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单精子测序技术在植入前胚胎染色体结构异常遗传学检测中区分罗氏易位携带者的应用
编辑人员丨5天前
目的:探讨单精子测序技术在植入前胚胎结构异常遗传学检测中区分携带者的应用价值.方法:针对1 例罗氏易位携带者45,XY,der(13;14)(q10;q10)应用单精子分离结合单精子测序技术完成单倍型的构建,用机械制动法分离20 份单精子样本并进行全基因组扩增(WGA),再利用ASA基因芯片对WGA产物进行全基因组183 708个单核苷酸多态性(SNP)位点检测,通过CNV测序检测出与易位相关且可作为单体型推断的单精子,推断亲本正常及携带罗氏易位的染色体单倍型.将 3 份胚胎滋养层细胞活检样本作为对象,在完成全基因组扩增后,通过高通量测序进行检测,判断胚胎携带易位染色体的情况,选取可用囊胚进行移植,于孕 18 周抽取羊水样本,确认胎儿是否携带致病变异.结果:通过单精子测序共筛选出6 037个SNP位点,挑选出30 个可区分正常与易位单体型位点成功构建单体型,植入前单体型分析提示 3 枚胚胎均为不携带罗氏易位染色体的整倍体胚胎,妊娠中期羊水基因检测证实胎儿核型为46,XN,未携带罗氏易位染色体.结论:对于男性罗氏易位携带者,可通过单精子测序筛选SNP位点构建单体型,用于区分正常和罗氏易位携带者胚胎,为胚胎植入前染色体结构遗传学检测胚胎选择提供依据.
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编辑人员丨5天前
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Rett综合征一个家系的胚胎植入前遗传学检测
编辑人员丨5天前
目的:对1个Rett综合征(RTT)家系进行胚胎植入前遗传学检测(PGT)。方法:选取2021年6月4日于吉林大学第一医院生殖产前中心就诊的1个RTT家系为研究对象。用二代测序和Sanger测序对家系成员 MECP2基因的变异情况进行分析。用直接测序检测囊胚 MECP2基因c.925C>T位点的携带状态,采用Sanger测序对结果进行验证。选择 MECP2基因及上下游2 Mb范围内168个有效SNP位点构建家系单体型,用于对携带该变异的胚胎进行筛选,选取未检测到变异的胚胎分析染色体非整倍体的情况。 结果:PGT检测显示7个囊胚中有5个未携带变异,2个携带致病性变异。结合非整倍体检测的结果,提示在5个未携带变异的囊胚中有2个为整倍体。经遗传咨询后,该夫妇选择移植最优囊胚后临床妊娠,羊水产前诊断提示胎儿染色体核型正常且未携带致病性变异,足月剖宫产术娩出一健康女婴。结论:二代测序技术可实现高效的PGT检测,减少RTT在患病家系中的再发风险。
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编辑人员丨5天前
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GSR基因多态性与噪声性听力损失易感性的关系
编辑人员丨5天前
目的:探讨谷胱甘肽还原酶(glutathione reductase,GSR)基因多态性与噪声性听力损失(noise-induced hearing loss,NIHL)易感性之间的关系。方法:2019年7月采用1∶1巢式病例对照研究方法,以河南省某钢铁厂的6 297名接触噪声作业工人为队列研究人群中,筛选接触噪声工龄≥3年、双耳高频(3 000、4 000、6 000 Hz)平均听阈≥40 dB的研究对象选择为听力损失组;并按照同性别、同工种、年龄相差≤5岁,接触噪声工龄相差≤2年,听力测试中任一耳语频(500、1 000、2 000 Hz)的任一频段听阈≤25 dB的匹配标准选择为对照组,筛选出听力损失组和对照组各276人。对调查对象进行一般体格检查和问卷调查,进行纯音听力测试和作业场所噪声测量。采用中高通量单核苷酸多态性分型检测技术(SNPscan TM法)对研究对象的GSR基因的3个核苷酸位点的多态性进行检测,并采用条件logistic回归分析不同单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)与NIHL的关系,及调整协变量后不同多态位点与NIHL发生风险的关系;以不同累积噪声暴露量(cumulative noise exposure,CNE)分层后,采用条件logistic回归分析不同位点与NIHL发生风险的关系。 结果:研究对象的年龄为(40.28±8.00)岁,接噪工龄为(18.71±8.92)年,研究对象接触噪声水平为80.05~93.35 dB(A),CNE为86.83~107.92 dB(A)·年。与对照组比较,听力损失组、CNE、饮酒和噪声接触水平差异均无统计学意义( P>0.05);而年龄、接噪工龄、吸烟、双耳高频平均听阈和双耳语频平均听阈水平有差异,差异有统计学意义( P<0.05)。在调整吸烟、饮酒、高血压等因素后,在共显性模型下,与携带GG基因型比较,携带rs1002149 GT、rs2251780 GA基因型患NIHL的风险更高( OR=1.558,95% CI:1.028~2.361; OR=1.550,95% CI:1.020~2.355, P<0.05);与携带TT/GT基因型比较,携带rs1002149TT基因型患NIHL的风险更高( OR=1.494,95% CI:1.002~2.228, P<0.05);rs3779647位点基因型与患NIHL风险无关( P>0.05)。在L Aeq,8 h>85 dB(A)分层下,与携带GG基因型相比,携带rs1002149 GT基因型、rs2251780 GT基因型发生NIHL风险更高( OR=1.801,95% CI:1.093~2.967; OR=1.720,95% CI:1.050~2.817, P<0.05)。对rs1002149和rs2251780两个位点进行单体型分析,未发现与NIHL的易感性有关( P>0.05)。 结论:GSR基因多态性可能与NIHL发生的易感性有关。
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编辑人员丨5天前
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CDH23基因多态性与噪声性听力损失发生风险关系研究
编辑人员丨5天前
目的:探讨CDH23基因多态性与噪声性听力损失(noise-induced hearing loss,NIHL)发生风险的关系。方法:从2006年1月1日起,以河南省某钢铁企业的6 297名接触噪声作业工人为队列研究人群,随访至2015年12月31日。于2019年7月,以1:1巢式病例对照研究方法在队列研究对象中按照年龄、接噪工龄、性别、工种因素选择双耳高频(3 000、4 000、6 000 Hz)平均听阈≥40 dB者选为听力损失组,选择双耳高频平均听阈<35 dB任一耳语频的任一频段(500、1 000、2 000 Hz)听阈均≤25 dB者为对照组,两组研究对象各286例。对调查对象进行一般体格检查和问卷调查,进行纯音听力测试和作业现场噪声测量,采用中高通量单核苷酸多态性分型检测技术(SNPscanTM法)对研究对象的CDH23基因18个位点进行检测。并采用条件Logistic回归分析不同单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)与NIHL的关系,及调整协变量后不同多态位点与NIHL发生风险的关系;以不同累积噪声暴露量(cumulative noise exposure,CNE)分层后,采用条件logistic回归对不同位点与NIHL发生风险关系进行分析。采用广义多因子降维法(generalized multifactor dimensionality reduction,GMDR)分析不同SNP组合与NIHL发生风险的关系。结果:与对照组比较,听力损失组在年龄、接噪工龄、CNE、饮酒习惯、高血压患病情况和体育锻炼情况的分布差异均无统计学意义( P>0.05);听力损失组研究对象吸烟人数多,听力损失组双耳高频平均听阈位移高,差异有统计学意义( P<0.01)。在调整了CNE、吸烟、饮酒、体育锻炼、高血压混杂因素的条件下,分析结果显示CDH23基因rs3802711、rs3752751、rs3752752、rs11592462、rs10762480、rs3747867多态位点在总体或CNE分层分析结果与NIHL发生风险均有关( P<0.05)。rs3802711位点总体分析结果和CNE≥97 dB(A)·年分层分析结果均显示,与携带GG基因型的噪声作业工人比较,携带AA/GA或GA+AA基因型的噪声作业工人更易发生NIHL( OR=3.121,95 CI%:1.054~9.239, P=0.04; OR=2.056,95 CI%: 1.226~3.448, P=0.006; OR=2.221,95 CI%: 1.340~3.681, P=0.002);rs11592462位点总体分析结果中,与携带CC基因型或CG+CC基因型的噪声作业工人比较,携带GG基因型的噪声作业工人更易发生NIHL( OR=3.951,95 CI%:1.104~14.137, P=0.035; OR=4.060,95 CI%: 1.145~14.391, P=0.030)。在调整了CNE、吸烟、饮酒、体育锻炼、高血压混杂因素的条件下,CDH23 rs1227049、rs10999947、rs3752752、rs3752751、rs10762480、rs3802711、rs11592462、rs10466026、rs4747194、rs4747195位点在构成的单体型与NIHL发生风险均无关联( P>0.05)。本研究在调整了CNE、吸烟、饮酒、高血压和体育锻炼因素后GMDR分析结果均未见SNP组合与NIHL发生风险有关联( P>0.05)。 结论:CDH23基因位点变异可能与NIHL的发生风险有关。
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编辑人员丨5天前
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假肥大型肌营养不良性腺嵌合体七个家系的遗传学分析及生殖干预
编辑人员丨5天前
目的:探讨7个假肥大型肌营养不良(DMD)性腺嵌合体家系的遗传学病因。方法:选择2014年9月至2022年3月就诊于中信湘雅生殖与遗传专科医院的7个DMD性腺嵌合体家系为研究对象。收集家系的临床资料,应用胚胎植入前单基因遗传学检测(PGT-M)对家系6先证者的母亲进行助孕,采集7个家系的先证者、先证者母亲及其他患者的外周静脉血样、家系1 ~ 4胎儿的羊水、家系6体外培养胚胎的细胞,提取基因组DNA,用多重连接探针扩增(MLPA)对 DMD基因进行检测,对家系1 ~ 3、5 ~ 6先证者、其他患者、胎儿、体外培养胚胎进行基于短串联重复序列(STR)/单核苷酸多态性(SNP)的单体型分析。 结果:MLPA检测结果显示,家系1 ~ 4、5、7的先证者与胎儿/先证者弟弟存在相同的 DMD基因变异,其母亲 DMD基因均未见异常;家系6的先证者仅与1枚体外培养胚胎(共9枚)存在相同的 DMD基因变异,其母亲与通过PGT-M成功助孕胎儿的 DMD基因均未见异常。STR单体型分析结果显示家系1 ~ 3、5的先证者与胎儿/先证者弟弟均遗传了相同的母源X染色体;SNP单体型分析结果显示,家系6先证者仅与1枚体外培养的胚胎(共9枚)继承了相同的母源X染色体。家系1胎儿与家系6中PGT-M助孕成功胎儿出生后随访均健康,家系2 ~ 3先证者的母亲选择了引产。 结论:基于STR/SNP的单体型分析是判断性腺嵌合体的有效方法,对生育过 DMD基因变异患儿而外周血基因型正常的女性应考虑性腺嵌合体风险,再次妊娠时建议进行产前诊断与生殖干预,避免缺陷患儿的出生。
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编辑人员丨5天前
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比较SNP-array和高通量测序在胚胎植入前遗传学检测中的效能
编辑人员丨5天前
目的:评估单核苷酸多态性微阵列(single nucleotide polymorphisms array,SNP-array)技术和第二代高通量测序(next generation sequencing,NGS)技术在胚胎植入前遗传学检测(preimplantation genetic testing,PGT)中的检测能力和效率。方法:回顾性描述分析2020年1月至2022年8月期间于广西壮族自治区妇幼保健院生殖中心就诊、夫妇双方均携带有明确致病性基因突变并要求进行第三代试管婴儿助孕的188例患者资料。经卵胞质内单精子注射授精和体外培养后,共收获995枚囊胚并进行活检。患者胚胎细胞遗传物质经全基因组扩增之后,分别采用SNP-array或NGS分析其携带致病基因突变和染色体拷贝数变异(copy number variation,CNV)的情况,同时采用Sanger测序或间隙聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)对突变进行直接检测。分析女方年龄和获囊胚数的关系、胚胎携带突变和致病性CNVs的比例,比较不同分子诊断技术在PGT中的检测成功率和准确性。经遗传学检测后,选择合适的胚胎进行子宫腔内移植,并于中孕期进行羊水穿刺产前诊断。结果:①成功对924个胚胎进行遗传学检测,总的检测成功率为92.9%。根据遗传学检测结果,共有389个(42.1%)胚胎可用于移植。②对胚胎进行缺失型α-地中海贫血突变检测,间隙PCR的成功率[84.9%(465/548)]低于SNP-array[98.7%(81/82)]和NGS[92.5%(431/466)]。对点突变进行检测,Sanger测序的成功率[98.5%(440/447)]与SNP-array[95.6%(110/115)]和NGS[96.1%(319/332)]的差异无统计学意义。有38个胚胎因等位基因脱扣导致直接位点检测法的结果与SNP单体型分析的结果不一致。另外,有4个胚胎因染色体重组导致SNP单体型分析失败。③与NGS相比,SNP-array检测CNV的成功率[83.7%(165/197)]较低,但是可检出更多种类的染色体拷贝数异常。④共进行了152例胚胎移植,其中有107例成功临床妊娠,有69例完成了羊水穿刺产前诊断,有42个健康儿顺利分娩。结论:从检测效率考虑,SNP-array适用于分析胚胎携带多个基因突变、罕见单基因突变或者缺失型突变,而NGS适用于检测常见的单基因突变类型。同时辅以Sanger测序和间隙PCR等技术对突变位点直接进行检测,可进一步提高PGT的检测成功率和准确性。本研究成果可为PGT从业者根据突变类型和患者的需求选择合适的检测平台提供依据。
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编辑人员丨5天前
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单精子测序结合PCR-反向点杂交技术在1例东南亚缺失型α地中海贫血患者胚胎植入前遗传学检测中的应用
编辑人员丨5天前
目的:探讨单精子测序结合PCR-反向点杂交(PCR-reverse dot blot,PCR-RDB)技术在东南亚缺失型α地中海贫血胚胎植入前遗传学检测中的应用价值。方法:选取2020年4月24日就诊于广州医科大学附属第三医院妇产科的一对东南亚缺失型α地中海贫血携带者夫妇,针对男方无法提供家系成员样本的情况,本案例采用上游法结合显微操作移液管挑选其5份单精子样本并进行全基因组扩增,通过PCR-RDB技术确定男方单精子样本的地中海贫血基因分型,在-- SEA区域的上下游1 Mb范围内选择单核苷酸多态性位点(single nucleotide polymorphism,SNP)作为遗传标记,进行二代测序分析构建双亲单体型。对6份囊胚活检样本进行全基因组扩增后行二代测序,通过单体型分析胚胎是否携带致病变异,并选取非患病囊胚进行移植。孕20周抽羊水进行产前诊断,验证与单基因病胚胎植入前遗传学检测(preimplantation genetic testing for monogenetic disease,PGT-M)结果是否一致。 结果:女方的致病变异来源于其母亲,男方5份单精子样本的地中海贫血基因分型结果显示有4份为野生型。单精子测序筛选出男方有效位点10个,女方家系连锁分析得到女方有效位点6个,PGT-M结果显示4枚囊胚为αα/-- SEA,2枚为-- SEA/-- SEA,产前诊断结果显示胎儿基因型为αα/-- SEA,与PGT-M结果一致,并于孕40周分娩一健康女婴。 结论:对于家系不全的男性东南亚缺失型α地中海贫血携带者,可采用单精子测序结合PCR-RDB技术筛选SNP位点,通过连锁分析行PGT-M。
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编辑人员丨5天前
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Ⅰ型神经纤维瘤病1家系的胚胎植入前遗传学检测及产前诊断
编辑人员丨5天前
本文报告了一个Ⅰ型神经纤维瘤病(type Ⅰ neurofibromatosis,NF1)家系的胚胎植入前遗传学检测及产前诊断经过。采用高通量测序技术结合多重连接酶探针依赖扩增技术对该家系进行基因检测,明确致病变异位点,并用Sanger测序进行致病变异位点验证,发现先证者及其患病母亲均存在 NF1基因c.4172G>C致病性变异。随后构建单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)连锁单体型,并对胚胎进行变异位点直接测序及SNP单体型分析,完成植入前遗传学检测后移植1个发育良好且不携带致病变异的囊胚。孕19周 +3时妊娠后抽取先证者羊水标本进行染色体及基因变异位点检测,完成产前诊断。最终该先证者成功足月分娩1健康婴儿。随访至10月龄,该婴儿未见明显异常。
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编辑人员丨5天前
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极体测序技术在Van der Woude综合征患者胚胎植入前遗传学检测中的应用
编辑人员丨5天前
目的:探讨极体测序技术在Van der Woude综合征患者胚胎植入前单基因遗传病检测中的应用价值。方法:对1例因 IRF6基因新发变异导致的Van der Woude综合征女性患者,应用极体测序技术进行胚胎植入前遗传学检测。6枚卵经卵胞质内单精子注射(intracytoplasmic sperm injection,ICSI)受精后,分别顺序活检第一极体、第二极体和囊胚滋养外胚层细胞。活检细胞经全基因组扩增后,利用PCR联合Sanger测序的方法检测极体和胚胎的致病变异携带状态,推断对应胚胎的致病性。为预防因囊胚培养失败造成无可移植胚胎的情况,在囊胚形成前对1枚致病性低的优质胚胎进行玻璃化冷冻。此外,通过在夫妇双方以及特定基因型的极体和胚胎样本中对变异位点及其上下游1M区域内的175个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点进行靶向捕获高通量测序,连锁分析构建单体型。选择致病性低的胚胎移植,成功妊娠后进行产前诊断以及跟踪随访。 结果:成功获得第一极体和第二极体各6枚,其中11枚极体的变异位点检测成功。6枚胚胎中,1枚预测致病性低的胚胎在患者知情同意后于第4日(day 4,D4)玻璃化冷冻;1枚胚胎成功发育至囊胚,但致病性高;4枚胚胎囊胚培养失败。连锁分析成功构建出与致病变异紧密连锁的SNP单体型,胚胎单体型分析与Sanger测序结果吻合。移植致病性低的D4期冷冻胚胎,成功妊娠后,患者夫妇拒绝有创产前诊断。出生后新生儿随访未发现唇腭裂,脐血基因检测不携带致病变异。结论:本研究利用卵母细胞极体测序的检测方法,为1例因 IRF6基因新发变异导致的Van der Woude综合征女性患者进行胚胎植入前单基因遗传病检测,成功阻断了该病向子代传递。
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编辑人员丨5天前
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CASP和 NOX3多态性与噪声性听力损失发生风险的关系
编辑人员丨5天前
目的:探究基因多态性对工人患噪声性听力损失(NIHL)的影响。方法:于2019年5月,采用病例对照研究,选取2017至2018年浙江省5所工厂噪声作业工人,选择双耳高频(3、4、6 kHz)平均听阈>25 dB(A)作为NIHL组,任一耳任一语频(0.5、1、2 kHz)听阈≤25 dB(A)作为非NIHL组,每组307人。收集噪声作业工人的一般人口学资料、职业史、纯音测听结果和口腔拭子黏膜样本,提取口腔黏膜细胞DNA。分析基因风险评分(GRS)与NIHL的关系,对单核苷酸多态性(SNP)进行基因分型,用logistic回归分析基因型与NIHL的关系,用R语言分析单体型与NIHL的关系。结果:校正性别、年龄、学历和工作年限后,工人携带半胱氨酸-天冬氨酸蛋白酶3基因( CASP3) rs1049216隐性模型GG基因型、rs6948隐性模型TT基因型,NADPH氧化酶3基因( NOX3) rs12195525加性模型GT基因型和显性模型TT+GT基因型工人NIHL患病风险降低( P<0.05)。携带半胱氨酸-天冬氨酸蛋白酶7基因( CASP7) rs12415607加性模型AA基因型工人NIHL患病风险增高( P<0.05)。rs1049216与rs6948间存在强连锁不平衡(LD)关系( D'>0.8),由rs1049216-rs6948组成的单体型AT和GG使NIHL患病风险增加( P<0.05)。NIHL的患病风险随GRS增加而增高( OR=2.69, P<0.05)。 结论:工人rs1049216和rs6948( CASP3)、rs12195525( NOX3)、rs12415607( CASP7)位点基因多态性与NIHL的易感性相关。
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编辑人员丨5天前
