目的:基于16S核糖体RNA(rRNA)高通量测序分析特重度烧伤患者肠道菌群的动态变化规律。方法:本前瞻性观察性研究纳入2017年2—6月中国科学院大学宁波华美医院收治的符合入选标准的5例男性特重度烧伤患者(年龄32～48岁)，采集其休克期(伤后3 d内)、急性感染早期(伤后4～14 d)、急性感染中期(伤后15～28 d)、急性感染后期(伤后29 d至出院前1周)及出院前1周内的粪便样本，各时期样本数均为5。使用pH计测定粪便样本的pH值，高通量测序技术对粪便样本的16S rRNA V3、V4区进行测序。QIIME分析软件分析肠道菌群操作分类单元(OTU)数目、α多样性(Chao1指数、Shannon指数)和门、科的相对丰度，非加权组平均法聚类分析肠道菌群β多样性，Tax4Fun预测肠道菌群功能变化。对数据行单因素重复测量方差分析、Bonferroni法、配对样本Wilcoxon秩和检验及Bonferroni校正。结果:(1)本组特重度烧伤患者急性感染早、中期粪便pH值分别为7.40±0.45、7.56±0.45，明显高于休克期的6.68±0.36( P<0.05或 P<0.01)。(2)共获得2 333 584条有效高质量序列，序列长度为415 bp左右，共获得1 209个OTU，所有标本测序覆盖度均达99.0%以上。本组特重度烧伤患者急性感染早、中、后期OTU数目、Chao1指数明显低于休克期( Z值均为2.023， P<0.05)；出院前1周内OTU数目、Chao1指数明显高于急性感染早、中、后期，Shannon指数明显高于急性感染早、中期( Z值均为2.023， P<0.05)。(3)本组特重度烧伤患者休克期样本菌群结构与出院前1周内相似度高，与急性感染早、中、后期相似度低。各个单独样本的分析显示，大部分样本聚类规律与分期样本一致。休克期肠道菌群加权Unifrac距离明显短于急性感染早、中、后期( Z＝3.326、2.570、2.690， P<0.05或 P<0.01)，其他时期肠道菌群加权Unifrac距离相近。(4)门水平上，与休克期比较，急性感染早、中、后期厚壁菌门细菌相对丰度降低，变形菌门和拟杆菌门细菌相对丰度升高；上述3个菌门细菌相对丰度在出院前1周内与休克期相近。伤后不同时期科水平上相对丰度前5的优势菌有较大差异，休克期的前5优势科细菌相对丰度在急性感染早、中、后期降低。休克期的非优势科如肠杆菌科、链球菌科、拟杆菌科细菌相对丰度在急性感染早、中、后期大幅升高，成为这些时期新的优势科；出院前1周内部分产酸菌科细菌相对丰度恢复至接近休克期水平。(5)急性感染早、中期肠道菌群的某些氨基酸代谢、糖酵解和糖异生、丙酮酸代谢等功能较休克期减弱，急性感染后期肠道菌群某些氨基酸和糖类代谢较休克期增强，休克期与出院前1周内肠道菌群功能基因分布相似。 结论:特重度烧伤患者肠道内环境及菌群结构在急性感染早、中期发生了明显变化，pH值升高，菌群种类及多样性减少，尤其是产酸菌科细菌的相对丰度明显降低，但随着患者治疗结束而恢复。可考虑将粪便pH值和肠道变形菌门及产酸菌科细菌变化作为反映特重度烧伤患者肠道菌群紊乱水平的指标。

目的:用全基因组测序技术分析深圳市人民医院2008—2016年碳青霉烯类耐药大肠埃希菌（CR-ECO）的耐药基因构成情况及相关分子流行病学特征。方法:收集深圳市人民医院2008年1月1日至2016年12月31日的CR-ECO菌株，采用改良碳青霉烯类失活法和EDTA碳青霉烯类失活法进行表型确证，并采用llumina HiSeq进行二代测序，分析其耐药基因及相关分子生物学特征。结果:共收集CR-ECO非重复菌株16株，经过全基因组测序发现携带IMP-4基因5株，IMP-26基因1株，NDM-1基因1株，NDM-5基因4株，NDM-13基因2株。16株菌株中检测出AmpC酶和（或）超广谱β内酰胺酶（ESBL）基因及各类外排泵基因，11株CR-ECO出现OmpC膜孔蛋白基因缺失；多位点序列分型、血清学分型呈多样化。结论:深圳市人民医院2008—2016年CR-ECO的耐药机制主要以产IMP型或NDM型碳青霉烯酶同时合并AmpC酶和（或）ESBL为主。利用全基因组测序可快速了解菌株在基因水平上的分子生物学信息。

目的 分析碳青霉烯类耐药阴沟肠杆菌复合群(CRECL)的耐药谱和分子流行病学特征,指导临床抗感染治疗.方法 收集丽水市中心医院2012-2022年分离的非重复CRECL菌株,采用VITEK MS全自动快速微生物质谱检测系统进行菌种鉴定,以微量肉汤稀释法检测最小抑菌浓度值(MIC),利用聚合酶链式反应(PCR)扩增bla KPC、bla NDM、bla IMP、bla VIM、bla OXA-48等碳青霉烯酶基因并测序确认.通过接合实验和复制起始子扩增检测分析耐药基因定位及质粒类型;采用多位点序列分析(MLST)确定各菌株ST型,并结合BV-BRC数据库来源的CRECL构建系统发育树和最小生成树,分析CRECL的分子流行病学特征.结果 共收集非重复CRECL菌株22株,分布于14个临床科室,分属于16个ST型;22株菌对美罗培南、头孢他啶、头孢噻肟均100.00％耐药,对左氧氟沙星、氨曲南和多黏菌素的耐药率分别是81.81％、63.63％和31.81％,仅对替加环素100.00％敏感;经测序确认,17株CRECL菌株携带blaNDM基因,占77.27％,且其中15株位于IncX3型质粒,2株位于IncFⅡ型质粒;根据系统发育树和最小生成树分析,CRECL呈散发分布,未发现优势克隆群.结论 CRECL呈散发流行,医院分离菌株主要携带bla NDM基因,IncX3型质粒是介导该基因转移的主要原因.

目的 了解耐碳青霉烯类铜绿假单胞菌(CRPA)临床分离菌株的流行特征,检测、分析耐消毒剂基因携带情况及菌株同源性.方法 回顾性分析该院2020-2022年临床分离得到的252株CRPA的临床分布特点、耐药趋势.并随机选取其中30株菌株,采用聚合酶链反应检测耐消毒剂基因qacEΔ1-sul1及ace Ⅰ的表达情况;采用肠杆菌科基因间重复序列-聚合酶链反应检测菌株同源性.结果 CRPA的标本来源主要为痰液(63.49％)、肺泡灌洗液(17.06％);来自综合重症监护病房(ICU)和其他ICU占比为40.87％,来自非ICU的占比为59.13％,非ICU病区主要分布在康复医学科(14.68％)和呼吸科(12.70％).除头孢吡肟、头孢他啶/阿维巴坦、阿米卡星、庆大霉素、妥布霉素、多黏菌素外,CRPA对其他临床常用抗菌药物的耐药率均在30.00％以上.CRPA在ICU及非ICU病区的耐药率比较,差异无统计学意义(P＞0.05).30株临床分离的CRPA qacEΔ1-sul1和ace Ⅰ基因检出率分别为16.67％、26.67％.同源性分析结果显示A型和B型为主要流行株.结论 CRPA对常用抗菌药物普遍耐药,应加强对CRPA菌株的耐药性监测,根据药敏试验结果合理选择抗菌药物,减少耐药株的产生.CRPA中qacEΔ1-sul1和aceⅠ两种耐消毒剂基因均有检出,但检出率均较低,实际工作中应加强对各病区的消毒效果监测.CRPA中存在A、B两种优势型别的克隆流行,应作为铜绿假单胞菌院内感染防控的重点.

目的 探索重症监护室(ICU)患者耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)感染菌和肠道定植菌耐药基因及同源性关系.方法 收集2020年6月1日-2022年11月30日川北医学院附属医院神经外科ICU、中心ICU及急诊ICU患者中从CRKP感染到肠道定植、CRKP肠道定植到感染各20例患者分离的CRKP菌株,对其CRKP菌株进行耐药基因检测,采用肠杆菌科基因间重复序列聚合酶链反应(ERIC-PCR)技术进行同源性分析.结果 40例患者共收集CRKP菌株98株.同一患者CRKP定植菌和感染菌株均携带KPC基因.遗传聚类分析显示,98株CRKP可分为A～G型7种不同菌型.同一菌型在同一时间段内不同ICU检出,同一时段不同患者菌株间同源性较高,同一 ICU同时段有同一菌型聚集现象.两组各有18例患者定植菌和感染菌间相似系数＞0.85,其亲缘关系较近;虽两组各有2例患者定植菌与感染菌之间亲缘关系较远,但其定植菌或感染菌与同科室或不同科室其他患者定植菌或感染菌之间具有较高同源性.结论 同一患者CRKP肠道定植菌和感染菌株之间所携带的耐药基因一致,均为KPC型.两组患者自身肠道定植菌和感染菌株之间同源性均较高.存在同一时段的一个CRKP克隆菌株在不同患者间传播流行现象,也存在不同科室间的流行现象.

目的 调查产超广谱β内酰胺酶(ESBLs)的大肠杆菌的流行情况及是否存在交叉感染,为进一步采取有效的护理防控提供参考.方法 将210例患者临床分离的大肠杆菌运用ESBLs表型确证试验确定产ESBLs的大肠杆菌的流行率和科室分布;运用基因外重复回文序列聚合酶链反应对产ESBLs大肠杆菌分布最广泛的科室(泌尿外科)的临床分离株进行同源性分析.结果 产ESBLs的大肠杆菌共122株(流行率58.1％)、泌尿外科24株(流行率68.6％);产ESBLs的大肠杆菌主要分布在泌尿外科(19.7％)、胰腺外科(7.4％)、神经外科(6.6％);泌尿外科检出24株产ESBLs的大肠杆菌标本22例来自于尿液、1例来自于血液、1例来自于咽喉分泌物;24株产ESBLs的大肠杆菌同源性分析结果显示,在泌尿外科共有10个亚型的流行株,以E2(6株克隆株)、E5(4株克隆株)亚型最为流行.结论 产ESBLs的大肠杆菌的流行率较高,泌尿外科感染较为严重.应关注与留取尿标本密切相关的护理操作各环节及留置尿管护理等操作,制定有效的护理防控措施,预防产ESBLs大肠杆菌的暴发流行.

目的 明确丽水市中心医院产KPC酶肺炎克雷伯菌的分子流行病学特征,为临床抗感染治疗提供实验依据.方法 收集2011年3月至2015年10月丽水市中心医院分离的碳青霉烯类抗生素耐药肺炎克雷伯菌(CR-KP).采用Vitek2-compact系统鉴定菌株并联合纸片扩散法(K-B法)检测其药敏,改良Hodge试验检测碳青霉烯酶;PCR法扩增KPC基因,测序后利用BLAST比对确定基因型;肠杆菌科基因间重复序列分型法(ERIC-PCR)联合多位点序列分型(MLST)鉴定菌种同源性;进而探讨产KPC酶肺炎克雷伯菌的分子流行病学特征.结果 共收集到70株CR-KP,其中68株改良Hodge试验阳性,扩增产物测序结果均为blanc-2基因.ERIC-PCR结果显示,70株KPC型肺炎克雷伯菌分为A、B、C、D、E5个克隆群分别为63株(90.0％)、3株、2株、1株、1株;MLST分成6个ST型,其中ST11型63株(90.0％),ST35型2株,ST1型2株,ST592、ST1883、ST494型均1株.结论 丽水市中心医院碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌的主要克隆群为ST11型,是我院流行感染的主要原因.

目的 对重症监护病房(ICU)感染患者和环境监测分离出的耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)进行耐药性及基因同源性进行分析.方法 对医院ICU医务人员手及高频接触的物品表面进行采样,对感染患者标本进行细菌培养,菌株采用Vitex 2 Compact微生物鉴定药敏系统进行检测,并用肠杆菌科基因间重复序列的聚合酶链反应(ERIC-PCR)对其进行基因分型,采用NTSYS-PC 2.0软件对ERIC-PCR扩增产物进行聚类分析.结果 ICU感染患者标本中有33株金黄色葡萄球菌,16株为MRSA,其检出率为48.48％,ICU医务人员手及环境表面检出6株金黄色葡萄球菌,5株为MRSA,其检出率为83.33％.21株MRSA对万古霉素、利奈唑胺、替考拉宁耐药率为0,对青霉素耐药率为100％,对环丙沙星、红霉素、左氧氟沙星等耐药率超过了80.00％;ERIC-PCR电泳结果显示,最大的分子质量约为450 bp,最小的分子质量约为100 bp,带型各不相同;对21株MRSA扩增产物进行聚类分析,DNA同源性在46.00％～ 67.00％之间,同源性在68.00％时可分为3个大类,第1、2、3、4、5、6、9、11、13、17菌株亲缘关系较近.结论 ICU临床分离出的MRSA呈多重耐药,临床医生应根据药敏结果合理用药;ICU环境分离出的MRSA也呈现多重耐药,与临床分离株耐药表型有一定的同源性,但基因同源性关联不大;ICU环境物体表面存在MRSA感染风险.

目的 探讨多重耐药鲍曼不动杆菌(MDR-AB)的耐药机制并分析其同源性.方法 收集MDR-AB63株,采用微量肉汤稀释法测定菌株对8种常用抗菌药物的最低抑菌浓度(MICs);PCR方法 扩增主要耐药基因(β-内酰胺酶基因OXA-23、TEM、AmpC,外排泵基因adeB、adeJ、adeG),琼脂糖电泳法分析扩增产物.采用肠杆菌科基因间重复序列-聚合酶链反应(ERIC-PCR)获得指纹图谱,并进行同源性聚类分析.结果 除多黏菌素外,其余抗菌药物对MDR-AB的MIC50、MIC90均属耐药水平;携带TEM、AmpC、OXA-23基因的菌株分别占79.4％、92.1％、98.4％;携带外排泵基因adeB、adeJ、adeG的菌株分别占96.8％、98.4％、98.4％;63株MDR-AB经ERIC-PCR检测共分为5型,主要为A型58株、B型2株,C、D、E型各1株.结论 OXA-23、AmpC型β-内酰胺酶及外排泵基因表达是MDR-AB的主要耐药机制;MDR-AB以A型为主,存在部分克隆传播的风险.

目的 探究碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌(KPC)的ERIC-PCR指纹图谱分型.方法 收集成都中医药大学2016年7月—2017年4月临床标本中分离出的KPC31株,行药敏试验、改良Hodge试验,并采用PCR检测碳青霉烯酶基因;阳性结果行DNA测序,并与BLAST比对确定基因型,以肠杆菌科基因间重复序列(ERIC-PCR)行同源性分析.结果 31株KPC主要来源于重症监护室;所测KPC菌株对 β-内酰胺类药物100％ 耐药,仅部分菌株对四环素、庆大霉素、阿米卡星、复方新诺明表现敏感,敏感率分别为3.23％、9.68％、90.32％、67.74％;改良Hodge试验显示29株KPC均为阳性;DNA测序及PCR扩增证实bla KPCA1型30株及A2型1株.结论 bla KPC-2基因型30株;bla IMP-1基因型1株;ERIC-PCR同源性分析发现KPC-2是导致KPC产生的主要分型,且A1型已在我院流行,应引起临床重视,加强院感监控及预防.ERIC-PCR是一种适合于做同源性分型筛查的简便快捷的初步基因分型技术.