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基于TCGA数据库初步筛选预测胃癌生存期的基因
编辑人员丨4天前
目的:利用癌症基因组图谱(TCGA)中的大量胃癌基因组数据,在胃癌组织差异表达的基因中挖掘与预后相关的基因。方法:在TCGA数据库中下载胃腺癌相关基因芯片数据,经R语言数据预处理及用edgeR对基因表达数据进行差异表达分析,利用R语言对差异基因进行基因本体论(GO)富集及KEGG生物通路分析。多因素逐步回归Cox分析预测影响生存期的基因,利用Kaplan-Meier Plotter(http://Kaplan-Meier Plotter.com)网站对上述得到的基因进行在线生存分析。结果:TCGA数据库中共筛选胃癌标本305个,癌旁组织30个。得到3 231个胃癌差异基因,其中上调2 005个基因,下调1 226个基因。GO富集主要集中于抗原连接、丝氨酸水解酶活性、受体配体活性、丝氨酸型肽酶活性、丝氨酸型内肽酶活性、糖胺聚糖结合、细胞因子活性、激素活性、肽酶抑制剂活性、金属钛酶活性等分子功能。KEGG生物通路分析主要涉及化学致癌物、神经活性受体-配体相互作用、细胞因子-细胞因子受体相互作用、细胞色素P450对有害物质的代谢、蛋白质的消化与吸收、金黄色葡萄球菌感染、视黄醇代谢、药物代谢P450、类固醇激素生物代谢、胰液分泌等。Cox分析显示,基因GPX3和SERPINE1对胃癌患者生存期有显著影响。受试者工作特征曲线分析显示,GPX3和SERPINE1表达量的高低对胃癌患者生存期有一定的预测价值,二者临界值分别为0.46、0.68时,敏感性为60.35%,特异性为82.06%,曲线下面积为0.763(95% CI为0.828~0.936)。Kaplan-Meier分析发现,GPX3( P<0.001)和SERPINE1基因( P=0.001)高表达与胃腺癌不良预后有明显关系。 结论:SERPINE1、GPX3基因表达越高,胃癌患者生存期越短,二者可能作为胃癌预测预后的靶点。
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编辑人员丨4天前
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植物源黄酮类化合物对幽门螺杆菌脲酶抑制作用的研究进展
编辑人员丨3周前
脲酶作为氮循环的关键酶,为生物体提供生长所需的氮源,同时也是一种在各种致病菌中发现的毒力因子.幽门螺杆菌(H.pylori)产生的脲酶为其在胃里的定植和生存中起着重要作用,而幽门螺杆菌的感染与肠化生、活动性胃炎、消化性溃疡和胃癌等胃肠道疾病密切相关,且随着耐药性菌株的增多,迫切需要治疗有效、安全的新型药物,所以幽门螺杆菌成为最常研究的产脲酶细菌之一,脲酶作为抗菌药物的潜在靶点也受到关注.安全性较高的药用植物已被证明具有治疗潜力,许多植物天然提取物已成为新型药物开发的灵感和起点,以往研究还发现许多天然存在的黄酮类化合物具有抗脲酶活性.该文概述了一些植物源黄酮类化合物对幽门螺杆菌脲酶的抑制作用,根据其来源、结构特点以及可能的作用机制,寻找和开发植物来源且特异性抗幽门螺杆菌的化合物,从而为临床候选药物的研发提供参考.
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编辑人员丨3周前
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除草剂丁草胺对泥鳅体内6种代谢与免疫相关酶的抑制作用
编辑人员丨1个月前
目的 研究除草剂丁草胺对泥鳅(Misgurnus anguillicaudatus)体内重要器官过氧化物酶(POX)、非特异性酯酶(NSE)、碱性磷酸酶(ALP)、酸性磷酸酶(ACP)、琥珀酸脱氢酶(SDH)和腺苷三磷酸酶(ATPase)等6种代谢与免疫相关酶活力的影响.方法 将泥鳅暴露在不同浓度的丁草胺中96 h,解剖取其心脏、肝胰脏、鳃、头肾、胃和肠等6种器官,采用冰冻切片、酶组织化学及光密度分析技术检测酶活力变化.结果 POX在头肾中活性显著较高,其余器官中活性均较低;高浓度丁草胺显著抑制头肾POX活性,但显著促进肝胰脏、胃和肠POX活性.NSE在肝胰脏中活性显著较高,心脏中活性显著较低;高浓度丁草胺对除心脏和胃以外的体内器官NSE活性具有显著抑制作用.ALP在胃中活性显著较高,心脏和头肾中未检测出明显的酶活性;高浓度丁草胺显著抑制胃和肠ALP活性,对肝胰脏和鳃ALP活性无显著影响.ACP在胃和肠中活性显著较高,心脏中活性显著较低;高浓度丁草胺显著抑制肝胰脏、鳃、头肾、胃和肠ACP活性,对心脏ACP活性无显著影响.SDH在心脏中活性显著较高,鳃和头肾中未检测出明显的酶活性;高浓度丁草胺显著抑制心脏、肝胰脏和胃SDH活性,对肠SDH活性无显著影响.ATPase在心脏中活性显著较高,头肾和肠中活性显著较低;高浓度丁草胺显著抑制心脏、肝胰脏和头肾ATPase活性,但对胃和肠ATPase活性具有显著促进作用.结论 丁草胺可能通过抑制心脏SDH和ATPase活性影响泥鳅的血液循环,通过抑制胃和肠ALP和ACP活性降低泥鳅对营养物质的消化和吸收能力,通过抑制肝胰和头肾NSE、ACP和ATPase活性损害泥鳅的解毒与免疫防御功能.
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编辑人员丨1个月前
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饲料蛋白和脂肪水平对太湖鲂鲌冬片鱼种生长、体组成和消化酶活性的影响
编辑人员丨2024/7/27
为优化太湖鲂鲌配合饲料配方,设计3个饲料蛋白水平(36%、39%和42%)和3个脂肪水平(6%、8%和10%)的3×3因子实验,配制9种实验饲料(P36L6、P36L8、P36L10、P39L6、P39L8、P39L10、P42L6、P42L8和P42L10),分别饲喂9组3重复平均体重为8.59 g的太湖舫鲌冬片鱼种60d,以探讨饲料中不同含量的蛋白和脂肪对太湖鲂鲌冬片鱼种生长、饲料利用、体成分和肠道消化酶等的影响.结果表明:实验鱼摄食蛋白水平为39%和42%的6种饲料(P39L6、P39L8、P39L10、P42L6、P42L8和P42L10)后,其鱼体增重率和饲料系数在组间无显著差异(P>0.05),但鱼体增重率均比摄饲料蛋白水平为36%的3种饲料(P36L6、P36L8和P36L10)的实验组要高(P<0.05),而饲料系数则较低;在同一饲料蛋白水平时,饲料脂肪水平变化对蛋白质沉积率无显著影响;摄食蛋白质水平为39%饲料的3个实验组的蛋白质沉积率均高于饲料蛋白为36%的3个实验组.饲料同一脂肪水平时,饲料蛋白水平从39%提高到42%对蛋白质沉积率有降低的趋势,但差异不显著;脏体指数(VSI)与饲料脂肪水平(L)呈正相关(VSI=0.223L+4.611,R=0.746,P=0.000);全鱼粗脂肪随饲料蛋白的升高而降低,但随饲料脂肪水平的升高而增加;摄食3种低脂肪水平(6%)的饲料(P36L6、P39L6和P42L6)的太湖鲂鲌肌肉粗脂肪含量均显著低于摄食其他6种脂肪水平较高(8%和10%)饲料组;摄食3种蛋白水平为36%的饲料(P36L6、P36L8和P36L10)后,太湖鲂鲌肠道淀粉酶活性显著高于蛋白水平39%和42%的饲料组;太湖舫鲌肠道蛋白酶和脂肪酶活性均不受饲料蛋白和脂肪水平及其交互作用的影响;因此,能使实验鱼获得良好生长和饲料利用的适宜饲料蛋白和脂肪水平分别为39%和6%.过低的饲料蛋白水平和过高的饲料脂肪水平易导致鱼体脂肪积累过多.
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编辑人员丨2024/7/27
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枯草芽孢杆菌表达人ADH1B和ALDH2及其活性与稳定性研究
编辑人员丨2024/7/20
目的 构建可表达具有活性的人源乙醇脱氢酶(ADH1B)和乙醛脱氢酶(ALDH2)的重组枯草芽孢杆菌(B.subtilis)并验证其稳定性.方法 将ADH1B和ALDH2的编码基因adh1B和aldh2分别克隆至表达载体pBE2R中,构建重组质粒pBE2R-adh1B和pBE2R-aldh2,使用化学转化法将重组质粒分别转化B.subtilis WB600;在37℃,200 r/min条件下进行表达;Western blotting鉴定表达结果,检测目的蛋白酶活性,体外模拟人工胃液环境评价重组工程菌对酸性环境的耐受程度.结果 构建的重组工程菌在37℃,200 r/min条件下培养24 h后,培养基上清及细菌沉淀中均可表达ADH1B和ALDH2;上清中的ADH1B和ALDH2酶活性分别为3.67 U/mL、1.61 U/mL;重组工程菌在pH为2、3、4的人工胃液中消化0~2 h后活菌量与处理前相当.结论 B.subtilis WB600可表达可溶性且具有酶活性的人ADH1B和ALDH2,重组工程菌可良好耐受强酸环境.
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编辑人员丨2024/7/20
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白花蛇舌草-半枝莲药对治疗胃癌的物质基础和作用机制研究进展
编辑人员丨2024/7/20
胃癌是消化系统的常见恶性肿瘤之一,好发于中老年人群.中医认为胃癌是由津亏热结、癌毒胶结于胃腹而形成的一种瘤瘕,在临床中常用清热解毒类药物进行治疗.白花蛇舌草-半枝莲药对具有清热解毒、活血化瘀、消痈散结、抗炎止痛的作用,可治疗胃癌.现代药理学研究证实,白花蛇舌草-半枝莲药对可通过诱导细胞凋亡、抑制细胞增殖、抑制血管生成、改善免疫微环境、下调端粒酶活性等途径起到抗胃癌的作用.本文对白花蛇舌草-半枝莲药对配伍后活性成分抗胃癌的机制进行综述,为白花蛇舌草-半枝莲药对的临床用药和抗胃癌新药研发提供理论依据和参考.
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编辑人员丨2024/7/20
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乌梅木瓜汤对菌群失调小鼠肠道菌群及消化酶活性的影响
编辑人员丨2024/7/6
[目的]研究乌梅木瓜汤对抗生素诱导的肠道菌群失调小鼠肠道菌群及消化酶活性的影响.[方法]将32只BALB/c小鼠随机分为4组,分别为正常组、模型组及乌梅木瓜汤低、高剂量给药组,每组8只.除正常组外其余三组小鼠均采用混合抗生素灌胃8 d诱导肠道菌群失调模型.造模成功后,乌梅木瓜汤低、高剂量组分别灌胃乌梅木瓜汤[3.77、7.54 g/(kg·d)]连续8 d,正常组与模型组给予等量无菌水,记录小鼠体质量的变化.末次给药后收集各组小鼠粪便,分别采用16S rRNA高通量测序技术、福林酚比色法、DNS比色法检测分析小鼠肠道菌群及酶活性的变化.[结果]与正常组相比,模型组小鼠肠道菌群多样性显著降低(P<0.01或P<0.05),变形菌门、疣微菌门、克雷伯氏菌属、大肠杆菌-志贺菌属等菌丰度显著升高(P<0.01或P<0.05),厚壁菌门、脱硫菌门、norank_f_Muribacu-laceae属、乳杆菌属丰度显著降低(P<0.05),蛋白酶、淀粉酶及纤维素酶活性显著升高(P<0.01).与模型组相比,乌梅木瓜汤干预明显改善菌群失调小鼠肠道菌群多样性(P<0.05),显著降低蛋白酶、淀粉酶及纤维素酶活性(P<0.01或P<0.05),可显著增加菌群中norank_f_Muribaculaceae属、乳杆菌属等有益菌的丰度,减少变形菌门、克雷伯氏菌属、大肠杆菌-志贺氏菌属等条件致病菌的群落丰度性(P<0.01或P<0.05).[结论]乌梅木瓜汤可改善菌群失调小鼠肠道菌群结构及多样性,降低致病菌丰度、升高有益菌丰度,降低肠道消化酶活性,对菌群失调小鼠肠道微生态的平衡具有积极作用.
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编辑人员丨2024/7/6
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三种饲料对中华绒螯蟹生长、消化酶活性及营养与品质的影响
编辑人员丨2024/7/6
试验旨在探究投喂3种饲料对中华绒螯蟹生长、消化酶活性及营养与品质的影响.试验分为3个组:冰鱼组(6月份后投喂冰鱼)、配合饲料组(6月份后投喂配合饲料)和黑水虻组(6月份后投喂黑水虻).每组4重复,每个重复4只.在8-10月养殖90d中,分别于每月20日进行采样,进行相关试验分析.结果表明,10月时中华绒螯蟹的体重、性腺指数(GSI)、总可食用率(TEY)在3组之间没有显著差异(P>0.05),黑水虻组的肝胰腺指数(HSI)最大.在肝胰腺消化酶活性方面,淀粉酶(AMS)和胰蛋白酶(TRY)活性在3组之间没有显著差异(P>0.05),而脂肪酶(LPS)活性黑水虻组最高.肝胰腺脂肪酸中,黑水虻组的总饱和脂肪酸(∑SFA)含量最高,冰鱼组的单不饱和脂肪酸(∑PUFA)和多不饱和脂肪酸(∑MUFA)含量最高;性腺脂肪酸中,配合饲料组的∑SFA、∑PUFA和∑MUFA含量最高;肌肉脂肪酸中,黑水虻组的∑SFA、∑PUFA和∑MUFA含量最高;肝胰腺氨基酸中,3组之间均无显著差异.肌肉氨基酸中,必需氨基酸(EAA)、非必需氨基酸(NEAA)和总氨基酸含量(TEAA)都是配合饲料组最高(P>0.05),半胱氨酸3组之间存在显著差异(P<0.05),冰鱼组含量最高,配合饲料组含量最低;肝胰腺中EAA、NEAA和TEAA都是黑水虻组最高(P>0.05).研究表明,3种饲料对中华绒螯蟹生长没有显著影响,而配合饲料能够提高性腺脂肪酸含量,黑水虻幼虫能够增加肝胰腺氨基酸含量,表明配合饲料更加利于中华绒螯蟹绿色发展.
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编辑人员丨2024/7/6
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旋毛虫新生幼虫细胞外囊泡的分离鉴定及组学分析
编辑人员丨2024/6/22
目的 分离并鉴定旋毛虫新生幼虫分泌的细胞外囊泡(EV)主要成分,了解新生幼虫EV的功能.方法 消化旋毛虫保种小鼠肌肉,手机旋毛虫肌幼虫,昆明小鼠灌胃感染肌幼虫(2 000条/鼠)后5d取小肠,网筛法收集旋毛虫成虫,成虫置于RPMI 1640培养液中培养48 h后收集新生幼虫.采用差速超速离心法提取旋毛虫新生幼虫培养液中的EV,透射电子显微镜观察EV形态,使用纳米颗粒跟踪分析技术检测EV的粒径,蛋白质免疫印迹(Western blotting)验证EV蛋白.对新生幼虫及其EV进行蛋白组质谱分析和miRNA测序分析,采用t检验比较新生幼虫及其EV之间蛋白和miRNA的表达差异.差异表达蛋白和miRNA靶基因进行基因本体论(GO)功能条目富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析.使用WoLFPSORT分析蛋白的亚细胞定位.结果 透射电子显微镜和纳米颗粒跟踪分析结果显示,旋毛虫新生幼虫分泌的EV为"杯盘"形膜性囊泡,平均粒径为(101.7±1.8)nm.Western blotting结果显示,新生幼虫EV能与旋毛虫感染小鼠血清产生特异性条带,相对分子质量约为65 000.蛋白组质谱分析结果显示,新生幼虫及其EV样品中分别检测到1424和231种蛋白,有220种蛋白在两组样品中均有表达,其中116种表达有差异(在EV中31种表达上调、85种表达下调).蛋白亚细胞定位分析结果显示,差异蛋白主要分布于细胞质(30.2%,35/116)、细胞核(19.0%,22/116)和细胞膜(17.2%,20/116).miRNA测序结果显示,新生幼虫及其EV样品分别检测到183和117种miRNA,有46种miRNA在两组样品中均有表达,其中40种表达有差异(在EV中10种表达上调、30种表达下调).在EV中表达上调的10种miRNA中,let-7-5p表达最高.GO功能条目富集分析结果显示,差异蛋白有57种属于细胞组成、73种具有分子功能、63种参与生物过程,差异miRNA的靶基因主要与自噬相关12基因转移酶活性、胞质泛素连接酶复合物、细胞对紫外线A的响应和钙离子稳态等条目有关.KEGG通路富集分析结果显示,差异蛋白主要富集在代谢途径、内质网中的蛋白质加工等相关通路,差异miRNA的靶基因仅涉及自噬-其他1条途径.结论 本研究分离并鉴定了旋毛虫新生幼虫分泌的EV,检测到新生幼虫及其EV间差异表达的116种蛋白和40种miRNA,主要参与代谢、自噬等途径,推测新生幼虫EV可能在旋毛虫感染早期逃避宿主免疫防御的过程中发挥重要作用.
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编辑人员丨2024/6/22
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纳米三氧化二铁经口暴露对雄性大鼠生殖系统的影响
编辑人员丨2024/6/15
目的 探讨纳米三氧化二铁颗粒(iron oxide nanoparticles,Fe2O3NPs)经口暴露对雄性大鼠生殖系统的影响.方法 将40只雄性SD大鼠按体重随机分配到对照组和低、中、高剂量干预组,每组10只,分别灌胃生理盐水和50、100、200 mg/kg的Fe2O3NPs混悬液,每次灌胃体积10mL/kg,连续灌胃28d,每3天称一次体重,记录大鼠体重变化.10%水合氯醛腹腔麻醉后,脱颈处死大鼠,收集睾丸和附睾.称重并计算睾丸系数和附睾系数,苏木精-伊红染色观察大鼠睾丸组织病理学切片,光学显微镜下统计附睾精子数目、计算精子畸形率,试剂盒法检测大鼠睾丸组织匀浆中组织标志酶酸性磷酸酶、碱性磷酸酶、乳酸脱氢酶和γ-谷氨酰转肽酶活性,以及氧化应激指标超氧化物歧化酶活性和谷胱甘肽、丙二醛含量.结果 与对照组相比,各剂量Fe2O3NPs干预组大鼠体重、睾丸系数及附睾系数差异无统计学意义;100和200 mg/kg组生精上皮排列紊乱、生精细胞减少;200 mg/kg组精子数目减少,100和200 mg/kg组精子畸形率增加(P<0.01);100和200 mg/kg组酸性磷酸酶活性升高(P<0.05)、γ-谷氨酰转肽酶活性降低(P<0.01);100 mg/kg组谷胱甘肽水平升高(P<0.05),100和200 mg/kg组丙二醛含量升高(P<0.01).结论 Fe2O3NPs可引起大鼠睾丸组织结构损伤,精子数目减少,精子畸形率增高,干扰睾丸组织标志酶活性并诱导氧化应激,对雄性大鼠生殖系统造成了不利影响.
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编辑人员丨2024/6/15
