目的:基于超声弹性及血流向量成像(VFM)技术联合无监督聚类分析和有监督机器学习方法，实现肝心一体化的早期评估。方法:采用观察性研究设计，在无任何干预的条件下，选取2021年12月至2022年9月哈尔滨医科大学附属第一医院收治的肝硬化患者45例，肝纤维化患者43例，健康志愿者42例。应用肝脏联合弹性技术及VFM技术分别获取受检者肝脏和心脏信息。对获取的数据进行标准化处理，借助拓扑数据分析(TDA)技术对处理后的数据进行聚类，再基于统计学分析评估聚类结果，最后通过机器学习方法实现有监督的多分类任务。结果:依据受检者相似性网络分为5类，各类维度的平均表现为：与其他类别相比，类别1的整体肝心状况最差，类别2、3次之，而类别4则均为肝心正常的健康对照组；类别5较为特殊，此类受检者的肝脏状况不佳，但根据心脏舒张功能评估指南，其心脏表现并无明显的异常，只有少数指标显示出较大的偏差。应用支持向量机(SVM)、随机森林(RFT)、多层感知机(MLP)在测试集多分类任务中准确性平均值分别为70%、81%、84%。结论:通过结合肝脏联合弹性、心脏VFM技术及TDA技术构建的患者相似性网络，成功识别出常规心脏指标未显现异常，而可能存在潜在心功能异常的肝纤维化患者，对于指导临床干预措施的选择和优化患者管理分层具有重要意义。

目的:分析我国职业病诊断标准的规范性引用文件，探索我国职业病诊断标准之间的关联特征，为职业病诊断标准体系的完善提供依据。方法:于2021年1至3月，检索职业病诊断标准的文本及规范性引用文件，使用Excel 2013建立数据库，SPSS 22.0软件和Ucinet 6.0软件进行数据分析。采用频次分析法，对规范性引用文件的分布情况进行统计；采用社会网络分析法，对职业病诊断标准的网络密度和中心性进行统计，并绘制职业病诊断标准关联关系网络拓扑图。结果:115项职业病诊断标准中，105项标准引用了146项规范性引用文件，共计431次。其中，被引频次较多的规范性引用文件分别为GB/T 16180（91次）、GBZ 76（37次）和GBZ 73（23次），GBZ 188、GBZ/T 238中的规范性引用文件数量较多，分别为87、13项。社会网络分析结果显示，整体网络密度为0.028 1；相对点中心度为3.089，排名前3的标准分别为GB/T 16180（55.152）、GBZ 188（53.333）、GBZ 76（23.636）；接近中心度为7.773，排名前3的标准分别为GB/T 16180（8.735）、GBZ 188（8.730）、GBZ 76（8.333）；中间中心度为0.824，排名前3的标准分别为GBZ 188（38.836）、GB/T 16180（38.301）、GBZ/T 238（10.407）；GB/T 16180、GBZ 188、GBZ 76、GBZ 73、GBZ 59位于职业病诊断标准关联关系网络拓扑图的核心。结论:我国职业病诊断标准的网络密度较低，关联不紧密；GB/T 16180、GBZ 188、GBZ 76是关键节点标准，应作为下一步标准实施追踪的重点。

本文结合中药现代化发展方向探究网络药理学对中医药发展的启示作用.网络药理学通过多学科、多领域、大数据的关联分析,深入分析中药药效物质基础成分的分子效应,探索其生理学、循证学依据.网络药理学通过多途径、多角度构建中药药效物质基础的化学成分库,并通过多数据库的交叉关联分析探索中药各化学成分的分子生物学效应、中药协同配伍机制、毒副作用等.网络药理学通过分子层面阐释中药药效物质基础的潜在作用,对揭示中药药效物质基础的分子生物学作用、构建中医辨证理论微观化体系、揭示中药"七情"配伍、药对及复方药效物质基础等中药相互作用有积极意义.值得注意的是,中药药效物质基础的研究仍相对滞后,目前仅仅对质量分数相对较高的成分进行表浅研究,仍未能从分子作用层面解释其相互作用,无法构建"点—线—面"网络作用机制.网络药理学的大数据理论分析与中药临床应用实践探索仍有脱节,无法将提取出的"关键性"信号通路体现在临床用药指导方向.化学性质相反的多类型化学成分簇发生相互作用,反应产物发挥生理学活性,此类情况的网络药理学分析应以化学反应产物为基准,而不是单纯的分析饮片所含化学成分及其靶点信息.另外,中药的网络药理学分析流程未标准化,数据分析结果差异性较大,分析结果的可验证性较低,如何借助分子生物学的理论性分析阐释中药药效物质基础的生理学效应仍是后期需要深入研究的课题.

目的 探讨第七批全国老中医药专家学术经验继承工作指导老师曾庆琪教授治疗勃起功能障碍(ED)的学术经验,传承名中医学术思想.方法 收集2021年10月1日至2022年7月31日南京中医药大学第一临床医学院男科门诊曾庆琪教授治疗ED的有效处方,将药物及治疗病证录入中医传承辅助平台V3.0进行数据分析.结果 共收集曾庆琪教授治疗ED有效处方252首.性味分析显示,温性药物使用频次最高,寒性药物其次;甘味药物使用频次最高,辛味药物其次;归经分析显示,归肝经药物使用频次最高,归肾经药物其次;功效分析显示,补虚类药物使用频次最高,理气类药物其次;药物频次分析、用药模式分析、用药规则分析、网络拓扑分析结果显示,曾庆琪教授治疗ED常用药物是柴胡、白芍、甘草、枳壳、生地黄、山茱萸、山药、泽泻、丹皮、茯苓、附子、桂枝.聚类分析得到新方三首.结论 曾庆琪教授创新男性奇恒之腑理论,提出"早泄阳痿躁郁论"学术理论,认为ED的基本病机是肝郁肾虚,以通补并用为治疗大法,以疏肝补肾为治疗原则,临证擅长以四逆散合金匮肾气丸为基础方灵活化裁治疗各型ED.

目的:本研究旨在利用机器学习和网络药理学探讨小柴胡汤治疗类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,RA)的分子机制.方法:基于中药系统药理学数据库和分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Plat-form,TCMSP)获取小柴胡汤的化学成分,利用Swiss Target Prediction和HERB数据库预测活性成分靶点.利用R软件包GEO-query获取RA相关数据集GSE93272 的表达谱和临床信息,并筛选差异靶点.通过机器学习算法支持向量机(support vector machine,SVM)进一步筛选疾病靶点基因.疾病靶点与活性成分靶点的交集靶点为小柴胡汤治疗RA的潜在作用靶点.利用clusterProfiler包对潜在靶点进行基因本体(Gene Ontology,GO)功能富集分析和WikiPathway通路富集分析.将活性成分和潜在作用靶点导入Cytoscape 3.8.2 软件构建"药物-活性成分-潜在靶点-疾病"网络,拓扑分析获取小柴胡汤治疗RA的核心成分.利用LASSO回归筛选小柴胡汤治疗RA的核心靶点.利用ssGSEA算法对核心靶点进行免疫浸润分析.结果:共筛选出有效活性成分193 个,相关靶点2 719 个.通过limma包差异分析共筛选出1 361 个差异基因.基于SVM进一步筛选得到357 个差异基因,潜在靶点62 个.GO富集分析得到 489 个GO条目,信号通路富集分析得到 70 条Wiki信号通路."药物-活性成分-潜在靶点-疾病"网络分析发现香豆雌酚可能是小柴胡汤治疗RA的核心成分.LASSO回归筛选到趋化素样因子(chemokine like factor,CKLF)和胱抑素 A(cystatin A,CSTA)可能是小柴胡汤治疗RA的核心作用靶点.数据分析显示,与正常样本比较,RA患者中CKLF和CSTA均呈现高表达趋势(P<0.000 1),且具有良好的诊断效能.免疫浸润分析表明,RA的发生发展与多种免疫细胞失调相关,核心靶点CKLF和CSTA可通过调控多种免疫细胞浸润缓解RA的进程.结论:小柴胡汤可能通过抗炎、调节免疫细胞功能等多方面发挥对RA的治疗作用.

目的:利用网络药理学方法探讨癌痛消颗粒(ATXF)防治肝癌的物质基础和作用靶点,并结合大鼠移植性肝癌模型进行初步的验证.方法:通过TCMSP数据库收集癌痛消颗粒各中药活性成分及其潜在作用靶点,在GeneCards、OMIN、Drugbank、TTD数据库获取肝癌疾病靶点,取两者交集获得ATXF防治肝癌的潜在作用靶点.使用Cytoscape 3.8软件构建ATXF各成分与肝癌作用靶点的相互作用网络,并对其结果进行可视化分析.使用STRING平台分析ATXF防治肝癌靶点的互作网络,并运用CytoNCA分析各节点之间的拓扑关系,利用中位数筛选获得ATXF防治肝癌的核心靶点.通过Metascape数据分析平台,对获得的核心靶点进行GO、KEGG通路富集分析.采用大鼠腹水癌Walker-256细胞株建立SD大鼠移植性肝癌模型,经ATXF灌药干预15 d后取出瘤块.采用Western blot检测比较治疗组与对照组移植瘤内AKT、pAKT、p53、p-p53、ERK1/2以及p-ERK1/2的蛋白表达水平.结果:从ATXF中筛选得到257种活性成分,作用于294个靶点,与7 993个肝癌疾病靶点相映射得到潜在作用靶点231个.进一步筛选获得AKT1、IL6、TP53、MAPK3、TNF、JUN、CASP3、MAPK1、MYC、PTGS2、MMP9等 11个核心靶点,GO及KEGG分析结果显示以上核心靶点富集于HBV、TNF和癌症相关信号通路.大鼠移植瘤实验结果表明,ATXF可显著下调移植瘤内AKT、pAKT、pERK1/2的表达水平,同时显著上调p-p53蛋白表达水平,差异具有统计学意义(P<0.05).结论:运用网络药理学方法分析发现癌痛消颗粒可作用于多条肿瘤信号通路,并运用大鼠移植瘤实验初步证实ATXF对于AKT、p53以及ERK1/2蛋白具有显著的调控作用,其机制可能是通过调控以上信号通路而发挥抗肝癌作用.

目的 用网络药理学方法探讨木麒麟石油醚提取物(PEEP)防治特异性皮炎(AD)的作用机制.方法 通过TCMSP数据库收集木麒麟活性成分及作用靶点,在GeneCards、OMIN、Drugbank中获取AD疾病靶点,取两者交集获得PEEP治疗AD的作用靶点.用Cytoscape 3.9.1 软件构建PEEP成分与AD作用靶点的相互作用网络,对结果进行可视化分析.用STRING平台分析PEEP防治AD靶点的互作网络,运用CytoNCA分析各节点之间的拓扑关系,利用中位数筛选获得PEEP防治AD核心靶点.通过Metascape数据分析平台,对获得的核心靶点进行GO、KEGG通路富集分析.结果 从PEEP中筛选得到13种活性成分,作用于883个靶点,与1334个特异性皮炎疾病靶点映射得到潜在作用靶点147个.进一步筛选获得IL-6、TP53、MAPK3、TNF、JUN等9个核心靶点,GO及KEGG分析结果显示以上核心靶点富集于Th2、NF-κB等炎症相关信号通路.结论 PEEP防治AD的效果可能是基于抑制炎症通路,促进免疫反应,抑制细胞凋亡过程中的靶点和通路产生的.本研究为PEEP防治AD效果实验研究提供了生物信息学基础.

目的:基于网络药理学技术探讨中药复方桂枝芍药知母汤治疗骨性关节炎的作用及分子机制.方法:通过中药系统药理学数据库和分析平台对桂枝芍药知母汤可能的活性成分和靶点进行筛选和预测,检索TTD、DrugBank、OMIM、GAD、PharmGKB等数据库与骨性关节炎相关的作用靶点,结合生物信息学手段,经大规模数据分析,得到桂枝芍药知母汤和骨性关节炎相关基因构成的分子网络及信号通路,采用ClueGo信号通路富集分析其可能的分子机制,用Cytoscape软件构建“成分-靶点-痰病”可视化交互网络图.最后,对分析结果进行解析.结果:在中药系统药理学数据库和分析平台中检索出桂枝芍药知母汤1016个相关成分,根据OB和DL参数筛选出172个入血活性成分并预测出160个可能的靶点;同时在上述疾病基因相关数据库检索出168个与骨性关节炎发生、发展密切相关的已知靶点,应用网络拓扑分析筛选出183个关键基因,ClueGO富集分析结果显示,桂枝芍药知母汤作用于骨性关节炎的关键节点涉及的信号通路主要被富集在关节软骨生长、修复和代谢、细胞增殖、分化、凋亡和抵抗氧化应激、炎症等99条信号通路.结论:桂枝芍药知母汤通过多靶点、多途径、相互协调、相互影响来治疗OA,主要体现在促进关节软骨生长、修复和代谢、参与细胞增殖、分化、凋亡和抵抗氧化应激、抗炎和调节全身其他免疫系统来干预关节软骨-骨的动态平衡,充分体现了中药复方在治疗疾病的整体性和系统性特点.基于网络药理学研究桂枝芍药知母汤治疗骨性关节炎的分子机制对于阐明其科学内涵具有重要意义,为后期实验研究提供依据,也为研究中药复方治病注重配伍、多层次、多靶点等特点提供新思路.

鼻咽癌和口腔鳞癌是两种在临床上高度相关的疾病,从分子层面系统性研究这两种疾病的相互关系却鲜见报道.本研究通过大规模的转录组数据分析识别鼻咽癌和口腔鳞癌的共享功能模块及其核心基因(一因多效模块和基因),以期阐明这两种疾病共享的分子机制.从GEO数据库获取这两种癌症的两套转录组数据,应用倍数法和经验贝叶斯方法筛选出鼻咽癌差异表达基因1279个,口腔鳞癌差异表达基因1293个,其中两者共享基因278个.以共享基因为种子,通过蛋白质-蛋白质互作知识引导构建基因网络,其中最大子网包含1290个基因和1766互作对.应用Newman算法提取了15个共享功能模块.对这些模块进行拓扑学分析,挖掘出58个核心基因,包括已知的与鼻咽癌或口腔鳞癌相关的基因(如PCNA、CDK1、STAT1、CCL5和MMP1等)和鲜有报道的基因(如MELK、NME1、RACGAP1、INHBA和NID1等).通路富集分析发现鼻咽癌和口腔鳞癌的共享功能模块参与多个生物学通路,包括p53信号通路、ECM受体相互作用、黏着斑、细胞周期等.本研究表明鼻咽癌和口腔鳞癌具有相似的致癌机制,所挖掘的共享模块可能是这两种疾病演化的核心分子相互作用机制.

通过剖析病证的密切关系、全面疏理病证关联的数据,总结出病证存在着层次、范围与程度三个方面的基本关系:在层次深浅方面,表现为疾病过程中证候存在由简单到复杂的变化;在范围大小方面,疾病的不同阶段对应着单一证候、复合证候或证候群;在程度轻重方面,疾病过程与不同证候之间的关联强度.结构层次方面,采用证候内在结构层次的拓扑学分析,通过疾病结构层次与证候结构层次构建病证关联层次的分析模型.关联范围方面,通过疾病波及范围与证候数量,建立病证关联范围复杂数据网络,构建病证关联范围的分析模型.关联程度方面,通过疾病轻重程度与证候复杂程度,进行病证关联强度多变量程度量化,构建病证关联程度的分析模型.通过上述复杂科学方法进行病证关联数据的分析,是深入认识病证关系的可行方法,并有望建立起基于整体状态的病证关联数据的分析方法学.