肠道菌群是由许多细菌及其代谢产物组成的复杂生态系统,对人体消化、营养吸收、能量供应、脂肪代谢、免疫调节等诸多方面发挥着不可替代的作用.探索肠道菌群的结构与功能、关键基因与代谢产物,将有助于实现疾病的早期诊断与辅助诊断,发现新的治疗靶点与药物治疗效果评价,更好地指导抗生素的使用.肠道菌群的鉴定在临床诊疗及药物研发等领域都具有重要作用,因此,有必要对这一迅速发展的领域进行全面回顾.传统的鉴定方法无法全面捕捉肠道微生物多样性.随着分子生物学的快速发展,肠道菌群的分类鉴定也从最初的表型鉴定和化学鉴定演变到了分子水平鉴定.本综述整合了肠道菌群的主要鉴定方法及其应用评价,特别关注于分子生物学方法的研究进展,并重点介绍了高通量测序技术在肠道菌群鉴定中的应用,这种革命性的肠道菌群鉴定方法预示着人类对微生物世界认识的全新篇章.

目的 探讨阴道微生态与人乳头瘤病毒(HPV)感染基因分型在子宫颈高危型HPV感染中的检测价值.方法 选取2021年5月至2023年5月中国人民解放军海军第九七一医院和青岛市市立医院东院区收治的276例子宫颈高危型HPV感染阳性患者作为观察组.选取同期进行体检且宫颈癌筛查及宫颈HPV筛查阴性的224例健康女性作为对照组.采集阴道分泌物进行阴道微生态检测,采用液态芯片技术分析HPV基因分型,比较HPV基因分型占比及阴道微生态分布情况.结果 观察组HPV基因分型占比前5 位分别为 HPV52(22.10％)、HPV16(15.22％)、HPV18(14.13％)、HPV33(9.06％)、HPV56(9.06％).与对照组比较,观察组细菌性阴道病(BV)阳性率、乳酸杆菌减少率更高,差异具有统计学意义(P＜0.05).与对照组比较,观察组pH及白细胞酯酶、唾液酸酶、脯氨酸氨基肽酶、凝固酶阳性率更高,差异具有统计学意义(P＜0.05);两组清洁度、过氧化氢酶、葡萄糖苷酶、乙酰氨基葡萄糖苷酶阳性率比较,差异无统计学意义(P＞0.05).结论 宫颈高危型HPV感染分型以HPV52、HPV16、HPV18、HPV33、HPV56为主,宫颈高危型HPV感染阳性患者的pH及BV阳性、白细胞酯酶、唾液酸酶、脯氨酸氨基肽酶、凝固酶阳性率更高.

目的:了解长春地区住院重症社区获得性肺炎病原谱及临床特点，为其病原学诊断和针对性治疗提供科学依据。方法:2016年1月至2019年12月长春市儿童医院住院的618例临床诊断为重症社区获得性肺炎患儿，采集患儿咽拭子和肺泡灌洗液标本。应用病毒分离、细菌培养、飞行时间质谱和PCR/RT-PCR技术检测标本中的核酸和蛋白质谱。结果:住院重症社区获得性肺炎患儿男性多于女性。发病高峰年龄段为7～12月龄小儿。发病多集中在冬春季。重症社区获得性肺炎病毒检出率最高，为56.15%(347/618)；检出一种病毒病原阳性73.49%(255/347)，其中前5位的是呼吸道合胞病毒(27.8%)、甲型流感病毒(23.9%)、乙型流感病毒(16.1%)、鼻病毒(12.2%)和偏肺病毒(10.2%)；两种病毒阳性19.88%(69/347)；3种病毒阳性4.32%(15/347)；4种病毒阳性2.31%(8/347)。非典型微生物感染占29.77%(184/618)，其中肺炎支原体感染占95.65%(176/184)。细菌感染17.31%(107/618)，以肺炎链球菌(39.25%，42/107)和金黄色葡萄球菌(24.30%，26/107)为主。多种病原混合感染7.61%(47/618)，其中肺炎支原体和肺炎链球菌、病毒混合感染分别为40.43%和34.04%。高热、呼吸增快和口周发绀是重症社区获得性肺炎的危险因素( OR值和95% CI分别为7.71和4.56～13.04、2.43和2.02～2.93、3.53和2.56～4.86)；病毒混合感染36.96%(34/92)出现心力衰竭、中毒性脑病、心肌损害等并发症；肺炎支原体与其他病原混合感染35.29%出现胸腔积液。 结论:长春地区重症社区获得性肺炎的病原以病毒为主，呼吸道合胞病毒是优势病原，肺炎支原体次之，细菌病原以肺炎链球菌为主。高热、呼吸增快和口周发绀是重症肺炎的危险因素。多病原混合感染易出现严重并发症。

目的:探讨妊娠期糖尿病患者并发尿路感染的影响因素及中段尿病原菌分布特征。方法:选取2018年12月至2021年12月期间在连云港市第二人民医院就诊的220例妊娠期糖尿病患者作为研究对象，统计尿路感染发生率，根据尿路感染确诊结果分为感染组和未感染组，感染组采取中段尿进行病原菌培养，分析主要革兰阴性杆菌对抗菌药物的耐药率，采用logistic回归模型分析妊娠期糖尿病患者尿路感染的影响因素。结果:220例妊娠期糖尿病患者中发生尿路感染者共32例，感染率为14.55%(32/220)，其中共鉴定出43株病原菌，主要为革兰阴性杆菌[72.09%(31/43)]，其次是革兰阳性球菌[20.93%(9/43)]和真菌[6.98%(3/43)]。主要的革兰阴性杆菌中大肠埃希菌对氨苄西林、左氧氟沙星耐药率较高，肺炎克雷伯菌对氨苄西林、头孢唑林耐药率高。感染组与非感染组在年龄、住院时间、个人尿路感染史、妊娠期性生活史、抗菌药物使用情况、空腹血糖、血清白蛋白、糖化血红蛋白方面比较差异均有统计学意义(均 P<0.05)；多因素logistic回归结果显示，有个人尿路感染史、妊娠期有性生活、未规范使用抗菌药物、血清白蛋白<30 g/L、糖化血红蛋白≥7%、空腹血糖≥8.5 mmol/L是妊娠期糖尿病患者尿路感染的独立危险因素(均 P<0.05)。 结论:妊娠期糖尿病患者存在较高的尿路感染发生率，危险因素复杂，革兰阴性杆菌为主要致病菌，临床上可根据药敏试验合理选择抗菌药物进行干预。

大面积烧伤可诱发复杂的免疫反应，严重影响患者预后。中性粒细胞作为天然免疫的重要效应细胞，其在患者烧伤休克阶段的功能作用尚不十分清楚。该研究观察到，烧伤休克患者血液循环中的中性粒细胞计数和百分比（中性粒细胞占白细胞总数的比值）明显增加，进一步采用免疫荧光成像技术在烧伤患者或动物模型中观察到中性粒细胞的细胞核存在左移现象。通过琼脂糖迁移模型评估中性粒细胞的趋化功能，显示其趋化能力在烧伤患者早期即出现明显下降，这种下降与细菌内毒素激活P2RX1介导中性粒细胞趋化停止信号有关。进一步研究观察到，从烧伤休克患者血液中分离出来的中性粒细胞释放了更多的抗菌蛋白，但抗菌蛋白并非是通过中性粒细胞胞外诱捕网（NET）途径产生的，而主要是通过中性粒细胞脱颗粒的胞吐作用来实现的。同时，烧伤患者中性粒细胞通过产生活性氧自由基和NET进行抗菌的能力明显减弱。此外，中性粒细胞释放肝素结合蛋白及中性粒细胞表面P2RX1表达增加促进了血管渗漏的发生。因此，针对以中性粒细胞为代表的免疫系统早期干预和调节将有利于重度烧伤患者的治疗。

新型冠状病毒肺炎疫情的暴发流行，使全社会重新认识了传染病发生、流行及防控所面临的巨大挑战，即便是当前对传染病防范的认知、应对技术和社会经济条件已有历史上最好的基础。在传染病的监测预警中，研究和利用各类传染病发生与传播相关因素的数据，以期在传染病发生的早期甚至发生前识别疫情信号，成为传染病防控研究的重要命题。病原体是传染病发生的原因，所以以病原学为核心的实验室监测是传染病预警体系的重要组成部分。我国目前已经初步建成了基于国家致病菌识别网的细菌性传染病实验室监测预警系统，其核心是识别病原、识别暴发、识别来源，在鼠疫、霍乱、流脑等细菌性传染病的早期发现、溯源和精准防控中起到重要作用。本期重点号围绕实验室监测在细菌性传染病预警和防控中的作用，从流行和暴发菌株特征分析、与流行病学调查的联合应用、与常规病例监测体系的融合等方面开展研究，体现了实验室监测在传染病风险评估和疫情调查中的作用，同时对实验室监测预警技术及应用场景进行了综述和展望，以期为推动我国传染病监测预警体系的跨越发展提供新思维。

目的:对临床分离的致关节感染的两株皮疽诺卡菌（ Nocardia farcinica）进行全基因组测序并分析其耐药性。 方法:2020年1月收集两株导致老年患者膝关节感染的皮疽诺卡菌菌株，采用全基因组测序对细菌进行鉴定，根据CLSI M24推荐的微量肉汤稀释法和E-test法进行药物敏感性分析，通过ABRicate工具比对获得性耐药和毒力基因，Snippy等生物信息学工具进行同源性等基因特征分析。结果:本研究的临床分离株均为皮疽诺卡菌，对头孢曲松、头孢吡肟、头孢噻肟、甲氧苄氨嘧啶/磺胺甲噁唑（TMP/SMX）耐药，对亚胺培南、利奈唑胺和含有酶抑制剂类抗生素阿莫西林/克拉维酸敏感。携带A类β内酰胺酶基因 far-1、RNA聚合酶结合蛋白基因 RbpA、多耐药外排泵转录激活因子基因 MtrA和调节转录因子基因 vanR-O，分别介导对β内酰胺抗生素、利福平、大环内酯类药物和万古霉素的耐药性。不含有获得性TMP/SMX耐药基因，二氢叶酸还原酶家族基因存在多个错义突变，均携带与结核分枝杆菌同源的 icl、 mbtH、 phoP、 relA毒力基因，SNP同源分析表明两株皮疽诺卡菌具有很近的亲缘关系，两株菌仅存在10个SNP位点、6个复合基因和1段基因缺失变异。 结论:全基因测序技术有助于研究诺卡菌的分子特征和耐药机制；皮疽诺卡菌对TMP/SMX耐药现象需要重视，参与二氢叶酸代谢途径的酶基因突变有可能是TMP/SMX耐药的原因之一。

目的:探讨先天性心脏病患儿体外循环术后肠道屏障功能损伤、细菌DNA移位及其与术后发生全身炎症反应综合征（systemic inflammatory response syndrome，SIRS）之间的关系。方法:收集2018年7月至2019年7月上海交通大学医学院附属儿童医院心胸外科收治的61例先天性心脏病行体外循环手术患儿，其中男29例，女32例；年龄为（744.8±947.8）d，年龄范围为2 d~14岁。按术后是否发生SIRS分为SIRS组及无SIRS组。术前和术后2 h、24 h采集静脉血，利用PCR技术进行细菌DNA检测，同时检测肠道损伤标志物二胺氧化酶及肠型脂肪酸结合蛋白，并观察术后是否发生SIRS。结果:①所有患儿术前细菌PCR均为阴性，术后2 h（322.4±279.6 copies/μl）、术后24 h（366.6±294.9 copies/μl）细菌DNA拷贝数明显较术前升高，与术前相比差异均有显著性（ P<0.001）；②体外循环术后2 h血清二胺氧化酶（148.5±93.2 mIU/ml）、肠型脂肪酸结合蛋白（7.8±7.2 ng/ml）水平较术前明显升高，24 h后开始下降，术后2 h、24 h与术前相比差异有显著性（ P=0.012、 P=0.0089）；③SIRS组术后24 h二胺氧化酶、肠型脂肪酸结合蛋白水平明显升高，与非SIRS组相比差异有显著性（ P=0.0308、 P=0.0282）。 结论:体外循环术后早期即可发生肠道细菌DNA移位，先天性心脏病体外循环术后SIRS与肠道细菌DNA移位有相关性。

目的:探讨人乳头瘤病毒（HPV）16亚型感染的子宫颈鳞状细胞癌患者下生殖道菌群的分布及特征。方法:前瞻性横断面研究。选取2019年8月至2020年6月就诊于中国医学科学院肿瘤医院的6例HPV16单一型别阳性子宫颈鳞状细胞癌患者（子宫颈癌组），选取同期体检人群中液基薄层细胞学检查未见异常且HPV阴性6名健康女性为健康对照组。患者抗肿瘤治疗前、健康对照者体检时用无菌棉拭子采集子宫颈后穹窿处分泌物，采用高通量测序技术扩增细菌16S rRNA基因V1-V2高变区，分析菌群分布及特征。结果:子宫颈癌组和健康对照组年龄分别为（51±8）岁、（48±3）岁，差异无统计学意义（ t=0.63， P=0.540），两组均有孕产史，无吸烟史。α多样性分析结果显示，与健康对照组比较，子宫颈癌组sobs指数（ t=3.25， P=0.009）及chao指数（ t=2.91， P=0.016）均高，差异均有统计学意义；子宫颈癌组shannon指数高（ t=2.07， P=0.065），simpson指数低（ t=1.74， P=0.113），但差异均无统计学意义。采用基于bray-curtis距离的主坐标分析（PCoA）进行数据降维分析显示，子宫颈癌组与健康对照组间β多样性差异具有统计学意义（ R2=0.154， P=0.018）。门水平上，与健康对照组相比，子宫颈癌组厚壁菌门占比低（30.21%比68.28%），拟杆菌门占比略低（6.87%比8.11%），而放线菌门（26.91%比14.42%）及变形菌门（27.33%比0.67%）占比高。属水平上，与健康对照组相比，子宫颈癌组乳杆菌属及棒状菌属占比低，失去优势菌群，而红球菌属、克雷伯菌属、气球菌属等占比明显高，且子宫颈癌组菌群种类较健康对照组多。线性判别分析（LDA）显示，属水平上，红球菌属（LDA=5.04）、克雷伯菌属（LDA=4.71）、肠杆菌属（LDA=4.29）、罗尔斯通菌属（LDA=4.28）、苍白杆菌属（LDA=4.23）、韦荣球菌属（LDA=4.14）为子宫颈癌组特征菌群；门水平上，健康对照组厚壁菌门（LDA=5.23）可为标志性物种；种水平上，子宫颈癌组红球菌（ P=0.025）、罗尔斯通菌（ P=0.045）、韦荣氏球菌（ P=0.044）、卡氏伯克霍尔德菌（ P=0.045）、假单胞菌（ P=0.043）等均较健康对照组多，差异均有统计学意义。 结论:HPV16单一型别阳性子宫颈鳞状细胞癌患者下生殖道菌群多样性、丰富度较健康女性增加，乳杆菌属丰度下降；红球菌属、克雷伯菌属可作为其标志性下生殖道菌群，但仍需进一步验证。

开发既能抑制细菌感染又能主动促愈合的敷料，对修复创面以及医疗技术的发展具有十分重要的意义。电刺激在创面愈合过程中具有止血、抗菌、抗炎、引导细胞迁移、促再上皮化以及促细胞增殖等多重作用。金属微电池可在无须外接电源的情况下，提供稳定的电刺激能量来源。因此金属微电池与医用敷料的一体化集成，为电刺激在创面修复领域的无线应用带来了新的机遇。该文在介绍电刺激对创面愈合作用机制的基础上，从制备、抗菌、促愈合等角度综述了金属微电池敷料在创面修复中的研究进展，并详细介绍了当前不同类型金属微电池敷料的发展现状、面临的挑战以及未来的发展趋势。