目的:分析不同癌症基因组图谱（TCGA）分子分型子宫内膜癌（EC）中淋巴脉管间隙浸润（LVSI）的情况，并评估LVSI对不同分子分型EC患者预后的影响。方法:回顾性分析2016年1月—2022年6月在北京大学人民医院接受手术治疗的258例EC患者的临床病理资料。其中，TCGA分子分型为POLE超突变型14例，高度微卫星不稳定性（MSI-H）型43例，低拷贝数（CNL）型155例，高拷贝数（CNH）型46例；LVSI阳性54例，LVSI阴性203例，不详（术后失访，为CNL型）1例。结果:（1）LVSI阳性率：不同分子分型EC患者的LVSI阳性率依次为CNH型（32.6%，15/46）、MSI-H型（27.9%，12/43）、CNL型（16.9%，26/154）、POLE超突变型（1/14），4种分子分型患者的LVSI阳性率比较，差异有统计学意义（ χ2=7.79， P=0.044）。（2）临床病理资料：除POLE超突变型外，其余3种分子分型EC中LVSI阳性患者的手术病理分期、深肌层浸润比例均显著高于LVSI阴性者（ P均<0.05）；在MSI-H型和CNL型EC中，LVSI阳性患者的病理分级、淋巴结转移率及细胞增殖相关核抗原（Ki-67）指数均显著高于LVSI阴性者（ P均<0.05）；在CNL型EC中，LVSI状态还与患者年龄、病理类型及孕激素受体（PR）表达状态均显著有关（ P均<0.05）。（3）复发率：257例EC患者（1例失访）中，随访期内复发25例，复发率为9.7%（25/257）；其中，LVSI阳性患者的复发率为22.2%（12/54），显著高于LVSI阴性者（6.4%，13/203； χ2=12.15， P<0.001）。其中，14例POLE超突变型EC患者均无复发；CNL型EC患者中，LVSI阳性患者的复发率为19.2%（5/26），显著高于LVSI阴性者（5.5%，7/128； χ2=3.94， P=0.047）；而在MSI-H型［LVSI阳性、阴性患者的复发率分别为2/12、9.7%（3/31）］和CNH型［LVSI阳性、阴性患者的复发率分别为5/15、9.7%（3/31）］EC患者中均未发现这种差异（ P均>0.05）。log-rank检验显示，CNL型和CNH型EC中LVSI阳性患者的3年无复发生存（RFS）率（分别为80.8%、66.7%）均显著低于LVSI阴性者（分别为94.5%、90.3%； P均<0.05）。（4）预后影响因素：单因素分析显示，在MSI-H型EC患者中，淋巴结转移（ HR=6.93，95% CI为1.15~41.65； P=0.034）显著影响患者的3年RFS率；在CNL型EC患者中，手术病理分期、病理分级、淋巴结转移、ER表达、PR表达、p53表达、Ki-67表达、手术途径、术后辅助化疗均显著影响患者的3年RFS率（ P均<0.05）。多因素分析显示，PR表达（ HR=0.04，95% CI为0.01~0.14； P<0.001）为影响CNL型EC患者3年RFS率的独立危险因素。 结论:LVSI在CNH型中阳性率最高，其次为MSI-H型、CNL型，在POLE超突变型中阳性率最低。LVSI与CNL型EC患者的不良预后明显相关，与CNH型EC患者的预后可能相关。但在各分子分型EC患者中，LVSI均不是影响其复发的独立危险因素。

目的:探讨癌症基因组图谱（TCGA）分子分型在子宫内膜癌（EC）中的应用及其临床意义。方法:收集2018年12月至2021年3月于北京大学人民医院行手术治疗且采用高通量测序技术进行TCGA分子分型的EC患者共66例，EC的TCGA分子分型分为4种，DNA聚合酶ε（POLE）超突变型、高度微卫星不稳定性（MSI-H）型、低拷贝型、高拷贝型。回顾性分析4种TCGA分子分型患者的临床病理特征、免疫相关分子学特征以及预后情况。结果:（1）临床病理特征：66例EC患者的中位年龄为56岁（范围：24~78岁）。其中，POLE超突变型3例（5%），MSI-H型11例（17%，其中Lynch综合征2例），低拷贝型42例（64%），高拷贝型10例（15%）。4种TCGA分子分型患者的合并其他器官恶性肿瘤情况、肿瘤家族史、手术方式、分期、肌层浸润深度、淋巴脉管间隙浸润（LVSI）、病理类型分别比较，差异均有统计学意义（ P<0.05），其中高拷贝型患者晚期（Ⅲ~Ⅳ期）、深肌层浸润、LVSI阳性所占比例显著升高；而4种TCGA分子分型患者的年龄、绝经状态、体质指数、代谢综合征相关合并症、术前血清CA 125及人附睾蛋白4水平、肿瘤最大径、病理分级（仅指子宫内膜样癌）、淋巴结转移情况分别比较，差异均无统计学意义（ P>0.05）。（2）免疫相关分子学特征：66例EC患者中，27例患者行细胞程序性死亡配体1（PD-L1）蛋白免疫组化法检测，28例患者行肿瘤突变负荷（TMB）检测，POLE超突变型及MSI-H型患者的PD-L1阳性表达率、TMB高表达率均显著高于低拷贝型、高拷贝型患者（ P<0.05）。（3）预后分析：66例EC患者的中位随访时间为10个月（范围：0~28个月），随访期内死亡2例（低拷贝型1例、高拷贝型1例），盆腔复发和远处转移3例（低拷贝型1例、高拷贝型2例）。POLE超突变型、MSI-H型、低拷贝型、高拷贝型患者的无进展生存率（PFS）分别为100%、100%、98%、80%，4者比较，差异有统计学意义（ P=0.034）；总生存率（OS）分别为100%、100%、98%、90%，4者比较，差异无统计学意义（ P=0.361）。其中，POLE突变型、MSI-H型患者的PFS、OS较高，高拷贝型患者最低。 结论:EC的TCGA分子分型在临床应用中具有可行性及应用价值，对于EC患者的预后有一定的预测作用，可为患者的个体化诊断和治疗提供新策略。

研究旨在建立一套准确、经济的团头鲂(Megalobrama amblycephala)家系鉴定体系,以期为团头鲂的遗传参数评估及基因组和分子标记育种奠定基础.精选8个高多态性的微卫星标记对二段法筛选后的228尾耐低氧快生长团头鲂"浦江2号"子代进行亲子鉴定分析,利用CERVUS软件分析实验结果.等位基因频率分析结果显示8个微卫星标记的平均等位基因数(Na)为8个,平均观测杂合度(Ho)为0.813,平均期望杂合度(He)为0.775,平均多态信息含量(PIC)为0.743.亲子鉴定结果显示双亲性别已知时8个微卫星标记的累积排除概率为0.9999,说明筛选出的8个微卫星标记适用于团头鲂家系的亲子鉴定分析.当使用筛选的8个微卫星标记进行亲子鉴定时,228尾团头鲂子代中有221尾子代能找到其父母本,实际鉴定率为96.93％,这与实际记录的系谱信息一致.研究成功地为筛选后的耐低氧团头鲂个体找到父母本并划分家系,为进一步开展遗传参数的评估工作奠定了基础.

[目的]基于微卫星遗传标记法对浙江省嘉兴市不同有螺环境的湖北钉螺进行基因分型,开展群体遗传学分析,探讨钉螺存在或扩散的原因及其影响因素,为有效监测和控制钉螺提供依据.[方法]选取嘉兴市2022年重点有螺环境的平湖市姚浜(YB)村和三兴(SX)村,以及秀洲区的运河(YH)农场3个种群共90只钉螺样本,采用9个微卫星位点对钉螺进行基因分型和群体遗传学分析.[结果]共观察到84个等位基因,YB、SX和YH种群平均等位基因数分别为7.889、5.667、3.778;有效等位基因数分别为4.807、3.329和2.294;近交系数分别为0.400、0.377、0.493.在无限等位基因模型下,SX和YH近期可能出现瓶颈效应.NeEstimator和LDNe软件计算的有效种群均>31.9.分子方差分析显示3个种群钉螺的变异主要存在于个体间,占总变异的41.44%,群体间遗传分化指数为0.286,表示遗传分化程度很大.主坐标分析与系统发生树结果一致,3个种群分为2个谱系,YB和SX为1个谱系,YH分属另一个独立谱系.种群历史及动态分析显示3个种群基因流不充分.溯源分析表示可能为YH首先从SX分化,YB由SX和YH接触融合形成.[结论]嘉兴市钉螺种群遗传多样性总体较低,钉螺种群较不稳定,遗传分化程度很大,各种群之间基因流不充分.

目的 对一起聚集性疫情中的间日疟原虫样本进行基因分型和分子溯源分析,为病例来源的判定提供参考依据.方法 收集2018年6-7月湖南省隆回县一起间日疟聚集性疫情中4例患者的血样进行实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qPCR)虫种鉴定,并采用9个微卫星分子标记对4个样本的虫株进行基因分型,基于亚太地区消除疟疾网络间日疟原虫微卫星基因型数据库(VivaxGEN-MS)对不同国家和地区的间日疟原虫株进行种群遗传学STRUCTURE分析,判定虫株所属的遗传亚群和地理来源.结果 经qPCR鉴定,4个病例均为间日疟原虫感染,4个病例样本的9个微卫星位点均成功分型,4个样本的基因单体型不同,其中病例1、病例3和病例4为单一克隆虫株感染,病例2为多克隆虫株感染.用STURCTURE分析把所有间日疟原虫样本分成2个遗传亚群(K=2)时,4例湖南样本被划分为热带株遗传亚群(来源于埃塞尔比亚、伊朗、不丹、马来西亚、印度尼西亚和中国南部的虫株);用STURCTURE分析把所有间日疟原虫样本分成4个遗传亚群(K=4)时,4例湖南样本被划分为南亚/东南亚株遗传亚群(来源于不丹、马来西亚、印度尼西亚和中国南部的虫株).结论 分子溯源分析结果不支持该起疫情中4例间日疟原虫株的感染来源为中国中部种群,疟原虫分子溯源技术可为疟疾消除和消除后疟疾病例感染来源的判定提供客观证据.

飘带兜兰(Paphiopedilum parishii)分布范围狭窄,仅在中国、缅甸、泰国以及老挝有少量分布.近年来,因生境破坏和人为滥采而导致飘带兜兰野生种群极度缩减.为开发种内多态性的分子标记用于保护生物学研究,该研究对飘带兜兰4个野生个体经测序、组装、注释获得的叶绿体基因组序列,与已公布的飘带兜兰2个个体的叶绿体全基因组序列进行比对,分析飘带兜兰叶绿体基因组的种内差异.结果表明:(1)飘带兜兰叶绿体基因组具有典型被子植物叶绿体基因组环状四分体结构,基因组长度为154 403～154 809 bp,共编码129个基因,包括78个蛋白质编码基因、39个tRNA基因、8个rRNA基因,以及4个假基因.(2)在飘带兜兰6个个体叶绿体基因组中检测到103～107个简单重复序列(simple sequence repeats,SSRs)位点,其中21个SSR位点具有多态性.此外,在6个个体叶绿体基因组中还检测到60个长序列重复,包括17～21个正向重复、18～29个反向重复、9～16个回文重复、4～9个互补重复.(3)通过比较6个个体叶绿体基因组序列的核苷酸多样性,共发现70处变异,包括10个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNPs)、60个插入缺失(InDels).其中,有3个SNP位点发生了非同义替换,导致编码功能基因的氨基酸发生改变;19个插入缺失多态性较高,具有开发为分子标记的潜力.(4)通过计算核苷酸多样性值(Pi)共发现8个有变异的区域,Pi值为0～0.006 32,其中变异度较大的是rps3-rpl22、trnL-UAC-rpl32、rpoB-trnC-GCA以及ycf4,这些高变区可开发为分子标记用于评估飘带兜兰遗传多样性.(5)系统发生分析结果表明,飘带兜兰6个个体叶绿体基因组序列聚在一起,与长瓣兜兰互为姐妹群.综上表明,飘带兜兰叶绿体基因组的SSRs、长序列重复、SNPs、InDels以及核苷酸序列呈现了足够的种内多样性,可开发成分子标记用于该种的系统演化及保护生物学研究.

种群数量和遗传多样性是保护濒危物种所需的基础信息.欧亚水獭(Lutra lutra)属于国家二级保护动物,曾经在我国分布广泛,但在20世纪经历了大规模的种群数量下降和分布区缩减.欧亚水獭相关研究十分缺乏,种群数量调查和遗传多样性等基础研究亟待开展.本研究采用非损伤性取样法,于2019-2020年在青海省玉树藏族自治州玉树市和四川省广元市青川县的主要河流共采集270个欧亚水獭粪便样品并进行DNA提取,基于9个微卫星位点和SRY基因分子标记进行个体识别和性别鉴定,进而使用非损伤性标志重捕法Capwire估计两地水獭的种群数量,并基于微卫星分型数据评估两个种群的遗传多样性.最终共有67个粪便样品(24.8％)成功分型7～9个微卫星位点并用于个体识别,共识别出玉树市10个个体、青川县30个个体,雌雄性比分别为4∶5、15∶14,两地各有1个个体未成功鉴定性别.估计研究区域内玉树的水獭种群数量为13只(95％置信区间:7～21只)、青川县的水獭种群数量为75只(95％置信区间:59～133只).玉树、青川种群的平均观测杂合度Ho分别为0.680、0.664,平均期望杂合度HE分别为0.611、0.658,表明两个水獭种群均具有中等的微卫星遗传多样性.玉树、青川种群的平均FST为0.238,平均近亲繁殖系数FIS分别为-0.121、-0.010,表明两个水獭种群之间分化显著,且种群内近交程度低.本研究是我国大陆地区基于粪便DNA对欧亚水獭进行种群数量估计和遗传多样性评估,可为我国水獭的保护提供重要的基础信息.

随着嘉陵江航道渠化工程建设逐步完成,由此造成的嘉陵江水生生境破碎化、鱼类资源衰退等问题日益凸显.在这种情形下,鱼类的遗传多样性是否受到影响,是非常令人关心的问题.2018年7-12月于嘉陵江干流朝天区(CT)、苍溪县(CX)、蓬安县(PA)、合川区(HC)4个区域采集蛇鮈(Saurogobio dabryi)样本113尾,以线粒体控制区序列和微卫星位点为分子标记,研究梯级水利工程背景下蛇鮈种群的遗传多样性与遗传结构.结果显示:在遗传多样性分析中,无论是线粒体数据还是微卫星标记,下游江段HC种群的遗传多样性参数(PIC=0.543,π=0.0264,Hd=0.940)均显著高于中上游江段CT、CX和PA种群,推测这种现象可能与HC种群地处于长江干流交汇口有关;相反处于上游江段的CT种群的遗传多样性和单倍型数量均较高,推测可能与近期种群扩张有关;在种群结构分析中,CT、CX和PA处于同一分支,HC种群成为独立一支,单倍型网络图和系统发育分析显示同样结果,推测与水利工程导致的地理隔离与开闸放水形成向下的基因流向有关.

本研究对厚唇裸重唇鱼(Gymnodiptychus pachycheilus)基因组进行Illumina HiSeq高通量测序,共获得85 905条序列,包含567 200个微卫星位点,从中筛选出15个微卫星位点,采用雅砻江新龙种群和黄河渭河种群对其多态性进行了验证.新龙种群中,15个位点的平均等位基因数为6.9(3～13),观测杂合度(H0)为0.712 4,多态信息含量(PIC)为0.630 3,有8个位点显著偏离哈迪-温伯格平衡,1对位点表现出连锁.渭河种群中,15个位点的平均等位基因数为8.4(4～16),观测杂合度(H0)为0.719 5,多态信息含量(PIC)为0.680 7,有7个位点显著偏离了哈迪-温伯格平衡,4对位点表现出连锁.筛选获得的15个微卫星位点多态性较高,适合用于厚唇裸重唇鱼种群遗传学研究.

微卫星分子标记在基因组中具有含量丰富、多态性、共显性和易于检测等优点,是动物遗传育种应用中一种重要的分子标记技术.随着科学技术的飞速发展,微卫星标记的研究方法也日新月异:生物信息学技术的兴起使得微卫星位点的获得越来越方便;高通量测序技术的成熟使得开发新微卫星标记更加简单高效;自动化的序列分析仪器使得微卫星DNA的检测越来越快速准确;同时微卫星标记的应用范围也越来越广泛,其功能的开发正逐渐从刚开始的个别位点研究转变到全基因组微卫星分析.本研究简单介绍了微卫星分子标记的特点,重点综述了目前微卫星分子标记的获得、开发和筛选方法,及其在动物遗传育种中的应用,将为微卫星分子标记的研究提供理论支持.