目的:探讨F框/WD-40域蛋白7（FBXW7）基因突变对非小细胞肺癌（NSCLC）患者免疫治疗预后的影响。方法:（1）选取2019年1月至2021年6月南京医科大学第一附属医院肿瘤科接受免疫检查点抑制剂治疗的晚期NSCLC患者125例，男70例，女55例，年龄［ M（ Q1， Q3）］为64（57，70）岁；收集其临床治疗及预后资料，分析FBXW7突变与免疫治疗疗效及预后的关系。（2）在cBioPortal数据库检索与免疫治疗相关的NSCLC数据集，共261例患者纳入研究，作为免疫治疗队列，男120例，女141例，年龄66（57，73）岁；其临床数据及基因突变数据均从cBioPortal数据库下载，分析FBXW7突变与NSCLC患者临床特征和免疫治疗预后的关系。（3）在癌症基因组图谱（TCGA）数据库下载1 030例NSCLC患者转录组和基因突变数据进行后续分析，作为TCGA队列，男633例，女397例，年龄为67（60，73）岁；分析FBXW7突变对免疫治疗疗效的影响，以及其影响NSCLC免疫治疗疗效的关键分子及其生物学功能。 结果:125例NSCLC患者中，FBXW7突变率为5.6%（7/125）；7例患者的FBXW7突变类型均为截断突变，在接受免疫治疗后，部分缓解4例，疾病稳定2例，疾病进展 1例，客观缓解率（ORR）为4/7，疾病控制率（DCR）为6/7。FBXW7突变患者中位无进展生存期（PFS）为13.0个月（95% CI：7.0~22.0个月），优于FBXW7野生型患者的4.0个月（95% CI：2.0~11.5个月）（ P=0.046）。生物信息学分析显示，FBXW7突变型患者接受免疫治疗后临床获益更高。免疫治疗队列中FBXW7突变型患者的肿瘤突变负荷［ M（ Q1， Q3）］为17.8（11.5，29.3）个/Mb，高于FBXW7野生型患者［5.7（3.0，10.4）个/Mb， P=0.001］。TCGA队列中，FBXW7突变型患者的肿瘤突变负荷为15.9（4.2，28.1）个/Mb，基因插入或缺失来源的肿瘤新抗原为192.5（70.8，535.0）个，单核苷酸突变来源的肿瘤新抗原为363.0（194.8，534.8）个，均高于FBXW7野生型患者的5.6（3.2，8.9）个/Mb、53.0（12.0，131.0）个、83.5（34.0，178.0）个（ P=0.002、0.008、 P<0.001），表明FBXW7突变型肿瘤具有更强的免疫原性，可能产生强大的抗肿瘤免疫。FBXW7突变与T淋巴细胞的激活有关，表现为T淋巴细胞受体复合物与信号传导的激活。进一步对肿瘤免疫细胞浸润程度分析发现，FBXW7突变型肿瘤的CD8 +T淋巴细胞和M1型巨噬细胞浸润率分别为10%（8%，14%）、8%（4%，11%），均高于FBXW7野生型肿瘤的7%（4%，12%）、4%（1%，8%）（ P=0.049、0.046）。 结论:FBXW7突变型NSCLC患者接受免疫治疗后临床获益更高，FBXW7基因突变具有作为NSCLC患者免疫治疗疗效预测标志物的可能性。

目的:探讨α-酮戊二酸/铁依赖性双加氧酶同源蛋白1(ALKBH1)基因低甲基化在肝细胞癌发病机制及病情评估中的临床价值。方法:肝癌细胞(SMMC-7721、Bel-7402、MHCC97、HepG2及Hep3B)和正常肝细胞(HL-7702)购自美国典型培养物保存中心。选择2016年6月至2018年6月90例肝细胞癌患者为研究对象。采用重亚硫酸盐基因组测序聚合酶链反应(BSP)法检测ALKBH1基因甲基化并定量，采用甲基化特异性聚合酶链反应(MSP)法检测ALKBH1基因甲基化。统计并比较肝细胞癌患者肿瘤组织中ALKBH1基因甲基化和未甲基化患者平均疾病进展时间及3年生存率差异。计量资料比较行 t检验，计数资料采用 χ2检验。 结果:本组肝细胞癌患者肿瘤组织ALKBH1基因甲基化定量显著低于癌旁正常组织[甲基化定量(15.6±1.7)%比(57.8±3.5)%]，差异有统计学意义( χ2＝10.245， P<0.05)。SMMC-7721、Bel-7402、MHCC97、HepG2及Hep3B肝癌细胞ALKBH1基因甲基化定量显著低于HL-7702正常肝细胞[甲基化定量(25.1±2.1)%、(19.5±1.8)%、(16.7±1.3)%、(23.6±1.9)%、(20.3±1.5)%比(62.1±4.2)%]，差异有统计学意义( χ2＝16.133， P<0.05)。本组肝细胞癌患者肿瘤组织ALKBH1基因甲基化率显著低于癌旁正常组织(25.6%比63.3%)，差异有统计学意义( χ2＝36.897， P<0.05)。肝细胞癌患者肿瘤组织ALKBH1基因甲基化率在肿瘤最大径、病灶数量、分化程度和临床分期方面存在显著差异，肿瘤最大径≥5 cm、病灶数量多发、低中分化和Ⅲ期期肝细胞癌患者肿瘤组织ALKBH1基因甲基化率显著低于肿瘤最大径<5 cm、病灶数量单发、高分化和Ⅰ期+Ⅱ期肝癌患者(甲基化率分别21.2%比38.6%、5.0%比31.4%、12.8%比35.3%、4.0%比31.9%)，差异有统计学意义( χ2＝4.328、4.406、4.745、4.881，均 P<0.05)。肿瘤组织ALKBH1基因未甲基化患者平均疾病进展时间为(23.7±2.1)个月，3年生存率为52.4%，ALKBH1基因甲基化患者平均疾病进展时间为(29.5±2.7)个月，3年生存率为78.8%，ALKBH1基因未甲基化患者平均疾病进展时间和3年生存率显著低于ALKBH1基因甲基化患者( t或 χ2＝14.233、9.788， P<0.05)。 结论:ALKBH1基因低甲基化与肝细胞癌发病机制明显相关，可作为肝细胞癌病情及预后评估的基因水平标志物。

三阴性乳腺癌是一种高度异质性疾病，分子分型可以提高诊断的精确性而有助于靶向治疗。本小组先前的研究根据潜在的治疗靶点，将三阴性乳腺癌分为了4种亚型。本次进行的FUTURE试验(临床试验注册号：NCT03805399)是一项基于疾病分型和基因组标志物的Ⅰb/Ⅱ期临床"雨伞试验"，用于评估治疗靶点的有效性。本研究纳入了患有难治性转移性三阴性乳腺癌的患者，根据肿瘤亚型和基因组标志物进行分层，并纳入以下7组，A组：吡咯替尼+卡培他滨，B组：雄激素受体抑制剂+CDK4/6抑制剂，C组：PD-1单抗+白蛋白紫杉醇，D组：包含PARP抑制剂的疗法，E和F组：含抗血管内皮生长因子受体(VEGFR)的疗法，G组：mTOR抑制剂+白蛋白紫杉醇。本研究的主要终点是客观缓解率。入组了69例曾接受过1~8(中位数为3)种治疗策略的难治性转移性三阴性乳腺癌患者。69例意向性治疗(ITT)患者中有20例(29.0%，95% CI为18.7%~41.2%)达到客观缓解。结果表明，免疫治疗组(C组)的ITT患者客观缓解率最高(52.6%，95% CI为28.9%~75.6%)。E组的ITT患者具有较好的客观缓解率(26.1%，95% CI为10.2%~48.4%)，但有更多高级别(≥3级)的不良事件发生。本研究为三阴性乳腺癌治疗提供了新概念，证明了以分型为基础的靶向治疗可以给难治性转移性三阴性乳腺癌患者带来临床获益。

目的:通过生物信息技术筛选与椎间盘退变相关的细胞焦亡基因，确定其生物学功能和信号通路。方法:首先，从基因表达谱(GEO)数据库中下载GSE147383数据集，将细胞焦亡基因与该数据集差异表达基因作交集分析，筛选细胞焦亡差异表达基因。再者，对获得的细胞焦亡差异表达基因进行基因本体论(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析。同时，绘制蛋白质-蛋白质相互作用网络，筛选获得椎间盘退变细胞焦亡关键基因。其次，通过受试者工作特征(ROC)曲线来评估关键基因的诊断价值并绘制关键基因线性预测模型。最后，采用实时荧光定量聚合酶联反应(qRT-PCR)检测椎间盘退变髓核组织中的细胞焦亡相关基因表达水平。组间比较采用 t检验。 结果:本研究共筛选获得8个椎间盘退变相关细胞焦亡基因，即SR相关和CTD相关因子11(SCAF11)、富含亮氨酸重复结构域蛋白6(NLRP6)、肿瘤蛋白p53(TP53)、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶4(CASP4)、谷胱甘肽过氧化物酶4(GPX4)、中性粒细胞弹性蛋白酶(ELANE)、常染色体隐形遗传性耳聋59蛋白(DFNB59)和常染色体显性遗传耳聋5蛋白(DFNA5)；GO分析表明其主要参与细胞焦亡、炎症反应、细胞对肽的反应以及细胞对肿瘤坏死因子的反应等过程；KEGG富集分析表明椎间盘退变相关细胞焦亡基因主要参与NOD样受体信号通路、中性粒细胞外陷阱、谷胱甘肽代谢、p53信号通路和鞘磷脂信号通路等；构建蛋白质-蛋白质相互作用网络，进一步分析获得2个细胞焦亡关键基因，即CASP4和DFNA5。另外，ROC曲线验证CASP4在椎间盘退变中具有较好的诊断价值[GSE34095中曲线下面积(AUC)＝1.000；GSE124272中AUC＝0.812]，nomogram模型提示CASP4表达越高疾病发生风险越高；qRT-PCR结果表明CASP4在退变组中表达高于正常组( t＝5.048， P<0.01)。 结论:细胞焦亡参与椎间盘退变过程，细胞焦亡基因CASP4可能作为椎间盘退变相关的生物标志物。

目的:鉴定分子遗传学水平上与葡萄膜黑色素瘤(UM)转移和预后相关的潜在标志物。方法:收集肿瘤基因组图谱数据库中2007—2019年80例UM样本的信息，根据是否发生转移分为转移组18例和非转移组62例。采用R软件中的maftools函数包分析UM样本中的基因突变种类、变异类型、单核苷酸变异(SNV)类型和基因突变比例，计算肿瘤突变负荷；采用R软件中的edgeR软件包分析转移组和非转移组间的差异表达基因(DEGs)；采用KOBAS工具对DEGs的京都基因与基因组百科全书通路进行富集，筛选出预后相关基因。采用survival函数包建立Cox回归模型验证基因突变情况和DEGs的预后评价。结果:UM基因突变中以错义突变为主，主要变异类型为SNV，UM基因突变负荷低。与非转移组相比，转移组中存在562个DEGs，在基因集富集分析中，3条与眼部疾病和癌症相关的通路显著富集，分别为玻璃体视网膜变性、癌症相关蛋白多糖和PI3K-Akt信号通路。转移组 BAP1、 FOXO3和 ITPR2基因表达量分别为2 982.50(1 251.50，5 637.00)、1 223.00(914.75，2 706.25)和2 201.50(570.75，4 814.00)，与非转移组的5 225.00(2 281.25，8 784.00)、2 293.50(1 254.25，3 693.75)和474.00(153.00，1 437.75)比较，转移组 BAP1和 FOXO3表达量显著下调， ITPR2表达量显著上调，差异均有统计学意义( Z＝-1.786、-1.982、-3.065，均 P<0.10)。采用Cox模型单因素分析显示， BAP1基因突变、 FOXO3基因表达下调和 ITPR2基因表达上调与不良预后显著相关(均 P<0.10)。 结论:BAP1基因突变、 FOXO3基因下调和 ITPR2基因上调可作为UM转移和预后的潜在生物标志物。

2010年 Nature杂志主编曾撰写一篇题目为“A decade for psychiatric disorders”的述评，提到“未来10年，新型的研究方法和技术手段如全基因组关联研究、脑影像学技术、脑环路的光学操作技术等，将有助于人们认识诸如精神分裂症等精神障碍的病因及病理机制、发现治疗新靶点和改善治疗结局；未来10年，精神医学领域将会迎来一场革命性变化”。纵观这十余年，变化已悄然融入精神医学研究和精神病学实践中。《中华精神科杂志》是我国精神医学领域前沿研究成果的重要载体，也是瞭望国际精神医学发展的前哨。在2022年第4期，主要的稿件内容包括6篇研究论著、4篇综述性文章和一个临床案例，包括了精神疾病生物标志物探讨、早期识别风险人群、新型的综合干预等，充分体现了基础生物学和人工智能的进步对精神障碍诊疗技术的促进作用。

目的:筛选非综合征型颅缝早闭患者基因芯片数据的差异表达基因，构建蛋白互作网络，筛选并预测疾病相关的关键基因(Hub基因)。方法:从GEO数据库下载数据集GSE50796，该数据集包括7例非综合征型颅缝早闭患者的闭合颅缝组织样本(闭合组)以及未闭合颅缝组织样本(未闭合组)各7份。利用GEO数据库在线工具GEO2R进行差异表达基因的获取和分析，设置筛选条件为 P<0.05和差异表达倍数对数的绝对值(|logFC|)> 2；应用R语言中的ggplot2程序包进行基因本体功能(GO)富集分析，并利用在线工具Enrichr完成京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析；利用GSEA 3.0进行基因集富集分析(GSEA)，以研究基因集与表型之间的相关性。其次，应用STRING数据库分析不同组织差异表达蛋白之间的相互作用，通过Cytoscape软件以及相关插件完成蛋白互作网络的构建并筛选Hub基因，完成核心基因所涉及的关键模块、生物过程的构建及多种共表达关系的分析。 结果:通过分析共获得255个基于筛选条件的差异表达基因。GO富集分析得出的神经发育调控、KEGG富集分析得到的PI3K-Akt信号通路、GSEA富集分析得到的重要生物通路(DNA复制、细胞周期、细胞因子及受体相互作用)，以及Cytoscape软件的ClueGO分析得出的成骨细胞分化的正向调控等生物过程，均可能与非综合征型颅缝早闭的发病密切相关；根据蛋白互作网络并结合文献分析，CLEC12A、MS4A3和DNTT基因在颅缝闭合组中显著上调，揭示了其可能在该病的发病过程中具有重要作用。结论:通过对差异表达基因进行多维度深入的富集分析以及构建蛋白互作网络，加深了对非综合征型颅缝早闭发病机制中所涉及到的差异表达基因、重要生物过程和信号通路等方面的认识和理解，筛选出的Hub基因可能成为早期诊断标志物和潜在的分子治疗靶点。

目的:通过癌症基因组图谱数据库评估Nei内切核酸酶Ⅷ样蛋白3（NEIL3）在肝细胞癌（HCC)中的作用及其分子机制。方法:先用HCC样本的RNA测序数据分析基因NEIL3在正常组织和肿瘤中的表达水平。再通过基因本体论、京都基因与基因组百科全书、基因富集分析、免疫细胞浸润分析以对NEIL3进行功能和通路富集分析。根据NEIL3在肝癌组织的中位表达水平，将样本分为高表达组和低表达组，通过logistic回归分析、Kaplan-Meier分析、单因素和多因素Cox回归分析以及列线图预后模型探讨NEIL3在HCC中的临床及预后意义。结果:与正常样本相比，NEIL3在包括HCC在内的大部分恶性肿瘤中高表达（ P < 0.05）。NEIL3高表达与细胞周期、DNA复制和细胞受体途径有关。此外，NEIL3高表达与辅助性T细胞2（Th2）的浸润水平呈显著正相关（ R = 0.670， P < 0.001）。和NEIL3低表达组相比，NEIL3高表达患者肿瘤组织Th2细胞浸润水平更高（ P < 0.001）。Logistic回归分析显示NEIL3过表达与HCC的高T分期、高病理分期、高组织学分级、甲胎蛋白> 400 μg/L和血管浸润有关。Kaplan-Meier分析结果显示：NEIL3高表达患者的总体生存期[风险比（ HR）= 2.53， P < 0.001]、疾病特异性生存期（ HR = 2.52， P < 0.001）、无进展间隔期（ HR = 1.82， P < 0.001）显著缩短，提示NEIL3高表达HCC患者预后更差。Cox回归分析结果显示：NEIL3高表达是HCC患者不良预后的一个独立危险因素（ P = 0.002）。列线图及校准图进一步说明NEIL3高表达是HCC患者预后不良危险因素之一。 结论:NEIL3表达升高与HCC不良预后和免疫细胞比例增加相关，其有望作为评估HCC预后和免疫浸润水平的潜在生物标志物。

目的:基于生物信息学方法分析植物同源结构域锌指蛋白5A(PHF5A)在肝细胞癌(肝癌)中的表达及临床意义。方法:肿瘤免疫估计资源(TIMER)、UALCAN及临床蛋白质组学肿瘤分析联盟(CPTAC)数据库分析PHF5A在肝癌中的表达。UALCAN数据库分析PHF5A表达与肝癌临床病理学特征的相关性，并利用癌症基因组图谱(TCGA)肝癌数据进行二元Logistics回归验证。基因表达谱交互分析(GEPIA)、Kaplan-Meier Plotter数据库分析PHF5A表达与肝癌患者预后的相关性，通过Cox回归模型评估PHF5A的预后价值并构建列线图预测患者的预后。LinkedOmics数据库分析肝癌中PHF5A的共表达基因，并进行基因本体(GO)及京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析，预测其生物学功能。基因集富集分析(GSEA)探讨PHF5A在肝癌中作用的机制。通过STRING数据库进一步构建PHF5A的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络。单样本基因集富集分析(ssGSEA)研究PHF5A表达与肿瘤免疫浸润的关系，TIMER数据库分析PHF5A与免疫检查点基因的相关性。两组PHF5A表达比较采用 t检验或秩和检验，生存分析采用Kaplan-Meier法及Log-rank检验，采用Cox比例风险回归模型确定PHF5A对预后的价值。 结果:UALCAN数据库显示肝癌组织中PHF5A mRNA表达水平升高[癌比癌旁为23.761(18.367，30.691)比12.462(10.650，14.983)， P<0.001]。CPTAC数据库进一步验证，肝癌中PHF5A蛋白表达量亦显著高于癌旁[0.006(－0.680，0.577)比－1.990(－2.582，－1.477)， P<0.001]。PHF5A与肝癌患者临床分期(Ⅰ期比Ⅲ期)、组织学分级(G1比G3，G1比G4，G2比G3)显著正相关( P<0.05)；Logistics回归分析显示，PHF5A与临床分期、组织学分级、T分期以及甲胎蛋白(AFP)水平显著相关[比值比( OR)＝1.426、2.279、1.409、2.335， P<0.05]。GEPIA数据库显示PHF5A高表达组总生存期(OS)及无病生存期(DFS)更短[风险比( HR)＝1.700，1.400， P<0.05]；Kaplan-Meier Plotter数据库显示PHF5A高表达组OS、无进展生存期(PFS)、无复发生存期(RFS)、疾病特异性生存期(DSS)更短( HR＝1.720、1.480、1.460、2.280， P<0.05)。多因素Cox分析结果显示，PHF5A是肝癌患者OS及PFS较短的独立危险因素( HR＝1.928、2.272， P<0.01)。GO、KEGG富集分析结果显示PHF5A与RNA的剪接及加工、细胞周期、细胞分裂、正调控转录等显著相关( P<0.05)。GSEA富集分析结果显示PHF5A基因显著富集于剪接体、RNA降解、G2M检查点、细胞周期等信号通路( P<0.001)。ssGSEA分析表明PHF5A表达与肝癌组织中包括辅助型T细胞2、浆细胞样树突状细胞、细胞毒性细胞在内的多种免疫细胞浸润相关[相关系数(cor)＝0.367，－0.278，－0.289， P<0.001]。PHF5A表达与常见的免疫检查点分子标志物PD1、PDL1、CTLA4、LAG3显著正相关(cor＝0.246、0.267、0.273、0.168， P<0.01)。 结论:PHF5A在肝癌中高表达并提示预后不良，可能与异常的选择性剪接及抑制性免疫微环境相关。

目的:采用串联质谱标签（TMT）联合液相色谱串联质谱（LC-MS/MS）筛选免疫介导性脱髓鞘疾病诊断与鉴别诊断的潜在生物标志物。方法:选择首都医科大学附属北京天坛医院2020年1月至2021年1月收治的20例脱髓鞘疾病患者（脱髓鞘组），包括10例吉兰-巴雷综合征（GBS）患者（GBS亚组）与10例多发性硬化（MS）患者（MS亚组）。以及10例神经系统非炎性疾病（NND）患者（NND组），通过TMT蛋白质组学技术筛选出脱髓鞘组与NND组、GBS亚组与MS亚组间具有表达差异的蛋白质（差异倍数>2或<0.5且差异有统计学意义），借助String数据库对组间差异蛋白质所参与的通路进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）富集分析。另选择同期就诊的80例脱髓鞘疾病患者（脱髓鞘病验证组）以及40名健康体检者（健康对照组）用于血脂一般指标的回顾性分析，脱髓鞘病验证组包括40例GBS患者（GBS验证组）及40例MS患者（MS验证组）。绘制受试者工作特征（ROC）曲线评价血脂一般指标对脱髓鞘病诊断及GBS与MS间鉴别诊断的价值。结果:经TMT蛋白质组学技术检测出362种蛋白质，脱髓鞘组与NND组比较共有101个差异蛋白，GBS亚组与MS亚组比较共有45个差异蛋白。GO富集分析结果显示，脱髓鞘组与NND组相比，富集度前5条通路为巨噬细胞集落刺激因子及受体复合物、胆固醇输入负调控、极低密度脂蛋白颗粒清除负调控、含甘油三酯丰富的脂蛋白颗粒重构、胆固醇逆向转运。GBS亚组与MS组相比，富集度前5条通路为高密度脂蛋白颗粒受体结合、极低密度脂蛋白颗粒重塑负调控、胆固醇输入负调控、极低密度脂蛋白颗粒清除负调控、中等密度脂蛋白颗粒。KEGG富集分析显示，脱髓鞘组与NND组的差异蛋白富集到8条通路，为磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B信号通路、补体和凝固级联反应、细胞外基质及其受体交互、金黄色葡萄球菌感染、胆固醇代谢、Ras信号通路、吞噬体、丝裂原活化蛋白激酶信号通路。GBS亚组与MS亚组的差异蛋白富集到9条通路，为胆固醇代谢、补体和凝固级联反应、血小板激活、过氧化物酶体增殖物激活受体信号通路、维生素消化吸收、新型冠状病毒感染、脂肪消化吸收、轴突引导、中性粒细胞胞外陷阱形成通路。脱髓鞘病验证组与健康对照组比较，甘油三酯（TG）、总胆固醇（TC）、低密度脂蛋白胆固醇（LDL-C）及载脂蛋白（apo）B水平较高（ P均<0.01），高密度脂蛋白胆固醇（HDL-C）及apoA1水平较低（ P均<0.01）。GBS验证组与MS验证组比较，LDL-C及apoB水平较高，HDL-C及apoA1水平较低（ P均<0.05）。TG、TC、HDL-C、LDL-C、apoA1与apoB单独及联合检测对免疫介导性脱髓鞘病诊断的ROC曲线下面积分别为0.746、0.643、0.798、0.703、0.806、0.708和0.868。HDL-C、apoA1、LDL-C及apoB单独及联合检测对与GBS与MS鉴别诊断的ROC曲线下面积分别为0.692、0.653、0.632、0.695和0.718。 结论:免疫介导性脱髓鞘疾病患者与NND、GBS与MS患者脑脊液蛋白质组学存在差异，且差异蛋白主要存在于血脂代谢相关通路，血脂相关指标或可作为今后免疫介导性脱髓鞘疾病诊断及鉴别诊断的生物标志物。