目的:了解甘肃喜马拉雅旱獭鼠疫疫源地夏河、碌曲县鼠疫主要宿主动物耶尔森菌感染状况，为探索该疫源地鼠疫流行状态提供依据。方法:2014 - 2018年，现场采集20世纪50 - 60年代鼠疫活跃疫源地甘肃夏河、碌曲县鼠疫主要宿主动物肠回盲部及内容物、咽拭子（或舌根部）、血液样本，分别进行耶尔森菌分离、毒力测定及鼠疫耶尔森菌F1抗体检测。结果:958份回盲部及内容物样本检出24株耶尔森菌，检菌率为2.51%，分别为13株小肠结肠炎耶尔森菌（ Yersinia enterocolitia，Y.e）、1株克氏耶尔森菌（ Yersinia kristensenii，Y.k）、2株弗氏/中间耶尔森菌（ Yersinia frederiksenii/intermedia，Y.f/i）、6株中间耶尔森菌（ Yersinia intermedia，Y.i）、1株奥氏耶尔森菌（ Yersinia aldouae，Y.a）、1株 Yersinia massiliensis（Y.m）。958份咽拭子（或舌根部）样本检出19株耶尔森菌，检菌率为1.98%，分别为8株Y.e、1株假结核耶尔森菌（ Yersinia pseudotuberculosis，Y.p）、4株Y.k、1株Y.f/i、4株Y.i、1株 Yersinia ruckeri（Y.r）。检出的21株Y.e均没有致病性，毒力型别有ail -ystA -ystB +yadA -virF -rfbc -、ail -ystA -ystB -yadA -virF -rfbc -两种，分别占9.52%（2/21）、90.48%（19/21）。1 079份血清样本F1抗体检测结果均为阴性。 结论:夏河、碌曲县鼠疫主要宿主动物咽部及肠道内广泛存在耶尔森菌群，检出的Y.e均为非致病性菌株。本次调查结果为进一步研究该疫源地鼠疫耶尔森菌在宿主动物和其生存环境中如何保存提供了线索。

目的:对四川省一例由野生动物(猪獾)咬伤发病的疑似狂犬病病例的唾液标本进行狂犬病病毒的全基因组序列测定，从分子水平对病毒进行遗传变异特征分析，了解四川省野生动物狂犬病病毒的流行和变异情况。方法:从疑似狂犬病病例的唾液标本中提取总病毒RNA，采用PCR的方法以特异性引物进行狂犬病病毒序列扩增，将获得的基因片段进行测序，并运用生物学软件将所得序列进行拼接从而得到狂犬病病毒株的全基因组序列。对全基因组进行遗传变异特征分析。结果:经测序获得1株猪獾源狂犬病病毒(以下简称SCR23-052)全基因组核苷酸序列，经NCBI在线BLAST及与多个参考序列比对表明，SCR23-052全基因组序列的组成和结构符合弹状病毒科狂犬病毒属特征；分别与宁夏毒株(J)、重庆毒株(CQ92、02050CHI)之间各个基因区域核苷酸与氨基酸序列相似性最高，SCR23-052基因组序列差异性在氨基酸水平明显低于核苷酸水平，说明蛋白质编码基因的核苷酸变异大多属于同义突变。种系发生分析显示SCR23-052属于基因V型，其糖蛋白主要抗原位点未见明显突变，在线网址预测糖蛋白在第56和338位发生了氨基酸糖基化，SCR23-052与参考疫苗株CTN181的信号肽序列相比氨基酸差异最少。本研究病毒在核蛋白主要抗原位点与所有参考疫苗株均发生了相同的突变(332位A→T)，在B细胞表位仅与参考疫苗株CTN181相比发生了379位L→V的突变，SCR23-052与基因Ⅴ型的参考毒株在核蛋白研究位点均一致。结论:获得了1株野生动物猪獾源基因V型狂犬病病毒株全基因组序列，不同于四川以往报道流行的犬源狂犬病病毒基因I型毒株。SCR23-052与各参考株基因组序列相比有不同程度差异，但主要毒力特征未改变。

目的:分析2020年我国20个省份禽肉来源弯曲菌的耐药性及基因组特征。方法:收集2020年来自全国零售禽肉制品中的弯曲菌265株（空肠弯曲菌：244株；结肠弯曲菌：21株），采用琼脂稀释法测定菌株对9种抗生素的耐药表型；对筛选出的38株耐药菌进一步开展全基因组测序，分析其携带耐药基因、毒力基因、序列型和遗传多样性特征。结果:265株弯曲菌对四环素、萘啶酸和环丙沙星的耐药率最高（84%~100%），多重耐药率达53.2%；其中结肠弯曲菌对红霉素、阿奇霉素、泰利霉素、庆大霉素、克林霉素的耐药率高于空肠弯曲菌（均 P<0.05）。38株弯曲菌基因组中β-内酰胺类（100%，38/38）、喹诺酮类（94.7%，36/38）、四环素类（81.6%，31/38）和氨基糖苷类（50%，19/38）抗生素耐药基因携带率较高；空肠弯曲菌携带毒力基因种类和数量要明显多于结肠弯曲菌；20株测序空肠弯曲菌共获得19个序列型，18株测序结肠弯曲菌共获得17个序列型，共发现5个新的序列型，菌株表现出较高的遗传多样性。 结论:我国禽肉来源弯曲菌耐药现象较为严重，耐药和毒力基因在弯曲菌中分布广泛，弯曲菌存在遗传多样性。

目的:分析2015—2019年上海市青浦区腹泻门诊病例中5种致泻性大肠埃希菌（DEC）分离株的耐药情况和多位点序列分型。方法:于2015年1月至2019年12月，采集上海市复旦大学附属中山医院青浦分院腹泻门诊病例的肛拭子样本，将经分离培养鉴定为DEC的菌株以微量肉汤稀释法测定菌株的最小抑菌浓度。根据药敏试验结果，选取对第三代头孢菌素类或碳青霉烯类等抗生素耐药，或产超广谱β-内酰胺酶的菌株进行全基因组测序。基于测序获得的MLST分型，通过BioNumerics 7.6软件构建最小生成树，分析当地优势菌群。结果:从4 494份肛拭样本中共分离出513株DEC，检出率为11.42%；完成其中500株对4类9种抗生素的抗生素药物敏感性试验，分别为330株产毒性大肠埃希菌（ETEC）、72株黏附性大肠埃希菌（EAEC）、95株致病性大肠埃希菌（EPEC）、1株出血性大肠埃希菌（EHEC）和2株侵袭性大肠埃希菌（EIEC）。2015—2019年不同年份间对头孢噻肟-克拉维酸的耐药检出率差异有统计学意义（ P<0.05）；各毒力分型DEC对萘啶酸的耐药检出率差异有统计学意义（ P<0.05）。71株DEC的全基因组测序结果显示，共检测到77种耐药基因，并被归类为32个ST分型，优势基因型为ST-1491（29.6%，21/71）和ST-10 Complex（23.9%，17/71）。其中，ST-1491全部产ESBLs，均为 bla CTX-M耐药基因突变株，ST-10 Complex优势基因型为ST-218（35.3%，6/17）。8株EAEC、14株EPEC和49株ETEC分别被归类为7个、14个和18个ST分型。 结论:上海市青浦区腹泻门诊病例的DEC对重点药物的耐药情况较严重；EAEC和EPEC的ST分型呈高度多样性，当地优势ST型与国内东南地区的常见基因型基本一致。

目的:分离可裂解烧伤患者泛耐药肺炎克雷伯菌的噬菌体，研究其生物学特性、基因组信息及对细菌生物膜的作用。方法:(1)2018年，取分离自上海交通大学医学院附属瑞金医院(下称瑞金医院)烧伤患者血液的泛耐药肺炎克雷伯菌UA168(下称宿主菌)液，采用污水共培养法及滴板法和双层琼脂平板法，从瑞金医院污水中分离纯化得到烧伤患者泛耐药肺炎克雷伯菌噬菌体，将其命名为噬菌体KP168，观察其噬菌斑形态。(2)取噬菌体KP168液行氯化铯密度梯度离心和透析后，采用磷钨酸负染法通过透射电子显微镜观察噬菌体KP168形态。(3)取噬菌体KP168液，采用滴板法检测其对从瑞金医院烧伤患者血液中分离得到的20株泛耐药肺炎克雷伯菌的裂解能力，计算裂解率。(4)分别以感染复数为10.000、1.000、0.100、0.010和0.001共同常规振荡培养初始效价为9.3×10 11噬菌斑形成单位(PFU)/mL噬菌体KP168液(每管400 μL)和浓度为1×10 9集落形成单位(CFU)/mL宿主菌液(每管4 mL)4 h(每种感染复数1管)，采用双层琼脂平板法测算噬菌体KP168效价(测算方法下同)以筛选最佳感染复数，实验重复3次。(5)以感染复数为0.005混合浓度为1×10 9 CFU/mL宿主菌液(每管4 mL)和效价调整为5×10 7 PFU/mL噬菌体KP168液(每管400 μL)，分别于混合后0(即刻)、1、2、3、4、5、15、30 min(每个时间点1管)采用双层琼脂平板法计数噬菌斑(计数方法下同)，计算已吸附噬菌体百分比以筛选最佳吸附时间，实验重复3次。(6)以感染复数为0.005混合浓度为1×10 9 CFU/mL宿主菌液(每管300 μL)和效价调整为5×10 8 PFU/mL噬菌体KP168液(每管60 μL)，静置最佳吸附时间后常规振荡培养，分别于培养0(即刻)、10、20、30、40、50、60、70、80、90、100 min测算噬菌体KP168效价，绘制一步生长曲线，实验重复3次。(7)取效价为2.5×10 10 PFU/mL噬菌体KP168液，分别于37、40、50、60、70 ℃静置培养1 h(每个时间点3管，每管1 mL)，计数噬菌斑并绘制热稳定曲线。取效价为3.0×10 10 PFU/mL噬菌体KP168液，分别加入pH值为5.0、6.0、7.0、7.4、8.0、9.0、10.0的SM缓冲液于37 ℃静置培养1 h(每种pH值3管，每管含100 μL噬菌体KP168液、900 μL SM缓冲液)，计数噬菌斑并绘制酸碱稳定曲线。(8)取噬菌体KP168液同实验(2)透析后行DNA抽提与测序，用Prokka对全基因组进行注释以获得噬菌体KP168编码序列，使用Nucleotide BLAST功能进行核酸序列比对以寻找与噬菌体KP168核酸序列相似度最高的已知噬菌体，使用Blastx功能将编码序列翻译成蛋白质后进行功能预测，比对抗性基因数据库和毒力因子数据库。(9)于96孔板中，分别以感染复数为1.000、0.100、0.010和0.001，在浓度为1.5×10 8 CFU/mL(浓度下同)的200 μL宿主菌液中加入初始效价为5.8×10 10 PFU/mL噬菌体KP168液20 μL(每种感染复数3孔)共同培养48 h；将200 μL宿主菌液静置培养48 h后，分别加入效价为1×10 6、1×10 7、1×10 8、1×10 9、1×10 10 PFU/mL的噬菌体KP168液20 μL(每种效价3孔)静置作用4 h。2种实验均以200 μL宿主菌液中加入SM缓冲液20 μL(3孔)为阴性对照，以220 μL LB培养液(3孔)为空白对照，均采用酶标仪测定吸光度值并分别计算生物膜抑制率和生物膜破坏率，实验均重复3次。 结果:(1)成功分离纯化噬菌体KP168，其噬菌斑透亮，呈圆形，直径约1.5 mm。(2)噬菌体KP168呈正多面体结构，直径约为50 nm，无尾部结构。(3)噬菌体KP168可裂解20株烧伤患者泛耐药肺炎克雷伯菌中的13株，裂解率为65.0%。(4)感染复数为1.000时，噬菌体KP168与宿主菌共同培养4 h后，效价最高，以此为最佳感染复数。(5)噬菌体KP168与宿主菌混合后4 min，已吸附噬菌体百分比最高，以此为最佳吸附时间。(6)一步生长曲线表明噬菌体KP168裂解宿主菌时，潜伏期约10 min，裂解期约40 min。(7)噬菌体KP168在40 ℃、pH值为7.4时，噬菌斑数最多，活性最大。(8)噬菌体KP168基因组是线状双链DNA，长度为40 114 bp；有48个可能编码序列；与Klebsiella phage_vB_Kp1相似度最高；编码序列翻译蛋白对应的已知最相似蛋白中包含23个假设蛋白和25个已知功能蛋白；未见抗性基因和毒力因子基因；获得GeneBank登录号MN585130。(9)以各感染复数共同培养噬菌体KP168与宿主菌48 h后，生物膜抑制率相近，平均约为45%；效价为1×10 9 PFU/mL噬菌体KP168作用于宿主菌已形成的生物膜4 h后，生物膜破坏率最高，达平均42%。 结论:本研究自污水中分离得到1株烧伤患者泛耐药肺炎克雷伯菌噬菌体——噬菌体KP168，该株噬菌体属于无尾科噬菌体，宿主谱宽、吸附时间短、潜伏期短，具有一定的热和酸碱稳定性；其基因组信息明确，不含抗性基因及毒力因子基因；对细菌生物膜的形成有抑制作用，对已形成的细菌生物膜有破坏作用。

目的:分析1株碳青霉烯耐药肺炎克雷伯菌（CRKP）的耐药及毒力特征。方法:将浙江大学医学院附属第二医院粪便中分离到的1株CRKP命名为肺炎克雷伯菌C35，采用微量肉汤稀释法测定抗菌药物的最低抑菌浓度；全基因组测序和基因组分析确定菌株所携带耐药基因和毒力基因；核心基因组单核苷酸多态性（SNP）分型分析CRKP菌株之间的同源性关系；采用接合试验评估耐药基因的转移能力和效率；采用大蜡螟毒力实验测定菌株的毒力表型。结果:肺炎克雷伯菌C35对大多数受试药物耐药，尤其碳青霉烯类、舒巴坦和多黏菌素。SNP分型显示肺炎克雷伯菌C35与多株分离自本院不同病房的CRKP菌株具有很高的同源性。该菌属于ST11型，携带包括 blaKPC-2、 blaCTX-M-199、 mcr-1和 tet（A）变异体等在内的13种耐药基因。 blaKPC-2基因位于>69 800 bp的IncFⅡ型质粒上， blaCTX-M-199和 mcr-1基因共同位于>64 800 bp的IncI2型质粒上， tet（A）变异体位于83 628 bp的不可分型质粒上，3种质粒均为可接合性质粒。肺炎克雷伯菌C35还携带 rmpA和 rmpA2毒力基因以及气杆菌素（aerobactin）相关基因 iucABCD，为典型的碳青霉烯耐药高毒力肺炎克雷伯菌（CR-hvKP）。该菌在大蜡螟感染模型中也显示了较强的毒力表型，感染肺炎克雷伯菌C35菌株48 h后大蜡螟幼虫存活率仅为16.7%，明显低于无毒力对照菌株的80.0%。 结论:本研究在1株肠道定植CR-hvKP中检测到多个可接合性耐药质粒，包括同时携带 blaCTX-M-199和 mcr-1基因的IncI2质粒，需引起警惕，并对此类菌株进行主动监测。

目的:探讨幽门螺杆菌（Hp）毒力因子基因型与儿童胃十二指肠疾病、胃黏膜病理学改变程度的关系。方法:回顾性队列研究。研究时间为2020年5至10月，研究对象为2012年4月至2014年12月因消化道不适症状就诊于浙江大学医学院附属儿童医院，胃镜检查确诊为胃十二指肠疾病、胃黏膜Hp培养阳性的68例患儿的冻存菌株。复苏Hp菌株提取DNA后进行PCR扩增和琼脂糖凝胶电泳，确定细胞毒素相关蛋白A（cagA）、空泡细胞毒素A（vacA）（s1a、s1b/s2，m1/m2）、外膜炎性蛋白A（oipA）、血型抗原结合黏附素（babA2）、十二指肠溃疡促进因子A（dupA）基因的检出率，对oipA基因进行测序，判定基因状态。根据胃镜诊断结果、胃黏膜病理结果进行分组，分析各毒力因子基因型的检出率在不同组患儿之间的差异，组间比较采用 χ2检验或Fisher确切概率法。 结果:完成基因测定的68株Hp菌株来自68例Hp感染的胃十二指肠疾病患儿，根据胃镜诊断结果分为浅表性胃炎47例和消化性溃疡21例。根据胃黏膜病理炎症程度分为轻度8例和中重度60例；按胃黏膜病理炎症活动性分为活动性组61例和无活动性组7例。cagA、vacA、vacA s1/m2、功能性oipA、babA2和dupA 6种毒力因子基因的检出率分别为 100%（68/68）、100%（68/68）、94%（64/68）、99%（67/68）、82%（56/68）、71%（48/68）；6种毒力因子基因在浅表性胃炎组检出率分别为100%（47/47）、100%（47/47）、96%（45/47）、98%（46/47）、81%（38/47）、70%（33/47），在消化性溃疡组分别为100%（21/21）、100%（21/21）、90%（19/21）、100%（21/21）、86%（18/21）、71%（15/21），各基因型检出率在两组患儿间差异均无统计学意义（均 P>0.05）；6种毒力因子基因在胃黏膜炎症程度轻度组分别为8/8、8/8、8/8、7/8、7/8、5/8，在胃黏膜炎症程度中重度组分别为100%（60/60）、100%（60/60）、93%（56/60）、100%（60/60）、82%（49/60）、72%（43/60），各基因型检出率在两组患儿间差异均无统计学意义（均 P>0.05）；6种毒力因子基因在胃黏膜炎症活动性组分别为100%（61/61）、100%（61/61）、93%（57/61）、98%（60/61）、82%（50/61）、72%（44/61），在无活动性组分别为7/7、7/7、7/7、7/7、6/7、4/7，各基因型检出率在两组患儿间差异均无统计学意义（均 P>0.05）。4种或5种毒力因子基因阳性组合检出率在不同组患儿之间的差异均无统计学意义（均 P>0.05）。 结论:cagA、vacA、vacA s1/m2、功能性oipA、babA2、dupA基因与儿童浅表性胃炎和消化性溃疡及胃黏膜病理炎症程度和活动性的关系均不明显；cagA、vacA、oipA、babA2、dupA的不同基因组合对于预测儿童Hp感染的临床结局没有显著作用。

探讨高毒力肺炎克雷伯菌（Hypervirulent Klebsiella pneumoniae，HvKP）生物被膜形成能力及耐药性，为HvKP感染治疗提供科学依据。回顾性收集2021年1至12月长沙市中心医院临床感染标本所分离的非重复肺炎克雷伯菌96株，同时收集患者临床资料。黏液拉丝试验初步区分HvKP和普通肺炎克雷伯菌（Classic Klebsiella pneumoniae，CKP），微孔板法测定肺炎克雷伯菌（Klebsiella pneumoniae，KP）临床菌株的生物被膜形成能力，Vitek 2 Compact全自动微生物鉴定/药敏分析系统进行细菌鉴定及药敏试验，比较分析HvKP组患者和CKP组患者临床资料、菌株生物被膜形成能力以及耐药性。结果显示，96株非重复KP中共分离出20株HvKP，检出率为20.8%，HvKP中呼吸道标本占比最高，达75.0%。HvKP感染患者肝胆疾病患病率以及多部位感染率高于CKP感染患者，差异具有统计学意义（ χ2=5.184、7.488， P=0.023、0.006）。两组患者从性别、年龄、是否入住ICU、高血压、糖尿病、冠心病、肺部疾病、泌尿系统疾病、中枢神经系统疾病、实验室检测指标比较，差异无统计学意义（ P均>0.05）。HvKP中有17株（85.0%）能形成生物被膜，其中弱成膜2株（10.0%）、中等成膜10株（50.0%）、强成膜5株（25.0%）；而76株CKP有71株（93.4%）能形成生物被膜，其中弱成膜13株（17.1%）、中等成膜30株（39.5%）、强成膜28株（36.8%），HvKP生物被膜形成率与CKP比较，差异无统计学意义（ χ2=1.470， P=0.225）。HvKP整体耐药率不高，但发现1株耐碳青霉烯类抗生素的多重耐药HvKP，多重耐药HvKP检出率（5.0%）低于多重耐药CKP（28.9%），差异具有统计学意义（ χ2=4.984， P=0.026）。HvKP对哌拉西林/他唑巴坦、氨曲南、环丙沙星、左氧氟沙星、头孢他啶、头孢比肟、妥布霉素、米诺环素、多西环素、复方磺胺甲噁唑的耐药率低于CKP，差异具有统计学意义（ P均<0.05）。综上，本研究高毒力肺炎克雷伯菌大多能够形成生物被膜，但与普通肺炎克雷伯菌比较成膜能力差异不明显，HvKP对常用抗菌药物保持较高的敏感性，但不能忽视该菌的耐药性监测。

目的:明确铁载体毒力基因 entB对碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌（CRKP）毒力的影响。 方法:从昆明医科大学第一附属医院收集到的30株CRKP菌株中筛选出CRKP-27作为实验菌株，规律间隔成簇短回文重复序列（CRISPR）-Cas9基因敲除技术构建 entB基因缺失株Δ entB、回补株C-Δ entB，并通过PCR验证敲除及回补是否成功。观察CRKP-27、Δ entB、C-Δ entB菌株的菌落形态并进行拉丝试验，初步了解 entB对CRKP菌落形态和毒力表型的影响。绘制菌株生长曲线，测定 entB对CRKP菌株生长的影响。铬天青S（CAS）检测液对菌株产铁载体能力进行定量检测。建立小鼠腹腔感染模型，观察小鼠生存率直观了解 entB基因对CRKP毒力的影响。计量资料均采用平均数±标准差表示，服从正态分布的数据采用方差分析进行组间比较，不服从正态分布的数据采用Kruskal-Wallis秩和检验。小鼠生存分析用Log-Rank检验进行比较。 P<0.05表示差异具有统计学意义。 结果:PCR结果显示缺失株和回补株构建成功。 entB基因对CRKP的菌落形态、荚膜和毒力表型无明显影响。Δ entB组的生长速度明显快于CRKP-27组（ P=0.008）和C-Δ entB组（ P=0.001），说明 entB基因削弱了CRKP菌株的生长能力。 entB组与CRKP-27组（ P=0.001）和C-Δ entB组（ P=0.001）相比铁载体产量明显下降，分别下降11.739 3%和11.964 2%，说明 entB基因显著增加了CRKP产铁载体能力。动物实验中，与CRKP-27组（ P=0.023）和C-Δ entB组（ P=0.024）相比，Δ entB组小鼠生存率明显增高，说明 entB基因增加了CRKP菌株的毒力。 结论:铁载体毒力基因 entB明显减弱了菌株的生长能力，但使CRKP产铁载体能力、毒力明显增强。

目的:基于六邻体蛋白和纤维蛋白的联合基因测序和系统发育分析进行腺病毒性结膜炎中人类腺病毒(HAdV)分型。方法:在上海地区收集2015年1月至2017年8月病毒性结膜炎患者下结膜囊结膜拭子样本256份，提取DNA后通过PCR扩增六邻体蛋白及纤维蛋白全长，完成基因测序及种系发生学分析。结果:89例(占34.76%)患者结膜拭子六邻体蛋白基因扩增阳性，包括HAdV-C1、HAdV-C2、HAdV-B3、HAdV-E4、HAdV-D8、HAdV-D19和HAdV-D37各1、7、20、6、23、17和15例，分别占1.12%、7.87%、22.47%、6.74%、25.84%、19.10%和16.85%，其六邻体蛋白种系发生学分析中均与相应参考序列原型聚合。纤维蛋白种系发生学分析中，15例HAdV-D19样本序列和1例HAdV-D37样本序列交叉聚合。结论:针对六邻体蛋白和纤维蛋白基因的联合测序可以为HAdV分型和毒力分析提供丰富有效的生物学信息。