用酪氨酸激酶抑制剂（TKIs）靶向治疗BCR-ABL1融合基因阳性的急性淋巴细胞白血病时，酪氨酸激酶结构域的基因突变（KMs）是最常见的耐药机制。经典的Sanger基因测序是当前筛查BCR-ABL1-KMs的金标准，但存在检测灵敏度低、无法获得变异等位基因频率（VAF）、不能鉴定复合突变、不能分析多个突变克隆的组成及演变等局限性。近年来越来越多的实验室将第二代高通量基因测序技术（NGS）应用于靶向检测BCR-ABL1-KMs。NGS相对于Sanger测序具有检测灵敏度更高、可准确计算VAF、可分析复合突变和克隆组成等优势，已被国际专家共识推荐为TKIs耐药突变的首选筛查方法。本文对相关进展做一介绍，并建议应重视NGS在BCR-ABL1-KMs检测中的应用。

目的:探索重度特应性皮炎（AD）成人患者急性期及缓解期皮肤微生态结构和功能的变化特点。方法:采集2019年10月至2020年11月于广州市皮肤病防治所门诊就诊的4例成人重度AD患者急性期和缓解期5个部位（面颊、肘窝、手背、腹部、下肢）皮屑标本，利用第二代高通量测序技术进行宏基因组测序，构建皮肤微生物样本基因集，获得各个样本的物种注释信息并进行生物信息学数据分析。结果:4例重度AD患者皮肤中，共检测到18个门，37个纲，73个目，142个科，237个属，331个种。与急性期相比，缓解期AD患者皮肤微生物群落多样性上升，皮肤微生物的相对丰度发生变化（ P < 0.05）。在微生物种水平上，金黄色葡萄球菌对AD急性期的影响程度最高，表皮葡萄球菌、奥斯陆莫拉菌、弗朗西丝菌、科氏葡萄球菌、沃氏葡萄球菌、球形马拉色菌以及限制性马拉色菌在AD缓解期富集（｜lg线性判别分析值｜ > 2，Kruksal-Wallis检验，均 P < 0.05）。对微生物丰度差异基因行KEGG功能通路分析，共注释富集于355个功能通路，其中显著富集的通路38个（均 P < 0.05），主要涉及金黄色葡萄球菌感染、色氨酸代谢、组氨酸代谢、氮代谢、精氨酸和脯氨酸代谢、缬氨酸、亮氨酸和异亮氨酸生物合成与降解、脂肪酸降解及过氧化物酶体增殖物激活受体信号通路等。 结论:重度AD患者急性期和缓解期皮肤微生态结构存在显著差异，预测其可能与多个功能通路（如金黄色葡萄球菌感染、色氨酸代谢、组氨酸代谢、氮代谢等）水平相关。

目的:评估单核苷酸多态性微阵列（single nucleotide polymorphisms array，SNP-array）技术和第二代高通量测序（next generation sequencing，NGS）技术在胚胎植入前遗传学检测（preimplantation genetic testing，PGT）中的检测能力和效率。方法:回顾性描述分析2020年1月至2022年8月期间于广西壮族自治区妇幼保健院生殖中心就诊、夫妇双方均携带有明确致病性基因突变并要求进行第三代试管婴儿助孕的188例患者资料。经卵胞质内单精子注射授精和体外培养后，共收获995枚囊胚并进行活检。患者胚胎细胞遗传物质经全基因组扩增之后，分别采用SNP-array或NGS分析其携带致病基因突变和染色体拷贝数变异（copy number variation，CNV）的情况，同时采用Sanger测序或间隙聚合酶链反应（polymerase chain reaction，PCR）对突变进行直接检测。分析女方年龄和获囊胚数的关系、胚胎携带突变和致病性CNVs的比例，比较不同分子诊断技术在PGT中的检测成功率和准确性。经遗传学检测后，选择合适的胚胎进行子宫腔内移植，并于中孕期进行羊水穿刺产前诊断。结果:①成功对924个胚胎进行遗传学检测，总的检测成功率为92.9%。根据遗传学检测结果，共有389个（42.1%）胚胎可用于移植。②对胚胎进行缺失型α-地中海贫血突变检测，间隙PCR的成功率［84.9%（465/548）］低于SNP-array［98.7%（81/82）］和NGS［92.5%（431/466）］。对点突变进行检测，Sanger测序的成功率［98.5%（440/447）］与SNP-array［95.6%（110/115）］和NGS［96.1%（319/332）］的差异无统计学意义。有38个胚胎因等位基因脱扣导致直接位点检测法的结果与SNP单体型分析的结果不一致。另外，有4个胚胎因染色体重组导致SNP单体型分析失败。③与NGS相比，SNP-array检测CNV的成功率［83.7%（165/197）］较低，但是可检出更多种类的染色体拷贝数异常。④共进行了152例胚胎移植，其中有107例成功临床妊娠，有69例完成了羊水穿刺产前诊断，有42个健康儿顺利分娩。结论:从检测效率考虑，SNP-array适用于分析胚胎携带多个基因突变、罕见单基因突变或者缺失型突变，而NGS适用于检测常见的单基因突变类型。同时辅以Sanger测序和间隙PCR等技术对突变位点直接进行检测，可进一步提高PGT的检测成功率和准确性。本研究成果可为PGT从业者根据突变类型和患者的需求选择合适的检测平台提供依据。

目的:筛选c-MYC/Bcl-2 重排的弥漫大B细胞淋巴瘤(diffuse large B-cell lymphoma,DLBCL)潜在的高风险致病基因及致病通路,为此类淋巴瘤的发病机制提供理论依据.方法:从基因表达数据库(GEO)下载GSE44164 及GSE43677 数据集,选择c-MYC/Bcl-2 重排的DLBCL数据为实验组、生发中心B细胞为对照组.采用R程序语言的limma包、WGCNA包及clusterProfiler包对获得的mRNA转录组数据进行差异表达分析、基因共表达变化分析、GO功能富集分析与KEGG信号通路富集分析.使用STRING数据库对差异表达基因(DEGs)进行蛋白互相作用网络分析,并使用Cytoscape软件内置的插件(包括Cyto-Hubba及CytoNca插件)筛选核心基因.采用第二代高通量测序技术对IM-9 细胞系及DOHH-2 细胞系进行mRNA转录组测序,使用Read count值将核心基因进行配对样本t检验,筛选P值具有统计学意义的基因为疾病的核心基因.挑选部分关键基因使用Western Blot技术在蛋白层面进行验证.结果:差异分析共得到835 个DEGs,WGCNA获得一个与c-MYC/Bcl-2 重排的DLBCL高度相关的模块(turquoise模块,cor =0.86,P值<0.05).GO富集分析结果显示生物学进程BP共富集到 1 437 条,细胞组分CC富集到123 条,分子功能相关MF富集到147 条;KEGG富集到72 条相关通路,主要与ECM受体相互作用、B细胞受体信号通路及PI3K-Akt信号通路等相关.STRING数据库中PPI网络共得到284 个相互关联作用的蛋白质,通过 Cytoscape 软件进一步筛选,再通过二代高通量测序及蛋白验证得出 COL1A1、COL3A1、COL1A2、MMP2、COL5A1、COL5A2、COL4A2、TIMP1、MMP9、POSTN、BGN、DCN、LUM为此类淋巴瘤的核心基因,影响此类淋巴瘤细胞生存、侵袭和迁移等.结论:使用生物信息学及基础实验相结合的方法探究与c-MYC/Bcl-2 重排的DLBCL淋巴瘤细胞致病或侵袭迁移等相关的关键基因,为更深入地探索此类淋巴瘤发生发展机制及寻找相关靶向药物提供理论依据.

掌握旅游干扰对土壤微生物多样性及群落结构的影响,有助于旅游区环境资源的恢复和管理.该研究在北京松山国家级自然保护区油松(Pinus tabuliformis)林内设置了不同旅游干扰强度(高干扰、低干扰和无干扰)的样地,调查样地内微生境状况,测量土壤理化性质,利用第二代高通量测序技术测定土壤微生物多样性和群落结构,以评价不同旅游干扰强度对油松林土壤微生物的影响机制.结果显示:1)高强度干扰显著降低了土壤真菌α多样性,低强度干扰显著降低了土壤真菌系统发育多样性.干扰强度越大,土壤真菌多样性越低,而土壤细菌多样性越高.2)在土壤真菌群落方面,3类样地的土壤优势真菌门均为担子菌门(Basidiomycota)和子囊菌门(Ascomycota);高强度干扰显著降低了子囊菌门相对多度,对担子菌门相对多度无显著影响,而低强度干扰均对担子菌门和子囊菌门无显著影响.LEfSe分析表明无干扰区的差异类群为真菌Pseudogymnoascus属和3个真菌物种(Oidiodendron griseum、Acrodontium hydnicola、Metacordyceps chlamydosporia);低干扰区内未能检测到差异类群;高干扰区差异类群为真菌Clavariaceae科.3)在土壤细菌群落方面,3类样地的土壤优势细菌门均为变形菌门(Proteobacteria).放线菌门(Actinobacteria)和酸杆菌门(Acidobacteria);高强度干扰和低强度干扰对它们的多度无显著影响.LEfSe分析表明无干扰区的差异类群占总差异类群的82.05％,指示性最强的为细菌Gaiellales和Solirubrobacterales目;低干扰区未发现差异类群;高干扰区的差异类群占总差异类群的17.95％,主要表现为病原指示菌和与人类活动相关的菌群,指示性最强的为细菌Flavobacteriia纲和疣微菌门(Verrucomicrobia)下一属.4)偏最小二乘法路径模型(PLS-PM)发现干扰强度显著影响微生境指标和土壤真菌多样性;冗余分析显示,土壤状况和微生境指标分别解释了不同干扰强度下真菌和细菌群落结构变化的71.35％和74.47％,乔木胸径、草本盖度和凋落物盖度是不同干扰强度下真菌和细菌群落差异的主要因子.由上可见,旅游干扰显著降低了油松林土壤微生物α多样性,并显著影响了其群落结构,影响效果的不同与干扰强度和微生物种类有关,并且受到土壤理化性质和微生境状况调控.因此未来应注意旅游区内微生境和土壤状况的修复.

目的:通过宏基因组学方法研究健康志愿者口腔微生物群落,为慢性牙周炎治疗转归及预后提供生物学基础.方法:提取健康志愿者唾液样本及龈上、龈下菌斑样本的总DNA,构建基因文库,测序并分析结果(进行物种注释和相对丰度计算),获得样本微生物群落.结果:测序结果显示健康志愿者口腔唾液样本可获得15个微生物属,龈上菌斑样本中可获得19个微生物属,龈下菌斑样本中可获得20个微生物属,微生物群落存在多样性.健康志愿者龈上微生物样本组、龈下微生物样本组及唾液样本组间微生物门、属的平均相对丰度比差异有统计学意义(P<0.05).结论:结合第二代高通量测序技术的宏基因组学方法能够较好地获得健康志愿者口腔样本中的微生物群落,并初步分析各样本组中的微生物群落结构.

目的 揭示萎缩性阴道炎患者阴道群落特征,并探讨阴道菌群结构与萎缩性阴道炎发病之间的潜在关联.方法 共纳入30名萎缩性阴道炎患者参与本研究(萎缩性阴道炎组),另有30名进行体检的绝经后健康妇女作为对照组.以16S rRNA基因为研究靶点,采用Illumina第二代高通量测序技术结合生物信息学分析,得阴道菌群结构数据.采用正则变量的逐步判别分析,对两组间群落组成的关联和差异进行比较.采用Spearman等级回归分析,探讨单个物种数量与疾病严重程度间的关系.结果 在所有60例中,总共测得288个属的细菌.萎缩性阴道炎组和对照组间阴道菌群总体结构差异有统计学意义(P<0.05).其中12个属的主要细菌相对丰度差异显著.在绝经后正常妇女的阴道内,乳酸杆菌占据整个阴道微生物群落主导地位.萎缩性阴道炎组阴道加德纳菌相对丰度(41.7％)显著高于对照组(16.7％,P<0.0001),并取代乳酸杆菌成为阴道群落中生物优势最大的种群.萎缩性阴道炎组的乳酸杆菌失去了其生物优势地位,相对丰度(11.2％)显著低于对照组(53.2％,P<0.0001).相关性分析显示,萎缩性阴道炎组患者生殖道症状的严重程度与乳酸杆菌的相对丰度呈显著负相关(r=-0.301,P<0.001),而与加德纳菌(r=0.278,P<0.001)及奇异菌属(r=0.166,P<0.05)的数量呈显著正相关.结论 阴道微生物群落失衡与萎缩性阴道炎发病存在关联.对于绝经后女性而言,处于生物优势地位的乳酸杆菌在维持阴道健康方面起到更为重要的作用.而阴道加德纳菌属和奇异菌属与绝经后妇女生殖道萎缩症状的严重程度有关,且这2种微生物的过度生长可能增加了罹患萎缩性阴道炎的风险.

[背景]草莓是我国和世界上重要的园艺作物,主要采用一年一栽的栽培模式,导致连作现象普遍存在,其中真菌性病害引起的土传病害是草莓栽培中面临的一个主要问题.[目的]以草莓连作土壤为材料,探讨土壤熏蒸剂棉隆加生物菌肥对草莓连作土壤微生物真菌多样性的影响,以期为草莓连作障碍治理提供理论依据.[方法]分别采集棉隆消毒前(A)、棉隆消毒后(B)、棉隆消毒后未添加生物菌肥(C1)和添加生物菌肥(C2)初花期的草莓连作土壤(或根际土壤)样本,提取DNA,通过PCR扩增建立文库,利用HiSeq 2500平台Illumina第二代高通量测序技术并结合相关生物信息学,分析土壤真菌ITS1区域的丰富度、多样性以及群落结构.[结果]从4个不同处理草莓连作土壤样本中获得了723个真菌OTU (Operational taxonomic unit),其中子囊菌门和担子菌门均为优势真菌.多样性和丰富度研究发现,棉隆处理降低草莓连作土壤微生物丰富度和多样性;添加生物菌肥增加根际土壤生物丰富度,并降低其多样性.从门水平看,棉隆处理担子菌门真菌比例减少,子囊菌门真菌比例增加;添加生物菌肥处理两者比例均有增加.优势真菌群落分析表明棉隆消毒减少了枝顶孢属、曲霉属、管柄囊霉属、镰刀菌属、踝节菌属、链格孢属等真菌比例,增加了马拉色氏霉菌属、线孢虫草菌属、侧耳属等真菌比例;添加生物菌肥减少了管柄囊霉属、镰刀菌属、被孢菌属、轮枝菌属、隔指孢属等真菌比例,增加了曲霉属、青霉菌属、踝节菌属、简单壳菌属等真菌比例.[结论]采用棉隆消毒和生物菌肥处理草莓连作土壤可降低微生物真菌群落的多样性,并减少或灭杀土壤中的大部分致病菌属,增加有益菌属,起到有效防治草莓土传病害的作用.

目的 探讨转移性乳腺癌患者在接受治疗过程中利用高通量测序技术进行循环肿瘤DNA(ctDNA)检测的价值.方法 通过目标区域捕获结合第二代高通量测序技术,对转移性乳腺癌患者在进行治疗期间不同治疗节点的ctDNA进行测序,并与临床影像学指标进行对比.结果 本研究共纳入5例转移性乳腺癌患者不同时间点的13份血液样本.利用二代高通量测序技术成功在12份(92.3％)样本中检测出ctDNA,联合生物信息学分析出ctDNA在治疗过程中的各个突变克隆的变化趋势.结论 二代测序技术对检测转移性乳腺癌的突变谱有应用价值,ctDNA的动态变化能有效反映转移性乳腺癌患者在治疗过程中不同时期的肿瘤负荷量变化.

近年来,随着第二代高通量测序技术的出现和发展,测序成本不断降低,完成全基因组测序的真菌物种迅速增加.以大规模测序为基础的群体基因组学,也逐渐应用于解析真菌的群体结构、物种形成、种群分化和位点特异性效应.本文综述了群体基因组学在工业真菌、病原真菌、食用真菌、共生真菌及其在表型性状遗传基础解析中的研究进展,并对其今后的发展方向进行了展望.