目的:应用网络药理学及分子对接的相关理论方法探究姜黄素治疗糖尿病视网膜病变(DR)的作用机制。方法:利用SEA及SwissTargetPrediction数据库在线预测化合物作用的靶点；通过CTD数据库提供与疾病相关的各种靶点；运用Venny数据库映射匹配不同基因，并取二者交集；采用GeneMANIA数据库构造出交集基因的蛋白互作网络图，采用Cystoscape软件进行更精确的分析和可视化，借助WebGestalt数据库进行富集分析，最后利用AutoDock Vina对核心靶点进行分子对接。结果:得到姜黄素作用靶点52个，DR对应的靶点1 599个，共同作用的靶点48个。核心靶点为丝氨酸/苏氨酸－蛋白激酶1(AKT1)、肿瘤坏死因子α(TNF-α)、表皮生长因子受体(EGFR)、信号转导及转录激活因子3(STAT3)以及热休克蛋白90α家族A类成员1(HSP90AA1)。富集分析结果显示，这些靶点主要与EGFR酪氨酸激酶抑制剂耐药性信号通路、缺氧诱导因子1(HIF-1)信号通路、白细胞介素-17(IL-17)信号通路以及晚期糖基化终末产物－晚期糖基化终末产物受体(AGE-RAGE)信号通路等有关。结论:姜黄素可能通过调控多条信号通路来抑制炎症反应和对抗氧化应激等过程，从而发挥治疗DR的作用。

目的:应用网络药理学分析蒲公英-桑叶在急性髓系白血病(AML)发生发展过程的作用,阐明其治疗AML的活性成分和作用机制.方法:通过中药系统药理数据库和分析平台(TCMSP)筛选蒲公英-桑叶的活性成分,采用SwissTargetPrediction数据库预测其作用靶点,在症状映射(SymMap)数据库、人类基因数据库(GeneCards)、DisGeNET数据库和在线人类孟德尔遗传(OMIM)数据库中检索AML相关基因和蛋白靶点.对AML相关基因和蒲公英-桑叶靶基因进行比较,确定富集基因,并进行基因本体论(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析.采用Cytoscape 3.8.0软件根据靶点信息构建药物-有效成分-靶点网络和蛋白-蛋白互作(PPI)网络,采用CytoNCA插件筛选出核心基因,通过AutoDock软件进行分子对接验证.结果:对数据库检索结果进行筛选后得到39种有效成分,收集蒲公英-桑叶与AML的共同靶点148个.GO功能富集分析主要涉及细胞因子介导的信号传导途径、激酶活性正向调节和氧化应激反应等.KEGG信号通路富集分析主要涉及磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K/AKT)信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路和Janus激酶/信号转导和转录激活因子(JAK/STAT)信号通路等.拓扑分析得到信号转导和转录激活因子3(STAT3)、表皮生长因子受体(EGFR)、蛋白激酶B1(AKT1)、重组人表皮生长因子(EGF)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、原癌基因MYC、肿瘤蛋白P53(TP53)、丝裂原活化蛋白激酶3(MAPK3)、含半胱氨酸的天冬氨酸蛋白水解酶3(CASP3)、肉瘤基因SRC、热休克蛋白90α家族A类成员1(HSP90AA1)、连环蛋白B1(CTNNB1)、磷酸肌醇3-激酶催化亚基α(PIK3CA)、白细胞介素6(IL-6)、TNF、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)和磷酸肌醇3-激酶调节亚基1(PIK3R1)等核心靶点.分子对接,结合亲和力最高的配对结果为蒲公英萜醇(taraxerol)与MYC(-8.74 kcal·mol-1),槲皮素(quercetin)、kaemfprol、木犀草素(luteolin)和 artemetin 与各个靶点均有很好的结合亲和力.结论:蒲公英-桑叶主要活性成分quercetin、taraxerol、kaemfprol、luteolin和 artemetin可能通过调控 AKT1、STAT3、HSP90AA1、IL-6 和 MAPK1 发挥抗 AML 的作用,对PI3K-AKT信号通路的调节是蒲公英-桑叶发挥抗AML作用的重要机制.

目的:研究银甲片治疗盆腔炎的有效成分及作用机制.方法:利用超高效液相色谱-四极杆-静电场轨道阱高分辨质谱法(UPLC-Q-Exactive Orbitrap MS),结合文献与对照品比对鉴定银甲片的化学成分.将化学成分和盆腔炎疾病的交集靶点导入String数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;通过DAVID数据库进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;采用Cytoscape 3.9.1 软件构建药材-成分-靶点-通路可视化图;利用Maestro 11.9 软件进行分子对接.结果:从银甲片中共鉴定 58 个化学成分,包含黄酮类、有机酸类、萜类、生物碱类.PPI分析得到类固醇受体辅激活因子(SRC)、热休克蛋白 90α家族A类成员 1(HSP90AA1)、磷脂酰肌醇 3-激酶调节亚基 1(PIK3R1)、信号转导和转录激活因子 3(STAT3)、丝裂原活化蛋白激酶 3(MAPK3)5 个核心靶点;KEGG 结果显示银甲片主要通过磷脂酰肌醇 3-激酶-蛋白激酶 B(PI3K-Akt)、MAPK 等通路发挥作用.分子对接结果表明,木犀草苷、山柰酚、木犀草素、香叶木素等成分与 SRC、HSP90AA1、PIK3R1 等 5 个核心靶点的对接构象稳定.结论:银甲片可能通过木犀草苷、山柰酚、木犀草素、香叶木素、芹菜素等活性成分调控PI3K-Akt、MAPK等通路发挥治疗盆腔炎作用.

目的 基于网络药理学和体外实验探究左归丸作用于头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)的靶点并分析潜在机制.方法 自2022年11月至2023年3月分别通过TCMSP、BATMAN-TCM、GeneCards、CTD、OMIM数据库筛选左归丸的活性成分并筛选左归丸作用于HNSCC的潜在靶点;使用String数据库构建潜在靶点互作网络,并进行多步拓扑分析筛选出核心靶点;使用DAVID和Metascape数据库对潜在靶点进行富集分析;最后运用Auto Dock Vina进行核心成分与靶点的分子对接并通过细胞计数试剂盒(CCK-8)、蛋白质印迹法验证左归丸对HNSCC的治疗作用及机制.结果 左归丸的8种活性成分具有487个药物靶点,其中440个为HNSCC相关基因;两步拓扑结构分析得到表皮生长因子(EGFR)、细胞周期蛋白D1(CCND1)、热休克蛋白90α家族A类成员1(HSP90AA1)、核因子kappa B激酶亚基β抑制剂(IKBKB)和螺旋环螺旋结构域扩散激酶(CHUK)5个核心靶点;富集结果提示左归丸通过影响多种生物学功能和信号通路在HNSCC中发挥作用;分子对接结果显示,左归丸与核心靶点之间结合稳定.体外实验显示,与对照组相比,左归丸处理组显著抑制了WSU-HN6和CAL-27细胞增殖能力(P＜0.001)并且可以降低CCND1,IKBKB和CHUK(P＜0.05)的蛋白表达水平.结论 左归丸能够靶向多条促癌信号通路从而对HNSCC起到抑制作用.

目的 应用网络药理学方法预测去氢骆驼蓬碱(HM)治疗细粒棘球蚴病的作用机制.方法 从中药系统药理学数据库(TCMSP)、瑞士靶点预测数据库(SwissTargetPrediction)、药物银行数据库(Drugbank)获取HM相关基因,在基因卡数据库(GeneCards)、DISGENET数据库、DrugBank数据库获取细粒棘球蚴病的作用靶点,将HM的预测靶点和细粒棘球蚴病相关基因相互映射,得到HM作用细粒棘球蚴病的靶点基因,导入String数据库进行网络拓扑属性分析,筛选重要靶点蛋白,构建蛋白质-蛋白质互作(PPI)和成分-疾病-靶点网络.采用DAVID数据库进行基因本体论(GO)功能分析和Kyoto京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,筛选与DNA损伤相关的基因靶点.采用Autodock Vina软件及Pymol软件对相关靶点进行分子对接验证和展示.将活力不低于98%的细粒棘球蚴随机分为空白对照组、1%DMSO组、25μmol/L HM组、50μmol/L HM组、100μmol/L HM组,采用实时荧光定量逆转录聚合酶链式反应(qRT-PCR)法、免疫印迹(Western blot)法体外验证HM干预细粒棘球蚴肿瘤蛋白P53(TP53)、拓扑异构酶Ⅰ(TopoⅠ)、染色体组蛋白H2A的变异体(H2AX)、共济失调毛细血管扩张突变基因(ATM)mRNA和蛋白表达水平.结果 共获得HM靶点 105个,细粒棘球蚴病相关基因88个,二者共有靶点为 2 个.HM干预细粒棘球蚴病的作用靶点主要有促分裂原活化蛋白激酶 3(MAPK3)、MAPK1、TP53、热休克蛋白90α家族A类成员 1(HSPAA1)、MAPK14、Jun,机制可能涉及MAPK信号通路、受体酪氨酸激酶(ERBB)信号通路、DNA损伤与DNA修复通路、细胞凋亡等过程.体外验证结果显示,与空白对照组相比,25μmol/L HM组、50μmol/L HM组、100μmol/L HM组的TP53,TopoⅠmRNA和蛋白表达均呈下调趋势(P<0.05),H2AX,ATM mRNA和蛋白表达均呈上调趋势(P<0.05).结论 HM可通过多种生物学过程和相关信号途径治疗细粒棘球蚴病,HM参与细粒棘球蚴病DNA损伤与DNA修复信号通路的调控作用,TP53,TopoⅠ,H2AX,ATM均可能是其作用靶点.该研究为进一步阐明HM治疗细粒棘球蚴病的分子机制奠定了基础.

目的 利用网络药理学及分子对接技术探讨白藜芦醇治疗乙型病毒性肝炎相关性肝癌的作用机制.方法 运用Swiss Target Prediction和Target Net数据库预测白藜芦醇的潜在作用靶点;检索GeneCards、OMIM、DisGeNET数据库获取乙型病毒性肝炎相关性肝癌的靶点信息;通过Venny图得到白藜芦醇与乙型病毒性肝炎相关性肝癌的交集靶点.运用STRING数据库构建交集靶点的PPI网络;使用Cytoscape软件进行网络拓扑分析筛选关键靶点;利用Metascape数据库对交集靶点进行基因本体(GO)和京都基因组百科全书(KEGG)通路分析;通过Cytoscape建立"药物-靶点-通路"网络探究白藜芦醇治疗乙型病毒性肝炎相关性肝癌的潜在作用机制.最后通过分子对接明确白藜芦醇与关键靶点的作用机制.结果 预测得到白藜芦醇靶点 496 个,筛选、去重得到疾病靶点 1 018 个,最后得到交集靶点 48 个.排名前 10 位的关键靶点分别为肿瘤坏死因子(TNF)、基质金属蛋白酶 9(MMP9)、表皮生长因子受体(EGFR)、B淋巴细胞瘤-2(Bcl-2)、趋化因子C-X-C-基元受体 4(CXCR4)、热休克蛋白 90α家族A类成员 1(HSP90AA1)、热休克蛋白 90α家族B类成员 1(HSP90AB1)、前列腺素内过氧化物合酶 2(PTGS2)、酪氨酸激酶受体(KDR)、雌激素受体α(ESR1).GO和KEGG富集分析主要指向磷代谢过程、细胞迁移等功能,参与的信号传导通路主要包括癌症中的通路、脂质与动脉粥样硬化、趋化因子信号通路、白细胞介素(IL)-17 信号通路、糖尿病并发症中的晚期糖基化终末产物-晚期糖基化终末产物受体(AGE-RAGE)信号通路;低氧诱导因子(HIF)-1 信号通路等.分子对接结果显示白藜芦醇与关键靶点对接结合能均小于 0.结论 白藜芦醇可能通过TNF、Bcl-2、CXCR4、EGFR等多个靶点,从而调节AGE-RAGE信号通路、IL-17 信号通路等多条信号通路,进而抑制肿瘤细胞增殖、抑制肿瘤血管生成、促进肿瘤细胞凋亡等来发挥治疗乙型病毒性肝炎相关性肝癌的作用.

目的 基于网络药理学和分子对接技术探讨药桑总黄酮治疗肝癌的作用机制.方法 通过中国知网、万方数据知识服务平台、维普中文期刊服务平台、PubMed以及SwissADME等数据库预测并筛选药桑总黄酮活性成分及靶点信息.通过在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)和GeneCards数据库获取肝癌疾病靶点及药桑有效黄酮类成分与肝癌的交集基因,将交集基因导入STRING数据库后构建蛋白质相互作用(PPI)网络,通过Cytoscape 3.9.1软件预测核心蛋白并构建"药物-药效成分-靶点"网络图.通过Metascape数据库和微生信对作用靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析.运用AutoDock-Tools软件将核心成分与关键靶点进行分子对接.结果 药桑有效黄酮类成分共21种,基于主要活性成分筛选获得293个靶点,肝癌疾病靶点8949个,取交集获得270个靶点,其中关键靶点为非受体酪氨酸激酶SRC、磷脂酰肌醇-3激酶调节亚基1(PIK3R1)、磷脂酰肌醇-4,5-二磷酸3-激酶催化亚基α(PIK3CA)、热休克蛋白90α家族A类成员1(HSP90AA1)、蛋白激酶B(AKT)、淋巴细胞特异性蛋白酪氨酸激酶(LCK)、表皮生长因子受体(EGFR)、Janus激酶2(JAK2)、细胞周期蛋白依赖性激酶1(CDK1)、蛋白酪氨酸激酶2(PTK2).飞燕草色素、木犀草素、山奈酚可能是药桑总黄酮治疗肝癌的关键成分.GO功能富集分析显示,交集基因主要参与蛋白质磷酸化、细胞对各物质的反应、酶活性、酶结合、蛋白质结合等.KEGG通路富集分析显示,磷脂酰肌醇-3-激酶(PI3K)/AKT、Ras、erb-b2受体酪氨酸激酶(ERBB)、细胞衰老等信号通路可能是药桑总黄酮治疗肝癌的重要信号通路.结论 药桑总黄酮治疗肝癌的核心靶点是SRC、PIK3R1、PIK3CA、HSP90AA1、AKT等,药桑总黄酮可能通过多靶点、多成分、多途径治疗肝癌.

目的 基于网络药理学方法探讨水蛭素通过干预血瘀证治疗IgA肾病(IgAN)的通路及靶点.方法 通过SuperPred与PALM-IST数据库获取水蛭素潜在靶点,使用Genecards和OMIM获取血瘀证与IgAN的相关靶点.将水蛭素和血瘀证的交集靶点导入String数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络并进行拓扑学分析,以度值排序前10节点为血瘀证相关的水蛭素核心靶点.在Nephroseq数据库中分析水蛭素核心靶点与IgAN患者临床特征的相关性.结果 水蛭素的204个靶点中有41个靶点与血瘀证(1 047个靶点)相关,其中核心靶点为血管内皮生长因子A(VEGFA)、血管性血友病因子、丝氨酸蛋白酶抑制因子肽酶抑制因子、前列腺素内过氧化物合酶、凝血因子Ⅲ、凝血因子Ⅱ(F2)、热休克蛋白90α家族A类成员1(HSP90AA1)、低氧诱导因子1(HIF1A)、基质金属蛋白酶2(MMP2)和雌激素受体1(ESR1).相关性分析结果表明,IgAN患者肾小球中VEGFA、ESR1 mRNA表达与肾小球滤过滤(GFR)呈正相关,HIF1A mRNA表达与GFR呈负相关(均P＜0.05);肾小管间质中VEGFA mRNA表达与血肌酐呈负相关,HIF1A mRNA表达与血肌酐呈正相关(均P＜0.05);血液中HSP90AA1 mRNA表达与血肌酐呈负相关(P=0.006);肾小管中MMP2 mRNA表达与血肌酐呈正相关(P=0.002);血液中F2 mRNA表达与24 h尿蛋白量呈负相关,肾小管间质中ESR1 mRNA表达与24 h尿蛋白量呈负相关(均P＜0.05).结论 VEGFA、F2、HIF1A、HSP9OAA1、MMP2和ESR1是水蛭素干预血瘀证治疗IgAN的关键基因且与临床特征密切相关.

目的 基于网络药理学方法探讨金丝桃苷治疗乳腺癌的靶点及作用机制,并通过体外和体内实验进行验证.方法 通过SwissTarget和TargetNet数据库获取金丝桃苷作用靶点,通过GeneCards数据库获取乳腺癌疾病相关靶点;利用STRING平台构建蛋白质相互作用(PPI)网络;基于肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库分析交集靶点基因与乳腺癌临床表型的关系.采用CCK-8实验及异种移植实验观察金丝桃苷对乳腺癌细胞体外和体内增殖的影响;采用Transwell实验和划痕实验观察金丝桃苷对乳腺癌细胞侵袭和迁移的影响;构建热休克蛋白(HSP)90α家族A类成员(HSP90AA)1 过表达质粒并转染人乳腺癌细胞系MCF-7和MDA-MB-231,观察上调HSP90AA1 表达对乳腺癌增殖、侵袭及迁移的影响.结果 基于网络药理学的分析显示,金丝桃苷作用于乳腺癌的靶点共有包括HSP90AA1 在内的25 个靶点;TCGA数据库的临床数据表明,HSP90AA1 在乳腺癌癌组织中的表达较正常乳腺组织表达明显上调(P<0.05),且其高表达与临床分期晚及预后差密切相关(P<0.05).功能实验中,金丝桃苷显著抑制乳腺癌细胞的增殖、迁移和侵袭(P<0.05),并能明显抑制裸鼠乳腺癌癌移植瘤的生长(P<0.05).金丝桃苷呈剂量依赖性抑制HSP90AA1 蛋白表达(P<0.05),使用HSP90AA1 过表达质粒上调HSP90AA1 表达则明显逆转金丝桃苷的以上抑癌作用(P<0.05).结论 HSP90AA1 在乳腺癌表达上调,并与乳腺癌的不良预后密切相关;金丝桃苷可通过抑制HSP90AA1 抑制乳腺癌增殖、迁移和侵袭.

目的 探讨维药平溃加瓦日西麦瓦日特蜜膏(JMO)治疗慢性浅表性胃炎(CSG)的作用机制.方法 检索TCMSP、BATMAN-TCM等数据库收集并筛选药物活性成分,利用Swiss TargetPrediction预测其作用靶点.检索DisGeNET、GeneCards数据库筛选疾病靶点.通过Venny软件获取交集靶点,通过String数据库构建蛋白相互作用网络,获取JMO治疗CSG的潜在靶点及关键靶点;对潜在靶点进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并采用Cytoscape软件构建中药-成分-靶点-通路网络.采用AutoDock Tools软件对药物活性成分与关键靶点进行分子对接验证.结果 共获得 31 个药物活性成分,197 个作用靶点,802 个疾病靶点,92 个交集靶点.共获得α-丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶、表皮生长因子受体、热休克蛋白90α家族A类成员1等8 个关键靶点.GO功能富集分析结果显示,潜在靶点功能主要集中于维生素D生物合成过程的正调控和骨化二醇 1-单加氧酶活性的正调控;KEGG通路富集分析结果显示,主要涉及肿瘤坏死因子信号通路、NOD样受体信号通路、p53 信号通路等通路.分子对接结果显示,药物活性成分与关键靶点均有一定的结合活性.结论 JMO可能通过其抗感染免疫、抗菌、抗炎作用,减轻幽门螺杆菌感染相关炎性反应,从而治疗CSG.