[目的]赖草属植物是麦类作物遗传改良和育种的重要基因资源,但作为异源多倍体植物,其基因组来源仍存在较大争议.通过比较赖草、大赖草及新麦草基因组中重复序列分布,探索赖草属物种基因组来源以及种间基因组多样性的形成特性.[方法]通过构建赖草属物种赖草的Cot-1 DNA文库获得大量重复序列,利用荧光原位杂交技术和重复序列对赖草以及近缘物种大赖草和祖先供体物种新麦草进行染色体荧光原位杂交涂染.[结果](1)根据序列及基因组分布特性,赖草Cot-1 DNA可归为串联重复序列、散布重复序列、散布加串联混合重复序列以及未能鉴定类型,4种类型占比分别为32.4％、45.7％、12.4％和9.5％.(2)串联重复序列TaiI-family、Lt1-6、pTa-535和pSc250在不同物种及同一物种不同材料间信号数量存在较大变异,分别为7～20,1～14,17～26,0～24个.(3)10个反转座子序列在所有物种染色体的分布呈现3种方式:在所有染色体上杂交信号集中分布在着丝粒、近着丝粒及间质区;在所有染色体的所有区域都有分布;在大部分染色体上的分布方式与第1种相同,但是部分染色体端部也有分布.2个LTR/Copia序列仅在赖草染色体上有分布,其他序列在不同物种以及不同材料间均有分布,但在信号强度以及部分染色体上的分布方式存在多态性.[结论]赖草属物种中的一些重复序列具有快速进化的特性,支持赖草属物种多倍化过程,并存在散在重复序列向整个核基因组的快速同质化扩散.

目的:了解我国食源性金黄色葡萄球菌（金葡菌）的种群结构。方法:通过全基因组测序方法对2006-2020年我国16个省份收集的763株食源性金葡菌进行多位点序列分型、葡萄球菌蛋白A编码基因（ spa）和葡萄球菌染色体 mec基因盒（SCC mec）分型，使用BioNumerics 7.5软件创建基于ST类型的最小生成树。国外进口食品分离到的金葡菌31株被纳入基因组系统发育树的构建。 结果:763株金葡菌共鉴定出90个ST型和160个 spa型别，其中20种为新ST型别。72个（72/90，80.0%）ST型属于22个克隆群，其中主要型别为CC7、CC1、CC5、CC398、CC188、CC59、CC6、CC88、CC15和CC25，占82.44%（629/763）。其中优势克隆群中ST型和 spa型别随着时间的变化呈多态性变化。耐甲氧西林金葡菌（MRSA）的阳性率为7.60%，共鉴定出7种SCC mec型别，以ST59-t437-Ⅳa（17.24%，10/58）、ST239-t030-Ⅲ（12.07%，7/58）、ST59-t437-Ⅴb（8.62%，5/58）、ST338-t437-Ⅴb（6.90%，4/58）和ST338-t441-Ⅴb（6.90%，4/58）为主。本研究分离株在系统发育树上被分为2个种群分支，命名为Clade1和Clade2，相同克隆群、ST型和 spa型别的菌株呈聚集分布。Clade1全部为CC7甲氧西林敏感菌株，Clade2中包括21种克隆群和所有MRSA菌株，MRSA菌株按照SCC mec和ST型呈聚集分布。CC398、CC7、CC30、CC12和CC188中的国外分离株与我国分离株进化关系较远。 结论:本研究中食源性菌株主要优势克隆群型别为CC7、CC1、CC5、CC398、CC188、CC59、CC6、CC88、CC15和CC25，与既往报道的我国医院、社区感染和食物中毒的克隆群存在重叠现象，这提示食品作为病原体社区传播和食物中毒的载体，需高度关注。

Hippo信号通路在进化上高度保守，参与调节细胞增殖、分化和组织动态平衡，在调控组织、器官大小及细胞数量方面发挥重要作用。常染色体显性多囊肾病（autosomal dominant polycystic kidney disease，ADPKD）是最常见的遗传性肾病，也是引起终末期肾病最常见的病因之一。近年的研究发现，Hippo信号通路与ADPKD的发生发展密切相关，通路主要成员的活性和表达异常对肾小管上皮细胞的纤毛和细胞极性等产生影响，诱发肾囊肿的形成。该综述总结了Hippo信号通路在ADPKD发病中的潜在机制，与其他信号通路的串扰，以及在不同物种中的差异，讨论针对Hippo信号通路治疗ADPKD的策略，以期为ADPKD的治疗提供新的思路。

微小RNA-223(miR-223)定位于X染色体上，在进化过程中高度保守。近年来，许多研究指出miR-223在多种消化系统肿瘤如食管癌、胃癌、肝癌、胰腺癌、结直肠癌中表达异常，其可通过多种信号通路参与肿瘤细胞的增殖、凋亡、侵袭等过程，并有望成为消化系统肿瘤诊断和预后的标志物。

目的:对1个腓骨肌萎缩病家系进行基因变异分析，明确其遗传学病因。方法:对先证者进行神经电生理检查和全外显子组基因测序，用Sanger测序技术对先证者及其家系进行变异位点验证。应用计算机软件预测变异位点氨基酸进化保守性和变异可能导致的蛋白质结构和功能变化，分析变异位点的性质。结果:先证者神经电生理检查示运动和感觉神经纤维脱髓鞘及轴索性改变。基因检测发现先证者和母亲 MFN2基因第11外显子存在c.1066A>G(p.Thr356Ala)杂合错义变异；先证者姐姐和父亲未检测到该变异。PolyPhen-2和MutationTaster软件预测该变异为致病性，变异区域序列在不同物种间高度保守。根据美国医学遗传学与基因组学学会遗传变异分类标准与指南， MFN2基因c.1066A>G(p.Thr356Ala)变异判定为可能致病性变异(PS1＋PM2＋PP3＋PP4)。 结论:MFN2基因c.1066A>G(p.T356A)变异可能为该家系患者的致病原因，基因检测结果可以为家系的遗传咨询和产前诊断提供依据。

精子发生对成年雄性动物完成生育功能来说至关重要，这一复杂的生理过程需要相关基因适时适度的表达，大量的表观遗传调控因子参与其中，包括明星分子环状RNA。环状RNA具有表达丰富、进化保守、细胞或组织特异性以及更高的抗外切酶或核糖核酸酶降解能力等多种特征。它可以调控亲本基因的表达，作为mRNA陷阱、miRNA或蛋白质的海绵体来发挥作用，也可以通过结合RNA结合蛋白来参与精子的发生过程，包括生殖干细胞的形成、精子的形成、精浆的组成及睾丸组织的形成。本文就目前环状RNA参与精子发生的研究进展进行综述。

目的:探讨初始骨转移与肺转移的骨肉瘤基因组学表现差异及发病机制。方法:收集2021年5月1日至10月1日于北京大学人民医院诊治的38例高级别骨肉瘤患者肿瘤新鲜标本及部分石蜡包埋标本，男29例、女9例，年龄（19.6±2.2）岁（范围6~61岁）。38例中12例发生初始骨转移、26例发生初始肺转移，其中15例（40%，15/38）具有原发灶和转移灶的配对标本。应用Illumina NovaSeq 6000平台进行全外显子测序及转录组测序，并随治疗进程获取肿瘤演进过程中的新鲜配对标本，分析不同进展模式的骨肉瘤配对标本的全外显子组测序数据，进一步根据其基因型表现进行疾病亚分类，将基因学表现与临床过程进行关联。结果:骨转移组以单核苷酸变异为主（83%，10/12），肺转移组以结构变异为主（58%，15/26）。骨转移组的肿瘤突变负荷为4.9（2.8，12.0）、新抗原负荷为743.0（316.5，1 034.5），较肺转移组的2.4（1.4，4.5）和128.5（49.0，200.5）更高，差异均有统计学意义（ P=0.010， P=0.003）。突变谱示骨转移组[0.33（0.13，0.60）]和肺转移组[0.10（0.00，0.13）]在与年龄有关的基因特征1上的差异有统计学意义（ P=0.005）。以随机表法每组各选择3例患者进行多色免疫荧光染色，骨转移组中1例发现了三级淋巴结构。通过对配对标本进行进化图谱分析发现骨肉瘤配对标本的已知基因呈高度保守。 结论:以单核苷酸变异为主而非结构变异的骨肉瘤可能容易发生初始骨转移，此类患者年龄更大，肿瘤微环境的免疫源性可能更高。

目的:对少汗性外胚层发育不良（hypohidrotic ectodermal dysplasia，HED）患者进行基因突变检测及致病性分析，为HED患者的基因诊断提供参考依据。方法:收集2016年8月至2021年8月于北京大学口腔医学院·口腔医院儿童口腔科就诊的临床诊断为HED的患儿及其家系成员为研究对象，对患儿及其家系成员行外周血基因组DNA提取，利用全外显子组测序及Sanger测序检测基因突变，进行罕见变异位点筛选，并对筛选出的突变进行生物信息学功能预测。结果:共收集到4例HED患者，通过全外显子组测序检测并筛选出3个已报道过的外异蛋白A（ectodysplasin A，EDA）基因突变c.2T>C、c.161A>G、c.467G>A，其中c.2T>C为起始密码子突变。此外还检测出1个未在HED病例中报道过的外异蛋白A受体（ectodysplasin A receptor，EDAR）基因突变c.871G>A。HED患儿及其家系成员的Sanger测序结果证明了上述突变的发生。上述突变的生物信息学功能预测结果显示，本研究检测到的EDA基因突变均具有高度的物种保守性，对EDA蛋白功能有害，c.2T>C、c.161A>G及c.467G>A 3种突变的联合注释依赖耗竭（combined annotation dependent depletion，CADD）数据库评分分值分别为22.5、26.3、25.5，基因组进化速率评测（genomic evolutionary rate profilling，GERP）数据库评分分值分别为2.16、2.26、2.18。EDAR基因突变具有一定的物种保守性，对EDAR蛋白质功能“可能有害”，CADD评分分值为22.0，GERP评分分值为1.93。结论:本研究在4个HED家系中检测出3种EDA基因突变和1种EDAR基因突变。EDA基因及EDAR基因上不同位点、不同类型的突变可对蛋白质功能产生影响，导致HED的发生。

目的:从基因组水平上探讨尿路致病性大肠埃希菌UPEC132株的耐药性和致病机制。方法:采用MIC法测定菌株UPEC132对16种抗菌药物的敏感性，多位点序列分型(MLST)方法对其分型，利用三代测序平台对其进行全基因组测序和组装，并用Prodigal软件预测和数据库筛选进行耐药和毒力基因功能注释，然后收集GenBank上23株UPEC菌株的染色体基因组序列，利用RAxML软件对UPEC132进行系统进化分析并构建系统进化树。结果:UPEC132菌株对氨苄青霉素、氨苄青霉素/舒巴坦、四环素、红霉素、氯霉素、头孢唑林耐药，其MLST分型为ST10522型。该株全基因组包括一条完整的基因组(染色体)序列及两条质粒序列，染色体、质粒P1和P2的序列大小分别为5 234 468 bp、117 139 bp和101 356 bp，鸟嘌呤-胞嘧啶(GC)含量分别为50.48%、49.05%和54.04%。该株染色体、质粒P1和P2分别有4 856、140和116个基因。其耐药基因多位于染色体，主要为耐多药外排泵基因簇，P2仅携带β-内酰胺酶基因 blaTEM-1和四环素耐药基因 tetG。UPEC132毒力基因也位于染色体，主要为菌毛黏附素9种、铁摄取系统5种和分泌性毒素3种。Afa菌毛和Ⅳ型菌毛基因簇分别位于质粒P1和P2上。系统进化树分析显示UPEC132与23株UPEC均不在同一分支。 结论:UPEC132株的ST10522型为国内外首次报道的大肠埃希菌新ST型，其全基因组遗传信息被全面揭示，耐药性和致病性与其携带的多种耐药基因和毒力基因相关。

目的:分析神经危重症感染患者肺炎克雷伯病原菌（Klebsiella pneumoniae，KP）同源性与基因组学的关系。方法:选取2015-2018年神经危重症感染患者中经脉冲场凝胶电泳分析同源性鉴定的非多重耐药性KP病原菌共5株（编号P20、P39、P66、P90、P91），其中P90和P91为相同克隆株，P66、P90、P91为同一流行克隆系，P20、P39与其他菌株无同源性关系，进行二代+三代全基因组测序，应用多种生物信息软件进行基因组学分析，了解菌株间基因组基本信息、染色体、质粒分布情况，单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphisms，SNP）差异，基因家族聚类特征，并与美国国立生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Information，NCBI）网站注册分析的（2013年至2016年）国内、外18株KP菌株构建系统发生树，分析菌株间进化亲缘性关系。结果:P20、P39、P66、P90、P91全基因组大小分别为5 469 543 bp、5 480 332 bp、5 768 352 bp、5 745 666 bp、5 722 999 bp；GC含量分别为57.07%（1 559 929+1 561 432）/5 469 543、57.27%（1 566 970+1 571 424）/5 480 322、56.96%（1 640 438+1 645 432）/5 768 352、56.88%（1 634 285+1 634 038）/5 745 666、56.95%（1 627 360+1 631 781）/5 722 999。与P20参考菌株进行比对，P39、P66、P90、P91的SNP总数量分别为32 682、34 226、34 292、34 375，基因编码区序列总突变比率分别为87.18%（28 491/32 682）、86.71%（29 679/34 226）、85.26%（29 238/34 292）、86.22%（29 638/34 375），非同义突变占一定优势，比率分别为44.57%（14 566/32 682）、44.01%（15 063/34 226）、48.01%（16 465/34 292）、48.75%（16 758/34 375），同义突变分别为42.61%（13 925/32 682）、42.70%（14 616/34 226）、37.25%（12 773/34 292）、37.47%（12 880/34 375）。P90与P91均有6个特有基因家族，P66有4个特有基因家族。同一流行克隆系P66、P90、P99在系统发育树同一进化分支上，相同克隆株P90、P99在同一子分支上，无同源性关系的P20、P39分别在不同的进化分支上。系统发育树进化分支上P20、P39、P66、P90、P91与NCBI网站提交的法国KP52-145菌株、中国台湾ED23菌株进化等级关系较近。结论:神经危重症感染患者肺炎克雷伯病原菌具有相同克隆株间特有基因家族数目一致，同一流行克隆系间特有基因家族数目和SNP总数量有较小变化，且在系统发育树同一进化分支上的特点。无同源性菌株的特有基因家族数目和SNP总数量有较大变化，且在系统发育树不同进化分支上。