目的:探讨肺移植术后肺部感染的病原学特点及供肺来源的微生物与移植预后的相关性。方法:回顾性分析2015年1月至2019年12月同济大学附属上海市肺科医院完成肺移植手术的88例受者的临床资料及肺部感染病原学资料，对气道内病原微生物的种类、检出比例和耐药性变迁进行分析。根据是否检出耐药菌，将受者分为耐药菌阳性组(71例)和耐药菌阴性组(17例)，对比分析术后3年存活率，并用Log-rank法进行统计学分析。前瞻性分析2020年4月11日至2020年9月5日完成的14例肺移植供肺气道菌群和受者预后，用单因素方差分析和Pearson卡方检验，对供肺和受者的气道菌群多样性、受者术后1年间的血常规和生化指标及肺功能指标等进行统计学分析。结果:回顾性分析的88例肺移植受者，5年间共检出992株菌，包括细菌796株，其中革兰氏阴性菌占88.4%(704/796)；真菌196株。2019年革兰氏阳性球菌、肺炎克雷伯菌、鲍曼不动杆菌、嗜麦芽窄食单胞菌和念珠菌属的检出比例均高于2015年(8.2%比5.3%，13.6%比13.2%，33.2%比17.5%，6.5%比5.3%，26.6%比20.2%)。革兰氏阴性菌对亚胺培南耐药情况分析结果显示，肺炎克雷伯菌在2019年耐药率最高，为68.18%，同年鲍曼不动杆菌的耐药率为98.44%。耐药菌阳性组与耐药菌阴性组术后3年存活率分别为46.3%和35.3%，组间比较，差异无统计学意义( P＝0.410)。前瞻性分析的14例肺移植受者的供肺气道分泌物经二代测序均检出细菌。其中5例受者在移植后1个月内在气道分泌物中检测出与供肺相同的细菌，随访1年，死亡2例；余9例未检出与供肺相同的细菌，随访1年，死亡2例。Pearson卡方检验显示，气道菌群多样性Shannon指数与肺移植后1年的预后情况无明显相关。 结论:移植术后肺部感染的病原体仍然是革兰氏阴性菌占主导，并且耐药比例始终居于高位，供肺病原微生物对肺移植受者的短期预后无明显影响。

目的:分析酒渣鼻患者鼻部蠕形螨寄生与鼻部皮肤微生物群落的关系。方法:2017年5月至2019年6月于佛山市顺德区慢性病防治中心皮肤科收集酒渣鼻患者与面部健康对照者各14例，酒渣鼻患者中早期8例，中期6例。采集受试者鼻翼和鼻唇沟皮肤微生物样品，提取DNA，采用宏基因组测序和生物信息学分析。以蠕形螨及微生物reads数的构成比反映菌种相对丰度。计算Shannon指数评估微生物α多样性。分析基于菌种相对丰度的主成分（PCA）以评估β多样性。计数资料的比较采用两独立样本 t检验，蠕形螨与微生物含量间关系采用Pearson相关性分析。 结果:酒渣鼻组鼻部皮肤蠕形螨相对含量（1.647% ± 0.389%）高于健康组（0.448% ± 0.089%， t = 2.92， P = 0.007）。蠕形螨的相对含量与细菌相对含量呈负相关（ r = -0.95， P < 0.001），与真菌相对含量呈正相关（ r = 0.76， P < 0.001）。酒渣鼻组鼻细菌、真菌群落Shannon指数（0.91 ± 0.17、1.261 ± 0.045）显著高于健康组（0.47 ± 0.12、0.549 ± 0.071， t = 2.17、8.48， P < 0.05）；两组的主成分分析结果示，仅细菌群落显著不同（ t = 2.32， P = 0.029），而真菌群落无差异（ t = 0.82， P = 0.461）。此外，中期酒渣鼻患者蠕形螨相对含量显著高于早期（ t = 6.56， P < 0.001）；早、中期患者中细菌和真菌的Shannon指数差异无统计学意义（均 P > 0.05），主成分分析结果示细菌和真菌的群落结构差异均有统计学意义（均 P < 0.05）。 结论:蠕形螨在鼻部皮肤的寄生可能影响鼻部皮肤微生态群落结构。

皮肤微生物群与多种皮肤病相关。头皮毛囊深入皮肤并携带不同于皮肤表面微生物群的复杂微生物群落。局部微生态失衡可能破坏皮肤的屏障功能，导致各种头皮毛发疾病。本文探讨多种毛发疾病（包括头皮屑和秃发性毛囊炎等）中微生物多样性的变化及特定微生物的定植，为探索各种头皮毛发疾病的发病机制及治疗策略提供思路。

目的:探讨玫瑰痤疮患者与正常人面部皮肤表面微生物群的差异，分析玫瑰痤疮患者面部菌群分布特征，为玫瑰痤疮预防及治疗寻找新的思路。方法:2023年10—12月，就诊于四川省人民医院皮肤科且初次诊断为玫瑰痤疮患者30例为玫瑰痤疮组，男8例、女22例，年龄18～60(32.9±7.6)岁；面部健康人30名为对照组，男5名、女25名，年龄18～60(34.9±7.3)岁。分别取面部皮肤拭子，通过提取总DNA，经PCR扩增，对PCR产物检测、定量和建库，高通量测序等步骤对60份样本进行测序。用柱状图揭示样品微生物群落物种构成；分析不同组间微生物丰度与多样性差异。结果:玫瑰痤疮组与对照组间菌群多样性方面差异无统计学意义( P>0.05)，但对玫瑰痤疮患者分型后，细菌菌群中，丘疹脓疱型玫瑰痤疮(5例)与对照组(30例)比较，差异有统计学意义( t＝5.61， P<0.05)。真菌菌群中，红斑毛细血管扩张型组(25例)与对照组(30例)比较，差异有统计学意义( t＝3.27， P<0.05)。玫瑰痤疮组与对照组细菌丰度差异较大，玫瑰痤疮患者面部细菌菌群以厚壁菌门为主。玫瑰痤疮患者面部真菌群落结构与对照组相比相差较小，优势真菌属为马拉色菌属和脉孢菌属。 结论:玫瑰痤疮患者与健康人之间、不同亚型玫瑰痤疮患者之间的面部微生物菌群丰度及多样性存在差异，有望为玫瑰痤疮预防及治疗提供新的思路。

目的:比较甲真菌病患者病甲与健康甲细菌和真菌微生物菌群差异。方法:收集2020年8月至2021年6月于大连市皮肤病医院门诊就诊的31例甲真菌病患者的病甲及健康甲的甲屑样本，提取甲屑菌群总DNA，以细菌16S rDNA的V3-V4区序列及真菌内转录间隔区（ITS）作为目标序列进行基因扩增及Illumina测序，对所测序列采用USEARCH和mothur软件进行OTU聚类分析，采用Wilcoxon rank sum test方法进行α多样性分析，采用相似性分析（Anosim）进行β多样性分析，采用LEFSe方法进行物种差异分析。结果:入组甲真菌病患者31例，男16例，女15例，按年龄分青年组（18 ~ 35岁）10例，中年组（36 ~ 60岁）11例，老年组（大于60岁）10例。α多样性分析显示，病甲组标本Shannon指数明显低于健康甲组（ W = 290， P = 0.007），而Simpson指数明显高于健康甲组（ W = 663， P = 0.010），病甲组细菌菌群的多样性及均匀度低于健康甲组，病甲在真菌菌群的多样性与健康甲无明显区别。β多样性分析显示，基于unweighted-unifrac距离矩阵分析结果，病甲组与健康甲组细菌和真菌微生物的组成差异无统计学意义（细菌菌群： R = 0.0052， P = 0.331；真菌菌群： R = 0.0036， P = 0.337）；基于weighted-unifrac距离矩阵分析结果，病甲组与健康甲组在细菌菌群及真菌菌群的丰度方面差异均有统计学意义（均 P = 0.001）。在物种组成上，病甲组较健康甲组丰度显著降低的细菌菌群有拟杆菌门及变形菌门、β-变形菌纲、伯克氏菌目、罗尔斯顿菌属、鞘氨醇单胞菌属、链球菌属，而芽孢杆菌纲、芽孢杆菌目、葡萄球菌属明显高于健康甲组。病甲组显著升高的真菌菌群有散囊菌纲、爪甲团囊菌目、未分类锤舌菌目、关节皮肤真菌科、黑团孢属、白粉菌属、铁艾酵母属、毛癣菌属、十字花科白粉菌、红色毛癣菌、合轴马拉色菌，而酵母菌纲-酵母菌目-酵母菌科、隐囊菌科、念珠菌、链格孢菌较健康甲组显著降低。 结论:甲真菌病患者病甲与健康甲细菌菌群的多样性及丰度均有明显的差异，真菌菌群仅丰度存在一定的差异，其中某些真菌和细菌菌属可能具有相关性。

低甲烷排放转基因水稻是实现水稻低碳生产的理想材料.土壤微生物驱动了稻田甲烷的产生,低甲烷排放转基因水稻土壤微生物群落组成的变化不仅影响稻田甲烷排放,也关系到土壤微生态系统的稳定性.通过对细菌16S rRNA基因、真菌ITS基因的高通量测序及mcrA、nifH、amoA和nirS等功能基因的荧光定量PCR,分析了低甲烷排放转基因水稻(86R27-3)与野生型水稻(MH86)土壤微生物群落间的差异.结果显示:稻田土壤细菌群落的α-多样性指数在86R27-3与MH86间无明显差异,且仅在水稻分蘖期86R27-3的土壤真菌群落多样性指数Shannon、Simpson及均匀度指数Pielou_e显著高于MH86(P＜0.05);β-多样性分析表明土壤细菌或真菌群落组成在86R27-3与MH86间均没有显著差异;但在水稻齐穗期:86R27-3 土壤的放线菌门(Actinobacteria)、罗泽真菌门(Rozellomycota)的相对丰度显著高于MH86(P＜0.05),而酸杆菌门(Acidibacteria)、子囊菌门(Ascomycota)的相对丰度显著低于MH86(P＜0.05);土壤微生物群落功能预测显示,86R27-3 土壤氮、硫和锰代谢细菌功能群丰度显著低于MH86(P＜0.05),如分蘖期的土壤硝酸盐还原、硝酸盐呼吸、硫代硫酸盐呼吸及硫呼吸,齐穗期和成熟期的好氧亚硝酸盐氧化及成熟期的锰氧化等;与MH86相比,86R27-3的土壤真菌功能群丰度有减有增,如在水稻不同生育期内的其未定义腐生物银耳目、嗜热囊菌科、镰刀菌属及韦斯特氏菌功能群丰度显著降低(P＜0.05),而其分蘖期的动物内共生体腐生生物毕赤酵母属和未定义腐生物马勃科功能群丰度显著提高(P＜0.05).定量PCR分析表明86R27-3 土壤中的产甲烷细菌mcrA基因丰度显著低于MH86(P＜0.05),同时,土壤固氮菌nifH基因、氨氧化细菌amoA基因及反硝化细菌nirS基因的丰度在86R27-3土壤中也显著降低(P＜0.05).综上所述,低甲烷排放转基因水稻(86R27-3)对土壤细菌或真菌的群落组成没有影响,但可引起主要细菌或真菌种类的相对丰度及某些细菌或真菌功能群丰度发生变化,并显著降低了稻田土壤微生物功能基因丰度.

目的 通过分析南阳艾不同部位内生菌菌群结构多样性及其与关键次生代谢产物含量之间的关系,探究南阳艾内生菌对其药材品质的影响.方法 本研究采用高通量测序技术分析南阳艾不同组织内生菌群落的多样性和组成;利用高效液相色谱技术检测南阳艾不同组织中关键代谢产物的含量;进而通过皮尔逊相关性分析,筛选与南阳艾关键次生代谢产物显著相关的内生菌群落.结果 南阳艾内生细菌和真菌多样性和组成具有显著组织差异,根中细菌和真菌多样性指数(Chao和Ace)均显著高于茎和叶.通过LEfSe分析,确定根瘤菌属、链霉菌属、黄单胞菌科、子囊菌纲等为南阳艾生物标记物.相关性分析的结果表明,根瘤菌属、假单胞菌属、黄杆菌属、链霉菌属、曲霉属、油壶菌属等属的丰度与部分苯丙素类和黄酮类代谢物的含量呈现显著正相关(P<0.05).结论 本研究筛选了一些南阳艾次生代谢物显著相关的内生菌群落,为进一步分离南阳艾关键次生代谢产物相关的内生菌株,提升南阳艾的品质提供了科学依据.

[目的]探测不同覆盖处理对菠萝园土壤微生态环境的影响.[方法]以未覆盖为对照(CK),比较研究了聚乙烯地膜(PM)、无纺布(NW)和可降解地膜(BF)覆盖下菠萝营养生长期土壤理化性状、酶活性以及细菌群落结构、代谢物的差异.[结果]与CK相比,NW土壤中有效磷以及BF土壤中全氮含量显著提高;3 种覆盖下土壤的过氧化氢酶和蔗糖酶活性显著降低,但PM土壤的蛋白酶、BF的酸性磷酸酶活性显著提高.与CK相比,PM土壤的放线菌数量减少;NW的细菌数量增多,放线菌减少;BF土壤的真菌和细菌数量增多,放线菌减少.16S测序表明 3 种覆盖的细菌菌群多样性均低于CK,其中BF的菌群丰度相对最高.与CK相比,PM、NW、BF土壤共筛选到 17 种显著差异代谢物,主要包括糖类、有机酸、含氮化合物和醇类代谢物,3 种覆盖处理中BF土壤的糖类代谢物积累最高.CCA分析表明,pH影响土壤菌群结构发生分异,土壤养分、酶活性与细菌群落结构存在正相关.[结论]3 种覆盖处理中NW有利于维持营养生长期菠萝园土壤相对稳定的微生态环境.

森林粗木质残体主要包括倒木、枯立木、大枯枝、树桩和粗根等,它们是绝大多数森林生态系统的结构性成分,在全球碳循环和生物多样性保育等方面发挥着不可替代的作用.特别是近些年,极端高温、干旱、热带气旋等极端气候事件正在加速树木死亡,改变森林粗木质残体形成的方式和分解过程,森林生态系统功能和稳定性也会受到深刻影响,生态学家对此也越来越重视.如今,生态学家通过野外观测和控制实验,围绕粗木质残体的分解特征、调控机制和分解过程中粗木质残体上的生物多样性开展了大量研究,促进了粗木质残体生态学的快速发展.该文首先汇总了最常见的用于森林粗木质残体分解过程的研究方法,并且描述了各研究方法适用的情景.其次,从形态、物理和化学性状方面探讨了粗木质残体的分解特征.然后,围绕着影响森林粗木质残体分解的控制因素,系统梳理和总结了已取得的研究结果.具体来说,粗木质残体分解主要受到基质质量、分解者和环境条件的调控,其中基质质量和分解者在样点尺度上影响着分解过程,基质质量对分解者群落有自下而上的调控作用,环境条件在区域或更大研究尺度上发挥主导作用.粗木质残体在分解的同时孕育了数量巨大、种类丰富的生物,主要类群包括苔藓类附生植物、细菌、真菌和无脊椎动物.无脊椎动物对森林粗木质残体的利用方式最为复杂,可能将其作为栖息地、掩蔽所、繁殖地、取食场所.附生植物的演替过程与分解时间正相关,但与腐烂程度联系不紧密,其他生物类群的演替则更多地受到基质质量的影响.由于以往的综述鲜有涉及不同结构组分(树皮和木质部)分解的研究进展,该文补充和探讨了树皮和木质部的分解特征和潜在的相互作用过程.由于粗木质残体分解缓慢的特点和研究方法的限制,目前许多机理的相关研究仍不够深入,该文围绕粗木质残体分解机制和生物多样性保育功能探讨了未来需要重点关注的研究内容及可能的研究方法.

强还原土壤灭菌(RSD)方法是修复退化设施蔬菜地土壤的有效措施,但以绿肥为碳源的RSD方法田间应用是否有效还未明确.本研究以退化设施蔬菜地土壤为对象,设置6个处理:未施肥对照(CK)、未施肥+淹水覆膜(FF)、施用鸡粪有机肥(OM)、施用鸡粪有机肥+淹水覆膜(OMR)、田菁绿肥还田(TF)和田菁绿肥还田+淹水覆膜(TR),研究强还原处理和施用有机肥对土壤微生物群落组成、多样性和稳定性的影响.结果表明:与CK相比,OMR和TR处理显著降低了细菌Chaol指数,改变了细菌和真菌的群落结构,同时显著提高了芽孢杆菌、红球菌、梭状芽孢杆菌和青霉菌的相对丰度;TR处理显著降低了尖孢镰刀菌的相对丰度.冗余分析和曼特尔检验发现,土壤铵态氮和可溶性有机碳含量是影响细菌群落变化的关键因子,而土壤pH是影响真菌群落变化的关键因子.内聚力分析表明,OMR和TR处理显著提高了细菌群落稳定性,但2个处理之间的差异不显著;TR处理也显著提高了真菌群落稳定性,且显著高于OMR处理.可见,以绿肥为碳源的RSD是改善土壤健康的有效修复措施.