红盲高原鳅(Triplophysa erythraea Liu&Huang,2019)是2019年发表的一种真洞穴鱼类,具有重要的洞穴生物学和进化生物学研究意义以及物种保护价值.2021年7月,在湖南省湘西土家族苗族自治州花垣县大龙洞采集到2尾样本.通过高通量测序技术对其中1尾的线粒体DNA序列进行分析,该线粒体DNA呈双链闭合环状结构,全长为16 585 bp,共含有37个基因,其中包括13个蛋白编码基因、22个tRNA基因和2个rRNA基因,以及两段非编码区,即L链复制起始区OL和H链复制起始区OH,碱基组成为 A(31.2％)、G(15.8％)、C(26.0％)、T(27.0％),A+T 的含量为 58.2％.基于蛋白编码基因使用最大似然法和贝叶斯法构建高原鳅属系统进化树,确定了红盲高原鳅在进化树上的位置.本研究为高原鳅属鱼类的进化研究以及物种保护工作提供了基础数据.

目的 通过机器学习方法对流行性感冒临床证候学资料进行训练,获得流感辨证模型.方法 收集2019年12月-2022年3月就诊于中日友好医院发热门诊的流行性感冒患者病历资料,使用数据采集系统进行数据处理,将不同数据处理过程产生的数据分别存储,以逻辑回归、决策树、朴素贝叶斯、支持向量机、多层感知机、lightGBM和随机森林为备选模型,通过Optuna进行超参数优化选择,并在各数据集中分别训练模型,以macro-F1评分为核心指标,对模型的预测性能进行评价.结果 整理得到训练样本1 011个,其中风热犯卫证453个、风寒束表证152个、表寒里热证406个;得到用于训练的数据集8个,包含数据80份.经训练,逻辑回归、决策树、朴素贝叶斯、支持向量机、多层感知机、lightGBM、随机森林模型的macro-F1评分分别为0.783 0、0.774 2、0.731 5、0.782 4、0.716 7、0.793 8、0.815 3.加权样本能显著提高平均模型性能,而主成分分析降维会降低平均模型性能.单一模型中,逻辑回归模型预测性能最佳;集成方法模型中,随机森林模型预测性能最佳.结论 在样本量较小的情况下,流行性感冒中医辨证模型使用逻辑回归、决策树、支持向量机和lightGBM较为适宜,随着样本量增加,逻辑回归、支持向量机、lightGBM和随机森林可能更为合适.不同数据处理方式会影响模型性能,对证型典型程度信息的采集有利于提高模型性能.

新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)是禽类最重要的疫病病原之一,其中基因Ⅵ型NDV在鸽群广泛流行,给养鸽业造成了严重的经济损失.为深入了解基因Ⅵ型NDV在世界不同地理区域和宿主间的传播动态,本研究通过病毒分离鉴定、高通量测序、完整F基因系统发育树构建和贝叶斯系统动力学等方法进行综合分析,结果获得4株广西NDV分离株,均为基因Ⅵ型.进一步的时空分析显示,基因Ⅵ型NDV最近的共同祖先时间为1972年(95％置信区间:1965～1978),估计进化速率为1.43×10-3 substitution/site/year(95％置信区间:1.27×10-3～1.59×10-3);意大利是欧洲基因Ⅵ型NDV早期的外溢传播中心,该病毒从欧洲传播至我国,随后华东和华南成为我国的主要传播中心;病毒存在从鸽(Columba livia)到野鸟和鸡(Gallus gallus)、从野鸟到鹌鹑(Coturnix coturnix)等的跨物种传播,但病毒传播最重要的宿主是鸽.分析结果表明基因Ⅵ型NDV正快速进化,有作为突变库的潜在威胁.基于"One Health"理念,应在全球范围内加强主动监测,改善家禽管理策略,避免不同家禽之间及不同家禽与野鸟之间的直接和间接接触.这些信息有助于了解基因Ⅵ型NDV的起源、传播与进化,为制定相应防控策略提供科学依据.

目的:采用两样本孟德尔随机化方法来评估 91 种炎性因子与前列腺癌的潜在因果关系.方法:选取91 种炎性因子的全基因组关联分析(GWAS)汇总统计数据(n=14 824)结合FinnGen最新第9 版数据库中选取前列腺癌作为结局进行孟德尔随机化分析.通过逆方差加权法(IVW)、MR-Egger回归、简单中位数法(SM)、加权中位数法(WM)、加权中值法(WME)等回归模型的OR值和95%CI评估炎性因子与前列腺癌的因果关系,其中IVW法得出的因果关系相对稳定,作为本研究的主要统计方法.进一步采用贝叶斯分析法对孟德尔分析结果进行验证.使用Cochran's Q检验评估遗传工具变量的异质性,使用MR-Egger截距检验评估多效性,使用留一法评估作为工具变量的单核苷酸多态性(SNPs)对暴露和结局因果关系影响的敏感性.结果:IVW法结果显示,91 种炎性因子中白介素-22 受体 A1(IL-22RA1)、磺基转移酶 1A1(ST1A1)与前列腺癌发病风险呈正向因果关联:IL-22RA1:IVW[OR(95%CI):1.12(1.00～1.25),P=0.04];ST1A1:IVW[OR(95%CI):1.08(1.00～1.16),P=0.03].趋化因子配体 11(CXCL11)、白介素 17A(IL-17A)与前列腺癌发病风险呈反向因果关联;CXCL11:IVW[OR(95%CI):0.88(0.81～0.95),P=0.00];IL-17A:IVW[OR(95%CI):0.91(0.84～0.98),P=0.02].MR-Egger截距分析未检测到潜在的水平多效性(P 均>0.05,IL-22RA1=0.885,ST1A1=0.949,CXCL11=0.391,IL-17A=0.884).MR-PRESSO 未检测到偏倚 SNPs(P 均>0.05,IL-22RA1=0.479,ST1A1=0.629,CXCL11=0.326,IL-17A=0.444),未发现异质性(P均>0.05,IL-22RA1=0.543,ST1A1=0.677,CXCL11=0.336,IL-17A=0.494),留一法敏感性分析结果图提示无个别单核苷酸多态性位点对整体因果关系预测产生明显影响,故分析结果可靠.结论:91 种炎性因子中IL-22RA1、ST1A1 与前列腺癌有正向因果关系,随着这些因子的水平增加,前列腺癌发病的风险升高;CXCL11、IL-17A与前列腺癌有反向因果关系,即随着这些因子的水平增加,前列腺癌发病风险降低.

目的 探讨前列腺特异性抗原(PSA)水平的动态变化对晚期前列腺癌患者生存预后的影响,为前列腺癌患者个性化治疗提供一定的理论依据.方法 本研究为回顾性队列研究.连续性收集2011-01-01-2017-12-31新疆医科大学附属肿瘤医院经病理学检查确诊为前列腺癌的176例患者作为研究对象,根据治疗方案分为比卡鲁胺联合戈舍瑞林组(n=126)和氟他胺联合戈舍瑞林组(n=50).采用线性混合效应模型和Cox比例风险模型分别拟合晚期前列腺癌患者血清PSA水平的动态变化及其生存数据,进而根据共享随机效应构建极大似然估计和贝叶斯估计法下的联合模型.通过赤池信息准则(AIC)、贝叶斯信息准则(BIC)以及对数似然函数(LLF)值评估2类联合模型的拟合优度.采用受试者工作特征曲线下面积(AUC)和预测误差(PE)比较2类联合模型的预测性能.通过独立样本t检验、Mann-Whitney U秩和检验、x2检验或Fisher确切概率法比较不同治疗方案下患者基线数据的组间差异.结果 共纳入176例前列腺癌患者,年龄45～90岁,平均年龄(71.76±7.86)岁,随访1.30～36.77个月.极大似然估计下的联合模型结果显示,相比于患者血清PSA水平未增加时,当PSA水平随时间增至10倍后,患者死亡风险增加0.94倍(HR=1.94,95％CI:1.74～2.16,P＜0.001);贝叶斯估计下的联合模型结果显示,相比于患者血清PSA水平未增加时,当PSA水平随时间增至10倍后,患者死亡风险增加1.18倍(HR=2.18,95％CI:1.77～2.73,P＜0.001).此外,极大似然估计下的联合模型展现出更好的拟合优度(AIC=3 265.01,BIC=3 303.06,LLF=-1 620.51),而贝叶斯估计下联合模型的AUC值(0.70～0.88)更大、PE值(0.04～0.10)更小,提示其具有更强的预测性能.结论 晚期前列腺癌患者血清PSA水平升高是其生存预后的危险因素,临床上应密切监测前列腺癌患者血清PSA水平的动态变化,以便更准确地制定个性化治疗方案.

目的:评估基于静脉期增强CT影像组学特征的机器学习模型术前预测局部进展期胃癌脉管侵犯（VI）的价值。方法:回顾性分析2011年7月至2020年12月郑州大学第一附属医院经病理证实的296例局部进展期胃癌患者，VI阳性213例、阴性83例，采用分层抽样方法按7∶3的比例将数据分为训练集（207例）和测试集（89例）。记录患者临床特征，采用多因素logistic回归筛选胃癌VI的独立危险因素。利用Pyradiomics软件提取肿瘤静脉期CT影像组学特征，采用最小绝对收缩和选择算法（LASSO）进行特征筛选，得到最优特征子集，建立影像组学标签。使用极端梯度提升（XGBoost）、逻辑回归（logistic）、朴素贝叶斯（GNB）和支持向量机（SVM）4种机器学习算法，对影像组学标签和筛选出的临床独立危险因素构建预测模型。采用受试者操作特征曲线评估模型预测胃癌VI的效能。结果:分化程度（OR=13.651，95%CI 7.265~25.650， P=0.003）、Lauren分型（OR=1.349，95%CI 1.011~1.799， P=0.042）和CA199（OR=1.796，95%CI 1.406~2.186， P=0.044）是预测局部进展期胃癌VI的独立危险因素。基于静脉期增强CT图像提取了864个影像组学特征，经LASSO筛选出18个最优特征构建组学标签。训练集中，XGBoost、logistic、GNB和SVM模型预测胃癌VI的曲线下面积（AUC）分别为0.914（95%CI 0.875~0.953）、0.897（95%CI 0.853~0.940）、0.880（95%CI 0.832~0.928）和0.814（95%CI 0.755~0.873），测试集中分别是0.870（95%CI 0.769~0.971）、0.877（95%CI 0.788~0.964）、0.859（95%CI 0.755~0.961）和0.773（95%CI 0.647~0.898）。logistic模型在测试集中AUC最大且稳定性高。 结论:基于静脉期增强CT影像组学特征的机器学习模型术前预测局部进展期胃癌VI均具有较高的效能，其中logistic模型的诊断效能最佳。

目的:分析增强MRI影像组学技术筛选影像组学特征，联合临床相关因素构建的肝细胞癌根治术后早期复发预测模型的价值。方法:回顾性分析2015年1月至2020年12月在温州医科大学附属第五医院行根治性切除术的109例肝细胞癌患者资料，其中男性96例，女性13例，年龄(58.3±10.7)岁。依据术后12个月内是否复发分为早期复发组( n＝31)和对照组( n＝78)。109例患者按1∶4随机分为验证集( n＝23)和训练集( n＝86)。基于术前MRI多期增强扫描，在Radcloud平台上勾画肿瘤病灶并提取1 409个定量影像组学特征。利用方差阈值、SelectKBest和LASSO对特征进行降维、筛选，联合临床相关因素(甲胎蛋白、肿瘤长径等)，通过机器学习，建立预测模型，受试者工作特征(ROC)曲线下面积、准确率、召回率、平衡F分数评估模型的预测效能。 结果:早期复发组肿瘤形态不规则、肿瘤边界不清比例以及肿瘤长径高于对照组，假包膜比例低于对照组，差异均有统计学意义(均 P<0.05)。利用方差阈值方法从1 409个特征中筛选465个特征，再使用SelectKBest最佳方法筛选38个特征，最后使用LASSO方法筛选了7个最佳影像组学特征，联合临床相关因素，通过机器学习构建了5种预测模型，分别是：支持向量机、高斯朴素贝叶斯、逻辑回归、多项式朴素贝叶斯、K最近邻。5种模型中K最近邻模型的预测效能较高，在训练集中ROC曲线下面积、准确率、召回率、平衡F分数分别为0.90、0.98、0.74、0.84，在验证集中分别为0.76、0.92、0.75、0.83。最终选择了K最近邻模型作为预测模型。 结论:基于术前增强MRI的影像组学及临床特征构建的肝细胞癌根治术后早期复发预测模型K最近邻，准确率较高，具有较高的价值。

目的:以新型冠状病毒肺炎（简称新冠肺炎）湿热蕴肺证为例，探讨证候的症状间关系及其对证候诊断的贡献度，为建立证候诊断依据提供方法学支持。方法:基于654份新冠肺炎患者的临床调查数据，以湿热蕴肺证为例，采用SPSS Modeler 14.1软件，结合关联规则与贝叶斯网络数据挖掘技术，探讨症状间关系并明确症状（群）对证候诊断的贡献度。结果:654份新冠肺炎临床资料中涉及湿热蕴肺证患者121例，其中出现频率>40%的症状有发热（53.72%）、咳嗽（47.93%）、舌质红（45.45%）、脉数（43.80%）、苔腻（42.15%）、苔黄（41.32%）、乏力（40.50%）和纳呆（40.50%）。关联规则分析显示，二项关联关系较强的症状群包括发热、口渴，胸闷、气促，咳嗽、痰黄等；三项关联关系较强的症状群包括咳嗽、痰黄、痰黏稠，纳呆、呕恶、头身困重，发热、口渴、乏力等。以湿热蕴肺证（是＝1，否＝0）为目标变量，以出现频率>15%的症状为输入变量，建立贝叶斯网络模型，得出湿热蕴肺证症状（群）概率分布表，其中发热的父节点（每个输入变量的上级节点）只有1个（湿热蕴肺证），条件概率是0.54；咳嗽的父节点有痰黄、湿热蕴肺证，表示在湿热蕴肺证中咳嗽与痰黄存在直接因果关系，且在有痰黄的条件下，咳嗽的条件概率为0.99。常见症状（群）及其对湿热蕴肺证诊断的贡献度为：发热、口渴（0.47），咳嗽、痰黄（0.49），胸闷、气促（0.46），纳呆、头身困重（0.61），苔黄腻、脉滑数（0.95）。结论:关联规则结合贝叶斯网络在阐释症状间关系及其对证候诊断的贡献度具有一定的可行性和客观性，为建立证候诊断依据提供了方法学支持。

目的:应用贝叶斯网状Meta分析预测头孢菌素类抗菌药物联合甲硝唑经验性治疗腹腔感染的疗效和安全性。方法:以( "intraabdominal infections" [MeSH Terms])AND( "Cephalosporins*" [MeSH Terms])AND( "randomized controlled trial" [MeSH Terms])、腹腔感染、继发性腹膜炎、腹腔脓肿、头孢为检索词，检索PubMed、Embase、the Cochrane Library、中国知网、万方数据库、维普数据库。检索时间为1990年1月至2018年5月。纳入评价头孢菌素类抗菌药物联合甲硝唑对比其他类型抗菌药物治疗腹腔感染疗效和安全性的随机对照试验(RCT)。试验组患者给予头孢菌素类抗菌药物联合甲硝唑治疗腹腔感染，对照组患者给予其他类型抗菌药物治疗腹腔感染。结局指标：临床治愈率、微生物清除率和药物严重不良反应发生率。使用R 3.6.2软件随机贝叶斯模型进行网状Meta分析。采用马尔可夫链蒙特卡罗法直接评估和间接预测。采用轨迹图法、密度图法、杠杆图法对模型收敛性和稳定性进行评价。因各干预措施间没有闭环，不需要评估研究的一致性。结果:(1)文献检索结果：最终纳入符合标准的相关文献18篇。18篇文献均为RCT，文献累积样本量为6 792例，其中试验组3 402例，对照组3 390例。(2)贝叶斯网状Meta分析结果：①第3代头孢菌素＋甲硝唑、碳青霉烯类的临床治愈率显著低于第4代头孢菌素＋甲硝唑，差异均有统计学意义[优势比( OR)＝0.46，0.61，95%可信区间( CI)为0.26～0.81，0.38～0.97， P<0.05]。第5代头孢菌素＋甲硝唑的临床治愈率与碳青霉烯类比较，差异无统计学意义( OR＝1.03，95% CI为0.59～1.80， P>0.05)。②第5代头孢菌素＋甲硝唑、碳青霉烯类的微生物清除率显著低于第4代头孢菌素＋甲硝唑，差异均有统计学意义( OR＝0.84，0.41，95% CI为0.73～0.98，0.23～0.74， P<0.05)。第5代头孢菌素＋甲硝唑的微生物清除率与碳青霉烯类比较，差异无统计学意义( OR＝0.76，95% CI为0.27～1.80， P>0.05)。③第3代头孢菌素＋甲硝唑、第4代头孢菌素＋甲硝唑、第5代头孢菌素＋甲硝唑、碳青霉烯类、喹诺酮＋甲硝唑、替加环素的药物严重不良反应发生率均显著低于喹诺酮类，差异均有统计学意义( OR＝0.13，0.13，0.14，0.13，0.15，0.13，95% CI为0.03～0.50，0.02～0.98，0.02～0.75，0.02～0.59，0.02～0.78，0.02～0.57， P<0.05)。第3代头孢菌素＋甲硝唑、第4代头孢菌素＋甲硝唑、第5代头孢菌素＋甲硝唑的药物严重不良反应发生率与碳青霉烯类比较，差异均无统计学意义( OR＝0.96，1.00，1.10，95% CI为0.52～1.60，0.31～3.50，0.49～2.30， P>0.05)。(3)疗效与安全性等级排名：①临床治愈率排名：各类用药方案的临床治愈率从高到低排名顺序为喹诺酮类＋甲硝唑、第4代头孢菌素＋甲硝唑、合成青霉素类、第2代头孢菌素＋甲硝唑、第5代头孢菌素＋甲硝唑、碳青霉烯类、第3代头孢菌素＋甲硝唑、替加环素、喹诺酮类。各排名相应的概率为51.73%、35.72%、22.57%、31.37%、24.98%、32.82%、34.69%、29.05%、72.36%。②微生物清除率排名：各类用药方案的微生物清除率从高到低排名顺序为喹诺酮类＋甲硝唑、第4代头孢菌素＋甲硝唑、第2代头孢菌素＋甲硝唑、合成青霉素类、第5代头孢菌素＋甲硝唑、碳青霉烯类、第3代头孢菌素＋甲硝唑、替加环素、喹诺酮类。各排名相应的概率为：89.62%、77.01%、38.60%、20.94%、26.26%、26.39%、22.22%、20.19%、62.55%。③药物严重不良反应发生率排名：各类用药方案的药物严重不良反应发生率从高到低排名顺序为喹诺酮类、喹诺酮类＋甲硝唑、第5代头孢菌素＋甲硝唑、碳青霉烯类、第3代头孢菌素＋甲硝唑、替加环素、第4代头孢菌素＋甲硝唑。各排名相应的概率为：96.21%、30.46%、21.09%、25.27%、27.26%、19.45%、31.69%。 结论:中、低危腹腔感染时，推荐经验性使用头孢菌素＋甲硝唑替代经验性使用碳青霉烯类。

目的:探讨不同喂养不耐受变化轨迹外科危重症患者预后及影响因素。方法:采用回顾性队列研究方法。收集2018年3月至2019年7月中国重症营养临床研究小组-NEED研究中69家医学中心收治的354例外科危重症患者的临床资料；男247例，女107例；年龄为58（46，68）岁。根据354例患者喂养不耐受变化轨迹模型，分为无喂养不耐受、喂养不耐受下降、喂养不耐受持续分别为164、49、141例。观察指标：（1）不同喂养不耐受变化轨迹患者一般情况。（2）不同喂养不耐受变化轨迹患者营养治疗情况。（3）不同喂养不耐受变化轨迹患者生存情况。（4）外科危重症患者预后影响因素分析。正态分布的计量资料以 x±s表示，组间比较采用单因素方差分析；偏态分布的计量资料以 M（ Q1， Q3）表示，组间比较采用Kruskal-Wallis秩和检验。计数资料以绝对数或百分比表示，组间比较采用 χ2检验。等级资料比较采用Kruskal-Wallis秩和检验。两两比较采用Bonferroni校正。根据Stata17.0统计软件中Traj插件构建组基轨迹模型，最佳轨迹模型采用贝叶斯信息准则、平均后验概率参数评价。采用Kaplan-Meier法绘制生存曲线并计算生存率，Log-Rank检验进行生存分析。采用COX比例风险回归模型进行单因素和多因素分析。 结果:（1）不同喂养不耐受变化轨迹患者一般情况。354例外科危重症患者中，行肠内营养治疗257例、行肠内营养+肠外营养治疗97例，急性生理与慢性健康（APACHE Ⅱ）评分为17（13，21）分，序贯性器官功能衰竭（SOFA）评分为6（5，8）分，改良危重症营养风险（mNUTRIC）评分为4（2，5）分，合并症数量为2（1，3）个，急性胃肠损伤分级为Ⅰ级、Ⅱ级、Ⅲ级分别为293、55、6例，行机械通气、连续肾替代治疗、血管活性药物使用分别为224、17、61例。354例患者喂养不耐受发生率呈先上升后下降趋势，第3天发生率达峰值为25.42%（90/354），7 d内发生率为53.67%（190/354）。354例外科危重症患者中，无喂养不耐受、喂养不耐受下降、喂养不耐受持续患者APACHE Ⅱ评分，mNUTRIC评分，合并症数量，急性胃肠损伤分级，机械通气分别为16（12，20）分、17（14，25）分、18（13，22）分，3（2，5）分、4（3，6）分、4（3，5）分，2（1，2）个、2（2，3）个、2（2，3）个，Ⅰ级（152例、27例、114例）、Ⅱ~Ⅲ级（12例、22例、27例），95、39、90例，三者上述指标比较，差异均有统计学意义（ H=6.14、13.11、28.05， χ2=37.96、7.65， P<0.05）；进一步分析，与无喂养不耐受患者比较，喂养不耐受下降、喂养不耐受持续患者均有更高的合并症数量和急性胃肠损伤分级（ Z=60.32、54.69， χ2=39.72、9.52， P<0.05）；与无喂养不耐受患者比较，喂养不耐受下降患者有更高的mNUTRIC评分和机械通气比例（ Z=53.41， χ2=7.59， P<0.05）。（2）不同喂养不耐受变化轨迹患者营养治疗情况。无喂养不耐受患者促胃动力药物使用，幽门后喂养分别为36例，13例，喂养不耐受下降患者上述指标分别为25例，10例，喂养不耐受持续患者上述指标分别为46例，19例，三者上述指标比较，差异均有统计学意义（ χ2=15.76，6.20， P<0.05）。进一步分析，与无喂养不耐受患者比较，喂养不耐受下降患者有更高的促胃动力药物使用和幽门后喂养比例（ χ2=15.60，6.10， P<0.05）。（3）不同喂养不耐受变化轨迹患者生存情况。无喂养不耐受、喂养不耐受下降、喂养不耐受持续患者28 d总生存率分别为96.96%、95.92%、87.94%，三者比较，差异有统计学意义（ χ2 =10.39， P<0.05）；进一步分析，无喂养不耐受与喂养不耐受持续患者比较，差异有统计学意义（ χ2 =9.19， P<0.05）。（4）外科危重症患者预后影响因素分析。多因素分析结果显示：喂养不耐受持续是外科危重症患者28 d死亡的独立危险因素（风险比=3.92，95%可信区间为1.43~10.79， P<0.05）。 结论:与无喂养不耐受患者比较，喂养不耐受持续的外科危重症患者28 d总生存率下降，喂养不耐受持续是外科危重症患者28 d死亡的独立危险因素。