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原发性胶质母细胞瘤瘤内细菌特征基因及其功能研究
编辑人员丨3天前
目的 分析原发性胶质母细胞瘤(GBM)患者肿瘤组织中细菌相关特征基因,并研究肿瘤内细菌相关特征基因在GBM中的功能及作用机制.方法 采用基于癌症基因组图谱(TCGA)数据分析得到的原发性GBM瘤内细菌相关特征基因的公开数据,共152例.根据GBM患者总生存时间的中位数,将其分为低生存组(78例)和高生存组(74例).使用秩和检验评估组间α多样性的差异;采用非度量多维尺度(NMDS)分析和主坐标分析(PCoA)评估组间β多样性的差异;采用线性判别分析(LDA)比较两组GBM样本中丰富度存在显著差异的细菌种类.分别根据各差异细菌相关特征基因的相对丰富度将152例患者分为高丰富度组和低丰富度组,采用Kaplan-Meier法分析高丰富度组与低丰富度组患者生存率的差异.对与良好预后相关的高丰富度细菌相关特征基因GBM样本中显著上调的基因进行基因本体论(GO)生物过程功能注释和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;通过TCGA转录组测序数据集分析肿瘤免疫微环境景观,应用曼特尔检验分析免疫细胞浸润含量与预后相关细菌特征基因的相关性.所有数据分析均采用R软件,以P<0.05为差异有统计学意义.结果 152例GBM组织中共鉴定出252种细菌相关特征基因,其中234种特征基因在低生存组与高生存组均存在,8种仅存在于低生存组,10种仅存在于高生存组.NMDS和PCoA结果显示,两组的β多样性的差异有统计学意义(P<0.05).LDA显示,高生存组与低生存组的肿瘤组织中细菌相关特征基因的丰富度存在差异(P<0.05),其中脆弱拟杆菌相关特征基因在高生存组的丰富度较高(P<0.05),并与患者的总生存期呈正相关(x2=4.13,P<0.05).功能富集分析显示,肿瘤内脆弱拟杆菌相关特征基因丰富度较高的患者肿瘤组织中高表达与免疫途径相关的基因(P<0.05).曼特尔检验分析结果显示,原发性GBM肿瘤组织中脆弱拟杆菌相关特征基因的丰富度与M1巨噬细胞浸润呈正相关(P<0.05).结论 脆弱拟杆菌相关特征基因在高生存原发性GBM患者肿瘤组织中的丰富度较高,并影响肿瘤的免疫微环境.
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编辑人员丨3天前
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降钙素原在脓毒血症与肺部感染中的研究进展
编辑人员丨3天前
脓毒血症(sepsis)是由于机体特别是肺感染的不协调反应引起的一种危及生命的器官脏器功能障碍,重症监护病房最常见的危重症,其因高发生率及病死率备受关注[1]。早诊断、早治疗可以减少病死率。目前关于脓毒血症在临床上主要面临着早期诊断缺乏快速准确生物标志物、治疗时抗生素使用与停止时机难把控、预后指标指示性较差等主要问题。降钙素原(procalcitonin, PCT)的出现解决了这些的困难。生理情况下PCT主要由甲状腺的C-细胞合成,在肝、脾、肺、肾等器官也有少量分泌,并在PCT进入全身循环之前转化为降钙素。PCT作为传统的炎症标记物,应用在脓毒血症的诊断中准确有效,经济简便,同时在指导抗生素的使用及评估预后等方面也有重要作用。目前脓毒血症的指南共识中PCT是唯一推荐在脓毒血症中大量使用的生物标志物。引起脓毒血症的病原学微生物主要包括细菌、病毒、真菌等,其中以细菌性感染为主,由于不能准确识别感染源,无法准确选用合适的抗生素类型[2]。Le Moullec等1984年首次提出PCT是降钙素116个氨基酸残基,正常情况下由甲状腺合成并释放进入血液,在正常人群血清及病毒感染层面处于较低水平(<0.05 ng/ml),脓毒血症患者由于感染较为严重,PCT水平较高;对脓毒症患者进行抗菌治疗后,PCT的水平会明显下降,提示PCT在脓毒血症患者中具有重要作用。本文对PCT在细菌性脓毒血症的诊断、治疗及预后等方面的进展进行综述[3,4]。
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编辑人员丨3天前
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烟草甲抗菌肽基因Defensin的鉴定及响应细菌的表达模式分析
编辑人员丨3天前
本研究旨在阐明烟草甲Lasioderma serricorne Defensin(LsDef1 和LsDef2)基因在响应细菌侵染过程中的功能.利用生物信息学分析了 LsDef1 和 LsDef2 编码蛋白的结构、特征和系统进化关系.采用实时荧光定量 PCR(RT-qPCR)技术检测LsDef1 和LsDef2 在烟草甲不同发育阶段(卵、1龄幼虫、2龄幼虫、3龄幼虫、4龄幼虫、蛹、成虫)、4 龄幼虫不同组织(脂肪体、表皮、中肠、血细胞和马氏管)、病原微生物诱导情况、细菌及细菌细胞壁成分胁迫后的表达模式.序列比对发现烟草甲LsDef1 和LsDef2 具有典型的6个半胱氨酸,形成3对二硫键,属于β防御素.RT-qPCR显示LsDef1 和LsDef2 基因在烟草甲不同发育阶段均有表达,在幼虫 4 龄处于高水平表达;主要表达组织为脂肪体(Fat body)和血细胞(Hemocyte),其次为表皮和中肠,而在马氏管的表达水平最低.外来病原物诱导后,LsDef1 和LsDef2 基因表达量显著增加,对金黄色葡萄球菌Staphylococcus aureus诱导最为敏感,进一步得细菌和细菌细胞壁成分诱导表达模式显示金黄色葡萄球菌诱导高峰期出现在诱导后 6 h;PGN-SA 诱导表达高峰期为3 h.烟草甲LsDef1 和LsDef2 是一类可被革兰氏阳性菌诱导的抗菌肽,研究结果为进一步研究昆虫防御素类抗菌肽的功能奠定了基础.
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编辑人员丨3天前
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麦芽醇提物对肠道微生物区系中大肠埃希菌和金黄色葡萄球菌的体外抑菌机制
编辑人员丨3天前
目的 探讨麦芽醇提物对肠道微生物的抗菌活性及体外的抑菌机制.方法 微量肉汤稀释法测定各微生物的最小抑菌浓度(MIC)和最小杀菌浓度(MBC),在不同时间点绘制麦芽醇提物处理前后大肠埃希菌和金黄色葡萄球菌的生长曲线.通过荧光显微镜、结晶紫染色实验以及乳酸脱氢酶活性、碱性磷酸酶含量变化来探究其作用机制.结果 麦芽醇提物对选取的8种肠道微生物抑菌效果明显,其中对大肠埃希菌与金黄色葡萄球菌MBC均为25,MIC均为12.5 mg·mL-1.经麦芽醇提物作用后,与对照组相比,大肠埃希菌和金黄色葡萄球菌生物膜形成能力减弱,且呈剂量依赖关系;随着麦芽醇提物浓度的增加,在细菌暴露于2MIC的条件下,其细胞膜的破损程度相较于对照组比较严重;细菌乳酸脱氢酶活性也随着浓度的增加逐渐下降,与对照组相比差异有统计学意义;大肠埃希菌与金黄色葡萄球菌的碱性磷酸酶分别在3 h、6 h时活性最高,随之趋于平稳.结论 麦芽醇提物对肠道微生物具有显著的抗菌活性,主要通过破坏细胞膜的完整性导致胞内物质外泄造成细菌死亡.
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编辑人员丨3天前
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幽门螺杆菌在阿尔兹海默症发生发展中的作用机制研究进展
编辑人员丨3天前
阿尔茨海默病(AD)是一种以脑组织内tau蛋白过度磷酸化和β-淀粉样蛋白(Aβ)沉积为典型病理特征的神经退行性疾病,主要表现为记忆力减退,行为异常和认知障碍.幽门螺杆菌与多种胃肠疾病相关,且可能参与中枢神经系统疾病的发生,尤其是AD.幽门螺杆菌可能直接或间接释放毒力因子和炎症介质,通过激活GSK-3β通路或EPK/MAPK通路诱导tau蛋白过度磷酸化参与AD进程.幽门螺杆菌可以通过靶向早老素-2增强γ分泌酶的活性,增加海马和皮质中Aβ42形成,或者激活 C3-C3aR通路增加星形胶质细胞和小胶质细胞交互作用,导致小胶质细胞激活状态改变,触发神经元功能障碍,Aβ清除率下降,最终导致认知障碍.幽门螺杆菌影响微生物群的组成,使得细菌多样性降低,引发大脑免疫调节功能障碍;其自身释放神经毒性物质,如空泡毒素A使轴突损伤或刺激等使得肠脑轴失调,激活神经炎症;通过直接或间接释放多种炎症介质可能诱导血脑屏障破裂,从而参与AD的发病机制.另外,幽门螺杆菌还可通过口腔—鼻腔—嗅觉途径损伤大脑,从而参与AD的发生发展.
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编辑人员丨3天前
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普氏野马分布区域亚洲璃眼蜱的宏基因组分析与病原体评估
编辑人员丨3天前
目的 评估亚洲璃眼蜱在普氏野马分布区域传播疾病的潜在风险,研究雌、雄蜱在宏基因组水平的特征并进行病原体分析.方法 2022年4月,在新疆卡拉麦里山有蹄类自然保护区使用"守株待蜱"法采集硬蜱,利用体视镜进行形态学鉴定,提取48只蜱(雌、雄各24只)DNA,PCR扩增线粒体细胞色素C氧化酶第1亚基(COⅠ)序列进行分子生物学鉴定.将雌、雄亚洲璃眼蜱分组进行宏基因组测序,非冗余基因集与非冗余蛋白(NR)数据库进行比对,分析蜱携带的微生物群落组成;与京都基因与基因组百科全书(KEGG)数据库和抗生素抗性基因数据库(ARDB)进行比对,获取蜱及蜱传病原体的基因功能注释结果以及抗生素抗性功能注释结果.数据的比较采用t检验分析.结果 共采集硬蜱124只,经形态学鉴定亚洲璃眼蜱成虫119只.硬蜱DNA扩增出约700 bp的阳性条带,经测序与亚洲璃眼蜱(GenBank:MH459386.1)的序列一致性为99%~100%.宏基因组测序经质控过滤共获得469 327 812条序列读长,开放阅读框预测得到836 843~1 094 994条序列.NR数据库比对结果显示,亚洲璃眼蜱携带的细菌菌落丰度占注释到的总群落丰度的99.13%,共注释到细菌32门2 040种,变形菌门和放线菌门为优势菌门,分别占细菌群落丰度的51.52%和44.35%;嗜吞噬细胞无形体为优势菌种,占细菌群落丰度的16.35%.病毒菌落丰度占注释到的总群落丰度的0.004%,共注释到病毒5 门 21种.雌蜱和雄蜱携带的细菌群落和病毒群落的丰富度及多样性差异均无统计学意义(t=-1.180、-1.729,均P>0.05).KEGG基因功能注释到亚洲璃眼蜱新陈代谢基因占比最高(54.38%),主要的功能条目为氨基酸代谢、碳水化合物代谢、膜转运等;共识别出11 352种蛋白通路,其中154种蛋白通路在雌蜱和雄蜱间的差异有统计学意义(t=-2.348,P<0.05).ARDB注释到亚洲璃眼蜱携带154种抗生素抗性基因,包括49种抗性基因类型,主要抗性基因类型为Baca(占62.53%),抗生素类型为肝菌肽.大部分注释到的抗性基因与多重耐药相关,如Mexf、Mexb、Emrd、Mexw等.雌蜱和雄蜱在抗生素抗性基因类型的差异性对比结果显示,仅雌蜱的Emrd基因抗性高于雄蜱(t=-7.558,P<0.05).结论 本研究在宏基因组水平上揭示了亚洲璃眼蜱携带的主要细菌、病毒群落及多重耐药相关的抗生素抗性基因,雌蜱及其携带的病原体具有较高的物种丰度和基因丰度.
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编辑人员丨3天前
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海藻糖凝胶对大鼠全层皮肤缺损创面及兔耳瘢痕增生的影响
编辑人员丨3天前
目的:探讨海藻糖凝胶对大鼠全层皮肤缺损创面及兔耳瘢痕增生的影响。方法:该研究为实验研究。制备海藻糖凝胶和卡波姆凝胶,辐照灭菌后观察其外观并检测其粘度、成模率、阻菌率、重金属含量、保湿率、水蒸气透过率、无菌性等理化特性和细胞毒性、皮内刺激、致敏性等生物相容性。取30只8~10周龄雄性SD大鼠,按照随机数字表法分为实验组、阳性对照组、阴性对照组,每组10只。在阴性对照组、阳性对照组、实验组大鼠背部制备全层皮肤缺损创面模型,分别进行常规换药、卡波姆凝胶换药、海藻糖凝胶换药处理。统计伤后6、12 d创面愈合率并记录创面愈合时间。伤后6 d,采用透射电镜观测大鼠创面组织中自噬体和自噬溶酶体数量,采用酶联免疫吸附测定法检测大鼠创面组织中微管相关蛋白轻链3Ⅰ(LC3Ⅰ)和LC3Ⅱ含量并计算其比值,采用天狼星红-苦味酸染色法检测大鼠创面组织中Ⅰ型胶原蛋白、Ⅲ型胶原蛋白占比及其比值和总胶原蛋白占比。前述实验样本数均为5。取3只3~4个月龄雄性新西兰白化模型兔,在每侧兔耳各制备3个深达软骨膜的创面,同前进行分组和处理,每组6个创面。创面愈合后30 d,大体观察并使用温哥华瘢痕量表评估兔耳瘢痕情况,采用苏木精-伊红染色检测兔耳瘢痕组织中表皮和真皮的厚度,采用天狼星红-苦味酸染色检测兔耳瘢痕组织中Ⅰ型胶原蛋白、Ⅲ型胶原蛋白占比及其比值和总胶原蛋白占比及其排布情况。样本数为6。结果:辐照后的海藻糖凝胶和卡波姆凝胶均呈淡黄色透明状,无异味和杂质。海藻糖凝胶粘度、成膜率、阻菌率、保湿率均显著优于卡波姆凝胶( t值分别为4.13、3.50、4.03、5.80, P<0.05),但水蒸气透过率显著低于卡波姆凝胶( t=-4.14, P<0.05)。2种凝胶均未检出重金属和细菌。2种凝胶均无细胞毒性,皮内刺激和致敏性均为阴性。伤后6、12 d,阳性对照组大鼠创面愈合率均明显高于阴性对照组( t值分别为-6.82和-4.58, P<0.05),实验组大鼠创面愈合率均明显高于阳性对照组( t值分别为-8.90和-4.25, P<0.05)和阴性对照组( t值分别为-8.78和-4.25, P<0.05)。阳性对照组和实验组大鼠创面愈合时间分别为(20.4±2.5)、(23.4±2.5)d,均明显短于阴性对照组的(27.0±2.1)d( t值分别为2.45、-4.49, P<0.05)。伤后6 d,实验组大鼠创面组织中自噬体和自噬溶酶体数量均显著多于阳性对照组( t值分别为7.37和9.33, P<0.05)和阴性对照组( t值分别为-7.06和-8.54, P<0.05)。伤后6 d,阳性对照组大鼠创面组织中LC3Ⅱ含量及LC3Ⅱ/LC3Ⅰ均显著高于阴性对照组( t值分别为-4.48和-2.47, P<0.05);实验组大鼠创面组织中LC3Ⅱ含量及LC3Ⅱ/LC3Ⅰ均显著高于阴性对照组( t值分别为11.98和6.04, P<0.05)和阳性对照组( t值分别为-6.64和-4.17, P<0.05),LC3Ⅰ含量明显低于阴性对照组( t=2.33, P<0.05)。伤后6 d,3组大鼠创面组织中总胶原蛋白和Ⅰ型胶原蛋白占比均相近, P>0.05。伤后6 d,阳性对照组大鼠创面组织中Ⅲ型胶原蛋白占比显著高于阴性对照组( t=-3.19, P<0.05),且Ⅰ型胶原蛋白/Ⅲ型胶原蛋白显著低于阴性对照组( t=2.18, P<0.05);实验组大鼠创面组织中Ⅲ型胶原蛋白占比显著高于阴性对照组和阳性对照组( t值分别为-2.38和5.91, P<0.05),且Ⅰ型胶原蛋白/Ⅲ型胶原蛋白显著低于阴性对照组和阳性对照组( t值分别为3.08和-4.35, P<0.05)。创面愈合后30 d,可观察到阳性对照组兔耳瘢痕增生情况与阴性对照组相近,而实验组兔耳瘢痕增生情况明显减轻。创面愈合后30 d,实验组兔耳瘢痕色泽、血管、厚度、硬度评分及总分均明显低于阳性对照组( t值分别为3.80、3.80、2.39、2.71、4.84, P<0.05)和阴性对照组( t值分别为-3.81、-4.78、0.04、-2.71、-5.14, P<0.05)。创面愈合后30 d,实验组、阴性对照组和阳性对照组兔耳瘢痕组织中表皮厚度相近( P>0.05);阳性对照组兔耳瘢痕组织真皮厚度明显小于阴性对照组( t=5.42, P<0.05),实验组兔耳瘢痕组织真皮厚度明显小于阴性对照组和阳性对照组( t值分别为11.91和8.49, P<0.05)。创面愈合后30 d,3组兔耳瘢痕组织中胶原蛋白排列均紊乱,总胶原蛋白占比相近( P>0.05);实验组兔耳瘢痕组织中Ⅰ型胶原蛋白占比明显低于阳性对照组( t值分别为3.00, P<0.05),Ⅲ型胶原蛋白占比明显高于阴性对照组和阳性对照组( t值分别为-4.46和4.05, P值均<0.05),Ⅰ型胶原蛋白/Ⅲ型胶原蛋白明显低于阴性对照组和阳性对照组( t值分别为8.50和-5.25, P值均<0.05)。 结论:海藻糖凝胶相较于卡波姆凝胶具有更适于创面愈合的理化特性,且生物相容性良好;能基于自噬激活作用促进大鼠全层皮肤缺损创面愈合,减轻兔耳瘢痕增生。
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编辑人员丨3天前
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纤维化纤维微细菌眼内炎1例
编辑人员丨3天前
患者女,22岁。因右眼反复眼红、视力下降伴前房积脓7个月于2021年5月26日到深圳大学总医院眼科就诊。患者既往健康,否认手术史。患者曾于外院诊断为"右眼全葡萄膜炎",并给予局部和全身糖皮质激素(以下简称为激素)治疗后好转,但反复发作,间隔时间逐渐缩短。眼部检查:患者右眼视力手动,矫正不能提高;左眼视力0.25,最佳矫正视力(BCVA)1.0。右眼、左眼眼压分别为11、14 mm Hg(1 mm Hg=0.133 kPa)。左眼眼前节及眼底未见异常。右眼结膜混合性充血(++),角膜后尘状沉着物(++),房水闪辉(++~+++),细胞(++~+++),前房2 mm积脓,晶状体后灰白色颗粒状混浊;玻璃体颗粒状、絮状混浊(图1A),细胞(+++);眼底窥不清(图1B)。B型超声检查,右眼玻璃体混浊(图1C)。光相干断层扫描检查,右眼黄斑区神经上皮层增厚,表面强信号条带(图1D)。超声生物显微镜(UBM)检查,前房大量点状中回声,玻璃体混浊(图1E,1F)。抽血送检人类白细胞抗原(HLA)-B51(+)。诊断:右眼全葡萄膜炎?右眼眼内炎?双眼屈光不正。
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编辑人员丨3天前
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TLR4基因多态性在中国人群感染性疾病中的研究进展
编辑人员丨3天前
Toll样受体(Toll-like receptors,TLRs)是人体识别病原微生物的主要分子之一,因此TLRs基因的遗传变异可以一定程度上对疾病的发生发展产生影响。TLR4作为TLRs中最具代表性受体之一,近年来被广泛研究。TLR4激活后诱导促炎细胞因子和趋化因子的合成和释放,调控相关病原微生物引起的炎症反应。然而TLR4基因突变可以导致宿主产生炎性反应过度或不足。文章就TLR4基因多态性对中国人群细菌、病毒及真菌引起的感染性疾病易感性和疾病进程的影响进行综述。
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编辑人员丨3天前
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蜡样芽孢杆菌在小鼠眼内炎中的迁移扩散能力及对炎症反应的影响
编辑人员丨3天前
目的:建立蜡样芽孢杆菌性小鼠眼内炎模型,探讨蜡样芽孢杆菌强致病性的原因,以及可能与疾病预后相关的因素。方法:选取6~8周龄C57BL/6J品系小鼠,向一侧玻璃体腔注射1 μl含有100 CFU蜡样芽孢杆菌的PBS溶液,向对侧眼球注射1 μl无菌PBS作为对照。以同样方法复制表皮葡萄球菌性眼内炎小鼠模型作为疾病对照。采用实时荧光定量聚合酶链反应(qRT-PCR)和ELISA检测炎性细胞因子水平。组织学、视网膜电图和透射电子显微镜检测眼内炎进程和视网膜功能。结果:蜡样芽孢杆菌在C57BL/6小鼠眼中快速生长,且明显快于表皮葡萄球菌,感染12 h后逐渐移至角膜。透射电镜结果显示,蜡样芽孢杆菌感染小鼠眼球后,色素颗粒稀疏的虹膜组织区域中细菌含量较多,而表皮葡萄球菌感染小鼠玻璃体腔后未能在眼前节检测到细菌。视网膜电图结果显示,蜡样芽孢杆菌性眼内炎小鼠的A波、B波幅度在感染6 h后显著降低,感染12 h后检测不出B波信号,且在不同时间点的降低幅度均显著高于表皮葡萄球菌性眼内炎。组织学检测发现,蜡样芽孢杆菌性眼内炎相比表皮葡萄球菌性眼内炎,其前房和玻璃体腔的炎性细胞数量显著增加,浸润程度更高,对组织结构的破坏性更强;ELISA结果显示,蜡样芽孢杆菌性眼内炎的髓过氧化物酶(MPO)活性显著强于表皮葡萄球菌性眼内炎,提示发生更严重的炎症反应。蜡样芽孢杆菌性眼内炎小鼠模型中IL-6、TNF-α和IL-1β的转录水平和蛋白质水平均明显高于表皮葡萄球菌性眼内炎模型。结论:蜡样芽孢杆菌具有快速的生长能力和迁移速率,且眼球感染后可诱发严重的眼内炎及组织结构的破坏,是导致视力丧失的重要因素。
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编辑人员丨3天前
