-
高原鼢鼠和高原鼠兔肺组织磷脂酰胆碱合成关键酶基因的进化及其表达差异分析
编辑人员丨5天前
肺表面活性物质有助于维持肺泡结构,促进呼吸作用和对氧的吸收及利用,磷脂酰胆碱为肺表面活性物质磷脂主要成分.为进一步研究高原动物对低氧环境的适应机制,本文以青藏高原特有物种高原鼢鼠(Eospalax baileyi)和高原鼠兔(Ochotona curzoniae)为研究对象,应用生物信息学方法对编码磷脂酰胆碱合成途径中关键酶胆碱激酶基因Chok-α和Chok-β、磷酸胆碱胞苷转移酶基因Pcyt-α和Pcyt-β以及胆碱磷酸转移酶基因Cpt的序列进行进化分析,并以SD大鼠(Rattus norvegicus)为对照,测定了这些基因在肺组织中的mRNA表达水平.生物信息学结果表明,Chok-α、Chok-β、Pcyt-α、Pcyt-β和Cpt基因序列高原鼢鼠与以色列鼹鼠(Nannospalax galili)的同源性最高,高原鼠兔与北美鼠兔(O.princeps)的同源性最高,均高达90%以上;高原鼢鼠Cpt与以色列鼹鼠,高原鼠兔Chok-β、Pcyt-β和Cpt与北美鼠兔有平行进化位点.选择压力分析表明,高原鼢鼠Chok-α亚基第4位的赖氨酸、第5位点的苯丙氨酸和第10位的谷氨酸,高原鼠兔Chok-β亚基第4位蛋氨酸,高原鼢鼠Cpt第163位谷氨酸,这些位点均存在显著差异(P<0.05);SIFT评估结果发现,高原鼠兔的Chok-β亚基中第212位氨基酸变异位点和Pcyt-β亚基第18位氨基酸变异位点对其功能有显著影响(P<0.05).mRNA表达水平分析结果表明,高原鼢鼠Chok-α和Chok-βmRNA表达水平均显著高于高原鼠兔与SD大鼠(P<0.01),高原鼠兔Chok-β mRNA表达水平显著高于SD大鼠(P<0.05);SD大鼠Pcyt-α、Pcyt-β和Cpt mRNA表达水平显著高于高原鼠兔和高原鼢鼠(P<0.01),而高原鼠兔与高原鼢鼠间无差异(P>0.05).以上结果表明,与SD大鼠相比,高原鼢鼠和高原鼠兔磷脂酰胆碱合成途径中关键酶氨基酸变异和基因表达水平的差异以及两种高原动物的生理适应,更利于它们在高寒低氧的独特环境中获取氧并利用氧,从而促进呼吸作用,以加强能量代谢并适应低氧环境.
...不再出现此类内容
编辑人员丨5天前
-
多发性骨性连接综合征1型一个家系的表型及致病变异分析
编辑人员丨5天前
目的:探究1个多发性骨性连接综合征1型(SYNS1)家系的临床表型与致病性变异。方法:选取2019年8月就诊于郑州大学第一附属医院儿科门诊的1个汉族SYNS1家系为研究对象。采集家系相关临床资料,提取各家系成员的外周血基因组DNA,进行全外显子组测序(WES)和全基因组测序(WGS)。结果:该家系共3代14人,其中6人表现为传导性耳聋或混合性耳聋,同时合并近端指间关节粘连、鼻根宽平、鼻翼发育不良、弱视、斜视、短指、足趾分隔不全,与SYNS1的典型症状相符。WES未发现先证者及其父母存在 NOG基因编码区致病性单碱基变异与插入缺失变异(InDel),但是先证者及其母亲 NOG基因及相邻基因区域存在大片段杂合缺失。WGS进一步确定先证者染色体17q22区存在约1.0 Mb杂合片段缺失(chr17:54171786_55143998),该区域包含 NOG基因。参照美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)相关标准与指南,该拷贝数变异(CNV)判定为致病性变异。 结论:NOG基因及其相邻区域的杂合缺失可能是该SYNS1家系的遗传学病因,丰富了中国人群的 NOG基因变异和临床表型图谱。在常规测序方法未发现致病变异的SYNS1患者中,应对CNV进行分析。
...不再出现此类内容
编辑人员丨5天前
-
致死型线粒体三功能蛋白缺乏症1例并文献复习
编辑人员丨5天前
目的:探讨致死型线粒体三功能蛋白缺乏症(mitochondrial trifunctional protein deficiency,MTPD)患儿的临床表型、诊治和基因特点。方法:对桂林市妇幼保健院新生儿科收治的1例致死型MTPD患儿临床资料进行回顾性分析。以“线粒体三功能蛋白缺乏症”、“线粒体三功能蛋白”、“新生儿”、“婴儿”、“致死型”和“mitochondrial trifunctional protein deficiency”、“mitochondrial trifunctional protein”、“HADHA”、“HADHB”、“newborn”、“infant”、“lethal”为关键词,分别对中文科技期刊数据库、中国知网、万方数据、中华医学期刊全文数据库、中文生物医学期刊文献数据库、中国生物医学文献数据库、PubMed、Elsevier ScienceDirect、Embase、BIOSIS Previews等自建库至2023年7月收录的文献进行检索,总结致死型MTPD患儿的临床特征和基因变异特点。结果:本例患儿男,胎龄33 +3周,生后9 d出现病情变化,以代谢性酸中毒、反复呼吸暂停、休克、心肌病、心力衰竭为主要表现,血串联质谱回报多种酰基肉碱增高,基因检测提示患儿HADHB基因存在母源性c.527C>G错义变异和新发c.1148C>T错义变异,确诊致死型MTPD,日龄12 d家属放弃抢救后患儿死亡。文献检索收集到相关文献13篇、共29例患儿资料,包括本例共30例。资料相对完整的16例患儿中,男10例,新生儿期起病15例,主要临床表现为心肌病、心肌酶谱异常、心力衰竭以及乳酸酸中毒或代谢性酸中毒;明确描述死亡时间的15例患儿中,3月龄内死亡14例;仅报道1例8岁时仍存活的患儿;29例通过基因检测确诊,HADHA基因变异10例,HADHB基因变异19例,1例通过病理检测及质谱分析确诊。 结论:MTPD是一种罕见的常染色体隐性遗传病,致死型MTPD发病时间早,新生儿期发病者可表现为严重酸中毒及心力衰竭,病死率高,应尽早对高度怀疑MTPD的患儿进行酰基肉碱及HADHB、HADHA基因检测,以助于早期基因诊断和干预治疗。
...不再出现此类内容
编辑人员丨5天前
-
徐州地区新生儿希特林蛋白缺乏症筛查和基因突变分析
编辑人员丨5天前
目的:通过筛查了解徐州地区新生儿希特林蛋白缺乏所致新生儿肝内胆汁淤积症(neonatal intrahepatic cholestasis caused by cirtin deficiency,NICCD)的发病情况、临床特征和基因突变特点。方法:对2015年9月至2020年9月徐州地区采用串联质谱技术进行遗传代谢病筛查的新生儿进行前瞻性研究,筛查疑似的患儿进一步通过尿有机酸及SLC25A13基因突变分析确诊,对确诊病例的临床表现、生化指标改变、基因突变特点、治疗及预后进行分析。结果:共筛查活产新生儿468 494名,疑似患儿112例,进行尿有机酸分析95例,SLC25A13基因突变分析95例,共确诊NICCD患儿13例,患病率1∶36 038。多数患儿早期表现为黄疸消退延迟、喂养困难及体重不增等。生化指标改变包括胆汁酸升高、肝功能异常、甲胎蛋白异常升高、低血糖、血红蛋白降低、凝血功能异常及血氨增高等。血氨基酸及酰基肉碱谱检测提示瓜氨酸、蛋氨酸、精氨酸、酪氨酸、苯丙氨酸等特异性升高,部分伴酰基肉碱轻度升高;尿有机酸分析主要表现为4-羟基苯乳酸和4-羟基苯丙酮酸升高。13例患儿均进行基因检测,共检出13种突变类型,分别为c.852_855delTATG、c.511dupG、c.1638_1660dup、IVS16ins3kb、c.1078C>T、c.615+5G>A、c.742G>A、c.44G>A、c.1311+1G>A、c.1399C>T、c.889G>T、c.1177+1G>A、c.1841+3_1841+4del,其中c.852_855delTATG最常见,5种为新发变异,新发变异中c.1841+3_1841+4del、c.511dupG和c.889G>T预测为有害变异。确诊病例予以饮食管理和对症治疗,均于1岁内症状缓解,生化指标明显改善。结论:徐州地区NICCD患病率为1∶36 038,c.852_855delTATG变异出现频率最高。共检测出5个新发变异位点,扩展了SLC25A13基因变异谱。NICCD患儿多数预后良好,需早期诊断和治疗,终身随访。
...不再出现此类内容
编辑人员丨5天前
-
SLC2A1基因新发变异导致葡萄糖转运体I缺陷综合征患儿一例
编辑人员丨5天前
男,汉族,2个月11天,系第一胎第一产,否认出生窒息及头部外伤史,近期无疫苗接种史。因"间断抽搐4小时"由外院转入湖北省妇幼保健院(先后入住PICU和小儿神经内科)。患儿抽搐表现为发作性的双眼凝视、唇面部发绀并伴有意识丧失,单次持续1分钟可自行缓解,间隔约半小时发作一次。入院查体:生命体征平稳,嗜睡,精神反应差,全身皮肤稍黄染发花,口唇发绀,咽部充血,颈软无抵抗,四肢肢端循环欠佳。实验室检查:血常规大致正常;生化检查提示肝酶、心肌酶谱及胆红素升高:丙氨酸氨基转移酶58 U/L(参考范围:8~42 U/L),天冬氨酸氨基转移酶75 U/L(参考范围:22~59 U/L),总胆红素44.3 μmol/L(参考范围:5.0~21.0 μmol/L),直接胆红素8.6 μmol/L(参考范围:0~3.4 μmol/L),间接胆红素35.7 μmol/L(参考范围:1.7~17.3 μmol/L),总蛋白59.4 g/L(参考范围:58~76 g/L),肌酸激酶同功酶活性48.48 U/L(参考范围:0~19 U/L),α-羟基丁酸脱氢酶285 U/L(参考范围:72~182 U/L);动脉血气分析提示失代偿性呼吸性碱中毒并代谢性酸中毒、高乳酸血症;免疫功能全套示补体C3(0.59 g/L)和C4(0.08 g/L)偏低;脑脊液(cerebro-spinal fluid,CSF)多次检测均有显著的葡萄糖降低,其中最后一次CSF葡萄糖与同步血糖比值为0.19。影像学及心/脑电检查:头颅磁共振(magnetic resonance imaging,MRI)提示双侧颞部硬脑膜强化(非连续性,条状)( 图1A),心脏超声示房间隔水平过隔血流。
...不再出现此类内容
编辑人员丨5天前
-
线粒体tRNA变异与一个冠心病家系的相关性研究
编辑人员丨5天前
目的:探讨线粒体DNA变异和冠心病的相关性,研究1个母系遗传冠状动脉粥样硬化性心脏病(CHD)的可能机制。方法:选取2022年5月10日在杭州市第一人民医院就诊的1例女性CHD先证者及其母系遗传CHD家系成员作为研究对象,收集该家系的先证者和母系CHD成员的临床资料。通过对先证者及家系成员进行线粒体DNA测序,对照正常线粒体基因,经过数据比对筛选变异位点。针对变异位点,进行物种间的保守性分析并使用生物信息学软件预测变异位点对tRNA二级结构的影响。Real-time PCR检测线粒体拷贝数,并建立转线粒体细胞系进行线粒体功能分析,包括膜电位和ATP水平测定。结果:该家系共4代32人,母系成员10人,患CHD有4人,外显率为40%。测序结果发现先证者和母系成员携带m.4420A>T及m.10463T>C变异,2个变异位点在物种间均具有高度保守性。m.4420A>T位于tRNA Met D环第22位碱基上,m.4420A>T变异破坏了原有13T-22A碱基配对,可能会引起tRNA代谢障碍。m.10463T>C位于tRNA Arg接收臂的第67位碱基,该位点碱基与tRNA结构稳定性相关。实验发现携带m.4420A>T和m.10463T>C变异的家系成员的线粒体拷贝数、膜电位和ATP水平均低于正常对照( P<0.05),分别平均下降约50.47%、39.6%及47.4%。 结论:线粒体tRNA Met 4420A>T和tRNA Arg 10463T>C变异可能是这个母系CHD家系的重要分子基础。该家系表现出mtDNA同质性变异、发病年龄以及临床表型等差异,提示核基因、环境因素和线粒体遗传背景对家系成员的冠心病发病进程有一定的影响。
...不再出现此类内容
编辑人员丨5天前
-
基于rbcL序列的辽宁省苍术药材DNA条形码研究
编辑人员丨5天前
目的:采用rbcL序列对辽宁采集北苍术根茎进行鉴定,为保证辽宁省道地药材栽培可行性提供依据。方法:收集辽宁省10个地区栽培的北苍术根茎共30份,提取总DNA,采用PCR筛选DNA条形码,并对样本的rbcL序列进行扩增、测序,计算扩增成功率和测序成功率;使用MEGA 7.0软件进行序列比对;使用邻接法(NJ)构建系统聚类树。结果:北苍术根茎DNA提取成功率均为93.3%,PCR扩增和测序成功率均为100%。辽宁省30个北苍术样本中,2个样本存在种内变异,其余北苍术的碱基序列均完全相同。北苍术与菊科近缘种苍术属药材距离较近,与菊科其他属植物之间遗传距离较远。NJ树可区分北苍术及其近缘种药材。结论:辽宁省北苍术栽培品质量基本相似,rbcL序列可作为北苍术DNA条形码鉴定的有效序列片段。
...不再出现此类内容
编辑人员丨5天前
-
H9N2亚型禽流感病毒血凝素基因的分子进化分析
编辑人员丨5天前
目的:揭示H9N2亚型禽流感病毒(avian influenza virus, AIV)血凝素(hemagglutinin, HA)基因氨基酸位点的变异情况并探讨其分子进化趋势。方法:收集并比对EpiFlu数据库中2020年4月以前H9N2 AIV毒株HA基因序列信息,采用生物信息学的方法分析HA蛋白关键受体结合位点、裂解位点、糖基化位点的氨基酸差异。结果:84.92%(4 067/4 809)序列HA226位点的谷氨酰胺(glutamine, Q)被亮氨酸(leucine, L)替代;来自禽类的序列发生HA-Q226 L突变的占84.75%(4 013/4 735),来自哺乳动物的序列发生HA-Q226 L突变的占72.97%(54/74);96.26%(4 629/4 809)序列HA蛋白裂解位点基序模式仍保持低致病性AIV的特点,但有180条来自禽类的序列HA蛋白裂解位点插入了2个碱性氨基酸;58.68%(2 822/4 809)序列新增1个或者2个潜在糖基化位点,而66.44%序列(3 195/4 809)丢失糖基化位点HA210-212。结论:H9N2亚型AIV HA蛋白受体结合位点趋于结合人类受体,对哺乳动物的适应性增加,HA蛋白裂解位点和糖基化位点有向高致病性AIV的序列特征突变的倾向。
...不再出现此类内容
编辑人员丨5天前
-
MassARRAY基因分型技术在新生儿遗传代谢病诊断中的应用
编辑人员丨5天前
目的:探讨MassARRAY基因分型技术应用于新生儿遗传代谢病诊断的准确性、时效性及可行性。方法:回顾性研究。收集2016年12月至2020年1月在浙江省新生儿筛查中心应用串联质谱筛查的疑似阳性患儿7 922例,采用MassARRAY技术进行27种遗传代谢病的常见变异位点检测,通过Sanger或二代测序验证并进一步寻找潜在变异。结果:共1 408份样本送检MassARRAY,307例确诊为遗传代谢病患儿,其中高苯丙氨酸血症检出率最高,其次为原发性肉碱缺乏症、短链酰基辅酶A脱氢酶缺乏症和甲基丙二酸血症。经Sanger测序验证100%(307/307)符合。287例检测为携带者,49.1%(141/287)经Sanger测序确认为携带者,以 SLC22A5、 MCCC1基因为主。50.8%(146/287)还检测到另一个等位基因变异,以 PAH、 PTS和 ACADS基因为主。814例未发现变异,对其中158例复查后串联质谱特征性指标持续阳性、尿有机酸及其他生化检测等异常的样本进行二代测序,38%(60/158)检测到2个等位基因变异。最终确诊513例遗传代谢病患者,MassARRAY的总检出率为59.8%(307/513)。 结论:MassARRAY技术可作为新生儿遗传代谢病的早期分子筛查方法,在高苯丙氨酸血症、原发性肉碱缺乏症等热点变异集中的疾病中检出率较高,后期需不断优化新的疾病基因和变异位点从而进一步提升其潜在应用价值。
...不再出现此类内容
编辑人员丨5天前
-
一例3-甲基巴豆酰辅酶A羧化酶缺乏症患儿的 MCCC1基因变异分析
编辑人员丨5天前
患儿 男,出生37天,因新生儿串联质谱筛查异常就诊。患儿系第4胎第3产,孕39 +2周顺产,体重3600 g,一般情况可,无家族遗传病史。生后12天血串联质谱筛查结果提示3-羟基异戊酰肉碱(3-hydroxy-isovalerylcarnitine,C5-OH)9.15 μmol/L(正常参考值< 0.6 μmol/L),游离肉碱C0 8.58 μmol/L(正常参考值10 ~ 60 μmol/L)。复查血串联质谱和尿色气相色谱质谱,血C5-OH升高至12.15 μmol/L,C0降低至6.62 μmol/L,尿3-甲基巴豆酰甘氨酸(3-methylcrotonyl-glycine,3-MCG)和3-羟基异戊酸(3-hydroxyisovalerate,3-HIVA)明显增高,分别为131 μmol/L和14.2 μmol/L(正常均为0 μmol/L),其余生化指标大致正常。患儿无异常表现,其母亲查血串联质谱和尿气相色谱无明显异常。考虑患儿为3-甲基巴豆酰辅酶A羧化酶缺乏症(3-methylcrotonyl coenzyme A carboxylase deficiency,MCDD)。
...不再出现此类内容
编辑人员丨5天前
