红盲高原鳅(Triplophysa erythraea Liu&Huang,2019)是2019年发表的一种真洞穴鱼类,具有重要的洞穴生物学和进化生物学研究意义以及物种保护价值.2021年7月,在湖南省湘西土家族苗族自治州花垣县大龙洞采集到2尾样本.通过高通量测序技术对其中1尾的线粒体DNA序列进行分析,该线粒体DNA呈双链闭合环状结构,全长为16 585 bp,共含有37个基因,其中包括13个蛋白编码基因、22个tRNA基因和2个rRNA基因,以及两段非编码区,即L链复制起始区OL和H链复制起始区OH,碱基组成为 A(31.2％)、G(15.8％)、C(26.0％)、T(27.0％),A+T 的含量为 58.2％.基于蛋白编码基因使用最大似然法和贝叶斯法构建高原鳅属系统进化树,确定了红盲高原鳅在进化树上的位置.本研究为高原鳅属鱼类的进化研究以及物种保护工作提供了基础数据.

目的 建立一种快速、准确、灵敏的多重PCR检测方法,用于同时鉴别6种常见食用肉类(牛、羊、鸡、猪、鹅、鸭),并评估其在肉类食品掺假鉴定中的应用价值.方法 基于GenBank数据库中6个物种的线粒体全基因组序列,筛选具有种内保守性、种间特异性的DNA序列(牛16S rRNA、羊COX-1、鸡Cytb、猪COX-1、鹅NADH2、鸭16S rRNA),并设计物种特异性引物,以此构建一个可同时鉴别6种常见食用肉类的多重PCR检测体系.对该体系进行种属特异性、灵敏度和重复性研究,并进行模拟混合样品检测.结果 成功构建了一个可同时鉴别6种常见食用肉类的多重PCR检测体系,该体系在非目标物种的DNA中均未有效扩增;在DNA模板量为0.0625～2 ng/μL时,6个物种的扩增产物均能检见.在鸭肉和牛肉混合比例低至0.5%时,仍能检测到鸭肉成分.结论 本研究构建了一个特异性强、灵敏度高、重复性好的多重PCR检测体系,可准确鉴别6种常见食用肉类食品中的动物源性成分,为我国常见食用肉类及肉制品的掺假鉴定提供了一种简单、实用的检测技术.

目的:通过全外显子组测序(WES)技术筛查原发性胆汁性胆管炎(PBC)家系共有的低频变异位点，以期发现与PBC相关的新易感基因。方法:收集2000年1月至2017年12月于天津医科大学总医院诊断的3个PBC家系的7例PBC患者和2名健康对照者的临床资料，提取血液DNA样本并进行WES，应用SAMtools 1.3软件检测基因单核苷酸多态性(SNP)和得失位变异位点，并于已知数据库1000 Genome、ExAC、ESP6500和诺禾-中华基因数据库筛选低频变异位点。应用Pymol V2.3.2软件模拟主要组织相容性复合体-Ⅱ(MHC-Ⅱ)分子三维结构，观察家系间共有变异位点对应的氨基酸位置。结果:7例PBC患者首诊年龄为(61.2±10.2)岁。血清检测结果示7例患者的ALP为(306.9±242.5) U/L，GGT为(121.7±85.9) U/L，ALT为(47.6±33.1) U/L，AST为(55.7±34.1) U/L，免疫球蛋白G为(14.9±3.1) g/L；抗核抗体核型均存在胞质颗粒型特征；抗线粒体抗体均为阳性。5例PBC患者出现腹腔内淋巴结肿大；2例患者合并肝外自身免疫病；2例患者肝脏活组织检查结果均提示界面性肝炎和小胆管病变。3个PBC家系间共有18个SNP位点，分别位于 OTOA、 OBSCN和人类白细胞抗原- DRB1( HLA- DRBI)基因。 OTOA基因的rs200988634是3个家系共有的多态性位点； OBSCN基因的rs746424683、rs545316651、rs553144914、rs533059830和rs56087721分别导致9种氨基酸的改变；基因 HLA- DRB1共有12个不同的SNP位点，分别导致12种氨基酸的改变，其中rs16822698、rs112796209和rs11554463核苷酸突变分别导致MHC-Ⅱ分子β链的G154A、Y152C和Y107X氨基酸改变，Y107X氨基酸位于MHC-Ⅱ分子与抗原肽结合凹槽区域。 结论:对PBC家系进行WES是阐明恶性变异候选基因 OBSCN和 OTOA较好的策略。 HLA- DRB1为PBC的易感基因，可能通过改变氨基酸序列影响MHC-Ⅱ分子介导的抗原提呈过程。

目的:探讨中国汉族人群腓骨肌萎缩症（CMT）致病基因的分布特点，并与2013年北京大学第三医院总结的CMT基因分布数据进行比较，分析8年来CMT基因分布比例的异同。方法:收集2007年1月至2021年3月于北京大学第三医院和中日友好医院诊治的CMT及其相关疾病家系520个，采用多重连接探针扩增技术检测外周髓鞘蛋白22（PMP22）基因重复和缺失突变后，采用二代基因测序包或全外显子组测序技术对上述家系的先证者进行基因检测，对阳性结果采用Sanger一代测序的方法验证。结果:在520个家系中，确定了336个CMT家系的基因诊断，确诊比例从2013年的48.6%（51/105）增加到2021年的64.6%（336/520；χ 2=9.54， P=0.003），其中PMP22基因重复占26.7%（139/520）、缝隙连接蛋白B1（GJB1）基因突变占8.8%（46/520）、线粒体融合蛋白2（MFN2）基因突变占5.0%（26/520）、髓鞘蛋白零（MPZ）基因突变占2.3%（12/520）、PMP22基因点突变占2.1%（11/520）、热休克蛋白B1基因突变占1.9%（10/520）、神经节苷脂诱导分化相关蛋白1（GDAP1）基因突变占1.9%（10/520）、SH3结构域和四三肽重复序列2（SH3TC2）基因突变占1.5%（8/520）、免疫球蛋白mu-DNA结合蛋白2（IGHMBP2）基因突变占1.3%（7/520）、MORC家族CW型锌指2（MORC2）基因突变占1.2%（6/520）、山梨醇脱氢酶（SORD）基因突变占1.0%（5/520），其余非常少见的基因突变家系有16个（16/520，3.1%），未确诊家系184个（184/520，35.4%）。 结论:与2013年相比，影响CMT最常见的3种基因仍然为PMP22、GJB1和MFN2基因，但MPZ基因突变患者的比例与其他基因如SH3TC2、GDAP1基因的差距越来越小。近年新发现的CMT致病基因如MORC2及SORD基因所占比例与IGHMBP2基因接近，应予以重视。二代测序技术提高了CMT的诊断效率，尤其是对于常染色体隐性突变导致的CMT诊断价值很大。

目的:探索线粒体DNA（mitochondrial DNA，mtDNA）变异与早发家族性阿尔茨海默病发病风险的相关性。方法:从2014年3月至2020年4月收集到的早发家族性阿尔茨海默病家系样本中筛选出4个具有母系遗传特征的阿尔茨海默病（Alzheimer′s disease，AD）家系样本，开展mtDNA全序列测序，与修正版的剑桥参考序列比对分析。测序结果根据标准序列记录下每个样本的mtDNA变异位点及相关信息。采用最新版的mtDNA分类系统数据库进行线粒体单倍型类群分类。变异分析方法：根据系统发育树，找出枝端私有变异位点；MitoTool分析变异的保守性；再通过PhyloTree查询突变是否为其他单倍型类群的鉴定变异。通过文献和数据库查询，SIFT致病性预测软件（2015）预测分析。通过I-TASSER 预测蛋白结构，Pymol可视化蛋白结构同源模拟蛋白三级结构分析，分析结构变化。结果:其中一个家系的mtDNA存在稀有非同义变异m.8978T>C，该位点保守系数1.0，致病性分数较高，蛋白结构同源模拟MT-ATP6蛋白三级结构分析，显示该蛋白支链残端的结构改变。结论:mtDNA稀有非同义变异m.8978T>C可能具有潜在的致病性，可能通过线粒体的功能下降影响AD的发病。

患儿，男，5岁，因"幼儿园体检发现双眼视力差"至南通大学附属常熟医院眼科就诊。既往有夜盲史；其父母非近亲联姻，否认低视力家族史。眼科检查示：右眼视力0.15，左眼0.2（双眼矫正视力不提高）；双眼角膜清，前房清，瞳孔圆，对光反射+。眼底检查示：视乳头界清、色淡红，视网膜血管变细，黄斑区外视网膜可见椒盐样色素紊乱，散在少量骨细胞样色素改变（图1A-B）。眼球位置及运动检查示：双眼眼球活动正常，无眼球震颤。双眼光学相干断层扫描（OCT）示：中心凹外椭圆体带结构消失（图1C-D）。临床诊断：双眼视网膜色素变性（Retinitis pigmentosa，RP）。患儿父亲双眼屈光度为-4.50 D，眼底检查见豹纹状眼底改变；患儿母亲、长兄眼科检查均未见明显异常。在征得先证者及其家系成员的知情同意，并通过南通大学附属常熟医院的伦理审查（2023-KY-K03）后，采用乙二胺四乙酸真空采血管抽取先证者外周静脉血5 mL进行基因外显子区域及线粒体DNA全长序列测序，抽取先证者父母和长兄外周静脉血各2 mL进行Sanger一代测序验证，根据美国医学遗传学与基因组学学会（American College of Medical Genetics and Genomics，ACMG）指南评估变异的致病性和临床意义。检测显示先证者为 RPGR基因变异，染色体为chrX:38156585，变异位点为c.1366C>T（p.Gln456*），位于11号外显子，为无义变异。该变异在基因组聚合数据库东亚人群、千人基因组数据库中国人群中均未检测到；在ClinVar数据库收录为致病变异，星级2星。经分析发现该变异为受检者的新发变异，利用Sanger测序进一步验证先证者家系其他成员，结果提示：先证者父母和长兄不携带该变异（图2）。依据ACMG指南，RPGR:NM_000328.3:c.1366C>T（p.Gln456*）被评级为"致病"，结合先证者的临床表现，可认定该变异是先证者的疾病原因。患者基因诊断：X-连锁遗传视网膜色素变性（X-linked retinitis pigmentosa，XLRP）。

目的:以社区为试点，对社区耳聋高危人群进行常见耳聋基因筛查，以探讨全面、高效、可行的遗传性聋一级预防检测策略和方法。方法:对在泰州市海陵区残疾人联合会登记的育龄期内90例耳聋患者及14名听力正常近亲属进行病史采集、影像学及听力学检查，抽取外周血抽提全基因组DNA，利用巢式多聚酶链反应扩增目基因后直接测序的方法，对所有患者进行常见耳聋基因 GJB2、 SLC26A4、 MT-RNR1全序列筛查。通过Sequencher 5.4软件判读检测结果，并以卡片形式告知患者。 结果:耳聋患者常见耳聋基因的检测率为48.78%，其中 GJB2、 SLC26A4、线粒体 MT-RNR1致病突变的检测率分别为21.11%、16.67%和10%；14名听力正常近亲属中有11名常见耳聋基因携带者，其中 GJB2携带率为57.14%， SLC26A4携带率为28.57%， MT-RNR1携带率为14.29%。对1例样本进行检测总成本大约为700元。成功建立了本社区先天性聋一级预防模式。 结论:本研究联合残疾人联合会和社区，完成了对海陵区耳聋患者及其近亲属的常见耳聋基因筛查及咨询工作，并建立了适合向本市其他社区或省内推广的社区先天性聋一级预防模式。

目的:对1例脊髓性肌萎缩症(spinal muscular atrophy, SMA)合并希特林蛋白缺乏症的患儿及家系进行基因变异检测和生物信息学分析。方法:应用目标序列捕获高通量二代测序技术对该患儿进行全外显子测序，在确定先证者的致病基因型后，应用Sanger测序法进行验证，同时检测患儿直系亲属的变异情况；通过多重连接探针扩增杂交技术运用探针P060检测患儿的 SMN基因。 结果:患儿检测出 SMN1基因第7和8外显子纯合缺失，其父母为携带者；患儿 SLA25A13基因存在复合杂合变异c.1737G>A和IVS16ins3kb。此外，患儿还检测出 POLG基因存在复合杂合变异c.948G>A和c.2693T>C，父母均为携带者。 结论:SLC25A13基因变异导致患儿希特林蛋白质缺陷，进而引起新生儿肝内胆汁淤积症，且患儿同时患有SMA。此外， POLG基因c.948G>A和c.2693T>C的复合杂合变异可能导致患者发生线粒体DNA缺失综合征4A型，但不排除其他线粒体疾病的发生。

隐种A和隐种B是桉树枝瘿姬小蜂Leptocybe invasa两种重要的全球入侵隐种,对多国林业生产造成了严重危害.由于桉树枝瘿姬小蜂体型微小,且无法从形态上区分隐种类型,给该害虫的防治造成困难.本研究基于线粒体DNA细胞色素C氧化酶亚基1(mtDNA COI)基因序列的种特异性(species-specific COI,SS-COI)PCR方法,研究桉树枝瘿姬小蜂隐种快速分子检测技术.基于隐种A、B的COI序列分别设计特异性SS-COI引物各1对(AF/AR和BF/BR).使用这两对引物扩增同一桉树枝瘿姬小蜂样品DNA,即可有效进行隐种鉴定,同时两对引物也能互相验证鉴定结果.引物鉴定灵敏性检测结果显示,AF/AR与BF/BR均具有较高的鉴定灵敏性,其对DNA的有效鉴定浓度阈值分别为11.42 pg/μL和28.32 pg/μL.本研究开发的桉树枝瘿姬小蜂隐种A、B的快速鉴定方法解决了桉树枝瘿姬小蜂入侵地区隐种鉴别的难题,极大缩短鉴定时间、降低鉴定费用,为进一步探究桉树枝瘿姬小蜂隐种A、B的生物学差异以及它们对不同抗性品种桉树的适应能力提供技术参考.

目的 对采自内蒙古的全沟硬蜱进行形态学和分子生物学鉴定,并通过人工饲养了解全沟硬蜱的发育生活史和生物学特性.方法 采集自内蒙古自治区东北部的蜱,利用3D超景深显微系统进行形态学鉴定.提取蜱DNA,PCR扩增线粒体12S rDNA和16S rDNA序列.取阳性扩增产物测序后进行BLAST比对,采用邻接法构建蜱线粒体12S rDNA和16S rDNA的系统进化树.以昆明小鼠为供血动物,在温度(25±3)℃、相对湿度70％～90％条件下对蜱进行人工饲养,观察蜱生活史各阶段的时间等生物学特性.卵孵化实验随机选取10只饱血雌成蜱所产的卵各30枚,观察其孵化情况,并计算孵化率.幼蜱蜕皮实验随机选取饱血幼蜱200只,记录其蜕皮情况,并计算蜕皮率.若蜱蜕皮实验随机选取饱血若蜱100只,分为10组,每组10只,观察其蜕皮情况,并计算蜕皮率.将各阶段发育成功率统计后计算得出其综合发育率.结果 形态学鉴定结果显示,采集的雌性和雄性硬蜱均符合硬蜱属的形态.PCR扩增和测序结果显示,硬蜱DNA扩增出长度为320bp的12S rDNA序列和长度为455 bp的16S rDNA序列.BLAST序列比对分析显示,雌蜱和雄蜱线粒体12S rDNA序列与全沟硬蜱(GenBank:MF095801.1和JF758624.1)序列相似性最高,分别为99.69％和99.09％.雌蜱和雄蜱线粒体16S rDNA序列与全沟硬蜱(GenBank:MH790201.1和MH790200.1)的序列相似性最高,分别为99.75％和99.50％.进化树分析结果显示,雌蜱和雄蜱均与全沟硬蜱序列聚于同一分支上.人工饲养全沟硬蜱的生活史观察结果显示,饱血雌蜱产卵期为12～17 d,平均产卵期为14.6 d,总计产卵数约1 510～1 970枚/只,平均产卵数约1817枚/只,日均产卵量约124枚/只;卵经21～28 d孵化为幼蜱,平均孵化期为24.8 d,孵化率为89.7％(269/300);幼蜱吸血期为3～5d,平均吸血期为4.5 d,饱血幼蜱经18～25 d蜕皮为若蜱,平均蜕皮期为22.7 d,蜕皮率为86.5％(173/200);若蜱吸血期为5～8 d,平均吸血期为6.3 d,饱血若蜱经120～170 d蜕皮为成蜱,平均蜕皮期为157.2 d,蜕皮率为92.0％(92/100);从饱血雌成蜱开始产卵,发育至下一代成蜱平均需要241.6d,综合发育率为71.4％.结论 通过形态学和分子生物学鉴定,采自内蒙古的硬蜱为全沟硬蜱.人工饲养获得全沟硬蜱从卵、幼蜱、若蜱、成蜱的生活史及其生物学特征.