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基于网络药理学与分子对接探讨犀角地黄汤治疗脓毒症的分子作用机制
编辑人员丨1天前
目的 基于网络药理学和分子对接探究犀角地黄汤治疗脓毒症的主要功效.方法 通过文献检索并利用TCSMP和BATMAN-TCM数据库,筛选并预测犀角地黄汤的活性成分及潜在靶点.利用GeneCard和DisGeNET数据库筛选脓毒症的相关基因.通过STRING数据库绘制潜在靶点的蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络,利用MCODE分析得到关键基因簇后用CytoHubba分析基因簇,得到核心的基因靶点,采用MOE软件进行分子对接验证,采用clusterProfiler包进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书数据库(KEGG)富集分析.采用Cytoscape 3.8软件构建犀角地黄汤-活性成分-疾病-靶基因网络.结果 最终筛选出犀角地黄汤的活性成分38个,主要靶点138个,主要参与调节白细胞介素17(IL-17)信号通路和肿瘤坏死因子(TNF)信号通路等多种人体信号通路.JUN、RELA和JL-6为核心靶点,其中己醛、芍药苷、槲皮素、鞣花酸、黄芩素、山萘酚和石竹烯等是犀角地黄汤发挥功效的主要活性成分,且分子对接结果显示其与JUN、RELA和IL-6可以通过氢键、碳氢键和疏水性相互作用的共同作用达到稳定结合的效果.结论 通过系统地探讨犀角地黄汤的主要活性成分和其作用靶点与脓毒症的联系,为犀角地黄汤的用药提供理论依据,也为深入研究其活性成分提供参考价值.
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编辑人员丨1天前
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miR-409-3p通过靶向脂肪酸结合蛋白4影响子宫内膜癌细胞转移的研究
编辑人员丨1天前
目的 用生物信息学方法预测脂肪酸结合蛋白4(FABP4)的上游调控miRNA,体外培养子宫内膜癌细胞Ishikawa,了解微小核糖核酸-409-3p(miR-409-3p)是否通过抑制FABP4的表达水平,进而影响Ishikawa细胞的生物学行为.方法 实验分为control组、miR-409-3p mimics组、miR-409-3p inhibitor组、miR-409-3p NC组、FABP4-OE组及FABP4-shRNA组6组,采用实时定量聚合酶链式反应及蛋白质印迹法检测miR-409-3p及FABP4在Ishikawa中的表达情况;采用细胞增殖实验(CCK-8)、细胞侵袭及迁移实验(Transwell法)检测miR-409-3p与FABP4对Ishikawa细胞增殖、侵袭以及迁移能力的影响;用双荧光素酶报告基因实验在Ishikawa细胞中检测miR-409-3p对FABP4的调控作用.结果 1)在Ishikawa细胞中下调FABP4的表达后,Ishikawa细胞的增殖、侵袭和迁移能力均显著降低(P<0.05);在Ishikawa细胞中上调FABP4的表达后,Ishikawa细胞的增殖、侵袭和迁移能力均显著升高(P<0.05).2)在Ishikawa细胞中转染miR-409-3p mimics后,FABP4的表达水平以及Ishikawa细胞的增殖、侵袭和迁移能力均显著降低(P<0.05);而转染miR-409-3p inhibitor后,FABP4的表达水平以及Ishikawa细胞的增殖、侵袭和迁移能力均显著升高(P<0.05).3)双荧光素酶报告基因结果显示,在Ishikawa细胞中miR-409-3p可靶向调控FABP4.结论 高表达的FABP4促进Ishikawa细胞增殖、侵袭及迁移,miR-409-3p可通过下调FABP4的表达进而抑制Ishikawa细胞发生转移.
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编辑人员丨1天前
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环状人网状蛋白4调节miR-582-5p/神经纤毛蛋白1轴对结直肠癌细胞恶性生物学行为的影响
编辑人员丨1天前
目的 探讨环状人网状蛋白4(CircRTN4)调节miR-582-5p/神经纤毛蛋白1(NRP1)轴对结直肠癌(CRC)细胞恶性生物学行为的影响.方法 选取2019年1月至2023年1月河南科技大学第一附属医院收治的CRC患者50例,通过实时荧光定量PCR(qRT-PCR)、蛋白质免疫印迹法分别检测患者的癌组织、癌旁组织、人正常结肠黏膜上皮细胞和CRC细胞中CircRTN4、miR-582-5p mRNA及NRP1的蛋白表达;将SW480细胞分别转染si-RTN4、miR-582-5p inhibitor及相应对照,qRT-PCR检测转染效率;通过平板克隆实验、Transwell小室和流式细胞仪等研究CircRTN4对CRC细胞的影响;蛋白质免疫印迹法检测增殖细胞核抗原(PCNA)、基质金属蛋白酶-2(MMP-2)、Bcl-2相关X蛋白(Bax)、B淋巴细胞瘤-2(Bcl-2)及NRP1蛋白表达;双荧光素酶报告基因实验检测miR-582-5p与RTN4和NRP1的作用;构建肺癌裸鼠模型,分析敲低RTN4对肿瘤质量、体积及移植瘤中miR-582-5p、NRP1、Ki-67蛋白表达的影响.结果 在CRC组织和细胞系中,RTN4、NRP1表达升高,miR-582-5p表达降低(P<0.05);敲低RTN4,降低SW480细胞迁移、增殖与侵袭,下调PCNA、Bcl-2、MMP-2、NRP1表达,促进miR-582-5p、Bax表达及细胞凋亡(P<0.05);miR-582-5p作为RTN4靶点,下调miR-582-5p可减弱RTN4敲低对SW480细胞恶性行为的抑制作用(P<0.05);体内实验显示,抑制RTN4可降低移植瘤质量和体积,降低Ki-67、NRP1表达水平,升高miR-582-5p表达(P<0.05).结论 在CRC组织和细胞系中,CircRTN4高表达,敲低CircRTN4可能通过调节miR-582-5p/NRP1轴抑制CRC细胞的恶性行为.
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编辑人员丨1天前
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LncRNAHOTAIR靶向miR-17-5p/TXNIP对狼疮性肾炎进展的机制研究
编辑人员丨1天前
目的 探讨长链非编码RNA同源盒基因转录反义RNA(LncRNAHOTAIR)靶向miR-17-5p/硫氧还蛋白相互作用蛋白(TXNIP)对狼疮性肾炎(LN)进展的机制.方法 取60只MRL/lpr雌性小鼠,随机分为模型组、LncRNAHOTAIR敲低组、miR-17-5p agomir组、阴性对照组和LncRNAHOTAIR敲低+miR-17-5p antagomir组,每组12只,另取12只C57BL/6J雌性小鼠作为对照组,检测各组小鼠肾功能、免疫器官指数;以HE染色实验检测各组小鼠肾组织病理形态;以酶联免疫吸附测定(ELASA)法测定各组小鼠血清抗双链DNA(dsDNA)、免疫细胞因子免疫球蛋白G(IgG)、白细胞介素-6(IL-6)、单核细胞趋化蛋白1(MCP-1)及肿瘤坏死因子-α(TNF-α)水平;以实时荧光定量多聚核苷酸链式反应(qPCR)和免疫印迹法检测各组小鼠肾组织LncRNAHOTAIR、miR-17-5p及TXNIP表达.以双荧光素酶报告基因实验检测小鼠肾小球系膜细胞中LncRNAHOTAIR对miR-17-5p、miR-17-5p对TXNIP的靶向调节.结果 与对照组比较,模型组小鼠肾组织发生严重病理损伤,胸腺指数、脾脏指数、miR-17-5p表达降低(P<0.05),尿蛋白浓度、血尿素氮(BUN)、血清抗dsDNA及IgG、IL-6、MCP-1、TNF-α、肾组织LncRNAHOTAIR及TXNIP表达升高(P<0.05).与模型组比较,Ln-cRNAHOTAIR敲低组、miR-17-5p agomir组小鼠肾组织病理损伤减轻,胸腺指数、脾脏指数、miR-17-5p表达升高(P<0.05),尿蛋白浓度、BUN、血清抗dsDNA及IgG、IL-6、MCP-1、TNF-α、肾组织LncRNAHOTAIR及TXNIP表达降低(P<0.05).下调miR-17-5p可减弱敲低LncRNAHOTAIR组对模型组小鼠各指标的作用.结论 敲低LncRNAHOTAIR可通过上调miR-17-5p而降低TXNIP表达,进而减少LN小鼠免疫炎性因子产生,增强其免疫功能,抑制体内炎症发生发展,最终减轻小鼠肾组织损伤并改善其肾功能.
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编辑人员丨1天前
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超敏结核分枝杆菌和利福平耐药基因检测技术在结核病诊断中的应用进展
编辑人员丨1天前
1 结核病现状结核病是严重危害人类健康的传染性疾病之一,是仅次于新型冠状病毒感染的第二大传染病杀手,是全球第13大死因[1].2022年10月27日,世界卫生组织(World Health Organization,WHO)发布《2022全球结核病报告》[2](以下简称报告)指出,2021年全球新发结核病患者约1 060万人,其中儿童约120万人.受新型冠状病毒的影响,全球结核病发病率与2020年相比上升了3.6%,打破了过去20年间每年约2%的下降趋势.
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编辑人员丨1天前
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NONO蛋白的生物学功能及其与人类疾病的关系
编辑人员丨1天前
无POU结构域八聚体核苷酸结合蛋白(non-POU domain-containing octamer-binding protein,NONO),又称为p54nrb,属于高度保守的果蝇行为/人类剪接(drosophila behaviour/human splicing,DBHS)蛋白家族[1].
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编辑人员丨1天前
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线粒体核糖体蛋白L3与肺癌细胞增殖及迁移能力的关系
编辑人员丨1天前
目的 探讨线粒体核糖体蛋白L3(MRPL3)与肺癌细胞增殖及迁移能力的关系.方法 从癌症基因组图谱(TCGA)数据库和在线网站UALCAN获得MRPL3在各肿瘤组织和癌旁组织中的表达水平.构建过表达MRPL3慢病毒转染H1299细胞株,构建敲低MRPL3慢病毒转染HCC827细胞株.采用定量逆转录聚合酶链反应(qRT-PCR)和蛋白质印迹法(Western blot)验证细胞株是否构建成功.采用CCK-8法检测肺癌细胞的增殖能力,Transwell细胞迁移实验检测细胞迁移能力.结果 生物信息学分析显示,MRPL3在肺腺癌组织中的表达水平明显高于邻近正常组织,MRPL3在各肿瘤组织中的表达水平普遍高于癌旁组织.对体外培养肿瘤细胞进行检测,过表达MRPL3肺癌细胞的增殖及迁移能力高于对照组,敲低MRPL3肺癌细胞的增殖及迁移能力低于对照组.结论 MRPL3过表达对肺癌细胞的增殖及迁移起到促进作用.
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编辑人员丨1天前
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基于网络药理学和分子对接技术整合策略探讨芬氟拉明治疗癫痫的潜在作用机制
编辑人员丨1天前
目的 基于网络药理学和分子对接技术探讨芬氟拉明治疗癫痫的潜在作用机制.方法 从GeneCards、DisGeNET和OMIM数据库中对癫痫的相应疾病靶点进行筛查,利用drug-bank、pharmmapper、swisstarget等数据库筛选芬氟拉明的药物靶点.取癫痫和芬氟拉明的交集靶点,利用STRING数据库构建蛋白相互作用网络,将其导入Cytoscape 3.9.1软件作网络拓扑分析筛选核心靶点并处理可视化.通过DAVID数据库对交集靶点进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析.利用分子对接技术验证芬氟拉明与关键靶点的相互作用.结果 获得139个癫痫与芬氟拉明的交集靶点基因,并根据网络拓扑分析筛选出33个核心靶点.GO分析结果显示,核心靶点主要涉及化学突触传递及信号转导等生物过程(BP);离子体膜、细胞质及质膜等细胞成分(CC);蛋白结合、神经递质受体活性等分子功能(MF).KEGG富集分析结果显示,芬氟拉明可能通过调控多巴胺能神经突触、神经活性配体-受体相互作用及PI3K-Akt等多个信号通路治疗癫痫.分子对接结果显示,芬氟拉明与DRD2、EGFR、HSP90AA1、SLC6A4、GSK3β及GRIN2B等关键靶点稳定结合.结论 本文利用网络药理学和分子对接技术分析得到芬氟拉明可能通过作用于DRD2,从而调控多巴胺能突触信号通路抑制癫痫发作,为进一步研究其治疗癫痫的具体机制提供了新的线索,亦为后续临床和实验研究提供理论基础,从而有助于开发治疗癫痫的有效新药.
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编辑人员丨1天前
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72株纹带棒状杆菌对抗菌药物敏感性及其感染或定植患者的临床特征
编辑人员丨1天前
目的 了解临床分离的纹带棒状杆菌对抗菌药物的敏感性及其感染或定植患者的临床特征.方法 收集福建医科大学附属泉州第一医院2020年7月—2022年9月临床分离纹带棒状杆菌72株,采用肉汤微量稀释法检测细菌对18种抗菌药物的敏感性.PCR扩增检测喹诺酮类耐药决定区相关基因gyrA并进行测序以分析氨基酸突变位点,PCR扩增核糖体甲基化酶基因ermX和氨基糖苷修饰酶基因aphA1并进行测序分析.病史资料分析纹带棒状杆菌感染或定植患者的临床特征.结果 药敏试验结果显示,所有菌株对万古霉素、利奈唑胺和达托霉素均100%敏感,对头孢曲松、环丙沙星及莫西沙星均100%耐药,对青霉素(87.5%)、头孢吡肟(95.8%)、美罗培南(95.8%)、甲氧苄啶-磺胺甲唑(90.3%)、红霉素(98.6%)和克林霉素(98.6%)的耐药率较高,对庆大霉素(25.0%)、四环素(30.6%)和利福平(23.6%)耐药率较低.PCR及DNA测序结果显示,3株纹带棒状杆菌发生gyrA基因单点突变(Ser87Val),67株发生双突变(Ser87Phe、Asp91Ala或Ser87Tyr、Asp91Ala),2株发生三位点突变(Ser87Phe、Ala88Pro和Asp91Ala),其中三位点突变是本研究首次发现的突变模式.所有的纹带棒状杆菌均检出ermX基因,aphA1基因检出率为43.1%.病史资料结果显示,72株纹带棒状杆菌主要分离自ICU(占65.2%),标本来源以下呼吸道标本为主(占91.6%),患者平均年龄(68.0±15.3)岁,感染和定植患者比例分别占72.2%(52/72)和27.8%(20/72),两组患者在住院时长≥28 d、合并脑出血、意识障碍及病情恶化方面差异具有统计学意义(P<0.05).结论 该院临床分离的纹带棒状杆菌均为多重耐药菌,感染患者预后相对较差.
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编辑人员丨1天前
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基于293T-Cas9细胞株构建ICP34.5基因敲除的oHSV-1/Ecfp病毒
编辑人员丨1天前
目的 构建稳定表达Cas9蛋白的工具细胞,并利用短回文重复序列/相关蛋白9(CRISPR/Cas9)编辑技术改造1型单纯疱疹病毒(HSV-1),获得ICP34.5基因敲除的oHSV-1/Ecfp重组病毒.方法 利用慢病毒包装体系,将包装Cas9表达质粒的病毒感染HEK293T细胞,然后经嘌呤霉素筛选获得稳定表达Cas9蛋白的293T-Cas9细胞株,通过聚合酶链式反应(PCR)及蛋白质免疫印迹技术检测Cas9基因及蛋白表达情况;利用分子克隆技术构建HSV-1病毒ICP34.5基因敲除的基因编辑质粒(pU6-Ecfp);pU6-Ecfp转染293T-Cas9细胞后感染野生型HSV-1病毒,在胞内通过CRISPR/Cas9技术敲除HSV-1病毒中ICP34.5基因,再利用增强型青色荧光(Ecfp)示踪及极限稀释法进行病毒富集纯化,通过PCR法进行oHSV-1/Ecfp病毒鉴定.结果 PCR扩增、核酸电泳及蛋白质免疫印迹技术结果显示,细胞株293T-Cas9高转录Cas9基因及高表达Cas9蛋白;通过PCR鉴定及荧光示踪结果显示,基因编辑质粒pU6-Ecfp构建成功;Ecfp荧光示踪、PCR扩增及核酸电泳结果显示,Ecfp成功插入ICP34.5基因敲除位点,获得oHSV-1/Ecfp重组病毒.结论 稳定表达Cas9蛋白的293T-Cas9细胞可作为CRISPR/Cas9基因编辑的工具细胞,构建的HSV-1/Ecfp病毒实现了ICP34.5基因敲除及Ecfp示踪蛋白的敲入.
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编辑人员丨1天前
