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NanoString荧光条形码技术在弥漫大B细胞淋巴瘤分子分型中的临床应用
编辑人员丨5天前
目的:探讨NanoString荧光条形码技术在弥漫大B细胞淋巴瘤(DLBCL)分子分型中的临床应用,分析细胞起源亚型与患者预后的相关性。方法:收集2014年1月至2019年12月山西省大同市第三人民医院12例及北京大学医学部8例DLBCL患者的肿瘤组织样本,采用Hans模型分为生发中心B细胞(GCB)型1例和非GCB型19例。在mRNA水平利用NanoString技术平台分析样本中15个Lymph2Cx分子分型相关基因的表达水平差异。通过聚类分析对20例DLBCL患者分型,并分析按此分型组间预后的差别。结果:通过NanoString荧光条形码技术对20例DLBCL患者样本进行检测并进行聚类分析后分型显示,11例为类GCB样型,9例为类活化B细胞(ABC)样型;10例类GCB样型按Hans模型为非GCB型。生存分析显示,类GCB样组总生存优于类ABC样型组( P=0.019)。 结论:NanoString荧光条形码技术可用于DLBCL的细胞起源分型,该分子分型策略可有效预测患者预后。
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编辑人员丨5天前
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基于DNA条形码序列的辽宁省龙胆药材鉴定研究
编辑人员丨5天前
目的:基于内转录间隔区(ITS)碱基序列,运用DNA条形码技术对辽宁省9个地区道地药用植物龙胆 Gentiana scabra Bge.药材进行鉴别分析。 方法:利用DNA试剂盒提取法提取26批龙胆样本药用部位DNA,对ITS序列部分进行PCR扩增并双向测序,从Genbank下载药用植物龙胆的其他来源和外群序列,运用SeqMan 7.1.0软件对测序结果进行拼接,使用MEGA 7.0软件分析数据,计算K2P遗传距离,并利用邻接(NJ)法建立系统发育树进行分析。结果:根据NJ聚类树结果可知,不同来源的龙胆样品可聚为一大支,其中坚龙胆和三花龙胆分别聚为一支,区别较明显;龙胆与条叶龙胆聚为一支,亲缘关系较近,且结合变异位点与遗传距离可知,龙胆与条叶龙胆的碱基序列相似,种间差异较小。26批样本中仅1个样品出现种内变异,其余样本碱基序列均相同,“清原龙胆”与辽宁省其他地区龙胆样品无明显差异。结论:使用ITS序列的DNA条形码技术可用于龙胆药材及其不同来源的基原植物的种内和种间鉴别,且成功率较高。
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编辑人员丨5天前
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基于DNA条形码技术的神农架国家公园川金丝猴食性研究
编辑人员丨2周前
川金丝猴湖北亚种(Rhinopithecus roxellana hubeiensis)是种群数量最少的川金丝猴(R.roxellana)亚种,评估其食物组成及季节变化有助于了解其觅食策略和同域分布物种间的竞争关系,对物种保护及栖息地恢复等具有重要意义.分别于2023年冬季(2月)、春季(5月)和秋季(10月)在神农架国家公园采集金丝猴新鲜粪便样品,利用DNA宏条形码技术分析了粪便中的食源植物及其季节变化.研究共鉴别出127种金丝猴食源植物,分属于110个属62个科,科水平上相对序列丰度最高的为蔷薇科(Rosaceae),属水平上相对序列丰度最高的为花楸属(Sorbus),种水平上相对序列丰度最高的是地海椒(Archiphysalis sinensis).在不同季节食物组成中,冬季有56种,春季有76种,秋季有70种,其中春季偏好的食物为花楸属植物(Sorbus sp.)(27.34%)植物和藤山柳(Clematoclethra scandens)(16.56%);秋季偏好的食物为委陵菜(Potentilla chinensis)(22.12%)和花楸属植物(16.52%);冬季偏好的食物为地海椒(33.49%)和花楸属植物(28.13%).,3个季节的共有食物有20种,冬季的特有食物有16种,春季有29种,秋季有27种.冬季特有食物有地海椒等,春季特有食物有菱叶茴芹(Pimpinella rhomboidea)等,秋季特有食物有构树(Broussonetia papyrifera)等.春季和秋季之间的重叠食物种类最多有35种,春季和冬季的重叠食物种类有32种而冬季和秋季重叠食物种类最少仅有28种.不同季节食物多样性指数存在差异,冬季食物多样性指数最低,秋季较高,春季最高.食物多样性的季节变化与神农架植被物候特性一致.研究结果揭示了神农架川金丝猴的食物组成和季节变化,以及DNA条形码技术在食性研究中的优势和存在的问题,为川金丝猴的种群繁育和保护管理等提供了重要参考价值.
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编辑人员丨2周前
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《世界科学技术—中医药现代化》刊载文章入选2012中国百篇最具影响力的国内论文
编辑人员丨1个月前
2012年12月7日.中国科学技术信息研究所在京公布了最新中国科技论文统计结果,其中《世界科学技术—中医药现代化》2007年第3期刊载的"基于DNA barcoding(条形码)技术的中药材鉴定"荣获"2012年中国百篇最具影响优秀国内学术论文"称号.
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编辑人员丨1个月前
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我国外来入侵生物福寿螺的物种鉴定
编辑人员丨1个月前
福寿螺为我国外来入侵生物之一,是传播广州管圆线虫病的主要中间宿主,目前已在我国广泛扩散,并对入侵地的农林牧渔业生产、生态环境及人体健康造成严重威胁.准确、快速地鉴别福寿螺的种类是开展其入侵机制、扩散规律及种群遗传学等各项研究的基础,并对制定与实施防治策略有重大意义.目前福寿螺的鉴定方式主要基于传统形态学及分子生物学,其中福寿螺的分子鉴定主要基于特异性引物PCR快速鉴别技术和DNA条形码技术,本文对福寿螺的物种鉴定方式进行综述.
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编辑人员丨1个月前
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水生生物环境DNA监测技术的发展、应用与标准化
编辑人员丨1个月前
水生态系统是保障国家生态安全的重要基础.水生生物在水生态系统中扮演着核心角色,是研究水体演变的重要依据,是维护水生态健康的关键.传统水生生物调查和监测通常采用形态学方法,但其存在专业知识要求高、难以标准化和自动化及费时耗力等缺陷.环境DNA(Environmental DNA,简称eDNA)技术是一种通过监测环境中存在的DNA片段来识别特定生物物种的方法,可以实现基于水体中DNA分子进行水生生物的鉴定和监测,为水生生物的常态化监测提供了一个准确、便捷、可标准化和自动化实施的方案.文章介绍了 eDNA技术的基本原理,总结回顾了 eDNA技术从萌芽到广泛科研应用的发展历史和过程,介绍了基于eDNA的宏条形码和宏基因组等各类水生生物鉴定监测技术;阐述了eDNA技术在保护种、入侵种及生物类群监测和水生态评估等各领域的应用;分析了eDNA技术当前面临的物种参考序列数据库不完善等各类挑战;提出了通过优化完善数据库、样品采集方法、评价指标和参数、样品保藏、数据分析和存储等来推动eDNA技术标准化和自动化,以解决当前面临的挑战.同时,基于eDNA技术当前的发展阶段,提出了在我国水体结合专业形态分类鉴定开展水生生物eDNA技术标准化监测的实施建议.
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编辑人员丨1个月前
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诃子基原物种及其混伪品的形态鉴别与分子鉴定
编辑人员丨2024/7/6
目的:建立能够准确鉴别诃子、绒毛诃子及其混伪品的分子鉴定方法.方法:对诃子、绒毛诃子及其混伪品的新鲜果实进行烘干,观察其干燥前后的形态;提取样品DNA,采用DNA条形码内转录间隔区 2(ITS2)序列和psbA-trnH序列进行聚合酶链式反应扩增并测序,采用DANMAN 7、MAGE 6 软件对测序结果进行序列比对,计算Kimura 2-paramete遗传距离,并构建邻接法系统发育树.结果:形态观察发现,诃子、绒毛诃子果实干燥前后与混伪品有较大的差异,可以通过形态差异进行鉴别;DNA条形码序列表明,诃子和绒毛诃子ITS2 序列基本一致,仅发现 4 个单核苷酸多态性位点,但不能由此对两者进行区分;诃子和绒毛诃子的psbA-trnH序列存在 2 处明显差异,可对两者进行准确区分;绒毛诃子中存在 2 种类型的单倍型,其明显差异在于是否在psbA-trnH序列上存在 1 段 16 bp的串联重复序列;混伪品与诃子、绒毛诃子之间具有较大的psbA-trnH序列差异,可直接在美国国家生物技术信息中心比对进行区分;对市场上流通的诃子炮制品进行鉴定发现,其多为 2 种单倍型绒毛诃子,且存在毛诃子混伪的情况.结论:利用psbA-trnH序列可准确鉴别诃子、绒毛诃子及其混伪品,发现绒毛诃子中存在 2种类型的单倍型.
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编辑人员丨2024/7/6
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药用蛇及其水提物的DNA微型条形码鉴别研究
编辑人员丨2024/6/22
目的:建立药用蛇及其水提物的DNA微型条形码鉴别方法.方法:通过比对药用蛇及常见11种混伪品的16S rRNA序列,建立约220 bp的蛇类DNA微型条形码,并与16S rRNA标准条形码比较,对药用蛇原料及水提物进行测序鉴定.采用MEGA-X软件分析遗传距离并以邻接法(NJ)构建系统发育树.结果:DNA微型条形码引物对药用蛇原料及水提物的扩增率为100%,鉴定率为100%.药用蛇及其混伪品的种内平均遗传距离均小于种间平均遗传距离,且各物种在NJ系统发育树中具有良好的单系性,并与16S rRNA标准条形码原料的鉴定结果一致.结论:该研究建立的蛇类DNA微型条形码可有效实现药用蛇原料及水提物等制品的物种鉴别,为保障蛇类原料、临床汤剂及配方颗粒等药品的安全性和有效性提供了技术支撑.
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编辑人员丨2024/6/22
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药用植物DNA条形码与分子标记技术的研究进展
编辑人员丨2024/6/15
目的 对药用植物DNA条形码技术和分子标记技术的研究进展进行综述,为药用植物鉴定、遗传育种及种质资源保护的进一步研究奠定基础.方法 查阅总结近年来国内外文献,对DNA条形码技术和分子标记技术的特征、种类及在药用植物中的应用情况进行总结.结果 DNA条形码和分子标记技术已经被广泛应用于药用植物中.DNA条形码技术能够迅速且精确地对药用植物进行鉴定,克服了传统鉴别方式的缺陷;分子标记技术则以其操作简便、敏感度高、结果精确等优势,在促进药用植物的科学研究中获得了广泛的应用.结论 DNA条形码和分子标记技术的出现对药用植物的鉴定产生了积极的影响,为种质资源的保护、鉴定、亲缘关系分析和遗传进化提供了依据,随着科技的不断进步,DNA条形码和分子标记技术也将不断精确,并对中医药现代化产生更加深远的影响.
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编辑人员丨2024/6/15
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基于DNA条形码技术鉴定库尔勒机场的蝙蝠物种
编辑人员丨2024/6/8
随着航空业的发展,野生动物与航空器之间的冲突愈演愈烈,研究机场周边飞行动物对机场动物撞击防范工作具有重要意义.蝙蝠作为世界上唯一的飞行类哺乳动物,也是严重影响夜间飞机飞行安全的隐患之一,但由于蝙蝠体型较小,发生撞击后往往无法发现相对完整的尸体,多为血液和毛发等,因此物种鉴定比较困难.从库尔勒机场防鸟网采集到一具蝙蝠样本,基于DNA条形码技术(DNA barcoding),通过16S rRNA遗传距离分析,发现棕蝠属(Eptesicus)与库尔勒样本群体间遗传距离为0.031~0.092,属内与库尔勒样本种间差异最大的是南美棕蝠(Eptesicus diminutus),遗传距离为0.092;差异最小的是大棕蝠(Eptesicus serotinus),遗传距离为0.031.结合形态学分析并通过解剖证实该个体的性腺尚未发育,确定了库尔勒机场挂网蝙蝠物种为大棕蝠.本研究为机场不易辨认或者保存不完整样本的物种鉴定提供方法依据.在确定物种后,了解其生活史特征,有利于机场动物撞击防范工作的精准实施,从而最大限度降低机场损失.
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编辑人员丨2024/6/8
