目的:结合应用加权基因共表达网络分析(WGCNA)和差异基因表达分析2种方法筛选结肠癌mRNA表达谱中的差异共表达基因，并分析差异共表达基因与预后的关系。方法:基于生物信息学方法从癌症基因组图谱(TCGA)和基因表达综合(GEO)数据库分别下载TCGA结肠腺癌数据集的转录组学数据和GSE68468数据集的芯片表达谱数据，筛选出两者在正常组织与结肠癌组织之间的差异表达基因(DEG)和最显著相关的加权基因模块，通过差异基因和加权基因取交集筛选出结肠癌相关差异共表达基因。构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI )网络，利用最大派系中心度(MCC)计算方法筛选出MCC评分排名前10位的核心差异共表达基因，使用TCGA结肠腺癌数据集验证核心基因在正常组织和结肠癌组织中的表达，采用Kaplan-Meier生存分析探索核心基因与患者总生存期和无病生存期之间的关系。使用人类蛋白质图谱(HPA)数据库，对生存相关的差异共表达基因进行免疫组织化学染色验证。结果:TCGA结肠腺癌数据集中DEG共3 481个，GSE68468数据集中DEG共7 275个，共获得237个差异共表达基因。使用PPI网络的MCC计算方法得到10个核心的差异共表达基因，分别为氯离子通道附件1( CLCA1)、 MAPK3、胰高血糖素( GCG)、溶质载体家族26成员3( SLC26 A3)、核受体亚家族1组H成员4( NR1 H4)、脂肪酸结合蛋白1( FABP1)、鸟苷酸环化酶激活因子2A( GUCA2 A)、二磷酸尿苷葡糖醛酸糖基转移酶家族2成员A3( UGT2 A3)、肉碱棕榈酰转移酶2( CPT2)和跨膜4域A12( MS4 A12)。与正常组织相比，TCGA结肠腺癌数据集结肠癌组织的 CLCA1、 GCG、 SLC26 A3、 NR1 H4、 FABP1、 GUCA2 A、 UGT2 A3、 CPT2和 MS4 A12 9个核心基因均下调( P均<0.05)，其中 CLCA1高表达结肠癌患者的总生存期和无病生存期均长于低表达组( P均<0.05)，免疫组织化学染色结果在蛋白质水平也验证了结果的准确性。 结论:CLCA1可能在结肠癌的发展中起关键作用，可作为进一步诊断和治疗的潜在生物标志物。

目的:通过转录组学联合蛋白质组学的研究方法，分析表皮生长因子样结构域9(EGFL9)影响肝癌细胞增殖、侵袭和迁移的信号通路。方法:采用RNA干扰技术构建EGFL9基因敲减的Huh-7肝癌细胞系，选取对照组(NC组)和实验组(KD组)，每组3个样本，进行转录组学和蛋白质组学分析，筛选出差异基因和差异蛋白质后，对其进行表达关联分析、聚类分析，利用基因本体论(GO)和京都基因和基因组数据库(KEGG)分别进行基因功能和通路的注释富集分析。结果:基于组学分析发现，KD组与NC组比较，有8 335个差异基因，其中上调4 207个，下调4 128个；有298个差异蛋白质，其中上调188个，下调110个。基于两组学联合分析发现，213个共有差异表达基因，其中在转录水平和翻译水平差异表达程度明显的前3名共有差异表达基因为：转铁蛋白受体2(TFR2)、膜联蛋白A1(ANXA1)、溶质载体家族38成员2(LC38A2)；共有差异表达基因显著富集的信号通路为：细胞周期信号通路、氨基酸的生物合成通路、p53信号通路和糖酵解/糖异生信号通路。结论:EGFL9可能通过调控TFR2、ANXA1、LC38A2等基因的表达参与肝癌细胞的细胞功能调控，并可能通过调控细胞周期等分子信号通路发挥作用。

溶质载体（SLC）作为氨基酸的转运渠道，存在于各类细胞上，其作用为转运各种氨基酸，为细胞的生长发育提供所需的营养物质。近年来发现的SLC7家族成员中的SLC7A5及SLC7A11基因在各类恶性肿瘤中存在高表达，通过为肿瘤提供所需的氨基酸，促进肿瘤的发生发展。研究显示，上述基因与多种恶性肿瘤均存在相关性，其表达与肿瘤细胞的生长、转移、治疗及预后密切相关。并且，多项研究结果提示SLC7A5及SLC7A11基因可作为恶性肿瘤的治疗靶点应用于靶向治疗。明确上述基因在恶性肿瘤中的表达及临床意义、分子生物学机制以及分子靶向治疗研究的进展，有助于为恶性肿瘤的诊断和治疗提供新的途径。

目的 探讨恩沃利单抗对AGS胃癌细胞增殖、侵袭和迁移的影响及作用机制.方法 体外培养AGS细胞,实验分为恩沃利单抗组(分别含有2.5、5、10、20、40 mg/mL恩沃利单抗的培养液)和对照组(同等体积的生理盐水).细胞计数试剂盒8(CCK8)法检测细胞的活性,Transwell检测细胞的侵袭和迁移,流式检测细胞的凋亡.蛋白质组学检测分析两组差异蛋白和相关信号通路,蛋白印迹对发现的差异蛋白和通路进行验证.结果 与对照组相比,恩沃利单抗组显著降低AGS细胞的存活率(P=0.0060);也能够显著抑制AGS细胞的侵袭和迁移细胞数(P=0.0052),并且可以促进AGS细胞的凋亡(P=0.0030).聚类分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集发现,相比于对照组,恩沃利单抗组中溶质载体家族1成员3(SLC1A3)蛋白的表达显著下调,并与丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)通路相关.蛋白印迹实验显示,加入了恩沃利单抗的AGS细胞中SLC1A3蛋白的表达明显降低(P=0.0041),丝裂原活化的细胞外信号调节激酶(MEK)和细胞外信号调节激酶(ERK)磷酸化的水平也显著降低(P=0.0008).结论 恩沃利单抗可能通过下调SLC1A3的表达,抑制ERK/MAPK信号通路,发挥抑制AGS胃癌细胞生长的作用.恩沃利单抗可能存在多个抗肿瘤作用机制.

目的 分析胃癌组织中磷脂酰肌醇-3-激酶-蛋白激酶B(PI3K-AKT)相关基因的表达及功能,寻找胃癌相关的潜在生物标志物.方法 在癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载胃癌数据,在分子特征数据库(MSigDB)下载PI3K-AKT相关基因集合,使用Wilcoxon检验和倍性变化筛选差异表达基因.通过R包"survival"进行生存分析.使用STRING数据库分析相关蛋白质交互作用(PPI)网络信息.基于Metascape对差异表达基因进行富集分析.应用CIBERSORT算法计算胃癌免疫细胞浸润水平.选取2023年3—5月在河北医科大学第四医院外三科行根治性手术的20例进展期胃癌患者标本,使用Western法检测肿瘤组织和癌旁组织中CXC基序受体4(CXCR4)的表达.结果 基于TCGA数据库,胃癌组织中上调基因10个,分别为溶质载体家族2成员1(SLC2A1)、周期蛋白依赖性激酶2(CDK2)、周期蛋白依赖性激酶1(CDK1)、E2F转录因子1(E2F1)、肿瘤坏死因子受体相关因子2(TRAF2)、tribbles假激酶3(TRIB3)、G蛋白亚基γ转导蛋白1(GNGT1)、成纤维细胞生长因子17(FGF17)、白细胞介素4(IL-4)和CXCR4.下调基因12个,分别为蛋白激酶Cβ型异构体(PRKCB)、双特异性蛋白磷酸酶3(DUSP3)、类钙结合蛋白39(CAB39L)、蛋白激酶AMP激活催化亚基α2(PRKAA2)、腺苷酸环化酶2(ADCY2)、丝裂原活化蛋白激酶10(MAPK10)、细胞周期蛋白依赖性激酶抑制因子1A(CDKN1A)、Toll通路中进化保守的信号传导中间体(ECSIT)、肽基脯氨酰顺/反异构酶-NIMA相互作用1(PIN1)、丙酮酸脱氢酶激酶1(PDK1)、MAPK相互作用的丝氨酸/苏氨酸激酶2(MKNK2)和T细胞淋巴瘤侵袭转移诱导蛋白1(TIAM1).CXCR4基因的表达与患者的预后相关,103例高表达CXCR4患者的3和5年总生存率分别为33.8％和18.8％,303例低表达CXCR4患者的3和5年总生存率分别为51.3％和42.5％,差异有统计学意义(x2=16.60,P<0.001).对CXCR4进行PPI网络显示,其与其他蛋白具有广泛的相互作用.通路富集分析结果显示,在基因本体论(GO)数据库收录的通路中,CXCR4主要与细胞因子介导的信号通路、调节白细胞胞间黏附、正向调节细胞因子产生、调节肽基酪氨酸磷酸化、调节造血功能和调节防御反应密切相关.在京都基因和基因组百科全书(KEGG)数据库收录的通路中,CXCR4主要与趋化因子信号通路、Th17细胞分化、破骨细胞分化、人巨细胞病毒感染、细胞因子-细胞因子受体相互作用密切相关.免疫细胞浸润结果显示,胃癌组织中,CXCR4的表达与初始B细胞浸润呈正相关(r=0.24,P<0.001),与CD8+T细胞浸润也呈正相关(r=0.25,P<0.001).Western blot法检测显示,CXCR4蛋白在胃癌组织中的相对表达水平为1.52±0.27,明显高于其在癌旁组织中的相对表达水平(0.42±0.12;t=17.05,P<0.001).结论 PI3K-AKT相关基因CXCR4在胃癌组织中高表达,且与胃癌患者预后、多种信号通路及初始B细胞和CD8+T细胞浸润相关,是胃癌潜在的生物标志物.

钠离子牛磺胆酸共转运多肽(sodium-taurocholate cotransporting polypeptide,NTCP)缺陷病是一种溶质载体家族 10 成员 1(solute carrier family 10 member 1,SLC10A1)双等位基因突变引起的胆汁酸代谢障碍性疾病,分布具有区域和种族差异,其中SLC10A1 c.800C>T(p.Ser267Phe)是我国的高频突变.NTCP缺陷病患儿主要表现为病理性黄疸,少部分有生长、运动和神经系统发育迟缓的表现,成年患者临床症状和体征不明显,生化检查提示血清总胆汁酸水平升高、部分伴有转氨酶和25-羟维生素D3 水平降低.NTCP缺陷病性高胆汁酸血症需与乙型肝炎病毒感染、丁型肝炎病毒感染、自身免疫性肝炎及妊娠期肝内胆汁淤积症等鉴别,妊娠合并NTCP缺陷病性高胆汁酸血症对母胎的影响迄今少有相关报道.综述NTCP缺陷病的分子遗传机制、临床表现、实验室检查、诊断、治疗及其对母胎的影响,为该病患者的明确诊断和正确干预提供依据.

目的 探讨大黄素对类风湿关节炎(RA)铁死亡相关信号通路介导的骨保护作用机制.方法 除正常组外,使用200μL不完全弗氏佐剂乳化的牛二型胶原构建胶原诱导性关节炎(CIA)大鼠的类风湿关节炎模型.21 d后分为正常组(Normal)、模型组(Model)、甲氨蝶呤组(MTX,0.2 mg/kg,3次/周)、大黄素(Emo)高(80 mg·kg-1·d-1)、低(40 mg·kg-1·d-1)剂量组,10只/组.记录大鼠造模之后的关节炎评分和足趾体积;使用丙二醛(MDA)试剂盒检测组织MDA含量;用番红固绿染色法、苏木精-伊红染色法对踝关节石蜡切片进行染色,光镜下观察大鼠踝关节组织形态学改变;用免疫组织化学法对踝关节切片的基质金属蛋白酶(MMP)3、13进行染色,光镜下观察大鼠踝关节MMPs的表达;Western blot法检测大鼠踝关节组织中长链酯酰辅酶A合成酶4(ACSL4)、溶质载体家族7成员11(SLC7A11)、谷胱甘肽过氧化物酶4(GPX4)、铁蛋白重链1(FTH1)的蛋白质含量.结果 与正常组相比,模型组大鼠的关节炎评分指数、足趾肿胀度增高(P<0.05);软骨表面粗糙,软骨细胞丢失、排列杂乱稀疏;MDA含量和ACSL4的蛋白质含量升高,SLC7A11、GPX4、FTH1的含量降低(P<0.05);踝关节MMP3和MMP13的表达量升高;与模型组相比,MTX组和大黄素(40 mg/kg、80 mg/kg)组的关节炎评分指数、足趾肿胀度降低(P<0.05),软骨表面相对光滑平整,软骨细胞排列整齐,MDA含量升高(P<0.05);MTX组和大黄素高剂量组ACSL4的蛋白质含量降低,SLC7A11、GPX4、FTH1的含量升高(P<0.05).结论 大黄素能有效控制CIA大鼠关节炎症、改善关节骨侵蚀.调节铁死亡相关信号通路ACSL4、SLC7A11、GPX4、FTH1的含量,降低MMP3和MMP13的表达,可能是其抑制RA骨破坏的重要机制和途径之一.

易位子辅助膜蛋白插入内质网膜是膜蛋白质生物生成的关键过程.了解不同类分子插入生物膜的机制是预测溶质分子透膜速度的先决条件,这也是药物设计和药理学领域的关键因素.根据插入机制,可以设计插膜肽直接用于疾病治疗,或者作为载体有选择性地将药物靶向特定细胞.自从2004年第1个易位子通道蛋白(Sec)的晶体结构被解析后,近十几年来大量的实验和理论研究,都在致力于揭示Sec辅助膜蛋白插入过程的分子机制.本文总结了过去该领域的实验和分子动力学模拟研究进展,从热力学方面重点分析了造成膜蛋白插入自由能分子动力学模拟计算值,以及实验值间偏差的原因.其中,根据研究条件精确设置模拟参数、插入造成的膜变形对自由能计算有很大的影响;核糖体为新生肽插入到Sec通道过程提供了能量,核糖体与Sec的结合影响Sec侧门的开放程度和Sec通道的结构,从而降低膜插入自由能.Sec辅助膜蛋白插入是一个极其复杂的过程,但整个过程仍然符合热力学和动力学的基本原理,尽管疏水性是Sec辅助膜蛋白质插入的关键性因素,但也不能忽略动力学因素的影响.

目的 分析溶质载体家族4的硼酸钠转运蛋白成员11 (SLC4A11)和肿瘤蛋白P53在胃癌组织中的蛋白质表达及临床意义.方法 纳入2004年3月至2009年12月在南通大学附属医院普外科行手术治疗的415例胃癌患者,收集其病历资料和胃癌组织标本.另纳入同期在南通大学附属医院普外科行手术治疗的64例非胃癌的胃部疾病患者,收集其病历资料和胃癌前病变组织.将收取的组织制作成组织芯片,采用免疫组织化学染色法检测组织芯片中SLC4A11和肿瘤蛋白P53的蛋白质表达,分析两者与临床病理特征和预后的关系.统计学方法采用卡方检验、单因素和多因素分析.结果 胃癌组织中SLC4A11和肿瘤蛋白P53的蛋白质表达阳性率分别为48.19％(200/415)和34.94％(145/415),分别高于胃癌前病变组织中的17.19％(11/64)和6.25％(4/64),差异均有统计学意义(x2=24.150、59.345,P均＜0.01).SLC4A11蛋白质表达与人类表皮生长因子受体2(Her2)、浸润深度、远处转移和TNM分期相关,差异均有统计学意义(x2=28.056、11.300、8.880、24.943,P均＜0.05);肿瘤蛋白P53的蛋白质表达与浸润深度、淋巴结转移、远处转移、TNM分期和术前癌胚抗原水平相关,差异均有统计学意义(x2=12.333、7.875、9.347、20.307、10.678,P均＜0.05).SLC4A11和肿瘤蛋白P53的蛋白质表达呈正相关(x2=6.237,P=0.013).单因素分析显示,SLC4A11蛋白质表达阳性、肿瘤蛋白P53蛋白质表达阳性、SLC4A11和肿瘤蛋白P53的蛋白质表达双阳性、Her2表达阳性、术前癌胚抗原水平和术前癌抗原19-9水平均与胃癌患者的不良预后相关[风险比(HR)=1.947、1.459、1.797、1.419、2.221、1.908,P均＜0.05];多因素分析显示,SLC4A 11蛋白质表达阳性和TNM分期是判断胃癌患者预后的独立指标(HR=1.954、1.468,P均＜0.05).结论 SLC4A11和肿瘤蛋白P53的蛋白质高表达与胃癌的发生、发展相关,联合检测两者的变化将有助于胃癌的早期诊断,以及评估胃癌患者的预后.

近年来有研究发现,肿瘤细胞中普遍存在镁离子的稳态失衡,镁离子的缺失和补充可以影响肿瘤的发生和发展.镁离子作为细胞内丰富的二价阳离子,其在维持遗传稳定性、新陈代谢、细胞生长增殖和信号转导等生理过程发挥着重要作用.镁离子稳态受多种转运蛋白调控,有关镁离子转运蛋白的表达变化导致镁离子稳态失衡,进而影响肿瘤发生、发展及预后的研究报道已引起广泛关注.本文就镁离子及其相关转运蛋白[镁离子瞬时受体电位通道(transient receptor potential melastatin,TRPM)蛋白、镁离子转运(magnesium transporter,MagT)蛋白、细胞周期素和胱硫醚β-合成酶(cystathionine β-synthase,CBS)结构域金属离子转运介质(cyclin and CBS domain divalent metal cation transport mediator,CNNM)蛋白和溶质载体(solute carrier,SLC)蛋白等]在肿瘤中的相关报道作一综述,旨在探索镁离子及其转运蛋白能否成为肿瘤诊断、治疗及预后的新靶点提供一条新的思路.