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广泛耐药肺炎克雷伯菌耐药表型分析及耐药机制研究
编辑人员丨1天前
目的:研究广泛耐药肺炎克雷伯菌(XDRKP)耐药表型特点及相关耐药机制。方法:收集山西白求恩医院2018年1月至2020年12月内分离的3 201株肺炎克雷伯菌并根据已有药敏结果筛选116株广泛耐药肺炎克雷伯菌纳入研究。基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)及梅里埃VITEK-compact 2进行菌株鉴定及药敏试验,药敏结果K-B法或微量肉汤稀释法复核。改良碳青霉烯酶灭活试验(mCIM)联合乙二胺四乙酸协同碳青霉烯酶灭活试验(eCIM)检测XDRKP碳青霉烯酶表型,并与碳青霉烯酶基因扩增结果比对。聚合酶链反应(PCR)扩增耐药基因:碳青霉烯酶基因(blaKPC、blaNDM、blaVIM、blaIMP、blaOXA);氨基糖苷耐药基因:16S rRNA甲基化酶基因(rmtA、rmtC、rmtD、rmtG、rmtH、armA、npmA、rmtB、rmtE、rmtF),氨基聚糖苷修饰酶基因变体[aac(6′)-Ib-cr];喹诺酮耐药基因:DNA解旋酶保护蛋白qnr家族基因(qnrA、qnrB、qnrC、qnrD、qnrS),外排泵蛋白基因(oqxAB、qepA),氨基聚糖苷修饰酶基因变体[aac(6′)-Ib-cr];替加环素耐药Tet蛋白基因[外排泵蛋白基因:tet(A)和tet(L)],核糖体保护蛋白基因[tet(M)],替加环素修饰酶基因[tet(X)]。对照分析各XDRKP耐药表型与相应耐药基因携带情况间的关系。结果:共收集到XDRKP 116株。头孢菌素类及喹诺酮类抗菌药物耐药率100%(116/116),碳青霉烯类抗菌药物耐药率99.14%(115/116),氨基糖苷类抗菌药物庆大霉素、妥布霉素、阿米卡星耐药率分别为95.69%(111/116)、94.83%(110/116)、88.79%(103/116),磺胺类抗菌药物耐药(44/116)与替加环素耐药(3/116)检出率较低。mCIM联合eCIM试验结果与碳青霉烯酶基因扩增结果一致率95.65%(110/115)。各耐药基因阳性率:blaKPC 90.52%(105/116),blaNDM 10.34%(12/116),rmtB 81.90%(95/116),armA 2.59%(3/116),oxqAB 65.52%(76/116),qnrB 6.03%(7/116)、qnrS 12.93%(15/116)、aac(6′)-Ib-cr 7.76%(9/116),tet(A)21.55%(25/116)。其余各耐药基因未检出。匹配分析发现,共有65株XDRKP耐药表型与耐药基因型不匹配,即抗菌药物耐药表型不能用携带相应耐药基因来解释。结论:XDRKP中各类耐药基因的广泛分布和某些基因[如aac(6′)-Ib-cr、oqxAB]的多重耐药作用是广泛耐药产生的潜在原因。不同菌株针对同一类抗菌药物可能携带一种或多种耐药基因。此外,部分菌株耐药表型与耐药基因不匹配,提示耐药基因的表达调控及存在其他耐药机制也与XDR的产生有关。
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编辑人员丨1天前
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一个丙酸血症家系的 PCCB基因两个新变异鉴定
编辑人员丨1天前
目的:分析1个丙酸血症(propionic acidemia,PA)家系的致病变异。方法:通过多重探针杂交富集患儿 PCCA和 PCCB基因的全部编码外显子及其侧翼区序列进行高通量测序,检测可疑变异,运用Sanger测序在家系中进行变异验证。提取患儿父亲外周血淋巴细胞RNA,应用逆转录-聚合酶链反应联合Sanger测序对新剪切变异进行验证;采用多种在线软件对错义变异进行致病性分析。 结果:在患儿 PCCB基因第1内含子和第7外显子检出复合杂合变异,分别是c.184-2A>G剪切变异和c.733G>A(p.G245S)错义变异,Sanger测序验证表明二者分别来自父母。mRNA水平验证表明,c.184-2A>G变异可导致 PCCB基因转录产物第2外显子的缺失;多个软件预测c.733G>A错义变异具有致病性,245位置的氨基酸在不同物种均具有高度保守性。 结论:PCCB基因变异可能是该家系患儿的致病原因,新变异的检出丰富了 PCCB基因的变异谱。
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编辑人员丨1天前
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2008年至2017年河南省睢县腹泻患儿志贺菌血清型分布及耐药研究
编辑人员丨1天前
目的:了解2008年至2017年河南省睢县5岁以下腹泻患儿粪便标本中志贺菌的血清型分布和耐药情况。方法:采集2008年至2017年河南省睢县豆付元卫生室的4 721份5岁以下腹泻患儿粪便标本,细菌培养分离出志贺菌株。采用玻片凝集试验进行血清学分型。按比例选取271株志贺菌株,采用多重梯度聚合酶链反应检测毒力基因,Kirby-Bauer琼脂法进行药物敏感试验。采用趋势性卡方检验分析耐药性年度变化趋势。结果:4 721份粪便标本中志贺菌检出率为20.69%(977/4 721)。977株志贺菌共分为2群13种血清型,福氏志贺菌占77.79%(760/977),宋内志贺菌占22.21%(217/977),每年最常见的3种血清型呈交替变化。271株志贺菌中,福氏志贺菌优势基因携带模式为志贺菌肠毒素( Shigella enterotoxin, shET) -1+、 shET-2+、侵袭性质粒H抗原(invasion plasmid antigen H, ipaH)+、侵袭相关毒力基因(invasion-associated locus, ial)+,占84.04%(179/213);宋内志贺菌为 shET-1-、 shET-2+、 ipaH+、 ial+,占46.55%(27/58)。志贺菌对氨苄西林、萘啶酸、四环素的耐药率均>90%,对头孢吡肟和头孢他啶较敏感;对头孢噻肟、头孢吡肟、环丙沙星、氯霉素和复方磺胺甲 唑的耐药率逐年上升,差异有统计学意义( χ2=24.027、7.232、6.039、4.764、6.809,均 P<0.05)。98.52%(267/271)的菌株对3种以上抗菌药物耐药,福氏志贺菌对环丙沙星、诺氟沙星、氯霉素的耐药率均高于宋内志贺菌;对庆大霉素和复方磺胺甲 唑的耐药率均低于宋内志贺菌,差异均有统计学意义( χ2=31.866、14.868、83.036、68.534、14.738,均 P<0.01)。 结论:2008年至2017年睢县5岁以下腹泻患儿志贺菌每年主要流行的血清型不断发生变化,不同血清分型的优势基因携带模式不同。大多数分离菌株产生了多重耐药,且不同血清型的志贺菌耐药谱不同。
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编辑人员丨1天前
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艰难梭菌感染主要ST型菌株生物学特征的比较
编辑人员丨1天前
目的:探究致医院感染性腹泻艰难梭菌主要序列型别(ST81、ST8和ST42)之间的毒力特征、芽孢形成能力及耐药机制等方面的差异。方法:收集2017年9月至2019年9月首都医科大学附属北京友谊医院临床住院腹泻患者送检艰难梭菌培养的稀便标本816份进行艰难梭菌分离和培养。以该院主要序列型别的艰难梭菌ST81(26株)、ST8(15株)和ST42(14株)为实验菌株。应用聚合酶链反应(PCR)和酶联免疫荧光法分别检测艰难梭菌的毒素基因和毒素A/B蛋白的表达;采用平板涂布法检测艰难梭菌的芽孢形成能力;采用琼脂稀释法检测艰难梭菌对11种抗菌药物的耐药性;采用PCR方法扩增耐药基因、测序及氨基酸突变分析艰难梭菌携带的耐药基因和氨基酸的突变位点。计量资料的组间比较采用Kruskal Wallis秩和检验,率的比较采用Fisher精确检验。结果:ST81型菌株为 tcdA-tcdB+/cdtA-cdtB-毒素型别,ST8和ST42型菌株均为 tcdA+tcdB+/cdtA-cdtB-毒素型别,ST42、ST8和ST81型别菌株产生毒素A/B蛋白的产量分别为41.9、2.4和0.83,ST42和ST8组毒素A/B蛋白的产量高于ST81组,差异有统计学意义(均 P<0.001),ST42菌株毒素A/B蛋白的产量高于ST8组( P=0.045)。ST81、ST8和ST42型菌株的芽孢形成数量分别为494×10 5 CFU/ml、160×10 5 CFU/ml和166×10 5 CFU/ml,ST81型菌株的芽孢形成数量明显高于ST8和ST42型菌株,差异有统计学意义(均 P<0.001)。ST81型菌株为多重耐药菌,对头孢曲松、莫西沙星、红霉素和克林霉素等抗菌药物均耐药,耐药率均为100%(26/26),ST8型菌株对莫西沙星的耐药率为9/15,对红霉素和克林霉素的耐药率均为11/15。ST81型别菌株对莫西沙星的耐药率高于ST8型,差异有统计学意义( P=0.001),ST81型别对红霉素和克林霉素的耐药率高于ST8型,差异均有统计学意义(均 P=0.005)。ST42型对头孢曲松和莫西沙星的耐药率分别为0和3/14。ST81型菌株对头孢曲松和莫西沙星的耐药率均高于ST42型,差异有统计学意义(均 P<0.001)。ST81型菌株携带红霉素和克林霉素的耐药相关基因 ermB阳性率[100%(26/26)]高于ST8组(11/15),差异有统计学意义( P=0.005)。喹诺酮类的耐药基因 gyrA和 gyrB编码的氨基酸突变分析显示,ST81和ST8型别菌株 gyrA和 gyrB基因编码的氨基酸同时发生突变,但 gyrB基因编码的氨基酸突变位点不同。ST81型菌株为82位点苏氨酸突变为异亮氨酸和426位天冬氨酸突变为缬氨酸,ST8型菌株为82位点苏氨酸突变为异亮氨酸和426位天冬氨酸突变为天冬酰胺,ST42型别菌株 gyrA基因编码的氨基酸为单突变,82位点苏氨酸突变为异亮氨酸。 结论:ST81型和ST42均为多重耐药菌,ST81型芽孢形成能力较强,ST42型别毒力较强。ST81和大部分ST8型对喹诺酮类药物的耐药性较强,需警惕多重耐药性ST81、较强毒力高耐药性ST42和ST8型菌株在医院的播散流行。
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编辑人员丨1天前
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呼吸道病原体多重核酸扩增在老年患者呼吸系统感染检测中的应用
编辑人员丨1天前
目的:了解多重RT-PCR方法检测13种常见呼吸道感染病原体,在老年患者呼吸系统感染病原体检测中的应用价值。方法:317例2016年6月至2017年5月在石家庄市第一医院老年科就诊的具有呼吸系统感染症状的老年患者,年龄60~98岁,采集其抽吸痰液,提取病毒DNA/RNA,利用多重RT-PCR技术扩增,通过毛细管电泳,同时检测13种呼吸道病原体;并以直接测序方法和荧光实时PCR法为标准,评价该试剂的临床性能。结果:使用直接测序和荧光实时PCR结果为参照,多重RT-PCR技术的准确性为99.93% (95% CI: 99.79%~99.98%),阳性预测值为99.24% (95% CI: 97.78%~99.74%),阴性预测值为100% (95% CI: 99.9%~100%),Cohen’s kappa值为0.9958 (95% CI: 0.965 2~1.026)。在317例老年患者中,呼吸道病原阳性检出率为75.7% (240/317),其中甲型流感病毒最高,为20.2% (64/317),主要为H3亚型(70.3% (45/64);其次为鼻病毒、腺病毒、肺炎支原体和乙型流感病毒,检出率分别为15.5% (49/317)、13.6% (43/317)、11.0% (35/317)和10.1% (32/317)。此外,同时检出2种以及2种以上病原体的老年患者为81例,检出率为25.6% (81/317)。 结论:多重RT-PCR方法能满足临床对呼吸道病原体检测的需求,并为老年患者呼吸系统感染的防治提供有效的临床资料。
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编辑人员丨1天前
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微RNA-124-3p通过芳香烃受体激活β-联蛋白通路调控胃癌细胞增殖和侵袭的机制
编辑人员丨1天前
目的:探讨微RNA(miR)-124-3p及其靶向基因芳香烃受体(AHR)在胃癌诊断和预后评估中的价值,及其调控胃癌细胞增殖和侵袭的相关分子机制。方法:基于癌症基因组图谱数据库和基因型组织表达数据库获得miR-124-3p在胃腺癌患者的临床和预后特征,通过生物信息学分析miR-124-3p水平高低与不同病理分期、TNM分期、总生存期、无病生存期和无进展间期胃腺癌患者的关系。由Target Scan 7.1网络工具预测miR-124-3p与互作分子 AHR mRNA的作用位点,通过小鼠皮下成瘤实验、免疫组织化学染色、双荧光素酶检测、实时定量聚合酶链反应(RT-qPCR)、蛋白质印迹实验验证miR-124-3p在 AHR mRNA中的靶结合位点。选择9只4~6周龄、体重为(18.43±0.29) g的雄性Balb/c裸小鼠,分别由小鼠尾静脉注射miR-124-3p模拟物(miR-124-3p组)、阴性对照模拟物(阴性对照组)和0.9%氯化钠溶液(氯化钠对照组),用miR-124-3p模拟物、阴性对照模拟物和0.9%氯化钠溶液转染胃癌细胞(MKN-45、AGS),分析生物学实验中3组小鼠 AHR和连环蛋白β1基因( CTNNB1)的mRNA表达水平,AHR和β-联蛋白的蛋白质表达水平,以及miR-124-3p对转染的胃癌细胞增殖和侵袭的影响。统计学方法采用Pearson相关分析和Holm-Sidak法校正的多重 t检验。 结果:miR-124-3p低表达与胃腺癌患者严重的病理分期、TNM分期均呈正相关( R2=0.83、0.86, P=0.031、0.023);miR-124-3p高表达与总生存期、无病生存期和无进展间期延长均呈正相关( R2=1.00、0.99、0.99, P=0.029、0.044、0.049)。小鼠皮下成瘤实验结果显示,miR-124-3p组瘤体内的凋亡细胞数多于阴性对照组和氯化钠对照组[(43.33±1.86)/高倍视野比(20.00±1.73)/高倍视野、(18.67±1.76)/高倍视野],差异均有统计学意义( t=8.55、8.33, P=0.013、0.014)。免疫组织化学染色结果显示,miR-124-3p组小鼠体内肿瘤组织的AHR蛋白质的光密度低于阴性对照组和氯化钠对照组(0.081±0.008比0.276±0.019、0.273±0.018),差异均有统计学意义( t= 9.06、7.51, P=0.012、0.017)。双荧光素酶检测结果显示,转染miR-124-3p模拟物的野生型 AHR MKN-45细胞中荧光强度低于转染阴性对照模拟物的细胞(0.293±0.020比1.000±0.032),差异有统计学意义( t=18.56, P<0.001)。RT-qPCR检测结果显示,转染miR-124-3p模拟物的MKN-45细胞中 AHR和 CTNNB1的mRNA水平均低于未处理的MKN-45细胞(0.51±0.09比1.02±0.02、0.46±0.03比1.03±0.01),差异均有统计学意义( t=4.51、16.60, P=0.046、0.004)。蛋白质印迹实验结果显示,转染miR-124-3p模拟物的MKN-45细胞中的AHR和β-联蛋白的蛋白质相对表达量均低于转染0.9%氯化钠溶液和阴性对照模拟物的细胞(3 332.94±81.25比9 041.60±439.79、8 276.54±562.52,2 725.79±167.57比9 701.94±410.02、8 081.66±275.84),差异均有统计学意义( t=15.49、7.91、17.35、19.42, P=0.004、0.016、0.003、0.003)。 结论:miR-124-3p与胃癌诊断和预后相关,可通过负向调节 AHR mRNA和蛋白质表达,进而下调 CTNNB1 mRNA和β-联蛋白通路相关蛋白质表达,于体内外诱导胃癌细胞凋亡。因此,miR-124-3p可能成为胃癌诊断和预后评估的潜在标志物。
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编辑人员丨1天前
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浙江省临床分离沙门菌血清型、药物敏感性和毒力基因的研究
编辑人员丨1天前
目的:研究浙江省临床分离沙门菌的血清型分布、耐药状况和携带毒力基因的特征。方法:收集2010年至2017年浙江省9个地区临床分离的463株沙门菌,依据沙门菌属Kauffmann-White抗原表对比确定沙门菌属的血清型。采用K-B纸片扩散法进行药物敏感试验。采用聚合酶链反应检测菌株的11种毒力基因。结果:463株沙门菌共检出35种血清型,其中优势血清型为鼠伤寒沙门菌[41.90%(194/463)]和肠炎沙门菌[22.25%(103/463)]。对氨苄西林的耐药率[66.52%(308/463)]最高,其次为氨苄西林/舒巴坦[46.87%(217/463];对哌拉西林/他唑巴坦的耐药率[3.24%(15/463)]较低;无亚胺培南和美罗培南耐药株;多重耐药菌株188株(40.60%)。毒力基因 hilA、 ssrB、 marT、 siiD、 sopB、 pagN在所有沙门菌株中都存在。毒力基因 vexA只在伤寒沙门菌和都柏林沙门菌中检出;毒力基因 icmF主要存在于肠炎沙门菌中;毒力质粒基因 spvB和 pefA表现为成对出现,且主要分布于猪霍乱沙门菌、肠炎沙门菌和鼠伤寒沙门菌中;毒力基因 cdtB则主要分布于伤寒沙门菌和甲型副伤寒沙门菌中。 结论:浙江省临床分离的沙门菌以鼠伤寒沙门菌和肠炎沙门菌为主,多重耐药形势严峻,且携带多种毒力基因。
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编辑人员丨1天前
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耐药铜绿假单胞菌临床分离株β-内酰胺酶基因检测研究
编辑人员丨1天前
目的:研究耐药铜绿假单胞菌临床分离株β-内酰胺酶基因的携带状况,及其对β-内酰胺类抗菌药物耐药性的作用。方法:收集2018年3月至2019年5月浙江省杭州市和宁波市两个地区6所医院住院患者首次发现感染时临床分离的98株耐药铜绿假单胞菌,其中宁波地区39株,杭州地区59株。所有菌株采用琼脂稀释法对14种抗菌药物进行敏感性试验,采用聚合酶链反应(PCR)及序列分析的方法分析A、B、C、D四类共39种β-内酰胺酶基因携带情况,阳性基因测序后作BLAST比对。采用SPSS 24.0软件对数据进行分析。结果:98株耐药铜绿假单胞菌中,多重耐药(MDR)菌占81.63%,广泛耐药(XDR)菌占12.25%。所有菌株对多黏菌素B敏感,对亚胺培南和美罗培南的耐药率分别为94.90%和82.65%,宁波地区分离株对阿米卡星、妥布霉素和庆大霉素的耐药率高于杭州地区分离株( χ2=31.962、22.440和29.671, P<0.01),杭州地区分离株对氨曲南和亚胺培南的耐药率均高于宁波地区分离株( χ2=4.181和5.543, P<0.05)。共检出7种β-内酰胺酶基因,其中 PDC和 OXA-50群的检出率最高,均为100.00%, TEM、GES和 OXA-10群只在宁波地区分离株中检出, KPC只在杭州地区分离株中检出。β-内酰胺酶基因阳性模式有7种,所有菌株均携带 PDC和 OXA-50群,55株(56.12%)只检出 PDC和 OXA-50群。检出 PDC、OXA-50群基因为国内首次报道。 结论:携带 PDC和 OXA-50群基因是导致铜绿假单胞菌对β-内酰胺类抗菌药物耐药的重要原因。
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编辑人员丨1天前
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急性混合细胞白血病患者FLT3基因突变特征及酪氨酸激酶抑制剂的临床疗效
编辑人员丨1天前
目的:分析急性混合细胞白血病(MPAL)患者FLT3基因突变的发生率、突变特征及酪氨酸激酶抑制剂治疗的临床疗效。方法:回顾性分析2015年6月至2018年2月就诊于河北燕达陆道培医院的48例MPAL患者临床资料,采用靶向扩增子高通量测序方法检测血液系统肿瘤中常见突变的58种基因,其中对FLT3基因检测内部串联重复(ITD)和点突变发生的热点区域第14、15和20号外显子。采用多重聚合酶链反应检测血液肿瘤中常见的35种融合基因。结果:48例MPAL患者中FLT3突变7例,均为ITD突变。FLT3-ITD的中位插入片段长度为48 bp,1例患者同时携带2种不同长度的插入片段,中位变异等位基因频率(VAF)为40.5%(7.9%~84.7%)。FLT3突变阳性和阴性的初诊患者临床和遗传学特征差异均无统计学意义(均 P>0.05)。7例FLT3突变阳性患者中4例伴随RUNX1突变。共4例FLT3-ITD阳性患者接受了索拉非尼或舒尼替尼联合化疗治疗,其中3例获得完全缓解。 结论:MPAL患者中FLT3突变以ITD突变为主。FLT3-ITD阳性的MPAL患者常伴随RUNX1突变,可获益于FLT3激酶抑制剂靶向治疗。
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编辑人员丨1天前
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一步法多重巢式荧光RT-PCR检测新型冠状病毒和甲、乙型流感病毒
编辑人员丨1天前
目的:建立一种可单管同时检测新型冠状病毒、甲型流感病毒、乙型流感病毒和人源基因内标的一步法多重巢式荧光逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)方法。方法:收集2020年2月至2022年2月广州白云机场海关入境人员新型冠状病毒核酸阳性样本30份和336份排查样本,以及2020年发生新型冠状病毒肺炎疫情前3年期间同样来自广州白云机场海关入境人员的其他呼吸道病原体阳性样本64份和呼吸疾病国家重点实验室提供的呼吸道病原体阳性毒株7份。选取新型冠状病毒 ORF和N基因,以及甲、乙型流感病毒M基因的核苷酸保守区域,设计和筛选出多重巢式荧光PCR引物和探针组合,同时引入人源基因内标的巢式扩增引物和探针,建立一套多重巢式荧光RT-PCR检测方法,应用制备的假病毒阳性质控品和样本盘,评估方法的敏感度、特异度,并进行临床样本应用性验证。结果:所建立的一步法多重巢式荧光RT-PCR方法可特异性检出新型冠状病毒和甲、乙型流感病毒,新型冠状病毒的最低检出限约为125拷贝/ml,甲、乙型流感病毒的最低检出限约为250拷贝/ml;检测101份各类呼吸道病原体阳性样本,显示新型冠状病毒和甲、乙型流感病毒的检测敏感度分别为96.67%、92.86%和96.15%,三者的特异度均为100%,超过300份临床样本的应用性检测中,未见假阳性检出。结论:建立了一套新型冠状病毒、甲、乙型流感病毒和人源基因内标的一步法多重巢式荧光RT-PCR方法,该方法具有良好的灵敏度和特异性,可用于新型冠状病毒和甲、乙型流感病毒的大批量样本快速筛查。
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编辑人员丨1天前
