-
热休克相关蛋白HSPH1在宫颈癌组织中的表达及其与预后的相关性分析
编辑人员丨6天前
目的:分析热休克蛋白家族 H(Hsp110)成员 1[heat shock protein family H(Hsp110)member 1,HSPH1]在宫颈癌组织中的表达及其与预后的相关性.方法:收集2018年2月至2021年1月首次确诊的60例宫颈癌患者的癌组织和相邻非癌组织.通过qRT-PCR检测HSPH1表达,分析其与肿瘤标志物、宫颈癌病理特征之间的关系,并通过Cox回归模型确定3年生存的独立预后因子.利用时间依赖性受试者工作特征(ROC)曲线评估HSPH1预测1年、2年和3年生存的临床价值,并通过外部数据库和细胞实验验证结果.结果:HSPH1在临床样本和GSE29570数据库宫颈癌组织中均呈高表达(P<0.05),且与CA125、CA19-9、CEA和SCCA呈正相关(均r>0,P<0.05).高表达组(≥1.57)肿瘤大小≥4 cm、FIGOⅢ~Ⅳ期、淋巴结转移及淋巴血管空间侵犯比例均高于低表达组(P<0.05).TCGA数据库和临床样本分析显示,高表达组患者生存率显著低于低表达组(P<0.01).多因素Cox回归分析显示,HSPH1<1.57(HR=0.299,P=0.039)和无淋巴结转移(HR=0.245,P=0.003)是独立预后因子.HSPH1预测1年、2年和3年生存的曲线下面积分别为0.82、0.85和0.88.结论:HSPH1在宫颈癌组织中的高表达与患者较差的预后之间存在显著相关,HSPH1可作为宫颈癌预后评估和治疗靶点的潜在生物标志物.
...不再出现此类内容
编辑人员丨6天前
-
circ_0003926对食管鳞状细胞癌的调控作用及临床意义
编辑人员丨6天前
目的 探讨circ_0003926在食管鳞状细胞癌(ESCC)中的作用机制及临床意义.方法 收集2022-05-01-2023-01-30在华北理工大学附属医院就诊的60例ESCC患者及同时期体检的年龄相仿、性别相同的60名健康者血浆标本.荧光原位杂交实验检测circ_0003926和miR-139-3p在ESCC组织芯片表达水平,并分析其临床相关性.采用San-ger测序和背靠背实验以及核糖核酸外切酶(Rnase R)实验验证circ_0003926环状结构和稳定性.采用实时荧光定量聚合酶链式反应(qRT-PCR)检测circ_0003926和miR-139-3p在ESCC细胞系和血浆中表达水平.应用细胞计数试剂盒8(CCK8)法、克隆形成实验、Trans well侵袭迁移实验和划痕实验及流式细胞术分别检测circ_0003926和miR-139-3p对ESCC细胞增殖、克隆、侵袭、迁移和凋亡的影响,双荧光素酶报告基因实验和qRT-PCR验证circ_0003926与下游miR-NAs结合.裸鼠皮下移植瘤实验检测circ_0003926对移植瘤生长的影响.结果 Sanger测序、背靠背和Rnase R实验验证了 circ_0003926的环状结构.荧光原位杂交结果显示,circ_0003926在癌及癌旁组织中表达水平分别为18.00±5.10 和 11.80±4.22(t=8.792,P<0.001);miR-139-3p 的表达水平分别为 18.26±2.81 和 26.23±2.97(t=17.713,P<0.001).circ_0003926高表达与临床分期(x2=5.312,P=0.021)有关联,与生存率也有关联(x2=9.501,P=0.002);miR-139-3p表达水平与淋巴结转移(x2=4.114,P=0.043)和病理分级(x2=4.267,P=0.039)有关联.qRT-PCR结果显示,在ESCC患者血浆和健康者血浆中,circ_0003926的表达水平分别为3.54±2.15和1.03±0.05(t=6.993,P<0.001);miR-139-3p 的表达水平分别为 0.36±0.17 和 1.03±0.03(t=27.001,P<0.001).与正常细胞系HEEC相比,circ_0003926在ESCC细胞系中的表达水平升高(F=281.577,P<0.001),而miR-139-3p表达水平下降(F=87.034,P<0.001).敲低circ_0003926后,KYSE-150和KYSE-410细胞的增殖、迁移和侵袭能力下降,凋亡水平升高(均P<0.05).抑制miR-139-3p的表达可以逆转抑制circ_0003926表达后对细胞增殖、凋亡、迁移和侵袭能力的作用(均P<0.05).裸鼠皮下移植瘤实验结果显示,si-circ_0003926组的肿瘤体积和体质量小于si-NC组,10 d~28 d差异均有统计学意义,均P<0.001,及si-circ_0003926+antagomiR-NC组的肿瘤体积和体质量小于si-circ_0003926+an-tagomiR-139-3p组,10 d~28 d差异均有统计学意义,P<0.001.结论 circ_0003926在ESCC组织、血浆和细胞中均高表达,通过miR-139-3p调控ESCC的进展,有可能成为ESCC诊断、治疗和预后的一种新的生物标志物.
...不再出现此类内容
编辑人员丨6天前
-
miRNA-153-5p通过靶向TFRC调控巨噬细胞极化在病毒性心肌炎中的作用
编辑人员丨6天前
目的:探讨miRNA-153-5p调控巨噬细胞极化在病毒性心肌炎(VM)中的作用.方法:建立VM小鼠模型,提取心脏,RT-qPCR检测心肌组织miRNA-153-5p的表达,HE染色观察心脏炎症程度,ELISA检测小鼠血清肌钙蛋白cTnI的水平,流式细胞术检测心脏浸润巨噬细胞表型.体外分离BMDMs诱导为M1/M2 型巨噬细胞,过表达和抑制miR-153-5p,RT-qPCR检测M1/M2 标志物iNOS、IL-12、TNF-α、Arg1、YM-1、FIZZ1 的表达.生物信息学软件预测结合双荧光素酶实验验证miR-153-5p与转铁蛋白受体(TFRC)的靶向关系.结果:miR-153-5p在CVB3 感染7d的VM小鼠心脏组织中表达明显增加(P<0.05).体内实验中抑制miR-153-5p表达能减轻VM小鼠心脏的病变程度,改善心脏功能(P<0.01).抑制miR-153-5p表达能够促进小鼠心脏浸润的巨噬细胞向M2 极化(P<0.01).体外实验中,较之M2,miR-153-5p在M1 巨噬细胞中表达升高(P<0.01).过表达miR-153-5p促进巨噬细胞向M1 极化,抑制miR-153-5p表达则促进巨噬细胞向M2 极化(P<0.01).TFRC是miR-153-5p的靶基因,抑制miR-153-5p表达可上调TFRC的mRNA和蛋白水平(P<0.01).结论:miRNA-153-5p通过靶向TFRC调控VM小鼠心脏浸润巨噬细胞的极化.
...不再出现此类内容
编辑人员丨6天前
-
碳黑纳米颗粒诱导人支气管上皮细胞炎症反应中环状RNA的表达改变
编辑人员丨6天前
目的:探索碳黑纳米颗粒(CBNPs)对人支气管上皮细胞(16HBE细胞)的毒性效应,并根据全转录组高通量测序对差异表达的环状RNA进行筛选与鉴定,为CBNPs暴露的生物标志物研发与其在表观遗传毒理学的应用提供依据。方法:于2020年6月,用20、40和80 μg/ml浓度的CBNPs对16 HBE细胞进行染毒处理,以不加任何干预的16HBE细胞作为对照组,通过CCK8与乳酸脱氢酶(LDH)实验检测CBNPs细胞毒性。实时荧光定量PCR(qRT-PCR)及ELISA法检测各浓度CBNPs染毒72 h后白细胞介素-6(IL-6)和白细胞介素-8(IL-8)mRNA及蛋白水平改变,Western blot检测核因子-κB(NF-κB)相关炎性蛋白[Toll样受体4(TLR4)、磷酸化核因子-κB(P-NF-κB)、凋亡相关斑点样蛋白(ASC)和天冬氨酸蛋白水解酶1(Caspase-1)]的表达水平;根据高通量测序结果筛选并通过qRT-PCR鉴定差异表达的circRNA,选择稳定差异表达且与NF-κB通路关联性最强的circRNA进行环状性能鉴定。结果:与对照组比较,40、80 μg/ml CBNPs暴露72 h后16HBE细胞细胞活力明显下降,20、40、80 μg/ml CBNPs暴露72 h后16HBE细胞LDH释放量明显上升( P<0.05)。与对照组比较,不同浓度CBNPs暴露72 h后16HBE细胞IL-6、IL-8 mRNA表达水平均增加,IL-6、IL-8蛋白水平均增高,TLR4、P-NF-κB、ASC、Caspase-1蛋白水平均明显上调,差异均有统计学意义( P<0.05)。与对照组比较,共有492个差异性表达的环状RNA(|log 2 FC|>1),在验证出的5个差异表达( P<0.05)的环状RNA中,选择circ_002642作为后续环状RNA研究对象,80 μg/ml CBNPs暴露72 h后16HB细胞的circ_002642明显高表达( P<0.05)。 结论:CBNPs可引起16HBE细胞炎症反应并诱导炎症反应环状RNA的差异性表达。
...不再出现此类内容
编辑人员丨6天前
-
基于GEO数据库呼吸机相关性肺损伤小鼠基因芯片数据的生物信息学分析及关键基因验证
编辑人员丨6天前
目的:利用生物信息学方法挖掘呼吸机相关性肺损伤(VILI)小鼠的差异表达基因(DEG),并通过构建VILI小鼠模型对关键基因进行验证。方法:①实验1(生物信息学分析):从基因表达数据库(GEO)下载VILI与自主呼吸对照组小鼠的肺组织基因芯片数据GSE9368和GSE11662,通过统计分析获得DEG,运用韦恩图获得两个数据的共同DEG,然后使用DAVID在线数据库对共同DEG进行基因本体(GO)功能注释和京都基因与基因组百科(KEGG)通路富集分析,最后利用基因与蛋白质相互作用检索在线数据库(STRING)对共同DEG进行基因编码蛋白相互作用(PPI)分析,并运用CytoScape软件、分子复合物检测分析插件(MCODE),以及CytoHubba插件中最大团中心性(MCC)、最大邻居连通度(MNC)与度(degree)算法进行拓扑分析,筛选出关键基因。②实验2(相关基因编码蛋白验证):构建C57BL/6小鼠大潮气量(20 mL/kg)VILI模型,并设自主呼吸对照组。取小鼠肺组织进行苏木素-伊红(HE)染色,观察肺组织病理学改变;并对实验1中筛选出的关键基因编码蛋白进行免疫组化验证。结果:①实验1结果:GSE9368数据中筛选出114个DEG,其中上调99个,下调15个;GSE11662数据中筛选出258个DEG,其中上调188个,下调70个;获得共同DEG 66个,其中上调61个,下调5个。GO功能注释结果表明,共同DEG参与炎症反应、免疫应答、白细胞及中性粒细胞趋化浸润等过程;KEGG通路富集分析提示共同DEG主要富集于细胞黏附、细胞因子-细胞因子受体相互作用及肿瘤坏死因子(TNF)信号通路等。通过STRING及CytoScape构建差异基因PPI网络图和重要子模块,并获得拓扑分析MCC、MNC及degree算法得出的交集基因,分别为细胞因子信号转导抑制因子3(SOCS3)、白细胞介素-1β(IL-1β)、基质金属蛋白酶-9(MMP-9)、整合素Itgam、CXC型趋化因子配体2(CXCL2)、CXC型趋化因子受体2(CXCR2)、L-选择素Sell及CC型趋化因子受体1(CCR1)。②实验2结果:构建大潮气量VILI小鼠模型结果显示,与自主呼吸对照组相比,机械通气结束后0 h小鼠肺组织有所损伤;通气结束后6 h肺组织结构受损明显,肺泡腔可见不同程度出血和塌陷,肺泡壁明显增厚,肺泡腔及间质还可见炎症细胞浸润。对拓扑分析交集前3位基因IL-1β、SOCS3、MMP-9的编码蛋白进行免疫组化染色,结果显示,随通气时间延长,小鼠肺组织中IL-1β、SOCS3、MMP-9蛋白表达逐渐上调,6 h时与自主呼吸对照组比较差异均有统计学意义〔IL-1β(积分 A值):8.40±2.67比5.10±0.94,SOCS3(积分 A值):9.74±1.80比5.95±1.31,MMP-9(积分 A值):11.45±6.20比5.36±1.28,均 P<0.05〕。 结论:基于GSE9368和GSE11662数据的生物信息学分析发现,VILI与炎症损伤、细胞因子及免疫细胞浸润相关;IL-1β、SOCS3、MMP-9蛋白可能为VILI生物标志物。
...不再出现此类内容
编辑人员丨6天前
-
原发性干燥综合征患者外周血环状RNA hsa_circ_0019413的表达研究
编辑人员丨6天前
目的:探讨pSS患者外周血中环状RNA(circRNA)hsa_circ_0019413的表达,以及在pSS疾病发生发展中的作用。方法:对4例pSS患者和4名健康对照者的外周血的circRNA变化进行微阵列筛选。以实时定量反转录-PCR(qPCR)验证30例pSS患者和30例对照者外周血中circRNA hsa_circ_0019413的表达差异。建立受试者工作特征曲线(ROC曲线),对外周血中circRNA hsa_circ_0019413的潜在诊断价值进行了分析,并将circRNA hsa_circ_0019413的表达水平与pSS患者临床指标进行相关性分析。结果:①通过微阵列分析,在2组之间差异表达437个circRNA[差异倍数(FC)≥2.0, P<0.05],其中上调circRNA 365个,下调circRNA 72个;②通过qPCR验证发现pSS患者circRNA hsa_circ_0019413表达水平高于健康对照组,2组间差异具有统计学意义( P<0.05)。ROC曲线分析表明pSS外周血中circRNA hsa_circ_0019413具有潜在诊断价值[AUC=0.883,95% CI(0.782,0.984), P<0.01];③相关性分析显示circRNA hsa_circ_0019413的表达水平与pSS患者病情评估指数EULAR干燥综合征疾病活动度指数(ESSDAI)、ANA滴度呈正相关( r=0.721, P=0.012; r=0.625, P=0.040),而与IgG、ESR无相关性。 结论:外周血中的circRNA hsa_circ_0019413可能参与pSS发生发展,可能成为pSS诊断的生物标志物。
...不再出现此类内容
编辑人员丨6天前
-
基于循环游离DNA末端基序检测的食管鳞状细胞癌及其癌前病变预测模型建立及验证
编辑人员丨6天前
目的:探索并建立基于循环游离DNA(cfDNA)末端基序检测的食管鳞状细胞癌(ESCC)预测模型,并评估其用于ESCC早期检测的可行性。方法:前瞻性收集2021年8月至2022年11月中国医学科学院肿瘤医院201例ESCC、46例食管高级别上皮内瘤变(HGIN)、46例食管低级别上皮内瘤变(LGIN)、176例食管良性病变患者和29例健康对照的血浆样本进行cfDNA提取、文库构建与测序。将ESCC患者和对照组受试者随机分为训练集(284例)和验证集(122例)。对训练集中ESCC及对照组cfDNA末端基序矩阵标准化处理及差异特征筛选,经主成分分析降维、十折交叉验证及随机森林递归特征消除后训练并建立随机森林分类模型Motif-1(M1),在验证集和癌前病变组中验证其性能。将癌前病变组患者纳入数据集后随机分为训练集(243例)、验证集(105例)、测试集(150例),采用与M1相同的方法使用训练集训练并构建随机森林模型Motif-2(M2),在验证集中检验并确定最佳阈值,在测试集中进行性能检测。结果:构建了2个基于cfDNA 末端基序检测的ESCC及其癌前病变的预测模型,M1模型在验证集中的灵敏度为90.0%,特异度为77.4%,曲线下面积(AUC)为0.884;M1模型预测LGIN、HGIN及T1aN0期食管癌的灵敏度分别为76.1%、80.4%和91.2%,联合预测HGIN及T1aN0期食管癌的灵敏度为85.0%,且预测分值和灵敏度随着恶性肿瘤的临床分期上升而增加( P<0.001)。M2模型在测试集中灵敏度为87.5%,特异度为77.4%,AUC为0.857;M2模型预测食管癌前病变及ESCC的灵敏度分别为80.0%和89.7%,联合预测HGIN及T1aN0期食管癌的灵敏度为89.4%。 结论:构建的2种基于 cfDNA 末端基序的血浆检测模型在ESCC及其癌前病变中具有较高的灵敏度及特异度,可用于早期ESCC检测。
...不再出现此类内容
编辑人员丨6天前
-
妊娠期高血压疾病循环补体预测标志物的筛选与初步验证
编辑人员丨6天前
目的:基于妊娠期高血压和蛋白尿发生的报道寻找预测妊娠期高血压疾病(HDP)的循环补体相关蛋白,探讨补体系统在HDP发生发展中的作用。方法:采用巢式病例对照研究,收集2014年11月至2017年3月于广州市妇女儿童医疗中心产检并分娩的孕妇孕20周前血清,共纳入60例HDP和60例正常孕妇,按年龄和孕周1∶1配对。采用非标记蛋白质谱方法筛选12对血清标本中差异表达的补体蛋白,余48对用于初步验证。当差异倍数(FC)>1.2或<0.8,且 P<0.05时入选。用受试者工作特征(ROC)曲线下面积(AUC)评价相应因子的预测价值。 结果:高血压孕妇血清补体C1亚单位(C1s)、C8 beta链(C8β)、C1抑制剂(C1-INH)的FC分别为1.19、1.23、0.73( t=2.07,2.06,-3.40; P均<0.05);子痫前期(PE)孕妇C1s、C8β、C1-INH、H因子相关蛋白5(CFHR5)、丛生蛋白(CLU)、C反应蛋白(CRP)的FC分别为1.39、1.50、0.72、2.49、4.38和1.82( t=4.36,5.61,-3.70,6.82,8.70,7.27; P均<0.05)。C1s、C8β和C1-INH联合对HDP的AUC值为0.89。CFHR5、CLU和CRP对PE的AUC值分别为0.88、0.92和0.91。 结论:HDP发生前,孕妇体内已出现补体经典途径和旁路途径的激活及调节紊乱。补体C1s、C8β、C1-INH联合检测有望用于HDP的预测,CFHR5、CLU、CRP可能是肾脏损伤性HDP的潜在预测分子标志。
...不再出现此类内容
编辑人员丨6天前
-
晚期卵巢上皮性癌新辅助化疗患者预后预测标志物的生物信息学分析及临床验证
编辑人员丨6天前
目的:使用生物信息学方法分析预测晚期卵巢上皮性癌(卵巢癌)新辅助化疗(NACT)患者预后的标志物,并进行临床验证,探讨其预后预测效能。方法:(1)通过基因表达谱交互分析2(GEPIA2)、肿瘤免疫研究数据库(TIMER2.0)等多种在线工具联合分析癌症基因组图谱(TCGA)数据库中的卵巢癌组织中细胞角蛋白20(CK20)、人类表皮生长因子受体2(HER-2)、Wilms瘤基因1(WT1)基因的功能、表达及预后差异。(2)选取广西医科大学附属肿瘤医院2012年11月至2018年8月间收治的121例初治晚期(Ⅲa~Ⅳb期)卵巢癌患者,应用免疫组化法检测癌组织中相关标志物CK20、HER-2、WT1的表达,回顾性分析其与临床病理特征的关系,采用Cox比例风险模型对预后影响因素进行单因素及多因素分析,并采用logistic回归模型结合受试者工作特征(ROC)曲线分析CK20、HER-2、WT1基因的单基因或多基因联合检测用于晚期卵巢癌患者死亡或复发的预测效能。结果:(1)生物信息学分析:多种在线工具联合分析显示,CK20、HER-2及WT1基因及蛋白在正常卵巢组织与卵巢癌组织中的表达分别比较均无显著差异( P均>0.05);且各基因在不同分期卵巢癌组织中的表达分别比较,差异均无统计学意义( P均>0.05)。HER-2基因低表达卵巢癌患者(212例)的总生存率(OS)显著高于HER-2基因高表达者(212例; P=0.019)。HER-2基因表达与浸润的肿瘤相关成纤维细胞(CAF)数呈正相关( r=0.162, P=0.010)。基因本体(GO)通路富集发现,HER-2和WT1基因共同参与生长的正向调节、细胞生长调节、血管生成的调节、细胞生长4条信号通路。(2)临床验证:免疫组化法检测显示,晚期卵巢癌组织中CK20、HER-2、WT1蛋白的阳性表达率分别为24.8%(30/121)、52.9%(64/121)、79.3%(96/121)。CK20蛋白在行新辅助化疗(NACT)后的卵巢癌组织中的阳性表达率显著低于行初次肿瘤细胞减灭术者( P<0.001);WT1蛋白在低分化卵巢癌、卵巢浆液性癌组织中的阳性表达率显著高于中高分化、其他病理类型者( P=0.032、 P=0.048)。多因素Cox比例风险模型分析显示,病理类型是影响行NACT的晚期卵巢癌患者OS的独立因素( P=0.038);治疗方案、化疗反应是影响初治晚期卵巢癌患者OS及无病生存率的独立因素( P均<0.05)。logistic回归模型分析发现,CK20、HER-2、WT1基因中单基因或多基因联合检测对行NACT的晚期卵巢癌患者死亡或复发的预测效能均不高,其ROC曲线下面积(AUC)均<0.7;其中,3个基因联合检测对卵巢癌患者死亡或复发的预测效能最高(AUC分别为0.586、0.594),单基因检测中以WT1对死亡的预测效能最高(AUC为0.565)、HER-2对复发的预测效能最高(AUC为0.568)。 结论:CK20蛋白阴性表达可能与行NACT的晚期卵巢癌患者的不良预后相关,HER-2及WT1蛋白阳性表达可能与初治晚期卵巢癌患者的不良预后相关。
...不再出现此类内容
编辑人员丨6天前
-
miR-18a-5p通过靶向调控PTEN影响膀胱癌增殖迁移能力的研究
编辑人员丨6天前
目的:探索miR-18a-5p影响膀胱癌(BC)增殖迁移能力的分子调控机制。方法:选取本院2019年至2021年行全膀胱切除手术的30例膀胱癌患者,收集癌组织和癌旁组织样本。根据转染不同的小分子物质,将T24和EJ细胞分为对照组、miR-18a-5p过表达组、miR-18a-5p干扰组。采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测miR-18a-5p和PTEN基因的表达。采用Western blot检测PTEN蛋白水平的表达。采用EdU实验检测细胞增殖。采用Transwell实验检测细胞迁移。采用双荧光素酶实验验证miR-18a-5p与PTEN靶向关系。通过裸鼠皮下移植瘤实验验证miR-18a-5p对BC细胞增殖能力的影响。结果:miR-18a-5p在癌组织与T24和EJ细胞中均高表达(均 P<0.05)。在PTEN-WT和miR-18a-5p模拟物共同转染后,双荧光素酶表达明显下降( P<0.05)。miR-18a-5p过表达会导致PTEN表达水平下调( P<0.05)。裸鼠成瘤实验结果显示,与对照组比较,miR-18a-5p过表达组的肿瘤体积和重量明显增加(均 P<0.05)。与对照组比较,miR-18a-5p过表达组的PTEN表达下调,而miR-18a-5p表达水平升高(均 P<0.05)。miR-18a-5p过表达增强了T24和EJ细胞的迁移能力和增殖能力(均 P<0.05)。干扰miR-18a-5p表达,抑制了T24和EJ细胞的迁移能力(均 P<0.05)。经EdU实验验证,干扰miR-18a-5p表达,抑制了T24和EJ细胞的增殖能力(均 P<0.05)。干扰miR-18a-5p表达后,T24和EJ细胞系中miR-18a-5p表达水平降低(均 P<0.05)。 结论:miR-18a-5p通过靶向PTEN基因促进T24和EJ细胞增殖和迁移能力;miR-18a-5p作为癌基因,有可能成为BC新的潜在生物标志物和治疗靶点。
...不再出现此类内容
编辑人员丨6天前
