目的 构建人源R-spondin 2(roof plate-specific spondin 2,RSPO2)的真核表达载体,表达、纯化融合蛋白RSPO2-Fu-Fc,用3C蛋白酶切除Fc结构域后,检测RSPO2-Fu的生物学活性.方法 基于生物信息学方法分析人源RSPO2蛋白的理化性质和结构,筛选获得可在溶液中稳定存在的RSPO2截短蛋白RSPO2-Fu.将编码RSPO2-Fu蛋白的基因亚克隆至pCMV-Fc载体后,将质粒pCMV-RSPO2-Fu-Fc瞬时转染入HEK293F细胞中表达72 h,通过Protein A层析柱纯化融合蛋白RSPO2-Fu-Fc,用3C蛋白酶切去Fc结构域,分子筛进一步提纯获得RSPO2-Fu蛋白.最后,通过M50 Super 8 × TOPFlash检测RSPO2-Fu蛋白的生物学活性.结果 生物信息学分析结果显示,RSPO2全长有243个氨基酸,相对分子质量为28 300,等电点为9.42,为亲水性不稳定蛋白,RSPO2-Fu截短蛋白在溶液中的稳定性得到了极大提高;重组表达质粒pCMV-RSPO2-Fu-Fc经菌落PCR及测序证明构建正确;获得了纯度达95％的RSPO2-Fu蛋白;生物学活性检测结果显示,RSPO2-Fu的EC5.值为1.5× 10-12 mol/L.结论 对RSPO2蛋白适当截短后,可获得稳定表达的RSPO2-Fu蛋白,其对Wnt信号通路有明显激活作用,为Wnt信号通路中RSPO2相关生物学研究提供了更好的参考.

目的 通过生物信息学分析,寻找与银屑病发病密切相关的特征基因,并探寻中药复方对其作用机理.方法 利用中药系统药理学数据库(TCMSP)对健脾解毒汤的药物作用靶点进行研究.通过OMIM数据库、GeneCard数据库以及GEO数据库筛选银屑病的病理靶点;使用R包对基因进行功能注释;从NCBI GEO公共数据库下载银屑病数据集GSE13355的基因表达数据;通过Cytoscape建立"活性成分-靶点"网络;采用WGCNA方法,寻找协同表达的基因模块;利用WGCNA-R包构建数据集中基因的共表达网络;采用CIBER-SORT算法推断22种免疫浸润细胞的相对比例,并进行Pearson相关性分析;通过miRcode数据库获得关键基因相关的miRNA.统计分析采用R语言(version4.2.1)进行.结果 最终得到对应药物靶点共132个,将药物靶点与疾病靶点取交集,得43个交集靶点.GO和KEGG富集分析主要涉及cellular response to chemical stress、response to oxidative stress、gland development、HIF-1、Th17 cell differentiation、PI3K-Akt等信号通路.WGC-NA分析共检测到8个基因模块,其中black模块相关性绝对值最高,将black模块中筛选后得到的912个基因与43个交集靶点取交集,结果显示,ABCC1、BIRC5、PCNA这3个基因均有交集,关键基因与多种免疫细胞显著相关.对关键基因和铁死亡相关基因进行相关性分析,关键靶点的表达水平和铁死亡相关基因的表达水平显著相关.结论 ABCC1、BIRC5、PCNA、AIFM2、BECN1和GPX4在银屑病中具有重要的生物学功能,为今后的新药研发奠定基础.

目的:基于数据库中已鉴定并发表的疾病危险基因，通过生物信息学分析探究烟雾病和烟雾综合征的病理发生机制。方法:在PubMed等公共数据库搜索烟雾病、烟雾综合征基因相关研究，整理已鉴定并发表的疾病相关危险基因。借助网络工具，在基因本体数据库（包括生物学过程、细胞组分和分子功能3大类）、京都基因与基因组百科全书（KEGG）数据库对基因集进行功能富集分析，构建蛋白-蛋白互作（PPI）网络并筛选关键基因。结果:本研究纳入53篇烟雾病研究文献，鉴定126个烟雾病相关危险基因；纳入51篇烟雾综合征研究文献，鉴定出51个烟雾综合征相关危险基因。共计纳入177个疾病相关危险基因。基因本体功能分析：生物学过程主要富集在细胞因子及其介导通路，以及细胞的黏附、分化、迁移等活动；细胞组分主要富集在细胞表面、细胞膜及蛋白复合物、受体复合体等；分子功能主要富集在酶结合、激酶结合、磷酸蛋白结合、受体信号结合、免疫受体活动等。KEGG分析主要富集在癌症信号通路、免疫细胞分化及免疫疾病通路、病毒感染信号通路等，其中MAPK信号代谢通路、Jak-STAT信号代谢通路被显著富集。通过不同算法，在PPI网络筛选出5种关键基因：PTPN11、GRB2、ITGB3、CBL、HIF1A。结论:生物信息学分析为阐述烟雾样血管改变的病理机制提供了新的角度。烟雾病发病机制可能是以基因遗传为背景、多种环境因素共同参与的。

目的 通过机器学习建立并验证阿尔茨海默病(Alzheimer's disease,AD)发病机制中双硫死亡相关基因的表达模式和诊断性生物标志物.方法 从GEO数据库下载GSE33000作为训练数据集,提取双硫死亡相关基因进行分析.通过免疫浸润和GSVA富集分析,比较AD患者和健康对照之间的差异表达基因在不同免疫细胞中的表达情况及其生物学功能.利用共识聚类方法将AD患者分为两个亚组,并对AD组与健康对照组及AD分型亚组进行加权基因共表达网络分析(WGCNA),将两个结果的交集基因作为AD特征基因.通过随机森林模型(RF)和支持向量机模型(SVM)、极限梯度提升算法(XGB)模型和广义线性模型(GLM)构建训练模型,筛选出最相关的5个基因作为诊断性标志物,并在GSE122063数据集中进行验证.结果 在文献中已证实的24个双硫死亡相关基因中,有22个基因在AD发病过程中显著差异表达.免疫浸润分析发现浆细胞、CD8+T细胞、单核细胞可能在双硫死亡调控AD中发挥重要作用.GSVA富集分析结果表明:对比于C1亚组,C2亚组中双硫死亡相关差异表达基因在亨廷顿病、帕金森病和阿尔茨海默病中上调.通过共识聚类方法将AD基因分为两个亚组(C1和C2),通过WGCNA识别显著模块并将结果取交集后获得63个AD特征性基因.训练模型结果显示,SVM模型的残差分布最低,ROC曲线下面积(AUC)值最高(0.946).SVM模型筛选的前5个AD特征基因为PARP10、MAP2K1、PTBP1、PAK1和NMS,并基于此建立AD诊断风险评估列线图.决策曲线和校正曲线分析结果显示该模型预测准确度良好.在GSE122063外部数据集中验证模型准确性,ROC结果显示AUC值为0.788,模型构建成功.结论 双硫死亡在AD的发生和诊断中起重要作用,未来可根据双硫死亡相关基因预测并筛选具有潜在治疗AD作用的药物.

目的:探讨lncRNA相关内源竞争RN A(ceRNA)网络在早发性卵巢功能不全中的作用机制.方法:从Gene Expression Omnibus(GEO)数据库中筛选出两个早发性卵巢功能不全患者的数据集,使用R语言"limma"包筛选出差异表达的lncRNA、miRNA和mRNA.使用Starbase数据库预测与差异lncRNA相互作用的miRNAs,使用TargetScan和miRDB数据库预测与差异miRNAs相互作用的mRNAs,预测的mRNAs与差异mRNAs取交集.根据RNA之间的相互作用关系,建立早发性卵巢功能不全的lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA调控网络.使用Metascape在线工具对ceRNA调控网络中的mRNA进行GO和KEGG功能分析,通过String数据库建立蛋白质相互作用(PPI)网络,利用Cytohubba插件识别PPI网络中的hub基因并构建lncRNA-miRNA-hub基因网络.结果:从早发性卵巢功能不全患者与正常对照组中筛选了 116个差异lncRNAs,22个差异miRNAs和282个差异mRNAs.通过116个差异lncRNAs,利用数据库预测到了 13个差异lncRNAs,7个差异miRNAs和54个差异mR-NAs的相互作用,构建了早发性卵巢功能不全的lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA调控网络.GO和KEGG富集分析结果显示,调控网络中的mRNA参与早发性卵巢功能不全的生物学过程,包括凋亡信号通路、mRNA的代谢过程和cAMP信号通路.通过PPI 网络筛选了 8 个 hub 基因(EIF4ENIF1、SENP1、RBM5、DYNLL2、AGO2、SRSF1、CAPZB、SRSF10),构建了一个 lncRNA-miR-NA-hub基因网络.结论:12个lncRNA通过参与SRSF1等hub基因的表达,调控影响早发性卵巢功能不全的发生、发展.

目的:筛选糖尿病肾病(DKD)小鼠肾脏组织中差异表达的长链非编码RNA(lncRNA)、小RNA(miR-NA),构建lncRNA相关竞争性内源RNA(ceRNA)调控网络.方法:选取 6 只BKS-db/m雄性小鼠为对照组,6 只BKS-db/db雄性小鼠为模型组,模型组构建DKD小鼠模型.处死小鼠后取肾脏组织进行高通量测序,利用DESeq软件筛选两组差异表达的lncRNA、miRNA,使用Miranda软件进行差异表达的miRNA靶基因预测.构建lncRNA相关ceRNA调控网络并进行GO功能富集分析以及KEGG信号通路富集分析.结果:共筛选出DKD小鼠差异表达的lncRNA 1 495 个、差异表达的miRNA 72 个.成功构建由MSTRG.7252.3、MSTRG.10465.2、MSTRG.16253.3等23 个lncRNA、23 个miRNA与2 个mRNA组成,与lncRNA相关的ceRNA网络.GO功能富集分析显示,该网络主要涉及生物学过程、细胞组成和分子功能;KEGG信号通路富集显示,主要与PPAR信号通路、造血细胞谱系、细胞黏附分子、TNF信号通路等有关.结论:成功构建DKD小鼠lncRNA相关的ceRNA调控网络.

目的 基于高通量测序技术探讨荔枝核总黄酮(TFL)对肝纤维化大鼠差异lncRNAs、mRNAs表达的影响及其生物学功能分析.方法 2021年4-7月于广西中医药大学实验动物中心进行实验,建立肝纤维化大鼠模型,将大鼠随机分为对照组(Control,n=6)、模型组(Model,n=7)和荔枝核总黄酮组(TFL,n=7),TFL组大鼠给予TFL 50 mg·kg-1·d-1干预6周.采用HE和Masson染色观察肝脏组织纤维化改变,ELISA法测定血清透明质酸酶(HA)、Ⅳ型胶原(Ⅳ-C)、层黏连蛋白(LN)、Ⅲ型前胶原(PC-Ⅲ),RNA-seq高通量测序技术筛选Model和TFL组差异表达lncRNAs和mRNAs.cis方式预测差异表达lncRNAs靶基因,GO和KEGG对各差异表达lncRNAs靶基因和mRNAs进行生物学功能富集分析.结果 纤维化评分比较,Model组＞TFL组＞Control组(F=14.420,P＜0.001),大鼠血清 HA、LN、Ⅳ-C 和 PC Ⅲ 水平比较,Model 组＞TFL 组＞Control 组(F=47.055、74.655、177.328、54.445,P 均＜0.001).共筛选出Model组与TFL组差异表达lncRNAs 73个(上调43个,下调30个),Model组与TFL组差异表达mRNAs 261个(上调150个,下调111个),采用cis方式共预测到Model与TFL组24个靶基因;差异表达lncRNAs靶基因和mRNAs的生物学富集功能分析显示TFL通过参与昼夜节律、谷胱甘肽代谢泛醌、戊糖磷酸途径等信号通路发挥抗肝纤维化的作用.结论 TFL能够明显改善大鼠纤维化组织病理学形态,降低血清HA、Ⅳ-C、LN、PC-Ⅲ含量,其作用机制可能与调控特定差异lncRNAs和mRNAs表达,参与昼夜节律、谷胱甘肽代谢泛醌、戊糖磷酸途径等信号通路有关.

目的 分析贵州省2016-2022年利福平耐药结核病(rifampicin-resistant tuberculosis,RR-TB)患者治疗延迟现状及其影响因素,为贵州省制定RR-TB防控措施提供依据.方法 从"中国疾病预防控制信息系统"子系统"结核病管理信息系统"中导出贵州省2016-2022年RR-TB患者病案信息,治疗延迟率随时间变化趋势采用趋势x2检验,采用logistic回归模型分析其影响因素.结果 贵州省2016-2022年RR-TB发生治疗延迟患者513例,治疗延迟率为23.29％.2016-2019年患者治疗延迟率呈下降趋势(趋势x2=9.099,P=0.003),2018年治疗延迟率最低,为10.53％;2020-2022年患者治疗延迟率呈上升趋势(趋势x2=5.937,P=0.015),2021年最高为31.62％.在地区分布上,黔南州(50.00％)和毕节市(47.26％)的非流动患者的治疗延迟率位居前列;而遵义市(28.70％)的流动患者治疗延迟率最高.多因素分析结果显示,与流动人口、初治失败、使用分子生物学药敏检测的患者相比,非流动患者(0R=1.496,95％CI=1.198～1.867)、新患者(OR=1.774,95％CI=1.344～2.342)、复发(OR=1.494,95％CI=1.110～2.011)、使用传统药敏检测方法(OR=2.985,95％CI=2.323～3.834)是治疗延迟的危险因素.结论 贵州省2016-2022年RR-TB患者治疗延迟率总体呈下降趋势,但受新型冠状病毒疫情影响仍然较高.建议进一步加强对毕节市等重点地区的防治工作,加强对耐药患者的健康教育,实施以患者为中心的耐药患者关怀服务体系;扩大医保报销范围等,降低患者经济负担;进一步扩大分子生物学检测技术应用,达到全覆盖水平,为患者诊治提供有利条件.

目的 探究微小RNA-135b(miR-135b)对人神经母细胞瘤SH-SY5Y细胞增殖的影响及其分子机制.方法 用简单随机法将SH-SY5Y细胞分为miR-135b模拟物(mimics)组和miR-135b抑制物(inhibitor)组,以及阴性对照NC mimics组和NC inhibitor组并转染,通过实时荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)方法检测各组细胞转染效果,细胞划痕实验、细胞活力检测(CCK-8)、细胞侵袭实验(Transwell?)检测细胞迁移、增殖和侵袭的生物学功能.生物信息学软件预测miR-135b的下游靶基因,双荧光素酶报告实验加以验证.免疫印迹法(Western blot)检测各组叉头蛋白N3(FOXN3)和磷脂酰肌醇-3激酶/蛋白激酶B(PI3K/Akt)通路相关蛋白的表达情况.组间比较用t检验,多组比较用单因素方差分析.结果 miR-135b mimics组的细胞迁移、增殖和侵袭能力高于 NC mimics 组[(28.47±1.10)％比(15.04±1.38)％,t=10.70,P＜0.01;1.97±0.11 比1.47±0.10,t=5.79,P＜0.05;265.00±21.93 比 204.56±29.54,t=2.85,P＜0.05];miR-135b inhibitor组的细胞迁移、增殖和侵袭能力低于NC inhibitor组[(7.67±1.24)％比(14.06±2.92)％,t=2.80,P＜0.05;1.04±0.08 比 1.49±0.12,t=5.39,P＜0.05;75.89±3.00 比 201.11±19.78,t=10.84,P＜0.01].生物信息学软件预测发现FOXN3是miR-135b的靶基因之一,双荧光素酶报告基因实验证实.Western blot示miR-135b mimics组的FOXN3表达低于NC mimics组(0.35±0.15 比 0.82±0.07,t=4.96,P＜0.01),PI3K、p-Akt/Akt 表达高于 NC mimics 组(1.50±0.18 比 0.85±0.05,t=5.31,P＜0.01;1.19±0.08 比 0.89±0.02,t=5.53,P＜0.01);miR-135b inhibitor 组的 FOXN3 表达高于 NC inhibitor 组(1.97±0.09 比 0.75±0.10,t=2.78,P＜0.05),PI3K、p-Akt/Akt 表达低于 NC inhibitor组(0.77±0.11 比 1.03±0.07,t=4.58,P＜0.05;0.64±0.01比 0.82±0.07,t=4.43,P＜0.05).结论 miR-135b 可能通过靶向结合 FOXN3 激活 PI3K/Akt 信号通路促进人神经母细胞瘤细胞增殖.

目的:分析急性髓系白血病伴骨髓增生异常相关(AML-MR)患者的临床和遗传学特征并进行预后风险分层评估,以指导临床治疗决策并提高对疾病发生发展及其生物学特征的认识.方法:对307例诊断为AML-MR患者的细胞和分子遗传信息进行分析,诊断依据包括临床病史、骨髓形态学、细胞遗传学异常和分子遗传学异常.根据2022年ELN指南进行风险分层评估.结果:57例(18.6％)患者根据形态学和病史符合AML-MR诊断标准,110例(37.2％)患者根据细胞遗传学结果符合AML-MR诊断,210例(74.5％)根据分子检测结果符合AML-MR诊断.各分子突变类型中以ASXL1突变最为常见,其次是SRSF2和BCOR突变.除2例资料不全不能分类者,305例可分类患者中263例(86.2％)归为预后不良组;20例(6.6％)归为预后良好组;其它22例(7.2％)归为预后中等组.结论:分子遗传信息在AML-MR的诊断中起着至关重要的作用,凸显了遗传学在诊断和预后中的重要价值.大多数AML-MR患者属于预后不良类别,需要早期采用强化和靶向治疗以改善生存结果.