目的:分析普雷沃菌(Prevotella)致肺脓肿鉴定诊断和治疗思路。方法:选择我院收治的1例肺脓肿患者，经厌氧培养，采用全自动微生物质谱检测系统Autof ms1000 、16S核糖体DNA (ribosomal DNA, rDNA)基因序列分析、胸腔脓液、宏基因二代测序(metagenomic nextgeneration sequencing, mNGS)明确病原菌，进行文献复习。结果:采用全自动微生物质谱检测系统Autof ms1000鉴定菌株为普雷沃菌，16S rDNA基因序列分析显示解肝素普雷沃菌(NR044633.1) 98.517%, mNGS明确病原菌为普雷沃氏菌属26%，梭杆菌属13%，棒杆菌属7%。予哌拉西林钠舒巴坦钠3 g联合奥硝唑0.5 g/d二次静点抗感染，症状明显好转，无发热，无咳嗽咳痰，复查胸部CT右下肺高密度影基本吸收。结论:普雷沃菌是一种条件致病厌氧菌，多发生在机会性感染，易误诊漏诊，建议尽早进行mNGS明确病原体。经典微生物培养联合宏基因二代测序技术可提高肺部感染性疾病的病原微生物检出率，为精准抗菌治疗提供临床依据。

目的:探讨宏基因组高通量测序（mNGS）所揭示的感染谱特征，为异基因造血干细胞移植（allo-HSCT）后感染诊断提供参考。方法:选取2018年1月至11月河北燕达陆道培医院行allo-HSCT后出现全身或局部感染症状的血液病患者64例。用mNGS方法检测血液、脑脊液、肺泡灌洗液等标本中存在的所有病原微生物基因序列，并结合患者的临床表现确定致病或疑似致病的病原体。结果:共对64例allo-HSCT患者进行了97份样本的mNGS检测。革兰阳性菌中最常见为溶血葡萄球菌（19例次）和人葡萄球菌（14例次），革兰阴性菌中最常见为鲍曼不动杆菌（8例次）；病毒中最常见的为巨细胞病毒、EB病毒和细环病毒（分别为35、22和23例次）；真菌中最常见的为球形马拉色菌（14例次）和近平滑念珠菌（8例次）。3例检测到结核分枝杆菌复合群，均见于急性髓系白血病移植后患者。1例患者痰液中检测到口腔支原体，寄生虫未见。结论:mNGS可全面揭示血液病allo-HSCT后的感染谱，尤其对于少见和难培养病原微生物检测具有显著优势，可有效帮助临床感染病原体的诊断。

目的:评估宏基因组二代测序（mNGS）技术在支气管肺泡灌洗液（BALF）中检测病原菌对重症监护病房（ICU）器官移植患者肺部感染的诊断价值。方法:采用回顾性研究方法，收集2018年8月至2021年8月中国科学技术大学附属第一医院重症医学科收治的46例器官移植后肺炎/疑似肺炎患者的BALF，均进行了同步mNGS和常规微生物综合试验（CMT）检测，并以CMT结果作为参考标准，比较mNGS和CMT在器官移植患者肺部感染中诊断价值的差异，并分析mNGS对于混合感染的诊断价值。结果:①肺炎病原体：在入组的35例患者中共检测出31种病原体，包括细菌（16种）、真菌（9种）、病毒（6种），其中mNGS和CMT共同检测到25种病原体，仅mNGS检测到19种病原体。采用mNGS方法分离出的微生物中，铜绿假单胞菌、鲍曼不动杆菌及肺炎克雷伯菌的检出率较高〔分别为51.4%（18/35）、42.9%（15/35）、31.4%（11/35）〕；白色假丝酵母菌、曲霉属和肺孢子菌属是最常检测出的真菌〔分别为31.4%（11/35）、22.9%（8/35）、22.9%（8/35）〕；有20例患者病毒检测呈阳性，最常检测到的病毒为巨细胞病毒、疱疹病毒和EB病毒〔分别为28.6%（10/35）、20.0%（7/35）、17.1%（6/35）〕。此外mNGS还检测出1例布鲁氏菌。②诊断效能：就细菌检测而言，对纳入研究的35例患者样本进行CMT检测有20例阴性结果，对阴性样本采用mNGS方法检测共产生10例阳性结果；mNGS阳性样品的百分比显著高于CMT阳性样品〔优势比（ OR）＝5.5，95%可信区间（95% CI）为1.2~24.8， P＝0.02〕；mNGS对于诊断细菌的敏感度和特异度分别为93.3%、50.0%，而阳性预测值（PPV）和阴性预测值（NPV）分别为58.3%、91.1%。就真菌检测而言，两种检测方法阳性样品的百分比无明显差异（ OR＝1.5，95% CI为0.5~4.2， P＝0.60）；mNGS对于诊断真菌的敏感度和特异度分别为72.2%、64.7%，PPV和NPV分别为68.4%、68.8%；对纳入35例样本进行CMT检测产生17例阴性结果，对检测阴性样本使用mNGS检测共产生6例阳性结果。共20例患者样本采用mNGS检测到病毒阳性。此外，23例患者（占65.7%）被确诊为肺部混合感染。 结论:使用mNGS检测BALF中的病原体提高了危重症器官移植患者肺部感染细菌鉴定的敏感度和特异度，mNGS在检测病毒和识别混合感染方面有明显优势。

目的:探讨儿童重症监护病房(PICU)重症结核病(TB)患儿的临床特点和宏基因组二代测序(mNGS)在诊断中的可行性。方法:回顾性分析2018年1月至2020年12月安徽省儿童医院PICU收治的3例重症TB患儿的临床资料和mNGS检测结果，并在中国知网、万方、维普和PubMed数据库中检索应用mNGS诊断的儿童TB，检索时间均为建库至2021年3月，复习相关文献。结果:1．在3例患儿中，男2例，女1例。3例均有发热。1例患有X-连锁重症联合免疫缺陷病(X-SCID)。3例患儿抗酸染色、结核菌素纯蛋白衍生物(PPD)皮肤试验和结核感染T细胞斑点试验(T-SPOT.TB)均阴性，经mNGS早期诊断。2例转专科抗结核治疗好转出院。2.共检索到3篇文献，报道7例TB患儿。1例X-SCID男婴患卡介苗相关噬血细胞综合征，6例结核性脑膜炎，均采用mNGS早期检出结核分枝杆菌复合群协助诊断。结论:mNGS在儿童重症TB，尤其是免疫抑制患儿的快速病原诊断方面具有一定应用前景，有助于优化早期诊断和抢先治疗，以改善预后。

弓形虫病是一种少见但可能致命的机会性寄生虫感染，可发生于异基因造血干细胞移植（allo-HSCT）受者。移植后任何时间都可能发病，中位发病时间为术后2个月。弓形虫肺部感染非常罕见，预后非常差，病死率极高，弓形虫病的影像学表现与耶氏肺孢子菌肺炎（PJP）类似；确诊通常需要证实组织或体液中存在速殖子。弓形虫感染无特征性的临床症状及体征、病原体镜检阳性率不高、形态难以鉴别，因此需要提高警惕，更强调预防。对于allo-HSCT患者，推荐从植活到整个免疫抑制治疗期间持续给予复方磺胺甲唑（SMZco）进行预防性治疗。本文报道两例通过宏基因组二代测序（mNGS）技术确诊的移植后弓形虫感染病例并进行文献复习。

目的 评估亚洲璃眼蜱在普氏野马分布区域传播疾病的潜在风险,研究雌、雄蜱在宏基因组水平的特征并进行病原体分析.方法 2022年4月,在新疆卡拉麦里山有蹄类自然保护区使用"守株待蜱"法采集硬蜱,利用体视镜进行形态学鉴定,提取48只蜱(雌、雄各24只)DNA,PCR扩增线粒体细胞色素C氧化酶第1亚基(COⅠ)序列进行分子生物学鉴定.将雌、雄亚洲璃眼蜱分组进行宏基因组测序,非冗余基因集与非冗余蛋白(NR)数据库进行比对,分析蜱携带的微生物群落组成;与京都基因与基因组百科全书(KEGG)数据库和抗生素抗性基因数据库(ARDB)进行比对,获取蜱及蜱传病原体的基因功能注释结果以及抗生素抗性功能注释结果.数据的比较采用t检验分析.结果 共采集硬蜱124只,经形态学鉴定亚洲璃眼蜱成虫119只.硬蜱DNA扩增出约700 bp的阳性条带,经测序与亚洲璃眼蜱(GenBank:MH459386.1)的序列一致性为99％～100％.宏基因组测序经质控过滤共获得469 327 812条序列读长,开放阅读框预测得到836 843～1 094 994条序列.NR数据库比对结果显示,亚洲璃眼蜱携带的细菌菌落丰度占注释到的总群落丰度的99.13％,共注释到细菌32门2 040种,变形菌门和放线菌门为优势菌门,分别占细菌群落丰度的51.52％和44.35％;嗜吞噬细胞无形体为优势菌种,占细菌群落丰度的16.35％.病毒菌落丰度占注释到的总群落丰度的0.004％,共注释到病毒5 门 21种.雌蜱和雄蜱携带的细菌群落和病毒群落的丰富度及多样性差异均无统计学意义(t=-1.180、-1.729,均P＞0.05).KEGG基因功能注释到亚洲璃眼蜱新陈代谢基因占比最高(54.38％),主要的功能条目为氨基酸代谢、碳水化合物代谢、膜转运等;共识别出11 352种蛋白通路,其中154种蛋白通路在雌蜱和雄蜱间的差异有统计学意义(t=-2.348,P＜0.05).ARDB注释到亚洲璃眼蜱携带154种抗生素抗性基因,包括49种抗性基因类型,主要抗性基因类型为Baca(占62.53％),抗生素类型为肝菌肽.大部分注释到的抗性基因与多重耐药相关,如Mexf、Mexb、Emrd、Mexw等.雌蜱和雄蜱在抗生素抗性基因类型的差异性对比结果显示,仅雌蜱的Emrd基因抗性高于雄蜱(t=-7.558,P＜0.05).结论 本研究在宏基因组水平上揭示了亚洲璃眼蜱携带的主要细菌、病毒群落及多重耐药相关的抗生素抗性基因,雌蜱及其携带的病原体具有较高的物种丰度和基因丰度.

除临床表现、病史、影像学外，下呼吸道感染（LRTI）的诊断水平主要依赖于临床微生物学实验室病原学检测能力，但常规培养耗时长，显微镜检的敏感度低，PCR等分子生物学检测方案覆盖的病原类别有限。近年来宏基因组测序（mNGS）技术的应用提高了LRTI的诊断率，从而也出现对常规微生物检测能力不重视的现象。本文对如何适当使用上述检测方法加以评述，并建议在mNGS背景下，进一步加强临床微生物检测能力的建设。

当今，全球新型冠状病毒感染等传染病的暴发引起了人们对新发传染病的高度关注。随着下一代测序技术和病毒宏基因组生物信息技术的快速发展，环境和生物体内携带的各种已知和未知的病原微生物得以广泛检测和鉴定。同时，得益于机器学习方法的持续进步，多种快速且精准的病毒识别方法被广泛开发和应用。因此，本综述旨在全面概括病毒宏基因组领域中用于识别和预测病毒的主要方法、框架及适用范围。这将有助于更深入地理解病毒特征，发现潜在的新病原体，为传染病早期防控提供关键的技术支持。

目的:探讨通过宏基因组学二代测序诊断的鹦鹉热衣原体肺炎患者的临床特征及治疗策略。方法:选择2020年1月至2021年12月由惠州市中心人民医院和惠州市第一人民医院收治的26例鹦鹉热衣原体肺炎患者，收集其临床资料，包括一般情况、临床表现、实验室检查、胸部计算机断层成像、宏基因组学二代测序结果、治疗用药及预后等。结果:26例患者中，20例(76.9%)有鸟或家禽接触史，发病季节以冬季[57.7%(15/26)]最多见。26例患者均出现高热、畏寒、纳差、乏力和咳嗽，21例(80.8%)出现呼吸困难，19例(73.1%)有相对缓脉，12例(46.2%)出现头痛、肌肉酸痛，7例(26.9%)有意识障碍。26例患者中，白细胞计数正常17例(65.4%)，淋巴细胞计数减少21例(80.8%)。26例患者超敏C反应蛋白、降钙素原均有升高，D-二聚体升高24例(92.3%)，天冬氨酸转氨酶升高18例(69.2%)，丙氨酸转氨酶升高15例(57.7%)。胸部计算机断层成像检查以肺实变为主要表现，20例(76.9%)为多肺叶病变，18例(69.2%)病灶主要位于肺下叶。26例患者的宏基因组学二代测序检测结果中，9例(34.6%)只检出鹦鹉热衣原体，余17例(65.4%)除检出鹦鹉热衣原体外，还检出了其他病原微生物。经过针对性抗感染治疗后，除2例因多脏器功能衰竭死亡外，其余24例均好转。结论:鹦鹉热衣原体肺炎常见表现为高热、呼吸困难、相对缓脉，白细胞计数多正常，肺部影像学表现为肺实变，宏基因组学二代测序有助于疾病早期诊断，经过及时、有效的治疗后患者预后良好。

产免疫分枝杆菌是一种罕见的非结核分枝杆菌，属于快生长型分枝杆菌，可引起皮肤感染、角膜炎、导管相关感染、慢性肺炎和脓毒症等，其感染多发生在美洲，国内诊治经验很少。本文报道1例由产免疫分枝杆菌引起的全身多发皮肤软组织感染病例，经培养、质谱鉴定和宏基因组二代测序检测明确病原体，最终参考抗菌药物敏感性试验结果，通过联合抗分枝杆菌治疗取得了良好疗效。面对罕见感染病例，临床微生物实验室采用全面的诊断方法和应用新技术对于精准诊治具有重要价值。