结直肠癌是常见的消化道恶性肿瘤之一，我国结直肠癌的发病率及死亡率仍呈上升趋势。探究结直肠癌发生、发展的分子机制具有重要意义。微卫星是遍布于基因组中的短串联重复序列，微卫星不稳定性（MSI）检测在结直肠癌的临床诊断与治疗中具有重要价值。MSI检测是Lynch综合征筛查的重要方法。对于Ⅱ期结直肠癌患者，MSI状态是术后复发的影响因素，亦是辅助治疗的重要参考依据。对于Ⅳ期结直肠癌患者，MSI状态是筛查免疫检查点抑制剂适用人群的重要指标。然而，MSI的应用仍然存在一系列问题。MSI检测方法并未完全统一，MSI检测对象的要求具有普遍性但缺乏精准性，MSI对预后的预测作用不足，MSI对化疗、免疫治疗疗效的判断作用不足。此外，随着其他相关分子靶标，如程序性细胞死亡受体1、程序性细胞死亡受体配体1、肿瘤突变负荷、免疫评分等的临床应用，MSI在结直肠癌中的应用价值面临挑战，有待更多研究深入挖掘。笔者就MSI检测及应用存在的问题进行探讨，旨在为临床实践提供参考。

研究旨在建立一套准确、经济的团头鲂(Megalobrama amblycephala)家系鉴定体系,以期为团头鲂的遗传参数评估及基因组和分子标记育种奠定基础.精选8个高多态性的微卫星标记对二段法筛选后的228尾耐低氧快生长团头鲂"浦江2号"子代进行亲子鉴定分析,利用CERVUS软件分析实验结果.等位基因频率分析结果显示8个微卫星标记的平均等位基因数(Na)为8个,平均观测杂合度(Ho)为0.813,平均期望杂合度(He)为0.775,平均多态信息含量(PIC)为0.743.亲子鉴定结果显示双亲性别已知时8个微卫星标记的累积排除概率为0.9999,说明筛选出的8个微卫星标记适用于团头鲂家系的亲子鉴定分析.当使用筛选的8个微卫星标记进行亲子鉴定时,228尾团头鲂子代中有221尾子代能找到其父母本,实际鉴定率为96.93％,这与实际记录的系谱信息一致.研究成功地为筛选后的耐低氧团头鲂个体找到父母本并划分家系,为进一步开展遗传参数的评估工作奠定了基础.

[目的]基于微卫星遗传标记法对浙江省嘉兴市不同有螺环境的湖北钉螺进行基因分型,开展群体遗传学分析,探讨钉螺存在或扩散的原因及其影响因素,为有效监测和控制钉螺提供依据.[方法]选取嘉兴市2022年重点有螺环境的平湖市姚浜(YB)村和三兴(SX)村,以及秀洲区的运河(YH)农场3个种群共90只钉螺样本,采用9个微卫星位点对钉螺进行基因分型和群体遗传学分析.[结果]共观察到84个等位基因,YB、SX和YH种群平均等位基因数分别为7.889、5.667、3.778;有效等位基因数分别为4.807、3.329和2.294;近交系数分别为0.400、0.377、0.493.在无限等位基因模型下,SX和YH近期可能出现瓶颈效应.NeEstimator和LDNe软件计算的有效种群均>31.9.分子方差分析显示3个种群钉螺的变异主要存在于个体间,占总变异的41.44%,群体间遗传分化指数为0.286,表示遗传分化程度很大.主坐标分析与系统发生树结果一致,3个种群分为2个谱系,YB和SX为1个谱系,YH分属另一个独立谱系.种群历史及动态分析显示3个种群基因流不充分.溯源分析表示可能为YH首先从SX分化,YB由SX和YH接触融合形成.[结论]嘉兴市钉螺种群遗传多样性总体较低,钉螺种群较不稳定,遗传分化程度很大,各种群之间基因流不充分.

Hybridization plays a significant role in biological evolution.However,it is not clear whether ecological contingency differentially influences likelihood of hybridization,particularly at ecological margins where parental species may exhibit reduced fitnesses.Moreover,it is unknown whether future ecosystem change will increase the prevalence of hybridization.Ficus heterostyla and F.squamosa are closely related species co-distributed from southern Thailand to southwest China where hybridization,yielding viable seeds,has been documented.As a robust test of ecological factors driving hybridization,we investigated spatial hybridization signatures based on nuclear microsatellites from extensive population sampling across a widespread contact range.Both species showed high population differentiation and strong patterns of isolation by distance.Admixture estimates exposed asymmetric interspecific gene flow.Signatures of hybridization increase significantly towards higher latitude zones,peaking at the northern climatic margins.Geographic variation in reproductive phenology combined with ecologically chal-lenging marginal habitats may promote this phenomenon.Our work is a first systematic evaluation of such patterns in a comprehensive,latitudinally-based clinal context,and indicates that tendency to hybridize appears strongly influenced by environmental conditions.Moreover,that future climate change scenarios will likely alter and possibly augment cases of hybridization at ecosystem scales.

种群数量和遗传多样性是保护濒危物种所需的基础信息.欧亚水獭(Lutra lutra)属于国家二级保护动物,曾经在我国分布广泛,但在20世纪经历了大规模的种群数量下降和分布区缩减.欧亚水獭相关研究十分缺乏,种群数量调查和遗传多样性等基础研究亟待开展.本研究采用非损伤性取样法,于2019-2020年在青海省玉树藏族自治州玉树市和四川省广元市青川县的主要河流共采集270个欧亚水獭粪便样品并进行DNA提取,基于9个微卫星位点和SRY基因分子标记进行个体识别和性别鉴定,进而使用非损伤性标志重捕法Capwire估计两地水獭的种群数量,并基于微卫星分型数据评估两个种群的遗传多样性.最终共有67个粪便样品(24.8％)成功分型7～9个微卫星位点并用于个体识别,共识别出玉树市10个个体、青川县30个个体,雌雄性比分别为4∶5、15∶14,两地各有1个个体未成功鉴定性别.估计研究区域内玉树的水獭种群数量为13只(95％置信区间:7～21只)、青川县的水獭种群数量为75只(95％置信区间:59～133只).玉树、青川种群的平均观测杂合度Ho分别为0.680、0.664,平均期望杂合度HE分别为0.611、0.658,表明两个水獭种群均具有中等的微卫星遗传多样性.玉树、青川种群的平均FST为0.238,平均近亲繁殖系数FIS分别为-0.121、-0.010,表明两个水獭种群之间分化显著,且种群内近交程度低.本研究是我国大陆地区基于粪便DNA对欧亚水獭进行种群数量估计和遗传多样性评估,可为我国水獭的保护提供重要的基础信息.

Microsatellites are highly polymorphic markers which have been used in a wide range of genetic studies.In recent years,various sources of next-generation sequencing data have been used to develop new microsatellite loci,but compared with the more common shotgun genomic sequencing or transcriptome data,the potential utility of RAD-seq data for microsatellite ascertainment is comparatively under-used.In this study,we employed MiddRAD-seq data to develop polymorphic microsatellite loci for the endangered yew species Taxus florinii.Of 8,823,053 clean reads generated for ten individuals of a population,94,851 (～1％) contained microsatellite motifs.These corresponded to 2993 unique loci,of which 526 (～18％) exhibited polymorphism.Of which,237 were suitable for designing microsatellite primer pairs,and 128 loci were randomly selected for PCR validation and microsatellite screening.Out of the 128 primer pairs,16 loci gave dear,reproducible patterns,and were then screened and characterized in 24 individuals from two populations.The total number of alleles per locus ranged from two to ten (mean =4.875),and within-population expected heterozygosity from zero to 0.789 (mean =0.530),indicating that these microsatellite loci will be useful for population genetics and speciation studies of T.florinii.This study represents one of few examples to mine polymorphic microsatellite loci from ddRAD data.

Primula reinii (Primulaceae), a perennial herb belonging to the Primula section Reinii, occurs on wet, shaded rocky cliffs in the mountains of Japan. This threatened species comprises four varieties; these plants are very localized and rare in the wild. In this study, 43 microsatellite markers were developed using MiSeq sequencing to facilitate conservation genetics of these critically endangered primroses. We developed novel microsatellite markers for three varieties of P. reinii, and tested its polymorphism and genetic diversity using natural populations. These novel markers displayed relatively high poly-morphism;the number of alleles and expected heterozygosities ranged from 2 to 6 (mean=3.2) and 0.13 to 0.82 (mean =0.45), respectively. All loci were in Hardy-Weinberg equilibrium. These microsatellite markers will be powerful tools to assess P. reinii genetic diversity and develop effective conservation and management strategies.

海草是生长在潮间带和潮下带的单子叶植物,由海草植物组成的海草床是生态系统服务价值最高的生态系统之一.然而,近几十年人类活动干扰、全球气候变化等因素导致海草床衰退严重.海菖蒲是分布于热带、体型最大的雌雄异株海草,我国位于该物种的分布北缘,本文对其克隆多样性和遗传结构进行研究,以期为该海草的保护提供参考.采用4对多态微卫星标记对采自海南岛4个地点的现存海菖蒲种群的样品进行基因型分型.结果表明:海菖蒲种群克隆多样性和遗传多样性较低,这与所研究种群处于分布区北缘有关;种群间遗传分化值范围较大(0.073 ～0.309),这可能是由于分布于不同港湾的种群间距离范围较大以及局域绝灭/再拓殖的遗传漂变效应所致;各种群未发现近期经历种群瓶颈的信号,很可能是由于种群内遗传多样性已经很低,种群减小未能导致遗传多样性明显降低.根据种群遗传特征,提出了重点保护种群的建议,鉴于目前我国海菖蒲等海草快速衰退的局面,应强化海草保护并实施海草床生态恢复.

Lynch综合征(Lynch syndrom)是结直肠癌中最常见的遗传性肿瘤综合征,约占全部大肠癌的2~3%.该病患者同时增加了罹患肠外及第二肿瘤的风险.现已证明,Lynch综合征是由于编码错配修复基因(mismatch repair,MMR)——MLH1,MSH2,MSH6和PMS2的种系突变、失活导致的一类显性遗传性疾病,近年发现EPCAM的突变与MSH2表达缺失相关.尽管有Amsterdan及Bethesda等临床诊断标准,利用分子遗传学检测在MMR基因中发现致病性胚系突变仍为目前诊断Lynch综合征的金标准.对于发病年龄小于70岁的结直肠癌患者,均应进行Lynch综合征的筛查.首先需进行微卫星不稳定性(microsatellites instability,MSI)检测,检测手段包括PCR扩增微卫星位点及免疫组化(IHC)检测,而后对相应的MMR基因进行胚系突变的检测以明确是否为Lynch综合征以及相应的致病位点.对于MLH1表达缺失患者需进行BRAF基因突变检测和(或)MLH1启动子区域甲基化检测以除外散发性结直肠癌.对于确诊的患者建议进行家系筛查并进行规律的监测和随访.

研究同时利用非编码区和编码区微卫星标记(G-SSR和EST-SSR)分析黑龙江、长江、奉化江及淮河水系共6个野生鲫(Carassius auratus)群体的遗传多样性及遗传结构,并比较2类不同来源SSR用于鲫群体遗传多样性分析的差异.8个G-SSR标记在6个鲫群体中检测到173个等位基因,平均Na、Ne、Ho、He以及PIC分别为22、12.9、0.769、0.893和0.879, 群体间Fst值介于0.008—0.085, 其中来自黑龙江水系的2个群体与其余水系的所有群体均达到或接近于中等程度的遗传分化, 而长江、奉化江和淮河水系4个群体间的遗传分化程度不明显.Nei's遗传距离介于0.203—0.701; 根据遗传距离所绘制的UPGMA聚类图将6个鲫群体划分为2个大分支,其中来自黑龙江水系的2个群体聚为一枝, 其余水系群体聚为另一枝.贝叶斯分析也支持这一结果, 将6个鲫群体划分为2个最佳理论群.利用8个EST-SSR标记在6个鲫群体中共检测到155个等位基因, 平均Na、Ne、Ho、He以及PIC分别为19、9.5、0.728、0.870和0.855;群体间Fst值和Nei's遗传距离分别介于0.005—0.084和0.117—0.683; 基于EST-SSR标记的UPGMA聚类分析和贝叶斯分析也将6个鲫群体划为两大类群: 黑龙江水系群体;长江、奉化江和淮河水系群体.G-SSR和EST-SSR标记检测6个鲫群体的平均多态信息含量(PIC)分别为0.786—0.864和0.761—0.833.研究结果显示: 6个野生鲫群体均具有较高的遗传多样性, 但黑龙江水系群体多样性低于其他水系群体; 尽管EST-SSR标记的多态性略小于G-SSR标记, 但是2类微卫星标记均揭示了相似的鲫群体遗传结构和分化格局.研究结果对鲫种质资源的保护和EST-SSR标记在鱼类群体遗传学研究价值的评价提供了新的信息.