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基于生物信息学分析斑秃的免疫浸润机制及中药治疗靶点预测
编辑人员丨6天前
目的:筛选出斑秃的差异表达基因(differentially expressed gene ,DEGs),探究其免疫浸润机制并预测中药治疗靶点,为斑秃的发病机制和中医治疗探究提供新的思路。方法:从GEO(Gene Expression Omnibus)数据库下载斑秃相关基因芯片表达谱;筛选DEGs并进行富集分析;基于String数据库构建蛋白质互作网络(protein-protein interaction,PPI),并通过Cytoscape软件筛选关键基因;通过CIBERSORT反卷积法分析免疫细胞浸润相关性;利用医学本体信息检索平台Coremine medical数据库筛选关键基因对应的中药靶点。结果:在3个斑秃芯片样本中共筛选出164个DEGs。GO富集分析显示这164个DEGs主要富集在皮肤发育、分子活性、内肽酶抑制物活性、超分子纤维等方面;KEGG富集分析筛选出金黄色葡萄球菌感染、雌激素信号通路、Wnt信号通路、转化生长因子β(TGF-β)等信号通路。通过PPI分析共筛选出 KRT85、BMP2、KRTAP3-1、KRT27、MSX2、KRTAP11-1、HOXC13、DSG4、KRT82、TCHH这10个关键基因。DEGs与免疫浸润细胞相关性分析结果显示,γδT细胞( P<0.001)、M1巨噬细胞( P<0.001)等差异具有统计学意义。通过Coremine medical数据库映射出黄芪( P=0.0178)、鳖甲( P=0.0012)、降香( P=0.0033)等潜在中药靶点。 结论:本研究利用生物信息学方法筛选斑秃发病相关候选基因,表明其与免疫浸润细胞密切相关,并筛选出了潜在的中药治疗靶点,为深入研究斑秃病理学机制和治疗方法提供了理论依据。
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编辑人员丨6天前
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基于UPLC-Q-Exactive Orbitrap-MS和网络药理学的芪参益气滴丸治疗心肌缺血的配伍机制研究
编辑人员丨1个月前
芪参益气滴丸(QSYQ)的临床疗效及作用机制已有较好研究基础,但发挥治疗作用的配伍机制还有待深入解析,该文旨在探究QSYQ治疗心肌缺血的配伍机制.采用UPLC-Q-Exactive Orbitrap-MS技术获得该方吸收入血成分;利用TCMSP、TCMIP和SwissTargetPrediction数据库收集并筛选入血成分的靶标蛋白;通过GeneCards、OMIM和DisGeNET数据库获得心肌缺血相关的疾病蛋白;利用在线绘图软件Venny 2.1.0、STRING和Cytoscape 3.9.1得到核心靶点与核心成分;通过DAVID数据库对核心靶点进行GO功能注释及KEGG通路富集,获得该方治疗心肌缺血的主要作用通路并绘制可视化网络图;基于"成分-靶点""药材-通路"及"PI3K-AKT"特征通路分析配伍机制,并采用分子对接进行验证.该文获得QSYQ吸收入血成分42个,成分靶点556个,疾病靶点1 980个,核心靶点69个,核心成分15个;该方可通过调控MAPK1、RELA、SRC、JUN、STAT3等蛋白,作用于HIF-1、PI3K-AKT、Toll-like、MAPK、VEGF等信号通路来发挥心肌缺血治疗功效;"成分-靶点"与"药材-通路"互作网络图在靶点与通路层面初步阐释了该方4味中药的协同情况;PI3K-AKT特征通路表明,君药黄芪与臣药丹参可调控该途径中的大部分靶点,佐药三七在IL6、AKT蛋白协同黄芪与丹参,使药降香在AKT、RXRA蛋白起调和作用,诸药共同作用于AKT、RXRA、NFKB等蛋白协同调控细胞的存活,进而起到促血管新生的作用.分子对接表明氢键和疏水作用可能是其主要作用形式,也验证了 PI3K-AKT信号通路的结合能分布情况.该文从药材、成分、靶点、通路多维度解析该方的配伍内涵,为QSYQ作用机制及配伍规律的研究提供了参考依据.
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编辑人员丨1个月前
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南亚热带人工林树种配置对根际土壤生物有效磷的影响
编辑人员丨1个月前
通过树种选择与配置优化提高土壤磷有效性进而促进树木生长是值得关注的问题.本研究在南亚热带人工林树种多样性平台开展研究,采用随机区组的试验设计方法,选取马尾松、米老排、格木、红椎、火力楠、灰木莲、土沉香、降香黄檀8个乡土树种,建立了 1、2、4和6个树种丰富度梯度的混交造林试验,测定了根际土壤生物有效磷组分(氯化钙磷、柠檬酸磷、酶磷和盐酸磷),探究不同树种配置对根际土壤生物有效磷组分的影响.结果表明:对比非固氮树种,固氮树种(格木和降香黄檀)的混交有效增加了土壤含水率、全氮含量、全磷含量和微生物生物量磷,树种合理配置有利于土壤生物有效磷的生成积累.固氮树种混交条件下,土壤氯化钙磷含量显著增加了 46.2%~160.3%,微生物矿化产生的酶磷提高了 69.3%~688.2%,盐酸磷增加了 31.5%~81.3%;土壤微生物生物量磷提高了 81.8%~149.4%,土壤微生物量氮增加了 88.1%~160.6%.冗余和相关分析显示,土壤微生物生物量磷、速效磷、全磷、蛋白酶、纤维二糖水解酶、酸性磷酸酶、微生物生物量氮和有机碳是驱动根际土壤生物磷组分差异的关键因子;固氮树种混交提高了酶磷和柠檬酸磷含量,这两种生物有效磷组分含量与林分树木胸高断面积呈显著正相关.固氮树种(格木)混交有效提升了根际土壤生物有效磷含量,有利于促进林分树木生长.
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编辑人员丨1个月前
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清代医家"扶正避邪"防疫思想和方法探析
编辑人员丨2024/7/13
清代医家刘奎、陈耕道、王士雄等深入探讨了"正气存内"与"避其毒气"对防疫的重要性,提出了扶正养生为本、避邪隔离为要的基本原则,强调三因制宜的防疫要旨,重视医者自身防护.认为可通过清洁空气、清洁水源、熏蒸衣物、消灭虫害等方式,改善卫生条件以防疫.在防疫方药使用方面,比前代医家更多采用了芳香类药物,如苍术、白芷、丁香、降香、菖蒲、冰片、麝香、没药等,及雄黄丸、不染瘟方、透顶清凉散、通气散等防疫复方,采用口服、塞鼻取嚏、点眼、洗浴、熨法.他们进一步推广和完善了接种预防,以保护易感人群.充分重视清代医家防疫思想和方法,以期为当今疫病的防治起到启示和参考作用.
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编辑人员丨2024/7/13
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黄力辨治冠心病经皮冠状动脉介入术后再发心绞痛的用药规律探讨
编辑人员丨2024/6/22
[目的]运用数据挖掘方法分析黄力教授辨治冠心病经皮冠状动脉介入术(PCI)后再发心绞痛的用药规律.[方法]收集黄力教授于中日友好医院门诊治疗冠心病PCI术后再发心绞痛的有效病例的处方资料.采用SPSS Statistics 26.0软件和SPSS Modeler 18.0软件对处方中药进行频次统计、功效和性味归经分析、关联规则分析、聚类分析和因子分析.[结果]共得到中药处方344首,涉及中药209味,累计用药频次为5 874次.以出现频次居前30位的中药为高频中药,其中使用频次>100次的中药依次为黄芪、川芎、葛根、红景天、三七、茯苓、降香、白术、莪术、三棱、山药、陈皮、法半夏、党参、甘草等.高频中药的功效归类以活血化瘀药和补气药最多.药物的药性以温性、平性和寒性为主,药味偏甘、辛、苦,归经以归脾经、肺经、肝经为主.挖掘得到关联规则30条,聚类组合5类,公因子11组.[结论]黄力教授治疗心血管疾病常以气、血、水理论为指导,尤重气机升降;认为气虚血瘀为PCI术后再发心绞痛的基本病机,治疗多以益气活血化瘀立法,五脏同调、寒温并用,辅以益气健脾、化痰利水、安神宁心、行气散结、破血逐瘀之品.
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编辑人员丨2024/6/22
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天香丹改善心肌缺血再灌注损伤作用机制的网络药理学和分子对接技术研究
编辑人员丨2024/6/15
目的 通过网络药理学和分子对接技术研究天香丹改善心肌缺血再灌注损伤的药效物质基础和分子作用机制.方法 借助中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)并查阅文献获得天香丹中4味中药的主要活性成分,并将与活性成分相联系的靶基因借助UniProt数据库翻译成相应基因.于PubChem数据库得到红景天、新塔花活性成分的详细信息,可以在TCMSP平台上找到该活性物质的靶基因,就使用TCMSP的结果,否则使用SwissTargetPrediction平台得到预测靶基因;利用GeneCards、OMIM、DISGENET和TTD数据库得到疾病相关靶点,对活性成分靶点与疾病靶点取交集后采用DAVID数据库进行基因本体(GO)功能以及京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析;选择与本课题相关的通路cAMP、mTOR、核转录因子-κB(NF-κB)使用mapper工具构建KEGG通路图.最后通过AutoDock Vina软件对关键靶点和化合物进行分子对接.结果 筛选出新塔花、红景天、丹参、降香针对心肌缺血再灌注损伤的128个活性成分和386个潜在作用靶点.蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络拓扑分析发现白细胞介素-6(IL-6)、蛋白激酶B1(Akt1)、肿瘤坏死因子(TNF)的含量、白细胞介素-1 β(IL-1 β)等是天香丹治疗心肌缺血再灌注损伤的关键靶点.GO功能分析发现天香丹生物过程主要集中在RNA聚合酶Ⅱ启动子的转录正调控、基因表达的正向调控、凋亡过程的负调控、对外源刺激的反应等多个方面;KEGG信号富集分析结果显示主要涉及血脂与动脉粥样硬化、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、TNF信号通路、细胞凋亡、IL-17信号通路、前列腺癌、HIF-1信号通路、cAMP信号通路、NF-κB信号通路、mTOR信号通路等.分子对接结果显示活性物质与靶点蛋白之间存在较强的结合力,其中槲皮素与TNF的结合力最强.结论 天香丹治疗心肌缺血再灌注损伤具有多成分、多靶点、多通路相互协同的特点,为今后天香丹的临床应用提供了理论基础和参考.
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编辑人员丨2024/6/15
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喀斯特11种典型生态恢复树种凋落叶分解及其对土壤碳排放的激发效应
编辑人员丨2024/6/1
旨在探究喀斯特地区退化生态系统植被恢复树种凋落叶分解过程及其对土壤碳排放的激发效应,为选择合适的树种进行植被恢复提供数据支持.以中国林科院热带林业实验中心大青山石山树木园11种适应性强、耐干旱贫瘠的优良石山树种为研究对象,利用13C自然丰度法区分凋落叶和土壤来源CO2并量化土壤激发效应,比较不同生态恢复树种凋落叶分解及其激发效应的差异,探讨凋落物分解及其激发效应与凋落物性状之间的关联.结果表明:(1)11个生态恢复树种凋落叶在碳相关化学性质(水溶性碳、半纤维素和单宁含量等)、养分含量(磷和镁含量等)及化学计量特征(碳磷比和氮磷比)等方面均表现出较高程度变异.(2)不同生态恢复树种凋落叶分解及其诱导的土壤激发效应具有极显著差异(P<0.001);在整个培养实验期间,11个生态恢复树种凋落叶平均分解了 35.3%,其中海南椴分解最快,达到50%,而青冈栎分解最慢,仅分解16.5%.(3)总体上看,凋落叶处理的土壤呼吸速率(5.1 mg C kg-1 土壤d-1)是对照土壤呼吸速率(2.3 mg C kg-1 土壤d-1)的2.2倍,凋落叶添加显著促进土壤有机碳分解,平均达到37.6%;其中海南椴、割舌树和任豆凋落叶输入则抑制土壤有机碳分解(抑制程度分别为-13.2%、-6.9%和-22.5%),产生负激发效应.(4)凋落叶分解与非结构性碳(r=0.63,P=0.04)和水溶性碳(r=0.91,P<0.001)呈显著正相关,与叶干物质含量(r=0.64,P=0.03)、纤维素(r=0.62,P=0.04)和锰含量(r=-0.63,P=0.04)呈显著负相关.多元回归分析结果表明,水溶性碳、钾和钙含量相结合可以解释生态恢复树种凋落叶分解变异的98%;然而,凋落叶性状与土壤激发效应强度之间并没有显著相关性.从土壤养分归还角度考虑,喀斯特退化生态系统恢复树种可以选择光皮梾木、海南椴、顶果木和降香黄檀等凋落叶分解较快的树种,以促进土壤养分循环和植被恢复;另一方面,从土壤碳固持角度来看,海南椴、任豆和割舌树等凋落叶输入会抑制土壤有机碳分解,从而有利于提高退化生态系统土壤碳封存能力.
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编辑人员丨2024/6/1
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经典藏药如意珍宝片多次给药的靶器官-脑组织的成分探究
编辑人员丨2024/4/27
目的:探讨经典藏药如意珍宝片多次给药后,其靶器官脑组织的活性成分,分析其可能的作用特点.方法:6只斯泼累格·多雷(SD)雄性大鼠分为对照组和观察组2组,连续给药7 d,在最后一次给药后1 h处死动物,取血浆和脑组织,分析入血成分,并对潜在入脑成分进行检测和验证.结果:采用Full mass/dd-MSMS模式,以目标峰的一级谱图的分子量的组成及二级质谱图的分子离子峰进行定性分析;并依据入血成分作为潜在入脑成分,将其输入到包含列表内,进行样品检测.结合数据库mzcloud和ChemSpider的结果,对潜在入脑成分进行搜索,根据保留时间、一级质量数和二级质谱数据,共发现了 13个入脑成分,其中大豆苷、胆酸、紫苜蓿酮、3'-O-methylviolanone、胡椒碱已用标准品验证.色氨酸、茴香脑、异木香酸和腺苷已通过mzCloud数据库进行二级碎片信息比对.结论:如意珍宝片中的降香、荜茇、甘草膏、肉桂、木香、黄葵子、牛黄、红花等药物的有效成分能够进入靶器官脑组织中,发挥其疗效作用.
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编辑人员丨2024/4/27
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芪参益气滴丸对急性心肌梗死经皮冠状动脉介入术后患者临床疗效的影响
编辑人员丨2024/4/27
[目的]观察芪参益气滴丸(由黄芪、丹参、三七、降香等中药组成)对急性心肌梗死经皮冠状动脉介入(percutaneous coronary intervention,PCI)术后患者临床疗效的影响.[方法]将60例符合纳入标准的急性心肌梗死PCI术后气虚血瘀证患者随机分为治疗组和对照组,每组各30例.对照组给予常规西药治疗,治疗组在对照组的基础上加用芪参益气滴丸治疗,疗程为3个月.观察2组患者治疗前后心功能指标及血清超敏C反应蛋白(hs-CRP)、N末端B型利钠肽前体(NT-pro BNP)水平的变化情况,比较2组患者治疗期间心血管不良事件的发生情况.[结果](1)治疗后,2组患者血清hs-CRP、NT-pro BNP水平均较治疗前明显下降(P<0.05),左室射血分数(LVEF)均较治疗前明显提高(P<0.05),且治疗组对血清hs-CRP、NT-pro BNP水平的下降作用及对LVEF的提高作用均明显优于对照组,差异均有统计学意义(P<0.05).(2)治疗期间,治疗组患者的心血管不良事件发生率为6.67%(2/30),明显低于对照组的26.67%(8/30),组间比较,差异有统计学意义(P<0.05).[结论]芪参益气滴丸能有效改善急性心肌梗死PCI术后气虚血瘀证患者的心功能,降低血清hs-CRP及NT-pro BNP水平,减少心血管不良事件的发生.
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编辑人员丨2024/4/27
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降香及其伪品的挥发油标志性差异成分分析
编辑人员丨2024/3/30
目的:对比分析降香及其伪品杠香、缅甸大叶、印尼大叶的挥发性成分,筛选降香与其伪品的差异性成分.方法:采用水蒸气蒸馏法提取降香及其伪品的挥发油,利用 GC-MS 分析其挥发性成分,采用主成分分析(PCA)和正交偏最小二乘判别分析(OPLS-DA)筛选降香与其伪品间差异性成分.结果:降香、杠香、缅甸大叶、印尼大叶的挥发油提取率分别为 1.97%~3.95%mL/g、0.90%~4.01%mL/g、1.55%~3.09%mL/g、1.32%~2.23%mL/g;经GC-MS分析得到降香、杠香、缅甸大叶、印尼大叶挥发油主要成分分别有 10、22、24、20 个,其中共有成分 8个.降香与杠香、降香与缅甸大叶、降香与印尼大叶各组间具有统计学意义的差异性成分分别有 8、10、10 个.其中,降香与杠香、降香与印尼大叶的标志性差异成分有 1,8-二甲基-3-氧代-2-氧杂双环[2.2.2]辛烷-5-羧酸等;鉴别降香与缅甸大叶的标志性差异成分有α-红没药醇等.结论:降香伪品杠香、缅甸大叶、印尼大叶挥发性成分与降香具有一定差别,具有统计学意义的标志性差异成分较多,建议可根据筛选出的标志性差异成分鉴别降香及其伪品.
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编辑人员丨2024/3/30
