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红盲高原鳅线粒体基因组测定及其系统发育关系分析
编辑人员丨1天前
红盲高原鳅(Triplophysa erythraea Liu&Huang,2019)是2019年发表的一种真洞穴鱼类,具有重要的洞穴生物学和进化生物学研究意义以及物种保护价值.2021年7月,在湖南省湘西土家族苗族自治州花垣县大龙洞采集到2尾样本.通过高通量测序技术对其中1尾的线粒体DNA序列进行分析,该线粒体DNA呈双链闭合环状结构,全长为16 585 bp,共含有37个基因,其中包括13个蛋白编码基因、22个tRNA基因和2个rRNA基因,以及两段非编码区,即L链复制起始区OL和H链复制起始区OH,碱基组成为 A(31.2%)、G(15.8%)、C(26.0%)、T(27.0%),A+T 的含量为 58.2%.基于蛋白编码基因使用最大似然法和贝叶斯法构建高原鳅属系统进化树,确定了红盲高原鳅在进化树上的位置.本研究为高原鳅属鱼类的进化研究以及物种保护工作提供了基础数据.
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编辑人员丨1天前
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红胸黑翅萤线粒体全基因组测定及熠萤亚科系统发育树分析
编辑人员丨1天前
为明确红胸黑翅萤(Luciola kagiana Matsumura,1928)(Coleoptera:Lampyridae)的线粒体基因组结构及熠萤亚科的分子系统发育关系,本研究对红胸黑翅萤的线粒体基因进行了测序、组装、注释和特征分析.结果表明,红胸黑翅萤的线粒体基因组全长为16 317 bp,包含了13个蛋白编码基因(proteincoding genes,PCGs)、22个tRNA基因、2个rRNA基因和一个非编码控制区.对21种萤火虫(其中19种为熠萤亚科,2种为萤亚科)的线粒体基因组的组成和结构进行分析,分析结果表明,萤科(Lampyridae)昆虫线粒体基因组组成和结构的基本特征一致,但在线粒体全长、控制区长度、A+T含量偏向性以及基因间隔特征上在亚科间存在一定的差异性.利用最大似然法构建基于这21种萤火虫的13个PCGs的系统发育树,结果显示,红胸黑翅萤与熠萤属(Luciola)萤火虫聚类在一个分支上;熠萤亚科与萤亚科萤火虫各自聚成一个分支;熠萤亚科间同属的萤火虫种类都分别单独形成一个分支.本研究表明分子分类技术能极大地促进萤火虫分类学系统的完善,提升萤火虫分类的便利性和准确性.
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编辑人员丨1天前
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南洋鼠线粒体基因组结构特征及其属级分类关系的分子证据
编辑人员丨1天前
南洋鼠(Chiromyscus langbianis)是亚洲特有的一种树栖鼠类,其属级分类一直存在争议,不同的分类系统将其归入白腹鼠属(Niviventer)或费氏树鼠属(Chiromyscus),影响了对其生物学特性的认识.本研究旨在通过测定和分析南洋鼠的线粒体基因组,探讨其线粒体基因组结构特征,并利用近邻相接法(neighbor-joining method,NJ)和最大似然法(maximum likeli-hood method,ML)构建22个近缘物种线粒体基因组的系统发育树,厘清南洋鼠的属级分类关系.结果表明,南洋鼠线粒体基因组总长度为16 288 bp,包含22个tRNA基因、13个蛋白编码基因、2个rRNA基因和一段非编码区(non-coding region,NCR),线粒体基因组碱基组成为 A 36.6%、T 28.9%、G 15.0%和 C 19.5%,AT 偏斜(AT-skew)为 0.092,GC 偏斜(GC-skew)为-0.337.在22个tRNA基因中,除tRNASer(AGY)缺少D环外,其余的21个tRNA基因均能够折叠成典型的三叶草结构.同时,部分tRNA基因,如tRNAPhe出现了A-A,tRNAVa1、tRNALeu、tRNAI1e出现了C-U等非经典配对,以维持tRNA二级结构的稳定性.基于近邻相接法和最大似然法构建的系统发育树表明,南洋鼠与费氏树鼠属的亲缘关系更近.进一步基于线粒体Cytb和Cox1构建的系统发育树及遗传距离分析结果,均支持南洋鼠划入费氏树鼠属.本研究为南洋鼠的分类地位和系统发育关系提供了分子证据,也为其种群遗传学的研究提供了数据参考.
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编辑人员丨1天前
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Tis108对天麻GA含量及其失活关键酶GeCYP714A1基因表达的影响
编辑人员丨1天前
为探究独脚金内酯抑制剂Tis108对天麻生长的影响,该研究采用10 μmol·L-1的Tis108溶液处理白麻块茎,对块茎的内源激素赤霉素(GA)含量进行测定,通过RT-PCR技术克隆GA失活关键酶GeCYP714A1基因,借助ExPASy、SWISS-MODEL、MEGA 等软件对该基因进行生物信息学分析,并测定其在天麻不同组织部位的表达水平.结果显示,Tis108处理后天麻块茎的GA含量显著升高,GA失活关键酶GeCYP714A1的转录水平显著降低.GeCYP714A 1基因的编码区全长1 173 bp,编码390个氨基酸,蛋白的相对分子质量为44.85 kDa,理论等电点为9.83,不稳定系数为49.20,脂肪系数为89.03,总平均亲水指数平均值为-0.235,属于碱性亲水性不稳定蛋白;且GeCYP714A1蛋白定位于线粒体,无信号肽,不具有跨膜结构.系统进化树分析显示,GeCYP714A1与铁皮石斛DcCYP714C2(PKU78454.1)蛋白亲缘关系最近,序列一致性达67.25%.利用qRT-PCR技术分析天麻GeCYP714A1基因的表达模式,结果显示在天麻块茎中GeCYP714A1转录水平最高,其次是茎和花序.该研究表明Tis108可抑制天麻块茎中GA失活酶GeCYP714A1的转录水平,提高GA的积累量,影响天麻块茎生长,为进一步揭示独脚金内酯调控天麻GA信号和块茎发育奠定基础.
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编辑人员丨1天前
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粗叶悬钩子叶绿体基因组特征及系统发育分析
编辑人员丨1天前
为探讨粗叶悬钩子(Rubus alceifolius)叶绿体基因组特征及其与同科属植物叶绿体基因组的系统发育关系,本研究采用Illumina HiSeq 4000平台对粗叶悬钩子叶绿体基因组进行了测序、组装和注释,并对其序列特征、密码子偏好性、重复序列、简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)和系统发育进行分析.结果表明,粗叶悬钩子叶绿体基因组总长度为156 266 bp,呈典型的四分体结构,包括大单拷贝区85 874 bp、小单拷贝区18 850 bp和反向互补重复区25 771 bp;共含有基因128个,其中蛋白质编码基因86个,tRNA基因34个,rRNA基因8个.密码子偏好性分析表明,亮氨酸(Leu)的密码子数量最多(5 189个),而半胱氨酸(Cys)的密码子数量最少(590个).从粗叶悬钩子叶绿体基因组中共检测出39个长重复序列及52个SSR位点.系统发育分析表明,粗叶悬钩子与七裂叶悬钩子(Rubus reflexus var.lanceolobus)、越南悬钩子(Rubus co-chinchinensis)、棕红悬钩子(Rubus rufus)聚为一支,亲缘关系最密切.本研究为蔷薇科(Rosaceae)悬钩子属(Rubus)植物的分子标记、物种鉴定、亲属关系解析和遗传多样性分析等研究提供科学依据.
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编辑人员丨1天前
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黄河宁夏段黄河鮈群体的遗传多样性与系统发育分析
编辑人员丨1天前
为科学评估黄河鮈(Gobio huanghensis)种质资源状况,进一步加强其种质资源保护工作,本研究在连续3年开展黄河宁夏段资源调查的基础上,同期定点采集青铜峡坝上南长滩村、余丁乡和坝下梅家湾村、月牙湖乡、红崖子乡等5个不同地理群体样本,基于线粒体cox1基因序列及生物信息学分析探讨其遗传多样性和系统发育关系.研究结果表明,在长度为1 428 bp的cox1基因序列区域共检测到162个多态位点,界定了26个单倍型;5个群体中除南长滩群体具有"低Hd低Pi"(Hd:0.468;Pi:0.000 62)特点外,其余群体均呈现出"高Hd 高Pi"(Hd:0.721~0.840;Pi:0.009 18~0.035 88)的分布特点,且青铜峡坝上与坝下群体间具有显著的遗传分化(P<0.05),尤其南长滩、余丁乡2个群体与月牙湖群体达到了种群分化水平;系统发育分析显示黄河鮈与蛇鮈(Saurogobio dabryi)亲缘关系最近.综上所述,结合历年资源调查结果推测,黄河鮈因青铜峡大坝形成了明显的种群地理阻隔,因此建议将黄河鮈划分为青铜峡坝上与坝下2个地理种群,在加强原地保护的基础上,通过人工繁育、增殖放流等人工干预措施,促进坝上、坝下种质资源基因交流,以有效恢复和保护黄河鮈这一珍贵种质资源.
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编辑人员丨1天前
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脑性瘫痪儿童头颅MRI表现与其临床特点分析
编辑人员丨1天前
目的:探讨脑性瘫痪(脑瘫)儿童头颅核磁共振成像(MRI)与脑瘫分型、粗大运动功能分级、脑瘫合并症间的关系。方法:选取2020年10月至2021年3月期间在郑州大学第三附属医院儿童康复科诊治的325例脑瘫儿童作为研究对象,上述患儿均给予头颅MRI检查,并采用粗大运动功能分级系统对其粗大运动功能水平进行评级。采用单因素、多因素Logistic回归方法对患儿头颅MRI异常表现与粗大运动功能分级结果进行相关性分析;采用卡方检验分析MRI异常结果与脑瘫合并症间的关系。结果:本研究入选脑瘫患儿的头颅MRI呈现多种异常改变,通过多因素Logistic回归分析发现脑发育不良(OR=8.530,95%CI:5.031-14.330)、脑室扩大(OR=4.611,95%CI:1.327-10.297)、脑室周围白质软化症(PVL)(OR=4.313,95%CI:2.084-8.153)、丘脑异常信号(OR=6.372,95%CI:3.160-11.175)、缺血缺氧性脑病后变化(OR=7.249,95%CI:2.354-13.642)均与患儿粗大运动功能损伤严重程度间存在显著相关性( P<0.05)。通过卡方检验发现PVL患儿多合并视力障碍(62.1%),胼胝体变薄患儿多合并智力低下(14.0%),丘脑异常信号患儿多合并听力障碍(66.7%)及语言障碍(30.8%)。 结论:本研究入选患儿头颅MRI结果与其脑瘫分型、粗大运动功能评级、脑瘫合并症间均具有显著相关性,可用于脑瘫儿童早期诊断及预后评估,为临床制订康复计划提供参考资料。
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编辑人员丨1天前
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盐酸达泊西汀按时与按需服用治疗原发性早泄患者的效果比较
编辑人员丨1天前
目的:比较盐酸达泊西汀按时服用与按需服用治疗原发性早泄的效果。方法:本研究为前瞻性随机对照研究。纳入2018年9月至2019年6月在西安交通大学第二附属医院男科门诊确诊的原发性早泄患者。纳入标准:①年龄≥ 18周岁,非同性恋患者;②有固定性伴侣且与性伴侣关系融洽1年以上;③治疗前3个月内未使用5-羟色胺再摄取抑制剂;④在阴茎进入阴道后2 min内射精,且该现象持续>6个月;⑤最近6个月未参加过其他类似试验;⑥性生活次数≥ 2次/周。排除标准:①勃起硬度评分< 3分;②生殖器官畸形或发育不良;③泌尿生殖系统感染者;④严重心脏病、高血压病、糖尿病患者;⑤性腺功能低下者;⑥对盐酸达泊西汀及辅料过敏;⑦中、重度肝损伤患者。采用随机数字表法将患者随机分为按时服药组和按需服药组。按时服药组患者给予盐酸达泊西汀30 mg/次,1次/日,晚饭后即刻服用;按需服药组予盐酸达泊西汀30 mg/次,同房前2 ~ 3 h服用。观察两组患者治疗8周及停药8周后的阴道内射精潜伏期(IELT)、早泄诊断工具(PEDT)评分、早泄指数(IPE)评分、焦虑自评量表(SAS)评分。结果:本研究共纳入136例患者,两组各68例。最终共88例完成8周治疗,其中按时服药组50例(73.53%),按需服药组38例(55.88%),两组患者治疗依从性差异有统计学意义( P = 0.048)。按时服药组与按需服药组治疗前IELT[(2.23 ± 1.81)min与(1.80 ± 1.51)min]、PEDT评分[(16.52 ± 1.54)分与(16.84 ± 1.59)分]、IPE评分[满意度(32.67 ± 7.36)分与(32.37 ± 5.90)分,控制力(23.31 ± 5.48)分与(22.97 ± 4.82)分,痛苦程度(36.43 ± 3.51)分与(35.82 ± 3.27)分]、SAS评分[(51.80 ± 6.93)分与(53.82 ± 4.47)分]差异均无统计学意义( P>0.05)。按时服药组与按需服药组患者治疗8周后,IELT[(5.45 ± 2.64)min与(5.01 ± 2.31)min]、PEDT评分[(13.68 ± 2.15)分与(14.92 ± 9.39)分]、IPE评分[满意度(42.58 ± 5.13)分与(43.39 ± 4.76)分,控制力(31.86 ± 4.49)分与(32.75 ± 5.43)分,痛苦程度(62.94 ± 4.07)分与(61.22 ± 4.25)分]及SAS评分[(49.70 ± 4.16)分与(51.66 ± 4.65)分]差异均无统计学意义( P>0.05)。两组治疗8周后上述指标与治疗前比较,差异均有统计学意义( P<0.05)。停药8周后,两组患者IELT、PEDT评分、IPE评分与治疗前差异均无统计学意义( P>0.05)。 结论:按时服用与按需服用盐酸达泊西汀均能有效缓解原发性早泄患者的症状,均能缓解患者焦虑情绪;按时服药组依从性更好。长期停药后早泄症状会复现。
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编辑人员丨1天前
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肠道菌群在胃肠道肿瘤发生发展及治疗中作用的现状与展望
编辑人员丨1天前
胃肠道是人体内菌群的储存库。肠道菌群与人体构成共生关系,不仅参与营养物质代谢、机体免疫系统的发育和肠道屏障功能等正常生理过程,也与人体的多种疾病发生进展特别是胃肠道肿瘤的发病密切相关。同时肠道菌群影响着肿瘤的放疗、化疗和免疫治疗的疗效和毒副反应。随着基因测序技术和生物信息学的发展和普及化,探索肠道菌群与胃肠道肿瘤发生发展及治疗的关系是近年来的研究热点并为胃肠道肿瘤的预防和诊治提供新的方法和思路。
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编辑人员丨1天前
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食品与环境中豚鼠气单胞菌系统发育分析以及毒力和耐药性研究
编辑人员丨1天前
目的:食品与环境中49株豚鼠气单胞菌菌种鉴定、毒力与耐药性检测。方法:VITEK、API 20NE生化鉴定, gyrB、 rpoD系统发育分析;PCR检测 act、 alt、 ast、 lip、 ahp、 aerA、 hlyA、 ompA1、 fla基因;AST-GN16药敏试验。 结果:生化鉴定为豚鼠/嗜水气单胞菌株54株,经系统发育分析豚鼠气单胞菌49株,嗜水气单胞菌4株,中国台湾省气单胞菌1株。毒力基因 alt、 lip、 ompA1、 fla、 act、 aerA、 hlyA检出率依次为100.00%、100.00%、79.59%、14.29%、2.04%、2.04%、2.04%,未检出 ast、 ahp;存在4种毒力基因组合,优势组合为 alt/ lip/ ompA1(32/49)。豚鼠气单胞菌氨苄西林、头孢唑林、头孢西丁、阿莫西林/克拉维酸、头孢曲松、复方新诺明、安曲南耐药率依次为79.59%、14.29%、10.20%、6.12%、4.08%、4.08%、2.04%,哌拉西林/他唑巴坦、亚胺培南、阿米卡星、庆大霉素、左氧氟沙星、替加环素、呋喃妥英均敏感;2株多重耐药菌株。 结论:gyrB、 rpoD可有效鉴定豚鼠/嗜水气单胞菌, rpoD可区分近亲缘关系豚鼠与中国台湾省气单胞菌;所有豚鼠气单胞菌均携带2种以上毒力基因,1株环境源菌携带7种毒力基因;青霉素类普遍耐药,产生β-内酰胺酶是最主要耐药机制;未发现碳青霉烯类、氨基糖苷类、氟喹诺酮类、四环素类、呋喃类耐药菌株;食品和生活饮用水存在多重耐药菌。
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编辑人员丨1天前
