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长链非编码核糖核酸ZNRD1-AS1在胃癌组织的表达及其临床意义
编辑人员丨1周前
目的:探讨长链非编码核糖核酸ZNRD1-AS1(lncRNA ZNRD1-AS1)在胃癌组织中的表达特点及其诊断学价值。方法:选取嘉兴学院附属第二医院胃肠外科收治的96例经手术治疗、且留有手术样本的胃癌患者作为研究对象,根据是否发生转移分为转移癌41例和原位癌55例。详细统计患者的临床病理和预后资料,并采用荧光定量聚合酶链反应(PCR)实验检测癌组织及癌旁健康组织的lncRNA ZNRD1-AS1和微小核糖核酸-375模拟物(miR-375 mimic)表达水平。两组之间的比较行配对设计或独立样本 t检验,多组间的比较行单因素方差分析。 结果:癌组织的lncRNA ZNRD1-AS1表达水平高于癌旁健康组织(1.051±0.205比0.645±0.145, t=15.845, P<0.001);癌组织的miR-375表达水平低于癌旁健康组织(1.014±0.197比1.365±0.245, t=10.965, P<0.001)。转移癌组织的lncRNA ZNRD1-AS1表达水平高于原位癌组织(1.201±0.165比0.953±0.148, t=3.604, P<0.01);转移癌组织的miR-375表达水平低于原位癌组织(0.995±0.164比1.193±0.176, t=5.612, P<0.001)。不同TNM分期癌组织的lncRNA ZNRD1-AS1表达水平也不同( F=14.437, P<0.001),Ⅰ期低于Ⅱ期(0.937±0.157比1.095±0.187, P<0.001);Ⅱ期低于Ⅲ期(1.095±0.187比1.185±0.154, P<0.001)。根据lncRNA ZNRD1-AS1表达水平的中位数把患者分为高表达组48例和低表达组48例,高表达组的总生存率低于低表达组[52.1%(25/48)比72.9%(35/48), χ2=4.444, P<0.05],无进展生存率也低于低表达组[41.7%(20/48)比64.5%(31/48), χ2=5.061, P<0.05]。 结论:lncRNA ZNRD1-AS1与胃癌的发生与发展密切相关。
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编辑人员丨1周前
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基于全外显子组测序探寻Möbius综合征发病机制的遗传学研究
编辑人员丨3周前
目的:探讨M?bius综合征(MBS)患者的临床特征及可能的遗传发病机制。方法:收集2013年3月至2024年4月首都医科大学附属北京同仁医院眼科中心的14例(28只眼)散发MBS患者的病例资料。其中,男性5例(10只眼),女性9例(18只眼);年龄1 ~ 9岁,平均年龄(4.0±0.7)岁。询问或检查并记录患者的性别、年龄、最佳矫正视力、眼球运动、眼前节和眼底、体格发育及颅神经眼眶磁共振成像(MRI)的情况。采集患者及核心家系成员外周静脉血、提取基因组脱氧核糖核酸(DNA)并在illumina平台行全外显子组测序。使用SAMtools和ANNOVAR软件对变异进行识别和注释,对频率数据库中频率低于1%的变异进行过滤。在此基础上,筛选新生突变基因以及≥2个以上患者共有的突变基因。使用R包的maftools和GenVisR软件包分别行共有基因突变特征分析并绘制景观图。年龄、最小分辨角对数(logMAR)视力以及每个样本携带的共有基因突变数量经Shapiro-Wilk检验符合正态分布,以±s表示。性别、单侧或双侧受累、全身发育异常、突变分类、突变类型、突变频谱及共有基因突变频率采用频数和百分比描述。使用R语言ClusterProfiler中的超几何检验进行基因本体(GO)富集分析,使用Benjamini-Hochberg方法进行多重假设检验校正并筛选显著富集的条目。结果:本研究9例(18只眼)患者的logMAR视力为0.56±0.12。双眼外转受限者有10例(20只眼),占71.43%(10/14);单眼外转受限者有4例(4只眼),占28.57%(4/14)。双侧面瘫者有5例,占35.7%(5/14);单侧面瘫者有9例,占64.3%(9/14)。伴其他全身发育异常的患者有9例,占64.29%(9/14)。双侧外展神经(CN6)发育不良者有11例,占78.57%(11/14);单侧CN6发育不良者有3例,占21.43%(3/14)。双侧面神经(CN7)发育不良者有9例,占64.3%(9/14),单侧CN7发育不良者有5例,占35.71%(5/14)。2例MBS患者发现致病候选基因丛状蛋白D1(PLXND1)新变异2个,分别为杂合错义变异c.C4207T、p.R1403W和剪切位点变异c.2937+6 G>T。14例患者共筛选出新生突变基因8个,分别为肌联蛋白(TTN)、碳酸酐酶9(CA9)、中间丝相关蛋白(RPTN)、SET结合因子2(SBF2)、丝状肌动蛋白结合蛋白(AFDN)、突触囊泡糖蛋白2C(SV2C)、神经丝蛋白重链(NEFH)和膜金属内肽酶样蛋白1(MMEL1)。≥2个以上患者共有的突变基因总计796个,突变数量为1987个。最常见的突变分类是错义突变,数量为1382个,占69.55%;最多见的突变类型是单碱基替换变异,数量为1534个,占77.20%;最常见的突变频谱是胞嘧啶被替换为胸腺嘧啶,数量为804个,占52.41%。每个样本所携带共有基因突变数量为126~161个,平均(141.93±11.35)个。按照突变频率排名,前10位的共有基因分别为B黑色素瘤抗原家族成员2/3/4/5(BAGE2/3/4/5)、与内体分选复合物Ⅲ相关的钠耐受增加1(IST1)、TTN、高尔基体蛋白A6家族样蛋白2(GOLGA6L2)、NEFH、UBX结构域蛋白11(UBXN11)、二氢硫辛胺支链转酰基酶E2 (DBT)、羰基还原酶4(CBR4)、肌动蛋白相关蛋白3C(ACTR3C)和含V-Set免疫球蛋白域蛋白2(VSIG2),频率分别为100%、93%、64%、64%、57%、50%、50%、50%、50%和43%。经GO数据库中的生物学过程数据库注释,在本研究全部MBS患者14例(28只眼)中发现的共有突变基因集的基因数量为701个,查询GO数据库获得背景基因集的基因数量为18 722个。比较不同通路的注释基因在此两个基因集中分布的差异,将其概率值按照升序排列,显著富集的通路依次为调控小谷氨酰胺转肽酶介导的信号转导、基于微管的运动、轴突发生、眼形态发生、通过质-膜粘附分子的细胞间粘附、肌动球蛋白结构组装、肌原纤维的组装及微管束的合成,其概率值依次为0.0002、0.004、0.004、0.004、0.004、0.004、0.011及0.011。结论:MBS患者的临床表型异质性较强,多数患者伴随有除面瘫和眼球外转受限以外的多发先天畸形。基于全外显子组测序的生物信息学分析结果提示参与神经发育和轴突生长过程的多个基因和生物学过程可能与MBS发病相关,进一步揭示了遗传因素在MBS发病中的作用。
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编辑人员丨3周前
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原发性DICER1相关宫颈横纹肌肉瘤一例
编辑人员丨2024/5/18
横纹肌肉瘤恶性程度高且较罕见,报告1例17岁因月经淋漓不尽2年就诊的患者,入院后完善盆腔磁共振成像提示宫颈及阴道内占位,行宫颈活检术,快速病理提示恶性肿瘤,后于外院进一步行根治性手术治疗,术后病理及分子检测提示为DICER1相关胚胎型横纹肌肉瘤,术后给予联合放化疗.随访至2023年8月,无临床及影像学复发表现,肿瘤标志物正常.女性生殖道胚胎型横纹肌肉瘤临床症状不典型,其发生与DICER1基因突变关系密切,应根据患者的年龄、肿瘤部位和生育力保护需求,制定个体化的治疗方案,并加强随访监测.
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编辑人员丨2024/5/18
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血清外泌体lncRNA PCGEM1、miR-129-5p与非小细胞肺癌患者临床病理特征及预后的关系
编辑人员丨2024/4/27
目的:研究血清外泌体长链非编码核糖核酸(lncRNA)前列腺癌基因表达标记1(PCGEM1)、微小核糖核酸(miR)-129-5p与非小细胞肺癌(NSCLC)患者临床病理特征及预后的关系.方法:选取2016年2月-2018年1月南京脑科医院收治的125例NSCLC患者作为NSCLC组,同期选取体检的70例健康人群作为健康组.采集两组静脉血,提取血清外泌体;采用实时定量聚合酶链式反应(qRT-PCR)检测血清外泌体lncRNA PCGEM1、miR-129-5p表达情况;采用Pearson相关性分析lncRNA PCGEM1与miR-129-5p的关系.并分析血清外泌体lncRNA PCGEM1、miR-129-5p与NSCLC患者临床病理特征的关系.对NSCLC患者行5年随访,绘制Kaplan-Meier曲线分析预后情况,多因素Cox比例风险回归模型分析预后不良危险因素,受试者工作特征(ROC)曲线分析lncRNA PCGEM1、miR-129-5p对NSCLC预后的预测价值.结果:NSCLC组lncRNA PCGEM1相对表达量高于健康组,miR-129-5p相对表达量低于健康组(P<0.05).血清外泌体lncRNA PCGEM1相对表达量与miR-129-5p表达呈负相关(r=-0.420,P<0.05).血清外泌体lncRNA PCGEM1、miR-129-5p表达与患者TNM分期、分化程度、淋巴结转移有关(P<0.05).Kplan-Meier生存曲线显示,lncRNA PCGEM1低表达组5年生存率69.05%高于lncRNA PCGEM1高表达组35.53%,miR-129-5p高表达组5年生存率68.09%高于miR-129-5p低表达组33.80%.多因素Cox比例风险回归显示,TNM分期Ⅲ期、有淋巴结转移、lncRNA PCGEM1高表达、miR-129-5p低表达为NSCLC患者预后不良的独立危险因素(P<0.05).ROC曲线显示,lncRNA PCGEM1、miR-129-5p联合检测对NSCLC预后的预测曲线下面积(AUC)为0.865,预测价值高于两者单独预测.结论:NSCLC患者血清外泌体lncRNA PCGEM1表达上调、miR-129-5p表达下调,二者表达与NSCLC患者TNM分期、分化程度、淋巴结转移有关,且与患者预后密切相关,对NSCLC预后不良具有较好预测价值.
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编辑人员丨2024/4/27
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基于FAP基因启动子的心肌纤维化药物筛选系统的建立与验证
编辑人员丨2024/4/27
目的 建立以成纤维细胞激活蛋白(FAP)基因启动子为响应元件的新双荧光素酶报告基因系统建的心肌纤维化防治药物筛选方法.方法 体外扩增小鼠FAP基因启动子片段,克隆至psiCHECK2质粒替换HSV-TK启动子,获得新的重组质粒psiCHECK2-FAP.重组质粒经限制性内切核酸酶HindⅢ消化后,进行琼脂糖凝胶电泳鉴定并纯化片段测序验证;将psiCHECK2-FAP瞬时转染至小鼠心肌成纤维细胞(MCF)培养24h后,分别给予转化生长因子β1(TGF-β1)5 μg·L-1,血管紧张素Ⅱ(Ang Ⅱ)1 μmol·L-1或棕榈酸(PA)100 μmol·L-1 处理 0,12,24 和 48 h,双荧光素酶报告基因实验检测荧光素酶活性.将psiCHECK2-FAP瞬时转染至MCF细胞培养24h后,达格列净(Dapa)1 μmol·L-1预处理1h,再分别添加TGF-β1(5 μg·L-1),Ang Ⅱ(1 μmol·L-1)或PA(100 μmol·L-1)处理24 h,双荧光素酶报告基因实验检测荧光素酶活性,Western印迹法检测MCF细胞中Ⅰ型胶原蛋白(ColⅠ)和ColⅢ的蛋白表达.结果 HindⅢ将psiCHECK2-FAP切成2个片段且条带大小符合预期,测序结果与理论序列完全一致.与空白对照组相比,TGF-β1,AngⅡ和PA组均可显著增加MCF细胞中ColⅠ和ColⅢ表达(P<0.05,P<0.01);分别与TGF-β1,AngⅡ或PA组相比,Dapa干预后则显著降低ColⅠ和ColⅢ表达(P<0.05,P<0.01);与空白对照组相比,TGF-β1,AngⅡ或PA均可显著增加荧光素酶活性(P<0.05,P<0.01),24 h达最大值;分别与TGF-β1,AngⅡ或PA相比,Dapa干预后则显著降低荧光素酶活性(P<0.05,P<0.01).结论 以FAP基因启动子为响应元件的新双荧光素酶报告基因系统在MCF细胞中对促心肌纤维化因子表现出较好的敏感性,为心肌纤维化防治药物的研发提供策略.
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编辑人员丨2024/4/27
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原发性肝癌患者血清miR-196b和miR-520f表达水平及其临床诊断价值分析
编辑人员丨2023/10/28
目的 探讨原发性肝癌(primary carcinoma of the liver)患者血清微小核糖核酸(microRNA,miR)-196b,微小核糖核酸(microRNA,miR)-520f表达水平及其临床诊断价值.方法 选择 2020 年 6 月~2022 年 6 月攀枝花学院附属医院收治的 73 例原发性肝癌患者作为研究组,患者均符合《原发性肝癌诊疗规范》中的诊断标准;选择同期医院体检的 80 例健康人群作为对照组.抽取研究对象清晨空腹外周静脉血 5ml,采用实时荧光定量逆转录-聚合酶链反应(real time fluorescent quantitative reverse transcription-polymerase chain reaction,qRT-PCR)检测两组血清miR-196b和miR-520f表达水平.分析不同临床病理特征原发性肝癌患者血清miR-196b和miR-520f表达水平差异,采用Pearson相关性分析探讨血清miR-196b与miR-520f的关系,采用受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线分析血清miR-196b和miR-520f对原发性肝癌的诊断价值.结果 研究组血清miR-196b表达水平(2.73±0.56)明显高于对照组(0.99±0.24),miR-520f表达水平(1.69±0.44)明显低于对照组(3.34±0.64),差异具有统学意义(t=30.578,12.690,均P<0.05).与Ⅰ~Ⅱ期、中高分化、无淋巴结转移、肿瘤直径<5cm患者相比,Ⅲ~Ⅳ期、低分化、淋巴结转移和肿瘤直径≥5cm患者血清miR-196b表达水平均升高,miR-520f表达水平均降低,差异具有统计学意义(tmiR-196b=6.919~13.229,tmiR-520f=3.873~7.814,均P<0.05).Pearson相关性分析显示,原发性肝癌患者血清miR-196b表达水平与miR-520f表达水平呈负相关(r=-0.445,P=0.006).ROC曲线分析显示,血清miR-196b预测原发性肝癌的曲线下面积、截断值、敏感度、特异度及95%置信区间(95%confidence interval,95%CI)分别为0.842,2.55,91.78%,62.50%和 95%CI(0.810~0.874);miR-520f预测原发性肝癌的的曲线下面积、截断值、敏感度、特异度及95%置信区间分别为 0.872,2.43,91.78%,67.50%和 95%CI(0.848~0.906);血清miR-196b联合miR-520f预测原发性肝癌的曲线下面积、敏感度、特异度及95%置信区间分别为0.923,86.30%,87.50%和95%CI(0.891~0.955).结论 原发性肝癌患者血清miR-196b表达水平上调,miR-520f表达水平下调,其表达水平变化与肿瘤直径、临床分期、分化程度和淋巴结转移密切相关,联合检测血清miR-196b与miR-520f能有效提高原发性肝癌的诊断效能.
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编辑人员丨2023/10/28
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miR-430和CXCR7在前列腺癌中的表达
编辑人员丨2023/8/6
目的 探讨微小核糖核酸(microRNA,miR)-430和趋化因子受体(CXCR)7在前列腺癌中的表达关系及意义.方法 选择2012年3月至2016年5月泌尿外科确诊并经手术治疗的前列腺癌85例为前列腺癌组,选择同期行电切术的前列腺增生症患者65例为对照组,逆转录聚合酶链式反应法及免疫组化法分别测定前列腺肿瘤组织及对照组前列腺增生组织中的miR-430、CXCR7表达情况.结果 前列腺癌组的miR-430相对表达量低于对照组 (0.75 ± 0.18 vs 1.83 ± 0.09,t = 10.23,P < 0.01).CXCR7在前列腺癌组及对照组中的表达分级构成(+、++、+++、++++)比较差异有统计学意义(χ2 = 110.06,P < 0.01); CXCR7在前列腺癌组中/高表达率高于对照组(χ2 =73.76,P < 0.01); TMN分期Ⅲ ~Ⅳ期患者CXCR7中/高表达率高于Ⅰ ~Ⅱ期患者(χ2 = 5.11,P < 0.05); 高分化组患者CXCR7中/高表达率略高于低/中分化组,但差异无统计学意义(χ2 = 0.69,P > 0.05); CXCR7中/高表达率在不同肿瘤直径、有无转移者中无统计学差异(P均> 0.05); CXCR7表达分级与miR-430相对表达量呈负相关(r = - 0.813,P < 0.05).结论 miR-430能抑制前列腺癌的发生、发展,其机制可能与其抑制CXCR7在前列腺患者中的表达有关.
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编辑人员丨2023/8/6
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microRNA-32在肾透明细胞癌患者肿瘤组织中表达临床意义
编辑人员丨2023/8/6
目的 研究microRNA-32 (miR-32)在肾透明细胞癌(SE)患者肿瘤组织中表达及与SE病理分级的关系.方法 选择76例于青海大学附属医院泌尿外科收治的SE患者,其中男性48例,女性28例;年龄38 ~ 65岁,平均年龄53.44岁;TNM分期,Ⅰ期14例,Ⅱ期20例,Ⅲ~Ⅳ期42例;肿瘤直径<4 cm 44例,≥4 cm 32例.取手术后病灶组织和癌旁组织,采用实时荧光定量聚合酶链反应检测miR-32、miR-21在肿瘤组织及癌旁组织中的表达,分析miR-32与SE患者病理特征的关系;采用Pearson相关性检验分析miR-32与miR-21相关性;采用Western blot检测SE组织及癌旁组织中纤维状肌动蛋白(F-actin)、磷酸酶张力蛋白同源基因(PTEN)、波形蛋白(vimentin)的表达.结果 SE患者肿瘤组织中miR-32,miR-21表达明显高于癌旁组织(P<0.05);与肿瘤直径<4cm相比,SE患者肿瘤直径≥4 cm肿瘤组织中miR-32表达升高,且随TNM分期升高而升高.Pearson相关性分析结果显示肿瘤组织中miR-32与miR-21表达呈正相关(r=0.627,P< 0.05).与癌旁组织相比,SE肿瘤组织中F-actin、vimentin表达升高,PTEN表达降低(P<0.05).结论 miR-32在SE肿瘤组织中呈高表达,并且与肿瘤直径、临床分析密切相关,其机制可能与miR-32可促进SE细胞迁移有关.
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编辑人员丨2023/8/6
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外切酶Ⅲ介导的功能核酸生物传感器研究进展
编辑人员丨2023/8/6
外切酶Ⅲ(Exonuclease Ⅲ,Exo Ⅲ)是一种可以特异性识别并催化dsDNA从3’-羟基端逐步水解并释放出单核苷酸的核酸酶,而对ssDNA的水解作用十分有限.基于Exo Ⅲ的外切酶活性,搭载不同的信号输出方式,该酶已被成功运用到DNA、小分子和金属离子等靶物质的放大检测中.本文主要根据所检测的靶物质不同,对Exo Ⅲ介导的生物传感器进行了分类综述,阐述了各传感器的基本设计原理和灵敏度等方面内容.此外,对Exo Ⅲ与其他信号放大策略或纳米材料相结合的最新研究进展也做了较为详细的介绍.最后,对Exo Ⅲ介导的生物传感器的优缺点和发展前景进行了总结和展望,有助于Exo Ⅲ介导的生物传感器在环境监管、生物分析或临床诊断领域的深层次应用和继续研发.
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编辑人员丨2023/8/6
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靶向表皮生长因子受体Ⅲ型突变体的嵌合抗原受体修饰T细胞对肝癌细胞SMMC-7721的特异杀伤作用
编辑人员丨2023/8/6
目的 观察靶向表皮生长因子受体Ⅲ型突变体(EGFRv Ⅲ)的嵌合抗原受体修饰T细胞(EGFRv Ⅲ/2CAR-T)对肝癌细胞SMMC-7721的特异杀伤作用.方法 二代EGFRv Ⅲ CAR表达框(EGFRv Ⅲ/2CAR,1 374 bp)克隆入PiggyBac转座子载体PB513B-1的Xba Ⅰ和BamH Ⅰ位点,转座子载体(PB-EGFRv Ⅲ/2CAR)和转座酶双质粒电穿孔(1×20ms,840 v)转导人外周血T细胞,流式细胞术检测EGFRv Ⅲ/2CAR表达.Western blot法检测SMMC-7721中EGFRvⅢ表达.EGFRv Ⅲ/2CAR-T细胞和SMMC-7721细胞共培养,乳酸脱氢酶(LDH)释放试验检测特异杀伤作用、酶联免疫吸附试验(ELISA)法检测干扰素(IFN)-γ分泌水平.结果 重组载体PB-EGFRv Ⅲ/2CAR经Xba Ⅰ和BamH Ⅰ酶切、电泳分析及DNA测序证明基因片段连接无误、核酸序列正确.流式细胞术检测结果转座子/转座酶双质粒电穿孔外周血T细胞EGFRvⅢ/2CAR表达率为55.5%.Western blot显示SMMC-7721在相对分子质量145 000处EGFRv Ⅲ表达.EGFRv Ⅲ/2CAR-T和SMMC-7721共培养24h,LDH释放试验证明肿瘤特异性杀伤,与效靶比呈正比(E∶T为1∶1、5∶1、10∶1、15∶1、20∶1);ELISA检测到IFN-γ分泌量为(1 060.1 ±89.0) pg/ml,明显高于对照组(P=0.000).结论 靶向EGFRv Ⅲ的二代CAR-T细胞能够特异杀伤EGFRv Ⅲ+的肝癌细胞SMMC-7721.
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编辑人员丨2023/8/6
