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基因Ⅵ型新城疫病毒时空传播动态研究
编辑人员丨1周前
新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)是禽类最重要的疫病病原之一,其中基因Ⅵ型NDV在鸽群广泛流行,给养鸽业造成了严重的经济损失.为深入了解基因Ⅵ型NDV在世界不同地理区域和宿主间的传播动态,本研究通过病毒分离鉴定、高通量测序、完整F基因系统发育树构建和贝叶斯系统动力学等方法进行综合分析,结果获得4株广西NDV分离株,均为基因Ⅵ型.进一步的时空分析显示,基因Ⅵ型NDV最近的共同祖先时间为1972年(95%置信区间:1965~1978),估计进化速率为1.43×10-3 substitution/site/year(95%置信区间:1.27×10-3~1.59×10-3);意大利是欧洲基因Ⅵ型NDV早期的外溢传播中心,该病毒从欧洲传播至我国,随后华东和华南成为我国的主要传播中心;病毒存在从鸽(Columba livia)到野鸟和鸡(Gallus gallus)、从野鸟到鹌鹑(Coturnix coturnix)等的跨物种传播,但病毒传播最重要的宿主是鸽.分析结果表明基因Ⅵ型NDV正快速进化,有作为突变库的潜在威胁.基于"One Health"理念,应在全球范围内加强主动监测,改善家禽管理策略,避免不同家禽之间及不同家禽与野鸟之间的直接和间接接触.这些信息有助于了解基因Ⅵ型NDV的起源、传播与进化,为制定相应防控策略提供科学依据.
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编辑人员丨1周前
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脊柱侧凸为单独表型的Ⅵ型胶原相关肌病一例
编辑人员丨1周前
本文报道1例由基因及椎旁肌免疫组化确诊的Ⅵ型胶原相关肌病患者,且该患者仅以脊柱侧凸为单独表型。本病例提示临床中某些脊柱侧凸的患者,其潜在病因可能是一种特殊类型的神经肌肉疾病,为脊柱侧凸的病因学研究提供了重要切入点。
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编辑人员丨1周前
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Ⅵ型分泌系统在鲍曼不动杆菌致病及耐药性中的作用
编辑人员丨1周前
目的:研究Ⅵ型分泌系统(type Ⅵ secretion system,T6SS)在鲍曼不动杆菌致病性和耐药性中的作用。方法:收集2016年1月1日至12月31日温州医科大学附属第一医院分离自血流感染患者血液标本的45株鲍曼不动杆菌株,采用VITEK 2 Compact全自动微生物分析仪测定其对抗菌药物的敏感性,通过聚合酶链反应检测菌株T6SS主要效应蛋白编码基因溶血素调节蛋白的携带情况,对T6SS阳性鲍曼不动杆菌和T6SS阴性鲍曼不动杆菌分别进行生物膜形成能力检测、抗血清试验和体外竞争试验,收集并分析鲍曼不动杆菌血流感染患者的临床资料及转归情况。统计学分析采用 t检验、秩和检验和 χ2检验。 结果:45株鲍曼不动杆菌中24株T6SS阳性,阳性率为53.3%。T6SS阳性鲍曼不动杆菌对头孢他啶、环丙沙星、庆大霉素、亚胺培南、左氧氟沙星、哌拉西林/他唑巴坦、妥布霉素和头胞吡肟的耐药率分别为95.8%、95.8%、66.7%、95.8%、79.2%、95.8%、79.2%和91.7%,高于T6SS阴性鲍曼不动杆菌的28.6%、28.6%、28.6%、28.6%、9.5%、23.8%、23.8%和28.6%,差异均有统计学意义( χ2=22.12、22.12、6.51、22.12、21.83、24.72、13.79、18.97,均 P<0.05)。T6SS阳性鲍曼不动杆菌的生物膜形成能力、血清抗性和竞争能力均高于T6SS阴性鲍曼不动杆菌,差异均有统计学意义( t=4.99、 Z=-2.61、 Z=-2.27,均 P<0.05)。重症监护病房(intensive care unit,ICU)来源鲍曼不动杆菌的T6SS阳性率为80.0%(16/20),高于非ICU来源菌株的32.0%(8/25),差异均有统计学意义( χ2=10.29, P<0.05),但鲍曼不动杆菌是否携带T6SS对患者病死率的影响差异无统计学意义( χ2=1.74, P=0.188)。 结论:T6SS阳性鲍曼不动杆菌具有较高的致病性,且其高耐药率使得治疗较困难,亟需引起临床医师尤其是ICU医师的高度重视。
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编辑人员丨1周前
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不同类型糖原贮积症的临床特点分析及治疗效果随访
编辑人员丨1周前
目的:总结经基因诊断的6例不同类型(Ⅰa、Ⅵ及Ⅸa型各2例)糖原贮积症(glycogen storage disease,GSD)患儿的临床特点及治疗效果,提高临床对GSD的认识。方法:回顾性分析经基因诊断确诊的GSDⅠa型、Ⅵ型及Ⅸa型各2例患儿的临床资料及基因结果。结果:6例患儿中,男5例,女1例,确诊年龄2岁10月龄至7岁。6例患儿均有肝脏肿大和转氨酶升高,空腹低血糖5例,高乳酸血症及高尿酸血症各2例(Ⅰa型),高甘油三酯血症3例(Ⅰa型2例、Ⅵ型1例),生长迟缓及身材矮小4例(Ⅰa型2例、Ⅵ型及Ⅸa型各1例),肾脏损伤2例(Ⅰa型)。2例GSDⅠa型患儿发现2种G6PC基因突变,1种为c.648G>T,另1种为新突变c.346C>T;2例GSDⅥ型患儿发现3种PYGL基因突变,c.1768+1G>A、c.730C>T及c.1121C>T(新突变);2例GSDⅨa型患儿发现2种PHKA2基因突变,c.557G>A及新突变c.3337A>C。经过生玉米淀粉治疗后6例患儿转氨酶均明显下降;5例血糖均升至正常,其中患儿血糖恢复正常时间2例Ⅰa型为10个月,2例Ⅵ型为3~4个月,1例Ⅸa型为3个月;2例Ⅰa型肝脏肿大程度无改变,2例Ⅵ型及2例Ⅸa型肝脏肿大好转;2例Ⅰa型及2例Ⅵ型身高均有所改善,身高增加0.5SD~0.9SD。结论:肝脏肿大伴转氨酶升高的患儿需警惕GSD;糖原贮积症Ⅰa型临床表现较重,Ⅸa型及Ⅵ型表现较轻;生玉米淀粉治疗后Ⅵ型及Ⅸa型空腹血糖恢复较Ⅰa型快。该研究发现的G6PC基因c.346C>T、PYGL基因c.1121C>T及PHKA2基因c.3337A>C均为新发突变,拓展了基因谱。
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编辑人员丨1周前
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MEN2A/MEN2B家系 RET胚系突变携带者“分级预警制”与甲状腺预防切除术的研究(附7例报道)
编辑人员丨1周前
目的:探讨对多发性内分泌腺瘤病(multiple endocrine neoplasia,MEN)2A/2B人群实施甲状腺预防性切除术的合理时机。方法:首都医科大学附属北京同仁医院甲状腺头颈外科于2015年5月至2021年8月,动态随访MEN2A/MEN2B家系中 RET基因携带者,依据“分级预警制”(即依次通过基因检测、降钙素指标和超声检查的评估)鼓励高危者进行预防性甲状腺全切除术,实际完成7例,男3例,女4例,年龄为7~29岁。根据2015年美国甲状腺协会(ATA)指南中列出的风险分层,分别为最高风险(highest,HST)、高风险(high,H)各2例,中等风险(modest,MOD)3例。3例患者的降钙素术前保持为正常范围内,4例患者术前降钙素水平升高。7例患者均接受了甲状腺切除术,4例患者同期进行了Ⅵ区淋巴结探查或预防性清扫术。 结果:从动员手术到实施手术时间为2~37个月,平均15.1个月。除1例病理回报为C细胞增生,其余6例均为甲状腺髓样癌。术后随访2~82个月,平均随访时间为38.4个月。术后血清降钙素降至正常水平,达到生化治愈,定期超声检查均无甲状腺癌复发。7例患者术后均无严重并发症发生,无明显甲状腺功能紊乱,且患儿身高、体重等指标与同龄人相仿,生长发育正常。结论:对于有MEN2A/MEN2B家族史的健康人群,应用“分级预警制”的综合判断,在严格筛选和密切监测的基础上,把握合理时机,可开展甲状腺预防性切除术。
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编辑人员丨1周前
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重组抗CD25人源化单克隆抗体挽救性治疗糖皮质激素耐药型急性移植物抗宿主病64例疗效分析
编辑人员丨1周前
目的:分析重组抗CD25人源化单克隆抗体(人源化CD25单抗)治疗异基因造血干细胞移植后糖皮质激素耐药型急性移植物抗宿主病(SR-aGVHD)的疗效。方法:纳入2019年6月至2020年10月在苏州弘慈血液病医院接受人源化CD25单抗治疗的64例异基因造血干细胞移植后SR-aGVHD患者,所有患者予人源化CD25单抗1 mg·kg -1·d -1第1、3、8天各1次,此后根据病情每周1次。在人源化CD25单抗治疗后第7、14、28天进行疗效评估。 结果:64例患者中男38例(59.4%),女26例(40.6%),中位年龄31(15~63)岁。64例SR-aGVHD患者人源化CD25单抗治疗后第7、14、28天有效率分别为48.4%(31/64)、53.1%(34/64)、79.7%(51/64)。肝脏受累是人源化CD25单抗治疗SR-aGVHD第28天疗效不佳的独立危险因素( OR=9.588,95% CI 0.004~0.291, P=0.002)。从人源化CD25单抗治疗开始随访,所有患者的中位随访时间为17.1(0.2~50.8)个月。治疗后12、24个月总生存率分别为63.2%(95% CI 57.1%~69.3%)、52.6%(95% CI 46.1%~59.1%),无病生存率分别为58.4%(95% CI 52.1%~64.7%)、49.8%(95% CI 43.4%~56.2%),非复发死亡率分别为28.8%(95% CI 23.1%~34.5%)、32.9%(95% CI 26.8%~39.0%)。多因素分析结果显示,肝脏受累( OR=0.308,95% CI 0.108~0.876, P=0.027)和Ⅲ/Ⅵ度aGVHD( OR=9.438,95% CI 1.211~73.577, P=0.032)是影响移植后总生存的独立危险因素。 结论:人源化CD25单抗对于异基因造血干细胞移植后SR-aGVHD有较好的疗效。
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编辑人员丨1周前
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3-甲基戊烯二酸尿症六例分析
编辑人员丨1周前
目的:探讨3-甲基戊烯二酸尿症临床特征、基因变异特点及预后。方法:回顾性分析2017年2月至2019年2月上海交通大学医学院附属新华医院小儿内分泌遗传科诊治的6例3-甲基戊烯二酸尿症患儿的临床表现、生化资料、基因测序结果及治疗情况,并对患儿进行发育评估。结果:6例患儿中男2例、女4例。4例为3-甲基戊烯二酸尿症Ⅰ型,2例为3-甲基戊烯二酸尿症Ⅵ型伴感音性神经耳聋、脑病及Leigh样综合征。5例患儿通过新生儿筛查确诊,1例为发病后临床诊断。4例患儿尚未发病,2例已发病患儿发病年龄分别为1和2日龄,均在新生儿期出现黄疸及呼吸异常等症状。6例患儿尿3-甲基戊烯二酸浓度为22.38~77.09 mmol/molCr,均高于正常切值。检测到2种基因11种变异,其中10种变异未被报道。4例患儿检测到7种AHU基因变异,分别为c.656-2delA、EX5-EX6 Del、c.942+3A>G、c.373C>T p.(R125W)、c.895-3C>G、c.667C>T p.(R223X)和c.894+5G>A,均未报道;2例患儿检测到4种SERAC1基因变异,包括c.548G>A p.(R138Q)、c.442C>T p.(R148X)、c.1339C>T p.(R447X)和c.973dupA p.(M325Nfs*5),仅c.442C>T p.(R148X)为已报道变异。经限制亮氨酸饮食及左卡尼汀治疗后,4例AUH基因变异患儿效果较好,2例SERAC1基因变异患儿治疗效果较差。2例已发病患儿运动发育落后和(或)智力落后,其余患儿发育正常。结论:3-甲基戊烯二酸尿症患儿临床异质性明显、病情轻重不一,基因变异多为剪接变异,其次为无义变异、错义变异及移码变异,无亮氨酸饮食及口服左卡尼汀治疗对部分患儿有效,新生儿筛查有助于此病早期诊断、治疗及预后。
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编辑人员丨1周前
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GⅡ.17[P17]型诺如病毒基因系统发育聚类特征分析
编辑人员丨1周前
目的:了解GⅡ.17[P17]型诺如病毒不同基因的发育聚类特征,为GⅡ.17[P17]序列的准确聚类提供依据。方法:收集2023年3月至5月聚集性疫情中的GⅡ.17[P17]阳性标本,二代测序获得全基因组序列,与GenBank下载的参考株序列共同构建进化树,分别对各基因(Nterm、NTP、P22、VPg、Pro、RdRp、VP1和VP2)序列进行系统发育聚类分析及熵值分析。结果:16个G Ⅱ.17[P17]阳性标本中共14个获得了全基因组序列,测序深度及覆盖度均较高。首先构建RdRp及VP1基因的系统发育进化树,发育聚类均为6个簇(Cluster Ⅰ~Ⅵ),其中Cluster Ⅰ~Ⅳ聚类相同,Cluster Ⅴ~Ⅵ聚类有少量差异。2023年的标本株序列位于Cluster Ⅴ。以RdRp聚类为基准,对病毒的8个基因片段进行聚类分析,发现NTP、RdRp和VP1基因聚类效果较好,6个簇均未形成新的分支。此外,这三个基因的熵值位点构成比也处于较低水平。结论:诺如病毒GⅡ.17[P17]型别不同基因的系统发育聚类有一定差异,其中NTP、RdRp和VP1基因聚类效果较好。
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编辑人员丨1周前
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鲍曼不动杆菌碳青霉烯耐药流行克隆株的毒力及基因差异分析
编辑人员丨1周前
目的:对碳青霉烯耐药的鲍曼不动杆菌ST191、ST195和ST208的毒力水平进行分析,探究流行克隆株之间的毒力因子差异。方法:对2011—2019年中国人民解放军总医院第五医学中心(北院区)分离的ST191、ST195和ST208共计233株鲍曼不动杆菌进行基因组二代测序,将基因组数据与细菌毒力因子数据库(VFDB)比对,探究菌株的毒力基因存在情况,同时采用大蜡螟感染生存模型评估菌株的毒力水平,采用Kendall′s tau-b等级相关分析菌株毒力水平与毒力基因的相关性。结果:共收集鲍曼不动杆菌ST191克隆38株,ST195克隆104株,ST208克隆91株。大蜡螟感染生存试验中ST191平均致死率为23.0%,高毒力菌株有3株(7.9%);ST195平均致死率为53.0%,高毒力菌株有34株(32.7%);ST208平均致死率为47.0%,高毒力菌株有20株(21.9%),ST191与ST195( χ 2=13.9, P<0.001)和ST208( χ2=15.2, P<0.001)的大蜡螟致死率有显著差异。经比对数据库中7类共120个鲍曼不动杆菌毒力基因,发现克隆株携带的毒力基因具有显著差异,其中Ⅵ型分泌系统相关基因( clpV/tssH、 hcp/tssD、 tagX、 tssA、 tssB、 tssC、 tssE、 tssF、 tssG、 tssK、 tssL、 tssM)和糖转移酶基因 ACICU_RS00475在ST191菌株中普遍缺失(0),相反ST195(99.0%)和ST208(>82.0%)菌株普遍携带此类基因。克隆株的大蜡螟致死率与其携带毒力基因相关( clpV/tssHP<0.001、 hcp/tssDP=0.001、 tagXP<0.001、 tssAP<0.001、 tssBP=0.001、 tssCP=0.001、 tssE P=0.001、 tssF P=0.001、 tssGP<0.001、 tssKP<0.001、 tssLP<0.001、 tssMP=0.001, ACICU_RS00475 P=0.001)。 结论:碳青霉烯耐药鲍曼不动杆菌流行株中,ST191的大蜡螟致死率较ST195和ST208低,可能与其Ⅵ型分泌系统和糖转移酶基因的缺失有关。
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编辑人员丨1周前
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基于甲基丙烯酸酐化明胶悬滴培养小鼠毛乳头细胞制备仿生毛乳头球的生物活性及其在裸鼠中的毛发诱导功能
编辑人员丨1周前
目的:探讨基于甲基丙烯酸酐化明胶(GelMA)仿生微环境与悬滴法三维培养小鼠毛乳头细胞(DPC)制备仿生毛乳头球的生物活性及其在裸鼠中的毛发诱导功能。方法:采用实验研究方法。采用酶消化法获取雄性5~6周龄C57BL/6J小鼠触须毛的DPC以及1 d龄C57BL/6J小鼠皮肤角质形成细胞(KC),经免疫荧光法鉴定前者第3代细胞稳定表达DPC标志物神经细胞黏附分子、碱性磷酸酶(ALP)、β连环蛋白及α平滑肌肌动蛋白,后者原代细胞稳定表达KC标志物角蛋白15。取第8代DPC,用GelMA重新悬浮并接种至Transwell孔板插件底面,光交联后倒置培养,于光学显微镜下观察培养0(即刻)、3 d GelMA悬滴中DPC聚集情况(聚集成球即仿生毛乳头球),采用活/死染色试剂盒检测培养3 d仿生毛乳头球中细胞活性。将传统二维培养的原代DPC、第8代DPC以及按前述方法制备的仿生毛乳头球分别设为原代DPC组、第8代DPC组、仿生毛乳头球组,利用高通量测序技术平台对每组培养3 d的3个样本中DPC进行转录组测序,利用基迪奥生物信息云工具平台(OmicShare Tools)对转录组数据进行主成分分析、Pearson相似性分析、差异表达基因筛选,利用时间序列趋势分析软件对差异表达基因进行表达模式聚类分析,利用基迪奥生物信息云工具平台对具有特定表达模式的差异表达基因进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)和基因本体论(GO)富集分析。同前进行细胞分组,采用随机数字表法从差异表达基因中抽取性别决定区Y框蛋白8( SOX8)、基质金属蛋白酶9( MMP- 9)、26型胶原纤维α1( COL26A1)、无翅型MMTV整合位点家族成员6( Wnt6),采用实时荧光定量反转录PCR(RT-PCR)法验证差异表达基因mRNA表达情况与测序结果的一致性(样本数为9);采用实时荧光定量RT-PCR法检测DPC生物功能标志物成纤维细胞生长因子7(FGF7)、Wnt10a、淋巴样增强因子1(LEF1)、ALP、β连环蛋白、多功能蛋白聚糖、SOX2的mRNA表达情况(样本数为9)。取3只5~6周龄雄性BALB/c裸鼠,分别设为原代DPC组、第8代DPC组、仿生毛乳头球组,将原代DPC、第8代DPC、仿生毛乳头球分别与原代KC以2∶1细胞数比例混合后分别注射至相应组别裸鼠皮下,每只注射6个区域。注射后2周,取注射区域全厚皮,计数再生毛发,行苏木精-伊红染色后观察再生毛囊情况。对数据行单因素方差分析、Tukey检验并进行Bonferroni校正。 结果:培养3 d,DPC在GelMA悬滴中由培养0 d的分散状态聚集成仿生毛乳头球,制备的仿生毛乳头球中细胞活性良好。培养3 d,主成分分析显示,相比于第8代DPC组,原代DPC组、仿生毛乳头球组组内样本间变异程度较低,仿生毛乳头球组与原代DPC组组间样本变异程度最低,3组DPC样本超过90%的基因谱数据变异可由第1个和第2个主要成分来解释;Pearson相似性分析显示,组内样本重复性好,原代DPC组和仿生毛乳头球组样本间的相关系数为0.84~0.95,原代DPC组和第8代DPC组样本间的相关系数为0.72~0.87;3组DPC间差异表达基因分析筛选出642个组间交集差异表达基因,对其进行表达模式聚类显示有2种基因表达模式有显著趋势( P<0.05),分别为第8代DPC组基因表达显著低于原代DPC组/仿生毛乳头球组、第8代DPC组基因表达显著高于原代DPC组/仿生毛乳头球组,共包含411个差异表达基因;KEGG富集分析显示这411个差异表达基因在Wnt信号通路以及磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B信号通路显著富集( P<0.05),GO富集分析表明细胞外基质、经典Wnt信号通路、细胞分化等GO术语被显著富集( P<0.05)。与原代DPC组、仿生毛乳头球组比较,第8代DPC组细胞基因 SOX8、MMP- 9、COL26A1、Wnt6 mRNA表达量均明显下降( q=15.950、8.854、11.890、11.050,9.851、5.884、7.418、4.870, P<0.01),与测序数据一致。与原代DPC组、仿生毛乳头球组比较,第8代DPC组细胞生物功能标志物FGF7、Wnt10a、LEF1、ALP、β连环蛋白、多功能蛋白聚糖、SOX2 mRNA表达量均明显下降( q=11.470、9.795、4.165、9.242、10.970、10.570、8.005,7.472、4.976、3.651、4.784、5.236、6.825、5.214, P<0.05或 P<0.01)。注射后2周,第8代DPC组裸鼠无毛发再生,仿生毛乳头球组与原代DPC组裸鼠再生毛发数量相近( q=1.852, P>0.05)且均显著高于第8代DPC组( q=18.980、17.130, P<0.01);第8代DPC组裸鼠注射区域皮肤仅形成了坏死灶,而仿生毛乳头球组与原代DPC组裸鼠注射区域皮肤均观察到再生毛囊且毛囊横断切面有黑色素沉着。 结论:基于GelMA仿生微环境与悬滴法三维培养小鼠DPC制备仿生毛乳头球的培养模型可一定程度上恢复高传代DPC在裸鼠中的毛发诱导能力,且其生物特性更加类似于原代DPC,可实现DPC的扩增后特性恢复。
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编辑人员丨1周前
