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中原地区67个DMD家系产前诊断结果的分析
编辑人员丨1周前
目的:对67个中原地区DMD家系的产前诊断结果进行分析,探讨DMD产前诊断的策略。方法:收集67例DMD产前诊断家系病例,综合应用多重连接探针扩增技术(multiplex ligation-dependent probe amplification,MLPA)、二代测序(next generation sequencing,NGS)和Sanger测序技术明确家系先证者和孕妇的基因诊断,并对胎儿进行产前诊断,产前诊断结果用短串联重复序列(short tandem repeat,STR)验证。结果:67个DMD家系中, DMD基因大片段缺失、重复、微小变异分别为73.13%(49/67)、10.45%(7/67)和16.42%(11/67),其中缺失热点区域为第45~52外显子。11例微小变异中,4例变异未见报道过。67位先证者母亲中28位未携带 DMD基因变异,新发变异率为41.80%,其中27例为大片段缺失新发变异。37例携带者孕妇的产前诊断中,10例胎儿为男性患者,7例胎儿为女性携带者。 结论:在DMD的产前诊断中,除检测家系中已知致病变异外,还应排除胎儿 DMD基因大片段缺失可能。未携带 DMD基因变异的先证者母亲也应进行产前诊断以排除生殖腺嵌合体可能。
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编辑人员丨1周前
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一例大片段重复变异导致血友病A的分析
编辑人员丨1周前
目的:报告1例由罕见变异导致的重型血友病A(hemophilia A,HA),并探讨大片段重复变异的致病机制。方法:先后进行 F8基因第22内含子及第1内含子倒位检测、Sanger测序以及多重连接探针扩增(multiple ligation-dependent probe amplification,MLPA)检测。检索HA基因变异数据库并分析患者的临床特征。 结果:先证者FⅧ活性(FⅧ∶C)为0.3%,为重型HA,抑制物检测为阴性。倒位检测及Sanger测序均未发现变异,MLPA检测提示先证者存在Ex 1_22 dup(2 copies)半合变异;其母亲FⅧ∶C 60%,为携带者[Ex 1_22 dup (3 copies)]。HA基因变异数据库所收录的24例大片段重复变异均表现为重型HA,仅1例为抑制物阳性史。结论:大片段重复变异可导致重型HA。MLPA能够有效提高HA患者基因变异的检出率。
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编辑人员丨1周前
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高通量测序技术在胎儿染色体拷贝数变异检测中的应用
编辑人员丨1周前
目的:探讨高通量测序技术对于除21、18、13等常见的染色体非整倍体异常外染色体拷贝数变异检测的临床意义。方法:选取自愿参与无创产前检测(non-invasive prenatal test,NIPT)的孕妇37 306例,对NIPT结果提示存在基因组拷贝数变异(copy number variation,CNV)并愿意接受产前诊断的52例孕妇进行羊水穿刺,进行羊水细胞染色体核型分析及染色体微阵列芯片分析(chromosomal microarray analysis ,CMA),并对所有NIPT提示存在CNV的病例进行随访。结果:在37 306份NIPT样本中共检测到CNV 78例,阳性率为2.09‰。其中52例孕妇行进一步产前诊断,共检出与NIPT结果较一致的拷贝数变异15例,阳性率达28.85%。此外,对未进行诊断的26例孕妇进行了随访,其中自然流产2例,超声提示胎儿结构畸形后选择引产2例,新生儿多发畸形1例(CMA检测结果与NIPT较为一致),异常率高达19.23%,明显高于正常活产儿的异常率。结论:NIPT提示胎儿拷贝数缺失或重复是胎儿染色体异常的高危指征,联合应用染色体核型分析及CMA技术,可以简便、特异地检出大片段染色体结构异常及CNVs,提高染色体疾病的检出率,为遗传咨询和生育指导提供依据。
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编辑人员丨1周前
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南京"5.7" 192Ir源事故患者组织全基因组测序分析
编辑人员丨1周前
目的:采用全基因组测序对南京"5.7" 192Ir源事故患者外周血及组织进行照后第2 047天(5年7个月零7天)基因变异分析,探讨其电离辐射引起的体细胞变异情况,为明确电离辐射引起的远后效应提供理论依据。 方法:收集南京"5.7" 192Ir源事故患者王某照后第2 047天的背部正常皮肤组织、受照射范围内的骨及软组织、外周血3种样本,分别提取DNA后采用全基因组测序技术对样本进行高通量测序,并通过生物信息学对原始测序数据进行分析。以背部正常皮肤组织为对照,开展受照射范围内的骨及软组织、外周血的基因变异检测分析。 结果:与背部正常皮肤组织相比,受照射范围内的骨及软组织和外周血的基因组出现了多种基因变异,包括碱基置换(碱基转换、碱基颠换)、小片段插入、小片段缺失、拷贝数变异(拷贝数增加、拷贝数减少)以及结构变异(大片段缺失、大片段重复、倒位、染色体内易位以及染色体间易位),受照射范围内的骨及软组织出现10 666个基因变异,外周血出现11 233个基因变异,变异DNA涉及上万个基因。这些基因变异存在于外显子、内含子、3'UTR(3'untranslated region,3'端非编码区)、5'UTR(5'untranslated region,5'端非编码区)、剪切位点附近、转录起始位点上游5 kb区域以内、转录终止位点下游5 kb区域以内、非编码RNA以及基因间隔区域,且所有染色体都存在基因变异。结论:南京"5.7" 192Ir源放射事故患者照后第2 047天受照射范围内的骨及软组织和外周血中存在大量的基因变异,可能影响机体的功能及电离辐射诱发的远后效应。
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编辑人员丨1周前
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结节性硬化症患儿52例临床表型及基因型特点分析
编辑人员丨1周前
目的:分析52例结节性硬化症患儿的临床表型及 TSC1/ TSC2基因变异情况。 方法:收集2017年1月至2022年10月就诊于临沂市人民医院的59例结节性硬化症患儿的临床资料,对其主要家系成员进行 TSC1及 TSC2基因检测,分析致病性,并将基因检测阳性患儿分为 TSC1基因变异组和 TSC2基因变异组,比较两组的临床特征差异性。 结果:59例患儿中有52例检出 TSC1或 TSC2基因变异(包括 TSC1基因变异17例, TSC2基因变异35例)。52例患儿中男性28例(53.8%),女性24例(46.2%);家族性病例17例(32.7%,包括 TSC1基因变异10例, TCS2基因变异7例),散发病例35例(67.3%);皮肤色素脱失斑46例(88.5%),面部血管纤维瘤13例(25.0%),鲨革斑5例(9.6%),室管膜下结节/钙化49例(94.2%),皮质结节47例(90.4.%),室管膜下巨细胞星型细胞瘤2例(3.8%),智力障碍/发育迟缓39例(75.0%),癫痫发作49例(94.2%),心脏横纹肌瘤8例(15.4%),肾血管平滑肌脂肪瘤9例(17.3%),视网膜错构瘤4例(7.7%)。基因检测共检出49种变异,4种为大片段缺失/重复变异,45种为点变异。其中致病性变异41种,可能致病性变异7种,意义未明确1种。共发现国内外尚未见报道的变异位点16种、重复大片段1种。3个高频变异位点为p.Arg692 *、p.Arg228 *和p.Arg1200Try。 TSC1基因变异组和 TSC2基因变异组患儿在阳性家族史占比[10/17比7/35(20%), χ2=7.838, P=0.005]、癫痫起病月龄[38.0(0.5~134.0)个月比8.0(0.1~63.0)个月, Z=3.506 ,P<0.001]及智力障碍/发育迟缓发生率[8/17比31/35(88.6%), χadj2=8.423, P=0.004]上差异具有统计学意义。 结论:TSC临床表型谱广泛,可累及全身各个系统,主要为皮肤及神经系统。致病基因为 TSC1/TSC2。TSC1基因变异患儿多有家族遗传, TSC2基因变异患儿癫痫起病年龄更早且智力障碍/发育迟缓发生率更高。本研究发现了未见报道的变异位点16种、重复大片段1种,热点变异3种,扩展了结节性硬化症的基因谱。
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编辑人员丨1周前
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先天性无痛无汗症家系的致病突变鉴定及产前基因诊断
编辑人员丨1周前
目的:鉴定先天性无痛无汗症(CIPA)家系的致病突变,为先证者家庭提供遗传咨询和产前基因诊断。方法:收集2017年12月至2021年7月中国医学科学院募集的CIPA先证者19例及其母亲再次妊娠时的胎儿20例。通过靶基因Panel测序和Sanger测序的方法鉴定先证者的致病突变,针对先证者致病突变,通过聚合酶链反应(PCR)和Sanger测序的方法对先证者父母及家系中的高风险胎儿进行基因型鉴定;基因型与先证者相同的胎儿为患儿。结果:19例CIPA先证者的基因型中,NTRK1双等位基因突变的复合杂合子14例,NTRK1基因突变的纯合子3例,母源单亲二体(UPD)2例。19例CIPA先证者中共检测出22种NTRK1基因变异,其中9种错义突变,1种无义突变,4种微缺失或微重复介导的移码突变,7种内含子变异导致的剪接异常,以及1种NTRK1基因的大片段缺失变异。19个CIPA家系的20例CIPA高风险胎儿中,检出正常基因型胎儿4例,致病突变携带者11例,NTRK1双等位基因突变复合杂合子患儿5例。2例先证者为母源NTRK1突变等位基因UPD的家系中,患儿的父母再次生育时,胎儿均为NTRK1基因突变携带者,未见母源UPD再次发生。结论:本研究为CIPA家系提供了精准的遗传咨询和产前基因诊断,为CIPA家系的健康生育提供了重要保障。
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编辑人员丨1周前
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采用染色体微阵列分析提高先天性泌尿系统畸形胎儿拷贝数变异的检出率
编辑人员丨1周前
目的:探讨先天性泌尿系统畸形(congenital anomalies of the kidney and urinary tract,CAKUT)胎儿中拷贝数变异(copy number variation,CNV)的检出情况。方法:本研究为回顾性研究。研究对象为广东省妇幼保健院2016年1月至2020年7月产前超声发现胎儿泌尿系统畸形并行染色体微阵列分析(chromosome microarray analysis,CMA)病例1 929例。根据产前超声表现,将这些病例分为孤立性CAKUT组(1 567例)、CAKUT合并软指标异常组(269例)和CAKUT合并其他系统畸形组(93例)。分析致病性CNV的检出情况。采用 χ2检验(或Fisher精确概率法)比较3组CNV检出率的差异。 结果:(1)研究对象的CNV总检出率为6.5%(125/1 929),其中致病性CNV的检出率为4.8%(93/1 929)。CAKUT合并其他系统畸形组CNV总检出率、有临床意义的CNV检出率和大片段染色体结构变异的检出率[31.2%(29/93)、18.3%(17/93)和9.7%(9/93)]分别高于CAKUT合并软指标异常组[11.5%(31/269)、9.0%(24/269)和2.2%(6/269)]和孤立性CAKUT组[4.2%(65/1 567)、3.6%(56/1 567)和0.3%(4/1 567), χ2=119.002、49.677和42.727, P值均<0.001]。CAKUT合并其他系统畸形组致病性CNV检出率(18.3%,17/93)高于CAKUT合并软指标异常组(8.6%,23/269)和孤立性CAKUT组(3.4%,53/1 567)( χ2=51.932, P<0.001)。(2)93例致病性CNV中,胎儿肾脏回声增强的致病性CNV检出率最高(14.7%,23/156),其后依次为肾脏增大(8.2%,5/61)、肾发育不良(5.0%,13/261)、多囊性肾发育不良(5.0%,13/261)和肾积水(4.8%,20/413)等。CAKUT合并其他系统畸形组多囊性肾发育不良、肾缺如、融合肾和肾积水的致病性CNV检出率高于孤立性CAKUT组[分别为3/9与3.5%(8/230)、2/17与1.3%(3/237)、1/8与0.0%(0/59)和3/18与3.4%(12/344), P值均<0.017],肾脏回声增强的致病性CNV检出率高于CAKUT合并软指标异常组[4/8与12.8%(5/39), P<0.017]。(3)93例致病性CNV中,微缺失/微重复综合征前3位依次为17q12微缺失综合征(36.6%,34/93)、22q11.2微缺失综合征(23.7%,22/93)和16p11.2微缺失综合征(7.5%,7/93)。 结论:孤立性CAKUT、CAKUT合并软指标异常及CAKUT合并其他系统畸形的胎儿发生CNV的风险依次升高。对于产前超声提示胎儿肾积水、肾脏回声增强、肾脏增大、肾发育不良或多囊性肾发育不良者,建议选择CMA进行检测,以提高CNV的检出率。
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编辑人员丨1周前
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苯丙酮尿症43个家系的 PAH基因变异分析及产前诊断
编辑人员丨1周前
目的:探讨43个苯丙酮尿症(PKU)家系苯丙氨酸羟化酶(phenylalanine hydroxylase, PAH)基因的变异特点及其产前诊断方法。 方法:选择2019年至2021年郑州大学第一附属医院确诊的43个PKU家系作为研究对象,通过高通量测序对其先证者进行 PAH基因的变异筛查,并用Sanger测序法对候选变异进行家系验证。对未明确变异的先证者用多重连接探针扩增(MLPA)技术检测 PAH基因的大片段缺失或重复。对风险妊娠联合使用Sanger测序、MLPA和多态性连锁分析进行产前诊断。 结果:43例先证者的86个等位基因经检测共发现了78个变异和3个大片段缺失,检出率分别为90.70%和3.49%。共检出21种错义变异、5种剪接变异、4种无义变异、2种微小缺失、1种插入和2种大片段缺失。常见的变异包括p.Arg243Gln(23.26%)、p.Arg111Ter(8.14%)、EX6-96A>G(6.98%)、p.Val399Val(5.81%)和p.Arg413Pro(4.65%)。变异热点包括第7、11、3、6和12外显子。产前诊断在43个家系中共确诊PKU受累胎儿9例(20.45%)、杂合变异携带者20例(45.45%)、未携带相同变异者15例(34.09%)。胎儿出生后随访至6个月,产前诊断的准确率为100%。结论:联合高通量测序、Sanger测序、MLPA和多态性连锁性分析可以提高PKU患者的诊断率,并准确进行产前诊断。
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编辑人员丨1周前
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CNV-seq与染色体核型分析在平衡易位携带者产前诊断中的应用
编辑人员丨1周前
目的:探索拷贝数变异测序(copy number variation sequencing,CNV-seq)和核型分析在平衡易位携带者产前诊断中的应用价值。方法:收集2018年5月至2019年12月在郑州大学第一附属医院同时行CNV-seq检测和核型分析的135例平衡易位携带者单胎羊水样本的病案资料,对两组数据进行对比分析。仅将明确导致出生缺陷的结果定为异常,包括染色体数目异常、大片段缺失/重复、致病性拷贝数变异(pathogenic copy number variations,pCNVs)。结果:核型分析的异常检出率为4.44%(6/135)。CNV-seq的异常检出率为5.93%(8/135),较核型分析高1.48%(2/135)。核型分析平衡易位检出率为50.37%(68/135)。结论:对于平衡易位携带者,建议行羊膜腔穿刺取样后同时进行CNV-seq和核型分析检测,有利于胎儿染色体异常的全面检出及出生后的生育咨询。
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编辑人员丨1周前
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15年来中国单一中心杜氏/贝氏肌营养不良家系基因突变分析及治疗预期
编辑人员丨1周前
目的:对2005年至2019年15年来中国单中心的2042个无亲缘关系的杜氏/贝氏肌营养不良(Duchenne/Becker muscular dystrophy, DMD/BMD)家系进行 DMD基因突变回顾性分析,探讨 DMD基因突变在中国汉族人群中的结构特点及相应的期望治疗方案。 方法:收集2005年1月至2019年8月于本中心就诊的2042个无亲缘关系的DMD/BMD家系,联合应用多重连接探针扩增、二代测序、Sanger测序技术进行 DMD基因突变的检测分析。 结果:2042个中国汉族DMD/BMD家系中,1986个家系检出突变,56个家系未检出变异,检出率为97.26%(1986/2042)。DMD和BMD分别占78.60%和21.40%,其中包括33名女性先证者。大片段缺失、重复和小突变分别占71.85%,8.76%和19.39%。其中,最常见的外显子缺失和重复类型分别是第45~50外显子缺失和第2外显子重复,在小突变中未发现热点。调查了1595个家庭的DMD家族史,遗传率为58.62%(935/1595),新发突变率为41.38%(660/1595)。在本研究中,可以通过已有的基因治疗方法缓解症状的患者比例为34.28%(700/2042)。结论:本研究为单中心大样本量的DMD家系突变研究,为97.26%的DMD患者提供了明确分子诊断,为患者家庭的再次生育提供了有效的遗传咨询或产前诊断,丰富了 DMD基因的突变谱,为研究 DMD基因突变机制及探索DMD的治疗奠定了基础。
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编辑人员丨1周前
