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H3K27变异型弥漫性中线胶质瘤临床病理分析及NTRK作为治疗靶点的初步探讨
编辑人员丨1周前
目的:分析H3K27变异型弥漫性中线胶质瘤(diffuse midline glioma,H3K27-altered,DMG)的临床病理学特征及预后相关因素,并探讨神经营养原肌球蛋白受体激酶(neurotrophic tropomyosin receptor kinase,NTRK)作为DMG的治疗靶点的可行性。方法:收集2016年7月至2021年3月首都医科大学三博脑科医院诊断为DMG的病例样本232例,分析其临床、影像、病理、O 6-甲基鸟嘌呤DNA甲基转移酶(MGMT)启动子甲基化比率、NTRK免疫表达、NTRK基因融合的特点,并对肿瘤发生年龄、部位、组织学分级、NTRK蛋白及基因改变、术后辅助治疗方式在预后方面的意义进行研究。 结果:232例病例(包含原发/复发病例8例,即共有224例患者,男性118例,女性106例),儿童组(≤18岁)98例,成人组(>18岁)126例。儿童组和成人组发病部位分别以脑干(59/98,60.2%)和丘脑(41/126,32.5%)最为多见。影像学上病变多呈现为T1低或等信号,T2高信号,增强信号变化较大,但多数肿瘤无明显增强信号。组织学分级包含2级(9/224,4.0%)、3级(41/224,18.3%)、4级(174/224,77.7%)。肿瘤细胞均弥漫表达H3K27M,而H3K27me3均表达丢失。MGMT启动子甲基化比率较低(1/45,2.2%)。Pan-TRK蛋白阳性率为79.0%(177/224),NTRK1融合阳性率10.0%(5/50)。儿童组和成人组的组织学分级、NTRK蛋白表达、NTRK基因融合比率差异均无统计学意义( P>0.05)。随访患者159例,其中109例死亡(68.6%),总体生存时间1~55个月,中位生存期12个月。患者预后与年龄、部位、手术方式及术后辅助治疗相关( P<0.05)。 结论:DMG患者临床预后凶险,成人组和儿童组DMG肿瘤的发病部位、预后存在差异。NTRK1基因融合在DMG中占比达10.0%,提示TRK抑制剂可以作为DMG治疗的一个新选择。
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编辑人员丨1周前
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类甲基转移酶3通过促进叉头框蛋白O3的N6-甲基腺苷修饰及其表达参与糖尿病诱导的内皮细胞凋亡
编辑人员丨1周前
目的:探讨类甲基转移酶3(METTL3)通过促进叉头框蛋白O(FOXO)3的N6-甲基腺苷修饰(m6A)及其表达参与糖尿病诱导的内皮细胞凋亡的机制。方法:构建晚期糖基化终末产物(AGE)诱导的人主动脉内皮细胞(HAEC)损伤模型,将HAEC分为6组:细胞对照组、细胞AGE组、细胞对照+阴性对照小干扰RNA(siRNA)组、细胞AGE+阴性对照siRNA组、细胞AGE+ FOXO3 siRNA组、细胞AGE+ METTL3 siRNA组,每组设置3个平行组。采用甲基化RNA免疫沉淀测序(MeRIP-Seq)及生物信息学技术检测并分析其m6A修饰谱,采用RNA结合蛋白免疫沉淀(RIP)检测 FOXO3 mRNA的m6A修饰水平,采用流式细胞术检测细胞凋亡,采用实时荧光定量PCR(RT-PCR)检测 FOXO3 mRNA表达水平,Western blotting法检测FOXO3和METTL3蛋白水平。6只6周龄载脂蛋白E基因敲除雄性小鼠按随机数字表法分为单纯动脉粥样硬化组和糖尿病动脉粥样硬化组,每组均为3只。通过Western blotting检测小鼠FOXO3、METTL3蛋白表达,采用免疫荧光共定位检测小鼠FOXO3、METTL3在内皮细胞中的表达。采用两独立样本 t检验进行组间比较。 结果:与细胞对照组相比,细胞AGE组的总m6A修饰及FOXO3的m6A修饰显著升高( P<0.001),FOXO3和METTL3的蛋白表达显著升高( P<0.05)。与单纯动脉粥样硬化组相比,糖尿病动脉粥样硬化组小鼠主动脉斑块区域内皮细胞的FOXO3和METTL3的蛋白表达显著升高( P<0.05)。与细胞AGE+阴性对照siRNA组相比,细胞AGE+ FOXO3 siRNA组的凋亡显著降低( P<0.01)。与细胞AGE+阴性对照siRNA组相比,细胞AGE+ METTL3 siRNA组FOXO3的m6A修饰( P<0.001)及FOXO3蛋白表达均显著下降( P<0.05),且凋亡显著降低( P<0.001)。 结论:AGE诱导的HAEC中m6A修饰发生了显著变化,METTL3通过促进 FOXO3 mRNA的m6A修饰并调控其表达,从而参与糖尿病诱导的血管内皮细胞凋亡。
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编辑人员丨1周前
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肿瘤抑制基因MLL3在白血病中的研究进展
编辑人员丨1周前
MLL3又名赖氨酸甲基转移酶2C(KMT2C)。MLL3突变可发生在人体多种癌症中,包括白血病、肝癌、胃癌等。但其在不同癌症中发挥的效应不同,如MLL3在胰腺癌、肝癌中表现为促癌作用,而在急性髓系白血病、食管鳞状细胞癌中表现为抑癌作用。基因在肿瘤中产生的效应依赖一定的环境和条件,MLL3在白血病中发挥抑癌作用的机制还尚未完全清楚。文章就MLL3在白血病中的抑癌机制研究进展进行综述。
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编辑人员丨1周前
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N 6-腺苷酸甲基化修饰在口腔领域中的研究进展
编辑人员丨1周前
N 6-腺苷酸甲基化(m6A)是真核细胞中最丰富、分布最广泛的RNA内部修饰,参与多种细胞基因表达调控与生物学过程。近年来,m6A修饰在口腔领域中的作用研究逐渐增多。研究显示,多种m6A相关蛋白参与调控口腔鳞状细胞癌的发生发展及其对药物的耐受性;甲基化转移酶样蛋白3参与调控软骨细胞的凋亡和自噬、内皮祖细胞的血管生成和成骨能力、牙髓细胞的炎症反应、牙髓干细胞的分化和成骨过程、牙根的发育过程以及骨髓间充质干细胞的方向等;m6A修饰亦可能与牙周炎、口腔溃疡及口腔黏膜下纤维化的发病有关。这些研究为多种口腔疾病的发病机制和口腔骨组织修复及再生的研究提供了新思路。本文总结近年 m6A 修饰在口腔领域中的作用相关研究现状及进展,旨在为进一步研究m6A在口腔领域中的作用和机制提供参考。
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编辑人员丨1周前
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METTL14在卵巢上皮性癌组织中的表达及对A2780、SKOV3细胞增殖、侵袭和迁移的影响
编辑人员丨1周前
目的:研究甲基转移酶样蛋白14(METTL14)在卵巢上皮性癌(卵巢癌)组织中的表达及其临床意义,探讨上调和下调METTL14表达对卵巢癌细胞系A2780、SKOV3细胞增殖、侵袭和迁移的影响。方法:(1)组织标本检测:选取2019年12月—2020年11月在广西医科大学附属肿瘤医院行手术治疗的20例卵巢癌患者的新鲜癌组织标本,收集同期因子宫肌瘤行子宫及双侧附件切除术的15例患者的新鲜正常卵巢组织标本作为对照,免疫组化法检测卵巢癌与正常卵巢组织中METTL14蛋白表达的差异。另收集2014年1月—2019年10月在广西医科大学附属肿瘤医院行手术治疗的121例卵巢癌患者的癌组织蜡块,免疫组化法检测卵巢癌组织中METTL14蛋白的表达,并分析METTL14蛋白表达与卵巢癌患者临床病理特征及预后的关系。(2)细胞实验:分别使用慢病毒载体、小分子干扰RNA(siRNA)技术,构建上调、下调METTL14表达的卵巢癌A2780、SKOV3细胞系,并采用逆转录(RT)-实时荧光定量PCR(qPCR)技术和蛋白印迹(western blot)法分别验证其METTL14 mRNA和蛋白的表达。后续的细胞实验分为5组,LV-METTL14组(转染慢病毒载体上调METTL14表达)及其对照LV-NC组(转染阴性对照慢病毒空载体),si-METTL14组(转染si-METTL14-2下调METTL14表达)及其对照si-NC组(转染阴性对照siRNA),以及空白组(未转染)。采用液相色谱-串联质谱(LC-MS/MS)法检测各组卵巢癌细胞中N-6甲基腺嘌呤(m6A)修饰水平的变化,分别采用活细胞计数(CCK-8)法、划痕实验以及穿膜(transwell)小室侵袭和迁移实验检测各组卵巢癌细胞增殖、愈合以及侵袭和迁移能力的变化。结果:(1)20份卵巢癌组织中METTL14蛋白的免疫组化总评分为(6.2±3.7)分,显著高于15份正常卵巢组织[(3.3±2.5)分; t=-2.64, P=0.012]。121例卵巢癌患者中,METTL14蛋白高表达(免疫组化总评分≥6分)69例(57.0%,69/121),METTL14蛋白低表达(免疫组化总评分<6分)52例(43.0%,52/121);METTL14蛋白高表达与METTL14蛋白低表达患者比较,手术病理分期更晚,淋巴结转移率、腹腔转移率、腹水发生率更高,分别比较,差异均有统计学意义( P均<0.05);METTL14蛋白高表达患者的总生存率显著低于METTL14蛋白低表达者( P=0.009)。(2)LC-MS/MS法分析显示,LV-METTL14组A2780和SKOV3细胞中m6A的表达水平分别为0.213±0.024、0.181±0.018,均显著高于LV-NC组(分别为0.109±0.022、0.128±0.020; P均<0.05);而si-METTL14组A2780和SKOV3细胞中m6A的表达水平分别为0.063±0.012、0.069±0.015,均显著低于si-NC组(分别为0.108±0.014、0.121±0.014; P均<0.05)。CCK-8法检测显示,si-METTL14组SKOV3细胞在培养在36、48、60 h时的吸光度( A)值均显著低于si-NC组( P均<0.05);LV-METTL14组A2780和SKOV3细胞在培养48、60 h时的 A值均显著高于LV-NC组( P均<0.01)。划痕实验显示,培养24 h,si-METTL14组A2780和SKOV3细胞的迁移率低于si-NC组,LV-METTL14组A2780和SKOV3细胞的迁移率高于LV-NC组,分别比较,差异均有统计学意义( P均<0.01)。在transwell小室侵袭、迁移实验中,培养24 h,si-METTL14组A2780和SKOV3细胞的穿膜细胞数均少于si-NC组,LV-METTL14组A2780和SKOV3细胞的穿膜细胞数均多于LV-NC组,分别比较,差异均有统计学意义( P均<0.01)。 结论:METTL14蛋白高表达的卵巢癌患者的预后更差。上调METTL14表达可提高卵巢癌细胞m6A修饰水平,促进卵巢癌细胞的增殖、侵袭和迁移;反之,下调METTL14表达则降低卵巢癌细胞m6A修饰水平,抑制卵巢癌细胞的增殖、侵袭和迁移。
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编辑人员丨1周前
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甲基转移酶样蛋白3及去甲基化酶肥胖相关蛋白对H7N9病毒复制的影响及转录组学分析
编辑人员丨1周前
目的:探究甲基转移酶样蛋白3(methyltransferase like 3,METTL3)和去甲基化酶肥胖相关蛋白(fat mass and obesity-associated protein,FTO)在H7N9病毒感染中发挥的作用及可能的分子机制。方法:利用Western blot(WB)检测H7N9病毒感染A549细胞后METTL3和FTO的表达。敲低和过表达METTL3和FTO,H7N9病毒感染后用WB和TCID 50检测其对病毒复制的影响。利用转录组测序方法对METTL3或FTO敲低及野生型对照细胞进行了转录组水平基因差异表达分析,对发挥作用的潜在靶标进行初步分析。 结果:H7N9病毒感染A549细胞24 h后METTL3的表达上调,FTO无明显变化。敲低METTL3和FTO后,病毒核蛋白(nucleoprotein, NP)表达水平和病毒滴度显著下降,过表达METTL3和FTO后,病毒滴度显著增加。转录组测序结果显示在METTL3或FTO敲低组与对照组之间分别发现314和555个差异表达基因,GO功能富集分析和KEGG通路富集分析结果表明这些基因与宿主免疫应答相关。结论:METTL3和FTO可能通过调节宿主-病毒相互作用在H7N9病毒感染中起关键作用。
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编辑人员丨1周前
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Zeste基因增强子同源物2抑制剂GSK126调控U87细胞株来源胶质瘤干细胞的干性特征
编辑人员丨1周前
目的:观察果蝇zeste基因增强子同源物2(EZH2)抑制剂GSK126对U87来源胶质瘤干细胞(U87s)干性维持、成球及侵袭能力的影响。方法:通过中国胶质瘤基因组图谱(CGGA)数据库,验证EZH2表达对胶质瘤患者预后的影响,同时对比U87与U87s中EZH2的表达水平。免疫磁珠筛选CD133阳性的U87s进行干细胞培养形成稳定传代的胶质瘤干细胞球。通过GSK126和Si-EZH2处理U87s构建GSK126处理组、Si-EZH2处理组、Si-EZH2+GSK126的联合处理组及空白组,来检测U87s干性维持、成球及侵袭能力,组间比较采用独立样本 t检验。 结果:高表达EZH2患者的生存期明显低于低表达EZH2患者(风险比=1.744, P<0.05)。胶质瘤干细胞中EZH2表达明显高于胶质瘤细胞(0.738±0.024比0.396±0.030, t=8.936, P<0.05)。Si-EZH2处理组的EZH2及下游H3K27me3的表达低于空白组(0.338±0.056比0.926±0.032, t=9.080, P<0.05;0.444±0.034比0.691±0.030, t=5.056, P<0.05)。同时Si-EZH2处理组的干细胞分子标记物CD133、NESTIN表达低于空白组(0.198±0.036比0.824±0.027, t=13.900, P<0.05;0.282±0.023比0.597±0.070, t=4.290, P<0.05)。而GSK126处理组和空白组的EZH2表达无差异,GSK126处理组的H3K27me3、CD133、NESTIN表达低于空白组(0.509±0.044比0.704±0.015, t=4.154, P<0.05;0.249±0.026比0.530±0.025, t=7.763, P<0.05;0.124±0.018比0.424±0.018, t=11.720, P<0.05)。Si-EZH2+GSK126的联合处理组EZH2表达低于GSK126处理组(0.380±0.056比0.735±0.052, t=4.646, P<0.05)。 结论:EZH2在胶质瘤干细胞中高表达。GSK126可以通过竞争性抑制EZH2甲基转移酶,从而抑制了U87s的干性特征。
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编辑人员丨1周前
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胆管癌差异性甲基化基因综合分析及预后相关基因氨基葡萄糖(N-乙酰)转移酶1和神经营养受体酪氨酸激酶3的鉴定
编辑人员丨1周前
目的:鉴定并筛选胆管癌差异性甲基化基因以预测胆管癌患者的预后。方法:选择2019年10月至2020年5月福建省立医院8例胆管癌患者胆管癌组织及癌旁组织进行850K甲基化测序分析,获取差异性甲基化基因。从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中下载2018年36例患者胆管癌全基因组甲基化数据及临床信息,从基因表达综合(GEO)数据库下载2012年胆管癌甲基化数据(GSE32879),从GEPIA2数据库下载2018年TCGA数据库胆管癌总生存(OS)及无病生存(DFS)差异生存基因组数据。联合送检样本850K甲基化测序分析的差异甲基化位点(DMP)和差异甲基化区域(DMR)结果、TCGA和GEO数据库中甲基化基因以及胆管癌生存基因,在Sangerbox VENN工具中进行多数据集合分析,交集筛选得出共同差异性甲基化基因。在Sangerbox中运用最小 P值法确定基因表达的临界值,分为差异性甲基化基因高、低表达组,比较两组胆管癌患者OS、DFS、疾病特异性生存(DSS)、无病间隔(DFI)、无进展间隔(PFI)。进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。 结果:8例患者的胆管癌组织与癌旁组织850K甲基化测序共鉴定出121 954个DMP,DMR中共鉴定出差异性甲基化基因1 399个;交集鉴定得出共同预后相关基因氨基葡萄糖(N-乙酰)转移酶1(GCNT1)和神经营养受体酪氨酸激酶3(NTRK3)。GCNT1在胆管癌组织中表达高于癌旁组织,差异有统计学意义( P=0.040);NTRK3在胆管癌组织中表达高于癌旁组织,差异无统计学意义( P=0.790)。采用最小 P值法,以GCNT1及NTRK3联合表达情况预测胆管癌患者预后,按两基因表达量总和排序,以排序的30%为临界值时,胆管癌高表达组及低表达组间DFS差异最为显著( P<0.001);两组间OS差异无统计学意义( P=0.065)。GO功能分析结果显示,GCNT1与蛋白质糖基化、大分子糖基化、糖化、糖蛋白生物合成过程、糖蛋白代谢过程、转移酶活性和转移糖基、蛋白质O-聚糖基化、O-聚糖加工等有关;NTRK3与神经营养素信号通路、Ras信号通路、EGFR酪氨酸激酶抑制、ErbB信号通路、磷脂酶D信号通路、癌症中枢碳代谢、自然杀伤细胞介导的细胞毒性等有关。KEGG分析结果显示,GCNT1主要与黏蛋白型O-聚糖生物合成、代谢途径等系统功能相关联,NTRK3主要与细胞表面受体通路、细胞内信号转导、刺激反应的正向调节、跨膜受体蛋白酪氨酸激酶信号通路、酶联受体蛋白信号通路、MAPK信号通路级联及调节、蛋白质磷酸化信号转导等系统功能相关联。 结论:胆管癌差异性甲基化基因GCTNT1、NTRK3表达对胆管癌患者预后有一定预测作用。
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编辑人员丨1周前
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Delta样典型Notch配体3基因在脑胶质瘤中的表达及其临床意义
编辑人员丨1周前
目的:研究Delta样典型Notch配体3(DLL3)基因在脑胶质瘤中的表达特征及其临床意义,进而探索其在脑胶质瘤中的生物学功能。方法:回顾性分析中国脑胶质瘤基因组图谱计划数据库(CGGA)的两套mRNA测序数据集及其匹配的临床数据,其中数据集1包含325例样本,数据集2包含693例样本。应用R软件分析DLL3在不同世界卫生组织(WHO)分级、不同分子分型脑胶质瘤的表达模式,并应用免疫组织化学染色检测方法验证DLL3蛋白在不同WHO级别脑胶质瘤中的表达水平。通过Kaplan-Meier生存曲线评价DLL3不同表达水平的脑胶质瘤患者的生存差异。采用单因素和多因素Cox回归分析法分析影响脑胶质瘤患者总体生存期的因素。通过Pearson相关性检验分析与DLL3表达相关的基因。采用功能富集分析方法分析与DLL3表达相关基因的生物学功能。结果:在数据集1中,DLL3的表达随着WHO级别的升高而下调,差异有统计学意义( P<0.001);DLL3在异柠檬酸脱氢酶(IDH)突变型患者中的表达量高于IDH野生型患者( P<0.001);DLL3在IDH野生型患者中的表达量低于IDH突变型且染色体1p/19q共缺失患者和IDH突变型且染色体1p/19q非共缺失患者( P<0.001);DLL3在O 6-甲基鸟嘌呤DNA甲基转移酶(MGMT)启动子甲基化患者中的表达量高于非甲基化患者( P<0.001);通过免疫组织化学染色方法验证DLL3表达随着WHO级别的升高而下调( P<0.01);DLL3的上述结果在数据集2中得到相似结果。在两个数据集中,DLL3高表达组患者的总体生存期均长于低表达组患者(均 P<0.01)。多因素Cox回归分析结果显示,WHO分级(WHO Ⅲ级: HR=2.861,95% CI:1.910~4.287;Ⅳ级: HR=4.655,95% CI:3.010~7.199)、染色体1p/19q共缺失( HR=0.439,95% CI:0.293~0.657)以及DLL3高表达( HR=0.593,95% CI:0.427~0.823)均为脑胶质瘤患者预后的独立影响因素(均 P<0.001)。与DLL3表达相关的基因有661个(| r|≥0.4, P<0.05);生物信息学分析提示,DLL3可能与脑胶质瘤患者的轴突发生、突触组织、负向调控神经系统发育等功能相关。 结论:随着脑胶质瘤病理学级别的升高,DLL3的表达水平下调;DLL3表达水平与脑胶质瘤患者的生存期密切相关,可作为判断脑胶质瘤患者预后的潜在指标和治疗靶点。
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编辑人员丨1周前
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FAM3C表达对胰腺癌细胞增殖、迁移、侵袭的影响和调控机制
编辑人员丨1周前
目的:分析序列相似家族3成员C(FAM3C)在胰腺癌中的表达以及对胰腺癌细胞增殖、迁移、侵袭等影响和相关机制。方法:收集2022年7月至2023年6月在江南大学附属医院手术切除的4例胰腺癌患者的癌组织和癌旁组织。聚合酶链反应和Western印迹检测组织和胰腺癌细胞PANC-1、MIA PaCa-2中FAM3C的表达。选取PANC-1、MIA PaCa-2细胞(FAM3C高表达)设置FAM3C-siRNA干扰组和甲基转移酶样蛋白3(METTL3)-siRNA干扰组,予以相应干扰小RNA处理,同时设置阴性对照组。细胞计数检测增殖能力,Transwell检测细胞迁移及侵袭。免疫共沉淀甲基化抗体检测FAM3C是否发生甲基化以及METTL3是否介导此甲基化。结果:4例胰腺癌患者癌组织中FAM3C的mRNA相对表达为(1.29±0.19),高于癌旁组织(0.47±0.17),差异有统计学意义( t=-6.48, P=0.001)。与阴性对照A组相比,FAM3C-siRNA干扰组增殖能力下降,迁移和侵袭细胞数减少,差异均有统计学意义(均 P<0.05)。在PANC-1细胞阴性对照B组中,IgG处理的细胞FAM3C mRNA相对表达为(1.05±0.53),低于甲基化抗体处理组的(30.57±1.09),差异有统计学意义( t=-42.04, P=0.001)。PANC-1细胞经甲基化抗体处理后,阴性对照B组FAM3C mRNA相对表达高于METTL3-siRNA干扰组(30.57±1.09)比(18.17±0.50),差异有统计学意义( t=17.89, P=0.001)。与阴性对照B组相比,METTL3-siRNA干扰组PANC-1细胞增殖能力、迁移和侵袭细胞数降低,差异均有统计学意义(均 P<0.05)。MIA PaCa-2与PANC-1细胞检测结果一致。 结论:FAM3C在胰腺癌中高表达,且促进胰腺癌细胞增殖、迁移和侵袭,METTL3通过甲基化修饰FAM3C影响其表达,进一步影响胰腺癌细胞增殖、迁移和侵袭。
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编辑人员丨1周前
