目的:了解甘肃喜马拉雅旱獭鼠疫疫源地夏河、碌曲县鼠疫主要宿主动物耶尔森菌感染状况，为探索该疫源地鼠疫流行状态提供依据。方法:2014 - 2018年，现场采集20世纪50 - 60年代鼠疫活跃疫源地甘肃夏河、碌曲县鼠疫主要宿主动物肠回盲部及内容物、咽拭子（或舌根部）、血液样本，分别进行耶尔森菌分离、毒力测定及鼠疫耶尔森菌F1抗体检测。结果:958份回盲部及内容物样本检出24株耶尔森菌，检菌率为2.51%，分别为13株小肠结肠炎耶尔森菌（ Yersinia enterocolitia，Y.e）、1株克氏耶尔森菌（ Yersinia kristensenii，Y.k）、2株弗氏/中间耶尔森菌（ Yersinia frederiksenii/intermedia，Y.f/i）、6株中间耶尔森菌（ Yersinia intermedia，Y.i）、1株奥氏耶尔森菌（ Yersinia aldouae，Y.a）、1株 Yersinia massiliensis（Y.m）。958份咽拭子（或舌根部）样本检出19株耶尔森菌，检菌率为1.98%，分别为8株Y.e、1株假结核耶尔森菌（ Yersinia pseudotuberculosis，Y.p）、4株Y.k、1株Y.f/i、4株Y.i、1株 Yersinia ruckeri（Y.r）。检出的21株Y.e均没有致病性，毒力型别有ail -ystA -ystB +yadA -virF -rfbc -、ail -ystA -ystB -yadA -virF -rfbc -两种，分别占9.52%（2/21）、90.48%（19/21）。1 079份血清样本F1抗体检测结果均为阴性。 结论:夏河、碌曲县鼠疫主要宿主动物咽部及肠道内广泛存在耶尔森菌群，检出的Y.e均为非致病性菌株。本次调查结果为进一步研究该疫源地鼠疫耶尔森菌在宿主动物和其生存环境中如何保存提供了线索。

目的:分析甘肃省肃北、肃南县喜马拉雅旱獭鼠疫自然疫源地内气象因素对鼠疫流行的影响。方法:收集1973 - 2016年肃北、肃南2个县喜马拉雅旱獭疫源地鼠疫监测资料（来源于甘肃省疾病预防控制中心）和当年及领先1、2、3年（相对于当年作为参照的前1、2、3个年份）的气象因素（年均降雨量、气温、相对湿度）资料（来源于中国气象数据共享服务网）。采用R2.3.2软件，以年鼠疫检菌阳性率为因变量，气象因素为自变量建立时间序列半参数广义相加模型（generalized additive model，GAM），采用非线性效应关系定量研究气象因素对鼠疫的影响。结果:2006 - 2016年与1974 - 1983年相比，年均气温、相对湿度、降雨量的平均值肃北县分别上升了0.99 ℃、3.55%RH、12.16 mm；肃南县分别上升了1.00 ℃、2.01%RH、14.60 mm。1973 - 2016年共发生11起人间鼠疫，发病12例，死亡7例。肃北县鼠疫疫源地内领先3年年均降雨量在一定范围内每升高1.00 mm，动物鼠疫发生增加0.40%；领先2年年均相对湿度在一定范围内每升高1.00%RH，动物鼠疫发生增加11.66%。肃南县鼠疫疫源地内领先1年年均降雨量在一定范围内每升高1.00 mm，动物鼠疫发生增加1.32%；领先3年年均相对湿度在一定范围内每升高1.00%RH，动物鼠疫发生增加11.96%。另外，肃北、肃南县领先2年年均气温在一定范围内每升高1.00 ℃，动物鼠疫发生分别增加73.17%、70.18%。结论:甘肃省肃北、肃南县鼠疫的发生流行与气象因素关系密切，一定范围内的年均气温上升对鼠疫的流行不仅有明显的促进作用，而且存在滞后效应。另外，同一疫源地内不同类型气候对动物鼠疫流行的影响存在一定差异。

目的:探讨青藏高原鼠疫自然疫源地鼠疫菌规律间隔成簇短回文重复序列（CRISPR）的基因型及其地区分布。方法:选取青海省地方病预防控制所保存的1954-2011年在不同地区宿主、媒介体内分离的1 004株鼠疫菌作为实验对象，采用传统的苯酚-氯仿混合抽提法提取鼠疫菌DNA。分别对3个CRISPR位点（YPa、YPb和YPc）进行PCR扩增、测序，将所测得CRISPR序列与文献最新报道的CRISPRDictionary数据库进行检索比对，以鉴定间区序列（spacer）；对CRISPR各位点新发现的spacer，在美国国家生物技术信息中心（NCBI）数据库进行Blast序列比对，推测基因序列来源。根据CRISPR spacer阵列的多态性对青藏高原鼠疫菌进行基因分型。结果:1 004株鼠疫菌共发现53种spacer，其中新发现6种，分别为a105、a106、a107、b51、b52、c14；1 004株鼠疫菌被分成44个不同的CRISPR基因型，10大类群，新发现基因型15种，喜马拉雅旱獭鼠疫自然疫源地鼠疫菌CRISPR基因型以G26-a1′、G7、G22、G24-a1′、G22-a1′、G9、G26-a1′a60型为主，青海田鼠鼠疫自然疫源地鼠疫菌CRISPR基因型为G37-a6′型。结论:青藏高原鼠疫自然疫源地鼠疫菌CRISPR基因型具有高度多样性，且地区分布特征显著。

目的:分析青海省鼠疫疫情监测结果，掌握青海省鼠疫流行态势，为今后的鼠疫防控工作提供科学依据。方法:收集2011-2020年青海省人间鼠疫疫情资料（来自青海省地方病预防控制所人间病例数据库）和动物间鼠疫疫情资料（来自青海省鼠疫监测数据和鼠疫疫源地调查数据），采用描述性流行病学方法进行分析，包括人间鼠疫疫情，动物间鼠疫疫情地区分布，宿主动物、病原学和血清学监测结果等。结果:2011-2020年，青海省发生人间鼠疫疫情1起，因剥食旱獭时不慎划伤右手中指感染，自死者的心、肝、肺、淋巴结穿刺液、气管分泌物和咽拭子样本中均分离出鼠疫耶尔森菌。共发生动物间鼠疫疫情16起，流行地区分布在海西州、玉树州和海北州，其中海西州动物间鼠疫流行最多，10年间共发生13起。宿主动物监测显示，主要宿主动物为喜马拉雅旱獭，其平均密度为0.07匹/hm 2。病原学监测显示，共分离出鼠疫耶尔森菌31株，其中海西州分离出27株；分离出鼠疫耶尔森菌的宿主动物以喜马拉雅旱獭为主，占总数的77.42%（24/31）。血清学监测显示，共检出鼠疫F1抗体阳性血清66份，其中犬阳性血清最多，为43份；喜马拉雅旱獭次之，为20份。 结论:2011-2020年青海省动物间鼠疫连年不断，局部地区呈活跃态势，鼠疫防控总体形势严峻。

目的:了解甘肃省玉门市喜马拉雅旱獭鼠疫自然疫源地动物鼠疫流行规律，探讨当地鼠疫流行病学特点，为制订鼠疫防控政策提供科学依据。方法:收集2014-2021年甘肃省玉门市喜马拉雅旱獭鼠疫自然疫源地鼠疫监测数据，分析主要宿主密度、染蚤率、蚤指数、小型啮齿类鼠种及细菌学、血清学检测结果，通过Excel 2007软件进行数据结果统计，分析该自然疫源地鼠疫流行情况。结果:2014-2021年，玉门市喜马拉雅旱獭鼠疫自然疫源地内旱獭平均密度为0.06只/hm 2；小型啮齿类鼠种调查共布鼠夹19 300个，捕获鼠209只，捕获率为1.08%，三趾跳鼠（59.81%，125/209）和五趾跳鼠（31.10%，65/209）为该地区主要小型啮齿类鼠种。共梳检旱獭877只，检出染蚤旱獭184只，总染蚤率为20.98%，总蚤指数为1.00，斧形盖蚤（52.69%，461/875）和谢氏山蚤（47.20%，413/875）为优势蚤种；旱獭洞干染蚤率为7.72%（173/2 241），蚤指数为0.20。疫源地内共分离鼠疫耶尔森菌（鼠疫菌）39株，其中以旱獭分离为主，共35株，媒介分离4株。共检测旱獭及牧羊犬血清913份，检出阳性血清34份，其中，牧羊犬血清阳性率为13.98%（33/236）。 结论:甘肃省玉门市喜马拉雅旱獭鼠疫自然疫源地鼠疫防控形势依然严峻，应继续加强鼠疫监测，全面落实各项综合防控措施，严防动物间鼠疫流行波及人群。

目的:掌握甘肃省祁连山-阿尔金山喜马拉雅旱獭鼠疫自然疫源地鼠疫流行特征，为结合当地实际，创新开展鼠疫防控工作提供科学依据。方法:采用回顾性研究，收集2011-2018年甘肃省鼠疫自然疫源地监测数据（来源于甘肃省疾病预防控制中心疫情监测档案、网络直报信息）。采用描述性流行病学方法，分析2011-2018年甘肃省祁连山-阿尔金山喜马拉雅旱獭鼠疫自然疫源地的鼠疫流行特征，包括宿主动物分布情况、鼠疫菌的病原学及血清学检测结果、人间鼠疫流行特征等。结果:2011-2018年，甘肃省祁连山-阿尔金山喜马拉雅旱獭鼠疫自然疫源地总平均獭密度为0.21只/hm 2，其中天祝县平均獭密度最高，为0.58只/hm 2；嘉峪关市平均獭密度最低，为0.01只/hm 2。疫源地内共分离鼠疫菌381株，其中分离自人尸4株、宿主动物298株、染疫媒介79株；分离菌株前3位的县（市）依次为阿克塞县（38.85%，148株）、肃北县（31.50%，120株）、玉门市（16.27%，62株）。共检测旱獭血清6 860份、犬血清1 769份，F1抗体阳性率分别为2.70%（185/6 860）、8.42%（149/1 769）；动物材料814份，F1抗原阳性率为4.30%（35/814）。共发生人间鼠疫4起，发病4人，死亡4人；其中3起发生在肃北县、1起在玉门市；发病月份分别为7、9、11、12月，主动接触牧羊犬等染疫动物是主要感染途径，外来放牧雇工为重点职业人群。 结论:甘肃省祁连山-阿尔金山喜马拉雅旱獭鼠疫自然疫源地动物间疫情活跃，且各地区鼠疫疫情呈现不同流行状态；应采取因地制宜、分类指导的防控措施严防鼠疫的发生和传播。

目的:探讨基于单核苷酸多态性（SNP）的甘肃省鼠疫耶尔森菌（简称鼠疫菌）的基因分型及其地区分布特征。方法:选取1962 - 2017年甘肃省喜马拉雅旱獭鼠疫疫源地和阿拉善黄鼠鼠疫疫源地分离的52株鼠疫菌，培养并提取基因组DNA，进行Illumina PE150二代测序，鉴定鼠疫菌SNP位点。基于SNP位点，采用Mega 10.0软件中邻接法的Kimura-2-parameter模型确定甘肃省鼠疫菌种群特征，并对群内菌株采用最大似然法的Hasegawa-Kishino-Yano模型构建分子进化树。结果:甘肃省52株鼠疫菌共鉴定出103个SNP位点，其中，基因间区位点28个，非同义突变位点43个，同义突变位点31个，无义突变位点1个。52株鼠疫菌划分为2个生物型3个群，分别为古典型（1.IN2、3.ANT），中世纪型（2.MED）。其中，35株属于1.IN2群，13株属于3.ANT群，4株属于2.MED群。1.IN2群内菌株进一步划分为肃北县鱼儿红乡、党城湾镇，肃南县马蹄乡、大河乡，夏河县5个亚群。3.ANT群内菌株进一步划分为阿克塞县红柳湾镇和肃北县党城湾镇马场2个亚群。结论:SNP方法能够对甘肃省不同鼠疫疫源地的鼠疫菌进行基因分型，且具有一定的区域性特征。

我国现分布有 4 种类型的旱獭,其中喜马拉雅旱獭分布地域最广,所在鼠疫自然疫源地面积最大.喜马拉雅旱獭是鼠疫杆菌的主要动物宿主之一,主要分布在青藏高原地区,该地区动物间鼠疫频发,是我国最活跃的鼠疫疫源地之一.近年来在喜马拉雅旱獭体内检测出多种病原体,其中部分病原体对人群具有潜在致病性且在一定条件下具备引起人兽共患病流行的风险.因此,由喜马拉雅旱獭引起的疫源性疾病对人群健康和畜牧业的发展具有潜在危害性,一定程度影响区域经济发展.对已在喜马拉雅旱獭中检测出病原体进行整理,以期为动物疫源性传染病的研究及防控工作提供参考,并就如何降低其对人群和生态环境的影响提出建议.

目的 对青海省同仁县喜马拉雅旱獭血清中鼠疫耶尔森菌(Yersinia pestis)相关抗体进行检测,为鼠疫流行病学调查和鼠疫菌在自然界保存机制研究提供参考依据.方法 以 2021 年青海省同仁县采集的 200 份喜马拉雅旱獭血清为样本,利用鼠疫间接血凝试验检测旱獭血清中鼠疫菌F1 抗体;以青藏高原鼠疫疫源地分离的 1 株野生型鼠疫噬菌体 476 和实验室诊断用鼠疫噬菌体作为抗原,利用微量板法和双层琼脂平板法检测旱獭血清中的特异性鼠疫噬菌体免疫抗体.结果 喜马拉雅旱獭血清中鼠疫菌F1 抗体检测结果为阴性;2株鼠疫噬菌体分别与 200 份喜马拉雅旱獭血清进行中和试验,通过点滴法均未检测到与鼠疫噬菌体抗原反应的特异性噬菌体免疫抗体.结论 青海省同仁县喜马拉雅旱獭血清中既未发现鼠疫菌F1 抗体,也未发现特异性鼠疫噬菌体抗体,二者均间接说明同仁县采样地点的鼠疫疫源地正处于静息期状态.

目的 对甘肃省2起传染源不明的人间鼠疫疫情分离菌株进行溯源分析,为针对鼠疫传染源隔离防控提供依据.方法 采用差异区段(DFR)和规律成簇的间隔短回文重复序列(CRISPR)对2017年12月12日和2019年9月27日发生的2起人间鼠疫疫情分离的鼠疫菌进行基因分型.采用多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)方法确定待测鼠疫菌VNTR位点的重复数,应用BioNumerics 6.6软件中最小生成树法聚类分析确定待测菌株在甘肃省鼠疫疫源地分离鼠疫菌的系统发育树位置.结果 菌株20171212缺失DFR01、DFR02、DFR03、DFR04、DFR13、DFR23,DFR分型为 8 型;CRISPR 间区序列 YPa 为 a1'-a2-a3-a4-a5-a6-a7-a35,YPb 为 b1-b2-b3-b4,YPc 为 c1-c2-c3,基因簇为 Ca35',基因型为26';MLVA聚类分析显示菌株聚在肃北县鱼儿红牧场簇内,并成为独立分支;菌株20190927缺失DFR01、DFR13、DFR23,DFR 分型为 1b 型;CRISPR 间区序列 YPa 为 a1-a2-a3-a4-a5-a6-a7,YPb 为 b1-b2-b3-b4,YPc 为 c1-c2-c3,基因簇为Ca7,基因型为22型;MLVA聚类分析在最小生成树的位置靠近阿克塞县当金山簇,与肃北县鱼儿红牧场簇较远.结论 菌株20171212的DFR和CRISPR基因型与肃北县喜马拉雅旱獭疫源地鼠疫菌的主基因型一致,证实人间疫情病例由本地自然发生,但最小生成树中聚在肃北县鱼儿红牧场簇内,表明病例最初接触传染源地方不是盐池湾乡,而是肃北县鱼儿红牧场周边范围内.菌株20190927的DFR和CRISPR基因型与阿克塞县喜马拉雅旱獭疫源地鼠疫菌的主基因型一致,且最小生成树位置上更靠近阿克塞县当金山簇,与肃北县鱼儿红牧场簇较远,证实2019年人间疫情病例是放牧地方接触传染源.