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基于RPA-CRISPR/Cas12a的美国白蛾可视化快速检测新方法
编辑人员丨2天前
美国白蛾Hyphantria cunea Drury是我国重要林业害虫,寄主植物众多且分布范围广泛.本试验基于重组酶聚合酶扩增(RPA)和CRISPR检测技术,构建美国白蛾RPA-CRISPR/Cas12a分子检测体系.根据NCBI数据库中的美国白蛾及近缘种、近似种线粒体CO Ⅰ基因片段信息以及昆虫样本CO I基因测序比对结果为模板,设计美国白蛾特异性RPA引物和CrRNA,通过RPA扩增目标序列,结合CRISPR检测技术并对反应条件进行优化,最终该体系灵敏度可检测的最低限度1.0×10-1 ng/μL,较RPA结合普通凝胶电泳提高了100倍,检测体系在30 min内即可实现对害虫的现场快速、可视化、精准鉴定.为美国白蛾现场检测提供理论和实践依据,有助于保护森林资源和生态环境的安全.
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编辑人员丨2天前
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互花米草治理工程对大型底栖动物群落结构的影响:以上海南汇边滩为例
编辑人员丨2天前
互花米草是中国海岸带典型的入侵植物,清除互花米草已成为中国重要的海岸带生态修复任务.刈割+翻耕是当前互花米草治理的主要方法之一.为评估该方法对滨海盐沼生态系统大型底栖动物的影响,本研究于2021-2022年9-12月,即南汇边滩生态修复工程开展互花米草物理治理前后的两年间对工程区域内12个采样点的大型底栖动物与沉积物理化指标进行调查.结果表明:两年间共鉴定出22种大型底栖动物,隶属于3门5纲12目19科;工程后大型底栖动物的物种数、密度、生物量、Shannon多样性指数与Chao1指数较工程前均显著增加;在群落组成方面,多毛纲、双壳纲与软甲纲动物占比提升,腹足纲与昆虫纲动物的占比则呈减少趋势;非度量多维尺度分析(NMDS)与相似性分析(Anosim)结果显示,工程前后大型底栖动物群落结构差异显著,优势种由工程前的绯拟沼螺、尖锥拟蟹守螺和背蚓虫,变为工程后的拟沼螺、绯拟沼螺、背蚓虫、中国绿螂和尖锥拟蟹守螺;冗余分析(RDA)结果显示,互花米草治理工程之后沉积物盐度、含水率等理化因子的改变影响大型底栖动物群落结构.
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编辑人员丨2天前
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基于酶介导双重指数扩增技术(EmDEA)的小火蚁快速检测方法的开发
编辑人员丨2天前
小火蚁Wasmannia auropunctata是危害性最严重的入侵蚂蚁之一,对动植物、生态、经济甚至是人类都容易造成严重影响,是我国的重大检疫害虫之一.本研究为实现小火蚁的现场快速精准检测,通过自研程序筛选出小火蚁全基因组中的特异性片段,具有更高的特异性,基于酶介导双重指数扩增技术(EmDEA)筛选了适用的引物、RNA探针,全部反应所需时间小于20 min,并验证了其特异性和灵敏度.结果显示这种方法可在短时间内达到极高检测灵敏度与特异性,最低检出限约为4 ng.这种方法极大程度降低对设备的依赖,简单、快速、特异,为小火蚁的基层检测与现场诊断提供技术支持.
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编辑人员丨2天前
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膜翅目广腰亚目扁叶蜂科化石研究进展
编辑人员丨2天前
扁叶蜂科(Pamphiliidae)是扁叶蜂总科(Pamphilioidea)下最大的科级阶元,有着种类丰富的现生类群.该科一些种类是重要的林业害虫,历史上曾在欧洲以及我国北方多次暴发成灾,危害林木.全世界已报道的扁叶蜂科化石种类7属14种,均分布于北半球,从中侏罗晚期到中新世各时期均有记录.综合现生与化石类群的扁叶蜂总科系统发育研究证实了扁叶蜂科的单系性,但扁叶蜂科内部分化石属以及纽扁叶蜂属Neurotoma的位置仍存疑.此外,现有的分类体系将扁叶蜂科分为侏罗扁叶蜂亚科(Juralydinae)、腮扁叶蜂亚科(Cephalciinae)与扁叶蜂亚科(Pamphiliinae),其中侏罗扁叶蜂亚科仅包含大部分的化石属种,另外2个亚科主要由现生属种构成.现生亚科依据体表颜色、胫端距尖端质地、爪内齿排列等细微结构进行区分.而侏罗扁叶蜂亚科受化石材料限制,主要依据翅脉以及触角等易于保存的特征进行鉴定与区分.近年来随着标本的积累,侏罗扁叶蜂亚科历经3次修订后仅保留前翅1-Rs近乎1-M的一半或稍长为明显的鉴别特征.近期,另外一些特征如跗爪内齿的大小与排列方式、后翅Sc脉的分叉等得到关注,但这些特征仅在部分化石属种中观察到,是否稳定仍需后续进一步的探讨.化石类群与现生类群分类体系间的差异不仅在扁叶蜂科出现,在其他昆虫类群中也屡见不鲜.只有不断积累标本,运用更先进更全面的手段深入挖掘每件标本的信息,才能架好连接化石与现生类群的桥梁,科学探讨类群的演化.
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编辑人员丨2天前
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益蝽成虫肠道微生物群落结构及其碳源代谢功能
编辑人员丨2天前
[目的]肠道微生物对宿主昆虫的代谢、生长发育及免疫等功能发挥着重要作用.本研究旨在探究益蝽Picromerus lewisi成虫肠道微生物群落结构及其碳源代谢能力.[方法]利用体外培养分离纯化益蝽成虫肠道微生物并进行分子生物学鉴定,利用Illumina高通量测序技术进行细菌16S rDNA和真菌ITS基因测序,解析益蝽成虫肠道细菌和真菌群落结构和多样性;利用PICRUSt和FUNGuild对细菌和真菌及其基因功能进行预测;利用Biolog ECO技术解析益蝽成虫肠道细菌和真菌的碳源代谢功能.[结果]共分离益蝽成虫肠道可培养优势细菌肠球菌属Enterococcus菌株10株,优势细菌为粪肠球菌E.faecalis.高通量测序结果表明,在门水平上,益蝽成虫肠道优势细菌为变形菌门(Proteobacteria)(相对丰度58.51%)和厚壁菌门(Firmicutes)(相对丰度38.92%);主要优势真菌为子囊菌门(Ascomycota)(相对丰度56.53%),其次是担子菌门(Basidiomycota)(相对丰度11.34%).在属水平上,肠球菌属Enterococcus(相对丰度25.05%)为主要优势细菌属,其次是乳球菌属Lactococcus(相对丰度12.23%)、沙雷氏菌属Serratia(相对丰度11.48%)和普罗威登斯菌属Providencia(相对丰度2.38%);优势真菌属主要为Biappendiculispora(相对丰度18.30%),其次是枝孢菌属Cladosporium(相对丰度11.83%)、Vishniacozyma(相对丰度5.17%)和鬼笔属Phallus(相对丰度3.62%).益蝽成虫肠道细菌和真菌群落结构具有较高的物种丰富度和多样性,以及较强的碳源代谢能力,可高效代谢α-环式糊精、L-丝氨酸、腐胺和D-苹果酸等27种碳源.功能预测显示,益蝽成虫肠道细菌主要分布于新陈代谢类群、环境信息处理类群和遗传信息处理类群等,真菌主要分布于未定义类群、植物腐生菌、未定义腐生菌、内生菌-植物病原菌、真菌寄生菌-未定义腐生菌、叶子腐生菌和动物病原菌-内生菌-植物病原菌-木质腐生菌类.[结论]益蝽成虫肠道细菌和真菌种类多、多样性高,在属水平,优势细菌为肠球菌属、乳球菌属、沙雷氏菌属和普罗威登斯菌属,优势真菌为Biappendiculispora、枝孢菌属、Vishniacozyma和鬼笔属,具有较强的碳源代谢能力.
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编辑人员丨2天前
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我国自然界白蛉携带病毒的研究进展
编辑人员丨2天前
本文介绍自2020年以来我国白蛉传播病毒的研究进展,包括白蛉携带病毒的分离鉴定,病毒分子遗传进化,病毒对人和动物感染,以及白蛉种群与病毒时空关系等。并对今后我国关于白蛉携带病毒所需要开展的工作提出意见和建议,以推动我国在该领域的研究。
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编辑人员丨2天前
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普氏野马分布区域亚洲璃眼蜱的宏基因组分析与病原体评估
编辑人员丨2天前
目的 评估亚洲璃眼蜱在普氏野马分布区域传播疾病的潜在风险,研究雌、雄蜱在宏基因组水平的特征并进行病原体分析.方法 2022年4月,在新疆卡拉麦里山有蹄类自然保护区使用"守株待蜱"法采集硬蜱,利用体视镜进行形态学鉴定,提取48只蜱(雌、雄各24只)DNA,PCR扩增线粒体细胞色素C氧化酶第1亚基(COⅠ)序列进行分子生物学鉴定.将雌、雄亚洲璃眼蜱分组进行宏基因组测序,非冗余基因集与非冗余蛋白(NR)数据库进行比对,分析蜱携带的微生物群落组成;与京都基因与基因组百科全书(KEGG)数据库和抗生素抗性基因数据库(ARDB)进行比对,获取蜱及蜱传病原体的基因功能注释结果以及抗生素抗性功能注释结果.数据的比较采用t检验分析.结果 共采集硬蜱124只,经形态学鉴定亚洲璃眼蜱成虫119只.硬蜱DNA扩增出约700 bp的阳性条带,经测序与亚洲璃眼蜱(GenBank:MH459386.1)的序列一致性为99%~100%.宏基因组测序经质控过滤共获得469 327 812条序列读长,开放阅读框预测得到836 843~1 094 994条序列.NR数据库比对结果显示,亚洲璃眼蜱携带的细菌菌落丰度占注释到的总群落丰度的99.13%,共注释到细菌32门2 040种,变形菌门和放线菌门为优势菌门,分别占细菌群落丰度的51.52%和44.35%;嗜吞噬细胞无形体为优势菌种,占细菌群落丰度的16.35%.病毒菌落丰度占注释到的总群落丰度的0.004%,共注释到病毒5 门 21种.雌蜱和雄蜱携带的细菌群落和病毒群落的丰富度及多样性差异均无统计学意义(t=-1.180、-1.729,均P>0.05).KEGG基因功能注释到亚洲璃眼蜱新陈代谢基因占比最高(54.38%),主要的功能条目为氨基酸代谢、碳水化合物代谢、膜转运等;共识别出11 352种蛋白通路,其中154种蛋白通路在雌蜱和雄蜱间的差异有统计学意义(t=-2.348,P<0.05).ARDB注释到亚洲璃眼蜱携带154种抗生素抗性基因,包括49种抗性基因类型,主要抗性基因类型为Baca(占62.53%),抗生素类型为肝菌肽.大部分注释到的抗性基因与多重耐药相关,如Mexf、Mexb、Emrd、Mexw等.雌蜱和雄蜱在抗生素抗性基因类型的差异性对比结果显示,仅雌蜱的Emrd基因抗性高于雄蜱(t=-7.558,P<0.05).结论 本研究在宏基因组水平上揭示了亚洲璃眼蜱携带的主要细菌、病毒群落及多重耐药相关的抗生素抗性基因,雌蜱及其携带的病原体具有较高的物种丰度和基因丰度.
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编辑人员丨2天前
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海盐弗朗西斯菌的系统发育与毒力基因分析
编辑人员丨2天前
目的:研究海盐弗朗西斯菌( Francisella salimarina)的系统发育和毒力基因分布情况。 方法:纳入GenBank数据库中的相关基因组数据,对海盐弗朗西斯菌及邻近菌种进行系统发育分析,分析16S rRNA基因、 rpoB基因、 mdh基因等单个基因与核心基因组系统发育的一致性,基于毒力因子数据库和抗生素耐药基因数据库注释并分析毒力基因及耐药基因。以蜃楼弗朗西斯菌( Francisella philomiragia) ATCC 25015 T为参考,采用大蜡螟幼虫感染试验评估海盐弗朗西斯菌的毒力。 结果:海盐弗朗西斯菌在系统发育上与蜃楼弗朗西斯菌亲缘关系最为相近。系统发育树比较发现, mdh基因系统发育树与核心基因组系统发育树高度相似。而单基因系统发育分析显示,基于16S rRNA基因和 mdh基因序列分析均能鉴别海盐弗朗西斯菌及邻近菌种,但 mdh基因具有更强的区分能力。8株海盐弗朗西斯菌共检出多种毒力基因,主要与分泌系统、黏附、免疫调节、运动和应激生存相关。此外,8株菌均检测到β-内酰胺类耐药基因 blaFPH。该菌在大蜡螟幼虫感染试验中表现出较高的致死能力,与蜃楼弗朗西斯菌ATCC 25015 T相近。 结论:海盐弗朗西斯菌是一种致病能力与蜃楼弗朗西斯菌相近的罕见病原体, mdh基因可作为快速鉴定海盐弗朗西斯菌的分子靶标。
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编辑人员丨2天前
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真菌与皮肤微生物组过敏原组分诊断:患者致敏特征与主要致敏蛋白
编辑人员丨2天前
人体作为一个高度复杂的生态系统,生长着多种多样的微生物群落,其中引发过敏反应的主要为皮肤微生物组和真菌。全球真菌的种类数量大致介于60万至100万之间,在理论上,IgE介导的致敏作用可以由任何真菌物种导致。但截至目前,世界卫生组织/国际免疫学联合会(IUIS)官方数据库中只记录了113种真菌过敏原,这些过敏原源自30种不同的真菌,涵盖了42个过敏原家族。而对于皮肤微生物组,已经鉴定出14种不同的马拉色菌过敏原,这些过敏原均源自3种不同的马拉色霉菌,即毛滴虫、分枝杆菌和 M. globosa。这些过敏病患者的过敏原组分致敏谱异常复杂。本文将详细阐释欧洲过敏和临床免疫学会(EAACI)发布的《过敏原组分诊断指导建议2.0》中关于皮肤微生物组和真菌过敏的最新研究进展和临床应用。同时,整理了国内外真菌过敏原的来源、过敏原组分蛋白家族的特征、临床相关性以及诊断策略,以提升相关专业人员对过敏原组分的深刻理解。通过运用先进的过敏原组分诊断技术,旨在精准诊疗过敏患者,为研究中国人群的皮肤微生物组和真菌过敏原蛋白致敏谱奠定基础。
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编辑人员丨2天前
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内蒙古自治区采集的蚊虫标本新发现乙脑病毒和盖塔病毒
编辑人员丨2天前
目的:了解内蒙古自治区的吸血昆虫及其携带虫媒病毒的种类及分布,为虫媒病毒病的预防提供基础数据。方法:在自然界使用灯诱法采集蚊虫标本,形态学分类后分装编号,液氮保存。组织培养法进行病毒分离。使用多种生物学信息软件(BioEdit、MEGA等)对病毒核苷酸序列进行分子生物学特征分析。结果:2014、2017-2018年在内蒙古自治区5个县(旗)的采集点共采集到2属3种蚊虫24 240只,蠓虫17 110只。其中在淡色库蚊标本中检测到乙脑病毒基因阳性,并且获得4株可以稳定传代的病毒分离物,经分子生物学鉴定分别为盖塔病毒、浓核病毒。盖塔病毒(NMDK1813-1)E2基因遗传进化分析结果显示,与甘肃分离株(GS10-2)在同一进化分支,且有6个共同的氨基酸变异位点。结论:本研究发现的乙脑病毒和盖塔病毒均是在内蒙古蚊虫标本中新近发现的病毒,这为内蒙古地区的虫媒病毒及其传播疾病的预防及控制提供了基础数据,对内蒙古的虫媒病毒及其病毒病的预防及控制提出了新的挑战。
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编辑人员丨2天前
