高于对照组(REST＝0.143±0.086， t＝5.672, P<0.05；REST＝115.245±8.909， t＝21.460, P<0.01)。沉默REST后，α-SMA表达量低于对照组，VIM和Kv1.3表达量高于对照组(α-SMA＝0.335±0.030， t＝9.711， P<0.01；VIM＝10.177±0.728， t＝15.170, P<0.01；Kv1.3＝13.427±1.103， t＝14.690, P<0.01)，同时沉默REST后，VSMC增殖能力高于对照组( A450：2.41±0.27比3.85±0.14， t＝6.744， P<0.01；光密度值：29.00±2.46比348.25±27.36， t＝16.440， P<0.01)。上述作用可被Kv1.3特异性抑制剂逆转(α-SMA＝2.448±0.498， t＝4.314， P<0.05；VIM＝0.758±0.030， t＝4.018， P<0.05)。 结论:AAA中膜平滑肌细胞中REST可变剪接上调，抑制REST功能，激活Kv1.3表达，进而诱导VSMC表型转化。

核仁小RNA(small nucleolus RNA, snoRNA)是一类在真核生物中普遍存在的非编码RNA，根据其结构特征，可分为两大类：box C/D snoRNA和box H/ACA snoRNA，分别介导RNA 2′-O-甲基化和假尿嘧啶化修饰。近期研究发现，snoRNA还影响mRNA前体(pre-mRNA)的可变剪接，能够通过生成miRNA来介导基因沉默，并通过与蛋白质相互作用调节其功能活性。在电离辐射的生物效应中，DNA损伤与修复过程是至关重要的生物学基础。然而，目前关于snoRNA在电离辐射引起的DNA损伤中的作用的研究还相当有限。本综述旨在概述snoRNA的生物学功能及其在电离辐射诱导的DNA损伤修复中可能的调控角色，以期为探究snoRNA的功能及机制提供新思路。

目的:探讨1例由 SLC6A8基因变异所致脑肌酸缺乏综合征(CCDS)患儿的临床表现及遗传学特点。 方法:选取2021年3月5日因"间断抽搐发作1月余"就诊于复旦大学附属儿科医院的1例CCDS患儿作为研究对象，收集其临床资料。应用全外显子组测序(WES)对患儿进行基因变异分析，对可能的变异位点通过Sanger测序进行验证并应用转录组测序(RNA-seq)技术验证剪接变异。结果:患儿为1岁10月龄男性，精神运动发育落后，1岁9月龄始无热惊厥发作，母亲与外婆均有惊厥发作史，患儿头颅MRS示双侧基底节区及丘脑肌酸峰降低，提示脑肌酸缺乏。WES结果发现患儿X染色体 SLC6A8基因存在c.1767+1_1767+2insA剪接变异，母亲及外婆均为该变异杂合子。RNA-seq结果显示患儿 SLC6A8基因exon12处存在异常可变剪接事件，该变异导致蛋白发生截短。根据美国医学遗传学与基因组学学会变异指南，c.1767+1_1767+2insA评级为可能致病变异(PVS1_Strong+PM2_Supporting+PP4)。 结论:SLC6A8基因c.1767+1_1767+2insA变异考虑是该CCDS患儿致病原因。该变异的检出丰富了该基因的变异谱。

目的:探讨来自同一家系的两例表现为Joubert综合征的患儿(其中1例为胎儿)的遗传学病因。方法:采集先证者及父母的外周静脉血样以及胎儿的羊水及引产组织样本，一部分用于提取DNA进行家系全外显子组测序，通过生物信息学分析筛选候选致病位点，之后通过Sanger测序对先证者、胎儿及父母进行验证。另一部分用于提取RNA，通过逆转录PCR(reverse transcriptase PCR，RT-PCR)分析其中一个变异位点的致病机制。结果:测序显示两例患儿均携带 TMEM237基因c.175C>T(p.R59X)和c.553+1G>A的复合杂合变异，其中c.175C>T为无义变异，遗传自表型正常的母亲；c.553+1G>A为经典的剪接变异，遗传自表型正常的父亲。RT-PCR实验显示该变异可通过外显子跳跃机制影响可变剪接。 结论:从基因及转录水平明确了 TMEM237基因的复合杂合变异为该家系患儿的致病原因，丰富了 TMEM237的表型谱和变异谱。