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基于基因芯片公共数据库及生物信息学方法筛选类风湿关节炎滑膜组织关键基因及通路
编辑人员丨4天前
目的:通过生物信息学的方法分析健康者和RA患者滑膜组织的差异基因,从转录组学水平上探讨RA可能的发病机制及潜在治疗作用靶点。方法:从美国国家生物技术信息中心(NCBI)的子数据库基因芯片公共数据库(GEO)下载符合筛选标准的健康人群和RA患者的芯片信息,利用R语言及相关软件包进行分析获得差异表达基因、GO富集分析和KEGG信号通路富集分析结果。利用STRING、Cytoscape等工具探讨差异基因的蛋白交互作用网络和生物学通路,分析关键基因与通路,寻找潜在作用靶点。结果:①与健康者滑膜相比,RA患者的滑膜有231个差异基因,其中表达上调的基因126个,表达下调的基因105个。② GO富集分析表明上调基因主要参与了免疫应答的正向调节、细胞因子的产生、细胞表面组成、信号受体活动等生物学过程,下调基因主要参与了细胞增殖的负调控、细胞外基质组成、转录调控区域DNA结合等生物学过程。③ KEGG上调基因信号通路富集分析主要是细胞因子受体相互作用通路,下调基因富集通路主要是癌症转录失调等。④通过STRING建立蛋白交互作用网络,使用Cytoscape的MCODE插件筛选出3个显著模块,选取各模块中的基因进行通路富集分析,3个模块基因主要富集在趋化因子受体通路、磷脂酰肌醇-3-激酶/蛋白激B(PI3K/Akt)通路等。结论:RA患者滑膜差异基因表达主要集中在细胞因子与受体间的相互作用信号通路、趋化因子信号通路、PI3K-Akt信号通路等方面,其中PI3K-Akt信号通路在RA的发生发展中发挥了重要作用,有望成为诊断和治疗的重要靶点。
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编辑人员丨4天前
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基于Web of Science的癌症症状管理研究现状及热点可视化分析
编辑人员丨4天前
目的:分析近10年癌症症状管理领域的研究现状、热点和趋势,为后续深入研究提供参考。方法:在Web of Science核心合集数据库中,以"cancer OR tumor OR neoplasm"和"symptom management"为主题词,检索2010年1月—2019年12月的文献,应用CiteSpace 5.7.R1软件对研究者、国家、机构、期刊、文献、关键词等内容进行分析及可视化展示。结果:癌症症状管理领域发文量基本呈上升趋势,但作者、机构合著尚不充分。美国、英国、加拿大、澳大利亚为癌症症状管理领域研究的主要国家,处于关键位置,且相互合作较为密切。中国的发文量居第5位,中心性却较低,国际合作较少。 Journal of Clinical Oncology,Journal of Pain and Symptom Management,Supportive Care in Cancer是本研究领域的核心期刊,其发表的相关文章反映了该研究领域的基础,为本研究领域重要的参考期刊。癌症、症状、干预措施、自我照护、远程管理等方面是近年来的研究热点。 结论:本研究为了解癌症症状管理相关研究提供了一个视角,为研究者识别潜在的合作者和合作机构、核心期刊、热点话题和研究前沿提供了有价值的信息,未来可重点关注症状、干预措施、自我照护、远程管理等研究热点及前沿。
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编辑人员丨4天前
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质子束放疗在中枢神经系统肿瘤患者中的应用趋势:美国国家癌症数据库分析(2004—2021年)
编辑人员丨4天前
目的:评估分析质子束放疗(PBT)在美国中枢神经系统(CNS)肿瘤患者中的使用趋势以及相关影响因素。方法:利用美国国家癌症数据库查询2004-2021年CNS肿瘤患者的资料,根据患者的病理组织学类型、确诊年龄、保险状况、家庭收入水平、受教育水平、就诊医院类型等因素,探讨PBT在CNS肿瘤患者中的使用趋势。采用logistic多因素回归分析进行各种因素与PBT使用的相关性分析。结果:共纳入192 696例CNS肿瘤患者,接受PBT治疗患者为5 901例(3.1%),其中年龄≥18岁患者4 109例(69.6%)。PBT在CNS肿瘤中的使用率从2004年的1.0%增加到2021年的11.4%。在接受PBT治疗的患者中,胚胎瘤是最常见的儿童肿瘤,而星形细胞瘤是最常见的成人肿瘤。logistic多因素回归分析显示,近年来胶质母细胞瘤、室管膜瘤、髓母细胞瘤、生殖细胞瘤患者采用PBT治疗较星形细胞瘤患者增长更迅速。年龄<18岁、无其他合并症、有私人保险、家庭收入水平较高和近年来确诊也与PBT的使用呈正相关。结论:在美国,儿童及青少年患者、无其他合并症、家庭收入水平较高、有私人保险、近年来确诊和特定肿瘤组织学类型的患者更有可能接受PBT治疗。PBT的使用率从2004年的1.0%增加到2021年的11.4%。然而,应接受PBT的患者数量与实际接受PBT的患者数量之间仍存在明显差距。
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编辑人员丨4天前
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基于SEER数据库的鼻腔鼻窦恶性肿瘤研究进展
编辑人员丨4天前
鼻腔鼻窦恶性肿瘤是头颈部的罕见肿瘤,异质性高,侵袭性强,预后差,治疗结局与组织病理学、临床分期等因素密切相关。受临床研究病例数量的限制,目前学界对鼻腔鼻窦恶性肿瘤诊治的部分问题尚未达成共识,如何提高生存率、改善预后仍是临床上的重要挑战。基于美国国家癌症研究所“监测、流行病学和最终结果”(SEER)数据库开展相关研究,可以得出可信度更高的结论。本综述旨在总结基于SEER数据库的鼻腔鼻窦恶性肿瘤研究进展,为读者提供研究思路和方向。
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编辑人员丨4天前
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营养不良GLIM诊断标准第一步是营养筛查及按中国疾病代码填写营养风险、营养不良于出院病案首页等注意事项
编辑人员丨4天前
多年来,全球肠外肠内营养学界同道们都在寻求营养不良诊断标准的统一,既需要确定营养不良诊断标准,也需要考虑营养不良指标在不同国家、不同种族的正常值和按临床研究得到的切割点(cut-off point)。全球(营养)领导层倡议营养不良(Global Leadership Initiative on Malnutrition, GLIM)诊断标准于2018年9月在美国肠外肠内营养学会(American Society for Parenteral and Enteral Nutrition, ASPEN)和欧洲临床营养和代谢学会(European Society for Clinical Nutrition and Metabolism,ESPEN)网站发表。2019年初在纸质版杂志《JPEN》及《Clinical Nutrition》发表。GLIM在《全国科学技术名词审定委员会-肠外肠内营养学分名词-2019》有记载。GLIM中的某些阈值可能会随着时间的推移而有演变,但是从主观评定营养不良(如SGA、PG-SGA),发展到用表现型指标、病因型指标诊断营养不良的方向是正确的。高质量的前瞻性临床有效性验证报告和前瞻性多中心临床应用数据分析,将是GLIM改进的基础。2016年《疾病分类与代码》GB/T(中国ICD-10扩充版)及2019年《关于全国三级公立医院绩效考核通知〔2019〕》以及国家医保局信息业务数据库等三个方面文件均收录了营养风险、营养不良、重度(严重)营养不良作为疾病名称。目前临床各学科都在推行个体化医疗,但是临床各科室的实际情况不同。对肠外肠内营养支持疗法的临床应用来说,与对癌症患者的精准医疗、靶向治疗是有很大的距离。2004年12月,中华医学会肠外肠内营养学分会(Chinese Society for Parenteral and Enteral Nutritional,CSPEN)常委会组建营养风险-不足-营养支持-结局-成本效果比(Nutritional risk-undernutrition-support-outcome-cost effectiveness ratio,NUSOC)多中心分享数据库协作组,该协作组的目标是分出哪些患者需要肠外肠内营养支持疗法,合理应用前提下让患者受益。中国的疾病诊断相关分组(Diagnosis Related Groups,DRG)正在用采集大数据办法来完善DRG(初级阶段DIP,即按病种打包)的制定,就需要让大数据收集系统看到有代码的营养风险和营养不良两个疾病名称,需要填写在出院病案的首页。
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编辑人员丨4天前
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2020年全球肾癌发病与死亡分析
编辑人员丨4天前
目的:分析2020年全球肾癌的流行病学现状。方法:整理国际癌症研究署和WHO的联合数据库GLOBOCAN 2020中肾癌发病、死亡数据和联合国发展计划署公布的2020年人类发展指数(HDI),计算肾癌粗发病率(CIR)、年龄标化发病率(ASIR)、粗死亡率(CMR)、年龄标化死亡率(ASMR)及死亡发病比(M/I),采用Kruskale-Wallis检验分析不同HDI国家间ASIR或ASMR的差异。结果:2020年全球肾癌ASIR为4.6/10万,其中男性为6.1/10万,女性为3.2/10万,极高和高HDI国家的ASIR高于中等和低HDI国家。ASIR在20岁后随着年龄迅速增长,男性增长速率快于女性,并均在70~75岁增长放缓。35~64岁截缩发病率为7.5/10万,0~74岁人群累积发病风险为0.52%。全球肾癌ASMR为1.8/10万,男性为2.5/10万,女性为1.2/10万,极高或高HDI国家男性ASMR(2.4/10万~3.7/10万)约为中等或低HDI国家男性(1.1/10万~1.4/10万)的2倍,而不同HDI国家女性ASMR(0.6/10万~1.5/10万)差异不大。ASMR在40岁后随着年龄持续快速增长,男性增长速率快于女性。35~64岁截缩死亡率为2.1/10万,0~74岁全人群累积死亡风险为0.20%。M/I随HDI增加而降低,中国M/I为0.58,高于全球平均水平(0.39)以及美国(0.17)。结论:肾癌ASIR和ASMR在全球范围内存在显著地区和性别差异,极高HDI国家负担最重。
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编辑人员丨4天前
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盆腔恶性肿瘤辅助放疗后放射性直肠损伤的发生现状:一项基于三期随机临床试验的报告
编辑人员丨4天前
目的:放射治疗是盆腔恶性肿瘤主要的治疗手段。然而,既往对放射治疗后出现肠道的放射性损伤及患者生活质量的研究相对较少。本研究旨在分析盆腔恶性肿瘤辅助放疗后放射性直肠损伤的发生情况,以加强对放射性肠损伤研究的关注。方法:本研究采用回顾性观察研究方法,分析STARS前瞻性随机对照试验(临床试验注册号:NCT00806117)数据库里中山大学附属肿瘤医院的病例数据。纳入2008年2月至2015年8月期间,在中山大学附属肿瘤医院接受根治性手术和术后治疗的848例确诊为宫颈癌的患者。纳入标准:(1)病理组织学确诊为宫颈鳞癌、宫颈腺癌及宫颈腺鳞癌;(2)行根治性子宫切除术和盆腔淋巴结清扫术;(3)术后病理检查证实至少有下列不良因素之一:盆腔淋巴结转移、宫旁切缘阳性、淋巴脉管浸润或宫颈肌层深部间质浸润;(4)术后接受过盆腔放射治疗;(5)同意并能够完成问卷调查。排除患有精神疾病及有智力或认知障碍的患者。全组848例患者在接受根治性子宫切除术和盆腔淋巴结清扫术后,均进行了放射治疗。盆腔放疗剂量为1.8 Gy/d或2.0 Gy/d,每周5次,总剂量45~50 Gy。563例患者在术后6周内开始放射治疗,其中282例患者采用单纯辅助放疗,281例患者采用同期放化疗方案(单药顺铂);285例患者采用序贯放化疗方案(TP方案,紫杉醇+顺铂)。观察术后辅助放疗期间的急性期不良事件发生情况、慢性期患者消化道不良反应发生情况和总体生活质量状况、以及慢性放射性直肠损伤发生情况。其中消化道症状及生活质量评估采用欧洲癌症治疗研究组织生命质量测定问卷3.0(EORTC QLQ-C30),功能领域和整体生活质量领域得分越高,说明生活质量越好;症状领域得分越高,表明症状或问题越多,生活质量越差;分别于患者放疗前(即手术治疗结束后1周)、术后辅助放疗期间、全部治疗结束后的12个月和24个月进行评估。慢性放射性直肠损伤定义为放疗结束后>3个月时消化道症状不能好转或者改善,分级标准参考美国国家癌症研究所不良事件通用标准4.0版(NCI-CTCAE 4.0版)中的胃肠道部分。结果:848例患者放射总辐射剂量为(47.8±4.6)Gy。术后辅助放疗期间,急性期胃肠道反应症状包括恶心(46.0%,390/848)、呕吐(33.8%,287/848)、便秘(16.3%,138/848)及腹痛(10.3%,87/848)。治疗后12个月和24个月分别回收问卷346份和250份,QLQ-C30调查问卷显示,恶心或呕吐、食欲减退、腹泻、便秘等胃肠道症状得分均较放疗前(手术后1周)和术后放疗期间改善(均 P<0.05)。随着随访时间的延长,患者总体生活质量评分逐步提高[放疗前,手术后1周:59.7(0.0~100.0)分,术后放疗期间:63.1(0.0~100.0)分,全部治疗结束后12个月:75.2(0.0~100.0)分,全部治疗结束后24个月:94.1(20.0~120.0)分, H=253.800, P<0.001]。完成全部治疗结束后12个月时,慢性放射性直肠损伤发生率为9.8%(34/346),其中97.1%(33/34)为1~2级不良事件,表现包括腹痛、便秘、便血、腹泻;1例(0.3%)出现频繁腹泻>8次/d,为3级不良事件。全部治疗结束后的24个月,慢性放射性直肠损伤发生率为9.6%(24/250),并未随着时间延长而明显下降(χ 2=0.008, P=0.927)。1例3级腹泻患者症状未见改善。 结论:盆腔恶性肿瘤患者术后辅助放疗期间,常见的治疗相关性胃肠道症状包括恶心、呕吐、便秘、腹痛和腹泻;治疗后12个月和24个月时各种消化道症状明显好转,但仍有少部分患者出现慢性放射性直肠损伤,且随时间延长不能明显改善,值得临床重视。
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编辑人员丨4天前
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神经氨酸酶-1在尤文肉瘤组织中的表达及其对肉瘤细胞增殖、迁移能力的影响
编辑人员丨4天前
目的:探讨神经氨酸酶-1(NEU1)在尤文肉瘤(ES)组织中的表达及其对ES细胞增殖、迁移能力的影响。方法:通过美国国家医学图书馆的国家生物技术信息中心高通量基因表达(GEO)数据库下载ES患者数据集以分析NEU1在ES中的表达;从国际癌症基因组联盟(ICGC)获取了ES患者数据并采用Kaplan-Meier生存分析探索NEU1与ES患者预后的关系;采用单、多因素Cox回归分析判断NEU1是否为ES的预后影响因素;采用京都基因与基因组百科全书(KEGG)注释分析NEU1在调控ES恶性生物学行为的潜在机制;采用实时荧光定量聚核酶链反应(RT-qPCR)验证NEU1在人骨髓间充质干细胞(hBMSC)及人ES细胞系RD-ES中的表达情况;采用转染技术敲减ES细胞系RD-ES中NEU1的表达,并将ES细胞系分为shRNA-NEU1和shRNA-NC两组探索NEU1表达水平改变对ES恶性生物学行为的影响;采用细胞计数试剂盒(CCK-8)检测和细胞克隆形成实验检测两组细胞增殖能力;采用划痕实验检测两组细胞迁移能力。结果:从GEO数据库中检索并下载GSE17674和GSE17679数据集,其中GSE17674包含44例ES组织和18例正常组织,GSE17679包含87例ES组织和18例正常组织,随后通过分析发现NEU1在ES中的表达水平高于正常对照组织( P<0.001)。从ICGC数据库获取了56例ES患者完整的基因表达数据集和相应的临床信息,进一步通过生存分析发现NEU1高表达组( n=28)中ES患者在不同时间点的总生存率低于NEU1低表达组( n=28)( HR=2.830,95% CI:1.324~6.051, P=0.005)。单因素分析结果显示NEU1可影响ES患者预后( HR=1.049,95% CI:1.008~1.092, P=0.019),而多因素分析结果进一步提示NEU1可作为ES预后评估的风险因素( HR=1.087,95% CI:1.028~1.148, P=0.003)。KEGG结果显示MAPK信号通路、细胞黏附分子信号通路是调控ES的恶性进程潜在机制。RT-qPCR结果表明NEU1在RD-ES细胞系中的表达水平高于对照细胞hBMSC(2 184.23±527.32比1.00±0.08, P<0.001)。CCK-8实验结果显示NEU1敲低组的RD-ES细胞在24、48及72 h的增殖数量均低于对照组(分别为0.494±0.126比0.696±0.118、0.657±0.096比1.142±0.182、1.053±0.064比1.980±0.146,均 P<0.001)。单细胞克隆形成实验结果显示低表达NEU1组细胞的集落形成数量低于对照组(184.2±123.9比362.8±78.0, P=0.021)。细胞划痕愈合实验发现,NEU1敲低组的平均划痕距离低于对照组(19.6%±5.7%比56.0%±7.6%, P<0.001)。 结论:NEU1可能是ES的预后影响因素,其在ES中表达异常可影响ES细胞的增殖、迁移能力,从而导致ES患者的不良预后。
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编辑人员丨4天前
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唾液腺黏液表皮样癌局部淋巴结转移风险因素分析及列线图模型构建
编辑人员丨4天前
目的:通过探究影响唾液腺黏液表皮样癌(mucoepidermoid carcinoma,MEC)患者局部淋巴结转移的风险因素,建立可个体化预测唾液腺MEC患者淋巴结转移的列线图模型。方法:收集美国国家癌症研究所监测、流行病学及最终结果(Surveillance,Epidemiology,and End Results,SEER)数据库中1975年至2020年2 152例唾液腺MEC患者的临床资料。将其按照7∶3的比例分为训练队列(1 506例)和验证队列(646例)。采用单因素回归以及多因素Logistic回归筛选与唾液腺MEC患者局部淋巴结转移相关的因素,构建列线图。在验证队列及总队列中利用校准曲线、受试者工作特征(ROC)曲线、ROC曲线下面积(AUC)和决策曲线评价模型性能。使用SPSS(26.0)与R(4.3.0)软件进行统计学检验。结果:多因素Logistic回归结果显示M分期[ OR(95% CI)为12.360(3.295~46.365), P=0.014]、病理分级Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ[ OR(95% CI)分别为1.956(1.329~2.879)、9.654(6.309~14.772)、9.298(6.072~14.238), P<0.001]、T分期T2、T3、T4[ OR(95% CI)分别为1.706(0.932~3.124)、3.021(1.790~5.096)、3.311(1.925~5.695), P<0.001]以及性别[ OR(95% CI)为0.759(0.593~0.972), P=0.029]是唾液腺MEC患者局部淋巴结转移的影响因素。经过验证队列以及总队列验证,列线图AUC值均大于0.8,校准曲线接近完美参考线。 结论:M分期、病理分级、T分期、性别是预测唾液腺MEC患者局部淋巴结转移的危险因素。据此建立的列线图具有良好的预测性能,可对唾液腺MEC患者局部淋巴结转移的概率进行个体化预测。
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编辑人员丨4天前
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皮肤Merkel细胞癌患者总生存率的预测模型建立及其效果评价
编辑人员丨4天前
目的:评估经手术治疗的Merkel细胞癌患者总体生存率的预后因素,并依此建立列线图用于预测患者3年及5年总体生存率。方法:从美国国家癌症研究所的监测、流行病学、结果数据库(SEER)提取1 271例符合条件的患者,按70∶30的比例分为建模组(891例)和验证组(380例)。使用R软件拟合Cox回归模型,确认预后因素并绘制3年及5年总体生存率列线图。模型的区分度用C指数(C-index)进行评价,模型的一致性用校准曲线进行评价。最后将模型的预测能力和第八版TNM分期系统进行对比。结果:多因素Cox分析提示:年龄、性别、肿瘤大小、N分期、M分期、婚姻状态和放疗均和总生存率相关。我们将上述预测因素纳入预测模型,结果发现,新模型对于生存率的预测能力优于最新版的TNM分期:建模组使用新模型进行生存率预测的C指数为0.72,使用TNM分期的C指数为0.64;验证组使用新模型进行生存率预测的C指数为0.73,使用TNM分期的C指数为0.63。两组的校准曲线表现优异。结论:包含综合评价指标的新模型对于Merkel细胞癌患者预后的预测效果优于传统的TNM分期。该新模型可协助医师更准确判断患者预后,协助临床决策和个体化治疗。
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编辑人员丨4天前
