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宏基因组二代测序辅助诊断创伤弧菌感染1例
编辑人员丨5天前
创伤弧菌是一种嗜盐嗜温的革兰阴性杆菌,感染后导致的创伤弧菌脓毒症病情进展迅速,短期内即可发展为脓毒性休克甚至多脏器功能衰竭 [1]。因此,早期明确感染病原体,对患者预后至关重要。现将南京医科大学附属南京医院通过血及创口分泌物经宏基因二代测序(metagenomics next-generation sequencing, mNGS)确诊的1例创伤弧菌导致的脓毒性休克病例报告如下。本研究病例均均获得患者/家属同意(伦理审批号:KY20201102-03)。
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编辑人员丨5天前
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七氟烷麻醉致认知障碍模型老龄小鼠肠道菌群变化及NLRP3炎性小体作用机制
编辑人员丨5天前
目的:探讨七氟烷麻醉致认知功能障碍模型老龄小鼠肠道菌群变化及NLRP3炎性小体的作用机制。方法:将18只14月龄雄性SPF级C57BL/6J鼠按照体质量相匹配原则分为对照组和七氟烷组,每组9只。七氟烷组小鼠接受3%七氟醚麻醉,2 h/d,持续3 d。造模24 h后,收集2组小鼠的粪便进行16S rRNA测序,随后进行Morris水迷宫实验检测小鼠的认知能力。用Western blot检测小鼠海马突触相关蛋白、NOD样受体蛋白3(NOD-like receptor protein 3 inflammasome,NLRP3)炎性小体相关蛋白,结肠NLRP3炎性小体相关蛋白的表达。高尔基染色法观察海马区树突棘的数量。qPCR法检测小鼠结肠组织及海马组织炎性细胞因子白介素1β(interleukin-1β,IL-1β)、白介素18(interleukin-18,IL-18)、肿瘤坏死因子α(tumor necrosis factor alpha,TNF-α)mRNA的表达。用GraphPad Prism 7软件进行统计分析,组间比较采用 t检验。 结果:(1)Morris水迷宫结果显示,在定位航行训练期间,七氟烷组逃避潜伏期长于对照组,第5天时差异具有统计学意义( P<0.05);空间探索实验中,七氟烷组逃避潜伏期高于对照组[(49.50±9.99)s,(18.67±7.63)s; t=6.005, P<0.001],平台穿越次数[(0.83±0.75)次,(2.33±1.03)次; t=2.87, P=0.017]低于对照组。(2)Western blot和高尔基染色结果显示,七氟烷引起海马突触相关蛋白表达及树突棘数目明显减少( P<0.05)。(3)16S rRNA测序结果显示,2组β多样性存在显著差异( P<0.05)。与对照组相比,七氟烷组潜在致病菌脱硫杆菌门及脱硫弧菌属多( P<0.05),有益菌疣微菌门及阿克曼菌属少( P<0.05)。(4)qPCR结果显示,七氟烷组小鼠结肠和海马组织炎性细胞因子TNF-α、IL-1β mRNA表达均高于对照组(均 P<0.05);Western blot结果显示,七氟烷组结肠和海马组织NLRP3炎性小体相关蛋白水平高于对照组(均 P<0.05);组织免疫荧光结果显示,七氟烷组海马DG区ASC表达水平高于对照组( P<0.01)。 结论:七氟烷所致认知功能障碍模型老龄小鼠出现神经炎性反应和突触损伤,这可能与肠道菌群失调及NLRP3炎性小体的激活有关。
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编辑人员丨5天前
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平潭东岸近岸海水中细菌群落特征分析
编辑人员丨5天前
目的:探究平潭东岸近岸海水中的主要细菌种类、分布及其与人类健康的关系。方法:采用基因测序和细菌培养的方法,对平潭东岸近岸提取的7个海水样本进行微生物学分析。结果:采样时,平潭沿岸海水的气温为28.00 ℃,水温为24.30 ℃,溶解氧浓度为8.76 mg/L;码头水温为26.60 ℃,溶解氧浓度为7.12 mg/L。海水细菌培养后,共分离出29株弧菌科细菌,包括溶藻弧菌、副溶血弧菌和沙鱼弧菌等,以及20种其他科细菌,包括大肠埃希菌、阴沟杆菌和粪肠球菌等致病菌。海水细菌基因测序显示,变形菌门在平潭东岸近岸海水中约占70%;弧菌属在平潭东北区域海水中占26.08%~31.14%。结论:平潭东岸近岸海水中的细菌主要是革兰阴性菌,以弧菌为主。在进行海水浸泡伤的救治时,应优先考虑针对革兰阴性菌的抗生素。
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编辑人员丨5天前
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基于16S核糖体RNA高通量测序的严重烧伤患者早期肠道菌群变化分析及代谢功能预测的前瞻性研究
编辑人员丨5天前
目的:基于16S核糖体RNA(16S rRNA)高通量测序分析严重烧伤患者早期肠道菌群变化并进行代谢功能预测。方法:本前瞻性观察性研究将2018年1月—2019年12月江苏大学附属医院烧伤整形科收治的48例符合入选标准的严重烧伤患者纳入烧伤组,将同时期于江苏大学附属医院体检中心进行健康检查的符合入选标准的40名健康志愿者纳入健康组。收集烧伤组患者入院后1周左右的粪便标本及健康组志愿者体检当天粪便标本,进行16S rRNA V4区基因测序,分析各类菌属的相对丰度;应用Mothur软件进行操作分类单元(OTU)划分,分析优势菌群;通过QIIME1.9.0软件分析粪便菌群OTU数目、Chao1指数、Ace指数、Shannon指数;采用Canoco Software 5.0对粪便菌群相对丰度做主成分分析;采用京都基因和基因组数据库预测粪便菌群代谢功能。对数据行独立样本 t检验、Mann-Whitney U检验。 结果:烧伤组患者粪便中拟杆菌属、肠球菌属、不动杆菌属、巨球型菌属、葡萄球菌属相对丰度明显高于健康组志愿者( Z=-5.20、-2.37、-5.17、-4.41、-6.03, P<0.05或 P<0.01),而健康组志愿者粪便中未分类的毛螺杆菌科、普氏菌属、盲杆菌属、未分类的瘤胃球菌科、假丁酸弧菌属、布劳特菌属、未分类的消化链球菌科( Z=-8.03、-3.21、-7.63、-5.88、-8.05、-8.05、-6.77, P<0.01)等19种菌属的相对丰度明显高于烧伤组患者。健康组志愿者粪便菌群多样性优于烧伤组患者,其主要优势菌群为拟杆菌属、未分类的毛螺杆菌科、普氏菌属、未分类的肠杆菌科、布劳特菌属、副拟杆菌属和大肠志贺杆菌属等,而烧伤组患者粪便主要优势菌群为拟杆菌属、普氏菌属、未分类的肠杆菌科和副拟杆菌属。烧伤组患者粪便菌群OTU数目、Ace指数、Chao1指数、Shannon指数分别为(149±47)个、199±45、190±45、2.0±0.9,显著少/低于健康组志愿者的(266±57)个、323±51、318±51、3.8±0.5( t=10.325、11.972、12.224、11.662, P<0.01)。健康组志愿者和烧伤组患者粪便菌群相对丰度在主成分1 被清晰地区分为2个群体,主成分1贡献率为32.50%, P<0.01;健康组志愿者粪便菌群在主成分2上较为集中,烧伤组患者粪便菌群在主成分2上散布较大,主成分2贡献率为13.44%, P>0.05。烧伤组患者粪便菌群氨基酸中丙氨酸-天冬氨酸-谷氨酸、精氨酸-脯氨酸、半胱氨酸-蛋氨酸、甘氨酸-丝氨酸-苏氨酸、苯丙氨酸、色氨酸、酪氨酸以及碳水化合物中三羧酸循环、果糖和甘露糖、半乳糖、酵解/糖异生、淀粉和蔗糖代谢水平显著低于健康组志愿者( Z=-4.75、-4.54、-4.75、-4.62、-3.71、-3.28、-4.19,-3.82、-4.72、-4.35、-4.75、-4.71, P<0.01),硫辛酸代谢和辅酶Q合成水平明显高于健康组志愿者( Z= -6.07、-4.51, P<0.01),花生四烯酸代谢水平与健康组志愿者相近( P>0.05)。 结论:基于16S rRNA高通量测序得出,严重烧伤患者早期肠道菌群和健康人群存在明显差异,烧伤患者肠道菌群种类减少,多样性降低,营养代谢水平降低。
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编辑人员丨5天前
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儿童指神经纤维瘤型巨指症继发远指间关节偏斜畸形误诊一例
编辑人员丨5天前
男,33个月。无明显诱因出现左示指远节偏斜约1.5年,近半年手指偏斜畸形加重,就诊以"左示指远指间关节畸形"收住入院。否认外伤史,否认家族性遗传病。体格检查:左示指中远节指体较健侧略增粗,远指间关节桡侧隆起,远节指体向尺侧偏斜,未触及明显包块,远指间关节向桡侧被动伸直不能,主动伸直可,屈曲略受限,手指远端感觉正常(图1)。X线片示:示指各指骨骨密度无明显异常;近节指骨力线、指骨直径无异常,中节指骨基底略增粗、尺偏约17°,远节指骨无明显增粗、尺偏约36°,远指间关节桡侧疑似异常骨密度影(图2)。于全身麻醉下行手术探查、畸形矫正。于示指桡侧以远指间关节为中心,取弧形切口切开皮肤及皮下,显露指固有神经血管束,见桡侧指固有神经于中节以远增粗,向远端延长切口、探查达指腹中央,见远端神经分支亦增粗,部分神经束进入末节指骨,考虑指神经纤维瘤,与患儿家属再次沟通后,分离桡侧病变指神经、予以清理(图3),自中节近端髁部神经较正常处以2%利多卡因封闭神经后快刀切断;瘤体经家属确认后送检病理。切除肿物后,切开部分桡侧关节囊探查未见多余骨骺、异常骨块,远指间关节被动侧方伸直仍受限,考虑尺侧皮肤、关节囊挛缩所致,遂于远指间关节尺侧"Z"形切开皮肤,探查尺侧指神经未见明确异常,被动活动关节仍僵硬。遂显露尺侧副韧带,"Z"形切断,矫正手指远指间关节达伸直位,以1枚克氏针纵行固定,5-0 proline线修复侧副韧带,松止血带充分止血后,间断闭合创口,手指皮肤血运良好(图4A,4B),无菌敷料包扎。病理报告:脂肪组织内见较多神经束,符合神经纤维瘤。修正临床诊断:左示指Ⅱ型巨指症。术后2周创口愈合拆线,5周拔除克氏针、逐步恢复正常使用。术后18个月随访,其他肢体无增粗、无增长、无畸形,皮肤无牛奶咖啡斑,未发现皮肤神经纤维瘤,左示指无继续增粗、无肿物复发迹象,示指中远节桡侧感觉约S 3,但示指远指间关节仍有约20°尺偏,屈曲略受限(图4C,4D)。
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编辑人员丨5天前
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创伤弧菌感染18例临床特征与外科干预对预后的影响
编辑人员丨5天前
目的:分析创伤弧菌感染的临床特征与外科干预对预后的影响。方法:收集2012年8月至2020年9月温州医科大学附属舟山医院、舟山市妇女儿童医院和舟山市中医院经病原学确诊的18例创伤弧菌感染患者临床资料,根据临床转归将患者分为存活组(n=7)和死亡组(n=11)。使用坏死性筋膜炎实验室危险指标(LRINCE)评分预测坏死性筋膜炎:<6分可能性小,6~8分可疑,>8分强烈提示。结果:18例患者平均年龄(62±9)岁,其中男性14例,女性4例。发病月份为6~10月份。LRINCE评分:<6分7例(死亡3例),6~8分8例(死亡5例),>8分3例(死亡3例)。死亡组与存活组患者年龄分别为(60±12)和(61±7)岁,发病到就诊时间分别为(2.3±1.0)和(3.1±2.4)d,差异均无统计学意义( t=0.055、1.006, P均>0.05)。两组患者ALT、AST、肌酸激酶、白蛋白和D-二聚体差异均有统计学意义( Z/t=6.209、10.348、4.926、11.198和5.952, P均<0.05)。18例患者中有3例接受筋膜切开减压+负压封闭引流(VSD)干预治疗,存活2例,死亡1例。15例未行外科干预治疗患者中死亡10例。 结论:创伤弧菌在舟山地区散发流行,近年来有增多趋势,发病具有季节性。早期筋膜切开减压+VSD等手术干预是降低病死率的关键。
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编辑人员丨5天前
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创伤弧菌原发性脓毒症2例
编辑人员丨5天前
本文对海军军医大学第一附属医院收治的2例创伤弧菌原发性脓毒症患者的临床资料进行总结分析,并综述最新文献。2019年11月6日收治1例54岁男性患者,其进食淡水水产品后双下肢红肿、疼痛明显,出现瘀斑及血性水疱,入院后3 h急诊行筋膜切开减张术,术后各脏器功能衰竭,入院后24 h放弃治疗。2020年8月12日收治1例73岁男性患者,其进食海鲜后右下肢出现血性水疱,入院时呈休克状态,入院后3 h急诊手术探查并行右大腿截肢,6 d后残端行负压伤口疗法,入院后13 d家属放弃积极治疗,入院后15 d患者死亡。2例患者均未能第一时间诊断,病情进展迅速,出现坏死性筋膜炎及多器官功能衰竭,明确诊断后分别予筋膜切开减张和高位截肢,微生物培养结果均为创伤弧菌。虽最终均未救治成功,但早期截肢患者病程及部分指标均优于切开减张者。创伤弧菌分布广泛,淡水水产品中多次检出,致病途径模糊复杂,极易误诊,宜建立创伤弧菌脓毒症救治流程,尽早积极手术干预,筋膜切开和清创应彻底,合并出血性大疱者应早期截肢,术后采用综合措施提高患者存活率。
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编辑人员丨5天前
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创伤弧菌脓毒症患者的预后影响因素分析
编辑人员丨5天前
目的:探讨创伤弧菌脓毒症患者的预后影响因素。方法:回顾性分析温州医科大学附属第一医院2008年1月至2019年12月67例创伤弧菌脓毒症患者的病例资料,采用单因素分析比较死亡组和治愈组在一般资料、临床表现、入院实验室指标、抗菌药物和外科手术的差异。然后将单因素分析差异有统计学意义的指标纳入多因素分析,最终得出影响患者预后的因素。结果:单因素分析显示死亡组和治愈组患者是否有肝病、入院休克、多处肢体损伤、入院白细胞、血小板、pH值、白蛋白、乳酸、谷草转氨酶、肌酐、降钙素原、肌酸激酶、活化部分凝血活酶时间、凝血酶原时间差异有统计学意义 ( P<0.05)。多因素分析表明患者入院乳酸( OR=0.628,95% CI:0.461~0.855, P=0.003)、白蛋白( OR=1.330,95% CI:1.062~1.667, P=0.013)、肌酸激酶( OR=0.999,95% CI:0.998~1.000, P=0.016)、入院至行外科手术时间( OR=0.118,95% CI:0.015~0.938, P=0.043)是影响患者预后的重要因素。患者入院乳酸和肌酸激酶水平高、白蛋白水平低提示患者预后较差;入院至行外科手术时间≤12 h的患者预后较好。 结论:对于创伤弧菌脓毒症患者的救治,医护人员需在早期动态评估这些预后因素,并早期采用外科手术治疗以改善患者的预后。
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编辑人员丨5天前
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非O1群、非O139群霍乱弧菌致肛周脓肿一例
编辑人员丨5天前
非O1群、非O139群霍乱弧菌感染病情隐匿,在我国属于少见病,临床工作中普遍对该疾病认识不足,易出现误诊、漏诊,因此早期识别和诊治尤为重要。现回顾分析1例非O1群、非O139群霍乱弧菌引起的肛周脓肿患者的诊治经过,结合文献归纳我国非O1群、非O139群霍乱弧菌肠外侵袭性感染的临床特征,为该病的诊断和治疗提供经验。
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编辑人员丨5天前
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海南岛东北部沿岸表层海水中快速生长型可培养细菌及病原菌分析
编辑人员丨5天前
目的:获得不同方案培养海南岛东北部沿岸表层海水中快速生长型细菌的多样性和丰度,从而为海水来源的细菌样本分离以及海洋源病原菌感染预防提供参考。方法:基于分类设计原则,在2021年3月、6月、10月和12月对海南岛东北部沿岸6个地点的表层海水进行收集采样。然后,使用传统沙门菌、弧菌、类鼻疽伯克霍尔德菌、放线菌以及通用海洋细菌培养方案进行细菌的富集培养。之后,使用16S rDNA一代测序和宏基因组测序鉴定细菌物种分类。结果:5种方案共培养到了1 151株快速生长型可培养细菌,可鉴定为66个属,213个种。在不同培养方案中,芽孢杆菌( Bacillus)和克雷伯菌( Klebsiella)具有广泛的鉴别优势,并且数量排名前列。方案1的优势属为埃希菌( Escherichia)、克雷伯菌( Klebsiella)以及柠檬酸杆菌( Citrobacter)。在实验已论证的病原菌中,方案1的优势检出菌为肺炎克雷伯菌( Klebsiella pneumoniae)和大肠杆菌( Escherichia coli),数量分别为37株和29株,独特检出菌为肠道沙门菌( Salmonella enterica),数量为7株。方案2的优势属为变形杆菌( Proteus)、肠球菌( Enterococcus)和普罗威登斯菌( Providencia)。方案2的优势检出病原菌为奇异变形杆菌( Proteus mirabilis),数量为66株,丰度较高的独特检出菌为霍乱弧菌( Vibrio cholerae),数量为6株。方案3的优势菌属为克雷伯菌 、埃希菌和不动杆菌( Acinetobacter)。方案3的优势检出病原菌为肺炎克雷伯菌,数量为53株。丰度较高的独特检出菌是医院不动杆菌( Acinetobacter nosocomialis),共培养到7株。方案4的优势属为弧菌( Vibrio)和假交替单胞菌( Pseudoalteromonas),在分离培养海洋性弧菌上具有优势。方案5的优势属为微小杆菌( Exiguobacterium) 、葡萄球菌( Staphylococcus)和芽孢杆菌( Bacillus)。优势检出病原菌为蜡样芽孢杆菌( Bacillus cereus)和乳酸乳球菌( Lactococcus lactis),数量为20株和15株,丰度较高的独特检出菌也是乳酸乳球菌。宏基因组测序发现,肺炎克雷伯菌具有显著优势,基因丰度达到51.11%,其次为 Alcanivorax sp.,占比12.57%。 结论:海南岛东北部沿岸表层海水中的细菌具有丰富的多样性,肺炎克雷伯菌在该区域海水中丰度很高。不同培养方案对不同菌属和病原菌的选择性优势不同,个别海洋细菌需要进一步优化培养条件。
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编辑人员丨5天前
