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基于网络药理学与分子对接探讨犀角地黄汤治疗脓毒症的分子作用机制
编辑人员丨4天前
目的 基于网络药理学和分子对接探究犀角地黄汤治疗脓毒症的主要功效.方法 通过文献检索并利用TCSMP和BATMAN-TCM数据库,筛选并预测犀角地黄汤的活性成分及潜在靶点.利用GeneCard和DisGeNET数据库筛选脓毒症的相关基因.通过STRING数据库绘制潜在靶点的蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络,利用MCODE分析得到关键基因簇后用CytoHubba分析基因簇,得到核心的基因靶点,采用MOE软件进行分子对接验证,采用clusterProfiler包进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书数据库(KEGG)富集分析.采用Cytoscape 3.8软件构建犀角地黄汤-活性成分-疾病-靶基因网络.结果 最终筛选出犀角地黄汤的活性成分38个,主要靶点138个,主要参与调节白细胞介素17(IL-17)信号通路和肿瘤坏死因子(TNF)信号通路等多种人体信号通路.JUN、RELA和JL-6为核心靶点,其中己醛、芍药苷、槲皮素、鞣花酸、黄芩素、山萘酚和石竹烯等是犀角地黄汤发挥功效的主要活性成分,且分子对接结果显示其与JUN、RELA和IL-6可以通过氢键、碳氢键和疏水性相互作用的共同作用达到稳定结合的效果.结论 通过系统地探讨犀角地黄汤的主要活性成分和其作用靶点与脓毒症的联系,为犀角地黄汤的用药提供理论依据,也为深入研究其活性成分提供参考价值.
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编辑人员丨4天前
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基于网络药理学和体内实验研究五虎汤干预RSV诱导哮喘的效应物质及作用机制
编辑人员丨1周前
探讨五虎汤治疗呼吸道合胞病毒(RSV)诱发哮喘的效应物质及作用机制.使用超高效液相串联高分辨质谱仪确定五虎汤的入血成分;借助数据库对入血成分作用于哮喘的靶点进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析及基因本体论(GO)功能分析.同时将靶点蛋白及代谢物-靶点-通路等信息导入STRING数据库,构建蛋白互作网络,明确五虎汤核心成分及关键通路.体内实验部分使用RSV联合鸡卵清蛋白(OVA)建立哮喘模型,通过肺功能、苏木精-伊红(HE)染色、酶联免疫吸附测定(ELISA)法、蛋白免疫印迹法及免疫组织化学法验证五虎汤对RSV诱导哮喘小鼠的干预作用.结果显示,五虎汤入血成分以黄酮类、苯丙素类、木脂素类、萜类等化合物为主,作用于儿童哮喘的核心成分有(-)-表没食子儿茶素、山柰素、异甘草素、香叶木素、桦木酸、熊果酸、瑞香素、七叶素等,钙信号通路、神经活性配体-受体相互作用、NOD样受体信号通路、T细胞受体信号通路、Toll样受体信号通路等是其靶点主要作用通路.体内实验结果表明,五虎汤能够改善肺功能指标,下调白细胞介素-6(IL-6)、白细胞介素-17((IL-17)及肿瘤坏死因子-α(TNF-α)水平,并且能够降低肺组织中NOD样受体热蛋白结构域相关蛋白3(NLRP3)、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)、丝裂原活化蛋白激酶14(MAPK14)、核因子-κB亚基1(NFKB1)等蛋白的表达,减轻中性粒细胞炎症浸润及肺淤血.结果表明,五虎汤通过多组分、多靶点、多途径的协同作用干预病毒诱发哮喘,体内实验证明其能抑制NOD样受体信号通路的激活,减轻哮喘小鼠气道炎症与气道损伤.
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编辑人员丨1周前
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决明子治疗高脂血症的网络药理学研究及斑马鱼实验验证
编辑人员丨1周前
目的:基于网络药理学探讨决明子治疗高脂血症的作用机制,并通过斑马鱼实验进行验证.方法:在中药分子机制生物信息学注释数据库(BATMAN-TCM)和中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索并筛选决明子活性成分及相关靶点,通过GeneCards、DisGeNET、在线人类孟德尔遗传数据系统(OMIM)检索得到与高脂血症有关的靶点,利用Venny 2.1.0平台获得药物与疾病的共同靶点.使用Cytoscape3.8.2绘制决明子-活性成分-作用靶点网络图,采用String数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图,将决明子-高脂血症共同靶点通过注释、可视化和集成发现数据库(DAVID)进行基因本体(GO)功能及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析.根据网络药理学研究结果,推测橙黄决明素(AO)为决明子降血脂的有效作用成分,在此基础上进行斑马鱼实验验证.以蛋黄液高脂饮食诱导斑马鱼高脂血症模型,造模后给予AO干预,验证AO治疗高脂血症的效果及作用机制.首先进行AO对高脂血症斑马鱼的毒性实验,确定AO最大给药浓度;后续观察AO对高脂血症斑马鱼总胆固醇(TC)、三酰甘油(TG)含量及肝脏组织形态学的影响;采用实时荧光定量PCR检测核心靶点mRNA在高脂血症斑马鱼中的表达.结果:共获得包括AO在内的13个决明子活性成分,决明子作用于高脂血症的潜在靶点109个,包括核心靶点肿瘤坏死因子(TNF)、白介素(IL)-1β、前列腺素内过氧化物合酶2(PTGS2)、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶3(CASP3)、过氧化物酶体增殖物激活受体-γ(PPAR-γ)等,主要涉及IL-17信号通路、TNF信号通路、脂质和动脉粥样硬化相关作用通路等.斑马鱼验证实验结果显示:造模后斑马鱼出现明显的脂质聚积,AO可显著降低高脂血症斑马鱼组织中的TG、TC含量(P<0.05,P<0.01),减少肝脏组织内脂肪空泡和脂滴形成,并可显著下调核心靶点TNF-α、IL-1βmRNA表达(P<0.01).结论:基于网络药理学获得了决明子治疗高脂血症的核心通路与靶点,并通过斑马鱼实验初步揭示AO对高脂血症的改善效果,其机制可能是通过TNF-α、IL-1β等核心靶点发挥治疗作用,旨在为后期研究AO在高脂血症中的临床应用提供参考依据.
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编辑人员丨1周前
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铜过载调控的细胞死亡方式在骨骼肌衰老萎缩中的作用
编辑人员丨1周前
骨骼肌衰老是机体衰老的相关生物学事件,以质量丢失和功能衰退为显著特征,金属组学尤其是铜金属组学在其中的功能角色正日益得到关注.铜金属组学在衰老状态下表现为铜过载,其触发的毒理效应具有激活骨骼肌细胞中发生凋亡、焦亡、铁死亡、铜死亡及并促进α突触核蛋白聚集的特异性分子潜力,相关的信号级联最终可诱导衰老肌纤维中蛋白质、线粒体和卫星细胞等内容物代谢失衡及裂解丢失,同时可触发神经肌肉接头(neuromuscular junction,NMJ)退化和异常,是骨骼肌衰老萎缩的新型病理生理机制.本综述首次系统地解码骨骼肌衰老萎缩调控网络中铜的分子生物学功能、衰老骨骼肌中铜过载的潜在机制,以及铜过载诱导的多种细胞死亡形式例如凋亡、焦亡、铁死亡及铜死亡的信号转导途径在骨骼肌衰老萎缩中的新角色,为临床上应用铜螯合改善和治疗骨骼肌衰老萎缩提供潜在分子靶点和方案选择.
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编辑人员丨1周前
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基于事故风险分析的医院病案科应急预案的探讨
编辑人员丨1周前
病案科应急预案适用范围是发生电脑网络系统被非法入侵、火灾等事故时的应急救援工作,预案编制目的是高效有序开展抢险救援,尽快恢复工作秩序,工作原则是以人为本、人与病案兼顾、统一领导,科室现场应急指挥职责是负责与医院应急总指挥联系、组织实施预案.病案科存在网络信息安全、火灾、浸水、触电、失窃、治安及地震等七种事故风险,应对这些风险事故的主要应急措施包括:对网络病毒险情采取隔离网络或隔离中毒计算机措施,对火灾险情采取灭火、排除有毒烟气、转移受威胁病案等措施,对漏水浸水险情需要切断来水并尽快将水淹病案干燥处理,对失窃及治安险情需要及早报告医院及报警.事故善后工作主要是恢复病案信息数据、稳定员工情绪、恢复正常工作秩序.应急预案附则列明应急通讯具体联系方式、科室备用钥匙存放地点、应急疏散通道、伤员急救方法等.科室定期组织员工学习应急预案、定期演练预案内容及适时修改完善预案.
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编辑人员丨1周前
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深度学习在新型冠状病毒肺炎的智能诊断应用的研究进展
编辑人员丨1周前
新型冠状病毒肺炎(corona virus disease 2019,COVID-19)具有高传染性,严重威胁人民群众的生命安全,快速筛查可以实现快速治疗、防止肺炎进展.目前COVID-19检测诊断方法的金标准为逆转录聚合酶链式反应(reverse transcription-polymerase chain reaction,RT-PCR),但是由于核酸检测存在耗时且假阴性率偏高的问题,而影像医生对医学图像的诊断存在主观性且工作量巨大,因此借助人工智能(artificial intelligence,AI)技术对实现COVID-19的快速诊断至关重要.随着AI在医学领域的成功应用,深度学习技术成为辅助诊断新型冠状病毒肺炎的有效方法.近年来许多学者使用深度学习技术来构建对医学图像进行智能诊断的模型,本文的主要内容就是对这类模型进行总结和分析,介绍了分割肺部区域的模型、实现二分类或多分类的分类模型以及模型在临床上的应用.与此同时,在文章中分析了COVID-19患者的影像学特点,COVID-19患者多双肺受累,其中磨玻璃影是最常见的影像征象.对COVID-19研究的最新进展也进行了介绍,主要是关于提高AI模型准确性的开发和"长新冠"综合征的相关研究.因此,在新型冠状病毒肺炎常态化管理下,模型准确性的提高可以借助数据集的扩大或模型结构轻量化等方面实现;"长新冠"综合征作为一个新的研究领域,学者可以在临床症状、预后随访和结合深度学习技术等方面进行进一步的研究.
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编辑人员丨1周前
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昆明市2016-2018年男男性行为人群HIV-1分子网络特征分析
编辑人员丨1周前
目的:分析云南省昆明市2016-2018年MSM中HIV-1分子网络的特征,探讨HIV-1传播网络的危险因素,为干预的有效实施提供依据。方法:2016-2018年在昆明市连续收集新报告的感染HIV-1的MSM的样品540份,通过巢式PCR扩增HIV-1的 pol区基因,按照最大似然进化树中bootstrap值>95%和基因距离<3%构建分子网络,对研究对象进入网络和网络增长的相关因素进行分析。 结果:459份样品获得 pol序列,检测到7种HIV-1基因型,其中以CRF07_BC(49.2%,226/459)和CRF01_AE(40.3%,185/459)为主,其他基因型包括URFs(4.8%,22/459)、CRF08_BC(3.1%,14/459)、CRF55_01B(1.7%,8/459)、B亚型(0.7%,3/459)和CRF68_01B(0.2%,1/459)。共163条序列进入网络,入网率为35.5%(163/459),形成56个簇,簇内个体数在2~13个之间。对研究对象进入网络的影响因素分析,发现已婚和多性伴者在网络中检测到的比例较大;多因素logistic回归分析结果显示,性伴数是MSM感染者分子网络增长的影响因素;按照每年出现≥3个新增感染者的网络为活跃传播簇的标准,有6个传播簇可判定为活跃传播簇,外地、有STD史、离异和学生的MSM是活跃传播簇干预的关键对象。 结论:昆明市MSM中HIV-1基因型日趋复杂,进入分子网络的相关因素包括已婚和多性伴,活跃传播簇中外地、有STD史、离异和学生MSM需要加强干预,本研究为分子网络运用于该人群的干预提供了基础。
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编辑人员丨1周前
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长链非编码RNA在人类免疫缺陷病毒感染中的作用
编辑人员丨1周前
长链非编码RNA(long noncoding RNA, lncRNA)在多种生物通路中具有重要的调控功能,在病毒复制和先天性免疫应答调控网络中发挥着重要作用。本研究讨论了与人类免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus,HIV)感染相关的复杂的lncRNA网络,来自人类宿主和HIV自身的lncRNA影响了HIV复制、潜伏期的建立及维持、储存库的清除、病毒的重新激活等过程。由于有效的HIV疫苗或治愈方法的缺乏,以及目前大流行的规模,深入了解lncRNA和HIV之间的复杂调控网络将有助于制订治疗HIV感染的新战略。
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编辑人员丨1周前
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季节性流感疫苗免疫血清对欧亚类禽H1N1猪流感病毒的交叉反应
编辑人员丨1周前
目的:评估季节性流感疫苗免疫血清对欧亚类禽H1N1猪流感病毒的交叉反应。方法:9株人感染欧亚类禽H1N1猪流感病毒株来自江苏、河北、山东、云南、湖南、福建和天津等省份的国家级流感监测网络实验室,通过深度测序分析其血凝素特性。于2019年10月在云南省安宁市接种2019-2020年度季节性流感疫苗的儿童(2~5岁)、成人(24~57岁)和老年人(60~84岁)中各招募30名志愿者,采集其接种疫苗前和接种1个月后血清。通过血凝抑制试验评估免疫前后血清对2015年以来分离的4株人感染欧亚类禽H1N1猪流感病毒的交叉反应。结果:9株欧亚类禽H1N1猪流感病毒的血凝素基因同源性较一致,但与甲型流感病毒[A(H1N1)pdm09](以下简称“疫苗株”)的血凝素重链和轻链氨基酸基因的差异分别为90~101个和24~30个氨基酸。疫苗株抗血清对疫苗株的抗体滴度为2 560,欧亚类禽H1N1猪流感病毒以及欧亚类禽H1N1猪流感病毒抗血清对疫苗株的抗体滴度均为640。接种季节性流感疫苗的儿童、成人和老年组人群针对疫苗株的抗体滴度≥40者占比分别为90.0%、70.0%和73.3%;而对4株欧亚类禽H1N1猪流感病毒仅为46.7%、36.7%和33.3%~43.3%。结论:接种季节性流感疫苗不能对欧亚类禽H1N1猪流感病毒产生有效的交叉保护作用。
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编辑人员丨1周前
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长期农药暴露的毒性作用及关键基因发掘
编辑人员丨1周前
目的:运用生物信息学方法挖掘农药慢性暴露诱导的差异表达基因(DEGs)及其富集的信号通路,探索其潜在致病机制和关键基因。方法:于2021年7月,从基因表达综合数据库(GEO)中下载与农药毒效应相关的高通量基因表达谱数据,样本来源为长期接触农药的美洲男性农场工人和其他行业工人,获取DEGs;利用R软件clusterProfiler包对所选择的DEGs进行GO、KEGG及基因集富集分析(GSEA);采用STRING、Cytoscape等工具对其进行蛋白质相互作用网络的构建及可视化分析;借助MCODE及Cytohubba等分析得到基因功能模块,从而筛选出核心基因。结果:共筛选出GSE30335数据集的DEGs 189个,其中上调基因101个,下调基因88个。GO、KEGG及GSEA结果显示,DEGs主要富集于神经元投射发育调控、运动调节、核糖体蛋白合成等生物学功能及以帕金森病为代表的复杂神经系统疾病相关的通路上。综合筛选发现,KLF1为农药暴露的核心基因,其差异表达倍数为0.456( t=-3.82, P=0.021)。 结论:长期农药暴露可造成接触人群多个基因的差异表达,可能通过下调KLF1并经由其介导的一系列生物学途径参与神经系统的病理学改变。
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编辑人员丨1周前
