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基于高通量测序的眼-鼻区系微生物菌群研究进展
编辑人员丨2天前
近年来,微生物在眼部的作用日益受到重视.传统的眼部微生物鉴定主要集中于涂片、细菌培养等检查手段,但受到培养条件等各种因素限制导致阳性率低.随着人类宏基因组计划的启动实施,高通量测序技术因其通量高、灵敏度及特异性高、信息量丰富、成本低的特点可将微生物群落定义到属、种水平,有助于更好的理解眼部疾病的病因、诊断、治疗及预防,推动眼科实现精准化医疗进程.由于眼部与鼻部在解剖结构上相通,本文旨在探讨眼部和鼻部微生物菌群策略的研究进展及眼-鼻区系微生物可能的传播途径,为眼鼻相关疾病的研究提供基础.
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编辑人员丨2天前
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抑郁症患者肠道菌群物种结构差异的临床对照研究
编辑人员丨2天前
目的 探讨抑郁症患者与健康对照者之间肠道菌群的差异性,为抑郁诊断及治疗提供参考.方法 选取2020年11月—2022年11月于株洲市三医院精神科就诊的53例抑郁症患者为抑郁症组,同期于株洲市公开招募55名性别、年龄与抑郁症组患者匹配的健康志愿者为健康对照组.收集受试者的一般资料,采集受试者新鲜粪便,采用16S rDNA宏基因测序定性、定量分析肠道菌群多样性、丰度、结构等差异以及与临床症状的相关性.结果 共收集到27 237 978个16S rDNA.两组受试者肠道菌群的整体丰度α多样性比较,差异无统计学意义(P>0.05).物种及结构方面,两组受试者的四种距离(Jaccard距离、Bray-Curtis距离、非加权UniFrac距离、加权UniFrac距离)β多样性比较,差异均有统计学意义(均P<0.05).相较于健康对照组,抑郁症组拟杆菌门占比高(12.4%比44.1%),厚壁菌门/拟杆菌门(F/B)值低(6.35比1.04).线性判别分析效应量(LEfSe)分析显示,两组受试者肠道菌群多达30个物种差异有统计学意义(P<0.05,LDA值>2).结论 抑郁症患者与健康对照者之间肠道菌群具有差异性,而具有差异性的肠道菌群物种可能是潜在客观标志物及干预靶标.
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编辑人员丨2天前
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肾移植后马尔尼菲蓝状菌、烟曲霉、哥伦比亚分枝杆菌混合感染1例
编辑人员丨2天前
肾移植患者需要服用多种免疫抑制剂抗排斥治疗,是各类感染的高危人群。罕见病原体感染、混合感染是诊断及治疗的难点,抗生素覆盖病原微生物不准确和血药浓度不足均会影响疗效,增加病死率,及时且精准的鉴定病原微生物至关重要 [1]。现阶段病原微生物检测最常见的方法是体液涂片和培养,组织病理学检查是侵袭性真菌感染确诊的金标准,聚合酶链式反应(PCR)能够快速、准确、高灵敏度的找到特定感染病原体,抗原抗体检测可区分急性和既往感染。但体液培养耗时长、灵敏度差、抗生素治疗后送检标本的阳性率更低。怀疑侵袭性真菌感染时,并非所有患者都能获取感染组织标本送检组织病理学检查。PCR难以发现未知病原微生物。免疫抑制患者的病原微生物抗体检测,诊断效率亦欠佳 [2]。宏基因组二代测序技术(mNGS)可直接提取送检样本中全部微生物的核酸进行高通量测序,快速且客观的检测样本中的病原微生物,广覆盖、无偏倚、无需假设。近年来已广泛应用于急危重症和免疫缺陷患者感染的鉴别诊断中 [3,4]。本文报道1例肾移植患者,间断发热1个月,右侧鼻翼及鼻腔丘疹样溃疡形成,双侧眼睑粘膜红肿,CT见两肺大片状及结节样实性密度影,通过mNGS鉴定出马尔尼菲蓝状菌、烟曲霉、哥伦比亚分枝杆菌混合感染,调整抗生素后病情好转,现进行分析总结。
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编辑人员丨2天前
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肠道菌群及其代谢产物短链脂肪酸对肾结石形成的影响
编辑人员丨2天前
肾结石发病率和复发率高,危害严重。草酸钙结石是肾结石的主要类型,成因尚未完全明确,因而目前并无很好的针对性预防策略。随着16S rRNA、宏基因及代谢组学等方法学的发展,肠道菌群及其代谢产物对疾病的影响已成为多个研究领域的热点。目前,越来越多的研究也指示肠道菌群及其代谢产物短链脂肪酸可能和肾结石的发生、发展存在密切关系。一方面,肠道菌群可影响草酸的稳态;另一方面,短链脂肪酸经肠道吸收循环到达肾脏后可参与一系列的生理病理过程,并调节相关免疫和炎症反应。本文将系统地阐述肠道菌群及其代谢产物短链脂肪酸影响肾结石形成的研究进展,并展望今后的研究方向。
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编辑人员丨2天前
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结直肠癌肝转移患者新辅助化疗效果相关的肠道菌群和代谢物特征及其临床预测价值
编辑人员丨2天前
目的:筛选与结直肠癌肝转移以奥沙利铂为基础的新辅助化疗患者疗效相关的特征性肠道菌群及粪便代谢物,分析肠道菌群与粪便代谢物之间的关系,评估相关标志物在结直肠癌新辅助化疗中的疗效预测价值。方法:病例对照研究。选取2021年10月—2022年7月在山东大学齐鲁医院就诊的34例结直肠癌肝转移患者为研究对象,根据疗效评价标准,分为化疗有效组(20例)和化疗无效组(14例),患者粪便样本进行宏基因组测序和非靶向代谢组学分析,获得与结直肠癌肝转移化疗疗效相关的菌群及代谢物特征,采用Logistic回归构建预测模型筛选可预测化疗效果的菌群及代谢标志物,绘制受试者工作特征(ROC)曲线以及生存分析曲线评价相关菌种和代谢物对新辅助化疗疗效的预测效果。结果:化疗有效组与无效组患者的肠道菌群的α和β多样性差异无统计学意义( P均>0.05)。在菌种方面,与化疗无效组比较,化疗有效组有5种菌种相对丰度上调,10种菌种相对丰度下调,差异有统计学意义( P均<0.05),其中唾液普雷沃菌能有效预测化疗效果(ROC曲线下面积为0.750, P=0.007),敏感度为80.0%,特异度为71.4%,且其丰度高水平患者(17例)总生存率低于丰度低水平患者(17例)( χ2=5.239, P=0.022)。在代谢物方面,与化疗无效组比较,化疗有效组有20种代谢物上调,4种代谢物下调,差异有统计学意义( P均<0.05),其中苏氨酸和前列腺素F2α-1-乙醇酰胺可区分化疗有效与无效患者(AUC=0.743、0.707, P均<0.05),并且两者相对丰度高水平患者(17例)总生存率高于低水平患者(17例)( χ 2=4.748、5.407, P均<0.05)。通过筛选分析获得唾液普雷沃菌和前列腺素F2α-1-乙醇酰胺的Logistic回归模型,ROC曲线结果显示,该模型对患者的疗效具有较好的预测价值(AUC=0.836, P<0.05),敏感度为90.0%,特异度为78.6%,且模型预测生存概率高水平患者(17例)总生存率高于低水平患者(17例)( χ2=9.260, P=0.002)。 结论:唾液普雷沃菌和前列腺素F2α-1-乙醇酰胺可作为结直肠癌肝转移新辅助化疗效果的预测标志物,对患者预后判断具有较好的临床参考价值。
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编辑人员丨2天前
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鹦鹉热衣原体致重症社区获得性肺炎二例
编辑人员丨2天前
鹦鹉热是由鹦鹉热衣原体感染导致的一种罕见的人畜共患传染病。因其发病率较低,且临床表现、常规实验室检查和影像学表现均缺乏特异性,故常导致诊断困难、治疗不及时,甚至危及患者生命。现报道2例鹦鹉热衣原体感染导致的重症社区获得性肺炎病例,并结合文献进行讨论,以提高临床医师对该病的认识。
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编辑人员丨2天前
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腰椎淋巴瘤误诊为结核1例
编辑人员丨2天前
现报道1例青年男性,既往确诊艾滋病,未行抗病毒治疗,本次因腰痛就诊,初步诊断为腰椎结核,经抗结核治疗后效果不佳,其间脊髓压迫症状加重,存在臀部皮肤压疮,经计算机断层成像引导下腰椎穿刺活检病理及椎体组织宏基因组学二代测序未见异常。进一步至外院在全身麻醉下行后路胸腰椎固定+椎管减压术,术后腰椎穿刺病理报告提示腰椎B细胞淋巴瘤,患者最终因呼吸衰竭死亡。
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编辑人员丨2天前
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不同免疫状态下的重症腺病毒性肺炎3例
编辑人员丨2天前
人腺病毒感染引起的腺病毒性肺炎是目前造成婴幼儿肺炎死亡和致残的重要原因之一,合并慢性基础疾病和免疫功能受损者更易发展为重症。免疫功能正常的人群也能发生重症腺病毒性肺炎,但目前发生机制尚不清楚,其原因可能与免疫机制的触发有关。本文介绍3例不同免疫状态下的重症腺病毒性肺炎病例,通过吸氧、稳定内环境等支持治疗,以及糖皮质激素或免疫球蛋白调节免疫治疗,最终均治疗有效,预后较好。
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编辑人员丨2天前
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宏基因组高通量测序揭示血液病患者异基因造血干细胞移植后感染谱
编辑人员丨2天前
目的:探讨宏基因组高通量测序(mNGS)所揭示的感染谱特征,为异基因造血干细胞移植(allo-HSCT)后感染诊断提供参考。方法:选取2018年1月至11月河北燕达陆道培医院行allo-HSCT后出现全身或局部感染症状的血液病患者64例。用mNGS方法检测血液、脑脊液、肺泡灌洗液等标本中存在的所有病原微生物基因序列,并结合患者的临床表现确定致病或疑似致病的病原体。结果:共对64例allo-HSCT患者进行了97份样本的mNGS检测。革兰阳性菌中最常见为溶血葡萄球菌(19例次)和人葡萄球菌(14例次),革兰阴性菌中最常见为鲍曼不动杆菌(8例次);病毒中最常见的为巨细胞病毒、EB病毒和细环病毒(分别为35、22和23例次);真菌中最常见的为球形马拉色菌(14例次)和近平滑念珠菌(8例次)。3例检测到结核分枝杆菌复合群,均见于急性髓系白血病移植后患者。1例患者痰液中检测到口腔支原体,寄生虫未见。结论:mNGS可全面揭示血液病allo-HSCT后的感染谱,尤其对于少见和难培养病原微生物检测具有显著优势,可有效帮助临床感染病原体的诊断。
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编辑人员丨2天前
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儿童内脏利什曼病3例
编辑人员丨2天前
内脏利什曼病发病初期仅依靠免疫学检测及病原学检查诊断存在一定难度,易造成漏诊、误诊。本研究中3例内脏利什曼病患儿在起病初期可见较长时间的反复发热、肝脾肿大、贫血等临床表现;实验室检查提示血常规三系降低,C反应蛋白、铁蛋白、丙氨酸转氨酶、天冬氨酸转氨酶、乳酸脱氢酶等不同程度升高;骨髓涂片均可见组织细胞吞噬血细胞,其中2例骨髓涂片查见大量利-杜小体,1例仅见几个散在的形态不典型的疑似利-杜小体;宏基因组学二代测序(mNGS)均检出杜氏利什曼原虫。通过本研究3例儿童内脏利什曼病的鉴别诊断及诊治中mNGS发挥的重要辅助诊断作用,旨在说明mNGS在儿童内脏利什曼病的早期诊断及疗效观察方面的可行性和应用价值。
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编辑人员丨2天前
