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甲胎蛋白高表达和低表达肝细胞肝癌的基因表达谱差异分析
编辑人员丨3天前
目的:探讨甲胎蛋白(AFP)高表达和低表达肝细胞肝癌(HCC)中的差异表达基因表达谱,为HCC的分子机制研究及预后判断提供理论依据。方法:从肿瘤基因图谱计划(TCGA)公共数据库获得368例包含完整临床信息的HCC转录组数据,根据组织AFP mRNA表达四分位数将样本分为AFP高表达组和AFP低表达组,每组各92例。应用R软件中的DEseq2包进行差异表达基因分析,应用ClusterProfiler包对差异表达基因进行基因本体论(GO)功能分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析,应用String数据库和Cytoscape软件构建蛋白相互作用网络,筛选关键基因。采用单样本基因集富集分析方法,通过R软件GSVA包对特征基因进行富集评分,根据得分定义特征基因集表达情况。利用RNAseq数据和实时荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)进行独立数据集验证和组织验证。结果:TCGA数据分析显示,AFP高表达与HCC低分化、患者人种有关(均 P<0.05)。生物信息学分析共获得1 382个差异表达基因,其中931个基因在AFP高表达组织中表达上调,451个基因表达下调。GO功能分析显示,AFP高表达组织中高表达的基因主要与附属肢体发育、肢体发育、骨架系统发育等过程有关,而低表达基因则与异源物代谢、类固醇代谢、细胞对异生物刺激反应等代谢相关过程有关。KEGG通路分析显示,AFP高表达组织中高表达的基因主要参与原发性免疫缺陷、神经活性配体-受体相互作用、细胞因子-细胞因子受体相互作用通路,而低表达基因主要与视黄醇代谢、化学致癌作用、类固醇激素的生物合成等通路相关。鉴定出1个预后相关特征基因集,该基因集包括AURKB、TTK、CENPA、UBE2C、HJURP、KIF15,其高表达与HCC患者的无复发生存和总生存有关,且特征基因集富集分数与AFP表达呈正相关( r=0.475, P<0.001)。RNAseq数据验证结果与TCGA数据分析结果基本一致。RT-qPCR检测结果显示,特征基因集中AURKB、KIF15和UBE2C在AFP高表达HCC组织中显著高表达,其表达虽然与HCC患者的无病生存、总生存无关,但AFP低表达组患者的无病生存曲线和总生存曲线均在AFP高表达组患者之上。 结论:AFP高表达和AFP低表达HCC在基因表达谱上存在较大差异。筛选出的特征基因集可能协同AFP共同促进HCC的发生发展,其对解释不同水平AFP HCC的作用机制有一定作用,并为HCC的预后判断提供了新的思路和依据。
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编辑人员丨3天前
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女性生殖系统恶性中胚叶混合瘤50例临床病理特征
编辑人员丨3天前
目的:探讨发生在女性生殖系统的恶性中胚叶混合瘤(malignant mixed mesodermal tumor,MMMT)的临床病理学特征、免疫组织化学及分子遗传学特点。方法:收集解放军总医院第一医学中心病理科2005—2019年诊断为恶性中胚叶混合瘤的临床病理资料,分析其组织病理学特点,并通过免疫组织化学法检测雌激素(ER)、孕激素(PR)、p16、p53、错配修复蛋白(MMR)等指标的表达。结果:本组MMMT病例的发生部位包括子宫原发29例、卵巢原发16例、子宫和卵巢双原发4例、宫颈1例。镜下可见肿瘤由癌和肉瘤两种成分构成,分界清楚或相互混合。癌成分在整个肿瘤中占5%~90%不等,其中大部分病例以癌为主,少部分病例癌成分低于50%,其中2例低于10%。癌的类型大多为一种类型,有7例由2种类型的癌混合而成。子宫原发MMMT以子宫内膜样癌居多(55%,16/29),卵巢MMMT以浆液性癌居多(12/16),宫颈MMMT为鳞状细胞癌成分,其他为透明细胞癌、未分化癌。肉瘤的类型,同源性肉瘤包括内膜间质肉瘤、平滑肌肉瘤以及高级别梭形细胞肉瘤,多见于子宫MMMT(72.4%,21/29);异源性肉瘤(包括软骨肉瘤、骨肉瘤及横纹肌肉瘤),多见于卵巢MMMT(12/16);其中10例由2种类型的肉瘤混合而成。子宫卵巢同步发生肿瘤的形态和类型大致相同。直接蔓延或转移性肿瘤(卵巢、子宫、淋巴结、网膜、肠壁、皮肤)均为与主体肿瘤大致相同类型的癌。免疫组织化学ER和PR为双阴性(子宫肿瘤23/25,卵巢肿瘤8/10);p16弥漫强阳性(子宫肿瘤11/11,卵巢肿瘤6/6)。p53多为突变型表达(64%,21/33),在癌和肉瘤成分表达同步;在上皮成分为子宫内膜样癌的病例中,p53突变型表达占35%,在非子宫内膜样癌中占46.7%;在异源性肉瘤的病例中占31.8%,而非异源性肉瘤中占50%。28例(28/33,85%)表现为错配修复蛋白完整,仅5例(5/33,15%)表现为错配修复蛋白缺陷。结论:女性生殖系统MMMT是高级别癌和肉瘤构成的双相性肿瘤,形态复杂多样,免疫组织化学具有ER/PR阴性、p16弥漫强阳性的特点,多为p53突变型和MMR完整。
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编辑人员丨3天前
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肝细胞癌发病关键基因和预后相关基因的生物信息学分析
编辑人员丨3天前
目的:采用生物信息学方法筛选和分析原发性肝细胞癌组织和癌旁组织差异表达基因(DEGs),探索原发性肝细胞癌发生和预后的分子机制。方法:通过GEO数据库收集了GSE76427数据集,采用GEO2R在线分析鉴定了DEGs。利用GO和KEGG数据库对DEGs进行富集和功能注释。基于STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白质互相作用网络分析肝细胞癌发病关键基因。通过GEPIA数据库对这些关键基因进行生存曲线的分析。结果:共筛选出74个肝细胞癌DEGs,包括3个上调基因和71个下调基因。GO富集分析结果显示,下调的DEGs主要参与细胞对镉离子和锌离子的反应、生长负调节、异源代谢过程和激素介导的信号通路。KEGG通路富集分析结果显示,下调的DEGs通路主要涉及视黄醇代谢、化学致癌作用、药物代谢-细胞色素P450、细胞色素P450对异生物素的代谢、色氨酸代谢及咖啡因代谢等。蛋白质互相作用网络筛选出10个下调的核心基因:MT1G、MT1F、MT1X、MT1E、MT1H、胰岛素样生长因子1、FOS、CXCL12、EGR1、BGN,其中胰岛素样生长因子1与原发性肝细胞癌的预后有关。结论:通过对肝细胞癌芯片数据的生物信息学分析结果显示10个关键基因可能对原发性肝细胞癌的发生和发展起关键作用。胰岛素样生长因子1与原发性肝细胞癌的预后有关。
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编辑人员丨3天前
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两种呼吸道合胞病毒PreF三聚体重组蛋白疫苗的制备和免疫原性评价
编辑人员丨3天前
目的:通过基因序列设计及优化,构建质粒并表达纯化出4种呼吸道合胞病毒(RSV) PreF蛋白,对其免疫原性进行评价。方法:分别用Human和CHO密码子优化Coronin-1A和T4三聚体蛋白基因序列,并添加到RSV F蛋白序列后,将上述质粒转染Expi293F细胞进行蛋白质表达,收获上清经镍柱纯化后,制备出4种三聚体蛋白,并进行SDS-PAGE分析及Western blot鉴定。于0周和3周免疫动物,采血后进行结合抗体和中和抗体活性检测。结果:SDS-PAGE分析及Western blot鉴定结果表明,制备及表达的4种蛋白质具有稳定的三聚体结构;抗原抗体亲和力试验表明,4种三聚体蛋白与RSV特异性单抗8897、D25、Motavizumab、AM14和Palivizumab的亲和力均很强;免疫血清的结合抗体效价和中和抗体效价结果表明,初次免疫后,两种T4三聚体蛋白诱导的抗体水平更高,再次免疫后,Human密码子优化的三聚体蛋白抗体增长幅度较高。结论:两种不同的异源三聚体基序添加均可产生有效的三聚体PreF蛋白,并能在小鼠体内诱导出有效的结合抗体和中和抗体。
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编辑人员丨3天前
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转录激活因子3在心血管与代谢性疾病中的作用
编辑人员丨3天前
心血管疾病是世界范围内居民死亡的首要原因。多种危险因素参与了心血管疾病的发生发展,包括糖尿病、肥胖等代谢性疾病。心血管与代谢性疾病涉及的组织与细胞类型复杂多样,发病机制尚未阐明,涉及众多信号分子。其中,转录因子能够直接影响基因表达,在调节细胞功能与疾病进程中发挥关键作用。转录激活因子(ATF)3是一种适应性反应基因,属于转录因子的ATF-cAMP反应元件结合(CREB)蛋白家族,通过与自身或其他ATF(CREB)成员形成同源或异源二聚体,对靶基因转录发挥调节作用。ATF3的适量表达对维持细胞的正常生理状态很重要,ATF3的表达异常与炎症、凋亡、氧化应激、内质网应激等多种病理生理反应相关,并参与了包括心血管与代谢性疾病在内的多种疾病。本文就ATF3在高血压、动脉粥样硬化、缺血性心脏病、心肌肥厚、心力衰竭、糖尿病和肥胖中的作用进行综述,以期为心血管与代谢性疾病提供新的潜在治疗靶点。
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编辑人员丨3天前
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重组嵌合腺病毒35型和重组痘苗病毒SIV疫苗在小鼠体内联合免疫的实验研究
编辑人员丨3天前
目的:研究嵌合腺病毒35型载体和痘苗病毒载体SIVenvT疫苗通过不同策略联合免疫小鼠所诱导的细胞和体液免疫应答。方法:通过PCR和Western blot方法对表达SIV mac239株SIVenvT基因的重组嵌合腺病毒35型(rAd5F35-SIVenvT)和重组痘苗病毒安卡拉株(rMVA-SIVenvT)进行体外鉴定。采用两种不同的策略联合免疫BALB/c小鼠,即同源载体免疫和异源载体免疫。通过ELISPOT方法检测小鼠脾脏中分泌SIV Env特异性IFN-γ的淋巴细胞数量,ELISA方法检测血清SIV gp120抗体滴度,比较两种免疫策略诱导小鼠产生细胞和体液免疫应答的差异。结果:rAd5F35-SIVenvT和rMVA-SIVenvT均能在HEK293细胞中有效表达SIVenvT蛋白。初次免疫后第4周,两组SIV Env特异性细胞免疫应答和SIV gp120抗体均达到峰值,随后呈波动下降趋势。异源免疫组诱导小鼠的应答水平高于同源组,其中第4周和第16周异源组细胞免疫应答强度显著高于同源组,第4周异源组SIV gp120抗体滴度显著高于同源组。结论:rAd5F35-SIVenvT和rMVA-SIVenvT两种载体疫苗联合免疫策略能诱导小鼠产生较强细胞和体液免疫应答。
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编辑人员丨3天前
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GnRH缺陷疾病致病基因 RNF216互作蛋白的筛选
编辑人员丨3天前
目的:通过酵母双杂交实验筛选与环指蛋白216(ring finger protein 216, RNF216)相互作用的蛋白,进一步阐明RNF216在GnRH缺陷疾病中的作用。方法:构建pGBKT7- RNF216重组表达载体,将其转化到Y2HGold酵母中,与人cDNA文库进行杂交,筛选与RNF216相互作用的蛋白,然后在Y2HGold酵母中进行验证。 结果:成功构建了pGBKT7- RNF216重组表达载体,并在Y2HGold酵母中成功表达;通过酵母双杂交实验,筛选到了一个与RNF216相互作用的蛋白——丝状蛋白B(filamin B, FLNB),并在Y2HGold酵母中验证了它们之间的相互作用。 结论:成功筛选到一个与RNF216相互作用的FLNB蛋白,RNF216可能通过调节FLNB或FLNB/FLNA异源二聚体影响GnRH神经元的增殖和迁移。
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编辑人员丨3天前
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不同物种肌动蛋白聚合功能及其差异分析
编辑人员丨3天前
肌动蛋白聚合在细胞过程中发挥着关键作用,包括细胞分裂、发育、形态发生、运动和极性建立等重要过程.肌动蛋白聚合异常可引发心血管疾病、神经系统疾病和癌症等多种疾病.肌动蛋白聚合在细胞功能和疾病的发生和发展中发挥着至关重要的作用.尽管物种间和种内肌动蛋白的氨基酸序列高度保守,暗示其功能可能相似,然而最新研究发现,它们在聚合功能方面有差异性.研究表明,大部分动物或植物肌动蛋白能够在酵母细胞中被异源使用,但是兔子骨骼肌和玉米花粉肌动蛋白在聚合功能方面几乎无法互相替代.与此相比,酵母肌动蛋白则可以与动物或植物肌动蛋白共聚.本文综述了近年来动物、植物和酵母肌动蛋白的聚合特性以及其在体内外聚合功能上的差异性研究进展,以及靶向干预肌动蛋白聚合的药物,不仅为治疗人类疾病提供了新的途径,同时也为我们深入了解种内外肌动蛋白的分子机制奠定了基础,有助于开发治疗人类疾病的新型药物.进一步的研究探索将有助于揭示肌动蛋白多样性和功能进化的潜在规律,为相关领域的研究提供了重要的指导和启示.
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编辑人员丨3天前
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红芪多糖调控FXR-SHP通路改善糖尿病大鼠肝组织糖脂代谢的研究
编辑人员丨1周前
目的 探究红芪多糖(HPS)对糖尿病大鼠肝组织法尼醇X受体(FXR)-小分子异源二聚体伴侣受体(SHP)信号通路及糖脂代谢关键蛋白的影响.方法 Wistar雄性大鼠随机选取12只作为空白组,其余60只采用一次性腹腔注射链脲佐菌素(STZ,50 mg·kg-1)联合高糖高脂饮食饲养复制糖尿病大鼠模型.成模大鼠随机分为模型组,阳性对照组(灌胃给予双歧杆菌四联活菌片混悬液400 mg·kg-1·d-1),HPS高、中、低剂量实验组(分别灌胃给予HPS混悬液200、100、50 mg·kg-1·d-1剂量);空白组和模型组灌胃给予等体积纯净水,每日1次,连续8周.灌胃前后测血糖(Glu),用实时荧光聚合酶链反应(RT-PCR)法、蛋白质印迹(Western blot)法分别检测肝组织法尼醇X受体(FXR)、小分子异源二聚体伴侣受体(SHP)、抗过氧化物酶体增殖物激活受体α(PPARα)、抗磷酸烯醇丙酮酸羧化激酶(PEPCK)、甾醇调节原件结合蛋白-1c(SREBP-1c)、抗葡萄糖-6-磷酸酶(G6Pase)mRNA和蛋白相对表达水平.结果 正常组、模型组、阳性对照组、HPS高剂量实验组治疗后Glu分别为(7.66±0.61)、(29.25±1.64)、(23.31±3.02)、(19.31±5.13)mmol·L-1,肝组织中 FXR mRNA相对表达水平分别为 1.00±0.04、0.44±0.03、0.61±0.06、0.87±0.03,SHP mRNA 相对表达水平分别为 1.00±0.04、0.40±0.01、0.67±0.01、0.67±0.02,肝组织中 G6Pase mRNA 相对表达水平分别为 1.00±0.06、3.00±0.08、1.87±0.03、1.44±0.05,肝组织中PEPCK mRNA相对表达水平分别为1.00±0.04、1.88±0.03、1.31±0.02、1.23±0.04,肝组织中 SREBP-1c mRNA相对表达水平分别为 1.00±0.04、1.90±0.01、1.26±0.03、1.06±0.04,肝组织中 PPARα mRNA 相对表达水平分别为 1.00±0.02、0.16±0.01、0.45±0.01、0.96±0.03;模型组的上述指标与空白组比较,阳性对照组及HPS高剂量组的上述指标与模型组比较,在统计学上差异均有统计学意义(均P<0.01).FXR、SHP、G6Pase、PEPCK、SREBP-1c、PPARα蛋白表达结果的趋势与mRNA表达一致.结论 HPS可能通过调控肝组织FXR-SHP信号通路,抑制糖尿病大鼠肝组织糖脂代谢关键蛋白表达,促进脂质氧化,从而改善血糖,保护肝组织.
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编辑人员丨1周前
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异源表达异子蓬SaPEPC2基因提高烟草抗旱性和光合特性
编辑人员丨1个月前
磷酸烯醇式丙酮酸羧化酶(PEPC)是C4光合关键酶,有助于植物在非生物胁迫下抵御逆境.异子蓬(Suaeda aralo-caspica)是一种无须Kranz结构即可在单细胞中高效执行C4光合作用的荒漠盐生植物,在C3作物遗传改良方面具有天然优势.以转异子蓬SaPEPC2基因烟草(Nicotiana tabacum)为材料,探讨了其抗旱功能和光合性能.结果表明,过表达SaPEPC2提高了烟草叶片持水能力,可保持叶绿素稳定;积累更多的渗透调节物质,增强了抗氧化酶活性,进而降低了植株体内的活性氧水平,减轻膜损伤程度;同时还增强了烟草抗旱相关基因和内源光合基因的表达,提高了PEPC活性和净光合速率,可能是促进了烟草体内的"类C4微循环"途径所致.研究结果为进一步利用异子蓬单细胞C4途径PEPC基因培育高光效抗逆农作物品种奠定了基础.
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编辑人员丨1个月前
