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甘氨酰基转运RNA合酶1-分歧转录本在乳腺癌中的表达及其临床意义
编辑人员丨1周前
目的:探讨乳腺癌患者血清外泌体中长链非编码RNA(lncRNA)甘氨酰基转运RNA合酶1-分歧转录本(GARS1-DT)的表达及其与临床病理特征的关系。方法:收集2017年1月至2018年1月就诊于新疆医科大学附属肿瘤医院乳腺甲状腺外科的乳腺癌患者血清64例及乳腺良性肿瘤患者血清4例,进行外泌体提纯分离及鉴定。对4例乳腺癌外泌体和4例乳腺良性肿瘤外泌体进行高通量测序,筛选差异表达的lncRNA,对差异lncRNA进行靶基因预测与富集分析,确定与氧化应激相关的lncRNA GARS1-DT。采用RT-qPCR验证60例乳腺癌外泌体中GARS1-DT的表达水平以及与临床病理特征的相关性分析,两组之间比较采用 t检验,多组间均数比较采用方差分析、 χ2检验分析表达水平与临床病理特征的相关性。 结果:乳腺癌血清外泌体中GARS1-DT的表达水平显著低于乳腺良性肿瘤血清外泌体GARS1-DT(0.114±0.026比1.015±0.330, t=5.430, P<0.01),在有淋巴结转移组中该基因表达显著低于无淋巴结转移组(0.641±0.491比1.066±0.590, t=3.021, P<0.01),Luminal B型乳腺癌组显著低于三阴型乳腺癌组(0.502±0.362比1.114±0.517, F=3.391, P<0.05)。相关性分析结果显示,GARS1-DT的差异表达与患者年龄、孕激素受体(PR)表达、淋巴结转移和月经状况、分子分型等明显相关( χ2=5.644、5.658、9.094、5.220、7.933, P<0.05)。 结论:GARS1-DT在乳腺癌中显著表达下调,通过顺式调控靶基因GARS1,影响乳腺癌临床病理因素。
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编辑人员丨1周前
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非编码功能的LIN28同源物A的信使RNA促进结肠癌转移及其机制
编辑人员丨1周前
目的:探讨LIN28同源物A的信使RNA(LIN28A mRNA)作为非编码RNA在结肠癌发展中的功能及其机制。方法:在结肠癌细胞株HCT116和SW1116中分别构建非编码功能的LIN28A mRNA过表达和LIN28A蛋白过表达细胞系,并用荧光定量聚合酶链发应(qRT-PCR)和蛋白质印迹法(Western blot)进行验证。细胞计数试剂盒(MTT)检测细胞增殖能力,细胞侵袭实验(Transwell)实验分析细胞迁移和侵袭能力。质谱检测过表达非编码功能的LIN28A mRNA导致的蛋白变化,并通过生物信息学方法筛选其功能性靶分子,Western blot法验证LIN28A mRNA对其表达的影响。构建其靶分子敲低的结肠癌细胞系,通过Transwell实验检测其靶分子在结肠癌中发挥的功能。组间数据比较采用 t检验。 结果:无编码功能的LIN28A mRNA组细胞转移能力明显高于对照组,差异有统计学意义(HCT116迁移:1.065±0.323比2.768±0.249, t=8.345, P<0.05;SW1116迁移:1.034±0.117比1.458±0.056, t=6.600, P<0.05;HCT116侵袭:1.055±0.319比2.026±0.165, t=6.387, P<0.05;SW1116侵袭:0.941±0.100比2.103±0.111, t=16.48, P<0.05),但增殖能力无明显变化。蛋白质谱技术鉴定甲硫氨酰氨肽酶2(METAP2)是LIN28A mRNA过表达后显著上调的可能调控肿瘤转移的靶蛋白。敲减LIN28A后METAP2表达显著低于对照组,差异有统计学意义(HCT116-si#1:1.003±0.052比0.937±0.044, t=1.371, P>0.05;si#2:1.003±0.052比0.503±0.015, t=13.11, P<0.05;SW1116-si#1:1.005±0.071比0.993±0.075, t=0.1623, P<0.05;si#2:1.005±0.071比0.809±0.052, t=3.141, P<0.05)。与LIN28A mRNA作用一致,敲减METAP2组细胞转移能力明显低于对照组,差异有统计学意义(HCT116迁移和侵袭:1.000±0.055比0.420±0.070, t=14.60, P<0.05;1.000±0.176比0.200±0.009, t=8.942, P<0.05;SW1116迁移和侵袭:1.026±0.152比0.350±0.078, t=7.933, P<0.05;0.982±0.238比0.487±0.030, t=4.851, P<0.05)。 结论:非编码功能的LIN28A mRNA通过调节METAP2促进结肠癌细胞转移。
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编辑人员丨1周前
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一个 FBN2基因新剪接位点变异致先天性挛缩蜘蛛指畸形的遗传学分析
编辑人员丨1周前
目的:对1例疑似先天性挛缩蜘蛛指畸形患者进行变异筛查,探讨其可能的分子遗传学发病机制,为临床诊断提供依据。方法:应用全外显子测序技术筛查基因变异。候选致病基因剪接位点变异经Sanger测序验证后,经RT-PCR、TA克隆测序确定新转录本序列。结果:患者 FBN2基因存在c.533-1G>C杂合变异,未见报道。mRNA测序显示该变异导致 FBN2基因原剪接受位消失的同时,激活c.533-71处潜在剪接受位位点,由此产生的新转录本中插入了70bp序列。推测新转录本编码多肽在氨基酸179位由缬氨酸(Val)变成丝氨酸(Ser),并移码26位后终止(p.Val179Serfs26*)。根据美国医学遗传学与基因组学学会指南, FBN2基因c.533-1G>C变异判定为致病性变异(PVS1+PM2+PP3)。 结论:FBN2基因c.533-1G>C变异引起新转录本发生功能丧失性变异,可导致先天性挛缩蜘蛛指畸形。
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编辑人员丨1周前
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Ⅱ型粘多糖贮积症致病基因 IDS内含子中一个新的RNA剪切变异
编辑人员丨1周前
目的:对1个粘多糖贮积症Ⅱ型(mucopolysaccharidosis Ⅱ,MPSⅡ)家系的艾杜糖-2-硫酸酯酶(iduronate-2-sulfatase, IDS)基因进行变异分析,探讨其分子遗传学发病机制。方法:应用高通量测序和Sanger测序技术对先证者进行基因变异分析,基因变异确定后,对其母亲、父亲进行致病基因位点确认,确定变异基因的遗传关系;应用逆转录-聚合酶链反应检测变异对mRNA的影响。结果:先证者 IDS基因存在IVS1-3T>G半合子变异,导致变异等位基因产生了两种转录本,一种转录本保留了第1内含子的3′端c.104-216到c.104-1的216个核苷酸,并提前出现终止密码,导致肽链从550个氨基酸截短至38个;另一种转录本缺失了第2外显子5′端c.104-c.212的109个碱基,产生移码变异,IDS肽链由550个氨基酸缩短至92个。先证者为IVS1-3T>G变异的半合子,而其母亲为IVS1-3T>G变异的杂合子;其他家系成员及100名正常对照则未见该变异。 结论:IDS基因的IVS1-3T>G变异导致 IDS基因表达异常,进而引起IDS蛋白异常,从而成为该粘多糖贮积症Ⅱ型患者的致病原因。
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编辑人员丨1周前
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一例结节性硬化症新生儿的 TSC2基因变异分析
编辑人员丨1周前
目的:分析一例结节性硬化症(tuberous sclerosis complex,TSC)新生儿的临床特点及遗传学特征。方法:采集1例以发色黄为首发表现的新生儿及其父母的外周血样,提取DNA进行基因高通量测序分析。结果:基因测序显示患儿 TSC2基因第33外显子存在c.3914del(p.P1305Rfs*20)杂合变异,该变异为移码变异,可导致多肽链合成提前终止。 结论:本例TSC新生儿以发色黄为首发表现,既往未见报道。 TSC2基因第33外显子c.3914del(p.P1305Rfs * 20)杂合变异可能为该患儿的致病原因。上述发现丰富了 TSC2基因的变异谱。
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编辑人员丨1周前
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幼儿期应用布罗索尤单抗治疗X连锁低磷性佝偻病一例随访18个月分析
编辑人员丨1周前
目的:回顾性分析1例X连锁低磷性佝偻病患儿幼儿期应用布罗索尤单抗治疗18个月的临床资料,提高临床医生对该药安全性和有效性的认识。方法:收集患儿临床资料,经父母同意后行全外显子基因检测确诊为X连锁低磷性佝偻病。给予布罗索尤单抗治疗18个月,每11~14 d检测空腹血磷、血钙、碱性磷酸酶、计算钙磷乘积,每2~6周检测甲状旁腺激素、25-羟维生素D,每3个月测定膝间距、肝肾功能、尿钙/尿肌酐、心电图等,每6个月进行影像学检查,持续对患儿进行随访。结果:全外显子测序结果显示患儿X染色体上与内肽酶同源的磷酸盐调节基因(PHEX)存在c.1080_1081insCAATGTTA(p.T361Qfs*3)自发杂合移码突变,既往未见报道。患儿应用布罗索尤单抗治疗18个月,生化指标明显改善,佝偻病评分降低,无牙龈脓肿及其他不良反应发生。结论:PHEX基因c.1080_1081insCAATGTTA(p.T361Qfs*3)变异为该患儿致病原因,布罗索尤单抗作为X连锁低磷性佝偻病靶向治疗药物,治疗疗效明显。
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编辑人员丨1周前
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LINC01133/微小RNA-205/谷胱甘肽过氧化物酶3轴对乳腺癌细胞增殖和迁移的影响
编辑人员丨1周前
目的:探讨LINC01133/微小RNA(miRNA,miR)-205/谷胱甘肽过氧化物酶3(GPX3)轴对乳腺癌细胞增殖和迁移的影响及其机制。方法:收集河南省人民医院2018年1月到2020年1月手术摘除的129例乳腺癌和癌旁组织,采用荧光定量聚合酶链反应(PCR)分析LINC01133和miR-205表达水平;在MCF-7细胞建立LINC01133过表达和miR-205沉默细胞系,分别作为LINC01133组、lncRNA对照组、miR-205 KD组和miR对照组。分别采用细胞计数试剂盒(CCK-8)分析细胞增殖能力,采用Transwell分析细胞迁移能力;采用生物信息学分析LINC01133和miR-205关系及其靶蛋白;采用蛋白质印迹法(Western blot)分析靶蛋白表达水平。组间比较采用 t检验。 结果:与癌旁组织LINC01133表达水平(1.12±0.15)比较,乳腺癌组织中LINC01133表达水平(0.57±0.10)显著下调,差异有统计学意义( t=3.011, P<0.05)。与lncRNA对照组细胞LINC01133表达水平(1.05±0.11)比较,LINC01133组细胞LINC01133表达水平(2.48±0.21)显著增加,差异有统计学意义( t=4.108, P<0.05)。与lncRNA对照组细胞吸光度值(2.29±0.20)比较,LINC01133组细胞吸光度值(1.54±0.16)显著下降,差异有统计学意义( t=3.025, P<0.05)。与lncRNA对照组细胞迁移数量[(80.71±8.19)个]比较,LINC01133组细胞迁移数量[(43.77±6.47)个]显著下降,差异有统计学意义( t=2.810, P<0.05)。生物信息分析显示LINC01133的靶miRNA是miR-205,miR-205的靶基因是GPX3,miR-205与GPX3 mRNA 3’端非编码区(3’UTR)区域存在碱基互补。与lncRNA对照组细胞GPX3蛋白表达水平(0.28±0.10)比较,LINC01133组细胞中GPX3蛋白表达水平(1.08±0.22)显著增加,差异有统计学意义( t=2.791, P<0.05)。与miRNA对照组细胞GPX3蛋白表达水平(0.58±0.16)比较,miR-205 KD组细胞GPX3蛋白表达水平(1.98±0.24)显著增加,差异有统计学意义( t=3.019, P<0.05)。 结论:LINC01133在乳腺癌中呈低表达,通过miR-205/GPX3轴参与乳腺癌的增殖和迁移。
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编辑人员丨1周前
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一个眼皮肤白化病家系的 TYR基因变异研究
编辑人员丨1周前
目的:分析1个眼皮肤白化病(oculocutaneous albinism,OCA)患者家系的基因变异情况。方法:采用芯片捕获高通量测序与Sanger测序技术对先证者及其父母进行基因测序,应用PolyPhen-2、SIFT、MutationTaster和FATHMM软件对新变异进行功能预测,同时对该家系的4例白化病患者进行系谱和变异基因分析。结果:测序结果显示先证者 TYR基因(NM_000372)存在c.230G>A(p.Arg77Gln)和c.120_121insG(p.Asp42GlyfsTer35)复合杂合变异,先证者父亲携带c.230G>A杂合变异,母亲携带c.120_121insG杂合变异,表明先证者的2个变异分别来自父亲和母亲。前者属于已知的错义变异,该变异可导致蛋白质多肽链原有功能的异常或丧失。后者c.120_121insG(p.Asp42GlyfsTer35)为未报道过的 TYR基因亚区(EX1;CDS1)的移码变异。应用PolyPhen-2、SIFT、MutationTaster和FATHMM预测,均提示为"有害变异"。该变异导致氨基酸编码蛋白发生提前终止,产生截短蛋白,最终形成76个氨基酸的短型TYR蛋白。通过家系分析,该家系4例患者均为同类型复合杂合变异,致病基因均来自患者父母,属于5代以内的特殊形式近亲婚配。 结论:TYR基因c.230G>A(p.Arg77Gln)和c.120_121insG(p.Asp42GlyfsTer35)复合杂合变异可能为该家系患者的致病原因,新变异的检出丰富了 TYR基因的变异谱,可以为家系的遗传咨询和产前诊断提供理论依据。
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编辑人员丨1周前
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内啡肽基因变异所致遗传性出血性毛细血管扩张症家系的遗传学分析
编辑人员丨1周前
目的:探讨 ENG基因变异所致遗传性出血性毛细血管扩张症(hereditary hemorrhagic telangiectasia,HHT)一家系的遗传学特征。 方法:选取在大理大学第一附属医院就诊的一个HHT家系3代共17人为研究对象。收集该HHT家系先证者的临床资料及家系患病情况。应用全外显子组测序技术对先证者进行疑似致病基因筛选,应用Sanger测序进行家系验证。结果:先证者及母亲有反复鼻出血、皮肤黏膜毛细血管扩张表现,先证者及其母亲、女儿和表弟胸部增强CT提示存在不同程度的肺动静脉畸形。全外显子测序结果显示先证者携带 ENG基因c.579_599del非移码缺失突变,Sanger测序显示其母亲、女儿和表弟携带相同的变异。 结论:ENG基因c.579_599del突变可能是导致该家系HHT的遗传学基础。
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编辑人员丨1周前
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神经元蜡样质脂褐质沉积症2型一家系临床表型及三肽基肽酶-1基因突变分析
编辑人员丨1周前
目的:总结经二代测序确诊的神经元蜡样质脂褐质沉积症2型(CLN2)一家系的临床表型及三肽基肽酶-1(TPP1)基因突变特点。方法:收集2018年6月就诊于郑州大学附属儿童医院神经内科的CLN2一 家系的临床资料,采用二代测序方法对先证者进行全外显子测序,并对家系成员进行一代Sanger验证及致病TPP1基因突变特点分析,总结临床特征。结果:先证者为3岁9个月女童,主要临床表现为全面性强直-阵挛性癫痫发作,智力正常,语言、运动轻度发育落后,眼科检查示双眼屈光不正,视力正常,无黄斑变性。头颅磁共振成像(MRI)示额颞部蛛网膜下腔增宽、脑沟加深,小脑萎缩。TPP1基因存在复合杂合突变,来自表型正常的父母,其中c.1449-1450insG(p.I484Dfs*7)来源于父亲, 为未报道的移码杂合突变,c.1417G>A(p.G473R)来源于母亲,为已知致病的错义突变,符合CLN2复合杂合突变常隐致病特点。先证者同胞哥哥3岁起病,首发症状为肌阵挛癫痫发作,现7岁伴随进行性视力障碍及智力、运动、认知功能倒退,眼科检查发现视网膜变性,头颅MRI提示全脑性萎缩, 小脑萎缩明显。TPP1致病基因及复合杂合突变位点均与先证者一致。现2岁10个月弟弟表型正常,为c.1417G>A (p.G473R)单一杂合突变,来源于母亲, 先证者父母均无临床表型。结论:CLN2是一种罕见的溶酶体贮积症,属于神经退行性疾病之一,主要临床特征为癫痫发作,进行性智力、运动倒退,视力丧失,头颅MRI提示脑萎缩,双眼黄斑变性,TPP1基因复合杂合突变c.1449-1450insG(p.I484Dfs*7)及c.1417G>A(p.G473R)是本例患儿的遗传学病因。
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编辑人员丨1周前
