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广泛耐药肺炎克雷伯菌耐药表型分析及耐药机制研究
编辑人员丨1周前
目的:研究广泛耐药肺炎克雷伯菌(XDRKP)耐药表型特点及相关耐药机制。方法:收集山西白求恩医院2018年1月至2020年12月内分离的3 201株肺炎克雷伯菌并根据已有药敏结果筛选116株广泛耐药肺炎克雷伯菌纳入研究。基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)及梅里埃VITEK-compact 2进行菌株鉴定及药敏试验,药敏结果K-B法或微量肉汤稀释法复核。改良碳青霉烯酶灭活试验(mCIM)联合乙二胺四乙酸协同碳青霉烯酶灭活试验(eCIM)检测XDRKP碳青霉烯酶表型,并与碳青霉烯酶基因扩增结果比对。聚合酶链反应(PCR)扩增耐药基因:碳青霉烯酶基因(blaKPC、blaNDM、blaVIM、blaIMP、blaOXA);氨基糖苷耐药基因:16S rRNA甲基化酶基因(rmtA、rmtC、rmtD、rmtG、rmtH、armA、npmA、rmtB、rmtE、rmtF),氨基聚糖苷修饰酶基因变体[aac(6′)-Ib-cr];喹诺酮耐药基因:DNA解旋酶保护蛋白qnr家族基因(qnrA、qnrB、qnrC、qnrD、qnrS),外排泵蛋白基因(oqxAB、qepA),氨基聚糖苷修饰酶基因变体[aac(6′)-Ib-cr];替加环素耐药Tet蛋白基因[外排泵蛋白基因:tet(A)和tet(L)],核糖体保护蛋白基因[tet(M)],替加环素修饰酶基因[tet(X)]。对照分析各XDRKP耐药表型与相应耐药基因携带情况间的关系。结果:共收集到XDRKP 116株。头孢菌素类及喹诺酮类抗菌药物耐药率100%(116/116),碳青霉烯类抗菌药物耐药率99.14%(115/116),氨基糖苷类抗菌药物庆大霉素、妥布霉素、阿米卡星耐药率分别为95.69%(111/116)、94.83%(110/116)、88.79%(103/116),磺胺类抗菌药物耐药(44/116)与替加环素耐药(3/116)检出率较低。mCIM联合eCIM试验结果与碳青霉烯酶基因扩增结果一致率95.65%(110/115)。各耐药基因阳性率:blaKPC 90.52%(105/116),blaNDM 10.34%(12/116),rmtB 81.90%(95/116),armA 2.59%(3/116),oxqAB 65.52%(76/116),qnrB 6.03%(7/116)、qnrS 12.93%(15/116)、aac(6′)-Ib-cr 7.76%(9/116),tet(A)21.55%(25/116)。其余各耐药基因未检出。匹配分析发现,共有65株XDRKP耐药表型与耐药基因型不匹配,即抗菌药物耐药表型不能用携带相应耐药基因来解释。结论:XDRKP中各类耐药基因的广泛分布和某些基因[如aac(6′)-Ib-cr、oqxAB]的多重耐药作用是广泛耐药产生的潜在原因。不同菌株针对同一类抗菌药物可能携带一种或多种耐药基因。此外,部分菌株耐药表型与耐药基因不匹配,提示耐药基因的表达调控及存在其他耐药机制也与XDR的产生有关。
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编辑人员丨1周前
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弗氏枸橼酸杆菌中发现介导 blaKPC-2传播的新型质粒及比较基因组学分析
编辑人员丨1周前
目的:探讨来自弗氏枸橼酸杆菌的产碳青霉烯酶的新型不相容群组质粒pNY2385-KPC的耐药机制及基因结构特征。方法:从宁波市医疗中心李惠利医院急诊病房的发热患者尿液样本中获得1株多药耐药菌。采用16S rRNA基因扩增和平均核苷酸一致性(ANI)进行菌种鉴定;采用全自动细菌鉴定及药敏分析系统检测细菌MIC值;通过“三代”测序方法获得基因组序列,然后通过BLASTP/BLASTN、RefSeq、ConservedDomains、ResFinder、Isfinder等对基因功能进行详细注释及比较基因组学分析。结果:弗氏枸橼酸杆菌NY2385携带的质粒pNY2385-KPC为一种新型不相容群组质粒,包含 blaKPC-2,具有接合转移(Ⅳ型分泌系统)基因,可发生接合转移。NCBI中共检索到同型质粒15个,来源于弗氏枸橼酸杆菌、黏质沙雷菌、大肠埃希菌、阴沟肠杆菌、肺炎克雷伯菌和植生拉乌尔菌等细菌,为泛宿主质粒。通过对来自弗氏枸橼酸杆菌中6个该新型质粒进行序列比较分析,发现该新型质粒结构具有一定的保守性,具有携带 blaKPC-2的Tn 6296变体结构,而且质粒pCF1807-3同时具有 repApNY2385-KPC和 repAIncX8。 结论:弗氏枸橼酸杆菌中的pNY2385-KPC型质粒均携带 blaKPC-2耐药基因,分为 repApNY2385-KPC单复制子和 repApNY2385-KPC/ repAIncX8双复制子两种亚型,属于泛宿主质粒,作为可移动遗传元件促进了 blaKPC-2的传播。
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编辑人员丨1周前
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食品与环境中豚鼠气单胞菌系统发育分析以及毒力和耐药性研究
编辑人员丨1周前
目的:食品与环境中49株豚鼠气单胞菌菌种鉴定、毒力与耐药性检测。方法:VITEK、API 20NE生化鉴定, gyrB、 rpoD系统发育分析;PCR检测 act、 alt、 ast、 lip、 ahp、 aerA、 hlyA、 ompA1、 fla基因;AST-GN16药敏试验。 结果:生化鉴定为豚鼠/嗜水气单胞菌株54株,经系统发育分析豚鼠气单胞菌49株,嗜水气单胞菌4株,中国台湾省气单胞菌1株。毒力基因 alt、 lip、 ompA1、 fla、 act、 aerA、 hlyA检出率依次为100.00%、100.00%、79.59%、14.29%、2.04%、2.04%、2.04%,未检出 ast、 ahp;存在4种毒力基因组合,优势组合为 alt/ lip/ ompA1(32/49)。豚鼠气单胞菌氨苄西林、头孢唑林、头孢西丁、阿莫西林/克拉维酸、头孢曲松、复方新诺明、安曲南耐药率依次为79.59%、14.29%、10.20%、6.12%、4.08%、4.08%、2.04%,哌拉西林/他唑巴坦、亚胺培南、阿米卡星、庆大霉素、左氧氟沙星、替加环素、呋喃妥英均敏感;2株多重耐药菌株。 结论:gyrB、 rpoD可有效鉴定豚鼠/嗜水气单胞菌, rpoD可区分近亲缘关系豚鼠与中国台湾省气单胞菌;所有豚鼠气单胞菌均携带2种以上毒力基因,1株环境源菌携带7种毒力基因;青霉素类普遍耐药,产生β-内酰胺酶是最主要耐药机制;未发现碳青霉烯类、氨基糖苷类、氟喹诺酮类、四环素类、呋喃类耐药菌株;食品和生活饮用水存在多重耐药菌。
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编辑人员丨1周前
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儿童感染耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌的现状与对策
编辑人员丨1周前
碳青霉烯类耐药的肺炎克雷伯菌(CRKP)是全球公共卫生问题,近年来在儿童人群中检出率不断上升,所引起的感染临床治疗失败率极高,具有较高的病死率。分离自儿童的CRKP所携带碳青霉烯酶基因呈现多样化,且多位于可传递质粒上,极易引起广泛传播和流行,临床工作人员应引起重视。加强对CRKP所致感染的控制亟需多学科合作,临床医生应根据微生物室提供的药敏试验结果选择有效抗菌药物,避免广谱抗菌药物的使用,同时采取相应的感控措施,可在一定程度上降低CRKP感染率。
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编辑人员丨1周前
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耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌的临床分布及耐药特征
编辑人员丨1周前
探讨耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae,CRKP)的临床分布及耐药特征,为预防CRKP的感染和治疗提供参考依据。回顾性分析2017年1月至2021年12月临床分离的510株CRKP菌株,应用 MALDI-TOF质谱仪和VITEK-2 Compact微生物药敏分析仪进行菌种鉴定和药敏试验,采用碳青霉烯酶抑制剂增强试验对CRKP菌株进行碳青霉烯酶表型检测,通过免疫显色法对CRKP菌株进一步分型并用聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)进行基因检测。结果显示,510株CRKP菌株主要来源于痰液302株(59.2%)、尿液127株(24.9%)、血液47株(9.2%);科室主要分布于重症医学科231株(45.3%),其次为呼吸内科108株(21.2%)和神经外科79株(15.5%);药敏试验结果显示对常用抗菌药物的耐药率均较高,仅对替加环素和头孢他啶/阿维巴坦保持很好的敏感性,但对替加环素的耐药率逐年上升,从2017年的1.0%上升到2021年的10.1%,差异有统计学意义( χ2=14.444, P<0.05)。碳青霉烯酶抑制剂增强试验结果显示,510株CRKP中产碳青霉烯酶 461株(90.4%),其中丝氨酸酶 450株(88.2%),金属酶 9株(1.8%),既产丝氨酸又产金属酶2株(0.4%);不产酶的有49株(9.6%);免疫显色法进一步分型显示 461株CRKP中分型检测为KPC 450株(97.6%),IMP 2株(0.4%);NDM 7株(1.5%);KPC+NDM 2株(0.4%);PCR基因检测结果:blaKPC 450株(97.6%),blaIMP 2株(0.4%),blaNDM 7株(1.5%),blaKPC+NDM 2株(0.4%)。综上,CRKP菌株主要来源于痰液标本,分布于重症医学科,耐药特征以产碳青霉烯酶中的KPC型为主,临床微生物实验室应加强对CRKP菌株的监测,为预防CRKP的感染,减少细菌耐药的产生提供参考依据。
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编辑人员丨1周前
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三种检测常见碳青霉烯酶型方法的评估研究
编辑人员丨1周前
目的:评估mCIM联合eCIM试验、Carba-5和Carba-R三种方法检测碳青霉烯类耐药细菌(carbapenem-resistant organisms,CRO)中常见碳青霉烯酶型的性能。方法:随机挑选2019年1月至2020年12月浙江大学医学院附属邵逸夫医院临床分离的122株非重复CRO菌株,应用生物梅里埃MALDI-TOF MS全自动快速质谱仪对菌株进行菌种鉴定,分别采用改良碳青霉烯类抗生素灭活试验(mCIM联合eCIM试验)、Carba-5检测条和Carba-R试剂盒对所有菌株进行碳青霉烯酶型检测;以PCR法检测结果为金标准,评价上述3种检测方法的性能。结果:122株CRO菌株属于12个不同菌种,PCR法碳青霉烯酶型检测结果:共112株检测结果阳性,KPC-2型阳性70株,占57%(70/122),其中肺炎克雷伯菌46株,铜绿假单胞菌12株,其他菌株12株;OXA-232型阳性19株占15%(19/122),均为肺炎克雷伯菌;NDM型阳性20株占16%(20/122),其中NDM-1型阳性7株和NDM-5型阳性13株,以大肠埃希菌为主(12/20);IMP-4型阳性2株,分别为肺炎克雷伯菌和阿氏肠杆菌;检测出1株同时产KPC-2和IMP-4的肺炎克雷伯菌;未检测到VIM型碳青霉烯酶;有10株未检出以上5种基因型。与金标准PCR方法相比mCIM联合eCIM试验灵敏度为95.65%(22/23),特异度为100.00%(90/90),阳性预测值(PPV)为100.00%(22/22),阴性预测值(NPV)为98.90%(90/91),诊断准确度为99.11%(112/113);Carba-5和Carba-R试验的灵敏度、特异性、PPV、NPV和诊断准确度均为100%。结论:碳青霉烯耐药肠杆菌目细菌和铜绿假单胞菌临床微生物实验室可以使用Carba-5试验快速、准确地检测常见碳青霉烯酶型,有条件的实验室还可以选择Carba-R试验,并监测患者是否存在碳青霉烯耐药菌的定植;而Carba-5和Carba-R检测结果阴性时,建议结合药敏结果进行mCIM联合eCIM试验检测。
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编辑人员丨1周前
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mCIM和eCIM联合检测产碳青霉烯酶肠杆菌科细菌的应用
编辑人员丨1周前
目的:探讨改良碳青霉烯灭活试验(modified carbapenem inactivation method, mCIM)联合EDTA改良碳青霉烯灭活试验(EDTA-modified carbapenem inactivation method, eCIM)检测感染患者分离的耐碳青霉烯肠杆菌科细菌 (Carbapenem-resistant Enterobacteriaceae, CRE)碳青霉烯酶的方法对诊控CRE感染的应用价值。 方法:回顾性分析2017年1至12月天津医科大学总医院临床感染患者分离的78株非重复对碳青霉烯类抗生素耐药的肠杆菌科细菌的耐药情况,应用Vitek2 Compact全自动细菌鉴定仪鉴定至种并检测其对厄他培南和亚胺培南的最低抑菌浓度(minimum inhibitory concentration, MIC),用分子生物学PCR试验检测其碳青霉烯酶基因 blaKPC、 blaNDM、 blaIMP和 blaVIM,基因测序确定基因型作为金标准,同时采用mCIM联合eCIM试验对所收集的细菌进行碳青霉烯酶检测。以PCR结果为标准,计算mCIM和eCIM的灵敏度、特异度、阳性预测值、阴性预测值及Kappa值,进行mCIM和eCIM联合检测结果与PCR结果的一致性检验。 结果:78株碳青霉烯耐药肠杆菌科细菌应用PCR法检测出碳青霉烯酶基因阳性74株,阴性4株,其中 blaKPC-2阳性60株, blaNDM-1阳性2株, blaNDM-5阳性7株, blaNDM-9阳性3株, blaIMP-4阳性1株, blaKPC-2和 blaNDM-1同时阳性1株。mCIM检测碳青霉烯酶的敏感度为100%,特异度为100%, Kappa值为1.000;mCIM和eCIM联合检测丝氨酸碳青霉烯酶敏感度为100%,特异度为100%,Kappa值为1.000;联合检测金属碳青霉烯酶敏感度为92.9%,特异度为100%, Kappa值为0.955。 结论:采用mCIM、eCIM联合试验对CRE中的碳青霉烯酶进行检测,实用性强,结果易于判读,依据CRE细菌中基因型的不同,将为临床CRE诊断与抗菌药物精准治疗和感染控制提供重要诊断依据。
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编辑人员丨1周前
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湖南省某医院耐碳青霉烯肺炎克雷伯菌分子流行病学特征分析
编辑人员丨1周前
分析耐碳青霉烯肺炎克雷伯菌(carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae,CRKP)分子流行病学及探讨 blaKPC和 blaNDM水平传播机制,为预防和治疗CRKP提供参考依据。回顾性分析2022年1—12月湖南中医药大学第一附属医院临床非重复分离的CRKP,共计 49株。采用改良碳青霉烯灭活实验(mCIM)、EDTA-碳青霉烯灭活实验(eCIM)进行表型筛选;聚合酶链式反应(PCR)检测CRKP碳青霉烯耐药基因、β内酰胺酶耐药基因和毒力基因;多位点序列分析检测CRKP菌株的同源性。通过接合试验,推断 blaKPC和 blaNDM两种碳青霉烯耐药基因的水平传播机制。结果显示,本研究共收集到CRKP 49株,有44株携带 blaKPC,8株携带 blaNDM,其中同时携带 blaKPC和 blaNDM两种耐药基因的CRKP( blaKPC+ blaNDM-CRKP)有3株。28株CRKP携带毒力基因(28/49,57.2%),1株CRKP拉丝试验阳性,且同时携带 Aerobactin和 rmpA两种毒力基因。共检出5种ST型,以ST11为主(41/49,83.7%)。3株 blaKPC-CRKP均接合成功,3株 blaNDM-CRKP仅1株接合成功,接合子菌株对亚胺培南以及头孢菌素类抗菌药物的敏感性均显著降低。综上,本研究CRKP耐药机制主要以产KPC酶为主,且同时携带多种β-内酰酶耐药基因,并有高毒力耐碳青霉烯肺炎克雷伯菌(high virulence carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae,hv-CRKP)和 blaKPC+ blaNDM-CRKP的局部流行。 blaKPC和 blaNDM可通过质粒水平传播,不同菌株的水平传播效率存在差异。
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编辑人员丨1周前
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青岛市区5家医院耐碳青霉烯类肺炎克雷伯杆菌耐药基因检测及分析
编辑人员丨1周前
目的:通过对耐碳青霉烯类肺炎克雷伯杆菌(CRKP)的碳青霉烯酶表型的筛查及耐药基因检测,明确青岛市区该细菌耐药基因的分布及构成,为临床上合理应用抗菌药物治疗提供依据。方法:收集2016年10月至2019年9月青岛市区5家三甲医院临床分离出的非重复CRKP共54株,采用琼脂稀释法或纸片扩散法(K-B法)进行常用抗菌药物的药敏试验;应用改良Hodge试验进行碳青霉烯酶表型筛查;采用聚合酶链反应(PCR)扩增 blaKPC-2、 blaNDM-1、 blaOXA-48、 blaIMP、 blaVIM目的基因,扩增产物进行琼脂糖凝胶电泳。 结果:药敏试验显示,CRKP对阿米卡星耐药率最低(35.2%),其次为复方新诺明(53.7%)、庆大霉素(55.6%)、左氧氟沙星(75.9%)、亚胺培南/西司他丁(88.9%),哌拉西林/他唑巴坦、美罗培南、头孢噻肟、头孢哌酮/舒巴坦钠的耐药率均高于90%。改良Hodge试验阳性菌株有43株(阳性率为79.63%),阴性菌株为11株。PCR耐药基因检测共检出带有碳青霉烯酶耐药基因的菌株40株,目的耐药基因检出率为74.07%。其中35株携带KPC-2基因,7株携带OXA-48基因,4株携带NDM-1基因,1株携带IMP基因,其中携带有OXA-48基因的菌株均同时携带KPC-2基因,未检测出携带VIM基因的菌株,剩余14株未检测出目标碳青霉烯酶基因。结论:青岛市区5家医院CRKP携带的产碳青霉烯酶基因主要为KPC-2,其次为OXA-48及NDM-1。
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编辑人员丨1周前
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基于 ompK36突变快速检测产KPC肺炎克雷伯菌亚胺培南最低抑菌浓度的方法学建立
编辑人员丨1周前
目的:基于 ompK36基因GD突变,建立一种快速检测产肺炎克雷伯菌碳青霉烯酶的肺炎克雷伯菌(KPC-Kp)亚胺培南最低抑菌浓度(MIC)的方法。 方法:方法学建立。收集丽水市中心医院2011年3月至2019年12月的非重复肺炎克雷伯菌258株,PCR扩增膜孔蛋白o mpK36基因以及碳青霉烯酶基因 blaKPC、 blaNDM、 blaIMP、 blaOXA-48并测序确认,微量肉汤稀释法检测菌株亚胺培南MIC值,建立基因型与MIC值的对应模式。基于该模式,设计建立实时荧光聚合酶链反应(RT-PCR)快速检测MIC值的方法。利用丽水市疾控中心2017—2019年收集的159株非重复肺炎克雷伯菌进一步验证。四格表计算敏感度、特异度, Kappa检验比较RT-PCR法与肉汤稀释法结果的一致性。 结果:258株肺炎克雷伯菌中,109株未携带碳青霉烯酶基因,65株携带 ompK36基因GD突变,127株携带 blaKPC,15株携带 blaNDM,9株携带 blaIMP,未检测到 blaOXA-48。以肉汤稀释法为标准,肺炎克雷伯菌耐药基因与亚胺培南MIC值存在3种对应模式:4种碳青霉烯酶基因均阴性时,MIC≤1 mg/L,敏感度为100%(107/107),特异度为98.4%(125/127); blaKPC阳性而 ompK36基因GD突变阴性时,4 mg/L≤MIC≤16 mg/L,敏感度为88.2%(60/68),特异度为98.8%(164/166); blaKPC和 ompK36基因GD突变双阳性时,MIC≥32 mg/L,敏感度为96.6%(57/59),特异度为96.6%(169/175)。RT-PCR法可准确检测 blaKPC、 blaNDM、 blaIMP、 blaOXA-48基因;在产酶菌株中o mpK36基因GD突变的RT-PCR结果与测序法100%一致。以丽水市疾控中心来源的159株肺炎克雷伯菌为样本,以肉汤稀释法为参照,RT-PCR检测亚胺培南MIC值在3种模式下敏感度和特异度均大于95%, Kappa值为0.971。 结论:基于 ompK36基因GD突变建立的RT-PCR法有助于快速判断KPC-Kp的亚胺培南MIC值范围。
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编辑人员丨1周前
