南洋鼠(Chiromyscus langbianis)是亚洲特有的一种树栖鼠类,其属级分类一直存在争议,不同的分类系统将其归入白腹鼠属(Niviventer)或费氏树鼠属(Chiromyscus),影响了对其生物学特性的认识.本研究旨在通过测定和分析南洋鼠的线粒体基因组,探讨其线粒体基因组结构特征,并利用近邻相接法(neighbor-joining method,NJ)和最大似然法(maximum likeli-hood method,ML)构建22个近缘物种线粒体基因组的系统发育树,厘清南洋鼠的属级分类关系.结果表明,南洋鼠线粒体基因组总长度为16 288 bp,包含22个tRNA基因、13个蛋白编码基因、2个rRNA基因和一段非编码区(non-coding region,NCR),线粒体基因组碱基组成为 A 36.6％、T 28.9％、G 15.0％和 C 19.5％,AT 偏斜(AT-skew)为 0.092,GC 偏斜(GC-skew)为-0.337.在22个tRNA基因中,除tRNASer(AGY)缺少D环外,其余的21个tRNA基因均能够折叠成典型的三叶草结构.同时,部分tRNA基因,如tRNAPhe出现了A-A,tRNAVa1、tRNALeu、tRNAI1e出现了C-U等非经典配对,以维持tRNA二级结构的稳定性.基于近邻相接法和最大似然法构建的系统发育树表明,南洋鼠与费氏树鼠属的亲缘关系更近.进一步基于线粒体Cytb和Cox1构建的系统发育树及遗传距离分析结果,均支持南洋鼠划入费氏树鼠属.本研究为南洋鼠的分类地位和系统发育关系提供了分子证据,也为其种群遗传学的研究提供了数据参考.

目的:对1株甲周脓肿患者分离的少见病原体雷金斯堡预研菌进行菌种鉴定和生物学特性分析。方法:菌株CXLZQ123于2023年6月2日分离自单县中心医院皮肤科门诊就诊的甲周脓肿患者，经过初步形态学鉴定、生化鉴定，后经质谱鉴定，16S rRNA测序和全基因组测序；应用MEGA 11.0对其与GenBank中相近种属进行种群间比对，并基于遗传距离构建系统发育树分析其遗传学进化情况。同时比较与类似菌株基因组平均核苷酸一致性。结果:该菌株为革兰阴性杆菌，MicroScan WalkAway生化鉴定该菌为雷金斯堡预研菌(91.47%)或蜂房哈夫尼菌(8.53%)。梅里埃质谱鉴定为雷金斯堡预研菌。经16S rRNA基因序列分析该菌株与CIP 105435(序列号NR_104934.1)相似性最高(相似度99.37%)。将该分离菌株雷金斯堡预研菌16S rRNA基因序列上传至美国国家生物技术信息中心(NCBI，GenBank序列号：OR230248.1)。基因组测序上传序列(NCBI，SRA序列号：SRR26510420)。该菌株与雷金斯堡预研菌W13和UU2206353平均核苷酸一致性分别为98.82%和99.04%。结论:该致病菌通过形态学观察、生化鉴定、质谱鉴定、16S rRNA和全基因组测序鉴定为雷金斯堡预研菌。该菌比较少见，对大多数药物敏感。本研究可为雷金斯堡预研菌相关感染提供诊治经验。

福寿螺为我国外来入侵生物之一,是传播广州管圆线虫病的主要中间宿主,目前已在我国广泛扩散,并对入侵地的农林牧渔业生产、生态环境及人体健康造成严重威胁.准确、快速地鉴别福寿螺的种类是开展其入侵机制、扩散规律及种群遗传学等各项研究的基础,并对制定与实施防治策略有重大意义.目前福寿螺的鉴定方式主要基于传统形态学及分子生物学,其中福寿螺的分子鉴定主要基于特异性引物PCR快速鉴别技术和DNA条形码技术,本文对福寿螺的物种鉴定方式进行综述.

[目的]基于微卫星遗传标记法对浙江省嘉兴市不同有螺环境的湖北钉螺进行基因分型,开展群体遗传学分析,探讨钉螺存在或扩散的原因及其影响因素,为有效监测和控制钉螺提供依据.[方法]选取嘉兴市2022年重点有螺环境的平湖市姚浜(YB)村和三兴(SX)村,以及秀洲区的运河(YH)农场3个种群共90只钉螺样本,采用9个微卫星位点对钉螺进行基因分型和群体遗传学分析.[结果]共观察到84个等位基因,YB、SX和YH种群平均等位基因数分别为7.889、5.667、3.778;有效等位基因数分别为4.807、3.329和2.294;近交系数分别为0.400、0.377、0.493.在无限等位基因模型下,SX和YH近期可能出现瓶颈效应.NeEstimator和LDNe软件计算的有效种群均>31.9.分子方差分析显示3个种群钉螺的变异主要存在于个体间,占总变异的41.44%,群体间遗传分化指数为0.286,表示遗传分化程度很大.主坐标分析与系统发生树结果一致,3个种群分为2个谱系,YB和SX为1个谱系,YH分属另一个独立谱系.种群历史及动态分析显示3个种群基因流不充分.溯源分析表示可能为YH首先从SX分化,YB由SX和YH接触融合形成.[结论]嘉兴市钉螺种群遗传多样性总体较低,钉螺种群较不稳定,遗传分化程度很大,各种群之间基因流不充分.

目的 对一起聚集性疫情中的间日疟原虫样本进行基因分型和分子溯源分析,为病例来源的判定提供参考依据.方法 收集2018年6-7月湖南省隆回县一起间日疟聚集性疫情中4例患者的血样进行实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qPCR)虫种鉴定,并采用9个微卫星分子标记对4个样本的虫株进行基因分型,基于亚太地区消除疟疾网络间日疟原虫微卫星基因型数据库(VivaxGEN-MS)对不同国家和地区的间日疟原虫株进行种群遗传学STRUCTURE分析,判定虫株所属的遗传亚群和地理来源.结果 经qPCR鉴定,4个病例均为间日疟原虫感染,4个病例样本的9个微卫星位点均成功分型,4个样本的基因单体型不同,其中病例1、病例3和病例4为单一克隆虫株感染,病例2为多克隆虫株感染.用STURCTURE分析把所有间日疟原虫样本分成2个遗传亚群(K=2)时,4例湖南样本被划分为热带株遗传亚群(来源于埃塞尔比亚、伊朗、不丹、马来西亚、印度尼西亚和中国南部的虫株);用STURCTURE分析把所有间日疟原虫样本分成4个遗传亚群(K=4)时,4例湖南样本被划分为南亚/东南亚株遗传亚群(来源于不丹、马来西亚、印度尼西亚和中国南部的虫株).结论 分子溯源分析结果不支持该起疫情中4例间日疟原虫株的感染来源为中国中部种群,疟原虫分子溯源技术可为疟疾消除和消除后疟疾病例感染来源的判定提供客观证据.

物种是生物学中最基本的分类单元,对于珍稀濒危物种而言,物种的正确界定对于制定保护措施至关重要.分布于中国亚热带地区的百山祖冷杉(Abies beshanzuensis)、资源冷杉(A.ziyuanensis)和大院冷杉(A.dayuanensis)种群极小,且分类上长期存在争议.现行分类依据形态和地理分布将大院冷杉归并到资源冷杉,又将资源冷杉处理为百山祖冷杉的变种,但分子证据不足.该研究对百山祖冷杉、资源冷杉和大院冷杉分布区内8个种群的23株个体进行靶向捕获测序,获得了60个单拷贝核基因中的805个单核苷酸多态性位点.种群遗传结构和历史动态分析表明,这些个体可分为两个谱系,分别对应于百山祖冷杉和资源冷杉,其中资源冷杉在2.35 Ma前与百山祖冷杉和大院冷杉的共同祖先分化,而大院冷杉与百山祖冷杉亲缘关系更近,形成一个谱系.百山祖冷杉、资源冷杉和大院冷杉的遗传多样性水平整体较低,种群间存在较为明显的遗传分化(遗传分化指数0.083-0.208).由于未检测到分化后的谱系间遗传交流,推测分布区的碎片化是谱系间遗传交流受阻进而产生分化的主要原因.生态位比较分析结果显示百山祖冷杉、资源冷杉和大院冷杉这群濒危冷杉分布区的年平均气温和最冷季平均气温显著高于东亚分布的非濒危冷杉物种,因此,该研究认为全球气候变暖是导致其濒危的关键因素.综合以上研究结果,该研究对百山祖冷杉、资源冷杉和大院冷杉这群植物进行新的分类处理,将大院冷杉处理为百山祖冷杉的异名,确认资源冷杉种的地位.在对其濒危机制深入理解的基础上,建议在西南的横断山和秦巴山地区尝试迁地栽培实验,同时就地人工辅助育种.

为探索地理隔离对鲇楚克拉虫(Zschokkella parasiluri Fujita,1927)株系分化的影响规律,研究对鲇楚克拉虫进行了广泛采样并获得了鲇楚克拉虫重庆沙坪坝株系(S3)、重庆渝北株系(S4)、重庆秀山株系(S5)、贵州铜仁株系(S6)及河南信阳株系(S7)等5个地理株系,其中重庆秀山、贵州铜仁和河南信阳为鲇楚克拉虫的地理新记录.基于形态与18SrDNA分子数据对鲇楚克拉虫不同地理株系进行了比较研究.结果表明,研究获得的鲇楚克拉虫5个地理株系的形态与原始报道及已发表的其他株系一致,主成分及显著性差异分析进一步显示,5地理株系间(S3-S7)形态量度无显著差异.联合已有分子信息的湖北株系(S1)和重庆渝北株系(S2)进行遗传学比较分析,结果显示7株系间(S1-S7)18SrDNA序列相似度为98.7％-100％,遗传距离为0-0.006.这表明,鲇楚克拉虫不同地理株系间已有一定程度的遗传分化.系统发育分析表明,鲇楚克拉虫各株系间并未形成地理种群特有的单系,地理隔离可能并非鲇楚克拉虫株系分化的决定性因素.

近年来,新生隐球菌菌种复合体已被世界卫生组织列为病原真菌名录首位,其引发的侵袭性隐球菌病在全球的发病率呈现上升趋势,且菌株基因型与毒力等表型相关.该文系统回顾了来自东亚地区的新生隐球菌菌种复合体种群的群体遗传多样性研究的相关研究,对分离自东亚地区的新生隐球菌菌种复合体临床与环境分离菌株种群的基因型、交配型、群体扩张特征、耐药趋势等多个方面进行综述,为揭示新生隐球菌菌种复合体在我国等东亚国家的种群进化、扩张模式、耐药趋势等群体遗传学特征的研究提供一定的科学基础.

本研究对厚唇裸重唇鱼(Gymnodiptychus pachycheilus)基因组进行Illumina HiSeq高通量测序,共获得85 905条序列,包含567 200个微卫星位点,从中筛选出15个微卫星位点,采用雅砻江新龙种群和黄河渭河种群对其多态性进行了验证.新龙种群中,15个位点的平均等位基因数为6.9(3～13),观测杂合度(H0)为0.712 4,多态信息含量(PIC)为0.630 3,有8个位点显著偏离哈迪-温伯格平衡,1对位点表现出连锁.渭河种群中,15个位点的平均等位基因数为8.4(4～16),观测杂合度(H0)为0.719 5,多态信息含量(PIC)为0.680 7,有7个位点显著偏离了哈迪-温伯格平衡,4对位点表现出连锁.筛选获得的15个微卫星位点多态性较高,适合用于厚唇裸重唇鱼种群遗传学研究.

中华蜜蜂Apis cerana cerana是我国十分关键和重要的传粉媒介昆虫,在不同栖息地中广泛分布,表现出飞行敏捷、采蜜期长和适应性强等优点.但近些年中华蜜蜂正面临前所未有的种群多样性下降,为保护这些特定的中华蜜蜂种群的遗传资源,研究人员基于几何形态学、分子生物学和基因组学等技术手段对中华蜜蜂遗传分化和环境适应机制进行了研究,而在我国这些多样化的中华蜜蜂种群为揭示其种群适应性进化规律提供了绝佳材料.本文从中华蜜蜂种群遗传分化与环境变化的相关性、形态变异与环境适应、环境适应性生理和行为改变及这些表型变化的遗传机制4个方面综述了相关研究进展.研究发现,物理屏障和生态环境的变化,特别是海拔和纬度相关环境变化是造成中华蜜蜂种群分化的主要原因.气候因子中,温度、氧气、辐射和湿度等对中华蜜蜂环境适应性的形态发育和生理生态特征产生重要影响.形态特征的变化主要体现在体型大小和体色上,代谢生理和行为改变是其环境适应的重要策略.基于现代基因组学和分子生物学技术的种群遗传学和种群基因组学研究发现,与社会分工行为、学习感知行为、信息感知、生长发育、温度适应和代谢等相关的基因或通路受到自然选择作用,这为中华蜜蜂适应不同栖息地以及蜂种演化提供了分子证据,但应对不同环境因子的分子进化机制有待进一步研究和明确.本文对中华蜜蜂遗传分化和环境适应机制的研究综述,加深了我们对古老蜂种进化历史和遗传多样性的理解,同时为后续深入研究社会性昆虫对不同环境的适应性机制和制定有效的保护策略奠定基础.