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CRISPR/Cas系统中工程化gRNA技术的研究和应用
编辑人员丨4天前
CRISPR/Cas是原核生物在进化过程中获得的一种免疫防御系统,用于抵抗外来遗传物质的入侵,近年来被开发成为高效的基因编辑、基因调控以及分子诊断工具.其可编程靶向机制揭开了利用该系统进行基因组操作的序幕,并允许在活性范围内实现动态调节和控制基因表达.作为现有基因修饰手段中灵活性最强和成本最低的技术之一,已被广泛应用于临床疾病治疗、工农业生产、可持续染料开发和化学品加工等领域.随着对CRISPR/Cas系统的不断深入挖掘和探索,大量研究报道了 gRNA工程改造及优化方法,包括改变间隔序列长度、调节恒定区和可变区的结构、向末端或中间延伸添加额外功能序列及化学合成修饰等,以期降低脱靶突变率,提高作用效率,充分激发CRISPR基因操纵工具在生物医学方面的潜力.基于此,本综述将介绍CRISPR/Cas9和CRISPR/Cas12系统中gRNA工程化设计方法及应用研究的最新进展,分析探讨了当前工程化gRNA技术面临的机遇和挑战,旨在为获得性能更加优异的gRNA提供思路和方向,从而提高利用CRISPR/Cas系统探测人类细胞基因组的能力,进一步为可编程生物学带来更多可能性.
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编辑人员丨4天前
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基于深度学习超声组学列线图评估浸润性乳腺癌侵袭转移的价值
编辑人员丨4天前
目的 探讨深度学习超声组学列线图评估浸润性乳腺癌侵袭转移生物学特性指标的价值.资料与方法 回顾性收集2021年1月—2022年12月茂名市人民医院180例经病理证实浸润性乳腺癌患者的超声影像资料,且病理报告了淋巴结转移(LNM)或淋巴血管间隙浸润(LVSI)或神经侵犯(PNI)状态,依据LNM/LVSI/PNI状态,3个指标均以8∶2划分为训练队列和验证队列.基于Pyradiomics影像组学和ResNet50深度学习提取器分别提取1 316个影像组学特征和2 048个深度学习特征.采用随机森林机器学习算法开发评估模型,并计算模型评分.基于影像组学和深度学习模型评分开发深度学习超声组学列线图.使用受试者工作特征曲线评估模型的性能,Delong检验分析不同模型的性能差异.结果 在LNM、LVSI、PNI状态评估中,所有队列列线图曲线下面积均表现中度以上评估性能(≥0.73),准确度均>0.70,LNM评估中,训练队列的曲线下面积为0.97,准确度为0.93,敏感度为0.88,特异度为0.96.Delong检验显示列线图评估性能在训练队列中优于影像组学模型(LNM,Z=2.04,P=0.04;LVSI,Z=2.80,P=0.01;PNI,Z=3.52,P<0.01),优于或与深度学习模型相似(LNM,Z=4.52,P<0.01;LVSI,Z=1.86,P=0.06;PNI,Z=0.31,P=0.76).结论 深度学习超声组学列线图可有效评估浸润性乳腺癌侵袭转移生物学特性指标.列线图整合影像组学与深度学习特征信息提高了评估性能.
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编辑人员丨4天前
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基于网络药理学初探EGFR突变非小细胞肺癌与TKI相关皮疹的关联机制及潜在中药预测
编辑人员丨4天前
目的 基于网络药理学初探表皮生长因子受体(EGFR)突变非小细胞肺癌(NSCLC)与酪氨酸激酶抑制剂(TKI)相关皮疹间的关联机制并预测潜在中药.方法 利用基因表达汇编数据库收集使用TKI厄洛替尼处理前后EGFR突变NSCLC细胞、正常成纤维细胞的基因芯片数据,用R 4.3.2软件limma包筛选差异表达基因,用venn包筛选交集靶基因,用ClusterProfiler包对差异表达基因及交集靶基因进行功能富集分析.通过CoreMine Medical数据库对交集靶基因进行潜在中药预测,统计性味归经,并利用分子对接方法进行验证.结果 筛选出 126个交集靶基因,基因本体、京都基因与基因组百科全书富集分析提示差异表达基因及交集靶基因均富集在染色体、纺锤体等区域,参与有丝分裂、DNA复制等生物学过程及DNA复制、溶酶体、细胞循环等相关信号通路.基因集富集分析显示厄洛替尼处理后,NSCLC细胞的趋化因子通路、核苷酸结合寡聚域样受体信号通路等被激活,成纤维细胞哺乳动物雷帕霉素靶蛋白信号通路、氨基酸代谢通路出现扰动.通过CoreMine Medical数据库预测了354种主要性属寒、温、平,味属苦、辛、甘,归胃、肺、肝经的中药.以黄芩为例筛选有实验支持的靶基因及对应活性成分并进行分子对接分析,发现靶基因与活性成分结合性能好.结论 EGFR突变NSCLC、TKI相关皮疹在发病机制上具有同源性,均涉及DNA复制、细胞循环等,可为EGFR突变NSCLC伴TKI相关皮疹患者的临证用药提供指导.
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编辑人员丨4天前
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血浆基质制品的前世今生
编辑人员丨4天前
血浆基质制品生物活性良好,因其来源于自身,少见不良反应,已被广泛应用于组织再生领域。随着生物医学及材料学的发展,血浆基质制品经历了不同的发展阶段,其制备方式、产物特征、生物学性能都发生了巨大变化。本文通过总结过往研究,系统介绍了血浆基质制品的发展演化历程、理论基础、产物特性及具体成分,并为其在口腔临床中的应用提供参考。
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编辑人员丨4天前
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血浆甲氧基去甲肾上腺素候选参考方法的建立及其在室间质量评价计划中的应用
编辑人员丨4天前
目的:建立同位素稀释液相色谱串联质谱法(ID-LC/MS/MS)测定人血浆甲氧基去甲肾上腺素的候选参考方法,并对方法性能进行评价。采用该方法对室间质量评价计划样品进行定值,初步评价血浆甲氧基去甲肾上腺素的检测现状。方法:采用甲氧基去甲肾上腺素同位素标准溶液为内标,重量法进行取样,标准曲线法进行定量;采用蛋白沉淀结合弱阳离子固相萃取进行前处理,采用超高液相色谱耦联三重四极杆质谱仪进行液质联用分析。根据相关EP文件对方法的特异性、基质效应、检测限、定量限、精密度、正确度和不确定度等性能指标进行了评价。采用该方法对2020年国家卫生健康委临床检验中心甲氧基去甲肾上腺素室间质量评价计划样品进行定值,以该定值结果为靶值,生物学变异最佳可允许总误差标准为评价限,对实验室的检测质量进行评价。结果:方法特异性良好,干扰物和基质效应均不影响检测结果。血浆甲氧基去甲肾上腺素测定的检测限及定量限分别为1.08 pg/g和3.54 pg/g,批内变异系数( CV)和批总 CV分别为0.43%~1.10%、0.61%~1.42%,相对回收率为98.5%~101.9%,4种血浆样品的相对扩展不确定度分别为3.10%、2.34%、2.16%、1.73%。室间质量评价计划结果显示,实验室测定202013和202014样品的及格率分别为80%和85%。 结论:本研究建立了ID-LC/MS/MS测定人血浆甲氧基去甲肾上腺素的候选参考方法,方法准确、精密、简便,有望作为血浆甲氧基去甲肾上腺素测定的参考方法,可应用于室间质量评价计划样本的定值。
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编辑人员丨4天前
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低危初产妇阴道试产失败风险预测模型的系统评价
编辑人员丨4天前
目的:系统评价低危初产妇阴道试产失败风险预测模型,为临床实践及未来研究提供参考。方法:聚焦低危初产妇阴道试产失败风险预测模型,检索中国知网、万方数据库、中国生物医学文献数据库、PubMed、Embase、Cochrane Library、CINAHL、Web of Science等数据库中与低危初产妇阴道试产失败风险预测模型有关的文献,检索时限均为建库至2023年9月20日,由2名研究员独立筛选文献、提取资料并评价纳入研究的偏倚风险。结果:共纳入10篇文献,涉及14个模型,其中12个模型采用Logistic回归分析建模,模型的受试者工作特征曲线下面积为0.680~0.847。模型常见预测因素包括孕妇年龄、孕妇身高、孕前体重指数、孕期增重、孕周、胎儿出生体重、引产方式、胎儿生物学测量值、临产前宫颈Bishop评分等。结论:低危初产妇阴道试产失败风险预测模型的预测性能较好,但模型构建方式较为单一,整体偏倚风险较高,需要借助机器学习、人工智能等手段进一步优化模型,并进行广泛的外部验证。
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编辑人员丨4天前
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基于凋亡相关长非编码RNA的肺腺癌预后风险模型的构建与验证
编辑人员丨4天前
目的:检测凋亡相关长非编码RNA(lncRNA)对肺腺癌(LUAD)预后的预测能力,并探讨其分子机制。方法:从癌症基因组图谱(TCGA)数据库和高通量基因表达数据库(GEO)分别下载535例和125例LUAD患者转录组和临床信息,筛选出与161个凋亡基因高度相关的lncRNA。通过Cox回归和lasso分析获取预后相关lncRNA并构建预测模型,并验证模型的稳定性。通过肿瘤突变负荷(TMB)、药物敏感性、免疫细胞相关性和基因集变异分析探讨该模型可能的生物学途径及潜在的分子机制。结果:研究构建一个由19个凋亡相关的lncRNA组成的LUAD预后预测模型。通过模型风险评分可将LUAD患者分为高低风险组,高评分与患者总生存率呈负相关( P<0.05)。训练集和测试集中1、3、5年的受试者工作特征曲线下面积(AUC)均>0.7。该评分与患者的临床指标如总分期[Ⅰ/Ⅱ/Ⅲ+Ⅳ分别为-0.069(-0.256,0.169)比0.063(-0.156,0.309)比0.099(-0.099,0.463), H=16.9, P<0.01]、T分期[T1/T2/T3+T4分别为-0.083(-0.389,0.130)比0.037(-0.165,0.282)比0.180(-0.066,0.392), H=20.8, P<0.01]和N分期[N0/N1/N2+N3分别为-0.055(-0.252,0.201)比0.043(-0.143,0.357)比0.119(-0.064,0.457), H=13.1, P<0.01]成正相关,可作为LUAD的独立预后因素(风险比=3.402,95%可信区间:2.338~4.952, P<0.01)。高评分组患者对Gefitinib的药物敏感性高于低评分组[2.168(2.101,2.239)比2.204(2.153,2.251), Z=11.60, P<0.01],同时对Dasatinib[0.989(0.353,2.056)比1.463(0.809,2.402), Z=11.60, P<0.01]以及Imatinib[4.925(4.873,4.971)比4.937(4.892,4.972), Z=10.60, P<0.05]的药物敏感性也高于低评分组。评分影响肿瘤免疫细胞含量。高风险组TMB高于低风险组[6.105(2.395,12.421)比4.342(1.579,10.237), Z=8.41, P<0.05],且主要富集glycolysis,myc targets v1和mtorc1 signaling等信号通路。 结论:建立基于凋亡相关lncRNA的LUAD预后模型,并验证了该模型的性能。
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编辑人员丨4天前
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负载万古霉素多聚乳酸-聚乙二醇-多聚乳酸抗菌温敏水凝胶的制备及性能
编辑人员丨4天前
目的:制备缓释万古霉素的多聚乳酸-聚乙二醇-多聚乳酸(PLGA-PEG-PLGA)温敏水凝胶,探讨其理化性能、生物学性能和抗菌性能。方法:PLGA(1 500~2 000)-PEG (1 000~1 500)-PLGA(1 500~2 000)多聚物溶液在4 ℃下孵育7 d,充分溶解后在37 ℃水浴中放置10 min成胶并负载万古霉素。冻干脱水48 h后利用扫描电镜观察其微观结构。在37 ℃、60 r/min条件下利用紫外-可见光谱分析绘制其体外降解曲线及药物释放曲线。以二甲基亚砜(DMSO)作为阳性对照,利用噻唑蓝(MTT)法检测本材料细胞相容性。在37 ℃、120 r/min条件下检测其抗菌效果。两组间比较采用独立样本 t检验,多组间比较采用单因素方差分析。 结果:抗菌水凝胶扫描电镜结果显示,PLGA-PEG-PLGA抗菌温敏水凝胶具有疏松多孔的微观结构,载药前[(53.77±31.20) μm、后孔隙尺寸[(50.42±27.60) μm]差异无统计学意义( t=0.255, P>0.05);体外降解时长30 d;空载水凝胶组[(96.41±2.41)%]、载药水凝胶组细胞活性[(96.98±2.26)%],与DMSO组[(37.64±2.69)%]差异有统计学意义( F=1 727.784, P<0.05);药物释放实验证实万古霉素可以持续释放30 d;抗菌实验结果表明,载药水凝胶可以对金葡菌提供长达72 h的抗菌效果。 结论:PLGA-PEG-PLGA温敏型水凝胶是一种较理想的抗生素载体,无细胞毒性,能够长效缓释负载的抗生素,具有潜在的临床应用价值。
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编辑人员丨4天前
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一种新型脉冲神经元模型及其网络的研究
编辑人员丨4天前
目的:提出一种新型脉冲神经元模型及其网络,描述其建模方法,并用计算机模拟验证其性能。方法:在充分考虑生物学适应性(激活电位阈值和不应期开关),及其对尖峰放电脉冲产生及其传导的动态调节机制基础上,在新型脉冲神经元模型中引入了突出后电位多通道滤波器,实现了输出电流及神经元突触强度的动态调节。提出基于自适应最小均方(LMS)的误差反向传播(BP)学习算法,并将其应用于尖峰放电神经网络的调节。结果:在自发噪声下,新型脉冲神经元模型的尖峰放电间期信号直方图满足泊松分布。通过2个新型脉冲神经元的简单连接,可以形成多种复杂的尖峰放电模式。新型脉冲神经元模型具有自发本征噪声的特征,能够形成复杂的周期尖峰放电模式。对于输入噪声控制,该模型的不应期与门限电位适应性参数的稳定性较好。刺激电流-尖峰放电脉冲频率间的线性关系较好。结论:所提出的新型脉冲神经元模型在自发噪声条件下能产生多种模式的振荡和相干振荡,这与生物神经元极其相似,能实现复杂的噪声信号处理。所采用的具有不同频带的多通道突触后电位滤波器,能使一些突触后电位信号变得平稳。所提出的基于于自适应LMS的BP学习算法克服了尖峰放电信号的瞬态变化特性导致的误差驱动学习算法无法应用的问题。
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编辑人员丨4天前
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自身免疫性胶质纤维酸性蛋白星形细胞病1例报道并文献复习
编辑人员丨4天前
自身免疫性胶质纤维酸性蛋白(glial fibrillary acidic protein,GFAP)是构成星形胶质细胞内中间丝蛋白的主要成分,具有多种生物学功能,如维持星形胶质细胞形态稳定,参与血脑屏障形成,调节突触功能等 [1]。自身免疫性GFAP星形细胞病以亚急性或隐匿性起病,容易被误诊为感染、变性、脱髓鞘、肿瘤或血管疾病。GFAP IgG由外周和中枢神经系统浸润性淋巴细胞产生,被认为是自身免疫性GFAP星形细胞病的生物标志物,其在血清或者脑脊液(cerebrospinal fluid,CSF)中阳性能将自身免疫GFAP星形细胞病与其他需要鉴别诊断的疾病区分开 [2]。笔者现报告南京医科大学附属脑科医院神经内科收治的1例曾被误诊为"结核性脑膜脑炎"的自身免疫性GFAP星形细胞病患者的临床特征、实验室检查、影像学特征、治疗及预后等资料,并结合相关文献进行复习,以提高临床对其的认识及其个体化治疗的重视。
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编辑人员丨4天前
