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基于生物信息学方法分析氟化物对成釉细胞毒性作用的分子机制
编辑人员丨2天前
目的:探讨氟化物对成釉细胞毒性作用的分子机制。方法:取小鼠成釉细胞株(LS8细胞),根据氟化钠(NaF)终浓度分为对照组(0.0 mmol/L NaF)和染氟组(1.6 mmol/L NaF)。对两组细胞进行转录组测序,筛选差异表达基因(DEGs),对DEGs进行基因本体(GO)分析及基因集富集分析(GSEA)。采用STRING数据库构建DEGs的蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络,使用Cytoscape 3.8.0软件对PPI网络进行可视化,筛选关键模块和关键基因。同时,使用实时荧光定量PCR检测关键基因mRNA表达水平,并通过基因表达数据库(GEO数据库)对关键基因进行验证。结果:染氟组与对照组比较,共有709个DEGs,其中上调基因223个,下调基因486个。DEGs的GO分析主要涉及受体配体活性、细胞黏附分子结合、细胞外基质结构成分等分子功能,细胞外基质胶原蛋白、受体复合物、膜筏等细胞组分,外部封装结构组织、细胞外结构组织、细胞外基质组织等生物学过程。全基因集的GSEA发现,白细胞介素-17(IL-17)信号通路、真核生物中的核糖体生物发生、核因子κB(NF-κB)信号通路处于激活状态,脂肪酸降解、丙酮酸代谢、脂肪酸代谢处于抑制状态。构建PPI网络后,得到3个关键模块和4个关键基因[Ⅰ型胶原α1(Col1a1)、Ⅰ型胶原α2(Col1a2)、Ⅴ型胶原α1(Col5a1)和纤维蛋白原-1(Fbn1)]。与对照组比较,染氟组LS8细胞Col1a1、Col1a2、Col5a1、Fbn1 mRNA表达水平均较低( P均< 0.05),与GEO数据库中基因表达变化趋势一致。 结论:利用生物信息学方法筛选得到的关键基因Col1a1、Col1a2、Col5a1、Fbn1及IL-17、NF-κB信号通路可能与氟化物对成釉细胞的毒性作用密切相关。
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编辑人员丨2天前
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N6-腺苷酸甲基化修饰在呼吸系统疾病发生发展中作用的研究进展
编辑人员丨2天前
N6-腺苷酸甲基化(m6A)是真核生物mRNA最常见的转录后修饰行为之一。m6A修饰可加速mRNA的代谢和翻译,在细胞分化、胚胎发育和免疫应答等过程中发挥重要作用。作为一种可逆的表观遗传修饰,m6A修饰在许多生理和病理过程中发挥着重要作用。m6A修饰与呼吸系统疾病的发生发展密切相关,m6A修饰调控因子可能成为调控呼吸系统疾病的潜在作用靶点。本文对m6A修饰在肺癌、急性肺损伤(ALI)、哮喘、肺纤维化、慢性阻塞性肺疾病(COPD)等呼吸系统疾病发生发展中的作用进行了综述,旨在为呼吸系统疾病的发病机制及药物作用靶点研究提供参考。
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编辑人员丨2天前
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m6A甲基化调控神经系统及相关疾病的功能研究进展
编辑人员丨2天前
在已知的众多发生在信使RNA(mRNA)内部的修饰方式中,N6-甲基腺嘌呤(m6A)修饰是真核生物最常见的一种转录后修饰,占所有RNA甲基化修饰的80%。分子层面上,m6A这种可逆的修饰方式参与调节mRNA的可变剪切、出核、翻译、降解等过程。已有研究揭示了m6A修饰参与调控DNA损伤修复、细胞分化、个体生长发育以及学习记忆和免疫调控等多个生理过程,而这种修饰近年来也成为神经科学领域的一个重要的研究方向。本文围绕m6A的分子调控机制及其在神经系统的发育和相关疾病的发生发展中的作用进展进行综述,以期为开展以m6A为靶向的神经相关研究提供新的思路。
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编辑人员丨2天前
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N6-甲基腺苷修饰在肿瘤及病毒感染中的研究进展
编辑人员丨2天前
表观转录组学代表核糖核酸(RNA)修饰的基因转录后水平调控,参与调控真核生物基因的表达。RNA修饰多存在于真核生物中,方式众多,具有重要功能,其中N6-甲基腺苷(m6A)修饰是真核生物RNA序列中信使RNA(mRNA)上最常见的一种修饰,表现为甲基转移酶催化腺嘌呤在6号氮原子位置发生甲基化修饰,它通过"写入器"、"擦除器"、"阅读器"三类分子生物精准调控来维持动态平衡。m6A修饰与组织发育、生物钟、脱氧核糖核苷酸(DNA)损伤反应、性别决定、肿瘤的发生发展密切相关。人类肿瘤细胞中m6A修饰通过调控多种癌基因和抑癌基因,对肿瘤的发生、发展、增殖、侵袭、转移和免疫应答有重要影响。因此,肿瘤细胞的m6A修饰有望成为一个潜在的抗癌治疗靶点,这对于阐明肿瘤机制和临床治疗具有重要意义。本文还讨论了m6A修饰与病毒感染的关系,包括严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)感染,这种新发现的病毒导致了2019年12月以来的2019冠状病毒病(COVID-19)全球大流行。
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编辑人员丨2天前
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人真核翻译起始因子4A3调控的环状RanGTP酶激活蛋白1通过调节滋养细胞的增殖、迁移和侵袭参与子痫前期发病
编辑人员丨2天前
目的:探讨环状RanGTP酶激活蛋白1(circular RanGTPase activating protein 1,circRANGAP1)在子痫前期中对滋养细胞生物学行为的影响及其可能的作用机制。方法:收集2020年8月至2022年12月于中国医科大学附属盛京医院就诊的子痫前期患者及年龄、孕周匹配的对照组产妇的胎盘组织(早发子痫前期组和早发对照组各8例,晚发子痫前期和晚发对照组各24例),采用实时荧光定量法检测胎盘组织中circRANGAP1及人真核翻译起始因子4A3(eukaryotic translation initiation factor 4A3,EIF4A3)mRNA表达水平,蛋白质印迹法检测EIF4A3蛋白表达水平。取滋养细胞系HTR-8/Svneo,采用细胞计数增殖试验、划痕试验和Transwell侵袭试验检测增殖、迁移和侵袭能力,采用RNA结合蛋白免疫沉淀法检测EIF4A3对circRANGAP1的调控作用。敲降EIF4A3表达后,实时荧光定量聚合酶链反应法检测HTR-8/Svneo细胞中circRANGAP1的变化。采用独立样本 t检验、非参数 χ2检验或Pearson相关分析对数据进行统计学分析。 结果:(1)早发子痫前期中circRANGAP1表达与早发对照组差异无统计学意义,晚发子痫前期中circRANGAP1表达高于晚发对照组(3.764±3.297与0.960±0.720, t=4.07, P<0.001)。在晚发子痫前期中,circRANGAP1的表达与收缩压及舒张压均呈正相关(收缩压: r=0.639, P<0.01;舒张压: r=0.800, P<0.001)。早发子痫前期中EIF4A3 mRNA及蛋白质表达与早发对照组差异无统计学意义,晚发子痫前期中EIF4A3 mRNA及蛋白质表达高于晚发对照组(mRNA:2.963±3.081与1.149±0.667, t=2.30, P=0.028;蛋白质:2.504±1.008与0.258±0.180, t=4.39, P=0.005)。(2)小干扰(small interfering,siRNA)敲降后,mRANGAP1的表达量差异无统计学意义,而circRANGAP1的表达量降低(1.000±0.004、0.465±0.031与0.621±0.030),其中si-1敲降效率最高( t=23.59, P=0.002)。特异性敲降circRANGAP1后,滋养细胞的增殖(1.297±0.058与1.456±0.030, t=-5.97, P<0.001)、侵袭(94.400±6.504与219.000±19.870, t=-13.32, P<0.001)和迁移[(25.493±3.498)%与(58.456±3.277)%, t=-15.38, P<0.001]能力均升高。(3)EIF4A3在circRANGAP1 pre-mRNA上游区域存在6个结合位点。EIF4A3可以通过区域a和区域b结合,但不能通过区域c结合。siRNA敲降后,EIF4A3的表达量降低(1.003±0.101、0.276±0.060、0.398±0.074与0.184±0.017),其中si-3敲降效率最高。敲降EIF4A3后,滋养细胞中circRANGAP1表达下降(1.004±0.118与0.480±0.039, t=5.96, P=0.027)。 结论:circRANGAP1在EIF4A3的调控下抑制滋养细胞增殖、迁移和侵袭能力,参与子痫前期发病。
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编辑人员丨2天前
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基于IRES转录效率不同构建绿色荧光蛋白差异表达载体
编辑人员丨2天前
目的:根据IRES末端序列的不同,构建4个GFP表达强度不同的逆转录病毒载体,为后续流式检测或成像提供基础。方法:利用脑心肌炎病毒IRES的转录效率依赖于其末端的基因序列,通过重叠PCR方法将IRES与EGFP融合成4个不同连接方式的片段,然后克隆至逆转录病毒载体pMSCV-NGFR中;PCR扩增NGFR片段,克隆至逆转录病毒载体pMSCV-IRES-EGFP前面;逆转录病毒载体pMSCV-NGFR-IRES-EGFP转染293T细胞,分析EGFP的表达比例和平均荧光强度(MFI),同时分析NGFR的表达。结果:成功构建4个逆转录病毒载体pMSCV-NGFR-IRES-EGFP;在293T细胞转染4个逆转录病毒载体,24 h和48 h时EGFP的表达效率没有明显差异,但荧光强度却有明显不同,同时NGFR的表达没有明显不同,说明IRES与EGFP之间加入不同的核苷酸序列,会使EGFP的荧光强度呈现明显差异。结论:EGFP的表达强度受IRES与EGFP之间序列的影响,不同强度EGFP的逆转录病毒载体可以适用于不同的实验要求。
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编辑人员丨2天前
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m 6A RNA甲基化修饰与营养生理及代谢的联系
编辑人员丨2天前
6-甲基腺嘌呤(N6-methyladenosine,m 6A)是真核生物mRNA中最丰富的内部化学修饰,参与了许多转录后的调控过程,包括维持mRNA的稳定性、促进其剪接和翻译。在哺乳动物中,m 6A的动态变化调节动物的生长、发育和代谢。相反,营养和饮食也可以通过调节m 6A甲基化模式来调节基因表达。本文主要专注于m 6A修饰与营养生理和代谢之间的相互作用研究。
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编辑人员丨2天前
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利用生物信息学综合分析lncRNA GAS5在三阴性乳腺癌中的功能作用
编辑人员丨2天前
目的:利用生物信息学管理对乳腺癌和癌旁组织进行长链非编码RNA-生长停滞特异基因5(lncRNA GAS5)差异表达分析,以探讨GAS5对三阴性乳腺癌发生发展的影响。方法:用基因图谱计划(The Cancer Genome Atlas,TCGA)的乳腺癌数据分析各个乳腺癌亚型及病理分期中GAS5的表达情况。利用基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)中三阴性乳腺癌数据GSE76124和GSE83937对GAS5进行相关性分析,选取相关性基因并取交集。利用所得到的正相关基因做GO功能和KEGG通路富集分析。用TCGA数据库和GEO76124数据进行GAS5的GSEA分析。选取GEO数据集GSE40525和GSE76250进行三阴性乳腺癌的差异miRNA和mRNA的筛选,通过预测,构建GAS5-miRNA-mRNA的ceRNA网络。结果:GAS5在乳腺癌各亚型组织中表达均较癌旁组织低。GAS5主要参与多种代谢进程包括有机物代谢、大分子代谢、氮化合物代谢等,在通路方面主要影响真核生物中的核糖体生物发生,WNT信号通路等。通过构建GAS5在三阴性乳腺癌中ceRNA调控网络,发现GAS5最有可能通过吸附hsa-miR-650和has-miR-532-5p调控包括SLC7A2和LONRF2在内的25个基因的表达,发挥抑癌基因的作用。结论:lncRNA GAS5可能在乳腺癌中起到抑癌基因的作用,可为乳腺癌的基因治疗提供新的治疗靶点。
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编辑人员丨2天前
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N6-甲基腺苷(m6A)修饰调控配子发生、胚胎发育和性别决定的研究进展
编辑人员丨2天前
N6-甲基腺苷(m6A)是真核生物mRNA中含量最为丰富的甲基化修饰形式,甲基转移酶(writers)、脱甲基酶(erasers)、甲基结合蛋白(readers)3种蛋白共同保证着m6A的动态可逆修饰。最近的研究显示,m6A的差异表达与配子发生相关,并且对胚胎发育和性别决定也显示出重要作用。对m6A的研究明显改变了对胚胎种植、分化和发育的认识,为此,本文就m6A与配子发生、胚胎发育及性别决定的相关研究进行综述。
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编辑人员丨2天前
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真核生物mRNA调控因子CFIm25对胰腺癌细胞生物学影响及机制研究
编辑人员丨2天前
以胰腺癌PANC-1细胞为研究对象,CFIm25敲减表达前、CFIm25敲减组、AICAR(AMPK通路激活剂)处理组细胞BrdU增殖水平分别为:23.43±3.51、31.77±4.77、18.29±2.47;流式细胞仪检测细胞凋亡水平分别为:9.51±1.43、7.15±0.87、15.80±1.93;细胞周期G0/G1期:53.15±1.30、44.70±2.20、71.01±5.43;S期:26.91±0.86、33.58±0.65、16.47±1.45;G2/M期:19.93±2.00、21.72±2.61、12.52±4.03。提示CFIm敲减后细胞增殖增加、凋亡降低,细胞周期阻滞在S期;AICAR(AMPK通路激活剂)处理后增殖凋亡趋势同敲减前。促凋亡蛋白Bax表达降低、抑制凋亡蛋白Bcl-2表达升高。说明CFIm25可通过AMPK通路抑制胰腺癌PANC-1细胞增殖、促进凋亡。
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编辑人员丨2天前
