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致血流与腹腔共同感染大肠埃希菌表型和基因型特征分析
编辑人员丨6天前
目的:分析致血流与腹腔共同感染大肠埃希菌(CoECO)的表型和基因型特征,为经验性抗感染治疗提供线索。方法:回顾性分析2010至2020年解放军总医院第一医学中心检验科自血液和腹腔标本中分离出的大肠埃希菌菌株。使用质谱鉴定仪鉴定菌种。使用全自动细菌鉴定药敏仪测定最小抑菌浓度。采用2×150 bp双末端测序策略对大肠埃希菌进行高通量测序。基因组序列经拼接后,使用kSNP3软件对菌株序列进行单核苷酸多态性(SNP)分析,以明确菌株间的同源关系;若分离自两部位的菌株具有较高同源关系,视为同一菌株,则该病例为CoECO感染病例。使用PubMLST网站确定多位点序列型(MLST),使用CARD网站筛选耐药基因。结果:共筛选出70例CoECO感染病例,其中男45例,女25例,年龄(59.2±16.3)岁。每例CoECO感染病例选取1株大肠埃希菌进行后续分析,共计70株,分属于35种ST型,菌株数量较多的ST型包括:ST38( n=6)、ST405( n=6)、ST1193( n=6)、ST131( n=5),其他ST型所含菌株均少于5株。菌株间同源关系比较分散,整体呈现散发趋势,仅有个别菌株引起了小规模爆发。药敏结果显示:大肠埃希菌对氨苄西林的耐药率最高(91.4%,64/70),其次为氨苄西林/舒巴坦(74.3%,52/70)、头孢曲松(72.9%,51/70)、环丙沙星(71.4%,50/70)、左氧氟沙星(71.4%,50/70);对哌拉西林/他唑巴坦、碳青霉烯类和阿米卡星保持较高敏感性。耐药基因携带数量最多的是tet(A/B)(70.0%,49/70),其次分别为bla TEM(58.6%,41/70)、sul1(55.7%,40/70)、sul2(54.3%,38/70)、bla CTX-M-14(25.7%,18/70)、bla CTX-M-15(17.1%,13/70)、bla CTX-M-55(15.7%,11/70)、bla CTX-M-64/65(5.7%,4/70)、bla CTX-M-27(4.3%,3/70)、mcr-1(4.3%,3/70)、bla NDM-5(2.9%,2/70)。 结论:CoECO整体呈散发分布,无明显优势克隆,未发现具有明显优势的基因型;菌株虽然对部分抗菌药物耐药率较高,但携带耐药基因比例较低,对部分一线抗菌药物有较高敏感性。
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编辑人员丨6天前
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成人活体供者肝右叶联合脑死亡捐献者肝左外叶的双供肝活体肝移植治疗肝细胞癌的应用价值
编辑人员丨6天前
目的:探讨成人活体供者肝右叶联合脑死亡捐献者肝左外叶的双供肝活体肝移植治疗肝细胞癌的应用价值。方法:采用回顾性描述性研究方法。收集2019年10月四川大学华西医院收治的1例行成人活体供者肝右叶联合脑死亡捐献者肝左外叶的双供肝活体肝移植受者的临床病理资料;男性肝细胞癌受者,年龄为46岁,体质量为66 kg,身高为171 cm,血型为A型Rh阳性。移植物1来自女性活体供者,年龄为23岁,体质量为50 kg,身高为150 cm,血型为A型Rh阳性。移植物2来自男性脑死亡捐献者,年龄为44岁,血型为A型Rh阳性。手术在3个手术间施行,2个手术间同时施行移植物1和移植物2的切取手术,第3个手术间施行受者肝脏游离,当移植物的体外拼接接近完成时,完整取出受者肝脏,并施行肝移植。观察指标:(1)活体供者及受者的手术及术后恢复情况。(2)受者病肝术后病理学检查情况。(3)随访情况。采用门诊方式进行随访,随访内容包括肝细胞癌复发监测、移植肝功能监测、免疫抑制剂监测调整、胆道血管并发症监测、排斥反应及药物不良反应等。受者需终生定期随访,最近一次随访时间为2019年12月4日。计数资料采用绝对数或百分比表示。结果:(1)活体供者及受者的手术及术后恢复情况:活体供者手术时间为315 min,术中出血量约200 mL,术中输入自体回收血量约200 mL,术后第6天出院,无并发症发生。受者顺利完成改良背驼式肝移植。移植物1取自活体供者不含肝中静脉的肝右叶,质量410 g。移植物2取自脑死亡捐献者肝左外叶,质量400 g,拼接后的供者移植物质量与受者体质量比为1.2%。受者手术时间为815 min,无肝期时间为60 min,术中出血量约1 500 mL,术中输血量为1 800 mL。住院期间受者体温正常。术后第1天受者白细胞(WBC)和中性粒细胞百分比达到峰值(分别为17.15×10 9/L和91.7%),后逐渐降低,采用哌拉西林钠舒巴坦钠抗感染,术后第7天WBC和中性粒细胞百分比均降至正常范围(分别为7.90×10 9/L和70.9%),停用抗菌药物。住院期间,受者白蛋白(Alb)为31.0~41.4 g/L,受者总胆红素(TBil)、丙氨酸氨基转移酶(ALT)、天冬氨酸氨基转移酶(AST)、凝血酶原时间、国际标准化比值肝功能指标均逐渐下降至正常范围,肌酐和肾小球滤过率肾功能指标均在正常范围。术后第10天受者全身状况良好,康复出院。(2)受者病肝术后病理学检查情况:①中分化肝细胞癌,肿瘤包膜欠完整,未侵及肝被膜,周围肝组织呈乙型病毒性肝炎后结节性肝硬化改变,肝门断端未见肿瘤累及;②慢性胆囊炎伴胆固醇沉积;③腹腔淋巴结1枚,呈反应性增生。免疫组织化学染色检测提示乙型肝炎表面抗原(10%细胞为阳性)、乙型肝炎核心抗原阴性。(3)随访情况:受者2019年11月19日复查肿瘤标志物,甲胎蛋白2.92 μg/L、异常凝血酶原16 AU/L,结合腹部彩色多普勒超声检查的阴性结果提示肿瘤无复发。受者2019年12月3日复查肝功能:TBil 8.6 μmol/L,ALT 23 IU/L,AST 28 IU/L,Alb 44.0 g/L;他克莫司血药浓度4.2 μg/L,调整吗替麦考酚酯至250 mg 2次/d,其余治疗不变(他克莫司2 mg 1次/d,西罗莫司1 mg 1次/d);无症状、体征及检查结果提示胆道血管并发症、排斥反应及药物不良反应等。 结论:成人活体供者肝右叶联合脑死亡捐献者肝左外叶的双供肝活体肝移植安全、有效,可以作为治疗超出米兰标准肝细胞癌患者的次优方案。
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编辑人员丨6天前
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2022年陕西省一起霍乱疫情调查及全基组溯源分析
编辑人员丨2周前
目的 对2022年陕西省城固县1起霍乱疫情调查溯源.方法 对病例进行个案调查,对现场环境进行卫生学调查,收集当地气温及降水资料.采集病例、同餐人员及同期腹泻患者粪便或肛拭子样本,采集剩余食品、环境水体、水产品样本,进行霍乱弧菌核酸检测及分离培养.对分离到的霍乱弧菌进行血清学和质谱鉴定,利用国家致病菌识别网药物敏感试验指南进行药敏试验,提取菌株DNA进行毒力基因检测,利用二代测序平台进行全基因组测序,用测序拼接数据进行毒力基因及耐药基因预测,与既往分离的霍乱弧菌、pubMLST下载的国内外霍乱弧菌基因组序列进行核心基因组多位点序列分析(cgMLST)及核心基因组单核苷酸多态性分析(cgSNP).结果 本起疫情从1例霍乱病例和1例带菌者中各分离到1株霍乱弧菌,均为O139群,携带ctxAB毒力基因,对磺胺类、碳青霉烯类、三代头孢菌素类、喹诺酮类、β-内酰胺类药物均敏感,而对氯霉素、多粘菌素类、四环素类、氨基糖苷类有抗药性;cgMLST分析结果显示,菌株为大流行菌克隆株序列型(ST)69型,与陕西省既往霍乱菌株无关联.同餐人员及同期腹泻病例共106人均未检出霍乱弧菌.水体样本96份,鱼类样本35份,环境样本7份,畜禽粪便样本7份.经霍乱弧菌核酸检测阳性2份,分别为文川河某处采集的鱼类样本2份中检出霍乱弧菌hlyA、O139群基因核酸阳性,ctxAB毒力基因阴性.结论 本起疫情为霍乱弧菌O139群引起的散发疫情,其病原为国内的大流行菌株,感染来源可能与水产品污染有关,高温、干旱等因素是霍乱发生的原因之一.
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编辑人员丨2周前
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基于药物拼接的verubulin衍生物的设计合成及活性评价
编辑人员丨2024/3/2
目的 通过在verubulin(1)结构中的喹唑啉环2位引入MP-HJ-1c(3)结构中的吡咯并[2,3-d]噻唑-5-甲酰胺基团,发现新结构类型的微管聚集抑制剂.方法 将化合物1的衍生物2和3与微管蛋白的复合晶体结构6BR1、5YZ3进行叠合,设计了分别用亚甲基或1,2-亚乙基将1喹唑啉环2位与3中吡咯并[2,3-d]噻唑-5-甲酰胺基进行连接得到的目标化合物4a和4b,并进行了分子对接.4a和4b经酰胺缩合、分子内成环、亲核取代和酰胺缩合4步反应合成,总收率分别为7.9%、11.3%,结构经 1H-NMR、13C-NMR和HR-ESI-MS确证.评价了4a和4b对人肺癌细胞A549增殖的抑制活性和微管聚集的抑制活性.结果 分子对接结果显示,4a与5YZ3的结合能为-27.93 kcal·mol-1,来源于1、3的结构部分各自基本维持了与微管蛋白的相互作用方式.4a和4b的A549增殖抑制活性分别为(0.15±0.03)μmol·L-1 和(9.91±1.04)μmol·L-1(GI50 值);仅4a表现出微弱的微管聚集抑制活性[(67.1±11.1)μmol·L-1(IC50值)].结论 设计的化合物4a表现出一定的体外肿瘤细胞增殖抑制活性和微管聚集抑制活性,可作为先导化合物,进一步对其结构中的N-甲基-4-甲氧基苯环部分进行构效关系研究.4b经体外测试无明显微管聚集抑制活性,与分子对接中由于连接链过长导致吡咯并[2,3-d]噻唑-5-甲酰胺基无法与微管蛋白形成有效相互作用的结果一致.
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编辑人员丨2024/3/2
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简并PCR结合RACE法克隆希木龙念珠菌CDR1基因
编辑人员丨2023/8/6
目的 克隆希木龙念珠菌中药外排泵基因(CDR1),为探讨希木龙念珠菌的耐药机制奠定基础.方法 首先从NCBI基因数据库中找到已知的白念珠菌、热带念珠菌、近平滑念珠菌和光滑念珠菌Cdr1蛋白的氨基酸保守序列,并设计简并引物,PCR扩增获得希木龙念珠菌CDR cDNA部分片段,接着使用RACE方法分别扩增其5'和3'端序列得到完整的CDR1编码序列(CDS).结果 简并PCR扩增得到预期2 210bp大小的片段;5'RACE和3'RACE分别得到CDR1 cDNA 5'和3'端片段,经纯化、克隆、测序、比对和拼接分别得到两株菌完整的CDR1 cDNA序列;其编码的蛋白序列经比对发现与其它念珠菌的Cdr1蛋白高度同源.结论 利用简并PCR联合RACE方法能够有效、准确地克隆出希木龙念珠菌CDR1基因.
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编辑人员丨2023/8/6
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新疆1816名艾滋病病毒抑制失败患者耐药分析
编辑人员丨2023/8/6
目的 了解新疆抗病毒治疗病毒抑制失败患者对免费抗病毒治疗药物的耐药状况,并寻找可能导致的耐药因素,给予建议.方法 选择HIV在治患者病毒载量大于1 000拷贝/ml的样本1 816份,用in-house套式聚合酶链反应扩增HIV pol区基因,通过序列测定,用ChromasPro软件进行序列拼接分析,进入Stanford HIV耐药数据库序列结果比对,获得耐药位点和耐药程度分析结果.结果 1 816例患者中有916例对至少一种药物产生耐药,占50.44%,南疆四地州的蛋白酶抑制剂类药物耐药率比较突出,达到4%~5%,但3类药物当中仍然是非核苷类药物耐药率最高,达到43.61%.并未出现特殊的耐药突变位点.结论 新疆艾滋病病毒抑制失败患者中耐药突变率较高,在艾滋病疫情发展较快的南疆四地州出现了蛋白酶抑制剂类药物的耐药,需要引起关注.
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编辑人员丨2023/8/6
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新疆伊犁州艾滋病治疗患者耐药分析
编辑人员丨2023/8/6
目的 了解新疆伊犁州抗病毒治疗患者耐药状况.方法 选择HIV在治患者病毒载量>1000拷贝/ml的样本1 137份,HIV-1基因型耐药检测方法,用in-house套式聚合酶链反应扩增HIV pol区基因,用ChromasPro软件进行序列拼接分析,进入Stanford HIV耐药数据库序列结果比对,获得耐药位点和耐药程度分析结果、结果 1 137例患者中有399例对任何药物都未产生耐药,至少对一种蛋白酶抑制剂耐药的人数占6.16%;至少对一种核苷类逆转录酶抑制剂耐药的人数占23.39%;至少对一种非核苷类逆转录酶抑制剂耐药的人数占44.86%.结论 及时检测HIV-1耐药突变,不间断地对患者进行服药依从教育尤为重要.
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编辑人员丨2023/8/6
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肠杆菌科细菌产碳青霉烯酶基因型研究
编辑人员丨2023/8/6
目的 探讨对碳青霉烯类抗菌药物敏感性降低的肠杆菌科细菌携带碳青霉烯酶基因的类型.方法 收集2016年2月至2017年2月武汉大学人民医院分离自临床的87株对碳青霉烯类抗菌药物敏感性降低的肠杆菌科细菌.运用改良Hodge试验进行碳青霉烯酶的表型确证.PCR检测碳青霉烯酶基因:blaKPC、blaNDM、blaIMP、blaVIM.将PCR产物纯化后进行测序,运用SeqMan软件对测序结果进行拼接后在NCBI网站BLAST比对,得到碳青霉烯酶基因亚型.结果 87株碳青霉烯类抗菌药物不敏感肠杆菌科细菌中,产碳青霉烯酶菌株检出率为70.1%,携带blaKPC-2、blaNDM-1、blaNDM-5、blaIMP-4和blaVIM-1的菌株分别为29、16、11、7和1株.产碳青霉烯酶最多的肠杆菌科细菌为肺炎克雷伯菌(33株),其次为大肠埃希菌(15株),肺炎克雷伯菌以产KPC型碳青霉烯酶为主,而大肠埃希菌仅产NDM型碳青霉烯酶.改良Hodge试验检测碳青霉烯酶的灵敏度、特异度、阳性预测值和阴性预测值分别为93.4%、96.2%、98.3%和86.2%,可准确检测KPC-2和NDM-5型碳青霉烯酶.碳青霉烯类抗菌药物不敏感肠杆菌科细菌对碳青霉烯类抗菌药物亚胺培南和美罗培南的不敏感率分别为93.1%和79.3%,产KPC和NDM肠杆菌科细菌对青霉素类、除第四代头孢菌素以外的头孢菌素类、碳青霉烯类及加酶抑制剂的复合制剂耐药率均为100%,对其他临床常用抗菌药物的耐药率均保持在较高水平.结论 本院碳青霉烯类抗菌药物不敏感肠杆菌科细菌株主要产KPC-2、NDM-1和NDM-5型碳青霉烯酶.
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编辑人员丨2023/8/6
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白念珠菌酰基载体蛋白1的制备
编辑人员丨2023/8/6
目的:通过在大肠埃希菌BL21中表达白念珠菌酰基载体蛋白1(acyl carrier protein 1,Acp1),以制备高纯度的目的蛋白.方法:采用PCR扩增目的基因ACP1后,在序列的C端拼接上6xHis tag及终止子,拼接完成后连接构建到质粒中,成为原核表达载体pET30a-ACP1,转化人大肠埃希菌感受态细胞BL21中,通过异丙基-β-D-硫代半乳糖苷(isopropyl-beta-D-thiogalactopyranoside,IPTG)诱导表达.收集表达产物后通过镍离子螯合柱纯化,最终利用考马斯亮蓝Bradford法测得目的蛋白含量.结果:白念珠菌酰基载体蛋白Acp1在大肠埃希菌BL21中高效表达;抽提纯化蛋白后行蛋白电泳检测,结果显示,在还原条件下Acp1一直存在2条相对分子质量为17 000的条带.经还原和非还原电泳及蛋白印迹法检测,结果显示该蛋白在非还原状态下有聚集.利用Bradford方法测得蛋白Acp1浓度为2.68 mg/mL.结论:成功制备了白念珠菌酰基载体蛋白Acp1,为后期利用荧光偏振法筛选靶点为Ppt2酶的临床药物提供基础.
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编辑人员丨2023/8/6
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检出同时携带blaIMP-45和armA的多重耐药假单胞菌及其基因环境解析
编辑人员丨2023/8/6
目的 探讨多重耐药假单胞菌属细菌对碳青霉烯类和氨基糖苷类两类抗生素耐药的分子机制.方法 2012年6月至2013年3月,海南省三亚市人民医院检验科收集到6株产碳青霉烯酶铜绿假单胞菌和恶臭假单胞菌,来自该医院4个不同的病区.VITEK-2 Compact全自动微生物鉴定仪和16S rDNA扩增测序比对鉴定核实细菌种属.E-test法测定菌株对临床常用抗生素最低抑菌浓度.Carba NP法检测菌株是否产碳青霉烯酶.PCR扩增和测序比对明确碳青霉烯酶和氨基糖苷类甲基化酶的基因亚型.PCR和重叠PCR(overlap PCR)扩增Ⅰ型整合子及重要耐药基因侧翼基因环境,测序并拼接PCR产物明确耐药基因座位排列.SpeI酶切后脉冲场凝胶电泳(SpeI-PFGE)判断菌株之间亲缘关系,S1酶切后脉冲场凝胶电泳(S1-PFGE)进一步明确菌株间携带质粒的大小及其关联.结果 6株耐碳青霉烯类抗生素的假单胞菌属细菌,其中有3株为恶臭假单胞菌,3株为铜绿假单胞菌,且均为Carba NP试验阳性,产B组碳青霉烯酶.PCR进一步确证携带blaIMP-45,介导对除氨曲南外所有的β-内酰胺类药物耐药,且同时携带16s rRNA甲基化酶armA基因,介导对所有的氨基糖苷类药物耐药.基因环境的研究显示blaIMP-45和armA共同定位于Tn1548相关区域.SpeI-PFGE电泳表明除2株铜绿假单胞菌外,其他菌株彼此之间都不是近缘的克隆.S1-PFGE电泳结果表明这些菌株都携带大质粒(300~600 kb),质粒的大小并不完全一致.结论 在我院内检出同时携带blaIMP-45和armA的铜绿假单胞菌和恶臭假单胞菌,这些耐药基因在不同菌株之间的播散可能涉及质粒的接合转移及含耐药基因的可移动元件在不同种间的水平转移.
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编辑人员丨2023/8/6
